EMBASE: Vergelijking met PubMed & zoekstrategie

NELE PAUWELS

I N F O R M AT I E D E S K U N D I G E K C G G

N E L E . PA U W E L S @ U G E N T. B E – 0 9 / 3 3 2 . 2 4 . 4 3

1

Kenniscentrum voor de Gezondheidszorg Gent (KCGG)

• Bibliotheek voor het UZ en de faculteiten ‘Geneeskunde en Gezondheidswetenschappen’ en ‘Farmaceutische Wetenschappen’

• Kerntaken

o Toegang tot kennis faciliteren

o Kennis up-to-date houden

o Informatievaardigheden verder ontwikkelen en up-to-date houden

o Mogelijkheid tot netwerking creëren

o Verhogen van de visibiliteit

o Datamanagement optimaliseren

o Informatie verlenen

2

InhoudToegang tot Embase

Quick search in Embase

Wat kan er fout gaan bij het zoeken in Embase?

Embase versus PubMed/MEDLINE◦ Coverage en focus van Embase

◦ Waarom zoeken in Embase én PubMed/MEDLINE

Indexering in Embase

Zoeken in Embase◦ Tips & Tricks om specifieker te zoeken

◦ Tips & Tricks om een zoekstrategie voor een systematische review op stellen

Appendix: bijkomende uitgewerkte voorbeelden

3

TOEGANG TOT EMBASE

4

KCGG portaalwww.kcgg.be

Embase is toegankelijk via het UGent/UZ Gent netwerk

Extern: via Athena

5

Online ondersteuningInformatiefiche van KCGG

Help sectie op Embase.com website

Opleidingenhttp://www.kcgg.ugent.be/events/embase

6

QUICK SEARCH IN EMBASE

7

8

Suggestie Emtree term

Autocomplete

Quick search

9

Quick Search - Resultaat

=> emtree en free text

10

11

Is de ‘vertaling’ van de zoekopdracht door de databank wenselijk?

Ter informatie: ‘heart attack’/exp = ‘heart infarction’/exp (= de indexterm = emtree term) ≠ PubMed !

ZOEKEN IN EMBASE: WAT KAN ER FOUT GAAN?

12

Wat kan er fout gaan bij het zoeken? Zoekopdracht: Aids

Vertaling Embase: 'aids'/exp OR aids

De resultaten bevatten ook artikels over visual aids, navigational aids, diabetes aids, aids forpeople with disabilities

Voorbeeld:

13

Wat kan er fout gaan bij het zoeken? Zoekopdracht: Parkinson

Vertaling Embase: parkinson

De resultaten bevatten ook > 4000 artikels met Dhr/Mevr. Parkinson als (co-)auteur

Voorbeeld:

14

Wat kan er fout gaan bij het zoeken? Zoekopdracht: ‘chronic disease’/exp OR ‘chronic disease’ AND ‘quality of life’/exp OR ‘quality of life’

De resultaten bevatten ook artikels met ‘chronic disease’ in naam instituut

Voorbeeld: zie volgende slide

15

Wat kan er fout gaan bij het zoeken? Zoekopdracht: ‘chronic disease’/exp OR ‘chronic disease’ AND ‘quality of life’

De resultaten bevatten ook artikels met ‘chronic disease’ in naam instituut

Voorbeeld:

16

Workshop (1.1 – 1.2)

EMBASE VERSUS PUBMED/MEDLINE

18

Embase versus PubMed/MEDLINEEmbase PubMed/MEDLINE

Eigenaar ELSEVIER (uitgeverij) National Library of Medicine (US)

Inhoud wetenschappelijke artikels; conference proceedings(vanaf 2009); articles in press

wetenschappelijke artikels; articles in press; e-boeken

Troeven - Bevat meer Europese en farmacologische referenties dan PubMed/MEDLINE

- Indexering (gebeurt snel en op 3 niveaus)- Focus op de medicatie en apparatuur

- Abstracten zijn gratis te lezen voor iedereen- Indexering op 2 niveaus- Focus op de pathologie

Unieke records (Embase vs. PubMed/MEDLINE)

Ja Ja

Indexering/Thesaurus Emtree (> termen dan MeSH) - 3x/jaar geactualiseerd

MeSH – jaarlijks geactualiseerd

Filteropties Tijdens en na je search (slimme filters) Tijdens en na je search

Export naar bijv. EndNote Ja Ja

E-mail alerting/RSS Feed Ja Ja

Ondersteunende tools voor opbouw zoekstrategie

Intern: PICO search builder Extern: GoPubMed ; PubReMiner ; MeSHonDemand

19

Coverage en focus van Embase

• 85.000 tijdschriften• 30 miljoen records• > 5000 records worden

dagelijks toegevoegd

20

Indexering is uniek

Iedere databank bevat unieke records◦ Bijv. bepaalde artikelen en tijdschriften (nl. meer dan 6 miljoen referenties in meer dan 2900

tijdschriften) zijn niet in MEDLINE opgenomen, dus kan je uitsluitend via Embase consulteren.

◦ Bijv. de meest recente artikelen in PubMed/MEDLINE zijn nog niet van MeSH trefwoorden voorzien, en vind je dus uitsluitend via PubMed/MEDLINE terug.

Via PubMed.gov

Via embase.com

Waarom zoeken in Embase én PubMed/MEDLINE?

Embase(uniek)

MEDLINEPubMed (niet geïndexeerd)

21

22

Je kan via de filter ‘Sources” kiezen voor om uitsluitend de unieke records in Embase te zien

23

INDEXERING IN EMBASE

24

Indexering in EmbaseManuele indexering

◦ Door indexers met een biomedische achtergrond (op basis van de full tekst)

◦ Duurt gemiddeld 5 dagen

◦ Voor full articles

Automatische indexering◦ Onmiddellijk

◦ Voor Conference Proceedings (permanente indexering) en voor articles in press en articles in process(tijdelijke indexering)

(Major) focus(Key) subheadingsTriple linkage

Voordeel: Emtree termen gebruiken verhoogt de sensitiviteit van je zoekstrategie. De publicaties komen met andere woorden in je zoekresultaten voor, ongeacht de terminologie die de auteurs gebruikt hebben.

25

26

27

furolinfuradantin

ivadantin

2 resultaten3 resultaten 528 resultaten Op 22/2/2017

‘furolin’28

Embase versus PubMedPublicatie

National Library of MedicineElsevier (uitgeverij)

Indexering- MeSH / Major Topic- Subheadings

Indexering- Emtree / Major Focus- Subheadings- Triple linkage

29

EMBASE PubMed/MEDLINE

30

Gele markering = termen uit je zoekopdrachtGroene markering = termen t.g.v. exploderen van Emtree termen

Indexering in Embase: voorbeeld

31

Workshop (2.1 – 2.5)

ZOEKEN IN EMBASE: ALGEMENE TIPS & TRICKS

33

Zoektips in Embase- Booleaanse operatoren: AND, OR en NOT (AND is de default setting)

- Truncatie operatoren: ? (exact 1 karakter); * (meerdere karakters)◦ Voorbeeld: heart attack* ; sul*ur (sulfur, sulphur)

- Proximity operatoren: NEXT/n (exacte volgorde); NEAR/n (volgorde vrij te bepalen)◦ Voorbeeld: Hip NEXT/3 prosthesis => “rheumatoid arthritis, joint surgery, hip or knee prosthesis”

◦ Voorbeeld: Cardiac NEAR/5 catheter => “patients undergoing catheter ablation for cardiac arrhythmias”

- Phrase searching: enkele aanhalingstekens◦ Voorbeeld ‘heart failure’

- Gericht zoeken, zodanig zoektermen uitsluitend in titel, abstract en/of author keywords mogen voorkomen◦ Voorbeeld 'heart failure':ti,ab,kw (via Fields)

- Combinaties◦ Voorbeeld: (symptom* NEAR/5 (headache* OR ‘head ache*’)):ti,ab,kw

34

ZOEKEN IN EMBASE:

TIPS & TRICKS MET FOCUS OP SPECIFICITEIT OF SENSITIVITEIT

35

36

Wide search = sensitieve zoekopdracht

+ je kan een significant deel van de relevante

literatuur vinden

- Je zal ook veel irrelevante referenties hebben

Narrow search = specifieke zoekopdracht

+ resultaten zijn gerichter

- Je zal relevante literatuur missen

Focus op specificiteit

37

Voorbeeld zoekstrategie met focus op specificiteitOnderzoeksvraag: is bewegingstherapie effect bij de behandeling van osteoartritis van de heup?

‘kinesiotherapy’/de

AND

‘hip osteoarthritis’/exp/dm_rh,dm_th

Indextermen Subheadings (disease subheadings: rehabilitation & therapy)

38

Specificiteit van je zoekopdracht ↑- Emtree term niet exploderen (syntax ‘/de’)

- Gebruik van subheadings

- Emtree term: major focus

- Gebruik van Triple linking (uitsluitend bij keysubheadings)

- Veldcodes toevoegen aan de vrije tekstwoorden (bijv. uitsluitend zoeken in titel, abstract en author keywords)

- Limieten toepassen (bijv. species, age groups, gender, article language, date of publication, enz.)

Concept Key subheading

Drug Adverse drug reaction

Drug Drug combination

Drug Drug comparison

Drug Drug interaction

Drug Drug therapy

Device Adverse device effect

Device Device comparison

Disease Drug therapy

Disease Side effect

ind

exe

rin

g

39

Zoekstrategie1. Start in Emtree(Browse > Emtree)

2. Add to Query Builder OF ga naar Drug Search om Drug-specifieke subheadings toe te voegen

40

Zoekvraag: Informatie omtrent de nevenwerking van bepaald medicijn eg. incidentie niertoxiciteit van cisplatine

Subheadings – na de zoekopdracht toevoegen

41

Subheadings – vooraf aan de zoekopdracht toevoegen

42

Drug, Disease en Device search: assisteren gebruikers om specifiek te zoeken naar bepaald aspect van medicijn, ziekte en apparaat dankzij toevoegen van subheadings

Article search & Authors search ≈ Single CitationMatcher in PubMed

Major focus

Specificiteit ↑

43

Triple linking= 3 concepten aan elkaar gekoppeld nl (1) term (drug of device of disease), (2) key subheading(relationship) en (3) linked term (drug of disease)

- Gestart voor drugs in 2007, voor diseases in 2009 en devices in 2014

- Syntax: 'cisplatin'/'adverse drug reaction'/‘nephrotoxicity‘◦ Referenties die nephrotoxiciteit áls bijwerking van ciplatine beschrijven!

Cisplatin Adverse drug reaction Nephrotoxicity

44

45

Triple linking

46

Specificiteit ↑

Veldcodes toevoegen aan vrije tekstwoorden

47

Filteropties

48

Similar records: minstens 2 major termen zijn gemeenschappelijk. Tot max 100 similar records worden getoond. Deze worden gesorteerd op basis van aantal overeenkomstige major termen…Index miner: inspiratietool voor indextermen (op basis van de zoekresultaten)Filter opties

Workshop (3.1 – 3.6)

Focus op sensitiviteit (bijv. systematische review)

50

Voorbeeld zoekstrategie met focus op sensitiviteitOnderzoeksvraag: is bewegingstherapie effect bij de behandeling van osteoartritis van de heup?

‘hip osteoarthritis’/exp OR ((arthritis/de OR osteoarthritis/de) AND (hip/de OR ‘hip pain’/exp)) OR (((‘hip’ OR ‘cox’) NEAR/2 (arthros* OR arthrit* OR artheros* OR osteoarthr*)) OR coxarth* OR ‘malumcoxae senilis’):ab,ti

AND

‘kinesiotherapy’/exp OR exercise/exp OR physiotherapy/exp OR ‘conservative treatment’/de OR (((movement* OR motion OR manual OR phys* OR conservative* OR nonoperat* OR nonsurg* OR non-operative OR non-surgical OR paramedic* OR para-medical OR exercise) NEAR/5 (technique* OR therap* OR treat* OR isokinet* OR isomet* OR management*)) OR kinesitherap* OR kinesiotherapy* OR gymnastic* OR ((muscle* OR muscul*) NEAR/3 train*)):ab,ti

IndextermenVrij tekstwoorden (in titel en abstract)

51

Sensitiviteit van je zoekopdracht ↑- Emtree termen exploderen (syntax ‘/exp’)

- Synoniemen onder de vorm van vrije tekstwoorden opnemen in je zoekstrategie◦ Zie ook PICO search en PV Wizard

52

Start!

53

54

Sensitiviteit ↑

Overzicht zoekmodaliteiten in Embase

55

PICO & PV (Pharmacovigilance) wizard:assisteren gebruikers bij opbouw sensitievezoekstrategie dankzij toevoegen van synoniemen

Workshop (4.1)

Kenniscentrum voor de Gezondheidszorg Gent (KCGG)

Campus UZ - K3 gelijkvloers (ingang 42)

09/332.22.91 (balie)

kcgg@ugent.be

Nele Pauwels

09/332.24.43

nele.pauwels@ugent.be

Contact

57

Bijkomende uitgewerkte voorbeeldenAppendix

58

Zoekstrategie in Embase (focus op specificiteit)Informatie omtrent dosering van geneesmiddelen bijvoorbeeld amoxicilline-clavulaanzuur bij intermittentehemodialyse patiënten

59

60

+ aandoening

61

+ emtree term en/of vrij tekstwoord

62

≠ Emtree-tak!

63

Zoekopdracht verder op punt stellen nl. verbreden of verfijnen afhankelijk van de doelstelling, de vraag, de tijd, enz.(cf. sensitiviteit en specificiteit)

64

Zoekstrategie in Embase (focus op specificiteit)Informatie omtrent het gebruik van geneesmiddelen bijvoorbeeld het gebruik van antibiotica bij prostatitis

65

66

Zoekstrategie in Embase (focus op sensitiviteit)Informatie omtrent het gebruik van een lidocaïne-gel bij een scheurwond bij kinderen

67

Voorbeeld 2

68

Zoekstrategie in Embase (focus op sensitiviteit)Evidentie omtrent gebruik van een bepaald medicijn in welbepaalde indicatie bijvoorbeeld Spiriva Respimat tov handihaler bij COPD

69

PICO search

= add all occurences

= add to query

70

Klik om toe te voegen

Aanpassing is mogelijk per synoniem71

72

Zoekstrategie in Embase (focus op sensitiviteit)Evidentie omtrent de behandeling van kinderen met streptokokkenfaryngitis

73

Andere “vormen” van vragen (dan PICO) zijn ook mogelijk. Een AND relatie wordt toegepast tussen de 4 concepten (in dit geval van PICO)

74

Bijv. Analytical equipment of culture medium

75