Volume 4, Numéro 9

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DEPARTEMENT DE BIOCHIMIE, DE MICROBIOLOGIE ET DE BIO-INFORMATIQUE - AVRIL 2019 -

TABLE DES MATIERES Mot du directeur 2

Profil de chercheur 2

Nouvelles du mois 4

Le rayonnement des membres du département au cours des dernières semaines 7

Postes offerts 8

Les événements à venir pour le département et ses membres 9

Articles publiés par les différentes équipes de recherche du département 10

Les participants du Carrefour de la recherche en science de la vie 2019

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MOT DU DIRECTEUR

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steve.charette@bcm.ulaval.ca

PROFIL DE CHERCHEUR

Marie-Eve Paquet J’ai joint le centre de recherche CERVO en 2008 après avoir complété un Ph. D. en immunologie à l’Université de Toronto et un stage postdoctoral au Whitehead Institute (MIT) à Boston. Pendant ces nombreuses années d’études, je me suis intéressée aux aspects moléculaires de la présentation d’antigène par le complexe majeur d’histocompatibilité de classe 1. Ces événements étant intimement liés au repliement des protéines dans le réticulum endoplasmique et à leur dégradation, j’ai aussi étudié ces processus cellulaires et développé des modèles animaux pour les analyser. Deux types d’outils particulièrement pertinents m’ont été utiles tout au long de ma formation: la biologie moléculaire et les virus.

Le centre CERVO étant un institut de recherche axé sur les neurosciences, le lien avec mon expertise peut sembler obscur… En fait, les neuroscientifiques ont besoin d’outils moléculaires, mais connaissent peu les techniques d’ADN recombinant et de transgénèse. J’ai donc été recrutée pour développer une plateforme d’outils moléculaires et vecteurs viraux (virus modifiés utilisés en transfert de gènes) visant à favoriser l’accès à ces technologies en plein essor. En 10 ans, avec mon

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équipe, le soutien du centre CERVO et la collaboration de nombreux chercheurs, nous avons établi la plus importante plateforme de vecteurs viraux académique au Canada. Nous produisons des vecteurs de type AAV, adénovirus, rétrovirus, lentivirus et plus récemment virus rabiques à hauts titres qui peuvent être utilisés in vivo. Grâce aux développements faits par l’équipe et à des collaborations importantes avec des ingénieurs des protéines, nous avons bâti une banque impressionnante de plasmides et vecteurs viraux. Une grande partie des outils que nous développons visent l’imagerie optique et la photo intervention, c’est à dire l’utilisation de la lumière pour modifier ou interroger les processus cellulaires/moléculaires. En effet, avec la croissance fulgurante de l’optogénétique, les besoins en transfert de gènes ont beaucoup augmenté et les vecteurs viraux se sont retrouvés au centre de cette petite révolution.

Transport rétrograde d’AAV du cerveau vers la moelle épinière. Image : Amanda Toperoff

Neurones co-infectés avec AAV-CAS9 et AAV-sgRNA-CAMKII-EGFP—

Pierre-Luc Nadeau/Paul De Koninck

Vecteur viral AAV plein (A), vide (B) et partiellement vide (C) au TEM—Anne Sébilo

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J’ai joint le département en tant que professeure associée en 2011, ce qui m’a permis de joindre plusieurs projets de groupe et de développer davantage mon programme de recherche. J’explore de nouvelles méthodes de production d’AAV dans le but d’arriver à générer des particules virales plus pures plus rapidement pour d’accélérer le processus de validation des nouveaux outils in vivo. Je m’intéresse aussi au développement de nouveaux vecteurs viraux ayant des caractéristiques désirables tels que des capacités d’empaquetage plus élevées, une immunoréactivité minimale et un ciblage cellulaire précis. Dans les dernières années, j’ai aussi développé un intérêt pour le transfert des technologies telle l’optogénétique vers la microbiologie. Au sein du programme Sentinelle Nord, nous sommes en train de développer des outils moléculaires qui permettront de

visualiser diverses bactéries en temps réel et de contrôler leur croissance avec la lumière. Pour ces études en étroite collaboration avec Paul De Koninck et Sylvain Moineau du département, nous utilisons le modèle du poisson-zèbre qui est particulièrement intéressant pour sa transparence au stade larvaire. Cette caractéristique devrait nous permettre d’illuminer le microbiote intestinal du jeune poisson pour l’observer et le manipuler.

NOUVELLES DU MOIS

Le Carrefour de la recherche en science de la vie Le Carrefour de la recherche en science de la vie 2019 s’est tenu le 25 mars dernier. Voici les gagnants de cette soirée :

Prix coup de coeur du public : Nicolas Lemire 1er prix : Jean-Philippe Songpadith

2e prix : Nadine Morin 3e prix : Marika Drouin

(À gauche : Nicolas Lemire) (À gauche : Marika Drouin)

Poisson zébre axénique colonisé avec E. coli exprimant mCherry—Gabriel Byatt

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(À droite : Nadine Morin) (À droite : Jean-Philippe Songpadith)

Bravo à tous les gagnants, mais aussi à tous les participants! Un immense merci au comité organisateur et à tous les évaluateurs et plus particulièrement à Stéphanie Nollet pour son dévouement pour l'événement!

Gala du mérite étudiant de l’AESGUL Le 27 mars dernier a eu lieu le Gala de mérite étudiant de l’AESGUL. Des étudiants du département s’y sont distingués :

Étudiante méritante choisie par les étudiants : Nadine Morin

Étudiants méritants choisis par le département :

-Baccalauréat en biochimie : Simon Aubé

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-Baccalauréat en bio-informatique : Gabriel Bégin

-Baccalauréat en microbiologie : Marc-Alexandre Lafrance

Nadine Morin s’est aussi démarquée par l’obtention du foulard de l’implication et la bourse de l’AESGUL! Marie Lebeuf s’est aussi vu remettre le foulard de l’implication.

Chez les enseignants, c’est Hélène Deveau qui a été choisie par les étudiants.

Bravo à tous!

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Campagne de sociofinancement pour iGEM ULaval L'équipe iGEM ULaval a besoin de votre soutien! L'équipe vient de lancer sa campagne de sociofinancement pour permettre la réalisation de leur projet. Merci à tous pour votre générosité.

LE RAYONNEMENT DES MEMBRES DU DEPARTEMENT AU COURS DES DERNIERES

SEMAINES

Deux nouvelles reconnaissances pour Sylvain Moineau Sylvain reçoit le Prix du Scientifique chevronné de Canadian Science Publishing 2019 décerné par la Société canadienne pour les biosciences moléculaires (SCBM). Une autre reconnaissance, cette fois plus singulière, est l’hommage rendu à ce professeur par l’International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) qui a nommé un genre viral à son nom, le Moineauvirus. Il s’agit d’un groupe de phages – infectant la bactérie Streptococcus thermophilus – étudié par le professeur Moineau depuis son arrivée à l’Université, en 1996. Bravo Sylvain!

iGEM : nomination dans la catégorie « Projet scientifique » Bravo à l'équipe iGEM ULaval pour sa nomination dans la catégorie « Projet scientifique » pour le prochain Gala de la vie étudiante de l'université qui se tiendra le 18 avril prochain.

Bravo à Alicia Durocher

Félicitations à Alicia Durocher qui a remporté le premier prix des présentations par affiche lors du congrès BiSP tenu les 28 et 29 mars derniers à l'Institut Armand-Frappier!

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POSTES OFFERTS

Opportunité de doctorat sur le phytoplancton – Collaboration avec Singapore

Two fully-funded PhD opportunities on Phytoplankton - Singapore Asian School of Environment - NTU

April 2019 Done in collaboration with Claude Lemieux and Monique Turnel

1. Carbon fixation We are looking for a Ph.D. student to join our team at NTU. The student will be at the forefront of a research project that aims at unveiling the dynamics and contribution of small photosynthetic protists (phytoplankton) to the marine carbon cycle. We will combine classical primary productivity experiments with high-throughput sequencing to access the overall rate of carbon fixation of the different taxonomic groups. The project will involve field and laboratory studies and will be developed in collaboration with National Institute of Water and Atmospheric Research (New Zealand) and the Station Biologique of Roscoff (France).

2. Genomics of picoplankton Linking ecological distribution patterns, physiological responses and genetic diversity poses a huge challenge for the field of microbial ecology. By using two key players of marine eukaryotic planktonic community, Mamiellophyceae and Chloropicophyceae (green algae), we aim to unveil the genomic traits involved in their ecological success to the world oceans. We are looking for a curious and motivated Ph.D. student to join our team at NTU. The project will be developed in collaboration with University of Laval - Canada and Banyuls sur Mer, France. Computing skills will be considered favorably: geeks with love for microbes are welcome!

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3. Criteria and General Info 1. The Ph.D is to be completed with 4 years of study. 2. The minimum requirement for admission is a Bachelor’s degree with 2nd Class Honors

Upper. All applicants are required to submit their GRE or GATE test scores which must be within 5 years or less from the date of application. Special arrangements can be made for selected applicants to sit for Technical Proficiency Test (TPT) in place of GRE.

3. International applicants for whom English is not their first language are required to submit their TOEFL/IELTS test scores as well. Test dates must be within 2 years or less from the date of your application. Special arrangements can be made for selected applicants to sit for NTU’s English Proficiency Test (EPT) in place of TOEFL/IELTS.

4. The student will be provided with a graduate research assistantship that includes a stipend for living expenses, academic fees, tuition and health insurance.

5. There are two possible starting dates: August 2019 and January 2020.

6. Inquiries can be send to Asst Prof Adriana Lopes adriana.lopes@ntu.edu.sg

(https://adriana.netlify.com)

LES EVENEMENTS A VENIR POUR LE DEPARTEMENT ET SES MEMBRES 4 mai Le samedi 4 mai, sortez votre robe chic et votre tailleur pour une dernière célébration des plus conviviales. Cette année, le comité des finissant(e)s de BCMCB vous organise un bal pour marquer votre graduation à l’hôtel Le Concorde! L’événement consiste en un cocktail en fin d’après-midi ouvert à tous* suivi d’un souper préparé par les cuisiniers de l’hôtel et, finalement, d’une fête, ces deux dernières activités étant réservées aux finissant(e)s de cette année. D’autres informations vous seront transmises au cours des prochaines semaines. Pour le moment, le comité des finissant(e)s demande à tous les finissant(e)s qui veulent assister à cet événement festif de faire un dépôt de 20 $ pour simplement confirmer votre présence. Il est à noter que les accompagnateurs et accompagnatrices doivent aussi payer ce premier dépôt. Vous avez jusqu’au vendredi 5 avril pour réserver votre place à l’une des membres du comité (listés ici-bas). Le comité des finissants et finissantes de BCMCB 2019 (Élodie Dufresne, Christina Melissa Frederick, Nadine Morin, Valérie Pineau Noël et Sophie Tremblay) Pour toutes questions, n’hésitez pas à les contacter. *Contribution volontaire pour les professeur(e)s et non-finissant(e)s 10 mai 19e symposium annuel PROTEO L’événement aura lieu le 10 mai prochain au pavillon Alexandre-Vachon de l’Université Laval avec plusieurs conférenciers invités. Les étudiants de tous les cycles sont les bienvenus! Pour information et inscription : http://www.proteo.ca/fr/animation_symposium.html. 15 juin Collation des grades au PEPS. Le département organisera aussi un événement pré-collation à l’Atrium du pavillon Alexandre-Vachon (plus d’informations à venir).

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ARTICLES PUBLIES PAR LES DIFFERENTES EQUIPES DE RECHERCHE DU

DEPARTEMENT Voici la liste des articles publiés par les professeurs réguliers et associés au département pour la période allant du 1er au 31 mars 2019. Si une de vos publications n’apparaît pas dans la liste ci-dessous, merci de nous le signaler et nous la présenterons dans la prochaine publication de l’Infolettre.

1. Francavilla R, Villette V, Martel O, Topolnik L. Calcium Dynamics in Dendrites of Hippocampal CA1 Interneurons in Awake Mice. Front Cell Neurosci. 2019 Mar 15;13:98. 2: Dale AL, Feau N, Everhart SE, Dhillon B, Wong B, Sheppard J, Bilodeau GJ, Brar A, Tabima JF, Shen D, Brasier CM, Tyler BM, Grünwald NJ, Hamelin RC. Mitotic Recombination and Rapid Genome Evolution in the Invasive Forest Pathogen Phytophthora ramorum. MBio. 2019 Mar 12;10(2). pii: e02452-18. 3: Mbareche H, Veillette M, Teertstra W, Kegel W, Bilodeau GJ, Wösten HAB, Duchaine C. Fungal Cells Recovery From Air Samples: A Tale of Loss And Gain. Appl Environ Microbiol. 2019 Mar 1. pii: AEM.02941-18. 4: Lagha AB, Grenier D. Tea polyphenols protect gingival keratinocytes against TNF-α-induced tight junction barrier dysfunction and attenuate the inflammatory response of monocytes/macrophages. Cytokine. 2019 Mar;115:64-75. 5: Mbareche H, Morawska L, Duchaine C. Opinion paper on the challenges and proposed avenues for a better interpretation of bioaerosol exposure measurements and impacts on health. J Air Waste Manag Assoc. 2019 Mar 1. 6: Gregory A, Zayed A, Jang H, Conceicao-Neto N, Temperton B, Bolduc B, Alberti A, Ardyna M, Arkhipova K, Carmichael M, Cruaud C, Dimier C, Dominguez-Huerta G, Ferland J, Kandels-Lewis S, Liu Y, Marec C, Pesant S, Picheral M, Pisarev S, Poulain J, Tremblay J-E, Vik D, Tara Oceans Coordinators, Babin M, Bowler C, Culley A, Vargas C, Dutilh B.E, Iudicone D, Karp-Boss L, Roux S, Sunagawa S, Wincker P, Sullivan M. 2019. Marine DNA viral macro- and micro-diversity from pole to pole. Cell. In Press.