Voorkennistoets

Bio-informatica week 3.1

Eiwitten

CONCEPT 5.4&

MODULE BIOCHEMIE ST 1 & 2 (WWW.BIOPLEIN.NL)

1. K?1. K?

Keu

ze tw

ee

Keu

ze d

rie

Keu

ze v

ier

25% 25%25%25%1. arginine2. aspartaat3. glutamaat4. lysine

2. K?2. K?

Keu

ze tw

ee

Keu

ze d

rie

Keu

ze v

ier

25% 25%25%25%1. Basisch2. Zuur3. Polair4. Apolair

3. K?3. K?

hyd

rofo

ob

hyd

rofie

l

50%50%1. hydrofoob2. hydrofiel

3. K?3. K?

Keu

ze tw

ee

25% 25%1. Hydrofoob2. Hydrofiel

K

euze

twee

Keu

ze d

rie

Keu

ze v

ier

25% 25%25%25%

4. Q?4. Q?

1. asparagine2. glutamine3. asparaginezuur4. glutaminezuur

5. Q?5. Q?

Zuur

Bas

isch

Pola

ir

Apola

ir

25% 25%25%25%1. Zuur2. Basisch3. Polair4. Apolair

6. Welk van de onderstaande aminozuren

is polair?

6. Welk van de onderstaande aminozuren

is polair?

ala

nine

gly

cine

ser

ine

val

ine

25% 25%25%25%1. alanine2. glycine3. serine4. valine

7. Welk van de onderstaande aminozuren

is hydrofoob?

7. Welk van de onderstaande aminozuren

is hydrofoob?

leuci

ne

ser

ine

thre

onin

e

asp

arag

ine

25% 25%25%25%1. leucine2. serine3. threonine4. asparagine

8. Welk van de volgende aminozuren kan GEEN zoutbrug (ionische

interactie) vormen met asparaginezuur?

8. Welk van de volgende aminozuren kan GEEN zoutbrug (ionische

interactie) vormen met asparaginezuur?

arg

inin

e

his

tidin

e

lysi

ne

met

hionin

e

25% 25%25%25%1. arginine2. histidine3. lysine4. methionine

9. Welk van de volgende aminozuren kan zorgen voor disulfidebruggen in

een eiwit ?

9. Welk van de volgende aminozuren kan zorgen voor disulfidebruggen in

een eiwit ?

ala

nine

met

hionin

e

pro

line

25% 25%25%25%1. alanine2. cysteïne3. methionine4. proline

10. Welk aminozuur zorgt voor een knik in de peptidebackbone?

10. Welk aminozuur zorgt voor een knik in de peptidebackbone?

ala

nine

pro

line

val

ine

25% 25%25%25%1. alanine2. cysteïne3. proline4. valine

DNA & chromosomen

CONCEPT 5.5, 12.1, 16.1, 16.3

11. In de correcte schrijfwijze is de complementaire streng van

AAATTGCTG:

11. In de correcte schrijfwijze is de complementaire streng van

AAATTGCTG:

TTTAACG

AC

CAGCAATT

T

UUUAACGAC

CAGCAAUUU

25% 25%25%25%1. TTTAACGAC 2. CAGCAATTT3. UUUAACGAC 4. CAGCAAUUU

12. Hieronder zie je een basenpaar. Welke bewering is JUIST over dit

basenpaar?

12. Hieronder zie je een basenpaar. Welke bewering is JUIST over dit

basenpaar?

1 =

purin

e en

2 =

pyr

i...

1 =

pyr

imid

ine

en 2

= ..

.

Bei

den p

urines

Bei

den p

yrim

idin

es

25% 25%25%25%1. 1 = purine en 2 = pyrimidine2. 1 = pyrimidine en 2 = purine3. Beiden purines4. Beiden pyrimidines

13. Stel ik heb een klein stuk DNA met de sequentie AGCT. Welk(e) nucleotiden

heeft/hebben in de streng waarvan de sequentie hier is gegeven een vrije hydroxylgroep?

13. Stel ik heb een klein stuk DNA met de sequentie AGCT. Welk(e) nucleotiden

heeft/hebben in de streng waarvan de sequentie hier is gegeven een vrije hydroxylgroep?

De

A D

e T

De

A en d

e T

Alle

vie

r

25% 25%25%25%1. De A2. De T3. De A en de T4. Alle vier

14. Hoeveel vrije fosfaatgroepen zijn er in het DNA uit de vorige vraag

aanwezig?

14. Hoeveel vrije fosfaatgroepen zijn er in het DNA uit de vorige vraag

aanwezig?

1 2 4 8

25% 25%25%25%1. 12. 23. 44. 8

15. Histonen hebben vooral…

15. Histonen hebben vooral…

zure

am

inozu

ren

bas

isch

e am

inoz

uren

pola

ire a

min

ozure

n

apola

ire a

min

ozure

n

25% 25%25%25%1. zure aminozuren2. basische aminozuren3. polaire aminozuren4. apolaire aminozuren

16. Genen bevinden zich vooral in het…

16. Genen bevinden zich vooral in het…

euch

rom

atin

e

het

eroc

hrom

atin

e

exo

chro

mat

ine

intra

chro

mat

ine

25% 25%25%25%1. euchromatine2. heterochromatine3. exochromatine4. intrachromatine

(17. Welk humaan chromosoom is groter: chromosoom 2 of 5?)

(17. Welk humaan chromosoom is groter: chromosoom 2 of 5?)

Choic

e O

ne

Choic

e Two

Choic

e Thre

e

Choic

e Four

25% 25%25%25%1. 22. 53. ?

(18. Wat is de cytogenetische locatie van het CFTR-gen?)

(18. Wat is de cytogenetische locatie van het CFTR-gen?)

7p21

.3

7p31

.2

7q21

.3

7q31

.2

25% 25%25%25%1. 7p21.32. 7p31.23. 7q21.34. 7q31.2

(19. Een bacterieel chromosoom is…) (19. Een bacterieel chromosoom is…)

Circ

ulai

r

Lin

eair

Fam

iliai

r

Rya

nair

25% 25%25%25%1. Circulair2. Lineair3. Familiair4. Ryanair

20. Een humaan chromosoom heeft…

20. Een humaan chromosoom heeft…

1 te

lom

eer

2 te

lom

eren

3 te

lom

eren

4 te

lom

eren

25% 25%25%25%1. 1 telomeer2. 2 telomeren3. 3 telomeren4. 4 telomeren

Genetica

CONCEPT 14.1, 14.2, 14.4

21. In een gezin zijn zowel de vader als de moeder beide dragers voor de erfelijke ziekte

Cystic Fibrosis. Hun twee kinderen lijden allebei aan de ziekte Cystic Fibrosis. Wat is de kans dat een volgend kind ook deze ziekte zal hebben?

21. In een gezin zijn zowel de vader als de moeder beide dragers voor de erfelijke ziekte

Cystic Fibrosis. Hun twee kinderen lijden allebei aan de ziekte Cystic Fibrosis. Wat is de kans dat een volgend kind ook deze ziekte zal hebben?

25%

50%

75%

100%

25% 25%25%25%1. 25%2. 50%3. 75%4. 100%

22. Een man die een X-gekoppelde allel heeft, geeft dit door aan…

22. Een man die een X-gekoppelde allel heeft, geeft dit door aan…

al z

ijn d

ochte

rs

de

helft

van

zijn

doc.

..

al z

ijn zo

nen

de

helft

van

zijn

zon

en

25% 25%25%25%1. al zijn dochters2. de helft van zijn

dochters3. al zijn zonen4. de helft van zijn

zonen

23. Genotype I-2? 23. Genotype I-2?

XBXb

XBXB

XBY

XbY

25% 25%25%25%

4

43

3

21

21

4321

I

II

III

Kleurenblindheid (X-gekoppeld)

1. XBXb

2. XBXB

3. XBY4. XbY

24. Kans III-1 heterozygoot? 24. Kans III-1

heterozygoot?

0 1 1

25% 25%25%25%

4

43

3

21

21

4321

I

II

III

Kleurenblindheid (X-gekoppeld)

1. 02. 0,253. 0,504. 0,75

25. Kans III-3 homozygoot? 25. Kans III-3 homozygoot?

0 1 1

25% 25%25%25%

4

43

3

21

21

4321

I

II

III

Kleurenblindheid (X-gekoppeld)

1. 02. 0,253. 0,504. 0,75

Van gen naar eiwit

HOOFDSTUK 17 & MODULE BIOCHEMIE (ST 3)

26. Hoe noemen we de regio/sequentie van een gen waarin

zich de aanhechtingsplaats voor RNA polymerase bevindt?

26. Hoe noemen we de regio/sequentie van een gen waarin

zich de aanhechtingsplaats voor RNA polymerase bevindt?

De

lead

er-s

equen

tie

De

initi

atie

-regi

o

De

prom

otor-r

egio

De

regula

tor-r

egio

25% 25%25%25%1. De leader-sequentie2. De initiatie-regio3. De promotor-regio4. De regulator-regio

27. Hoe worden de coderende segmenten van een eukaryoot gen

genoemd?

27. Hoe worden de coderende segmenten van een eukaryoot gen

genoemd?

Exo

nen

Intro

nen

Rep

liconen

Auto

tronen

25% 25%25%25%1. Exonen2. Intronen3. Repliconen4. Autotronen

28. Stel een mutatie levert bij een gen een onwerkzame promotor op.

Wat kan dan niet meer binden?

28. Stel een mutatie levert bij een gen een onwerkzame promotor op.

Wat kan dan niet meer binden?

DNA-p

olym

eras

e

tRNA

riboso

om

RNA-p

olym

eras

e

25% 25%25%25%1. DNA-polymerase2. tRNA3. ribosoom4. RNA-polymerase

29. Welk(e) proces(sen) kan/kunnen er niet meer plaatsvinden bij het gen

uit de vorige vraag?

29. Welk(e) proces(sen) kan/kunnen er niet meer plaatsvinden bij het gen

uit de vorige vraag?

Rep

licat

ie

Tra

nscrip

tie

Tra

nslat

ie

Mee

rder

e

25% 25%25%25%1. Replicatie2. Transcriptie3. Translatie4. Meerdere

30. De mutatie uit de vorige twee vragen…

30. De mutatie uit de vorige twee vragen…

ligt s

troom

opwaarts

...

ligt s

troom

afw

aarts

v..

ligt i

n het

ORF

kan

op m

eerd

ere

plaa.

..

25% 25%25%25%1. ligt stroomopwaarts van het ORF

2. ligt stroomafwaarts van het ORF

3. ligt in het ORF4. kan op meerdere

plaatsen liggen

31. Alle onderstaande onderdelen bevinden zich in boodschapper RNA

(mRNA), BEHALVE

31. Alle onderstaande onderdelen bevinden zich in boodschapper RNA

(mRNA), BEHALVE

ura

cil

sta

rtcodo

n

sto

pcodon

pro

moto

r

Ze

liggen

alle

maa

l in ..

.

20% 20% 20%20%20%1. uracil2. startcodon3. stopcodon4. promotor5. Ze liggen allemaal in

het mRNA!

32. Bij monocistronische genen van bacteriën wordt het ORF voorafgegaan door een promotor (P) en een ribosoombindingsplaats (RBS). Op welk niveau doen

deze hun werk?

32. Bij monocistronische genen van bacteriën wordt het ORF voorafgegaan door een promotor (P) en een ribosoombindingsplaats (RBS). Op welk niveau doen

deze hun werk?

P: D

NA RBS: D

NA

P: R

NA RBS: R

NA

P: D

NA RBS: R

NA

P: R

NA RBS: D

NA

25% 25%25%25%1. P: DNA RBS: DNA2. P: RNA RBS: RNA3. P: DNA RBS: RNA4. P: RNA RBS: DNA

33. Een mRNA met daarin de volgende sequentie 5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’ wordt afgeleid van het

onderstaande deel van een gen:5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’3’ TTTTTTTTTTTTTTT 5’

Dit betekent dat de ____________ streng de matrijs (template)-streng is en dat het gen wordt getranscribeerd

van ____________

33. Een mRNA met daarin de volgende sequentie 5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’ wordt afgeleid van het

onderstaande deel van een gen:5’ AAAAAAAAAAAAAAA 3’3’ TTTTTTTTTTTTTTT 5’

Dit betekent dat de ____________ streng de matrijs (template)-streng is en dat het gen wordt getranscribeerd

van ____________ 25% 25%25%25%

1. Bovenste; 2. Onderste; 3. Bovenste; 4. Onderste;

44. Ergens in onderstaande DNA-sequentie begint een voor een eiwit coderend leesraam. Dit loopt door tot

buiten de gegeven sequentie. Er is niet gegeven welke van de strengen de matrijsstreng is en welke de coderende. Echter, dit zou je zelf moeten kunnen

uitvinden.

Schrijf de sequentie van het mRNA vanaf het startcodon tot het einde van de gegeven sequentie op.

5’- AAAATGGAGCCGAAA – 3’3’- TTTTACCTCGGCTTT – 5’

44. Ergens in onderstaande DNA-sequentie begint een voor een eiwit coderend leesraam. Dit loopt door tot

buiten de gegeven sequentie. Er is niet gegeven welke van de strengen de matrijsstreng is en welke de coderende. Echter, dit zou je zelf moeten kunnen

uitvinden.

Schrijf de sequentie van het mRNA vanaf het startcodon tot het einde van de gegeven sequentie op.

5’- AAAATGGAGCCGAAA – 3’3’- TTTTACCTCGGCTTT – 5’

45. Hieronder vind je een aantal gebeurtenissen die allemaal kunnen plaatsvinden in het coderende deel van een gen. Geef aan bij welke van deze gebeurtenissen sprake is van een frame shift mutatie.a. een insertie van een baseb. een deletie van een basec. een substitutie van een based. een insertie van twee opeenvolgende basene. een deletie van twee opeenvolgende basenf. een substitutie van twee opeenvolgende baseng. een insertie van drie opeenvolgende basenh. een deletie van drie opeenvolgende baseni. een substitutie van drie opeenvolgende basenDe gebeurtenis(sen) die leidt/leiden tot een frameshift mutatie is/zijn: ….

45. Hieronder vind je een aantal gebeurtenissen die allemaal kunnen plaatsvinden in het coderende deel van een gen. Geef aan bij welke van deze gebeurtenissen sprake is van een frame shift mutatie.a. een insertie van een baseb. een deletie van een basec. een substitutie van een based. een insertie van twee opeenvolgende basene. een deletie van twee opeenvolgende basenf. een substitutie van twee opeenvolgende baseng. een insertie van drie opeenvolgende basenh. een deletie van drie opeenvolgende baseni. een substitutie van drie opeenvolgende basenDe gebeurtenis(sen) die leidt/leiden tot een frameshift mutatie is/zijn: ….

46. Wat is waar?46. Wat is waar?

Een

nons

ense

muta

tie...

Een

mis

sens

e m

utat

ie...

Een

nons

ense

muta

ti...

Een

mis

sens

e m

utat

i...

Bei

den le

iden

alti

jd to

...

20% 20% 20%20%20%1. Een nonsense mutatie leidt altijd tot een verkort eiwit

2. Een missense mutatie leidt altijd tot een verkort eiwit

3. Een nonsense mutatie kan tot een verkort eiwit leiden

4. Een missense mutatie kan tot een verkort eiwit leiden

5. Beiden leiden altijd tot een verkort eiwit

47. Signaalpeptiden die zorgen dat een eiwit in het ER terecht komt,

bevinden zich…

47. Signaalpeptiden die zorgen dat een eiwit in het ER terecht komt,

bevinden zich…

alti

jd a

an d

e N-te

rmin

...

alti

jd a

an d

e C-te

rmin

...

aan

een

van

bei

de k.

..

mid

denin

het

eiw

it

25% 25%25%25%1. altijd aan de N-terminale kant

2. altijd aan de C-terminale kant

3. aan een van beide kanten

4. middenin het eiwit

48. Eiwitten die in het binnenste van de celkern hun werk moeten doen (zoals

bijvoorbeeld RNA polymerase)…

48. Eiwitten die in het binnenste van de celkern hun werk moeten doen (zoals

bijvoorbeeld RNA polymerase)…

word

en g

esyn

thet

isee

..

word

en g

esyn

thet

isee

..

word

en ti

jden

s hu

n ...

Wor

den e

erst

volle

di...

25% 25%25%25%1. worden gesynthetiseerd in de celkern2. worden gesynthetiseerd in het cytosol

en vervolgens de celkern in getransporteerd

3. worden tijdens hun synthese naar het lumen van het ER getransporteerd en via het ER naar de celkern gebracht

4. Worden eerst volledig gesynthetiseerd in het cytosol en vervolgens via het ER naar de celkern gebracht

49. In de sequenties van welk(e) eiwit(ten) heeft het zin om naar

potentiële N-glycosyleringssites te zoeken?

49. In de sequenties van welk(e) eiwit(ten) heeft het zin om naar

potentiële N-glycosyleringssites te zoeken?

Bac

terie

el in

trace

llula

i...

Bac

terie

el e

xtra

cellu

la..

Euka

ryoot

mito

chond...

Euka

ryoot

ext

race

llula

..

Mee

rder

e va

n dez

e

20% 20% 20%20%20%1. Bacterieel intracellulair eiwit2. Bacterieel extracellulair eiwit3. Eukaryoot mitochondrieel

eiwit4. Eukaryoot extracellulair eiwit5. Meerdere van deze

50. Welke van de onderstaande sequenties bevat een potentiële N-

glycosyleringssite (Asn-X-Ser/Thr)?

50. Welke van de onderstaande sequenties bevat een potentiële N-

glycosyleringssite (Asn-X-Ser/Thr)?

NNST

NNTS

NSTS

Mee

rder

e

25% 25%25%25%

1. NNST2. NNTS3. NSTS4. Meerdere

Expressieregulatie

CONCEPT 18.1 & 18.2

51. Teken een bacterieel gen met daarin de volgende

onderdelen:

51. Teken een bacterieel gen met daarin de volgende

onderdelen: ORF (met startcodon en stopcodon)Terminator van transcriptie (kenmerken) RBS (consensus-sequentie) Promotor (consensus-sequentie)

52. Teken het E. coli tryptofaan-operon met daarin de volgende

onderdelen:

52. Teken het E. coli tryptofaan-operon met daarin de volgende

onderdelen: ORFs van alle genen Alle promotors Alle operators Alle RBS-en Alle terminators

53. Teken een eukaryoot gen dat getranscribeerd wordt door DNA pol II, het

bijbehorende primaire transcript en het bijbehorende mRNA. Gebruik de onderstaande

onderdelen. Vermeld ook wat er aan die onderdelen bindt.

53. Teken een eukaryoot gen dat getranscribeerd wordt door DNA pol II, het

bijbehorende primaire transcript en het bijbehorende mRNA. Gebruik de onderstaande

onderdelen. Vermeld ook wat er aan die onderdelen bindt.

enhancer proximal control elements promotor (inclusief consensus-sequentie) exonen en intronen Splicesites poly-A signaalsequentie terminatieregio cap 5’UTR 3’UTR poly-A staart