R10-401 · Web viewDe meeste pottomaten hebben geen I2 geen. Alleen Husky Red heeft het I2 gen....

Methodiekenonderzoek 2017 – EINDRAPPORTAGE Executive Summary

Inhoudsopgave

R15-427 Database meloen (verwijderd volgens afspraak) 1R16-406 / R17-413 Harmores 3 1R17-401 Ontwikkeling inoculatietoets essentaksterfte 2R17-402 Schietbegin IJssla 3R17-403 Merkers als voorspeller DUS-kenmerken 4R17-404 Resistentie pottomaten tegen Fusarium 5R17-405 Pseudomonas resistentie tomaat (teruggetrokken) 7R17-406 Boon AFLP follow-up richting UPOV 7R17-407 Demovelden UPOV Technical Working Party Vegetables (TWV) 9R17-408 Harmonisering DUS onderzoek Phalaenopsis tussen Naktuinbouw en TSIPS (Taiwan) 10R17-409 Harmoniseren DUS onderzoek met Japan 2017 11R17-410 Benchmark genotyperingsplatformen 13R17-411 Duurzame DNA-database voor tomaat 14R17-412 Duurzame DNA-database voor roos 16467 Projectcoordinatie 18

Deze rapportage is opgesteld in opdracht van de Raad voor plantenrassen, maar geschiedt onder verantwoordelijkheid van de auteur(s) en vertegenwoordigt niet noodzakelijkerwijs de mening van de Raad.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R15-427 Database meloenDit project is volgens afspraak met de RvP (november 2017) verwijderd uit de rapportage. Begin 2018 heeft het CPVO het project goedgekeurd en een subsidie toegezegd van 77 k€, 60% van de begrote kosten.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R16-406 / R17-413 Harmores 3

2. Algemene conclusieHet project wordt strak geleid vanuit GEVES en ligt op schema. De eerste harmonisatietoetsen zijn uitgevoerd. Voor Fusarium meloen 1.2 en Fusarium tomaat is een geharmoniseerd toetsprotocol opgesteld. Dit project loopt door in 2018

3. Doel van het projectEuropese harmonisatie van resistentieproeven

4. VoortgangIn juli is de rapportage over het eerste projectjaar afgerond door GEVES.

1e voortgangsrapportage (september 2017)

• Workshop Fusarium/ tomaat bij Vilmorin in Nîmes uitgesteld naar 15 November• Een partner is uit het project gestapt (Univ. Olomouc)• Workshop in Angers over tomaat en meloen uitgevoerd• Deelname aan vergadering over planning van het tweede projectjaar• Veldtoets met Echte meeldauw/erwt uitgevoerd• Sequencing van Echte meeldauw/erwt uitgevoerd

Methodiekenonderzoek eindrapportage 2017, versie 14 maart 2018

pag 1 van

• Telefonische vergadering over Echte meeldauw/ erwt • Toets tomaat met nematoden uitgevoerd

2e voortgangsrapportage (februari 2018)

15 november: Workshop bijgewoond over Fusarium race 1.2/ meloen, Zuid-Spanje in Murcia. 30 november: Workshop over Fusarium/ tomaat bijgewoond. Zuid-Frankrijk

o Kleine planten zonder verwelking of vergeling wel/niet beoordelenUitvoering diverse geplande toetsen

PM meloen, race 5 en 3.5 Voorbereiden Mi, en Fom toetsen tijdens workshop

4-8 Juni 2018: Workshop Mi en Fom en jaarvergadering bij NaktuinbouwEchte meeldauw/ meloen, nematoden/ tomaat

5. Geschatte datum afrondingJuni 2019

6. KnelpuntenBij Echte meeldauw in meloen lijken de kosten voor een betrouwbare, geharmoniseerde toetsing erg hoog te worden. De hoge kosten belemmeren een vlotte implementatie van de resultaten.

7. Financiële verantwoordingZie de afzonderlijke overzichtstabel

8. Strategische conclusie De rapportage over 2017 is een tussenrapportage. Europese harmonisatie voor resistentieonderzoek is belangrijk en wordt hiermee goed ondersteund. In het laatste jaar 2018/19 zal GEVES de rapportage van dit project opleveren. Op basis van de uitkomsten van dit project zullen de CPVO-protocollen voor meloen en tomaat aangepast worden. De harmonisatie van resistentietoetsen in meloen en tomaat is hiermee beter gewaarborgd.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-401 Ontwikkeling inoculatietoets essentaksterfte

2. Algemene conclusieNog geen algemene conclusie. Dit tweejarige project loopt door in 2018

3. Project doelOntwikkeling van een inoculatieprotocol voor het toetsen van gevoeligheid voor essentaksterfte bij essen (Fraxinus excelsior).

4. Voortgang in 2017 Er is een literatuur search uitgevoerd naar inoculatiemethoden. Op basis hiervan is een

methode gekozen voor de inoculatie in najaar 2017 (stamwond infectie) Voor het inoculatie experiment in 2017 zijn (handels)klonen gekozen waarvoor al kennis is

over het resistentieniveau op basis van eerdere waarnemingen van natuurlijke infectie en waarvoor voldoende materiaal beschikbaar was. In voorjaar 2017 zijn 1-jarige spillen van Atlas, Westhofs Glorie en Altena gekocht van een boomkweker. Deze planten zijn in een proefopstelling in containers geplaatst bij Plant Research (BBF, Randwijk) voor verdere groei.

Opzetten van een collectie van tien schimmelcultures, die gebruikt kan worden voor inoculatie experimenten. Voor het opkweken en isoleren van de schimmel is samengewerkt met meerdere partijen (Tsjechische collega’s, Plant Research en Westerdijk Fungal Biodiversity Institute). In juni zijn uit 5 verschillende gebieden in Nederland takken verzameld voor isolatie van de schimmel. Hierbij zijn verschillende isolatiemethoden gebruikt. In augustus is opnieuw vers materiaal verzameld, omdat de aanwezigheid van Hymenoscyphus fraxineus tussen de isolaten niet kon worden aangetoond. Daarnaast zijn isolaten uit het Buitenland en uit oude cultures van Plant Research gebruikt om de schimmel op te kweken en inoculum te bereiden.


pag 2 van

De schimmel blijkt langzaam te groeien en is moeilijk te isoleren. Hierdoor zit er veel tijd tussen het verzamelen van isolaten en maken van inoculum.

In oktober 2017 is een stamwondinoculatie uitgevoerd met verschillende isolaten, inclusief controle, op dezelfde stam (repeated measures design).

Een eerste beoordeling van aanwezigheid van bastnecrose heeft plaatsgevonden in najaar 2017. Daarnaast zal in 2018 een destructieve eindwaarneming (meting lesion lengte) plaatsvinden.

Dit jaar heeft een eerste beoordeling van symptomen plaatsgevonden en in het voorjaar van 2018 als de bomen weer in blad staan zal de eindwaarneming plaatsvinden van de eerste inoculatie. Ook zal dan in een subset van de inoculaties gepoogd worden de schimmel te herisoleren of met DNA technieken aan te tonen.

In het 2e jaar van het project (2018) zal een nieuw inoculatie experiment worden ingezet. Ditmaal zullen naast de handelsklonen als referenties, enkele bomen die in de zomer van 2017 zijn verzameld en vermeerderd geïnoculeerd worden. Daarnaast zal in samenwerking met Plant Research en het Westerdijk Instituut een andere inoculatiemethode (blad of bladsteel) getest worden naast stamwondinfectie.

5. KnelpuntenDe schimmel is lastig te isoleren en groeit traag. Hierdoor heeft de inoculatie laat in het seizoen plaatsgevonden. Eindwaarneming van de symptomen vindt dan ook deels in 2018 plaats. De pathogeniteit van de schimmel kan verdwijnen afhankelijk van media waarin de schimmel groeit; samen met partners wordt de beste methode gezocht om de pathogeniteit van de schimmel te behouden.

Van de tien schimmelcultures die zijn opgezet, verwachten we dat er enkele bij zitten die pathogeen blijven en geschikt zijn voor de verdere ontwikkeling van de inoculatiemethode in 2018. Omdat de schimmel lastig is te vermeerderen en in cultuur te houden met behoud van pathogeniteit, was dit jaar het doel een geschikt test isolaat te ontwikkelen en deze te testen in bekende klonen.

6. Geschatte datum van afronding: december 2018Dit project heeft een looptijd van 2 jaar.


8. Strategische conclusieHet onderzoek loopt in 2018 door met een tweede inoculatie experiment. Het is de verwachting dat dit onderzoek een bijdrage zal leveren aan het ontwikkelen van goede screeningsmethode om het tolerantieniveau van essenuitgangsmateriaal voor essentaksterfte vast te stellen.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-402 Schietbegin IJssla

2. Algemene conclusie Methode 1 (insnijden alle kroppen op het moment dat het vroegste ras rijp is) heeft, in

vergelijking tot de huidige waarnemingsmethode, geen meerwaarde bij de bepaling van de onderscheidbaarheid.

Methode 2 (alle kroppen verticaal doorsnijden op het moment dat de standaard voor 9 (zeer laat) schiet) is niet uitgevoerd vanwege het overrijpe stadium van de planten. Over deze methode kan geen conclusie worden getrokken.

3. Doel van het project Met dit project worden twee verschillende, nieuwe, waarnemingsmethodes bekeken om te bepalen of er duidelijker en meer onderscheid kan worden waargenomen op schietbegin tussen sterk gesloten ijsslarassen.


pag 3 van

4. VoortgangProject is uitgevoerd volgens projectplan. Aanbeveling is om methode 2 nog een keer te bekijken, maar dan in een eerder ontwikkelingsstadium. Bijv. als 90% van de rassen rijp zijn.

5. Geschatte datum afrondingProject is afgerond.

6. KnelpuntenVoor methode 2 was bepaalt dat alle kroppen verticaal doorgesneden zouden worden op het moment dat de standaard voor 9 (zeer laat) voor 50% is geschoten. Na het doorsnijden zou de pitlengte gemeten worden. De planten waren helaas al in een zo ver gevorderd ontwikkelingsstadium (overrijp en sommige waren al begonnen met schieten), dat de planten aan het wegrotten waren. Het meten van de pitlengte was hierdoor onmogelijk.


8. Strategische conclusieHet project is afgerond. Om tot een bruikbaar resultaat te komen is er een vervolgonderzoek nodig. Dit zal Naktuinbouw zelf voor haar rekening nemen. Het doel is om het desbetreffende CPVO/nationale protocol op basis van de resultaten aan te passen.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-403 Merkers als voorspeller DUS-kenmerken

2. Algemene conclusieDit project is opgestart en loopt nog door in 2018. Naar verwachting worden er 4 van de 6 onderzochte merkers gevalideerd.

3. Doel van het project1. Validatieprotocol (gebaseerd op kennis die al beschikbaar is voor gezondheidstoetsen) voor Model 1 merkers voor UPOV kenmerken. Inclusief retrospectieve analyse van archiefgegevens / biotoetsen en proeftuingegevens.2. Implementatieprotocol (wat is nodig om een merkers toe te voegen aan DUS-protocollen en richtlijnen van UPOV/CPVO).3. Model 1 merkers voor 4 tot 6 UPOV-kenmerken in 2018.

4. VoortgangPer jaar wordt aan 3 UPOV-kenmerken gewerkt. Er is in 2017 gewerkt aan: Fusarium complex (I/I-1, I-3 en I-7), LMV in sla, Fulvia fulva. De fytopatholoog levert input ten aanzien van de genetische bronnen van de resistenties (literatuur). Een merker is ‘af’ als hij zowel technisch als voorspellend gevalideerd is. Dwz dat de merker altijd hetzelfde resultaat geeft (robuust is) en het resultaat geeft dat verwacht mag worden (in overeenstemming met de biotoets). Dit laatste onderdeel (de voorspellende validatie) wordt uitgevoerd aan 100 rassen die een brede genetische diversiteit vertegenwoordigen.

I/I-1 is wordt niet gevalideerd omdat er naast het inmiddels gekloneerde resistentiegen ook andere factoren een rol lijken te spelen. Daarom wordt niet verder gewerkt aan I/I-1. Dat wil zeggen dat we geen merker krijgen voor rassen met alleen resistentie tegen Fusarium fysio 0. Gelukkig is dit een minderheid van de aanvragen DUS bij Naktuinbouw.

I-3 is technisch gevalideerd, maar er wordt nog gewerkt aan de efficiëntie van het protocol. Daarna volgt de voorspellende validatie. I-3 is een merker die van grote waarde zal zijn bij rassen die resistent zijn tegen Fusarium fysio’s 0, 1 en 2.

I-7, die ook een rol kan spelen bij rassen die resistent zijn tegen Fusarium fysio’s 0, 1 en 2, is een merker met meer allelen dan gedacht. Op korte termijn wordt beslist of we hier mee door moeten gaan. Omdat er nog geen rassen bekend zijn met het I7-gen, is het belang hiervan minder groot voor het DUS onderzoek.

Voor Fulvia fulva in tomaat is gen Cf9 het meest van belang, dit geeft resistentie tegen alle Fulvia fulva groepen. Op hetzelfde locus liggen ook Cf4 en een vatbaarheidsgen. Deze 3 merkers zijn bijna gevalideerd’: er is met 81 rassen voorspellend gevalideerd met het


pag 4 van

verwachte resultaat. Tegelijkertijd zijn ook merkers gevonden voor de combi Cf2/Cf5. Deze moeten nog gevalideerd worden.

Mo-1 geeft resistentie tegen LMV in sla, deze merker is technisch gevalideerd. Echter bij de voorspellende validatie aan 20 rassen gaf 1 ras een onverwacht resultaat. Er wordt nu met het bedrijf gekeken naar een mogelijke oorzaak. Er zouden andere genen in het spel kunnen zijn, of de merker is niet goed. Dit vraagt om een herhaling van de biotoets. Dat is de moeite waard want een merker voor deze ziekte kan DUS-onderzoek versnellen en goedkoper maken doordat de biotoets in veel gevallen kan vervallen.

Begin juni 2018 zijn de resultaten van deze merkers bekend en wordt afhankelijk van tijdsbeslag en budget besloten of er nog aan een andere merker gewerkt gaat worden. In juli 2017 zijn diverse merkers in tomaat geaccepteerd door UPOV (TWV) en vervolgens ook door CPVO (VEM). Formele goedkeuring van UPOV volgt pas in oktober 2018 (vertraging door de gewijzigde UPOV-jaaragenda). Formele goedkeuring van CPVO wordt verwacht in april 2019.

5. Geschatte datum afrondingDecember 2018.

6. KnelpuntenDe start was traag. Met name GEVES biedt weerstand tegen het invoeren van merkers ter vervanging van biotoetsen. Nadat de merkers uit een voorgaand project in UPOV geaccepteerd werden, is dit project van start gegaan.


8. Strategische conclusie Het project wordt in 2018 afgerond met een implementatieprotocol voor UPOV/CPVO en Model 1 merkers voor 4 tot 6 UPOV-kenmerken. Het is dan voor het eerst dat merkers grootschalig worden ingezet voor DUS onderzoek. Het tijdsbeslag is groter dan vooraf ingeschat. Ook is meer inzicht gekregen in de kosten van dit type onderzoek naar DNA-merkers.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-404 Resistentie pottomaten tegen Fusarium

2. Algemene conclusieDe biotoetsen met Fusarium en Verticillium geven resultaten die helpen interpretatie van de waarnemingen. Dit leidt tot aangepaste toetsprotocollen.

3. Doel van het projectOntwikkelen van verplichte resistentietoetsen voor pottomaten

4. Voortgang

Januari-Juli 2017Zaad van een mutant van Microtom is verkregen van de Universiteit van Sao Paulo. Dit zaad is in eigen beheer vermeerderd.

Brassinolid is aangeschaft en getest op werkzaamheid. Behandeling van tabak met 10 ng gaf duidelijk effect. Behandelde planten vertoonden grotere groeikracht. Behandeling van tomaat cv. Microtom gaf geen sterk effect.

November 2017 -Januari 2018Biotoets met Fusarium en BrassinolideBiotoets met Verticillium en BrassinolideMerkertoetsen

Definitie pottomaat.


pag 5 van

In deze proef zitten drie verschillende groepen die doorgaan voor pottomaat: A. zeer langzaam groeiend, vb. to-re-denB. langzaam groeiend, vb. Micro-Tom d en DC. normaal groeiend, vb. Husky Red

Groep A is 1 week eerder gezaaid worden, voor groep B enkele dagen eerder. Groep C is gewoon met tomaten meegezaaid en 11 dagen na zaai geïnoculeerd.

De verlenging van de opkweek lijkt een belangrijk stap in de richting van een goed reproduceerbare toets. Het is daarom belangrijk om de drie groepen te kennen voordat de proef wordt gestart. We kunnen het misschien wel afleiden uit de TQ. Anders moeten we daar nog een aparte vraag van maken en het antwoord in Navision vastleggen. Dit punt moet worden uitgewerkt door gewasdeskundigen.

Fol: 0 toetsingDe toetsing bij hogere sporendichtheid blijkt niet nodig. We kunnen toetsen met de normale hoeveelheid sporen.

De meeste pottomaten hebben het I gen en vertonen de bijbehorende resistentie die vergelijkbaar is met Ranco. Bij hoge sporendruk geeft deze resistentie splitsingen. Dit probleem is niet specifiek voor pottomaat. Het kan niet worden opgelost. Verlenging van de opkweek is wel verstandig voor Groep B en C.

In groep B is Red Robin is een vatbare controle, vergelijkbaar met Moneymaker. Red Robin is tevens het enige ras van pottomaat zonder merker voor I. Planten sterven geheel af. In groep B is Microtom d een goede resistente controle, vergelijkbaar met Ranco, maar wel iets resistenter dan Ranco. We kunnen Ranco mogelijk ook inzetten als vervanger van Ranco bij onze proeven met niet-pottomaten.

PHBT410080, PJT22090, Tiny Tim en Tumbling Tom Red lijken te splitsen. We kunnen deze beoordelen als resistent na vergelijking met Microtom d.

De behandeling met Brassinolide heeft geen effect op de aantasting. Bij vatbare rassen neemt de ziekte-in zelfs iets af (van 0,81 naar 0,78),

Fol: 1 toetsingDe meeste pottomaten hebben geen I2 geen. Alleen Husky Red heeft het I2 gen. Hsuky blijkt ook resistent te zijn. Voor Groep A is Husky Red een goede resistente controle. Voor Groep B ontbreekt een resistente controle.

Er blijken verschillen in vatbaarheid te bestaan tussen rassen van pottomaat. PJT422090 is een vatbare zonder afwijkers. Voor Groep B is PJT422090 een goede vatbare controle.

Micro Tom d en D hebben wel afwijkers. Dit zijn goed standaarden voor verminderde vatbaarheid.

Veel pottomaten hebben verminderde vatbaarheid. Als de sporendruk toeneemt, zullen deze planten wel ziek worden. Een toets met hogere sporendruk lijkt zinvol.

De behandeling met Brassinolide geeft iets meer aantasting. De ziekte-index van de vatbare rassen gaat omhoog van 2, 1 naar 2,85. Het aantal vatbare planten in de vatbare rassen gaat omhoog van 28 naar 38 (n= 120). Het aantal vatbare planten in resistente rassen gaat niet omhoog. De toets met Brassinolid discrimineert beter. Een toets met meer Brassinolide lijkt daarom zinvol.

De toetsing werd uitgevoerd in de winter. In het voorjaar verwachten we op grond van ervaring minder sterke aantasting. Bij toetsing in voorjaar en zomer is dat een probleem. Dit seizoenseffect kan mogelijk worden uitgeschakeld door planten in de week voor inoculatie in halfschaduw te zetten. Dit moet gebeuren tijdens de extra week die nodig is voor de opkweek van Groep B en C pottomaten.Bij een herhaling van de toets moet ook PHBT410800 getoetst worden. Deze is bij vergissing vergeten in de eerste toets. Het eventueel bestaande onderscheid met PHBT410070 is belangrijk.


pag 6 van

Verticilliumtoetsing 1. Husky Red is een goede resistente controle2. Husky Cherry Red lijkt IR.3. Red Robin is een goede vatbare controle4. Micro Tom is zit tussen IR en vatbaar in.5. De 10 x hogere sporendruk gaf geen sterkere aantasting. 6. Brassinolide gaf bijna geen extra aantasting.

De proeven zijn in een lichtarm seizoen uitgevoerd. Beschaduwing bevordert de aantasting mogelijk zonder de resistentie te doorbreken. Deze methode is goed te combineren met Brassinolid. Het lijkt zinvol om de Brassinolid behandeling 2 x te herhalen (dag 0, dag 3, dag 6) om te kunnen onderzoeken of het kleine effect op aantasting dan groter wordt, en te combineren met beschaduwing in de week voorafgaand aan de toets.

Planning vervolgBeoordelen welk vervolg nodig is mede afhankelijk van het budget.

5. Geschatte datum afronding 1 april 2018

6. KnelpuntenDe problemen met pottomaten zijn oplosbaar. Een generieke oplossing is de iets langere opkweekfase. Als de planten bij inoculatie te klein zijn, is de kans groot dat de inoculatie mislukt. Om dit praktisch in te passen in een toetsprotocol is nader overleg nodig met gewasdeskundigen. Tot nu toe is de aanduiding pottomaat niet voldoende gedefinieerd om te gebruiken in een protocol.

De behandeling met Brassinolid lijkt niet direct een oplossing voor de gesignaleerde problemen met pottomaten. Daarom is het zinvol om nog een extra factor te onderzoeken. De keuze valt op een donkerbehandeling kort voor de inoculatie


8. Strategische conclusieDe toets met fusarium is verbeterd en kan nu met redelijke betrouwbaarheid voor pottomaten worden uitgevoerd.De verticilliumtoets kan nu ook worden uitgevoerd voor pottomaten.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-405 Pseudomonas resistentie tomaatNaktuinbouw heeft dit project teruggetrokken voor financiering door de Raad

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-406 Boon AFLP follow-up richting UPOV

2. Algemene conclusieUPOV heeft de werkwijze met het zoeken van vergelijkers d.m.v. DNA geaccepteerd. Er wordt gewerkt aan een UPOV document ter discussie in de UPOV Technical Committee in oktober 2018opgenomen.

3. Doel van het project• Internationale acceptatie van een werkwijze waarbij in stamboon gebruik wordt gemaakt van DNA-onderzoek om tot de juiste set vergelijkers in het veld te komen.• Verzamelen van DNA van nieuwe stambonenrassen, om de collectie compleet te houden.

4. VoortgangMethodiekenonderzoek eindrapportage 2017, versie 14 maart 2018

pag 7 van

In UPOV-TWV in juli 2017 is een presentatie verzorgd met input van de studentenscriptie over het onderzoek in 2016. Deze is daarna iets bijgeschaafd en gepresenteerd tijdens de UPOV-BMT, november 2017. Ook is een tekstvoorstel geschreven om de methode-boon bijgeschreven te krijgen in UPOV/INF/18. Zie BMT/16/19 en BMT/16/19 ADD. op http://upov.int/meetings/en/details.jsp?meeting_id=43772) Tijdens de BMT-vergadering werd deze methode goed onthaald. In het verslag van de vergadering (zie BMT/16/29 Report op dezelfde webpagina) staat:

Dit is zeer positief! Nu is het nodig om het al eerder opgestelde tekstvoorstel bij te schaven en aan te bieden aan TWV, BMT en TC, die alle drie in september/oktober 2018 vergaderen.

Van 32 rassen waarvan nog geen DNA aanwezig was in de collectie, is zomer 2017 bladmateriaal bemonsterd en daar is DNA uit geëxtraheerd. Dit is opgeslagen in de collectie.

5. Geschatte datum afrondingDoel 1: februari 2018Doel 2: zomer 2019.

6. KnelpuntenAan de 32 nieuwe rassen/aanvragen is ook AFLP-onderzoek uitgevoerd. Dit was niet begroot.

7. Financiële verantwoordingZie afzonderlijke overzichtstabel

8. Strategische conclusieHet project loopt volgens verwachting. De werkwijze waarbij in stamboon gebruik wordt gemaakt van DNA-onderzoek om de juiste set vergelijkers in het veld vast te stellen, wordt internationaal geaccepteerd: er wordt nu gewerkt aan een aanpassing van UPOV TGP/15. Naktuinbouw is ervan overtuigd dat deze methode voor veel andere gewassen (gewassen met een beproeving van gewoonlijk 2 jaar) geschikt is en wil deze ook gaan toepassen. Dit vraagt om het opbouwen van DNA-databases in die gewassen. De SNP-technologie is daarvoor het meest geschikt.


pag 8 van

http://upov.int/meetings/en/details.jsp?meeting_id=43772

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-407 Demovelden UPOV Technical Working Party Vegetables (TWV)

2. Algemene conclusieIn de proeven werden voorbeeldrassen voor de kenmerken opgenomen. De levendige discussies in de proeven, bijvoorbeeld over de classificatie van Brassica ondersoorten, over de kenmerken en rassen toonden aan dat het zinvol is om deze te voeren aan de hand van plantmateriaal. Daardoor konden een aantal revisies van richtlijnen die soms al voor het 5e jaar liepen afgerond worden. De TWV sprak haar waardering uit voor de gelegenheid om gedurende de behandeling van de richtlijnen de proeven in te kunnen gaan. De UPOV heeft haar dank uitgesproken naar de Rvp om deze proeven mogelijk te maken.

3. Doel van het project Nederland organiseerde in 2017 de UPOV TWV. Hierin werden een aantal technische richtlijnen voor kwekersrechtonderzoek in groentegewassen besproken. Specialisten uit de UPOV landen discussieerden over de kenmerken in deze richtlijnen. Naktuinbouw legde veldproeven aan voor gewassen die besproken werden en waar Nederland onderzoek in verricht, om de discussie en conclusies over de waar te nemen kenmerken te bevorderen. Daarnaast waren er resistentietoetsen te zien voor gewassen waarin een revisie van de toetsprotocollen op de TWV agenda stond. Doel hiervan was om de wijze van toetsen te illustreren.

4. Voortgang

De volgende proeven en toetsen werden aangelegd en afgerond:

Veldproeven:

- Artisjok (Cynara cardunculus L.):In de bestaande proef waren 2 monsters extra opgenomen.- Brown Mustard (Brassica juncea (L.) Czern.). Extra proef in de kas: Hierin zijn zoveel mogelijk

voorbeeldrassen opgenomen, om schietbegin/bloeibegin, kroppende rassen, bladbreedte en grootte terminal lobe te illustreren. Er waren 2 zaaimomenten van deze proef: eind april (deel geschoten) en begin juni (alles blad). In deze proef waren 29 monsters opgenomen.

- Meiraap/stoppelknol: Extra proef waarin 22 meiraap/stoppelknol en 4 raapzaadrassen opgenomen.

- Broccoli (Brassica oleracea L. convar. botrytis (L.) Alef. var. cymosa Duch.): Extra proef van 10 voorbeeldrassen is aangelegd, waarvan 1 ras waarover discussie was of het wel een broccoli betreft.

- Snijbiet (Beta vulgaris L. var. cicla L. (Ulrich)) (Revision): Extra rode rassen opnemen: was niet nodig, sortiment in reguliere proef voldeed.

- Spinazie (Spinacia oleracea L.) De reguliere proef voldeed voor illustratie van bloeikenmerken, er waren geen extra monsters nodig.

- Pepino: niet uitgevoerd in verband met niet kunnen krijgen van plantmateriaal.

Resistentietoetsen

- Erwt (Pisum sativum L.) : Partial revision: disease resistance explanations for Fusarium oxysporum f. sp. pisi race 1 (Ad. 51), In de reguliere resistentietoets was één voorbeeldras extra opgenomen. Ascochyta pisi race C (Ad. 60)): niet uitgevoerd in verband met planning resistentietoetsen.

- Paprika (Capsicum annuum L.): Partial revision: PMMoV (1 stam) en PVY: In de reguliere resistentietoetsen werden extra 6 voorbeeldrassen opgenomen.

- Spinazie (Spinacia oleracea L.) Partial revision: Characteristic 18. De reguliere resistentietoets voldeed ter illustratie van de resistentietoets, geen extra rassen nodig.

- Tomaat en tomaat onderstam: Partial revision: Tm, F en Sw. Voor Sw geen resistentietoets uitgevoerd in verband met planning resistentietoetsen. Wel tegelijktijd merkertoets en biotoets voor Fol: 1 en Tm: 0 uitgevoerd.

5. Geschatte datum afrondingHet project is afgerond.Methodiekenonderzoek eindrapportage 2017, versie 14 maart 2018

pag 9 van

6. Knelpunten: geen


8. Strategische conclusieHet bezoek aan de verschillende proeven tijdens de TWV was zeer succesvol. De voortgang van het werk aan de richtlijnen is versneld en de kwaliteit van de gebruikte kenmerken verbeterd. Dit was mogelijk doordat de gewassen/kenmerken waarvoor richtlijnen worden ontwikkeld/gereviseerd ter plekke gezamenlijk bekeken konden worden. De UPOV heeft de inzet van Rvp en Naktuinbouw zeer gewaardeerd.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------R17-408 Harmonisering DUS onderzoek Phalaenopsis tussen Naktuinbouw en TSIPS (Taiwan)

2. Algemene conclusies We hebben zeer concrete afspraken kunnen maken over de harmonisering van de Phalaenopsis

richtlijnen (TSIPS en UPOV). Dit ging onder meer over de kenmerken ‘leaf apex’, ‘anthocyanin coloration of peduncle’, ‘apical lobe’ en de diverse kenmerken van de ‘lip’. Ook de beschrijving van de ‘big lip’- expressies is nu geharmoniseerd, evenals diverse bestaande verschillen in expressies. Deze zijn inmiddels verwerkt in de TWO. Volgend jaar kan de revisie worden afgerond.

Het foto-identificeer systeem van TSIPS is een mooi systeem, maar door technische incompatibiliteit is het systeem voor ons niet bruikbaar.

We hebben afspraken gemaakt over de uitwisseling van DNA-materiaal van Phalaenopsis per eind 2017. Het materiaal wordt in maart 2018 uitgewisseld. Het gaat hier in eerste instantie om ca. 100 monsters uit Taiwan naar de Nederlandse database, en om ca. 200 Nederlandse monsters naar de Taiwanese database. De monsters worden uitsluitend uitgewisseld na expliciete toestemming van de kwekers.

3. Doel van het projectAlgemeen: Versterken en uitbouwen van de samenwerking en bestaande contacten met Taiwan (TSIPS). Daadwerkelijk behalen van de potentiele kwaliteits- en efficiëntie-winst van samenwerking. Daarnaast zijn er de volgende concrete doelstellingen: Oriëntatie op het TSIPS-systeem van geautomatiseerde kleurwaarnemingen en evt. nadere

afspraken over samenwerking maken. De gezamenlijke DNA-database verder vormgeven en ondersteunen. We willen onze

Nederlandse DNA-database Phalaenopsis uitbreiden met ca. 200 samples uit Taiwan. In het project is voorzien in financiering naar het LAB.

Harmonisatie van rasbeschrijvingen conform UPOV- en CPVO protocollen. Dit is belangrijk voor de wederzijdse overnames.

4. Voortgang

Verslag bezoek aan Taiwan in juni 2017

Datum: 13-15 Juni 2017Deelnemers Naktuinbouw: Henk de Greef en Marco HoffmanDeelnemers TSIPS: Accompanying and Contact Persons in TaiwanMr. Ming-Chung LIU , Chief of PVPB section, mobile : +886970123055 Ms. Lan-Ting KUO, Associate Researcher, mobile:＋886919399816Mr. Chih-Hao AN, Assistant Researcher, mobile: +886930238691(Plant Variety Protection and Breeding Section, TSIPSOffice Tel:+886-4-25825459, +886-4-25825460)

Doel bezoek:


pag 10 van

In kader van Project R17-408 (Harmonisering DUS onderzoek Naktuinbouw, Nederland en TSIPS, Taiwan) is een bezoek gebracht aan TSIPS in Taiwan. De volgende concrete doelstellingen stonden voor ogen: Harmonisering UPOV Guideline Phalaenopsis en TSIPS guideline Verdere afspraken maken uitwisseling DNA Bekijken systeem van (kleur)waarneming TSIPS en foto-identificeersysteem.

Korte impressie & belangrijkste bevindingen De ontvangst was zeer goed en het programma verliep soepel We hebben zeer concrete afspraken kunnen maken over de harmonisering van beide richtlijnen.

Deze zijn verwerkt in een apart document. Dit document door Taiwan opgesteld als een ‘Summary Report of Test Guidelines Harmonization of Phalaenopsis’.

De richtlijn van TSIPS was qua kenmerken uitgebreider. Hiermee kunnen oa. de zogeheten ‘big-lip’ orchideeën beter beschreven worden. Daarnaast was een aantal kenmerken volgens ons te gedetailleerd.

Henk de Greef heeft de voorstellen meegenomen voor een ‘partial revision’ van de UPOV richtlijn in september 2017. Deze zijn inmiddels ingediend voor de TWO van de UPOV en verwerkt. De revisie wordt volgend jaar afgerond.

Opvallend was dat de adviescommissie Phalaenopsis (bestaande uit specialisten van universiteiten e.d.) een grote stempel drukken op het DUS onderzoek (ze hebben meer macht). De DUS onderzoeker is veel minder autonoom dan bij ons. Als er in de commissie leden zouden zitten die belangen hebben dan komt de objectiviteit in gevaar. Hier hebben we specifiek naar gevraagd, maar de leden in de commissie lijken geen belangen te hebben. We overwegen wel om CPVO hiervan op de hoogte te brengen.

Het foto-identificeer systeem van TSIPS is een mooi systeem. Het systeem is gebaseerd op de data in de database. Op basis hiervan worden de beste vergelijkers gezocht en deze worden dan incl. foto’s (die gekoppeld zijn aan de database) getoond. Het systeem is voor niet bruikbaar omdat we dan de hele database zouden moeten overnemen en dat is niet compatibel. Het zou voor ons wel interessant zijn als we alleen de foto’s kunnen koppelen aan Navision.

5. Geschatte datum afrondingEind december 2017. We gaan volgens afspraak gezuiverd DNA-materiaal van Phalaenopsis uitwisselen, analyseren en verwerken in de databases.Inmiddels liggen bijna 3 platen (ca. 250 monsters) klaar om opgestuurd te worden. Dit is in ieder geval het materiaal van de veredelaars die toestemming hebben verleend om materiaal van hun rassen uit te wisselen. In maart 2018 gaat Hedwich Teunissen naar een symposium in Taiwan en dan neemt ze dit materiaal mee. Ze kan op de terugweg dan het materiaal uit Taiwan voor ons ook meenemen. Er wordt tot die tijd nog geprobeerd om de veredelaars die twijfelen hun materiaal ter beschikking te stellen, ook over te halen.

6. KnelpuntenGeen


8. Strategische conclusieDit onderzoek heeft precies het beoogde resultaat opgeleverd: versterking van de samenwerking met Taiwan, harmonisering van de richtlijnen en partiele revisie van de UPOV TG, uitwisseling van DNA en daarmee uitbreiding/versterking de DNA-databases.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-409 Harmoniseren DUS onderzoek met Japan 2017

2. Algemene conclusie:Aan het doel van het project, het intensiveren van de samenwerking met Japan die leidt tot het uitwisselen van rapporten tussen Japan en Nederland en Japan en het CPVO, is uitvoering gegeven. Hiervoor is een 5 jaren-plan samen met Japan opgesteld. De uitvoering is in 2016 gestart en verloopt


pag 11 van

op schema. Naar verwachting zal in 2020 het project afgerond zijn. Vier calibration manuals zijn afgerond (sla, roos, anjer en watermeloen). 6 manuals volgen in 2018-2020. Tevens is Chrysant toegevoegd als 11e te harmoniseren gewas.

3. Doel van het project:Het oorspronkelijke doel, het intensiveren van de samenwerking met Japan die leidt tot het uitwisselen van rapporten tussen Japan en Nederland en Japan en het CPVO, is inmiddels gehaald. Nu onlangs de EU uitvoeringsverordening kwekersrecht is gewijzigd is het mogelijk geworden om wel rapporten over te nemen. De Japanse overheid heeft aangeboden om bij overname af te zien van het overname tarief.

4. Voortgang:In mei 2017 is het hoofd van de afdeling, Bert Scholte, in Japan geweest om kennis te maken met NCCS, het instituut in Japan dat het DUS onderzoek uitvoert (onderdeel van NARO), NARO (National Agricultural and Food Research Organization) en met MAFF (Ministerie van landbouw) en het PVP Office (valt onder MAFF). Tijdens zijn bezoek is een Memorandum of Understanding getekend waarin de samenwerking vastgelegd is.

Substantieel onderdeel van deze samenwerking is het maken van gezamenlijke Calibration Manuals met experts van het NCCS. In 2016 is hiermee gestart, voor gewassen met veel aanmeldingen voor kwekersrecht in Japan en dus veel rapporten die voor uitwisseling in aanmerking komen. Deze Manuals worden gemaakt met als basis de Japanse Testing Manuals en Nederlandse Kalibratieboeken. Afgesproken is om ieder jaar, vanaf 2016 tot 2020, een siergewas en een groentegewas onder handen te nemen. Zowel najaar 2016 als najaar 2017 zijn Japanse delegaties van het NCSS hiervoor in Nederland geweest. Daarnaast wordt per e-mail overlegd. Het NCCS is Het vastgestelde programma voor de Calibration Manuals is als volgt: 2016: Sla en roos2017: Anjer en watermeloen2018: Anthurium en tomaat of aubergine2019: Gerbera en aubergine of tomaat2020: Tulp en paprika

De gezamenlijke Calibration Manuals bevatten alleen morfologische kenmerken. Resistentiekenmerken in groentegewassen worden niet opgenomen.

Afgesproken is dat na het voltooien van een Calibration Manual rasmateriaal wordt uitgewisseld en beschreven aan de hand van de Manual. Dit heeft als doel om te testen of we de Manuals hetzelfde interpreteren en of de uitleg dus werkt. De Calibration Manuals zullen de nationale Testing Manuals en Kalibratieboeken vervangen en gepubliceerd worden op de respectievelijke websites.

Inmiddels zijn sla en watermeloen afgerond volgens schema. Oktober 2017 zijn tijdens het bezoek van de Japanse collega’s voor roos nog enkele details besproken en is de Calibration Manual voor anjer samengesteld. Ook is informatie over de anjerteelt zoals die bij Naktuinbouw wordt uitgevoerd ter beschikking gesteld.

Er is een begin gemaakt met het programma voor 2018: aubergine en Anthurium.

5. Geschatte datum afronding2020 volgens schema.

6. KnelpuntenHet uitwisselen van plantmateriaal voor het testen van de Calibration Manuals is moeilijk in verband met fytosanitaire eisen. Er wordt overleg met Japan en met de afdeling Keuringen gepleegd om aan de eisen voor het opsturen te voldoen.



pag 12 van

8. Strategische conclusie De ‘Calibration Manual’ voor sla was in 2016 het eerste resultaat van de samenwerking met Japan. De Calibration Manuals voor anjer, watermeloen en roos zijn in 2017 afgerond . Het programma loopt op schema. Hiermee wordt het DUS onderzoek in 11 grote gewassen (Chrysant is als laatste toegevoegd) verder geharmoniseerd.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-410 Benchmark genotyperingsplatformen

2. Algemene conclusieDe eindconclusies zijn samengevat in het rapport-Langeveld dat in december 2017 is opgeleverd. Deze zijn: Er zijn meerdere strategieën voor de identificatie van genetische diversiteit die van goedkoop (gebruik van publieke data) naar duur gaan (hele genomen sequencen zonder referentiegenoom). Welke genotyperings methode voor Naktuinbouw het beste is, hangt af van de verhouding monsters en aantallen datapunten. De top 3 geschikte methoden zijn: GT-Seq, RhAmp en KASP. Dit legt onder meer de basis voor de projecten R17-411 (tomaat) en R17-412 (roos).

3. Doel van het project Kriteria op te stellen waar een genotyperings methode bij Naktuinbouw aan moet voldoen vanuit

het perspectief van 3 verschillende gewasgroepen: (1 = vegetatief vermeerderde gewassen, vaak ornamentals met een polyploid genoom en grote botanische diversiteit, zonder referentie genoom – voorbeeld roos; 2 hybride gewas met intensieve veredeling en smalle genetische bandbreedte, zelf of kruisbestuiver, diploid en relatief klein genoom met een referentiegenoom bijvoorbeeld tomaat; 3 groente of landbouwgewas, intensieve veredeling, kruisbestuiver (genetisch heterogene rassen), wel of geen referentiegenoom beschikbaar bijvoorbeeld ui of engels raaigras).

Inventarisatie gewassen voor DUS onderzoek bij Naktuinbouw en de geschatte aantallen aanmeldingen in de tijd.

Inventarisatie van resolutie aan SNPs die nodig is om rassen van elkaar te onderscheiden. Inventarisatie en benchmark uitvoeren om de diversiteit van genotyperings technologieën en

platformen, leveranciers en apparaten in kaart te brengen met hun voor- en nadelen. − SNP detectie op basis van sequencing; een inventarisatie maken door informatie op te

zoeken, met suppliers te praten en vooral ook door met andere gebruikers te praten.− SNP detectie op basis van niet sequencing; een inventarisatie maken door informatie op

te zoeken, met suppliers te praten en vooral ook door met andere gebruikers te praten− kosten en investeringen;− uitbesteden of zelf doen; dit bespreken met opdrachtgevers. Daarnaast moet van elke

methode duidelijk worden wat de afhankelijkheid is en of licenties mogelijk zijn.

Aanbevelingen welke technologieën en welke platformen het meest geschikt lijken voor de gewassen in de 3 categorieën.

4. VoortgangSimon Langeveld is gevraagd om als onafhankelijk deskundige Naktuinbouw te helpen de inventarisatie en benchmark uit te voeren. Samen met Hedwich Teunissen zijn de volgende werkzaamheden verricht.

De wensen en eisen die Naktuinbouw stelt aan technieken (zowel voor de identificatie van SNPs als voor de detectie van SNPs) zijn geïnventariseerd. Denk daarbij aan flexibiliteit van het systeem (hoeveelheid monsters vs. hoeveelheid merkers), (on)afhankelijkheid van service providers, doorlooptijd, relatie met provider (mate van support), gevoeligheid, snelheid, diepte, duurzaamheid van het systeem, bewerkelijkheid, werkt ook voor polyploiden, vertrouwelijkheid, patenten of licenties die internationale samenwerkingen in de weg kunnen staan etc.


pag 13 van

Er is een inventarisatie gemaakt van de monsterstromen: aantal gewassen, aantallen rassen, aanmeldingen en referenties per gewas en keuringsmonsters ten bate van het DUS onderzoek maar ook de monsters die voortkomen uit identificatieopdrachten uit de sector.

Er is een literatuurstudie gedaan naar resolutie en aantallen SNPs die nodig zijn voor onderscheidbaarheid van rassen. Daaruit is een gemiddelde gedestilleerd van aantal merkers dat vermoedelijk voldoende is voor de opbouw van een database.

Er is een literatuurstudie gedaan naar state-of-the-art genotyperings technologieën. Dit betreft zowel KASP of KASP-achtige detectie methoden als ook op NGS gebaseerde technologieën zoals Agriseq, SBG, Genotyping-in-thousands.

Er zijn uitvoerige gesprekken gevoerd met service providers, veredelingsbedrijven. Er is een benchmark uitgevoerd waarin de kosten per sample, investeringskosten etc wordt

vergeleken tussen alle onderzochte technologieën. De inventarisatie en benchmark zijn afgerond. Alle resultaten en bevindingen zijn vastgelegd

in het door Simon Langeveld opgestelde eindrapport. Het eindrapport is beschikbaar voor MT en directie en bestuur. Er is per technologie een voordelen/nadelen lijst opgesteld die zal worden vergeleken met de eisen en wensen van Naktuinbouw en de klanten van Naktuinbouw.

Op basis van o.a. dit rapport kunnen strategische beslissingen over investeringen en vervolgonderzoek genomen worden. Het bestuur heeft in principe groen licht gegeven voor verdere investeringen op het gebied van DNA technologie.

5. Geschatte datum afrondingMet het opleveren van het eindrapport is het project afgerond. Er heeft ook een evaluatie plaatsgevonden tussen team R&D en hoofd Rassenonderzoek waarin de vooraf gestelde doeken en verwachtingen zijn vergeleken met hetgeen is opgeleverd. De uitvoering van dit project is zeer positief beoordeeld. De resultaten zijn zeer waardevol voor Naktuinbouw.

De aanbevelingen die worden gedaan in het eindrapport worden in de praktijk uitgetest in he kader van gewas-specifieke vervolgprojecten en pilot experimenten. Deze zijn in de onderzoeksplanning voor 2018 opgenomen en zullen door de eigen onderzoeksmedewerkers en bioinformatici worden gedaan, Een deel van het werk zal door service providers worden uitgevoerd.

6. KnelpuntenBeschikbare tijd van R&D medewerkers. Dit is opgelost door iemand extern in te huren (Simon Langeveld)

7. Financiële verantwoordingZie aparte overzichtstabel

8. Strategische conclusieHet project is binnen de gestelde termijn afgerond. De resultaten en aanbevelingen beschreven in het eindrapport zijn zeer waardevol voor Naktuinbouw. In het rapport wordt een top 3 van meest geschikte genotyperingsmethoden benoemd die in vervolg onderzoeksprojecten verder zullen worden ontwikkeld en geïmplementeerd. In eerste instantie wordt ingezet op de GT-Seq; een targeted-resequencing methode. Daarvoor zijn al de benodigde investeringen gedaan (fragment analyzer, Blue-pipin, Nieuwe PCR machines).

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-411 Duurzame DNA-database voor tomaat

2. Algemene conclusieHet onderzoek is in 2017 gestart en loopt nog 2 jaar (t/m 2019).

3. Doel van het projectHet ontwikkelen van een internationaal geaccepteerde en geharmoniseerde SNP set voor tomaat. Een internationale DNA database voor tomaat in een samenwerking tussen Naktuinbouw, GEVES in Frankrijk en het DUS Testing Center of MOA in China. Uiteindelijk zal deze set worden gebruikt voor de opbouw van een tomaten database t.b.v. de management van rassencollecties (UPOV-model 2).

4. VoortgangMethodiekenonderzoek eindrapportage 2017, versie 14 maart 2018

pag 14 van

Fase 1 (2017): Criteria waaraan SNPs moeten voldoen zijn opgesteld. Er is een selectie gemaakt van trainingset en testset rassen die voldoen aan de vooraf

opgestelde criteria. Er is een inventarisatie gedaan van alle rassen waarvan in het kader van resistentietoetsen al

DNA is opgeslagen. Er is een inventarisatie gedaan welke rassen er dit jaar in de proeven staan en die

bemonsterd moeten worden en waarvan DNA wordt geïsoleerd voor fase 3. Er is een planning gemaakt wanneer en door wie deze rassen worden bemonsterd. Er zijn 4 medewerkers van team bedrijfsvoering ingewerkt om tomaten planten te

bemonsteren voor DNA. Deze personen zijn druk bezig om van zoveel mogelijk rassen plantmateriaal te verzamelen voor DNA extractie. Inmiddels zijn 676 rassen (van elk minimaal 10 individuele planten) bemonsterd en DNA geëxtraheerd. (fase 3).

Er is een inventarisatie gedaan van publieke data voor tomaat. Er zijn contacten gelegd met service providers om de training en testsets te screenen voor

commercieel beschikbare SNP arrays. Deze commerciële arrays zijn, na goedkeuring, door de service provider besteld en liggen klaar voor gebruik.

Tijdens de UPOV-BMT meeting in la Rochelle is een presentatie gegeven over de voortgang van dit project.

Tijdens de UPOV-BMT meeting in la Rochelle heeft tevens de eerste meeting plaatsgevonden tussen de project partners CN, FR en NL. Daar zijn een aantal afspraken gemaakt aangaande de keuze van de rassen voor de trainingset en de testset. Deze samenwerking wordt een projectvoorstel dat al is ingediend in IMODDUS. Daarvoor is al veel voorbereidend werk verricht. Het projectvoorstel voor IMODDUS zal worden aangepast. De focus zal verschuiven naar het validatieproces.

In voorbereiding op het verkrijgen van tomaten DNA uit China wordt een MOU opgesteld. Op basis van publieke Whole Genome data van cultivars en de Sequence informatie op de

Axiom array zijn primers ontwikkeld die geschikt zijn voor GT-Seq. Deze zullen in 2018 worden uitgetest.

Alle benodigde apparatuur voor het maken van sequencing libraries voor de GT-Seq technologie zijn aangeschaft en in werking genomen.

Beoogde voortgang in 2018Fase 1 (2018 )

De keuze van rassen in trainingset en testset zal worden geformaliseerd met Frankrijk en China. Ook Spanje heeft aangegeven als partner betrokken te willen worden in het project..

Deze geselecteerde rassen zullen worden gebruikt om commerciële SNP arrays te screenen. Na screening van de Array zal een eerste SNP selectie plaatsvinden. Februari 2018 komt Nathan Campbell (uitvinder GT-Seq) naar Naktuinbouw om te helpen

deze technologie in het lab te implementeren. Onderzoeksmedewerkers zullen door hem worden opgeleid.

Ook alle bioinformatica medewerkers zullen door hem worden opgeleid m.b.t de bioinformatica pipeline voor de analyse van de GT-Seq sequentie data.

Op basis van de eerste experimentele SNP data zal een tweede SNP selectie plaatsvinden. Validatie vindt plaats m.b.v. de testset. Deze validatie is een methode validatie binnen ons

eigen lab. SNP set die voldoet aan alle criteria wordt op basis van alle experimentele data vastgesteld.

De gevalideerde SNP detectie protocollen worden vastgesteld. Op basis hiervan kan een NL database worden opgebouwd (Fase 2).

Fase 1 (internationale harmonisatie) Voor het opzetten van een internationale database voor tomaat zal een validatie in meerdere

labs moeten plaatsvinden. Dat zal de focus worden van het nog te definiëren IMODDUS project.

Fase 2 (vullen van de database)Wanneer het SNP panel definitief is vastgesteld en gevalideerd zowel binnen ons lab als tussen de labs van China en Frankrijk en Spanje (ringtest), en het SNP detectiemethode is geïmplementeerd, worden de beschikbare rassen


pag 15 van

gegenotypeerd en aan de database toegevoegd. Voor het uitvoeren van deze fase is een afhankelijkheid van het internationale project.

5. Geschatte datum afrondingWe lopen op schema met de voortgang van dit project. Nu ook de personele bezetting en expertise op het gebied van bioinformatica recent is opgelost, kunnen wij de voortgang garanderen. Aan het eind van 2018 wordt een SNP panel vastgesteld. In 2019 zal de validatie plaatsvinden.

6. KnelpuntenPersonele bezetting R&D. Dit probleem is opgelost. Afhankelijkheid van R17-410. Dit project is afgerond en biedt voldoende aanknopingspunten voor gefundeerde keuzes binnen dit project.


8. Strategische conclusieHet project ligt op schema. Belangrijke strategische beslissingen zijn genomen en er is flink geïnvesteerd in apparatuur behorende bij die strategische beslissing en technologie keuze: Er is een fragment analyzer, een Blue-pipin en PCR machines voor high through-put amplificatie aangeschaft Om de parallel lopende internationale samenwerking ons interne project niet te laten vertragen, gaan wij gewoon door met de activiteiten zoals beschreven in het onderzoeksplan. De meerwaarde van het meenemen van Franse, Spaanse en Chinese tomaten rassen in de SNP selectie procedure wordt wel als zinvol beschouwd. Daarmee is de gewenste brede genetische diversiteit gewaarborgd. Er wordt dus extra tijd in geïnvesteerd in het verkrijgen van het plantmateriaal van de partners om te voorkomen dat in het Internationale samenwerkingsproject weer opnieuw begonnen moet worden.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. R17-412 Duurzame DNA-database voor roos

2. Algemene conclusie. Het onderzoek is in 2017 gestart en loopt nog 2 jaar (t/m 2019).

3. Doel van het projectHet ontwikkelen van een internationaal geaccepteerde en geharmoniseerde SNP set voor snijroos. Naktuinbouw heeft besloten de SNP set te ontwikkelen met de focus op snijroos. In eerste instantie was het idee om dit samen met de zusterorganisaties NIAB en BSA op te pakken.Het is gebleken dat hiervoor meer voorbereidingstijd nodig is, daarom is besloten het oorspronkelijke idee niet door te zetten en te focussen op snijroos. De belangenorganisatie CIOPORA/IRBA ondersteunt dit initiatief namens de rozensector en participeren actief door plantmateriaal en kennis over de genetische achtergrond van de rassen ter beschikking te stellen voor het onderzoek. 4. VoortgangFase 1 (2017):

Criteria waaraan SNPs moeten voldoen zijn opgesteld. Deze zijn anders voor een tetraploid dan voor een diploid.

In een CIOPORA/IRBA overleg is uitleg gegeven aan de bedrijven en hun medewerking aan dit project gevraagd. Dit is positief ontvangen.

Samen met de bedrijven is er een selectie gemaakt van trainingset en testset rassen die voldoen aan de vooraf opgestelde criteria.

Er is een inventarisatie gedaan van alle rassen waarvan in het kader van eerdere projecten in opdracht van CPVO (L12-214) al DNA is opgeslagen.

Er zijn 4 medewerkers van team bedrijfsvoering ingewerkt om rozen planten te bemonsteren voor DNA. Deze personen zijn druk bezig om van zoveel mogelijk rassen plantmateriaal te verzamelen voor DNA extractie. Inmiddels zijn meer dan 1000 rassen (van elk minimaal 6 individuele planten) bemonsterd en DNA geëxtraheerd. (fase 3).

Er zijn contacten gelegd met service providers om de training en testsets te laten screenen voor commercieel beschikbare SNP arrays. Deze commerciële arrays zijn, na goedkeuring, door de service provider besteld en liggen klaar voor gebruik.


pag 16 van

Alle benodigde apparatuur voor het maken van sequencing libraries voor de GT-Seq technologie zijn aangeschaft en in werking genomen.

Er is een MOU voorbereid om het gebruik van plantmateriaal van de bedrijven en het gebruik goed te beschrijven en vast te leggen.

Beoogde voortgang 2018: Fase 1 (2018)

De keuze van rassen in trainingset en testset zal worden vastgesteld. Deze rassen zullen worden gebruikt om publieke SNP arrays te screenen. Er wordt binnenkort een referentiegenoom gepubliceerd. De publicatie is gesubmit.. Na screening van de Array zal een eerste SNP selectie plaatsvinden. Februari 2018 komt Nathan Campbell (uitvinder GT-Seq) naar Naktuinbouw om te helpen

deze technologie in het lab te implementeren. Onderzoeksmedewerkers zullen door hem worden opgeleid.

Ook alle bioinformatica medewerkers zullen door hem worden opgeleid m.b.t de bioinformatica pipeline voor de analyse van de GT-Seq sequentie data. Deze zal afwijken van de pipeline voor diploide gewassen.

Op basis van de eerste experimentele SNP data zal een tweede SNP selectie plaatsvinden. Validatie vindt plaats m.b.v. de testset. Deze validatie is een methode validatie binnen ons

eigen lab. SNP set die voldoet aan alle criteria wordt op basis van alle experimentele data vastgesteld.

De gevalideerde SNP detectie protocollen worden vastgesteld. Op basis hiervan kan een NL database worden opgebouwd (Fase 2).

5. Geschatte datum afrondingWe lopen op schema met de voortgang van dit project. Gezien de goede voortgang van project R17-410 (inventarisatie en benchmark) lijkt de afhankelijkheid daarvan voor dit project geen vertragende factor meer te zijn. Nu ook de personele bezetting en expertise op het gebied van bioinformatica recent is opgelost, lijkt een voortgang volgens de oorspronkelijke planning te garanderen. Eind 2018 zal een SNP set voor snijroos vastgesteld worden. In 2019 zal de validatie plaatsvinden.

6. KnelpuntenDe personele problemen bij R&D Naktuinbouw zijn opgelost. . Afhankelijkheid van R17-410. Dit project is afgerond en biedt voldoende aanknopingspunten voor gefundeerde keuzes binnen dit project.


8. Strategische conclusieHet project ligt op schema. Belangrijke strategische beslissingen (o.a. keuze genotyperings methode) zijn genomen en er is geïnvesteerd in apparatuur behorende bij die strategische beslissing en technologie keuze. Er is een fragment analyzer, een Blue-pipin en PCR machines voor high through-put amplificatie aangeschaft Om de parallel lopende internationale samenwerking ons interne project niet te laten vertragen, gaan wij door met de activiteiten zoals beschreven in het onderzoeksplan. Er is contact gezocht met de CIOPORA/IRBA bedrijven. Zij hebben toegezegd bij te dragen aan het project door plantmateriaal en kennis ter beschikking te stellen. De focus is verlegd naar snijroos al worden ook samples van andere types meegenomen in de eerste fase waarin de SNPs worden geselecteerd. Daarmee is de gewenste brede genetische diversiteit gewaarborgd.


pag 17 van

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------1. 467 Projectcoordinatie

In 2017 is er extra aandacht gegeven aan het projectbeheer.Het negatieve saldo komt ten laste van Naktuinbouw.

2. Financiële verantwoordingZie aparte overzichtstabel

-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Deze management summary is opgesteld in opdracht van de Raad voor Plantenrassen.


pag 18 van

R10-401 · Web viewDe meeste pottomaten hebben geen I2 geen. Alleen Husky Red heeft het I2 gen....

Documents

Transcript of R10-401 · Web viewDe meeste pottomaten hebben geen I2 geen. Alleen Husky Red heeft het I2 gen....