Kenneth Devloo, 2e Ma CW:MMC

Promotors:

Abram Aertsen

Philip Dutré

Distributie en segregatie van cellulaire

schade in bacteriële populaties

Inhoud

Achtergrond/doel

Uitdagingen

Algoritme/tests

Implementatie

Bronnen

Planning

Achtergrond/Doel

Groei van populatie cellen volgen

Cellen automatisch tracken door videobeelden

Filmpje

Toepassing

Uitdagingen

Wisselende kwaliteit beelden

Robuustheid

Geen replica bestaande toepassingen

Gebruik van info verschillende frames voor

segmentatie

Algoritme/tests: Software

Matlab

Fiji

Cellprofiler

Algoritme/tests: Algoritme

Detectie

Beschrijving

Tracking

Correctie

Algoritme/tests: Detectie

Uitdagingen

Beeldkwaliteit

Overlap

Achtergrond

Algoritme/tests: Detectie Preprocessing Bilateral Mofologie

Detectiemogelijkheden Regio: Threshold

Watersheds

Level set snakes

Edge: Canny

Flexible hough?

Wavelet?

Cellen onderscheiden: Skeletonisation

Gebruik van data verschillende frames

Algoritme/tests: Detectietests

Thresholding

Probleem: histogram

Probleem: valse features

Oplossing: achtergrond wegwerken

Rolling ball algoritme

Gray scale morphology

Algoritme/tests: Detectietests

Bilateral filter

Achtergrond smoothen

Grayscale morphology

Donkere objecten zoeken

Kleinere objecten elimineren

Minder valse features

Achtergrond elimineren

Histogram meer bruikbaar

Watersheds

http://kenneththesis.wordpress.com/2010/12/22/preprocessing-thresholding1/

Algoritme/tests: Detectietests

Algoritme/tests: Beschrijving

Uitdagingen

Niet veel variatie in 1 cel

Omgeving verandert constant

Beschrijving

Omgeving met SIFT

Cel zelf, maar bekeken langs skeleton, SIFT

Positie tov populatie

Lengte

Algoritme/tests: Tracking

Uitdagingen

Verschuivende beelden

Detectie nog niet zeker 100% correct

Meerdere populaties

Tracking

Alignment op achtergrond

Correctie

Kennis van gedeelde cellen gebruiken in andere frame

Geen beslissing op algoritme

Implementatie

C++

Qt

openCL

Bronnen

Bestaande toepassingen

Implementatie/test

Detection

Description

Tracking

Tiff

Vakken

http://kenneththesis.wordpress.com/bronnen/

Planning

2010: tests detectie afronden

2e week januari: detectie implementatie

3e week januari: beschrijving

15 februari: tracking

Begin maart: correctie van gedetecteerde cellen

Eind maart: applicatie

Half mei: tekst

Vragen?

kenneththesis.wordpress.com