Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject...

25
W W W A A A L L L A A A E E E U U U S S S B B B I I I B B B L L L I I I O O O T T T H H H E E E E E E K K K Instructie PubMed voor medewerkers februari 2011 PubMed Instructie ©Walaeus Bibliotheek februari 2011

Transcript of Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject...

Page 1: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

WWWAAALLLAAAEEEUUUSSS BBBIIIBBBLLLIIIOOOTTTHHHEEEEEEKKK

Instructie PubMed voor medewerkers

februari 2011

PubMed Instructie ©Walaeus Bibliotheek februari 2011

Page 2: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

2

Deel 1: Handleiding PubMed 1. Beschrijving van de databank PubMed PubMed is een bestand met beschrijvingen (referenties) van artikelen uit meer dan 5000 tijdschriften op het gebied van de geneeskunde en verwante vakgebieden, gepubliceerd in meer dan 50 talen. Het merendeel van de artikelen komt uit Engelstalige tijdschriften. Het bestand gaat terug tot 1949 en bevat meer dan 19 miljoen referenties. PubMed-referenties bestaan uit verschillende onderdelen (velden), met o.a.:

- auteur(s) van het artikel - titel van het artikel (de originele Engelse of een vertaling in het Engels) - tijdschriftgegevens (o.a. titel van het tijdschrift, publicatiejaar, volume, pagina's) - samenvatting - MeSH Terms (toegevoegde trefwoorden)

PubMed leent zich uitstekend voor een onderwerpszoekactie. Dit is mede te danken aan het gebruik van MeSH terms. 2. Trefwoorden in PubMed: MeSH Terms MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden toegevoegd. Er zijn op dit moment ruim 24.000 MeSH Terms, die samen een hiërarchisch systeem vormen. In de MeSH Database zijn de MeSH terms te vinden met de beschrijving van alle termen en hun plaats in de hiërarchie. Het gebruik van MeSH terms heeft als voordelen:

- Het ondervangt het apart zoeken op alle mogelijke synoniemen (kidney transplantation - renal transplantation) en verschillende schrijfwijzen. De gebruikte synoniemen staan bij elke term in de MeSH database vermeld onder de Entry terms - Je kunt zoeken naar een begrip met de bijbehorende onderverdelingen ervan. (zie afbeelding hiernaast) - Je kunt onderscheid maken tussen homoniemen: depressie kan een weerkundig, economisch of psychiatrisch begrip zijn.

Tip: De MeSH database is te raadplegen via More Resources > MeSH Database op de startpagina of via More Resources > MeSH onderaan de Advanced Search pagina. Als er meerdere mogelijke MeSH terms gevonden worden, staan deze onder elkaar met een korte omschrijving. Klik op de gewenste term voor de volledige omschrijving. Als er slechts één passende MeSH term gevonden wordt, kom je meteen in de volledige omschrijving. Onder in beeld (zo nodig scrollen) is te zien waar de term staat in de Mesh tree. In de Mesh database kun je ook van MeSH terms Major Mesh terms maken of subheadings selecteren.

Page 3: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

3

Referenties krijgen gemiddeld 12 MeSH Terms toegekend, waarvan er ongeveer 3 als belangrijke trefwoorden (Major MeSH Terms) gekenmerkt zijn. In de MeSH Term lijst bij een referentie staat achter deze trefwoorden een asterisk (*). Het zoeken met Major MeSH Terms wordt toegepast om bepaalde aspecten van de vraagstelling te benadrukken. PubMed vertaalt een zoekterm zo mogelijk naar een MeSH term en vrije tekst (Automatic Term Mapping). Deze Query Translation is te zien door aanklikken van Details in het Advanced scherm. Het is ook mogelijk om zelf in de MeSH database te zoeken naar één of meer passende MeSH terms en daarmee een zoekactie uit te voeren. Als je zoekt met een MeSH Term, worden automatisch ook alle onderliggende MeSH Terms gebruikt. In andere databanken gebeurt dat niet standaard. De meest recente referenties bevatten nog geen MeSH Terms; ze zijn aangeduid met [PubMed - as supplied by publisher] of [PubMed - in process]. Na toevoeging van MeSH Terms krijgen ze de aanduiding [PubMed - indexed for MEDLINE]. Tip : Bij het zoeken op onderwerp zijn de MeSH Terms belangrijk, maar o.a. omdat deze juist bij de meest recente referenties nog ontbreken, dient altijd ook met vrije tekst (zoektermen met veldcode [all fields], [ti] of [tiab]) gezocht te worden. 3. Belangrijke onderdelen van PubMed

In PubMed spelen het Display-scherm (met referenties) en het Advanced Search-scherm (met de Search History, de Search Builder en More Resources) een belangrijke rol. In beide schermen kun je op de zoekbalk één of meer zoektermen intypen. In het Display-scherm kan de weergave van referenties veranderd worden van beknopt (Summary) tot uitgebreid (Abstract). Gebruik hiervoor de mogelijkheden bij Display Settings > Format. De referenties zijn standaard gesorteerd op invoerdatum. Dit kan gewijzigd worden via Display Settings > Sort by. Tip : Om van het Display-scherm naar de Advanced Search (met de Search History) te gaan: klik op het linkje Advanced Search. Om van de Advanced Search naar het Display-scherm te gaan: klik op het aantal referenties van de search waarvan je de referenties wilt zien.

Page 4: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

4

Display-scherm Resultaten Limits Advanced Search

Advanced Search-scherm

Search Builder Search History More Resources

Page 5: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

5

4. De Leidse PubMed Maak bij voorkeur gebruik van de ‘Leidse PubMed’. Deze is vanuit het LUMC te bereiken via de homepage van de Walaeus Bibliotheek: www.lumc.nl/walaeus. Op de homepage kies je het menu Databanken en Catologi>PubMed. In deze versie van PubMed staan Leiden SFX iconen op het Display-scherm maar alleen in Abstract Format. Het Display scherm staat standaard in Summary Format. Je kunt dit wijzigen door op een referentie te klikken; dan verschijnt alleen deze referentie in Abstract format of door bovenaan het Display-scherm bij de Display Settings te kiezen voor Abstract format; dan verschijnen alle referenties in Abstract Format. Als je klikt op het SFX-icoon krijg je informatie over debeschikbaarheid van het artikel.

5. Een zoekactie opbouwen In het zoekproces doorloop je de volgende stappen: Formuleer de zoekvraag, bijvoorbeeld met behulp van een PICO. Voor de vraag

die centraal staat in dit practicum, “Leidt blootstelling aan Ultraviolet licht tot een verhoogd risico op het ontstaan van melanoom?“, luidt de PICO: Patient: gezonde volwassene Interventie: hoge blootstelling aan ultraviolet licht Comparison: lage blootstelling aan ultraviolet licht Outcome: melanoom

Bepaal met welke aspecten uit de PICO je gaat zoeken. Zoek eerst op elk aspect afzonderlijk.

Kies het belangrijkste aspect. Probeer altijd een passende MeSH term in de zoekstrategie

op te nemen. Dit kan op twee manieren: laat PubMed het doen: typ een term in de zoekbalk van

PubMed, klik op Search en controleer via Advanced Search op het Details scherm of PubMed naar een MeSH Term heeft gemapt. Klik hiervoor op het nummer van de search in de Search History en kies voor Details.

zoek zelf in de MeSH database naar een geschikte term. De MeSH database bevat veel nuttige informatie en is een goede hulpbron voor het bouwen van een uitgebreide zoekstrategie.

Combineer de MeSH term met synoniemen en varianten (enkelvoud, meervoud, Amerikaanse/ Britse spelling etc) voor dit begrip met OR. Dit kan ook op twee manieren:

laat PubMed het doen: typ een term in de zoekbalk van PubMed, klik op Search en kijk via Advanced search op het Details scherm om te zien of PubMed behalve naar een MeSH Term ook naar vrije tekst heeft gemapt. Klik hiervoor op het nummer van de search in de Search History en kies voor Details. Achter vrije tekst termen staat standaard de veldcode [All Fields].

voeg zelf aan een gevonden MeSH term vrije tekst termen toe; dit kan bijvoorbeeld in de Search Box die in de MeSH-database verschijnt als je een MeSH-term hebt geselecteerd of gewoon in een Word document waarin je een zoekstrategie bouwt die je naar de zoekbalk van PubMed kunt kopiëren. Gebruik de veldcode [All Fields] om in de gehele referentie

Page 6: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

6

te zoeken, [tiab] om in titel en abstract te zoeken en [ti] om alleen in de titel te zoeken.

Herhaal dit voor een tweede aspect (en eventueel voor een derde) Combineer de verschillende aspecten met AND Beoordeel het resultaat

#1 AND #2 #1 OR #2 #1 NOT #2

Booleaanse operatoren

Het opbouwen van een zoekstrategie in een Word document heeft vooral voor uitgebreide zoekacties veel voordelen:

- het geeft meer controle over het zoekproces - zoekstrategieën zijn eenvoudig aan te passen (termen toevoegen of juist

verwijderen, andere combinaties van aspecten uitproberen etc.) - zoekstrategieën kunnen worden bewaard, gedeeld worden met anderen en

(gedeeltelijk) worden hergebruikt - een goede zoekstrategie kan vrij eenvoudig worden “vertaald” voor een andere

databank - door de oude strategie steeds te bewaren en wijzigingen in een kopie ervan aan

te brengen, eventueel met een toelichting, wordt het gehele zoekproces gelogd en is het later goed te reconstrueren

- een aldus gebouwde strategie kan gebruikt worden voor een publicatie (bij reviews moet de zoekstrategie in de publicatie worden opgenomen)

Inperken:

Als de combinatie te veel oplevert, kan de zoekactie ingeperkt worden op één van de onderstaande manieren:

1. .Voeg een extra aspect toe. In een zoekactie met Patiënt en Interventie (uit de PICO) kan bijvoorbeeld een specifieke Outcome (ook weer uit de PICO) toegevoegd worden.

2. .Zoek met Major MeSH terms: veldcode [Majr]. Combineer Major MeSH terms met vrije tekst termen in titel [ti] of titel en samenvatting [tiab] in plaats van [all fields]. Bij het zoeken in [all fields] wordt namelijk ook in de MeSH terms gezocht. Hiermee zou je het effect van [Majr] weer ongedaan maken.

3. Maak gebruik van Clinical Queries op het beginscherm van PubMed of via More Resources in de Advanced Search. Kies altijd voor de Broad, sensitive versie van de Clinical Queries.

4. Maak gebruik van Limits via het linkje boven de zoekbalk. Let op: veel van de limits werken met behulp van informatie, die tegelijk met de MeSH terms toegevoegd wordt aan de referentie. Bij gebruik van limits verlies je de referenties die nog geen MeSH terms hebben.

Page 7: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

7

Uitbreiden:

Als de combinatie te weinig oplevert, controleer dan eerst de volgende punten: - staan er typfoutenin de zoekstrategie? - staan de haakjes op de juiste plek? (term1 OR term2) AND (term3)

-heb je misschien AND gebruikt terwijl het OR had moeten zijn? Is er geen sprake van één van bovenstaande problemen, dan kan de zoekactie uitgebreid worden: 1. Combineer minder aspecten. 2. Gebruik een hogere (minder specifieke)

MeSH term 3. Gebruik (ook) de MeSH terms die toegekend

zijn aan een goed artikel dat je al eerder gevonden had. Zoek dit artikel op met de Single Citation Matcher (zie paragraaf 6) en bekijk in het Display Scherm (in Abstract Format) de MeSH terms. Maak deze zo nodig zichtbaar door ze open te klikken.

4. Gebruik Related articles 5. Zoek met de sneeuwbalmethode in de

referenties van goede artikelen 6. Gebruik eventueel een andere databank (EMBASE, Web of Science etc.)

6. Single Citation Matcher De Single Citation Matcher dient voor het opsporen van een artikel waarvan je titel, auteur en tijdschriftgegevens hebt (bijvoorbeeld afkomstig uit de referentielijst van een publicatie). Invullen van Journal name, Date (alleen het jaar is voldoende), en First page leidt meestal naar het gewenste artikel. De Single Citation Matcher is te vinden op de startpagina van PubMed en in de Advanced search onder More Resources. 7. Opslaan van de zoekgeschiedenis in een Word-document Vaak is het nuttig om een volledige zoekgeschiedenis op te slaan, inclusief de stapsgewijze opbouw en de ‘mislukte’ pogingen. Hiervoor kan de tabel met de Search History opgeslagen worden in een Word-document. Open een leeg Word-document. Ga naar de Advanced search en selecteer de hele tabel

uit de Search History met behulp van de muis. Begin daarvoor linksboven, zoals in het plaatje is aangegeven en scroll naar rechtsonder.

Klik op de rechtermuisknop en kies Copy Plak de tabel in een Word-document. Zo blijft het een tabel met tekst en getallen,

van waaruit ook weer naar PubMed gekopieerd kan worden. Vermeld in het document de datum en eventueel ook andere belangrijke

informatie. Dit kan de basis zijn van een soort logboek waarin gedetailleerd vastgelegd wordt hoe er gezocht is.

Page 8: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

8. Bewaren, exporteren en printen van referenties Referenties kunnen apart gezet worden op het Clipboard, verstuurd per e-mail of opgeslagen in een tekstbestand. Deze functies zijn te vinden in het Display Scherm onder de zoekbalk in het menu onder Send to. Om gebruik te maken van het Clipboard, kies je in het Display Scherm in het menu onder Send to voor Clipboard. Als je referenties uit een set geselecteerd (aangevinkt) hebt, werkt Send to Clipboard op de geselecteerde referenties. Heb je geen referenties geselecteerd, dan wordt met Send to Clipboard de hele set (van maximaal 500 referenties) op het Clipboard gezet. Als er referenties op het clipboard geplaatst zijn, is dit te zien boven in het referentiescherm.

Om naar het Clipboard te gaan, klik je op het clipboard icoontje. Dit staat in het referentiescherm rechts onder de zoekbalk. Het Clipboard verschijnt ook als #0 onder in de zoekgeschiedenis. Onder Send to kun je ook kiezen voor E-mail om referenties te mailen of File om referenties op te slaan in een tekstbestand. Je kunt vervolgens kiezen voor het juiste format en de juiste volgorde. Voor het importeren van referenties in Reference Manager is het MEDLINE-format noodzakelijk. Om referenties (van het Clipboard of uit een andere set) af te drukken, kies je onder Send to voor File. Klik daarna op Create file en open het bestand. In het kladblok van Office kies je onder File voor Print. 9. MyNCBI Via My NCBI kun je:

Eén of meerdere zoekacties opslaan Attenderingen instellen 'Filters' instellen zodat bepaalde categorieën artikelen makkelijker herkenbaar

zijn

8

Zoekwoorden markeren met een kleurtje Alles wat je doet laten opslaan (inloggen vóór het

zoeken)

Page 9: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

9

de Autosuggest functie van PubMed uitzetten Voor deze mogelijkheden is een gratis registratie nodig. Registreren en inloggen gaan via MyNCBI rechtsboven in ieder scherm van PubMed.

Page 10: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

Deel 2: Practicum In dit practicum wordt stapsgewijs een zoekactie opgebouwd. Het is van belang om goed te lezen en de aanwijzingen nauwkeurig op te volgen. Opdrachten worden voorafgegaan door een pijltje

Commando's, functies etc worden aangeduid met cursieve tekst. Woorden aangeduid met cursief en vet moeten precies overgenomen worden. Let daarbij op typfouten! Tip : In de kaders staan extra achtergrondinformatie en tips. Waar gevraagd wordt om een Searchnummer of een aantal op te schrijven, dit graag doen. Searchnummers kunnen in een volgende vraag opnieuw nodig zijn. Door ze op te schrijven zijn ze makkelijker terug te vinden. Zoals in de Handleiding PubMed wordt uitgelegd, is het belangrijk om vóór het zoeken een goede zoekvraag te formuleren. Dat kan bijvoorbeeld in de vorm van een PICO. De vraag voor dit practicum is: “Leidt een hoge blootstelling aan ultraviolet licht tot een verhoogd risico op melanoom?” Geformuleerd als PICO ziet dat er als volgt uit:

Patient: gezonde volwassene Interventie: hoge blootstelling aan ultraviolet licht Comparison: lage blootstelling aan ultraviolet licht Outcome: melanoom

Ga op www.lumc.nl/walaeus via Databanken en Catalogi naar de Leidse

PubMed. 1. Melanoom We gaan eerst op zoek naar artikelen over melanoom. Dit beschouwen we als het belangrijkste aspect in deze zoekactie. Typ melanoma in de zoekbalk en druk op Enter of klik op Search. Kijk naar het

zoekresultaat. Aantal referenties? ..........

Tip: negeer het pop-up scherm met combinaties van zoektermen. Dit zijn zoektermen van andere gebruikers.

PubMed zoekt niet met de letterlijk ingetypte tekst maar probeert deze te “vertalen” naar naar vrije tekst (woorden uit de tekst van de referentie) en, zo mogelijk, een MeSH term (zie voor uitleg paragraaf 2 van de Handleiding). Er zijn drie manieren om na te gaan hoe een zoekterm vertaald is: 1 Klik op Advanced Search rechts boven de zoekbalk. In het Advanced Search

scherm is rechts boven de zoekbalk een link naar het Details scherm van de laatst uitgevoerde zoekactie beschikbaar. Klik hierop en kijk in het scherm hoe deze vertaald is.

10

Page 11: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

11

2 De Details zijn ook beschikbaar door in het Advanced Search scherm te klikken op het nummer van de zoekset. Kies in het uitrolmenu de optie Details.

3 Een andere manier is via het Display scherm. Hier staat aan de rechter zijkant

een schermpje met de Search details. (Tijdelijk is het details schermpje standaard beschikbaar in het resultatenscherm, later kan dit ingesteld worden als optie via MyNCBI)

Werd er een geschikte MeSH Term voor melanoom in de zoekactie betrokken? ja/nee 2. Ultraviolet licht We gaan nu op zoek naar artikelen over ultraviolet licht. Dit is de Interventie uit de PICO. Leeg de zoekbalk met Clear, typ ultraviolet, en druk op Search.

Aantal referenties? .......... Kijk via Search Details hoe PubMed de zoekactie heeft vertaald.

Werd er een geschikte MeSH Term in de zoekactie betrokken? ja/nee Als PubMed niet heeft gemapt naar een MeSH-term, ga je naar de MeSH database om een geschikte MeSH-term te zoeken. Er zijn er drie mogelijkheden om naar de MeSH database te gaan: 1. Ga naar het Advanced Search scherm. Scroll hier naar beneden tot aan More

resources en klik op MeSH. 2. Klik op het PubMed icoon links boven in het scherm. Je komt nu op de

beginpagina van PubMed. Hier staat rechts onder More Resources een linkje naar de MeSH Database.

3. Ga naar het uittrekmenu direct boven de zoekbalk en verander hier PubMed in MeSH (ongeveer halverwege de lijst). Klik op Search.

Tip : Het is belangrijk dat er in elke zoekstrategie één of meer MeSH Terms betrokken worden. Als PubMed zelf geen geschikte MeSH Term vindt (controleren via Details), zoek dan in de MeSH database of er geschikte MeSH terms zijn. Meer informatie over MeSH terms en de MeSH-database staat in de handleiding (paragraaf 2).

Typ in de zoekbalk van de MeSH database ultraviolet en druk op Enter. De

eerste 20 MeSH Terms en Substance Names die iets met uv te maken hebben worden getoond. Uit de lijst kies je de juiste term. Hier is dat Ultraviolet Rays.

Page 12: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

Door op deze term te klikken krijg je meer informatie: de definitie van de term, de invoeringsdatum van de term indien dat relevant is, de Entry terms (synoniemen), eventueel Related MeSH-terms en de plaats van de term in de hiërarchie van de MeSH tree. (Er staan ook subheadings, deze laten we in dit practicum buiten beschouwing).

Hoeveel synoniemen van ultraviolet rays staan hier? ... In hoeveel takken van de MeSH-tree staat Ultraviolet Rays? .... Om een zoekactie te doen met deze MeSH

term klik je op Add to search builder De zoekterm verschijnt nu in het schermpje Om zoveel mogelijk synoniemen in de

zoekactie te betrekken, typ je achter de MeSH term in dit zelfde schermpje nog OR ultraviolet[all fields] OR uv[all fields] Let op: typ deze tekst heel nauwkeurig over: voor en na OR komt wel een spatie, tussen een zoekterm en de veldcode [all fields] komt geen spatie.

Tip: Een referentie in PubMed bestaat uit verschillende onderdelen; velden genaamd. Zo is er een veld met de titel van het artikel, een veld met de naam van het tijdschrift, een veld met de MeSH terms die aan de referentie gekoppeld zijn etc. Met de veldcode (Eng.: field code) geef je aan in welk onderdeel van de referentie PubMed moet zoeken naar het voorkomen van de betreffende zoekterm. Voorbeelden: [Mesh] zoek in het veld met MeSH terms [All fields] zoek in alle velden [Tiab] zoek in de velden met de titel en het abstract [Ti] zoek in het veld met de titel [Journal] zoek in het veld met de naam van het tijdschrift Klik dan op Search PubMed. Terug in het PubMed-scherm is de zoekactie al

uitgevoerd. Aantal referenties? ……….

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

12

Page 13: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

13

2a. Zonnebaden Blootstelling aan ultraviolet licht vindt plaats tijdens zonnebaden. In deze zoekactie is zonnebaden dus te beschouwen als synoniem voor ultraviolet licht. We voegen daarom termen voor zonnebaden toe aan de zoekactie. Ga naar de MeSH database en typ sunbathing in de zoekbalk. Aangezien er

maar één mogelijk geschikte term is, kom je meteen in de omschrijving van de term.

Sinds wanneer is deze MeSH term in gebruik?... Welke termen werden voorheen gebruikt?... Om een zoekactie te doen met deze MeSH term klik je op Add to search

builder De zoekterm verschijnt nu in het schermpje Typ achter de MeSH term OR sunbathing[all fields] Klik dan op Search PubMed. Terug in het PubMed-scherm is de zoekactie al

uitgevoerd. Aantal referenties? ……….

Tip: De MeSH database wordt jaarlijks aangepast aan nieuwe ontwikkelingen. Dat betekent onder andere dat er nieuwe MeSH terms aan de database toegevoegd worden. Met een nieuwe MeSH term vind je referenties vanaf de datum waarop de MeSH term is geïntroduceerd. Als je oudere referenties over het onderwerp wilt vinden, zijn er twee mogelijkheden: -Eventuele eerder gebruikte MeSH term(s) toevoegen -Vrije tekst toevoegen 2b (facultatief). MeSH database: do not explode Zonlicht bevat UV-straling. Daarom is het in deze zoekactie op te vatten als een synoniem voor ultraviolet licht. Je gaat uitzoeken of je zoekresultaat groter wordt als je de zoekstrategie uitbreidt met zonlicht-termen.

Typ in de zoekbalk (van PubMed) sunlight en klik op Enter. Aantal referenties? ......... Werd er een geschikte MeSH Term in de zoekactie betrokken? ja / nee

Je vond een geschikte MeSH Term voor zonlicht. Toch ga je nog naar de MeSH Database, om meer informatie over deze MeSH Term te vinden.

Ga naar de MeSH Database. Typ sunlight in de zoekbalk en ga zo naar de

MeSH Term. Onder in het scherm zie je de tak van de MeSH tree waarin Sunlight staat.

Je ziet dat de MeSH term Sunlight is onderverdeeld in Infrared Rays en Ultraviolet Rays. Met de MeSH term Ultraviolet Rays heb je al gezocht. Je bent voor deze zoekactie niet geïnteresseerd in Infrared Rays, dus wil je alleen met de term Sunlight zoeken, zonder de onderliggende termen.

Page 14: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

14

Tip: PubMed neemt standaard ook de eventuele onderverdelingen van een MeSH term mee. Zoeken met de MeSH term Sunlight betekent dat je ook zoekt met de termen Ultraviolet Rays en Infrared Rays. Het is mogelijk om alleen te zoeken met de MeSH term zelf, zonder onderverdelingen. Dit gaat met de functie Do not explode. (In de omschrijving achter het vakje staat Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy.) In andere databanken wordt juist standaard zónder de onderliggende termen van een trefwoord gezocht en is het meenemen ervan een optie (zie de handleidingen van deze databanken).

Vink het vakje vóór Sunlight aan en vink (direct boven de 'boom') het vakje aan

bij Do not include MeSH terms found below this term in the MeSH hierarchy. Klik op Add to search builder

Typ in dit scherm achter de MeSH term nog OR sunlight[tiab] en klik daarna op Search PubMed. Aantal referenties? ..........

Tip: Als je zoekt met een MeSH term zonder de bijbehorende onderverdeling, moet je voor de vrije tekst kiezen voor de veldcodes [ti] (titel) of [tiab] (titel en samenvatting). Bij het zoeken in [all fields] wordt namelijk ook weer in de MeSH terms gezocht. Hiermee zou je het effect van Do not explode weer ongedaan maken. 3. Combineren van verschillende termen voor één aspect De volgende stap in het zoekproces bestaat uit het combineren van de searches. Dit doe je in de Search History. Tussen searches kun je verschillende combinaties maken: AND, OR en NOT.

#1 AND #2 #1 OR #2 #1 NOT #2 Klik op Advanced Search om de Search History zichtbaar te maken. Bekijk de uitgevoerde zoekacties. Als het goed is zijn het er 5.

Tip: De setnummers zijn in dit scherm niet doorlopend genummerd omdat PubMed de zoekacties in de MeSH database (en in andere PubMed databanken) doornummert. Je maakt nu één search waarin de termen voor ultraviolet en zonnebaden gecombineerd worden. Maak de zoekbalk leeg (bijvoorbeeld met behulp van Clear). Klik nu op: - het searchnummer van de search met de MeSH term Ultraviolet Rays en de

bijbehorende vrije tekst termen (waarschijnlijk is dit #5) > Options > OR

Page 15: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

15

- het searchnummer van de search met MeSH en vrije tekst sunbathing (waarschijnlijk is dit #7) > Options > OR

Op de zoekbalk staat nu zoiets als (#5) OR #7 Druk daarna op Enter of op Search.

Aantal referenties? .......... Noteer het nummer van deze laatste search om deze verderop in de instructie

weer te kunnen gebruiken. Search: # ... Tip: Neem andere searchnummers als jouw zoekactie andere searchnummers heeft. Het gaat erom dat je de synoniemen voor één begrip met elkaar combineert om zoveel mogelijk artikelen te vinden. Je kunt ook zelf de combinatie typen. Bijvoorbeeld #2 OR #4 - Gebruik je eigen searchnummers als die afwijkend zijn - Plaats een # voor de searchnummers - Plaats een spatie voor en achter OR - druk daarna op Enter. Wie de zoekstrategieën in een Word document heeft gebouwd, kan de afzonderlijke strategieën voor UV, zonnebaden en zonlicht combineren door van elke strategie een kopie te maken en deze te koppelen door er OR tussen te typen. Zo ontstaat een uitgebreide zoekstrategie voor één aspect van de PICO. 3a (facultatief, alleen voor wie 2b deed) Maak de zoekstrategie voor het aspect “blootstelling aan UV” nog groter door

ook de zoekstrategie met de “Sunlight” termen eraan toe te voegen.

Tip: Als de zoekgeschiedenis langer wordt, zijn alleen nog de laatste searches zichtbaar. Door op More History te klikken, kun je de hele zoekgeschiedenis weer zichtbaar maken. 4. Combineren van verschillende aspecten We hebben nu strategieën voor verschillende aspecten:

- melanoom - blootstelling aan ultraviolet licht; hiervoor hebben we drie verschillende

strategieën gemaakt. -ultraviolet licht -ultraviolet licht OR zonnebaden -eventueel ultraviolet licht OR zonnebaden OR zonlicht We gaan deze combineren zodat we artikelen vinden die gaan over zowel melanoom als blootstelling aan zonlicht. We proberen eerst de combinatie van melanoom en ultraviolet licht. Combineer de search uit opdracht 1 met de search uit opdracht 2.

Welke Booleaanse operator gebruik je, AND of OR? ....... Aantal referenties? ..........

Page 16: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

16

Probeer nu de combinatie melanoom AND (ultraviolet licht OR zonnebaden) Combineer de search uit opdracht 1 met de search uit opdracht 3.

Aantal referenties? .......... Geeft deze combinatie meer of minder referenties dan melanoma met alleen ultra violet licht? meer/ minder Noteer het nummer van deze search. Search: # ...

Facultatief: Wie 3a gedaan heeft kan ook nog de combinatie melanoom AND (ultraviolet licht OR zonnebaden OR sunlight) uitproberen.

Aantal referenties? .......... 5 Controleren van het effect van een wijziging van een zoekstrategie Je wilt weten of het toevoegen van zonnebaden als synoniem nuttige referenties heeft opgeleverd en daarom kijk je naar de referenties die wel gevonden werden met de laatste strategie, maar niet met de voorlaatste. Hiervoor maak je een combinatie met NOT. Maak de zoekbalk leeg Klik op het searchnummer van de search betreffende melanoma AND (ultraviolet

licht OR zonnebaden Kies Options > NOT. Klik op het searchnummer van de search betreffende melanoma en ultraviolet

licht. Kies Options > NOT. Druk daarna op Enter.

Aantal referenties? .......... Tip: de operator NOT is te gebruiken om te kijken wat het effect is van een verandering in je zoekstrategie op de gevonden referenties. Maak geen gebruik van NOT om je zoekresultaat specifieker te maken. Het lijkt een goed middel om ongewenste artikelen uit het zoekresultaat te halen. Het heeft echter vaak ongewenste effecten. Een voorbeeld: bij het zoeken naar ‘sunlight NOT infrared rays’, zouden ook artikelen die zowel over ‘infrared rays’ als over ‘sunlight’ gaan, uitgesloten worden. 6. Weergave van de referenties Tip: De referenties worden standaard in porties van 20 op het scherm gezet, in het Summary-format. Je kunt zelf een ander format of andere aantallen kiezen. In het Abstract format kun je nagaan welke MeSH terms er aan een referentie toegevoegd zijn. Roep de referenties op van de search die je noteerde bij opdracht 4. Klik op de link Display settings en kies onder Format de optie Abstract (kies niet

voor Abstract: text). Klik op Apply

Page 17: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

17

Je krijgt de eerste 20 referenties in het Abstract-format, met - als ze al toegekend zijn - de MeSH Terms. Waarschijnlijk hebben de nieuwste referenties nog geen MeSH Terms. Ze hebben de aanduiding [PubMed - in Process] of [PubMed - as supplied by publisher]. Je sorteert de artikelen nu op auteur om te zien hoe geïndexeerde artikelen weergegeven worden: Verander (met behulp van Display Settings) de volgorde waarin de referenties

worden weergegeven van Recently Added in First Author. Laat de weergave op Abstract staan. De meeste artikelen zullen nu de aanduiding Indexed for Medline hebben.

Klik op de link met Publication Types, MeSH Terms. Bekijk de MeSH Terms van de artikelen. Let speciaal op MeSH Terms betreffende UV, zonnebaden, zonlicht en melanoma.

7. Inperken van het aantal treffers met [Majr] en [ti] De zoekactie heeft veel referenties opgeleverd. We willen dit aantal terugbrengen en alleen artikelen overhouden waarin melanoom een belangrijk onderwerp is. Op deze manier wordt de specificiteit van de zoekactie verhoogd maar de sensitiviteit wordt lager. Tip: PubMed maakt onderscheid tussen gewone trefwoorden, MeSH Terms, en belangrijke trefwoorden, Major MeSH Terms. Deze hebben in het Details-scherm de aanduiding [Majr] in plaats van [MeSH]. In de lijst met MeSH terms bij de referenties zijn ze voorzien van een asterisk (*). Als je zoekt naar Major MeSH terms, moet je voor de vrije tekst kiezen voor de veldcodes [ti] (titel) of [tiab] (titel en samenvatting). Bij het zoeken in [all fields] wordt namelijk ook in de “gewone” MeSH terms gezocht. Hiermee zou je het effect van zoeken met Major MeSH terms weer ongedaan maken. Ga naar de MeSH Database, typ daar in de zoekbalk melanoma en klik op Go. Klik in het volgende scherm op de MeSH Term Melanoma, en vink in het dan

verkregen scherm de vakjes aan voor Melanoma en voor Restrict Search to Major Topic headings only.

Klik vervolgens in het uitklapmenu onder Send to op Search Box with AND. Typ hierachter OR melanoma[ti] en klik daarna op Search PubMed, waarna je terugkomt in het PubMed-scherm. Daar is de zoekactie al uitgevoerd; in het zoekvenster staat: "Melanoma"[Majr] OR melanoma[ti]. Aantal referenties? ..........

Ga naar de Search History. Maak de combinatie van de nieuwe melanoma

search en de search van opdracht 3 (met ultraviolet licht en zonnebaden). Aantal referenties? ..........

Page 18: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

18

Is dit aantal groter of kleiner dan het aantal referenties van de search die je noteerde bij opdracht 4? groter / kleiner

Tip: Wie de zoekstrategie in een Word document heeft staan, kan als volgt heel snel de zoekstrategie aanpassen: Selecteer de zoekstrategie Maak een kopie Selecteer de kopie Kies in Word Edit>Replace Typ achter Find MeSH Typ achter Replace with Majr Klik op Replace All maar laat niet de rest van het document doorzoeken Typ achter Find All Fields Typ achter Replace with Tiab (of Ti) Klik weer op Replace all maar laat niet de rest van het document doorzoeken Klik op Close Kopiëer de nieuwe strategie naar de zoekbalk van PubMed en test hem uit.

8. Inperken met behulp van Limits Tip: Het gebruik van Limits is een andere manier om het zoekresultaat in te perken. Het nadeel hiervan is dat veel van de Limits werken met behulp van informatie die tegelijk met de MeSH terms toegevoegd wordt aan de referentie. Dat betekent dat bij het gebruik van die Limits de meest recente referenties, die nog geen MeSH terms hebben, gemist worden. Alleen referenties met de aanduiding [PubMed- indexed for Medline] worden nog gevonden. Verschillende Limits kunnen tegelijk toegepast worden. Deze kunnen in één keer ingesteld worden of na elkaar.

Je gaat nu de uitgebreide search met melanoma en alle begrippen voor zonlicht inperken via Limits. Klik boven de zoekbalk op Limits. Ga naar Languages Vink de vakjes aan voor English en (onder More Languages) Dutch. Typ het nummer van de search die je noteerde bij opdracht 4 (inclusief het #) in

de zoekbalk. (Dus niet de search van opdracht 6). Klik op Search (onder de Limits of naast de zoekbalk)

Aantal referenties? .......... Zijn er referenties bij die nog niet geïndexeerd zijn? (en die dus de aanduiding

PubMed- in process of PubMed- as supplied by publisher hebben) ja/nee

In het Display Scherm staat nu deze waarschuwing:

Ga terug naar de Limits. Laat de inperking op talen staan.

Page 19: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

19

Vink bij de optie Ages het vakje aan voor All Adult: 19+ years en klik op Search. Aantal referenties? .......... Zie je nu nog referenties die nog niet geïndexeerd zijn? ja/nee

Tip: Het aanpassen of verwijderen van Limits kan via het blad met de Limits maar ook door in het resultatenscherm bij de waarschuwing Limits Activated te klikken op Change of Remove 9. Inperken op auteur Je keert terug naar de search van opdracht 4 en gaat die inperken op auteur, en wel op de auteur B. Armstrong Verwijder alle Limits Ga naar het Advanced Search scherm

Boven de Search History staat de Search Builder. Kies in het uitklapmenu voor de optie Author Type in het zoekveld van de Search Builder armstrong b en klik daarna op Add

to Search box with AND Voeg aan de zoekbalk de search van opdracht 4 toe met AND

In de zoekbalk staat nu (Armstrong B[Auth]) AND gevolgd door de laatste zoekactie. Aantal referenties? .......... Tip: PubMed zoekt bij intikken van een naam met één voorletter ook op namen met meer voorletters, waarbij de gevraagde voorletter de eerste is. Bekijk de referenties. Daarin staat in de meeste gevallen de auteur Armstrong BK vermeld. Stel dat Armstrong BK een andere persoon is dan Armstrong B, dan zou je graag willen zoeken op een auteur met maar één voorletter. Dat kan op de volgende manier: Verwijder (armstrong b[Auth]) AND van de zoekbalk, zodat alleen het

searchnummer van opdracht 4 overblijft. Voer daarna het bovenstaande nogmaals uit, maar nu met de auteursnaam

armstrong b@ Aantal referenties? ...........

10. Inperken op tijdschrift Je wilt van het resultaat van opdracht 4 alleen artikelen die overhouden die verschenen zijn in het tijdschrift Br J Dermatol. Ga terug naar de search van opdracht 4. Kies in het uitklapmenu van de Search Builder voor Journal.

Page 20: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

20

Typ in de zoekbalk achter Journal british en kies uit het pop-up scherm het juiste tijdschrift.

Klik daarna op Send to Search box with AND Typ het nummer van de search van opdracht 4 er weer achter met de operator

AND Aantal referenties? ..........

11. Linken naar fulltext artikelen Klik in het Display scherm op de titel van een recente referentie uit de nieuwste

search. Als het goed is zie je de aangeklikte referentie in het Abstract-format, met helemaal rechts bovenaan het Leiden SFX-icoon.

Tip: Het Leiden SFX-icoon staat bij alle referenties in het Abstract-format. Aanklikken van deze icoon leidt naar het SFX-venster. Hierin staat informatie over de beschikbaarheid. Als eerste staat er een mededeling over het al of niet beschikbaar zijn van de digitale fulltext. Het oproepen van fulltext werkt vanaf LUMC- en Universiteit Leiden computers en via de Digitale Bibliotheek ook op alle andere computers. Voor de Digitale Bibliotheek is een ULCN-account nodig. Dit kan aangevraagd worden bij de Walaeus Bibliotheek. Als tweede is er de mogelijkheid om na te gaan of het tijdschrift op papier aanwezig is in het LUMC of in één van de bibliotheken van de Universiteit Leiden. Als je het Leiden SFX-icoon NIET ziet, ben je waarschijnlijk niet via de speciale Leidse PubMed-URL in PubMed gekomen. De URL van deze site is: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=leiden De Leidse PubMed is ook te bereiken via de homepage van de Walaeus Bibliotheek (www.lumc.nl/walaeus) > Databanken/catalogi > PubMed Klik op het Leiden SFX-icoon. Je krijgt dan het SFX-venster te zien, met bovenin

de mededeling: Fulltext available via … gevolgd door de naam van een uitgever.

Klikken op de bovenste Go leidt naar de pagina van het tijdschrift. Meestal is hier

de optie PDF te kiezen. Daarmee bereik je de PDF-versie van het artikel, die er hetzelfde uit ziet als het gedrukte artikel.

Sluit de tijdschrift- en de SFX-pagina.

Page 21: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

21

Klik op een referentie van het Br J Dermatol uit 1992 of ouder. Klik op het Leiden SFX-icoon. Dit artikel is niet fulltext beschikbaar.

Is het artikel gedrukt aanwezig in de Walaeus Bibliotheek? Om deze vraag te beantwoorden klik je op Check availability in Catalogus Universiteit Leiden. Je gaat zo naar de Catalogus, waar al gezocht is naar dit tijdschrift.

Klik in het verkregen scherm (achter de beschrijving van het gedrukte tijdschrift) op Beschikbaarheid, en bekijk de beschikbare jaren in de diverse Leidse bibliotheeklocaties. Het gedrukte artikel is wel / niet aanwezig in de Walaeus Bibliotheek.

12. Gebruik van het Clipboard Roep vanuit de Search History een willekeurige search op door op het aantal

referenties te klikken. Vink bij 5 referenties het vierkantje ervoor aan Kies in het uitklapmenu onder Send to (boven in het scherm) voor Clipboard. Je

krijgt de mededeling dat 5 items op het Clipboard zijn geplaatst. De referenties op het Clipboard kun je sorteren, afdrukken of downloaden. Als je referenties uit een set geselecteerd (aangevinkt) hebt, werkt Send to Clipboard op de geselecteerde referenties. Heb je geen referenties geselecteerd, dan worden met Send to Clipboard alle referenties uit deze search (maximaal 500) op het Clipboard gezet. 13. Sorteren van referenties Ga naar de Search History en kies een search waar maximaal 500 referenties uit

kwamen door op het aantal referenties te klikken. Sorteer de referenties op tijdschriftnaam (Journal) via het uitklapmenu onder Display settings (boven in het scherm).

14. Downloaden van referenties Kies in de Search History een search waar 10-50 referenties uit kwamen. Klik op het aantal referenties. Kies in het Display Scherm onder Send to voor File Kies nu het gewenste Format. Voor opslag in een programma als Reference

Manager is MEDLINE het juiste format. Klik vervolgens op Create file. Klik op Save.

N.B. In dit practicum slaan we niet echt op. Bij het echte opslaan zou je vervolgens een opslagplaats en een bestandsnaam kiezen.

15. E-mailen van referenties Kies in de Search History een search waar 10-50 referenties uit kwamen. Klik op het aantal referenties. Klik in het uitklapmenu onder Send to op E-mail.

Page 22: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

22

Stel Format en Sort by in, en kies begin- en eindreferentie (een getal groter dan of gelijk aan het gewenste aantal referenties) en voeg eventueel een titel toe.

Vul je E-mailadres in en druk daarna op Mail. 15. Afdrukken van referenties Om referenties af te drukken moeten deze worden opgeslagen in een file. Deze file is een eenvoudig tekstbestand op het kladblok van Windows en kan van daaraf geprint worden. Ook kan de tekst gekopieerd worden naar een Word-bestand om de lay-out aan te passen. 16. Single citation matcher Tip: De Single Citation Matcher dient voor het opsporen van een artikel waarvan je een referentie hebt (bijvoorbeeld afkomstig uit de referentielijst van een publicatie). Je kunt hiermee ook zoeken naar de volledige referentie als je een deel van de informatie hebt, bijvoorbeeld alleen titel, tijdschrift en jaar van publicatie. Je zoekt het artikel van D.L. Davis, getiteld International trends in cancer mortality in France, West Germany, Italy, Japan, England and Wales, and the USA, in de Lancet. 1990 Aug 25;336(8713), pagina's 474-81. Ga naar de Single Citation Matcher onder More Resources in de Advanced

search of onder PubMed Tools in het beginscherm van PubMed. Typ in het Date-veld 1990, in het Volume-veld 336, en in het First page-veld 474, en klik op Go. Hoeveel referenties vind je? ...............

17. (facultatief) My NCBI Via My NCBI kun je: - Filters instellen om snel bepaalde soorten artikelen uit je zoekactie te halen (bijvoorbeeld reviews, artikelen met samenvatting) - Specifieke zoekacties opslaan - Attenderingen instellen - Zoekwoorden markeren met een kleurtje - De autosuggest functie van PubMed uitschakelen Voor deze mogelijkheden is een gratis registratie nodig. 17a Registreren Terwijl je ingelogd bent in My NCBI slaat PubMed al je zoekacties op. Deze worden gedurende een half jaar bewaard. Klik op Register onder My NCBI rechts boven in het

PubMed-scherm. Vul het registratievenster in en klik op Register. Klik boven in het scherm op PubMed. Je komt in het PubMed-beginscherm. Klik op History. Je zoekgeschiedenis is er nog.

Page 23: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

23

17b Filters instellen Ga naar een resultatenscherm en klik daar op

Manage Filters Ga naar het tabblad Frequently Requested

Filters. Maak een keuze uit de opties (maximaal 15)

Hierdoor krijg je subaantallen in het lijstje onder Filter your results in het Display-scherm. 17c Zoekstrategie opslaan Ga naar de Search History. Klik op het searchnummer van de search uit opdracht 4, en daarna op Save in

My NCBI. Je komt in het Save Search Venster, waar bovenin je zoekactie staat. Daaronder staat: Name of search.

Verwijder wat daar staat en typ melanoma De search wordt nu bewaard (alleen deze specifieke search, de andere searches gaan verloren).

17d Het instellen van een attendering Om een attendering in te stellen, sla je de gewenste search op in My NCBI, zoals beschreven bij 19c. Doe nu het volgende: Vink bij de vraag of je e-mail-updates wilt Yes aan. Je krijgt een groter Save Search Venster, waarin je o.a. de e-mail-frequentie kunt

aangeven. Klik tenslotte op OK.

De ingevoerde zoekactie levert waarschijnlijk niet elke dag referenties op. Je kunt als proef een andere attendering inzetten, op de zoekterm liver. Deze levert vrijwel elke dag referenties op, zodat je snel resultaat ziet van je attendering. De attendering is te stoppen of te verwijderen via My Saved Data. 17e Zoekwoorden markeren In My NCBI is een mogelijkheid om zoekwoorden te markeren met een kleur. Klik op Preferences. Bij de optie Highlighting kan dit ingesteld worden. De

woorden uit je zoekstrategie lichten dan op in de gekozen kleur. Tip: MeSH terms die een onderverdeling zijn van een MeSH term waarop je zocht, worden niet herkend en krijgen dus ook geen kleurtje. Ook bij gecombineerde searches, bijvoorbeeld (#1 AND #4) werkt het aankleuren niet. 18. Opslaan van de zoekgeschiedenis in een Word-document Vaak is het nuttig om een volledige zoekgeschiedenis op te slaan, inclusief de stapsgewijze opbouw en de ‘mislukte’ pogingen. Bijvoorbeeld om met anderen (begeleiders, informatiespecialist van de Walaeus Bibliotheek) te overleggen. Hiervoor kan de tabel met de zoekgeschiedenis van het History tabblad opgeslagen worden in een Word-document.

Page 24: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

24

Open een leeg Word-document. Ga naar de Search history en selecteer de hele tabel met

behulp van de muis. Begin daarvoor linksboven, zoals in het plaatje is aangegeven, en scroll naar rechtsonder.

Klik op de rechtermuisknop en kies Copy Plak de tabel in een Word-document. Zo blijft het een tabel

met tekst en getallen, van waaruit ook weer naar PubMed gekopieerd kan worden.

Vermeld in het document de datum en eventueel andere belangrijke informatie. Dit kan de basis zijn van een soort logboek waarin je gedetailleerd vastlegt hoe je gezocht hebt.

Een andere mogelijkheid om de zoekstrategie op te slaan is het kopiëren van de zoektermen naar het Word-document. Het voordeel daarvan is dat je de zoekstrategie eventueel ook in het Word-document kunt aanpassen. Het veranderen van veldcodes gaat bijvoorbeeld heel makkelijk, net als het toevoegen of verwijderen van vrije tekst termen. Het kopiëren van de zoektermen kan in het schermpje in de MeSH database, direct na het toevoegen van vrije tekst aan de MeSH term. Het kan ook in de History-tabel. In plaats van de hele tabel, selecteer je de tekst van de gewenste search.

In het Word-document verzamel je alle termen die met één aspect te maken hebben door ze te verbinden met OR. Je begint en eindigt deze rij met een haakje. Test de strategie door deze naar de zoekbalk van PubMed te kopiëren en op Search te klikken. Als het goed is, krijg je hetzelfde aantal als bij het combineren van zoekacties binnen PubMed. ("Melanoma"[Mesh] OR melanoma[all fields]) Vervolgens herhaal je dit voor het andere aspect. ("Ultraviolet Rays"[Mesh] OR ultraviolet[all fields] OR uv[all fields] OR "Sunbathing"[MeSH] OR sunbathing[all fields]) Ten slotte kopieer je de beide delen en voegt ze aan elkaar door er AND tussen te zetten. Test ook nu weer of de strategie goed werkt en noteer het aantal en de datum erbij. ("Melanoma"[Mesh] OR melanoma[all fields]) AND ("Ultraviolet Rays"[Mesh] OR ultraviolet[all fields] OR uv[all fields] OR "Sunbathing"[MeSH] OR sunbathing[all fields]) 2452 op 11 november 2009

Page 25: Instructie PubMed voor medewerkers - Home | LUMC · 2014. 6. 30. · MeSH Terms (Medical Subject Headings) zijn vaste trefwoorden die door indexeerders aan de PubMed-referenties worden

PubMed Instructie

© Walaeus Bibliotheek februari 2011

25

Search Most Recent Queries Time Result

#20 Search ("The British journal of dermatology"[Journal]) AND (#9) 04:40:59 72

#19 Search (armstrong b@[Author]) AND (#9) 04:40:15 1

#18 Search (armstrong b[Author]) AND (#9) 04:39:46 15

#17 Search #9 04:36:30 2490

#16 Search #9 Limits: English, Dutch, All Adult: 19+ years 04:36:30 618

#15 Search #9 Limits: English, Dutch 04:35:26 2295

#14 Search #13 AND #6 04:33:33 1367

#13 Search "Melanoma"[Majr] OR melanoma[ti] 04:31:48 49219

#12 Search #11 NOT #9 04:10:09 707

#11 Search #1 AND #7 04:07:41 3197

#10 Search (#9) NOT #8 04:04:07 38

#9 Search #1 AND #6 04:02:31 2490

#8 Search #1 AND #3 04:02:00 2452

#7 Search #3 OR #4 OR #5 04:00:20 165601

#6 Search #3 OR #4 03:59:52 156825

#5 Search "Sunlight"[Mesh:NoExp] OR sunlight[tiab] 03:58:42 12814

#4 Search "Sunbathing"[Mesh] OR sunbathing[all fields] 03:57:49 307

#3 Search "Ultraviolet Rays"[Mesh] OR ultraviolet[all fields] OR uv[all fields]

03:56:33 156678

#2 Search ultraviolet 03:55:40 118215

#1 Search melanoma 03:55:29 74768