Ons onderzoek Waarom bioinformatica? Roos  biologisch/ medisch Inge  technisch Wat is onze...

Click here to load reader

  • date post

    12-May-2015
  • Category

    Documents

  • view

    214
  • download

    0

Embed Size (px)

Transcript of Ons onderzoek Waarom bioinformatica? Roos  biologisch/ medisch Inge  technisch Wat is onze...

  • Dia 1
  • Ons onderzoek Waarom bioinformatica? Roos biologisch/ medisch Inge technisch Wat is onze onderzoeksvraag? Hoe verschilt de aanwezigheid van cyanobacterin en Escherichia coli op verschillende plaatsen en tijden in de Waal?
  • Dia 2
  • Ons onderzoek Hoe zijn we op deze onderzoeksvraag gekomen? Een aantal ideen Hoe zijn de vissen genetisch aangepast aan de vervuiling in de waal? Huisplanten/ landplanten sterven bij een overvloed aan water, waterplanten echter niet. Wat is het gen dat dit mogelijk maakt is dit een algemeen gen voor alle waterplanten Soortenanalyse Overstroming riolen in Groesbeek
  • Dia 3
  • Hoe gaan we dat onderzoeken? Watersamples nemen 3 keer over 4 maanden 28 juni 2012 5 september 2012 22 oktober 2012 3 verschillende plekken in de Waal Tussen de stenen Aan het strandje In de stroming Het protocol voor het nemen van de samples 1.voeg meteen 1.5 ml NaAc 3M toe 2.verzamel 15 ml water (in een falcon tube) 3.voeg 33 ml pure ethanol toe 4.vries in (-20C)
  • Dia 4
  • Dia 5
  • Dia 6
  • Hoe gaan we dat onderzoeken? Sequenced (leve DNA Leiden) op 16s rRNA met behulp van de ion torrent De resultaten werden ingestuurd naar MG-rast opzoek naar E. coli en cyanobacterin in de resultaten.
  • Dia 7
  • Resultaten Mg-rast
  • Dia 8
  • Onze ervaring Wat hebben we geleerd? Werking van onderzoek Beter overzicht van DNA Metagenomics/ genomen Hoe gaat een DNA-analyse precies in zijn werk. Waar liepen we tegenaan? Soorten-/ functieanalyse Sequencen duurde langer dan verwacht DNA-kennis
  • Dia 9
  • Onze ervaring Wat was het leukst? Het veldwerk Wat was bijzonder? Het RNA uit onze zelf genomen samples bekijken