Microbiologie wie ziet nog klaar?

Prof.dr. G. Verschraegen

UZ Gent

- nieuwe bacteriën , nieuwe namen

- opinie omtrent toestellen

- nieuwe richtlijnen antibiogram NCCLS

 Geen echte officiële instantie die namen geeft of goedkeurt 

Wel regels voor internationale nomenclatuur van bacteriën

Naamveranderingen Bacterien

 J. P. Euzéby : www.bacterio.cict.fr

Nomenclatuur enterobacteriaceae

Eenvoudig voorbeeld: mengsel van E. coli en S. aureus

namen van deze kiemen zijn reeds heel oud en standvastig door de tijd: E. coli (1919), S. aureus (1884)

Bacteriële naamgeving: …..eeuwenoud

Bacteriële naamgeving: ….. of piepjong

Continu worden nieuwe species beschreven: Enkele voorbeelden gepubliceerd in mei-nr. van International Journal of Systematic and Environmental Mircrobiology: (en hoe ze ontdekt werden)

Mycobacterium saskatchewanens (klinisch isolaat geïdentificeerd door 16S rRNA gene sequencing)

Pseudomonas antarctica sp. nov., Pseudomonas meridiana sp. nov. and Pseudomonas proteolytica sp. nov. (stammen geisoleerd uit de Poolzeeën. Identificatie en discriminatie aan de hand van zowel fenotypische als genotypische methoden..)

Pseudomonas lutea sp. nov. (stammen die fosfaat oplosbaar maken geïsoleerd uit de wortels van planten, identificatie gebaseerd op 16S rRNA gen sequencing)

Paenibacillus lactis (identificatie dmv fenotypie en genotypie van isolaten uit verse melk)

Bacteriële naamgeving: ….. aanpassend aan nieuwe kennis door de tijdStreptococcus adjacens (Bouvet et al. 1989)

Abiotrophia adiacens (Kanamura et al. 1995)

Granulicatella adiacens (Collins et al. 2000)

16S rRNA gen sequentie vergelijk.

16S rRNA gen sequencing, cluster analyse met groter aantal stammen

Erwinia herbicola

Enterobacter agglomerans (Beje et al., 1988)

Pantoea agglomerans (Gavini et al., 1989)

Erwinia milletiae Enterobacter agglomerans

= =

Ondanks de verschillende kenmerken gelegen aan isolatieplaats zijn ze allen hetzelfde species

Bacteriële naamgeving: ….. synoniemen & wijziging

Verwantschapsanalyse met genotypische technieken toont dat ze een aparte group zijn van de andere Enterobacters

Bacteriële naamgeving: ….. evolutie binnen een genus

Klebsiella

K. granulomatisK. oxytocaK. pneumoniae

subsp. ozaenae subsp. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis

K. trevisanii = K. planticola

K. ornithinolyticaK. terrigena

genus RaoultellaR. planticolaR. ornitholyticaR. terrigena

(nieuw heel recent species)

(species met vaste naamgeving) (synoniem)

splitsing genus (drie species in apart genus)

Klebsiella variicola

Is nog een probleem 70 jaar oud gebruik >2500 serotypes, elke naam een species bv. S. typhimurium DNA-DNA hybridizatie : 5 (8) evolutionaire groepen in genus sterk verwant aan mekaar 1 species: choleraesuis > enterica. Choleraesuis echter ook serotype: verwarrend! Tendens: S. enterica (met 6 subspecies: salamae, houtenae, enterica, indica, arizonae, diarizonae) Of toch 2de species S. bongori?

Salmonella

Serotypes als species: - S. enteritidis  - S. serovar Enteritidis  - S. ser. Enteritidis  - S. Enteritidis  - Serovar veranderen in serotype Verschillende instanties verschillende schrijfwijzen : S. enterica subsp enterica serovar Typhimurium

serotypes

Meeste laboratoria werken met beperkt

gamma antisera meest voorkomende

groepen

bv. S. serogroep B, D…

 

Verdere uitwerking in referentielab

bv. Salmonella serotype Typhimurium

Laborapporten salmonella

Plesiomonas van Vibrionaceae naar Enterobacteriaceae Citrobacter : diversus en koseri “subjectieve” synoniemen

Enterobacter of Pantoea agglomerans?

Klebsiella ornithinolytica, terrigena en planticola Raoultella Klebsiella pneumoniae subsp ozaenaeKlebsiella pneumoniae subsp rhinoscleromatisKlebsiella oxytoca Calymatobacterium granulomatis Klebsiella granulomatis

Enterobacteriaceae

Moeilijk te differentiëren: Citrobacter freundii complex Enterobacter agglomerans complex Klebsiella pneumoniae complex

S. aureus subsp aureus

anaerobius

S. hominis subsp novobiosepticus

hominis

 S. cohnii subsp cohnii

urealyticus

S. saprophyticus subsp saprophyticus

bovis

 S. schleiferi subsp schleiferi

coagulans

Staphylococcen

 

S. sanguis en sanguinis

 

S. bovis en agallolyticus

 

S. milleri en S. anginosus groep

(anginosus, constellatus, intermedius)

Streptococcen

 Oude pseudomonas Burkholderia Stenotrophomonas

(ex-Xanthomonas) Comamonas Shewanella Ralstonia Methylobacterium Sphingomonas Acidovorax Brevundimonas Delftia Pandoraea

Nonfermenters

 Agrobacterium radiobacter Rhizobium Pseudomonas paucimobilis Sphingomonas Flavobacterium multivorum Sphingobacterium P. putrefaciens, Alteromonas, Achromobacter, Ib Shewanella Weeksella zoohelmcum Bergeyella zoohelcum Flavobacterium odoratum Myroides odoratus Odoratimimus Comamonas acidovorans Delftia acidovorans

Naamwijzigingen

 

Current classification of selected Pseudomonas rRNA homology group II to V organisms which have been recovered from humans

II Pseudomonas cepacia Burkholderia cepacia complex

genomovar I: B. cepaciagenomovar II: B. multivoransgenomovar III (unnamed

species)genomovar IV: B. statutegenomovar V: B.

vietnamiensisgenomovar VI (unnamed

species)genomovar VII: B. ambifaria genomovar VIII: B. anthinagenomovar IX: B. pyrrocinia

Pseudomonas gladioli Burkholderia gladioliPseudomonas cocovenenans Burkholderia gladioliPseudomonas mallei Burkholderia malleiPseudomonas pseudomallei Burkholderia

pseudomalleiBurkholderia thailandensis

Pseudomonas Former species Current species rRNA homology designation designation group

 

Current classification of selected Pseudomonas rRNA homology group II to V organisms which have been recovered from humans

II Pseudomonas

(Burkholderia) pickettii Ralstonia pickettiiPseudomonas pickettii biovar 3/'thomasii’ Ralstonia mannitolilytica

III Pseudomonas (Comamonas) acidovorans Delftia acidovorans Pseudomonas testosteroni Comamonas

testosteroni Pseudomonas delafieldii Acidovorax delafieldii Pseudomonas facilis Acidovorax facilis

IV Pseudomonas diminuta Brevundimonas diminuta Pseudomonas vesicularis Brevundimonas

vesicularis

V Pseudomonas (Xanthomonas) Stenotrophomonas maltophilia

maltophilia Stenotraphomonas africana

Pseudomonas Former species Current species rRNA homology designation designation group

 Vd-3: Rhizobium radiobacter IIk-1: Sphingomonas paucimobilis IVd: Peudomonas-like groep 2 EF-1: Herbaspirillum species 3 IIk-2: Sphingobacterium

multivorum 

Letters en cijfers

Ib: Shewanella IIj: Bergeyella zoohelmcum M4: Oligella urethralis IVe: Oligella ureolytica Vd 1 en 2 : Ochrobactrum

 Chlamydia pneumoniae en psittaci Chlamydophila Ehrlichia phagocytophila Anaplasma phagocytophilum Rickettsia tsutsugamushi Orientia Anaërobe Gram-negatieve staven: Prevotella, Porphyromonas Bacteroides forcythus Tannerella

forcythensis Fusobacterium alocis Filifactor alocis Fusobacterium sulci Eubacterium sulci Anaërobe Gram-positieve : strepto: Finegoldia Atopobium Staven: Eubacterium Colinsella Actinomyces pyogenes Arcanobacterium

Naamveranderingen

(DF-1) : Capnocytophaga ochracea (DF-2) : Capnocytophaga canimorsus Kingella indologenes: Sutonella Tropheryma whippelii T. whipplei Pasteurella haemolytica Mannheimia Nutrioneel variant streptococcen: Abiotrophia defectiva Adiacens en elegans Granulicatella Stomatococcus mucilaginosus : Rothia mucilaginosa

Andere

Identificatie: Benefiet voor labo en/of ZH Steun van instelling Sneller resultaat en beter voor patiënt Gegevens om op te beslissen Welk type financiering

Aankoop toestellen

Niet te vroeg kopen : kinderziekten Wachten op publicaties peer reviewed journals ID en AB OK Duur test Kostprijs kwaliteitscontrole inbegrepen Houdbaarheid, stockageplaats, leveringsmodaliteiten Epidemiologische programma’s Link apotheek, andere Rapporten OK Accurate resultaten

Toestellen technisch

Koppelbaar aan lab-computer, uni-, bi-directioneel Service 24/24 365/365 Uitbreidbaar Oefentijd Service contract en prijs Benodigdheden: tafel, stopcontacten Updates software kosteloos

Toestellen fabrikant

Gaan kijken bij gebruikers Combinatie identificatie en AB Wat niet in software zit kan er niet uitkomen 

 

Citrobacter braakii missen in database is gering probleem > sakazakii Snel antwoorden = vaak forceren bv. inoculum dikker Nog steeds problemen

Toestellen advies

Database entries of the Enterobacteriaceae (human isolates/ (Continued)

Vitek MicroScan

Organism API20E, BBL IDS RaplD GNI, GNI+, version 4.0 Crystal onE, version version version version 4.0 1.93 R8.03 R8.03

Enterobacter agglomerans group X X X X X (six spp.) X

Enterobacter amnigenus group 1 X X X X X X (groups 1 X X X (1 and X

and 2) 2)

Enterobacter amnigenus group 2 X X X X X X (groups 1 X X X (1 and X

and 2) 2)

Enterobacter asburiae X X X X X X X X X X X (E. cloacae)

ID-GNB, version R02.03

ID 32E, version

1.0

MIDI, version 4

Conventional, version 22.28

Biolog," version

6.01

Rapid, version 22.28

Vergelijkingspunt bv. NCCLS met kwaliteitscontrole

stammen, stammen met gekende R-mechanismen, reeks

stammen in spectrum van AB

 

Aanvaardbaar: categorie overeenkomst > 89.9%

Major verschil >=3% op de gevoelige

stammen

Very major verschil: als een functie

van het totaal aantal resistente MO getest

<=7.5% en 1.5% met 95% confidentie

limiet

<10% van elk genus getest

Wat niet kan gehaald worden moet

door de fabrikant op de bijsluiter worden vermeld met

aanraden van andere methode

Toestellen aanvaardbare werking

Mechanisch betrouwbaar Accreditering standaardisatie inoculum Automatisatie Vermijden overschrijffouten Cumulatieve AB resultaten Link met voorschrift AB snelle check Expert software mogelijk Toch steeds door microbioloog verifiëren

Toestellen Voordelen

Geen echte volledige automatisatie Manueel inoculum Hardware duur, duurder dan manuele testen Onderhoudscontract 1 producent, weinig flexibiliteit,  andere systemen in stand te houden vermits niet goed voor alle MO bv pneumococcen toestellen steeds in evolutie eigen performantie moeilijk na te gaan

Toestellen Nadelen

Enterococcen: vanB en high level genta en

strepto geven problemen

 

Staphylo: oxa-R te veel of te weinig

 

Aztreo valselijk R proteus en morganella

 

Valse carbapenem R

Toestellen: enkele voorbeelden

FDA-approved molecular diagnostic tests for infectious diseases

Test Method/manufacturer

C. trochomatis detection Hybridization/Gen-Probe; LCR/Abbott;PCR/Roche;

Hybrid capture/Digene;SDA/Becton Dickinson

N. gonorrhoeae detection Hybridization/Gen-Probe; LCR/Abbott; SDA/Becton Dickinson; Hybrid capture/ Digene

C. trachomatis and N. gonarrhoeae

multiplex PCR/Roche; TMA/Gen-Probe

Culture confirmation for Mycobacterium spp Hybridization/Gen-Probe

Culture confirmation for fungi and bacteria“ Hybridization/Gen-Probe

Detection of group A streptococcus Hybridization/Gen-Probe

HCV detection RT-PCR/Roche

Methicillin-resistant S. aureus detection Cycling probe technology/ID Biomedical

HIV quantitation (standard or ultrasensitive) RT-PCR/Roche; NASBA/bioMerieux

HIV resistance genotyping CLIP sequencing/Visible Genetics

HPV detection Hybrid capture/Digene

M. tuberculosis detection TMA/Gen-Probe; PCR/Roche

Gardnerella, Trichomonas, and Candida detection Hybridization/Becton Dickinson

CMV detection Hybrid capture/Digene; NASBA/bioMerieuxa Fungi include B. dermatitidis, C. immitis, Cryptococcus neoformans, and H. capsulatum. Bacteria include Campylobacter spp., Enterococcus spp., group A streptococcus, group B streptococcus, H. influenzae, N. gonorrhoeae, S. pneumoniae, S. aureus, and L. monocytogenes.

Bioterrorisme: Y. pestis

B. anthracis

  B. mallei

  B. pseudomallei

 

referentielabo

  niet bespreken

Laatste wijzigingen antibiogram volgens Nccls

Niet bespreken ---- op te vragen:

Table 2 I: Vibrio cholerae

Table 3 B: Reference Guide to QC Testing

frequency

Table 7: Listeria spp. en N. meningitidis

referentielabo

  Listeria ampi<= 2 µg/mL = S

Table 8: check identificatie -> antibiogram bv. S.

maltophilia imipenem-S, cotrim-R

Gerda.verschraegen@UGent.be

Tentatief voor 1 jaar

Telithromycine toegevoegd in aantal tabellen

Rifampine -> G+: niet in monotherapie

 

LV: niet rapporteren want niet keuze-preparaat

Perorale producten

1ste en 2de generatie cefalo (uitz. Cefur

sodium)

clinda

macroliden

tetracyclines

FQ

Algemene opmerkingen

Salmonella, Shigella: niet rapporteren: aminoglycosiden

Salmonella: : 1ste en 2de gen.

Cefalo

Extra-intestinale

isolaten:

nalidixine-R

= klinisch

Falen FQ

 

Meer commentaren naar clinicus: bv. P. aeruginosa en

neutropenie of ernstige infectie

Max. dosis AP-PEN of CAZ + aminoglycoside

Waarschuwingen

Salmonella … (disk en dilutie)

 Probleem van ESBL: - E. coli

  - K. pneumoniae

  - K. oxytoca

  - Voor andere MO niet

gevalideerde

methode ESBL

 cefepime

Enterobacteriaceae

P. aeruginosa en Acinetobacter spp.

 + B. cepacia: cefta, mero, mino 20-24u incubatie ipv 16-18u

+ S. maltophilia: mino, levo, cotrim

 Andere: dilutiemethode

Cefta: R I S

 P. aeruginosa <= 14mm 15-17 >=18

B. cepacia <=17 18-20 >=21

Mero

P. aeruginosa <=13 14-15 >=16

B. cepacia <=15 16-19 >=20

Nonfermenters: disk diffusie

 Telithromycine: R I S <=18 19-21 >=22  waarschuwen: oxa-R SA en CNS: alle bètalactam inactief  R I SOxa SA <=10 11-12 >=13 MIC <=2->=4 CNS <=17 >=18 0.25-0.5 Oxa-S: bètalactam rapporteren zoals bekomen Cefoxitine 30µg disk: gewone aflezing: R I S <=14 15-17 >=18 predictie mecA: <=19 SA >=20 incub 24u <=24 CNS >=25

Stafylococcen

Macroliden: SA en CNS constitutief MLSB

Induceerbaar

Efflux: M 

 

 

 

Nog geen QC stammen beschikbaar

Stafylococcen

op bloedagar

clinda wsch R

15-26mmCLINDA

ERYTHRO

clinda erythro 2µg 15µg

MIC >= 4 µg/mL: stam doorsturen naar ref labo

 

OXA > CNS: S. epidermidis : afleescriteria en

mec A correleren

goed

 

S. lugdunensis, S. saprophyticus: te veel

R:

MIC 0.5 à 2µg/mL mec A en PBP2a

bepalen : indien

negatief

= Oxa-S

andere

bètalactams

volgens afleescriteria

 

MIC >= 4µg/mL met mecA of PBP2a negatief

= OXA-R

 

Stafylococcen

 

Voorspelbaar: E. faecalis ampi-S = imi-S

 

Waarschuwing:

 

Cefalo’s, amino (tenzij HLR) clinda, cotrim: niet

rapporteren.

In vitro-S, in vivo-R

 

(peni of ampi) + amino meestal nodig voor

ernstige infecties zoals endocarditis

 

vanco voor ernstige infecties + amino meestal

aangewezen

Enterococcen

 

Telithromycine R I

S

 

<=15 16-18

>=19

 

ter herinnering: oxa 1 <= 19 : meer MIC bepalingen

uitvoeren

 

MIC: amox, amox-clav: enkel non-meningitis

criteria

 

Cefotax – ceftriax- cefepime: 2

afleescriteria!!!: non-

meningitis

en meningitis

Pneumococcen

Geen wijzigingen

 

Bèta grote kolonies A, C, G en B en bèta kleine

kolonies (anginosus – ex-milleri): verschillende

afleescriteria!!!

 

Bèta kleine zie S. viridans

S. viridans: geen afleescriteria in diameters: MIC

doen

 

Herhaling: identificatie noodzakelijk voor juiste

AB techniek of aflezing

Andere Streptococcen

QC stam voor amox-clav: E. coli ATCC 35218

 

Telithromycine R I

S

 

<= 11 12-14

>=15

Haemophilus spp

Members of the family Enterobacteriaceae with expected resistance to

commonly tested antimicrobial agents

Organism(s) Antimicrobial

agent(s) to which

resistance is

expected

Citrobacter, Enterobacter , Klebsiella, Morganella,

Providencia, Proteus vulgaris, Proteus penneri,

Serratia,Yersinia Ampicillin

Citrobacter freundii, Enterobacter, Morganella,

P. vulgaris, P. penneri, Providencia, Serratia, Yersinia Cefazolin,

cephalothin

Klebsiella Ticarcillin

C. freundii, Enterobacter, Serratia Cefbxitin,

cefotetan

C. freundii, Enterobacter, P. vulgaris, Serratia Cefuroxime

'Citrobacter, Enterobacter, Serratia Amoxicillin-

clavulanic acid, ampicillin-

sulbactam

Artificiele Intelligentie

Susceptibility test results that may indicate cross-resistance to other antimicrobial agents Antimicrobial agents

Organism Primary resistance Associated resistanceStaphylococcus Oxacillin Methicillin, cloxacillin, dicloxacillin,

nafcillin, other penicillins, -lactam--lactamase inhibitor combinations, cephems and carbapenems

Gentamicin Other aminoglycosides Penicillin (j3-lactamase positive) Ampicillin, amoxicillin,

azlocillin, carbenicillin, mezlocillin, piperacillin, ticarcillin

Erythromycin Azithromycin, clarithromycin Ciprofloxacin Ofloxacin, levofloxacin

Members of the family Enterobacteriaceae, Gentamicin Tobramycin Pseudomonas aeruginosa Amikacin Gentamicin, tobramycin

Ciprofloxacin Ofloxacin, levofloxacin

Klebsiella spp., Escherichia coli Ceftazidime Cefotaxime, ceftriaxone, ceftizoxime,

aztreonam Cefotaxime Ceftazidime, ceftriaxone, ceftizoxime,

aztreonamEnterococcus spp. High levels of gentamicin High levels of tobramycin, high levels

of amikacin

Oud probleem: cefur sodium > axetil Telithromycine  R I S Stafylo <= 18 19-21 >=22 Haemophilus <= 11 12-14 >=15 Pneumo <=15 16-18 >= 19   3x verschillend medium 3x verschillende QC stammen en verschillende limieten

Van theorie naar praktijk (1)

Zelfde QC stam

Verschillende voedingsbodems

Verschillende limietwaarden  Bv. E.coli ATCC en amox/clav:  MH: 4/2 16/8  HTM 16/2 64/2   Amox: >= 256  Kan plasmide verliezen

Van theorie naar praktijk (2)

Zeer complex Hoe complexer hoe meer kans op fouten Zonder juiste identificatie geen juiste gevoeligheidsbepaling Hoe meer belang de identificatie krijgt hoe langer vooraleer antibiogram Het bos en de bomen En wat met accreditering

Eindbeschouwingen