Post on 27-Jun-2020
PubMed: basis en geavanceerd zoeken
NELE PAUWELS
I N F O R M AT I E D E S K U N D I G E K C G G
N E L E . PA U W E L S @ U G E N T. B E – 0 9 / 3 3 2 . 2 4 . 4 3
Doelstellingen (cf. FAQs)1. Hoe vertaalt/interpreteert PubMed de ingegeven zoektermen?
2. Waarom is de SFX-knop (om de full tekst beschikbaarheid voor UGent/UZ Gent na te gaan) niet steeds aanwezig wanneer ik PubMed consulteer?
3. Wat is het verschil tussen PubMed en MEDLINE?
4. MeSH termen: wat zijn het, waar kan ik die vinden, waarvoor en waarom gebruik ik die?
5. Hoe kan ik ervoor zorgen dat ik gerichtere resultaten krijg?
6. Hoe kan ik een zoekstrategie opstellen voor een systematische review?
VoorbeeldenOnderzoeksvraag: is bewegingstherapie effectief bij de behandeling van osteoartritis van de heup?
Zoekopdracht: osteoarthritis
Vertaling PubMed: "osteoarthritis"[MeSHTerms] OR "osteoarthritis"[All Fields]
[MeSH Terms]
[All Fields]
VoorbeeldenOnderzoeksvraag: is bewegingstherapie effectief bij de behandeling van osteoartritis van de heup?
Zoekopdracht: physiotherapy osteoarthritis
Vertaling PubMed: ("osteoarthritis"[MeSHTerms] OR "osteoarthritis"[All Fields]) AND ("physical therapy modalities"[MeSH Terms] OR ("physical"[All Fields] AND "therapy"[All Fields] AND "modalities"[All Fields]) OR "physical therapy modalities"[All Fields] OR "physiotherapy"[All Fields]) [MeSH Terms]
[All Fields]
VoorbeeldenOnderzoeksvraag: is bewegingstherapie effectief bij de behandeling van osteoartritis van de heup?
Zoekopdracht: physiotherapy osteoarthritis hip
Vertaling in PubMed: ("osteoarthritis"[MeSH Terms] OR "osteoarthritis"[All Fields]) AND ("physical therapy modalities"[MeSH Terms] OR ("physical"[All Fields] AND "therapy"[All Fields] AND "modalities"[All Fields]) OR "physical therapy modalities"[All Fields] OR "physiotherapy"[All Fields]) AND ("osteoarthritis, hip"[MeSH Terms] OR ("osteoarthritis"[All Fields] AND "hip"[All Fields]) OR "hip osteoarthritis"[All Fields] OR ("osteoarthritis"[All Fields] AND "hip"[All Fields]) OR "osteoarthritis hip"[All Fields]) [MeSH Terms]
[All Fields]
VoorbeeldPopulatie van interesse: personen met DCD (Developmental Coordination Disorder)
Zoekopdracht: DCD
Vertaling PubMed: "dicarboxydine"[Supplementary Concept] OR "dicarboxydine"[All Fields] OR "dcd"[All Fields]
VoorbeeldZoekopdracht: elderly
Vertaling PubMed: "aged"[MeSH Terms] OR "aged"[All Fields] OR "elderly"[All Fields]
=> Resultaten met de beschrijving van een bepaalde leeftijdscategorie
VoorbeeldZoekopdracht: self harm
Vertaling PubMed (in 2017): "ego"[MeSH Terms] OR "ego"[All Fields] OR "self"[All Fields]) AND harm[All Fields]
Huidige vertaling PubMed: "self-injurious behavior"[MeSH Terms] OR ("self-injurious"[All Fields] AND "behavior"[All Fields]) OR "self-injurious behavior"[All Fields] OR ("self"[All Fields] AND "harm"[All Fields]) OR "self harm"[All Fields]
VoorbeeldZoekopdracht: prophylactic intervention
Vertaling PubMed: ("condoms"[MeSH Terms] OR "condoms"[All Fields] OR "prophylactic"[All Fields]) AND ("methods"[MeSH Terms] OR "methods"[All Fields] OR "intervention"[All Fields])
VoorbeeldZoekopdracht: AIDS
Vertaling PubMed: "acquired immunodeficiency syndrome"[MeSH Terms] OR ("acquired"[All Fields] AND "immunodeficiency"[All Fields] AND "syndrome"[All Fields]) OR "acquired immunodeficiency syndrome"[All Fields] OR "aids"[All Fields]
=> Resultaten over handicapped aids, visual aids, diabetes aids
VoorbeeldZoekopdracht: Parkinson
Vertaling PubMed: parkinson[All Fields]
=> Resultaten met Parkinson als (co)-auteur
VoorbeeldZoekopdracht: measurement instruments
Vertaling PubMed: ("Measurement (Lond)"[Journal] OR "measurement"[All Fields] OR "Measurement ( Mahwah N J)"[Journal] OR "measurement"[All Fields]) AND ("instrumentation"[Subheading] OR "instrumentation"[All Fields] OR "instruments"[All Fields])
VoorbeeldZoekopdracht: Hypotension blood donation
Vertaling PubMed: ("hypotension"[MeSH Terms] OR "hypotension"[All Fields]) AND ("blood donors"[MeSH Terms] OR ("blood"[All Fields] AND "donors"[All Fields]) OR "blood donors"[All Fields] OR ("blood"[All Fields] AND "donation"[All Fields]) OR "blood donation"[All Fields])
=> Ook resultaten over blood pressure & liver donors
Booleaanse operatoren: AND, OR, NOT / AND NOTBooleaanse operatoren zijn databank afhankelijk
Voorbeelden◦ hip AND arthritis: de zoekresultaten zullen uitsluitend resultaten bevatten die
beide termen (hip enarthritis) bevatten
◦ osteoarthritis OR osteoarthrosis: de zoekresultaten zullen resultaten bevattendie één van beide termen (hip enarthritis) of beide termen bevatten
◦ osteoarthritis NOT knee: de zoekresultaten zullen resultaten bevatten die de term osteoarthritis bevat, maar niet de resultaten die ook knee bevatten
14
Geef zoektermen in in PubMed
Beoordeel de ‘vertaling / interpretatie’ van PubMed via Search Details (cf. Automatic Term Mapping)
Start het screenen / lezen van de resultaten Corrigeer de zoekstrategie Fine-tune de zoekstrategie
Aanpak standaard zoekstrategie (≠ systematische review)
Workshop (1.1 – 1.4)
Inhoud1. Toegang tot PubMed (cf. SFX)
2. Wat is PubMed?
3. Inhoudelijke indexering
4. Nuttige functionaliteiten in PubMed
5. Optimalisatie zoekstrategie (cf. sensitiviteit, specificiteit)
6. FAQs Export naar EndNote
myNCBI
1. TOEGANG TOT PUBMED (CF. SFX)
Toegang tot PubMedSFX knop voor toegang tot PDF via UGent (cf. licentie) is zichtbaar bij toegang via het UZ/UGent netwerk én wanneer bereikt via de KCGG website of de UGent catalogus (lib.ugent.be)
Toegang tot PubMedSFX knop voor toegang tot PDF via UGent (cf. licentie) is zichtbaar bij toegang via het UZ/UGent netwerk én wanneer bereikt via de KCGG website of de UGent catalogus (lib.ugent.be)
Niet via KCGG website: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
Via KCGG website: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ibeuglib
2. WAT IS PUBMED?
Wat is PubMed?
PubMed = Public Access to MEDLINE
Inhoud:◦ ‘Indexed for MEDLINE’
◦ ‘PubMed - in process’: in afwachting van koppeling MeSH-termen (MeSH = Medical Subject Heading)
◦ ‘PubMed - as supplied by publisher’: geen indexering
Via PubMed.gov
MEDLINEPubMed
([nog] niet geïndexeerd)
Zoeken via indextermen én vrije tekstwoorden
PubMed
Eigenaar National Library of Medicine (US)
Inhoud Wetenschappelijke artikels; articles in press; e-boeken
Troeven - Abstracten zijn gratis te lezen voor iedereen- Inhoudelijke indexering op basis van de fulltext op 2 niveaus
Minpunten - Amerikaanse focus- Inhoudelijke indexering verloopt traag (gemiddeld 6 maand)
Gratis toegang tot PDF van het volledig artikel Dankzij PubMed Central (PMC, geïntegreerd in PubMed)Via SFX -> UGent/UZ Gent
Unieke records t.o.v. andere biomedische databanken
Ja
Indexering/Thesaurus MeSH – jaarlijks geactualiseerd
Filteropties Ja (maar hebben beperkingen)
Export naar bijv. EndNote Ja
E-mail alerting/RSS Feed Ja
Ondersteunende tools voor opbouw zoekstrategie Extern: GoPubMed ; PubReMiner ; MeSHonDemand
Zie 6. FAQs
3. INHOUDELIJKE INDEXERING
Indexering in PubMed
Publicatie
National Library of Medicine
Indexering- MeSH / Major Topic- Subheadings
Voorbeeld indexering
* = MeSH Major TopicMeSH term/subheading
Voorbeeld MeSH term en subheadings
MeSH term
Subheadings
Onderliggende Child Terms niet meenemen -> Specificiteit ↑
Beperken tot Major Topic -> Specificiteit ↑
Synoniemen -> Sensitiviteit ↑
Geen vermelding van het antibioticum bij naam in de abstractMaar… Nitrofurantoin werd als MeSH term toegevoegd.
Zonder MeSH term te includeren, had je het artikel niet gevonden.
Geen vermelding van het antibioticum bij naam in de abstract (wel synoniem nl. Furadantin)+ Nitrofurantoin werd niet als MeSH term toegevoegd (ondanks het artikel al geïndexeerd is)
Wanneer geen synoniemen als vrije tekstwoorden in de zoekopdracht voorkomen, zou dit artikel niet gevonden worden.
Workshop (2.1 – 2.4)
Op basis van gedefinieerde zoekfilters op basis van studietype (bijv. systematische review) of onderwerp (bijv. AIDS)
Workshop (3.1 – 3.4)
5. OPTIMALISATIE ZOEKSTRATEGIE
Zoektips in PubMedPubMed
Booleaanse operatoren AND, OR en NOT (AND is de default setting)Let op: ronde haakjes om zoektermen gecombineerd met 1 Booleaanse operator samen te houden (bijv. (xxx OR xxxx OR xx) AND xxxxx
Truncatie operatoren * (meerdere karakters worden automatisch aangevuld aan het einde van een woordLet op: deze operator kan niet samen gebruikt worden met dubbele aanhalingstekensLet op: indien > 600 combinaties => PubMed beperkt tot de eerste 600 combinaties (ga dit na via Search Details)
Proximity operatoren -
Zoeken met woordcombinatie (Phrase searching)
Dubbele aanhalingstekensVoorbeeld: “heart failure”Let op: geen Automatic Term Mapping (=> MeSH term wordt niet automatisch toegevoegd. De ‘zin’ wordt gezocht in AllFields)
OF
Syntax zoals [TIAB] toevoegen
Zoeken in titel en abstract [TIAB]
Zoeken in de lijst met indextermen
[Mesh] (Child terms worden meegenomen in de search)[Mesh:NoExp] (Child terms worden niet meegenomen in de search)
37
Workshop (4.1 – 4.4)
Specifieke vs. sensitieve zoekopdracht
Wide search = sensitieve zoekopdracht
+ je kan een significant deel van de relevante
literatuur vinden
- Je zal ook veel irrelevante referenties hebben
Narrow search = specifieke zoekopdracht
+ resultaten zijn gerichter
- Je zal relevante literatuur missen
Specificiteit van je zoekopdracht ↑- Gebruik MeSH Major Topic (syntax [Majr])
- Gebruik subheadings
- Beperk tot de MeSH term zelf, zonder ‘child terms’ op te nemen
- Gebruik zoekblokken / - filters die gericht zijn op specifiek zoeken
- Pas filters toe ◦ Bijv. article type
◦ Bijv. species, age groups, gender
◦ Bijv. Bijv. date of publication (zie Results by Year)
via de MeSH databank
Via de filteropties aan de linkerzijde van de resultatenpagina(wees kritisch -> zie volgende dia)
via de PubMed homepaginavia de KCGG website
Zoekfilters in PubMed: beperkingenArticle type bijv. Clinical trial => AND clinicaltrial[ptyp]
◦ Maar, een groot aantal publicaties hebben geen publicatietypes toegekend gekregen
◦ Maar, geen uniformiteit (bijv. multicentre study)
Species bijv. Human => AND humans[MeSH]◦ Maar, niet alle artikels zijn (al) geïndexeerd
◦ Gebruik: NOT (animals[MeSH] NOT humans[MeSH])
Ages bijv. Birth – 18 years => ("infant"[MeSH Terms] OR "child"[MeSH Terms] OR "adolescent"[MeSHTerms]))
◦ Maar, niet alle artikels zijn (al) geïndexeerd (op die manier) bijv. pediatric, boy, toddler, enz.
◦ Gebruik een gevalideerde zoekfilter voor ‘kinderen’
Gender bijv. Female => female[MeSH]◦ Maar, niet alle artikels zijn (al) geïndexeerd
Best Match – sorteringsoptie
Verschillend algoritme (zie search details)
- Aantal resultaten wijzigt!
Gebaseerd op frequentie van voorkomen van termen
Doel: 1ste pagina screenen
Sensitiviteit van je zoekopdracht ↑- Voeg synoniemen toe onder de vorm van vrije tekstwoorden in je zoekstrategie
◦ Bron in PubMed: Entry termen
◦ Externe bronnen die informatie van PubMed gebruiken: GoPubMed ; PubReMiner ; MeSHonDemand
◦ Overige externe bron: synoniemen en PICO search module in Embase
- Neem de MeSH term(en) als vrij tekstwoord(en) op in je zoekstrategie◦ - Kies voor MeSH termen (syntax [MeSH]) i.p.v. MeSH Major Topic
- Voeg geen subheadings (tenzij floating subheadings bijv. Rehabilitation[subheading])
- Gebruik zoekblokken / - filters die gericht zijn op sensitief zoeken via de PubMed homepaginavia de KCGG website
Workshop (5.1 – 5.2)
6. FREQUENTLY ASKED QUESTIONS
Referenties importeren in EndNote≤ 200 referenties: Send to > Citation Manager
> 200 referenties: ◦ Send to > File: kies MEDLINE als formaat. Een txt-bestand wordt aangemaakt.
◦ In EndNote: Via Import > Selecteer txt-bestand en selecteer ‘PubMed (NLM)’ als Import Option
46
myNCBI & e-mail alert- Bewaren van zoekhistoriek
- Bewaren van zoekstrategieën
- Personaliseren van de homepagina
- Automatisch ontvangen van e-mails met nieuwe resultaten op basis van uw zoekstrategie
=> Login vereist (gratis)
myNCBI
Aanpak standaard zoekstrategie (≠ systematische review)
Geef zoektermen in in PubMed
Beoordeel de ‘vertaling / interpretatie’ van PubMed via Search Details (cf. Automatic Term Mapping)
Start het screenen / lezen van de resultaten Corrigeer de zoekstrategie Fine-tune de zoekstrategie
Zoek naar MeSH termenGebruik relevante veldcodes (e.g. [TIAB]) voor vrije tekstwoorden
Voeg syntax toe (bijv. dubbele aanhalingstekens)
Take home message
Online ondersteuningInformatiefiche van KCGG en link naar Tutorial van de uitgever
Opleidingenhttp://www.kcgg.ugent.be/events/
Kenniscentrum voor de Gezondheidszorg Gent (KCGG)
Campus UZ - K3 gelijkvloers (ingang 42)
09/332.22.91 (balie)
kcgg@ugent.be
Nele Pauwels
09/332.24.43
nele.pauwels@ugent.be
Contact
50