STUDIEGIDS

Bacheloropleiding

BIOLOGIE

niveau 1, 2 en 3

Studiejaar 2015-2016

versie 14 augustus 2015

Het curriculum van Biologie is dynamisch en dat wil zeggen dat tussentijds

veranderingen plaats kunnen vinden. Deze veranderingen zullen altijd op diverse manieren bekend gemaakt worden waaronder in de digitale versie van deze gids.

Raadpleeg voor de meest recente informatie de online versie van deze studiegids. In iedere nieuwe versie zal aangegeven worden welke veranderingen er t.o.v. de

vorige versie zijn doorgevoerd.

Universiteit Utrecht Departement Biologie

Studiepunt Biologie Buys Ballotgebouw (kamer 1.24) Princetonplein 5, 3584 CC Utrecht

tel. 030-2536705

2

De studiepaden staan uitgebreid beschreven in hoofdstuk 8; de PADVINDER.

Als hulpmiddel bij het maken van een planning is een programmaatje ontwikkeld dat je in in

staat stelt om vakken in het rooster te plaatsen; de VAKKENVULLER.

Het is te downloaden via http://intercon.science.uu.nl/Coos/. Er zijn versies voor Linux,

Mac en Windows. Check regelmatig op nieuwe gegevens (programma vraagt ook zelf daar

om)!

De cursusbeschrijvingen zijn gegroepeerd per periode en dan per niveau; je zoekt eerst

bijvoorbeeld periode 3 en vindt daar de beschrijvingen van cursussen op niveau 1, 2 en 3

die in deze periode gegeven worden.

In het collegejaar 2015-2016 worden veel nieuwe cursussen ontwikkeld. Van nog niet alle

cursussen is een cursusbeschrijving voorhanden. Het gaat dan om cursussen vanaf periode

2. Deze worden zo snel mogelijk in de online versie toegevoegd toegevoegd.

Wat is nieuw in deze gids, versie 14 augustus 2015?

Kleine aanpassing in studiepad TBB p38 (Immuno is in BC)

Kleine tekstuele aanpassingen bij MolCelBiol en MolCelNeuroBiol; p116-126

Beschrijvingen van de nieuwe cursussen Voortgezette statistiek en R (p83) en

Gedragsobservaties (p106) zijn toegevoegd

Een tabel van de (on)mogelijke combinaties van studiepaden is toegevoegd (zie 8.2)

Arbeidsmarktorientatie informatie is geüpdate (p24). Pijlen van ecologie naar

theoretische ecologie (p39) en van MGOT naar Genoombiologie (p37) zijn groen

gemaakt i.p.v. zwart

Het emailadres van Studiepunt Biologie gaat veranderen; science.bio.ba@uu.nl

Het telefoonnummer van Studiepunt ook; 030 253 6705

Iconen van Immuno en Bioethiek aangepast (stonden foutjes in)

Tekst Onwikkelingsbiologie (p52-53) en GKA (p78-79) aangepast

Er is een stuk met suggesties voor vakken buiten Biologie opgenomen §3.9 en §3.10

De Onderwijs en Examenregeling is toegevoegd (p175)

Tekst Systeembiologie is aangepast (p105)

Ondanks de zorg die aan de tekst in dit document is besteed kunnen er desondanks nog fouten en onzorgvuldigheden in staan. U kunt derhalve

geen rechten aan de teksten in deze studiegids ontlenen

De UBV geeft een alternatieve studiegids uit. In deze gids geven studenten hun persoonlijke mening over de cursussen van niveau 2 en 3. Het departement Biologie is niet verantwoordelijk voor de inhoud van

deze alternatieve gids.

3

INHOUDSOPGAVE 1.VOORWOORD ..................................................................................................... 5 2. ALGEMEEN ........................................................................................................ 8 2.1 Onderwijs en Examenregeling (OER) en Studentenstatuut ................................... 8 2.2 Reglement Deelexamencommissie Bachelor opleiding Biologie ............................. 8 2.3 Informatievoorzieningen............................................................................. 8 2.3.1 Studenten e-mail ................................................................................. 8 2.3.2 Osiris ............................................................................................... 8 2.3.3 Blackboard ........................................................................................ 8 2.3.4 Studiepunt Biologie .............................................................................. 8 2.3.5 Studieadviseur voor de bacheloropleiding ................................................... 9 2.3.6 Facultaire klachtencoördinator ................................................................. 9 2.3.7 Deelexamencommissie Biologie ............................................................. 10 2.3.8 Coördinator/manager bacheloropleiding Biologie ......................................... 10 2.3.9 De practicumzalen ............................................................................. 10 2.3.10 BioSCOPE ..................................................................................... 10 3. HET ONDERWIJS VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE .......................................11 3.1 Doelstellingen ....................................................................................... 11 3.2 Eindtermen .......................................................................................... 11 3.3 Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) ........................................................ 12 3.4 Bindend studieadvies .............................................................................. 12 3.5 Het programma van de opleiding ................................................................ 12 3.5.1 Major ............................................................................................. 13 3.5.2 Profileringsruimte ............................................................................... 14 3.5.3 Minor ............................................................................................. 14 3.6 Samenvatting ....................................................................................... 14 3.7 Vaardigheden ....................................................................................... 15 3.8 Cursussen buiten de opleiding Biologie ........................................................ 15 3.9 Suggesties voor cursussen buiten Biologie .................................................... 15 3.10 Wat te doen als je eerste keus buiten Biologie is? .......................................... 16 3.11 Het timeslot rooster en belangrijke data ...................................................... 17 3.12 Regels aanvullende toetsing .................................................................... 18 4. DE CURSUSSEN VAN DE BACHELOR OPLEIDING BIOLOGIE ........................................20 4.1 Cursussen op niveau 1 ............................................................................ 20 4.2 Cursussen op niveau 2 ............................................................................ 20 4.2.1 Uitsluitingen niveau 2 .......................................................................... 20 4.3 Cursussen van niveau 3 .......................................................................... 21 4.3.1 Uitsluitingen niveau 3 .......................................................................... 21 4.4 Jaarrooster 2015-2016 Bachelor Biologie ...................................................... 22 4.5 toelating tot cursussen van niveau 2 en 3 ...................................................... 23 4.5.1 Verplichte volgorde toelating tot de cursussen ............................................ 23 4.5.2 Het kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen ............................................... 23 5. VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING .........................................................24 5.1 Voorlichting .......................................................................................... 24 5.2 Inschrijving cursussen via OSIRIS-student .................................................... 24 5.3 Regels bij de aanmelding en plaatsing ......................................................... 24 5.4 Aanmelden voor niet-biologen bij cursussen van Biologie .................................. 25

4

6. MASTERPROGRAMMA’S ......................................................................................26 7. ARBEIDSMARKTORIËNTATIE ................................................................................27 8. De PADVINDER; studiepaden in de opleiding ...............................................................29 8.1 Leeswijzer PADVINDER .......................................................................... 30 8.2 Studiepaden: (on)mogelijke combinaties ....................................................... 31 8.3 Studiepad CELBIOLOGIE ........................................................................ 32 8.4 Studiepad ECOLOGIE en NATUURBEHEER ................................................. 33 8.5 Studiepad EDUCATIE COMMUNICATIE en MANAGEMENT .............................. 34 8.6 Studiepad EVOLUTIE en BIODIVERSITEIT ................................................... 35 8.7 Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE ................................................................ 36 8.8 Studiepad MARIENE WETENSCHAPPEN .................................................... 37 8.9 Studiepad MICROBIOLOGIE .................................................................... 38 8.10 Studiepad NEUROBIOLOGIE .................................................................. 39 8.11 Studiepad ONTWIKKELINGSBIOLOGIE ..................................................... 40 8.12 Studiepad PLANTENBIOLOGIE ............................................................... 41 8.13 Studiepad THEORETISCHE BIOLOGIE en BIOINFORMATICA ......................... 42 8.14 Studiepad TOXICOLOGIE ...................................................................... 43 CURSUSBESCHRIJVINGEN PER PERIODE ..................................................................44 Periode 1, niveau 1 cursussen ....................................................................................44 EVOLUTIE & BIODIVERSITEIT ...................................................................... 44 MOLECULAIRE BIOLOGIE ........................................................................... 47 Periode 1, niveau 2 cursussen ....................................................................................49 MARIENE WETENSCHAPPEN II .................................................................... 49 MICROBIËLE INTERACTIES......................................................................... 51 PLANTENFYSIOLOGIE ............................................................................... 53 ONTWIKKELINGSBIOLOGIE ........................................................................ 55 THEORETISCHE ECOLOGIE ........................................................................ 57 Periode 1, niveau 3 cursussen ....................................................................................59 BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP................................................................. 59 CELLEN EN WEEFSELS ............................................................................. 63 ENDOCRINOLOGIE ................................................................................... 65 GEDRAGSECOLOGIE ................................................................................ 68 GENOOMBIOLOGIE ................................................................................... 70 Periode 2, niveau 1 cursussen ....................................................................................72 BIOLOGIE VAN DIEREN .............................................................................. 72 BIOLOGIE en ECOLOGIE van PLANTEN .......................................................... 75 Periode 2, niveau 2 cursussen ....................................................................................78 GEDRAGSBIOLOGIE .................................................................................. 78 GENTHERAPIE, KANKER, AIDS .................................................................... 81 METABOLISME ......................................................................................... 83 MOLECULAIR GENETISCHE ONDERZOEKSTECHNIEKEN .................................. 85 VOORTGEZETTE STATISTIEK EN ‘R’ ............................................................. 87 Periode 2, niveau 3 cursussen ....................................................................................89 COMPUTATIONELE BIOLOGIE ..................................................................... 89 DIDACTIEK .............................................................................................. 91 MARIENE WETENSCHAPPEN III: ‘Oceans of the Future’ ...................................... 93 MILEUVERANDERINGEN DOOR DE TIJD ........................................................ 95

5

TROPISCHE ECOSYSTEMEN EN KLIMAAT ..................................................... 97 WETENSCHAPPER IN BELEID ..................................................................... 99 Periode 3, niveau 1 cursussen .................................................................................. 101 BIOTECHNOLOGIE EN MAATSCHAPPIJ ........................................................101 MARIENE WETENSCHAPPEN I ...................................................................103 SYSTEEMBIOLOGIE .................................................................................105 Periode 3, niveau 2 cursussen .................................................................................. 108 BETA IN BEDRIJF EN BELEID .....................................................................108 GEDRAGSOBSERVATIES ..........................................................................110 EVOLUTIE ..............................................................................................112 PALEOECOLOGIE ....................................................................................115 ORIËNTATIE OP DE ONDERWIJSPRAKTIJK ...................................................117 WETENSCHAPS- en TECHNIEKCOMMUNICATIE .............................................119 Periode 3, niveau 3 cursussen .................................................................................. 121 BIO-ETHIEK ............................................................................................121 MOLECULAIRE EUKARYOTE MICROBIOLOGIE ...............................................123 MOLECULAIRE EN CELLULAIRE BIOLOGIE EXPERIMENTEEL ...........................125 MOLECULAIRE EN CELLULAIRE BIOLOGIE THEORETISCH ...............................127 MOLECULAIRE EN CELLULAIRE NEUROBIOLOGIE EXPERIMENTEEL .................129 MOLECULAIRE EN CELLULAIRE NEUROBIOLOGIE THEORETISCH .....................131 ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA ....................................................133 PLANTEN, ADAPTATIE EN AFWEER .............................................................135 TOXICOLOGIE .........................................................................................138 WETENSCHAPPER IN ADVIES ....................................................................141 Periode 4, niveau 1 cursussen .................................................................................. 144 ECOLOGIE .............................................................................................144 EXPERIMENT & STATISTIEK ......................................................................147 Periode 4, niveau 2 cursussen .................................................................................. 149 DE CEL ..................................................................................................149 NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN PLANTENDIVERSITEIT .........................151 NEUROBIOLOGIE ....................................................................................154 Periode 4, niveau 3 cursussen .................................................................................. 156 AQUATISCHE ECOLOGIE ..........................................................................156 BIOLOGISCHE MECHANISMEN IN EEN ‘BIOBASED’ ECONOMIE .........................158 COGNITIE EN GEDRAG .............................................................................160 GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE ..................................162 IMMUNOBIOLOGIE ...................................................................................164 MICROBIËLE ECOLOGIE ...........................................................................166 STAGE WETENSCHAPS- EN TECHNIEKCOMMUNICATIE ..................................167 Alle perioden, niveau 3 cursussen .............................................................................. 169 AFSTUDEEROPDRACHT (Scriptie zonder stage) ...............................................169 ONDERZOEKSPROJECT (Scriptie gecombineerd met stage) ................................171 Biologie in het werkveld niveau 2 cursussen .................................................................. 173 BIOLOGIE IN HET WERKVELD ....................................................................173

Onderwijs en Examenregeling (OER)……………………………..….……………..…………175

6

1.VOORWOORD

Deze gids beschrijft het onderwijsprogramma en de vakken van de bacheloropleiding Biologie. De opleiding biedt je zeer veel keuzevrijheid en er is veel aandacht voor vakspecifieke en academische vaardigheden.

In het eerste jaar van de bacheloropleiding Biologie maak je kennis met

deelgebieden van de biologie. In de daaropvolgende jaren ga je jezelf meer verdiepen in bepaalde specialisaties binnen de biologie. Het onderwijs op niveau 1 heeft een inleidend karakter en biedt je de mogelijkheid

je te orienteren op de breedte van de biologie en de beschikbare studiepaden die je wilt gaan volgen Een studiepad is een samenhangend pakket van cursussen in

een bepaalde richting van de biologie. Uitgebreide informatie over alle studiepaden is te vinden in hoofdstuk 8 van dit document; de PADVINDER. Een behaalde cursus op niveau 1, of aantoonbare kennis van hetzelfde niveau, zijn

vaak een voorwaarde om een cursus op niveau 2 te kunnen volgen. Het onderwijs op niveau 2 is verdiepend van aard en geeft je de gelegenheid om je verder te

oriënteren op een biologische richting waarin je je wilt specialiseren. Behalve een oriënterende functie heeft het niveau 2 onderwijs nog twee andere doelstellingen.

Tijdens deze cursussen maak je kennis, meer dan bij niveau 1, met de onderzoekscyclus en wetenschappelijke integriteit. Daarnaast bekwaam je je verder in een aantal (academische en vakspecifieke) vaardigheden voor het

vervolg van je studie en daarna. Voor het volgen van cursussen op gevorderd niveau (niveau 3) worden veelal behaalde niveau 2 cursussen als verplichte

ingangseis gesteld. Welke ingangseisen gesteld worden voor welke cursus kun je vinden in de cursusbeschrijvingen, in de studiepad beschrijvingen en de PADVINDER (hoofdstuk 8). De cursusbeschrijvingen in deze gids vind je ook op

het web in de universitaire onderwijs-catalogus. Deze onderwijscatalogus kun je bereiken via OSIRIS-student als je als student ingescheven bent bij de Universiteit

Utrecht of openbaar op www.uu.nl/onderwijscatalogus. Binnen de opleiding Biologie zijn eisen gesteld aan de samenstelling van het

cursuspakket. Je moet een aantal onderdelen verplicht volgen, 6 cursussen op niveau 1 en je sluit je opleiding af met de Afstudeeropdracht of het

Onderzoeksproject. Deze bestaat naar keuze uit de Afstudeeropdracht (7½ EC1) of het onderzoeksproject gecombineerd met de scriptiecursus (samen 15 EC). De studiepaden die je volgt vergemakkelijken het kiezen van een samenhangend

pakket van cursussen. De studenten kiezen meerdere studiepaden, maar binnen de major moeten tenminste 6 cursussen op niveau 3 in tenminste 2 biologische

studiepaden worden afgerond. Tevens bereiden de studiepaden voor op mogelijke masterprogramma’s. Wil je echter een specifieke master gaan volgen, in of buiten Utrecht, informeer dan tijdig naar de ingangseisen. Een deel van je opleiding

(25%) mag je besteden aan cursussen bij andere opleidingen. Dit noemen we de profileringsruimte (zie verder hoofdstuk 3.5).

1 Een EC-studiepunt, afgekort als EC, is 28 uur studie (ECTS is de afkorting van European Credit

Transfer System).

7

De opleiding kent een bindend studie advies (BSA). Dat houdt in dat studenten in

het eerste jaar minimaal 45 EC (van de 60) behaald moeten hebben om een positief BSA te krijgen. Bij minder dan 45 EC krijgt de student een negatief BSA,

hetgeen inhoudt dat de student voor 4 jaar uitgesloten wordt van de opleiding. Bij de inhoud van en het bewaken van de kwaliteit van de opleiding onderhoudt de

opleiding nauwe contacten met de Opleidings Advies Raad (OAR), Opleidings Advies Commissie-Biologie (OAC-B), Deelexamencommissie Biologie en de vice-

Voorzitter van de Utrechtse Biologen Vereniging (commisaris Onderwijs). De deelname van studenten binnen vrijwel al deze gremia is van groot belang en wordt door de opleiding sterk gewaardeerd.

8

2. ALGEMEEN

2.1 Onderwijs en Examenregeling (OER) en Studentenstatuut De doelstellingen van de opleiding, de examens, de reglementen, inschrijvingen

en de organisatie van het departement Biologie staan in de Onderwijs- en Examen Regeling (de OER) van de opleiding. De OER is de formele beschrijving van de

opleiding. De OER kun je vinden via http://students.uu.nl/beta/biologie, onder

‘regelingen en procedures’ en in deze gids vanaf p175. De overige zaken van belang staan in het Studentenstatuut van de Universiteit Utrecht (UU)

http://students.uu.nl/praktische-zaken/regelingen-en-procedures/oer-en-

studentenstatuut. In het studenten-statuut vind je informatie over de Universitaire voorzieningen. Beiden worden elk studiejaar herzien.

2.2 Reglement Deelexamencommissie Bachelor opleiding Biologie

Dit reglement is opgesteld door de Deelexamencommissie Biologie en beschrijft de regels en richtlijnen die van toepassing zijn op toetsen en examens. Dit reglement

wordt als het is goedgekeurd toegevoegd aan dit document. 2.3 Informatievoorzieningen

2.3.1 Studenten e-mail Je krijgt van de Universiteit een e-mail adres. Je krijgt hierover per post bericht.

Je studentenmail is een officieel communicatiekanaal en heeft dezelfde status als

een brief: check je e-mail dus regelmatig! Je kunt eventueel e-mail die je op je “students.uu.nl” account krijgt automatisch laten doorsturen naar een ander e-

mail adres. De universiteit ondersteunt gmail, niet hotmail of live.

2.3.2 Osiris Het studievoortgangssysteem van de Universiteit Utrecht heet OSIRIS en is te

raadplegen via OSIRIS-student: https://www.osiris.universiteitutrecht.nl/osistu_ospr/.

Je gebruikt OSIRIS-student om je eigen gegevens (bijvoorbeeld je cijfers) te raadplegen, adreswijzigingen door te geven en, voor de 1e jaars vanaf de tweede

helft van het 1e studiejaar, je aan te melden voor cursussen (zie hiervoor ook

hoofdstuk 5 in deze gids).

2.3.3 Blackboard Blackboard is de electronische leeromgeving van de opleiding en wordt door vrijwel alle cursuscoördinatoren gebruikt. Via dit medium worden door docenten

informatiebronnen en instructies aangeboden. Tevens worden via Blackboard ‘last minute’ wijzigingen in roosters en andere practische zaken meegedeeld.

Blackboard kun je bereiken via http://www.uu.nl/blackboard. Er zijn ook apps voor iOS en Android systemen beschikbaar via Apple Store of Play Store.

2.3.4 Studiepunt Biologie2 Het Studiepunt Biologie van de afdeling Onderwijs- en Studentenzaken zorgt voor

2 Iedere student wordt dringend verzocht om verandering of beëindiging van de studie, langdurige

studieonderbreking e.d. aan het studiepunt Biologie door te geven.

9

de verspreiding van informatie over het onderwijs, de roosters, en de tentamens.

Zij maakt hiervoor gebruik van de studenten e-mail en de onderwijswebsite van

biologie. Zij zijn tevens verantwoordelijk voor de juiste administratieve verwerking van toetsresultaten en het aanvragen van examens. Voor alle vragen over

inschrijving, betalen collegegeld etc. kun je niet terecht bij het studiepunt maar bij

Studentenservice. Hierover kun je lezen in het Studentenstatuut (zie bijlage en website).

Studiepunt Biologie (Buys Ballotgebouw; BBG)

Princetonplein 5 3584CC Utrecht

Kamer 1.24 tel. 030-2536705) (open van 10.00-13.30 uur),

e-mail: science.bio.ba@uu.nl Je wordt bij het studiepunt geholpen door:

mw. S. Kollar

2.3.5 Studieadviseur voor de bacheloropleiding

De studieadviseur is het aanspreekpunt voor de student met betrekking tot zowel inhoudelijke studiegerelateerde vragen als vragen over planning, toegang tot masters, studeren in het buitenland, en persoonlijke problemen. Studenten die om

wat voor reden dan ook studievertraging dreigen op te lopen wordt aangeraden zo snel mogelijhk contact op te nemen met de studieadviseur.

mw.dr. Isolde den Tonkelaar, kamer 1.83 BBG e-mail: studieadviseur.bio@uu.nl

spreekuren:

ma en do 11.00-12.00 uur, op afspraak, ma en do 12.30-13.30 uur, open spreekuur

Een afspraak maak je via deze link.

2.3.6 Facultaire klachtencoördinator mw.dr. C.J.F. de Wolf tel. 030-2532267

e-mail: c.j.f.dewolf@uu.nl

10

2.3.7 Deelexamencommissie Biologie Verzoeken en klachten gericht aan de Examencommissie Biologie kun je sturen

naar examencommissie.bio@uu.nl. Hiervoor is een formulier ontworpen dat je moet invullen en opsturen naar bovengenoemd emailadres. Het formulier kun je downloaden via: http://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-

en-procedures

2.3.8 Coördinator/manager bacheloropleiding Biologie dr. A.J.M. (Ton) Peeters Kruytgebouw, kamer Z407

e-mail: a.j.m.peeters@uu.nl

2.3.9 De practicumzalen De practica van de cursussen volg je in de practicumzalen op de 3e of 4e verdieping van het Koningsbergergebouw, Budapestlaan 4B of op de 4e verdieping

van het Kruytgebouw, Padualaan 8 (Z428). De werkcolleges en de computerpractica zijn in het Minnaertgebouw, Leuvenlaan 4

of in het Buys Ballotgebouw, Princetonlaan 5. Dhr. T. van Domselaar is de beheerder van de practicumruimten in het

Koningsbergergebouw. Hij regelt de practicummaterialen, verhuur en uitleen van microscopen, verkoop van dictaten, etc. Zijn kamer is 3.24 in het Koningsbergergebouw, tel. 030 2531221.

2.3.10 BioSCOPE

De Utrechtse Biologen Vereniging (UBV) geeft in samenwerking met de opleiding het maandblad de bioSCOPE uit. Ook hierin is regelmatig informatie over de

opleiding te vinden.

11

3. HET ONDERWIJS VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE

3.1 Doelstellingen

Het doel van de opleiding is dat de afgestudeerde beschikt over vakgebonden kennis en vaardigheden. De bachelor kan centrale biologische concepten evolutie,

structuur & functie, informatieverwerking, energie & metabolisme en systemen herkennen, beschrijven en, afhankelijk van de gekozen specialisatie, toepassen binnen de context van relevante vakgebieden binnen de biologie,

laboratoriumvaardigheden en kwantitatieve onderzoekstechnieken toepassen in biologisch wetenschappelijk onderzoek en zelfstandig, maar onder supervisie, een

biologisch onderzoek formuleren, opzetten, uitvoeren en de resultaten analyseren, interpreteren en presenteren. Daarnaast beschikt de afgestudeerde over academische en leervaardigheden.

De bachelor is in staat om mondeling en schriftelijk te rapporteren over het bestudeerde vakgebied, zowel voor een publiek van specialisten als voor niet-

specialisten, kritisch te reflecteren op eigen en andermans handelen in professionele context en is in staat maatschappelijke en ethische consequenties van biologisch onderzoek te evalueren en een weloverwogen keuze te maken voor

nadere specialisatie in een Masteropleiding, dan wel voor een functie op de arbeidsmarkt.

3.2 Eindtermen

De bachelor Biologie: 1. heeft kennis en begrip van de centrale biologische concepten; evolutie,

structuur & functie, informatieverwerking, energie & metabolisme en

systemen, en kan deze, afhankelijk van de specialisatie, toepassen in een of meerdere vakgebieden in de biologie

2. kan gebruik maken van het interdisciplinaire karakter van de wetenschap en dit toepassen voor het oplossen van biologische problemen

3. beschikt over de vaardigheid om een verscheidenheid aan basale

onderzoeks-technieken toe te passen en kan zich nieuwe technieken eigen maken

4. is in staat om, in beperkte mate zelfstandig, een wetenschappelijk probleem te vertalen in een experimenteel onderzoeksplan, dat uit te voeren en de resultaten ervan te analyseren en te interpreteren, in relatie tot de relevante

literatuur 5. is in staat om de door hem/haar zelf geselecteerde wetenschappelijke

literatuur en andere databronnen kritisch te analyseren, interpreteren en evalueren

6. is in staat om in professionele context mondeling te communiceren over zijn

vakgebied 7. is in staat om in professionele context schriftelijk te communiceren over zijn

vakgebied 8. is in staat om, in beperkte mate zelfstandig, kennis te vergaren voor het

oplossen van complexe biologische problemen, zowel individueel als in een

(multidisciplinair) team 9. is in staat kritisch te reflecteren op eigen en andermans handelen in

professionele context ten einde zijn/haar (en hun) bijdrage te verbeteren;

12

10. is in staat te reflecteren op de maatschappelijke en ethische consequenties

van biologisch onderzoek en kan zijn/haar mening met argumenten onderbouwen

11. Kan een weloverwogen keuze maken voor een vervolgopleiding of beroep. 3.3 Onderwijs- en ExamenRegeling (OER)

De bacheloropleiding biologie heeft een omvang van 180 EC3FF en bestaat uit de

major biologie en een vrij deel, de profileringsruimte. Het programma van de

opleiding en de bijbehorende regelingen staan beschreven in de Onderwijs- en Examenregeling (OER). De OER wordt elk jaar opnieuw herzien en is te vinden vanaf p175 in deze gids en op de website: http://students.uu.nl/beta/biologie,

onder ‘regelingen en procedures’.

3.4 Bindend studieadvies Alle eerstejaars studenten krijgen aan het einde van het eerste studiejaar een schriftelijk bindend studieadvies (BSA) van de onderwijsdirecteur. Indien de

student in juli na alle herkaningen niet voldaan heeft aan de eis van 45 behaalde EC dan ontvangt hij een negatief bindend studieadvies. De student mag niet

doorgaan met de studie Biologie in Utrecht en kan zich gedurende 4 jaar niet meer inschrijven voor deze studie in Utrecht. Dit bindend studieadvies wordt in januari

vooraf gegaan door een niet-bindend pre-advies. Dit is bedoeld als reflectiemoment; studenten met een twijfel of negatief advies wordt sterk aangeraden de studievoortgang met de studieadviseur te bespreken en eventueel

te besluiten te stoppen met de studie. Als je vóór 1 februari je studiefinanciering stopt, worden je studentenreisproduct en aanvullende beurs automatisch een gift.

Er is een voorwaarde: je mag in hetzelfde studiejaar geen studiefinanciering meer aanvragen voor een opleiding aan hbo of universiteit (https://duo.nl/particulieren/student-hbo-of-universiteit/studeren/stoppen-met-je-

studie.asp). Als je in het eerste jaar van inschrijving voor 1 februari stopt met de opleiding en

je uitschrijft bij de Universiteit Utrecht krijg je geen negatief BSA. In geval van uitzonderlijke omstandigheden waardoor de student sterke hinder ondervindt bij het studeren kan de Deelexamencommissie besluiten het negatief

BSA om te zetten naar een aangehouden advies. Voorwaarde hiervoor is dat de student dit zo snel mogelijk gemeld heeft aan de studieadviseur.

De precieze voorwaarden met betrekking tot BSA zijn na te lezen in de OER, artikel 7.4.

3.5 Het programma van de opleiding De opleiding bestaat uit een major (135 EC) en een vrije profileringsruimte (45

EC) gevuld met cursussen van elk 7½ EC of een veelvoud daarvan op drie niveaus. De zes verplichte cursussen van jaar 1 zijn alle van niveau 1 (inleidend), daarnaast zijn er een aantal keuzecursussen van niveau 1, 2 (verdiepend) of 3

(gevorderd). In totaal moet je 45 EC aan cursussen op niveau 3 halen, waarvan minimaal 37½ binnen de major. De eisen voor major en

3 Een EC-studiepunt, afgekort als EC, is 28 uur studie (ECTS is de afkorting van European Credit

Transfer System).

13

profileringsruimte volgen hieronder. De cursussen die tot de major biologie horen,

staan vermeld in de OER. De beschrijving van deze cursussen vind je in deze studiegids en in de onderwijscatalogus op het web. Cursussen, die niet in de OER

van Biologie staan en die je volgt bij andere opleidingen, breng je onder in de profileringsruimte van je bachelorprogramma.

3.5.1 Major De MAJOR biologie bestaat uit maximaal 18 cursussen van 7½ EC (totaal 135

EC). Voor studenten tot en met 2012 als jaar van aanvang geldt dat zij 10

verplichte cursussen moeten volgen; - 8 cursussen van het eerste jaar (niveau 1, 60 EC)

- de cursus Toegepaste Biostatistiek (niveau 2, 7½ EC) - de Afstudeeropdracht (niveau 3, 7½ EC) óf Scriptiedeel van het

Onderzoeksproject (niveau 3, 7½ EC). Het Stagedeel van het

Onderzoeksproject is een keuzecursus van de major (zie onder). De overige 8 cursussen (60 EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER

staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze 8 cursussen gelden een aantal regels:

- je volgt tenminste 2 keuzecursussen (15 EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 (het stagedeel van

het Onderzoeksproject telt hier niet mee),

- voor de overige 2 keuzecursussen (15 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van niveau 2 en 3 cursussen van de major (uit de gids).

In totaal moet je in de major dus minimaal 5 niveau 3 cursussen (inclusief de Afstudeeropdracht óf Scriptiedeel van het onderzoeksproject) gevolgd hebben.

Figuur 2. Omvang in EC van de verschillende onderdelen van de bachelor Biologie (vanaf 2013)

Voor studenten vanaf 2013 als jaar van aanvang geldt dat zij 7 verplichte cursussen moeten volgen;

- 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC). - de Afstudeeropdracht (niveau 3, 7½ EC) óf Scriptiedeel van het

Onderzoeksproject (niveau 3, 7½ EC). Het stagedeel van het Onderzoeksproject

is een keuzecursus van de major (zie onder). De overige 11 cursussen (82½ EC) van de major zijn keuzecursussen die in de

OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze 11 cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 3 keuzecursussen (22½ EC) op niveau 2,

- je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 (het stagedeel van het Onderzoeksproject telt hier niet mee),

14

- voor de overige 4 keuzecursussen (30 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst

van niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major, hierbij moeten minimaal 2 cursussen op niveau 2 en/of 3 zijn (zie hiervoor de gids, het stagedeel van

het Onderzoeksproject telt hier wel mee). In totaal moet je in de major dus minimaal 5 niveau 3 cursussen (inclusief de Afstudeeropdracht óf Scriptiedeel van het onderzoeksproject) gevolgd hebben.

3.5.2 Profileringsruimte

In de bacheloropleiding biologie heb je een profileringsruimte van 45 EC (6 cursussen van 7½ EC). De cursussen in deze ruimte kun je zowel buiten als binnen de bacheloropleiding biologie kiezen. Alle cursussen van de Universiteit

Utrecht vind je in de universitaire onderwijscatalogus

via de openbare versie op www.uu.nl/onderwijscatalogus.

Tenminste twee cursussen (15 EC) van de profileringruimte moeten bestaan uit cursussen op niveau 2 of 3. Let op dat je voldoet aan de eis van totaal 45 EC aan cursussen op niveau 3 (waarvan minimaal 37½ binnen de major).

Je kunt (een deel) van je profileringsruimte ook opvullen met een minor.

3.5.3 Minor Een minor is een samenhangend pakket cursussen, dat je in je profileringsruimte

bij een andere bacheloropleiding kunt volgen. Een groot aantal bachelor opleidingen bieden complete minorprogramma’s aan. Een minor bestaat doorgaans uit 30 EC, waarvan tenminste 7,5 EC op niveau 2.

Informatie over minorprogramma’s van andere Utrechtse opleidingen kun je vinden via de minorsite: www.uu.nl/minors.

3.6 Samenvatting

Major en profileringsruimte samen: tenminste 45 EC moet op niveau 3 zijn.

Major biologie start studie tot en met 2012 (135 EC) tenminste:

a niveau 1: 60 EC in jaar 1

b niveau 2: 22½ EC

c niveau 3: 37½ EC

d niveau 2 e/o 3: 15 EC

Onderzoekstage (7,5 ECTS; B-B3ONST) valt onder d

Major biologie start studie vanaf 2013 (135 EC) tenminste:

a niveau 1: 45 EC in jaar 1

b niveau 2: 22½ EC

c niveau 3: 37½ EC

d niveau 1, 2 e/o 3: 30 EC

Onderzoeksstage (7,5 ECTS, B-B3ONST) valt onder d

Profileringsruimte (45 EC)

niveau 2 e/o 3: 15 EC

niv. 1, 2 e/o 3: 30 EC

Let op; je moet minimaal 6 cursussen op niveau 3 hebben, 5 in major plus 1 in major of profileringsruimte

Minor (= 30 ECTS van de profileringsruimte)

niveau 2: 7½ EC tenminste 1 cursus op niveau 2

niv. 1, 2 e/o 3: 22½ EC 3 cursussen

2 cursussen

4 cursussen

4 cursussen, plus de Scriptie (7,5 ECTS; B-B3AFST05 óf B-B3ONSCR)

3 cursussen, waaronder Toegepaste biostatistiek

4 cursussen, waarvan minimaal 2 op niveau2 e/o 3

8 cursussen

2 cursussen, waarvan minimaal 1 op niveau 3

6 cursussen

3 cursussen

4 cursussen, plus de Scriptie (7½ EC; B3AFST óf B3ONSCR)

15

3.7 Vaardigheden

In het eerste studiejaar besteed je veel aandacht aan (academische- en studie-) vaardigheden die je (later) nodig hebt in het vervolg van je studie en daarna. In

jaar 2 en 3 wordt deze vaardighedenlijn voortgezet. Welke vaardigheid(heden) in een cursus speciaal aandacht krijgen, kun je lezen bij de cursusbeschrijvingen in het tweede deel van deze studiegids.

3.8 Cursussen buiten de opleiding Biologie

Als je (in de profileringsruimte) onderwijs bij een andere opleiding aan de Universiteit Utrecht (UU) of daarbuiten volgt, dan kun je in die periode (of timeslot) geen onderwijs van Biologie zelf volgen. In het biologierooster is geen

ruimte gereserveerd om daarbuiten onderwijs te volgen. De bachelorcursussen aan de UU zijn alle in dezelfde 4 cursusperioden geroosterd. Bij andere

universiteiten gelden andere perioden. Voor het volgen van cursussen buiten de Universiteit Utrecht moet je vóóraf toestemming vragen aan de examencommissie door middel van een e-mail naar

studieadviseur.bio@uu.nl.

3.9 Suggesties voor cursussen buiten Biologie De cursussen in het schema zijn natuurlijk maar een kleine greep uit de cursussen

die Biologiestudenten buiten Biologie aan de Universiteit Utrecht kunnen kiezen. Een compleet overzicht is te vinden in de Osiris Onderwijscatalogus, www.uu.nl/onderwijscatalogus. Klik aan ‘bijvakker’=’ja’ en kies een faculteit en/of

periode en/of niveau. Wil je binnen de faculteit Bètawetenschappen een keuzecursus kiezen, dan is de betaplanner handig om te gebruiken.

Bij het opdoen van inspiratie voor losse cursussen kun je ook kijken bij de minors, www.uu.nl/minors. Kijk ook op de webpagina onder ‘profileringsruimte/minors’. Kijk ook eens op het prikbord bij Studiepunt voor aankondigingen van interessante

cursussen.

cursusnaam cursuscode Periode* Timeslot*

Studium generale

Wetenschapsfilosofie 201500030 3 E

Duurzaamheid als wereldbeeld GEO3-5004 3 E

Geowetenschappen

Paleoklimatologie en paleoecologie GEO3-1329 1 A

Systeem aarde1 GEO1-1191 1 AD

Landschapsecologie en natuurbeheer GEO3-2140 1 D

Deformatie en metamorfose van de

korst

GEO2-1209 2 A

Sedimentaire systemen GEO2-1208 3 C

Evolutie en ecologie GEO2-1215 3 A

Paleoceanografie GEO3-1318 3 A

Mens en landschap GEO2-4210 3 C

Milieu, gedrag en communicatie GEO2-2116 4 D

The microscope and the elephant GEO2-2142 4 B

Veldwerk 2 Pyreneeën II** GEO3-1217 4 ABCDE

BMW

Infectie en afweer BMW20805 1 BC

Clinical trials BMW30905 1 BC

16

Orgaansystemen BMW20205 2 BC

Farmacologie BMW30405 4 BC

Communiceren via het DNA-lab*** BMW31709 1,2,3,4 Zie Osiris

Psychologie

Psychofarmacologie 200300081 1 D

Klinische neuropsychologie 200300073 2 B

Hersenontwikkeling: gedrag en leren 200800009 4 C

Bèta breed

Leraar tohv1 AS-202B 3 en 4 AD

Leraar tohv2 AS-304B 1 en 2 AD

A Life in Science BETA-B2WB 3

Farmacie

Infecties FA-206 3 AD

Geneesmiddel en patiënt FA-201 4 BC

Scheikunde

Spectroscopie en analyse SK-BSPAN 3 AD

Natuurkunde

Klimaatverandering in context NS-194B 3 AD

De wetenschappelijke revolutie NS-155B 4 C

Informatica

Imperatief programmeren INFOIMP 1 D * aan het opzoeken van deze gegevens is veel zorg besteed; als je een cursus wilt volgen, controleer dan echter altijd in de Osiris Onderwijscatalogus of de cursus nog steeds gegeven wordt en of dat nog steeds in dezelfde periode en hetzelfde timeslot is. Controleer zelf of je aan de ingangseisen voldoet. ** ingangseisen voor Veldwerk Pyreneeën II voor Biologiestudenten: voor 1 maart van het lopende studiejaar voldaan hebben aan de volgende eisen: - tenminste 75 majorgebonden studiepunten hebben behaald; - tenminste 30 majorgebonden studiepunten op niveau 2 hebben behaald; - Sedimentaire systemen (GEO2-1208) hebben behaald; - Mariene Wetenschappen II (B-B2MAWE14) en Experiment en statistiek (B-B1EXST13) hebben behaald. NB: De cursus Deformatie en metamorfose van de korst (GEO2-1209) wordt dringend als ingangseis geadviseerd. Kennis van deze cursus is essentieel. ***De cursus Communiceren via het DNA-lab kun je niet doen als je de cursus Didactiek hebt gedaan of gaat doen.

3.10 Wat te doen als je eerste keus buiten Biologie is?

Je schrijft je dan zelf in voor je cursus van eerste keuze (meestal via Osiris). Vul altijd een tweede- en derdekeuzeformulier in voor Biologie! Studiepunt Biologie weet echter niet of je voor je eerste keuze geplaatst bent. Laat het dus zo snel

mogelijk weten aan studiepunt Biologie als je niet geplaatst bent. In de meeste gevallen is er nog maar een beperkt aantal plaatsen bij de ‘na-inschrijving’ van

Biologie. Vanwege het beperkte aantal plaatsen heeft Biologie geen formele na-inschrijving via Osiris. Als je bij studiepunt Biologie aangegeven hebt dat je niet geplaatst bent voor je

cursus buiten Biologie, ontvang je van studiepunt Biologie nader bericht over de eventuele ‘na-inschrijving’.

Als er bij Biologie onverhoopt geen plaats meer is, dan kun je je nog bij de na-inschrijving via Osiris voor een cursus van een andere opleiding inschrijven. Zorg dat je daar op voorbereid bent door van te voren te kijken wat je tweede- en

derde keus buiten Biologie zou zijn.

17

Als je cursussen in het buitenland wilt volgen, begin dan minimaal een jaar van te

voren met de voorbereidingen. Informatie over studeren in het buitenland vind je via http://students.uu.nl/onderwijs/studeren-in-het-buitenland. In het ERASMUS

uitwisselingsprogramma kun je aan veel Europese universiteiten cursussen volgen zonder dat je daarvoor extra collegegeld moet betalen.

Begin tijdig met het plannen van vakken die je buiten de eigen opleiding wilt volgen! Houd er rekening mee, dat:

- de onderwijsperiodes en inschrijfprocedures bij andere onderwijsinstellingen vaak niet overeenkomen met die van de UU en dat je daardoor studie-vertraging kunt oplopen,

- cursussen die je buiten Biologie wilt volgen, in een vrij vroeg stadium al vol kunnen zitten,

- er ingangseisen kunnen zijn om een cursus te mogen volgen. 3.11 Het timeslot rooster en belangrijke data

Het jaarrooster bestaat uit vier onderwijsperioden van elk 10 weken. In elke periode volg je, om 60 studiepunten per studiejaar te halen, twee cursussen. Het

is niet mogelijk en ook niet toegestaan, om bij Biologie meer dan twee cursussen tegelijk in één periode te volgen4. Reden hiervoor is dat Biologie twee

timeslotcombinaties voor elke cursus gebruikt. Een timeslot bestaat uit een aantal dagdelen waarin de cursus wordt gegeven.

TIMESLOTMODEL

Tijd dag maandag dinsdag woensdag donderdag vrijdag

09:00-10:45 A1 B1 A4 C6 D4

11:00-12:45 A2 B2 A5 C7 D5

13:15-15:00 C1 C4 D1 B3 D6

15:15-17:00 C2 C5 D2 B4 D7

17:15-19:00 C3 A3 D3 B5 D8

19:15-22:00 E1 E2 E3 E4

De meeste cursussen van Biologie worden gegeven tussen 9:00 en 17:00 in de timeslotcombinaties A+D (maandagmorgen, woensdag en vrijdag) en B+C

(maandagmiddag, dinsdag en donderdag). In een onderwijsperiode kun je bij biologie twee cursussen tegelijk volgen, de ene in timeslot A+D, de andere in

timeslot B+C. In het studiejaar 2015-’16 beginnen de cursussen op maandag 31 augustus.

4 Uitzondering: cursussen bij andere opleidingen die in timeslot E worden gegeven kunnen wel als derde cursus gevolgd worden, bij vooorbeeld cursussen bij Studium Generale, www.sg.uu.nl.

18

Van tot en met

Periode 1 week 36 t/m 45 31-aug-15 6-nov-15

Periode 2 week 46 t/m 4 9-nov-15 29-jan-16

Periode 3 week 6 t/m 15 8-feb-16 15-apr-16

Periode 4 week 17 t/m 26 25-apr-02 1-jul-16

Vakantie/vrij Let op aanvullende toetsing! Van tot en met

Kerstvakantie week 52+53 21-dec-15 1-jan-16

Onderwijsvrij week 5 1-feb-16 5-feb-16

Onderwijsvrij week 16 18-apr-16 22-apr-16

Zomervakantie week 27 4-jul-16 2-sep-16

Aanvullende toetsing van tot en met

Aanvullende toetsing periode 1 week 52 21-dec-15 23-dec-15

Aanvullende toetsing periode 2 week 16 18-apr-16 22-apr-16

Aanvullende toetsing periode 3 week 27 7-jul-16 8-jul-16

Aanvullende toetsing periode 4 week 28 11-jul-16 15-jul-16

Cursusinschrijving van tot en met

Cursusinschrijving periode 1 via Osiris student 1-jun-15 28-jun-15

Cursusinschrijving periode 2 via Osiris student 31-aug-15 27-sep-15

Cursusinschrijving periode 3 via Osiris student 2-nov-15 29-nov-15

Cursusinschrijving periode 4 via Osiris student 25-jan-16 21-feb-16

Cursusuitschrijving op

Cursusuitschrijving periode 1 via Osiris student 17+18-aug-15

Cursusuitschrijving periode 2 via Osiris student 26+27-okt-15

Cursusuitschrijving periode 3 via Osiris student 18+19-jan-16

Cursusuitschrijving periode 4 via Osiris student 5+6-apr-16

Diploma uitreikingen op

23-mrt-16

26-sep-16

3.12 Regels aanvullende toetsing5F

Als je voor een cursus een onvoldoende eindcijfer haalt en je eindcijfer voor de

cursus is lager dan 4.0 (dus 3,9 en lager), dan mag je niet meedoen aan de aanvullende toetsing (herkansing)!

1. Als je na het afleggen van een herkansingstoets nog geen voldoende eindcijfer (5,5 en hoger) voor de cursus hebt gehaald, vervallen alle deelcijfers van de betreffende cursus, ook de eventueel behaalde voldoende deelcijfers.

Een verplichte cursus moet je het studiejaar daarop overdoen. Als het een keuzecursus betreft dan kun je een andere cursus kiezen. Je kunt je

onvoldoende dus niet wegwerken door in het volgende studiejaar alleen deel te nemen aan de herkansingstoets(en).

5 Deze punten zijn opgenomen in de Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) van de bacheloropleiding

Biologie 2015-‘16 (zie OER in deze gids vanaf p175).

19

Als je vanwege een aantoonbare overmachtsituatie (bijvoorbeeld je bent/was ziek) niet in staat bent of niet in staat bent geweest tot het afleggen van maximaal één

deeltoets per cursus, dan mag je alsnog aan de herkansingstoets deelnemen, mits: 1. je de overmachtsituatie zo snel mogelijk (voor of na) de toets die je hebt

gemist, hebt gemeld bij het studiepunt Biologie. Ingeval van ziekte moet je een doktersverklaring inleveren.

2. De herkansingstoets wordt eenmaal gegeven. Mis je deze, om welke reden dan ook, dus ook door overmacht, dan is er niet nog een volgende inhaalmogelijkheid.

20

4. DE CURSUSSEN VAN DE BACHELOR OPLEIDING BIOLOGIE De cursussen van de Bacheloropleiding Biologie zijn opgedeeld in niveau 1

(inleidend), 2 (verdiepend) en niveau 3 (gevorderd) en ondergebracht in studiepaden (hoofdstuk 8; PADVINDER). Alle cursussen zijn 7,5 EC tenzij anders

vermeld bij de cursusbeschrijvingen verderop in dit document. 4.1 Cursussen op niveau 1

In het eerste jaar volg je 6 niveau 1 verplichte cursussen die je een breed beeld geven van de biologie en je in staat stellen een verantwoorde keuze te maken

voor het vervolg van je opleiding. Je kiest gedurende dit eerste jaar een aantal studiepaden in de richting(en) waarin je je verder zou willen specialiseren. Naast verplichte cursussen zijn er gedurende het eerste jaar, in periode 3 en 4, 2

keuzemomenten waarbij je een keuze kunt maken uit niveau 1 en soms niveau 2 keuzecursussen van Biologie of daarbuiten. Het volgen van niveau 2 cursussen bij

Biologie in het eerste jaar is alleen toegestaan als je 4 cursussen behaald hebt op het moment van inschrijven.

4.2 Cursussen op niveau 2 De cursussen op niveau 2 (verdiepend) geven je een oriëntatie op en verdieping in

deelgebieden van de Biologie. Je doet in deze cursussen onderzoekservaring op, past onderdelen van de empirische cyclus toe en ontwikkelt eenvoudige

biologische concepten. Daarbij maak je gebruik van wetenschappelijke literatuur. We verwachten van je dat je leert argumenteren over biologisch-maatschappelijke problemen, kritisch leert analyseren en leert reflecteren op je eigen functioneren

en studievoortgang.

Vanaf studiejaar 2013-’14 zijn de module cursussen die door de UBV georganiseerd worden ondergebracht binnen het Biologie curriculum en worden ze mede door de opleiding georganiseerd. Een module cursus is 2,5 EC waard en

door drie cursussen succesvol af te ronden kun je de cursus ‘Biologie in het werkveld’ voor 7,5 EC af laten tekenen (profileringsruimte!). Zie voor meer

informatie de cursusbeschrijving van ‘Biologie in het Werkveld. Voor de meeste niveau 2 cursussen is ‘voorkennis’ nodig. Voor die cursussen

worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op in je eerste studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen die bij

Biologie cursus(sen) willen volgen). Bij de cursusbeschrijvingen én in de studiepadbeschrijvingen staan aangegeven wat de ingangseisen zijn.

4.2.1 Uitsluitingen niveau 2 Een aantal niveau 2 cursussen hebben veel overlap met andere cursussen. Het is

daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de andere al hebt afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd.

Huidige cursus Niet toegestaan als je hebt gevolgd:

Mariene wetenschappen I (B-B1MAWE13)

Mariene Wetenschappen 1 (B-B2MSCI07)

Neurobiologie (B-B2NEUR10) Neurowetenschappen (BMW)

21

Moleculaire en genetische onderzoeks-technieken (B-B2MGOT14)

Moleculaire Genetica

Oriëntatie Onderwijspraktijk (BETA-B1OOP)

OCEP, Didactiek (B-B2DID09 of B-B3DID14)

4.3 Cursussen van niveau 3 De niveau 3 cursussen geven je door een breed aanbod van cursussen de

mogelijkheid om een verantwoorde keuze te maken voor een masterprogramma. Op niveau 3 werk je vrijwel uitsluitend met primaire literatuur op het vakgebied

van een onderzoeksgroep. Je neemt dan in de vorm van kleine projecten actief deel aan het universitaire onderzoek.

In de niveau 3 cursussen leer je: ─ Integreren / synthetiseren, dat wil zeggen voorspellen op basis van theorie;

zicht krijgen op samenhang tussen bestudeerde vakken en theorieën; theorie toepassen; aanzet tot specialisatie; vaardigheden en kennis toepassen bij een biologische vraagstelling.

─ Wetenschappelijk en conceptueel denken: specifieke methoden en technieken toepassen, een eigen bijdrage leveren aan een onderzoeksvraagstelling,

ontwerpen en uitvoeren van experimenten, in samenhang evalueren van wetenschappelijk informatie over hetzelfde onderwerp uit verschillende bronnen en bovendien vanuit verschillende wetenschappelijke theorieën en

perspectieven.

Voor de meeste niveau 3 cursussen is ‘voorkennis’ nodig. Voor die cursussen worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op in je eerste studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen die bij

Biologie cursus(sen) willen volgen) en/of door het volgen van een of meer niveau 2 cursussen. Bij de cursusbeschrijvingen én in de studiepadbeschrijvingen staat

aangegeven wat de ingangseisen zijn. 4.3.1 Uitsluitingen niveau 3

Een aantal niveau 3 cursussen hebben veel overlap met andere cursussen. Het is daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de andere al hebt

afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd met de namen van de ‘oude’ cursus die ze vervangen.

Huidige cursus Niet toegestaan als je hebt gevolgd:

Didactiek niveau 3 (B-B3DID14) Didactiek niveau 2 (B-B2DID09)

Moleculaire eukaryote microbiologie Eukaryote microbiologie

Vanwege grote overlap mag je slechts één van de volgende cursussen doen; B-B3MCBE, B-B3MCBE, B-B3MCNT of B-B3MCNE

22

4.4 Jaarrooster 2015-2016 Bachelor Biologie

Ba

ch

elo

rop

leid

ing

Bio

log

ie n

ive

au

1,

2 e

n 3

in

20

15

-20

16

10-m

ei-

15

Niv

ea

u 1

Tim

eslo

tM

ari

en

e W

ete

nsch

ap

pe

n I (

Bio

ke

uze

)

A+

DB

iote

ch

no

log

ie (

Bio

ke

uze

cu

rsu

s)

Tim

eslo

t

B+

C

Niv

ea

u 2

Th

eo

reti

sch

e e

co

log

ieM

ol. g

en

. o

nd

erz

oe

kste

ch

nie

ke

nW

ete

nsch

ap

s e

n t

ech

nie

kco

mm

un

icati

eD

e C

el

Tim

eslo

tP

lan

ten

fysio

log

ieG

en

the

rap

ie, kan

ke

r e

n a

ids

(BE

TA

-B2W

TC

)N

eu

rob

iolo

gie

A+

DV

oo

rtg

eze

tte

Sta

tisti

ek e

n 'R

' (n

ieu

w)O

rië

nta

tie

On

de

rwijs P

rakti

jk (

BE

TA

-B2O

OP

)

Be

ta in

Be

dri

jf e

n B

ele

id (

BE

TA

-B2B

BB

)

Ge

dra

gso

bse

rvati

es (

nie

uw

)

On

twik

ke

lin

gsb

iolo

gie

Ge

dra

gsb

iolo

gie

E

vo

luti

eN

atu

urb

eh

ou

d, d

uu

rzaam

h. e

n p

lan

ten

div

.

Tim

eslo

tM

icro

bië

le in

tera

cti

es

Me

tab

olism

eP

ale

oe

co

log

ie

B+

CM

ari

en

e w

ete

nsch

ap

pe

n II

Mo

l. g

en

. o

nd

erz

oe

kste

ch

nie

ke

n

Niv

ea

u 3

Ge

no

om

bio

log

ieW

ete

nsch

ap

pe

r in

be

leid

E

ukary

ote

mic

rob

iolo

gie

Ge

sch

ied

en

is e

n w

ijsb

eg

ee

rte

vd

bio

log

ie

Ge

dra

gse

co

log

ie

Milie

uv

era

nd

eri

ng

en

do

or

de

tijd

To

xic

olo

gie

Ev

olu

tie

3

Tim

eslo

tC

elle

n e

n w

ee

fse

lsD

idacti

ek

We

ten

sch

ap

pe

r in

ad

vie

sS

tag

e w

ete

nsch

ap

s-

en

te

ch

nie

kco

m-

A+

DB

iod

ive

rsit

eit

en

lan

dsch

ap

(15 s

tp)

Mo

l. e

n c

ell. b

iolo

gie

exp

eri

me

nte

el

mu

nic

ati

e (

BE

TA

-B3W

TS

)

Mo

l. e

n c

ell. b

iolo

gie

th

eo

reti

sch

Mo

l. e

n c

ell. n

eu

rob

iolo

gie

exp

eri

me

nte

el

Mo

l. e

n c

ell. n

eu

rob

iolo

gie

th

eo

reti

sch

Scri

pti

e/o

nd

erz

oe

ksp

roje

ct

Scri

pti

e/o

nd

erz

oe

ksp

roje

ct

Scri

pti

e/o

nd

erz

oe

ksp

roje

ct

Scri

pti

e/o

nd

erz

oe

ksp

roje

ct

En

do

cri

no

log

ieM

ari

en

e w

ete

nsch

ap

pe

n III

Pla

nte

n, ad

ap

tati

e e

n a

fwe

er

Aq

uati

sch

e e

co

log

ie

Bio

div

ers

ite

it e

n lan

dsch

ap

(15 s

tp)

Co

mp

uta

tio

ne

le b

iolo

gie

On

twik

ke

lin

gsb

iolo

gie

en

ge

ne

tica

Co

gn

itie

en

ge

dra

g

Tim

eslo

tT

rop

isch

e e

co

sys

tem

en

en

klim

aat

Bio

-eth

iek

Bio

l. m

ech

an

ism

en

in

'b

iob

ase

d' e

co

no

mie

B+

CIm

mu

no

bio

log

ie

Mic

rob

iële

eco

log

ie

Scri

pti

e/o

nd

erz

oe

ksp

roje

ct

Scri

pti

e/o

nd

erz

oe

ksp

roje

ct

Scri

pti

e/o

nd

erz

oe

ksp

roje

ct

Scri

pti

e/o

nd

erz

oe

ksp

roje

ct

Tim

eslo

t A

+D

: m

a-m

org

en

/ w

o / v

rT

ime

slo

t B

+C

: m

a-m

idd

ag

/ d

i / d

o

31-8

-2015 t

/m 6

-11-2

015

Pe

rio

de

3P

eri

od

e 4

9-1

1-2

015 t

/m 2

9-1

-2016

8-2

-2016 t

/m 1

5-4

-2016

25-4

-2016 t

/m 1

-7-2

016

Eco

log

ie (

Bio

ke

uze

cu

rsu

s)

Exp

eri

me

nt

en

Sta

tisti

ek

Pe

rio

de

2

Pe

rio

de

1P

eri

od

e 2

Pe

rio

de

3P

eri

od

e 4

Pe

rio

de

1

9-1

1-2

015 t

/m 2

9-1

-2016

8-2

-2016 t

/m 1

5-4

-2016

25-4

-2016 t

/m 1

-7-2

016

31-8

-2015 t

/m 6

-11-2

015

Bio

log

ie v

an

Die

ren

Bio

log

ie e

n E

co

log

ie v

an

Pla

nte

nM

ole

cu

lair

e B

iolo

gie

Ev

olu

tie

bio

log

ie e

n B

iod

ive

rsit

eit

Sys

tee

mb

iolo

gie

Pe

rio

de

1P

eri

od

e 3

Pe

rio

de

2P

eri

od

e 4

31-8

-2015 t

/m 6

-11-2

015

9-1

1-2

015 t

/m 2

9-1

-2016

8-2

-2016 t

/m 1

5-4

-2016

25-4

-2016 t

/m 1

-7-2

016

23

4.5 toelating tot cursussen van niveau 2 en 3

4.5.1 Verplichte volgorde toelating tot de cursussen

Los van de ingangseisen die voor een cursus kunnen gelden zijn er meer regels die bepalen wanneer je mag deelnemen aan cursussen van niveau 2 en 3. In de Onderwijs en Examenregeling (OER) van de bacheloropleiding Biologie (studiejaar

2015-’16) staan deze regels beschreven. De OER wordt telkens voor één studiejaar mogelijk aangepast en vastgesteld. Er verschijnt dus elk jaar een

nieuwe OER die de vorige vervangt. Je kunt de OER vinden op de website: http://www.uu.nl/studenten/biologie, onder ‘regelingen en procedures’.

In het artikel uit de OER dat de toelating tot het onderwijs van niveau 2 en 3 regelt, staat:

art. 4.2 – Ingangseisen cursussen; voorkennis 1. Toegang tot de cursussen (practica, werkcolleges en toetsen) van het verdiepende niveau (niveau

2) van de opleiding heeft de student die van de inleidende cursussen op niveau 1 in het eerste jaar van de opleiding onderdelen met een studielast van tenminste 30 EC behaald op het moment van inschrijven voor de niveau 2 cursussen.

2. Toegang tot de cursussen van het gevorderde niveau (niveau 3) van de opleiding heeft de student die van de keuzeonderdelen van de opleiding op verdiepend niveau (niveau 2) onderdelen met een studielast van tenminste 15 EC heeft behaald.

3. Toegang tot de cursussen Afstudeeropdracht (scriptiecursus) en Onderzoeksproject heeft de student die tenminste 120 EC van de major van de opleiding heeft afgerond met een voldoende

eindcijfer, waarvan het verplichte deel van de major geheel moet zijn behaald. (Cursussen in de profileringsruimte tellen NIET mee!)

4. Onverminderd het bepaalde in het eerste lid wordt in de Universitaire Onderwijscatalogus (en de studiegids) bij elke cursus aangegeven welke voorkennis vereist is om daaraan met goed gevolg te kunnen deelnemen. De cursuscoördinator is verantwoordelijk voor het bepalen van het niveau

van de student.

Je kunt dus pas aan niveau 3 cursussen beginnen als je tenminste twee niveau 2

keuzecursussen hebt gevolgd en gehaald. Van de niveau 3 cursussen is de Afstudeeropdracht of scriptiedeel van het Onderzoeksproject (scriptie) verplicht.

4.5.2 Het kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen Met het volgen van de niveau 2 en 3 keuzecursussen bereid je je voor op een

masterprogramma of op de arbeidsmarkt. Ideaal zou het zijn als je al vrij vroeg in je studie (aan het einde van het eerste jaar) weet of je en zo ja welk masterprogramma je na de bachelor wilt volgen. Dat vergemakkelijkt het kiezen

van cursussen. Weet je aan het einde van het eerste jaar nog niet in welke richting van de biologie je je wilt specialiseren, dan kun je je oriënteren door uit

een paar studiepaden niveau 2 cursussen te kiezen. In de major Biologie zijn de keuzecursussen ondergebracht in 12 studiepaden (voorheen 4, zie hoofdstuk 8). Deze studiepaden zijn gemaakt om richting te

geven aan je studie en daarbij het kiezen van een samenhangen pakket cursussen te vergemakkelijken en (roostertechnisch) mogelijk te maken.

Bij het kiezen van de cursussen in jaar 2 en 3 heb je veel vrijheid. Het wordt aangeraden 2 (of meer) studieadviespaden te volgen. Als je je breed wilt oriënteren, bijvoorbeeld als je later de lerarenopleiding wilt volgen, dan kan het

zelfs verstandig zijn om je niet aan een studiepad te houden maar cursussen te kiezen uit het hele aanbod. Overleg bij twijfel met je tutor of studieadviseur.

Wil je een masterprogramma volgen, dan moet je bachelorprogramma daarop aansluiten. Zorg ervoor dat je je tijdig daarover informeert!

24

5. VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING

5.1 Voorlichting In oktober en mei krijgen de eerstejaars studenten algemene studievoorlichting over de studiejaren 2 en 3 van de bacheloropleiding en loopbaanoriëntatie. De

precieze data en tijden worden per email bekend gemaakt. Ouderejaars studenten zijn uiteraard ook welkom op deze bijeenkomsten.

5.2 Inschrijving cursussen via OSIRIS-student De in- en uitschrijving voor de cursussen vindt plaats via OSIRIS-student.

Eerstejaars studenten worden voor de cursussen in periode 1 en 2 door studiepunt ingeschreven maar verzorgen dit vanaf periode 3 zelf.

Houd er rekening mee dat de cursussen van Biologie vaak al vol zijn bij de eerste inschrijvingsperiode. Er is dan ook GEEN na-inschrijving!

Je aanmelden voor een eventuele na-inschrijving, het gaat dan om een zeer beperkt aantal plaatsen, kun je doen door een e-mail te sturen naar

science.bio.ba@uu.nl. Het uitschrijven voor een cursus doe je via OSIRIS-student.

Cursusinschrijving van tot en met

Cursusinschrijving periode 1 via Osiris student 1-jun-15 28-jun-15

Cursusinschrijving periode 2 via Osiris student 31-aug-15 27-sep-15

Cursusinschrijving periode 3 via Osiris student 2-nov-15 29-nov-15

Cursusinschrijving periode 4 via Osiris student 25-jan-16 21-feb-16

Cursusuitschrijving op

Cursusuitschrijving periode 1 via Osiris student 17+18-aug-15

Cursusuitschrijving periode 2 via Osiris student 26+27-okt-15

Cursusuitschrijving periode 3 via Osiris student 18+19-jan-16

Cursusuitschrijving periode 4 via Osiris student 5+6-apr-16

De inschrijving/aanmelding voor de cursussen via OSIRIS-student en de plaatsing in de cursus zijn in de tijd gescheiden trajecten. Ongeveer drie weken na de

sluitingsdatum (aanmelden is dan niet meer mogelijk) krijg je bericht over de cursussen waarvoor je in de volgende periode bent geplaatst.

De cursussen van niveau 2 en 3 hebben een maximumcapaciteit. Het komt regelmatig voor dat zich voor een cursus meer studenten aanmelden dan er

plaatsen zijn. Om te voorkomen dat je geen plaats hebt bij een cursus bij Biologie, vul je het online tweede en derde keus formulier in. Een link hiervoor krijg je van Studiepunt. De uiterste inleverdatum voor dit formulier is gelijk aan de

sluitingsdatum van de inschrijving op OSIRIS-student.

5.3 Regels bij de aanmelding en plaatsing Let op dat je aan de ingangseisen voor een cursus voldoet op het moment dat je je voor de cursus inschrijft, tenzij anders vermeld.

Iedere cursus heeft een maximum capaciteit. Bij meer inschrijvingen dan plaatsen bij een cursus kunnen niet alle studenten worden geplaatst.

Bij de plaatsing, die na de inschrijfperiode plaatvindt, worden een aantal criteria gehanteerd die bepalen of je toegang hebt tot de cursus. Die criteria staan hieronder vermeld.

25

Criteria bij plaatsing:

Heb je het online 2e 3e keuzeformulier ingevuld? Voldoe je aan de ingangseisen, moet je nog eerstejaars cursus(sen) doen?

Past de cursus bij je studieadviespad? Ben je in dit jaar al eerder niet geplaatst? Of ben je eerder voor de cursus niet

geplaatst. Heb je dit op het 2e 3e keuzeformulier aangegeven?

Voor hoeveel cursussen heb je je ingeschreven? (Maximaal 2 in verschillende timeslots)

Kun je de cursus volgend jaar ook nog volgen, aantal EC? (volgend jaar voorrang; motivering op 2e 3e keuzeformulier)

Voor ouderejaars: studieverloop, heb je veel niet afgeronde cursussen staan?

Mocht je onverhoopt voor een cursus niet worden geplaatst, dan kun je je in het

volgende studiejaar opnieuw voor deze cursus inschrijven. Meld dit op het 2e 3e keuze formulier. We houden er dan rekening mee bij de plaatsing. ─ De inschrijving voor de cursussen vindt ALLEEN plaats via OSIRIS-student in

de genoemde inschrijfperioden. LET HIEROP!! ─ Je 2e en 3e keuze geef je via een online formulier.

─ Als je geen, of te laat, een 2e en 3e keuze cursus opgeeft, geef je daarmee aan dat je, ingeval je niet geplaatst wordt bij je eerste keuze cursus, je in de

betreffende periode bij Biologie GEEN andere cursus wilt volgen. Het is dus NIET zo, dat als je GEEN 2e/3e derde keuze hebt opgegeven, dit je plaatsingskans voor je 1e keuze cursus vergroot.

Je mag je per periode voor maximaal 2 cursussen van Biologie inschrijven. Deze

moeten in een verschillend timeslot vallen. Meld je je wel voor meer dan 1 cursus per timeslot aan (zo dit mogelijk is), dan word je voor geen van de aangemelde cursussen geplaatst.

─ Als je je in een periode naast 2 cursussen bij Biologie ook inschrijft voor cursussen bij andere opleidingen, dan verklein je je plaatsingskans bij de

Biologiecursussen. ─ Het is via OSIRIS-student niet mogelijk om je na de sluitingsdatum nog in te

schrijven! Dit kan eventueel alleen nog op de twee na-inschrijvingsdagen, mits

er dan nog plaats is (zie hiervoor de website) en alleen via studiepunt. ─ Voor sommige cursussen vragen we je om een bevestiging van deelname.

Reageer je daar niet, of te laat, op, dan annuleren we je plaatsing. Wil je cursussen bij andere bacheloropleidingen volgen, dan moet je er rekening

mee houden dat plaatsingsprocedure(s) bij die opleidingen anders zijn dan die bij Biologie.

Let op: Als je je inschrijft voor een cursus bij een andere opleiding weet studiepunt Biologie niet of je al dan niet geplaatst bent voor die cursus. Laat studiepunt Biologie zo snel mogelijk weten als je niet geplaatst bent voor de

cursus bij de andere opleiding en vul altijd je tweede- en derdekeuzeformulier in. Er is geen garantie dat je alsnog geplaatst kan worden voor een cursus bij

Biologie. Let op: inschrijving voor cursussen bij de faculteiten FSW, GW en REBO gaat per semester!

5.4 Aanmelden voor niet-biologen bij cursussen van Biologie

De cursussen bij Biologie zitten vaak vol. Hierdoor is inschrijven voor deze cursussen via Osiris voor niet-biologen niet mogelijk. Studenten die een cursus bij

26

Biologie willen volgen kunnen zich aanmelden door een mailtje naar

science.bio.ba@uu.nl te sturen. Indien er gelegenheid is de cursus te volgen krijgen zij daarover bericht.

Studenten die via scheikunde MLS studeren en LAS studenten die een goegekeurde hoofdrichtingsverklaring hebben melden zich op bovenstaande manier aan en zullen op dezelfde manier als biologen deelnemen aan de

plaatsingsprocedure.

6. MASTERPROGRAMMA’S De studieaviespadenpaden bieden je een goede voorbereiding op de programma's

van diverse masteropleidingen. Er is echter geen garantie op toelating tot Masteropleidingen. Vanaf 1 september 2014 bestaan er geen doorstroommasters meer. Iedere student wordt, na aanmelding voor een master, individueel

geselecteerd.

Masterprogramma’s die zeer goed aansluiten bij de opleiding: ─ Environmental Biology

─ Cancer, Stem Cells and Developmental Biology ─ Molecular and Cellular Life Sciences ─ Toxicology and Environmental Health

De bachelor biologie geeft ook toegang tot meer toegepaste bètabrede masters:

─ Science Education and Communication ─ Science and Business Management

De volgende masterprogramma's (met specifiek vakkenpakket) sluiten goed aan bij de opleiding:

─ Biomedical Image Sciences ─ Biology of Disease ─ Neuroscience and Cognition

─ Drug Innovation ─ Immunity and Infection

─ Epidemiology ─ Regenerative Medicine and Technology ─ History and Philosophy of Science

─ Energy Science (www.energyscience.uu.nl) ─ Earth , Life and Climate

─ Marine Sciences Meer informatie over masterprogramma’s kun je vinden op de website:

www.uu.nl/masters

27

7. ARBEIDSMARKTORIËNTATIE

Landelijk Wat? Beschrijving Wanneer Hoe kom je

ermee in aanraking?

LOBS masterdag

Markt waarbij (bijna) alle biologie-gerelateerde masters aanwezig zijn

rond begin februari

wordt reclame gemaakt via studievereniging

BCF Career Event

Carrière-event; zelf aanmelden. Leden van studieverenigingen krijgen korting

mei zelf achteraan, korting via UBV

Nibi Nederlands Biologie Instituut, biedt gratis carrière-advies aan voor haar leden. Biologen worden gestimuleerd lid te worden, speciale aanbieding via UBV.

hele jaar beschikbaar

zelf achteraan

Career week + life sciences event

http://www.makeamove.nl/nl-nl/make-a-move/onze-steden/utrecht

november uitnodiging per students mail, zelf aanmelden.

UU-breed Centrum Studiekeuze

Gratis beschikbaar voor elke UU-student. hele jaar beschikbaar

folders overal te vinden

Studeren in Buitenland informatie

Via Exchange Office: waar studenten altijd langs mogen. Via UU-site voorlichtingsavonden te vinden.

hele jaar beschikbaar

UU-site

Loopbaan-begeleiding

Gratis voor UU-studenten. Link: http://students.uu.nl/naast-en-na-de-studie/arbeidsmarkt-en-loopbaan

hele jaar beschikbaar

UU-site

Carrièredag UU Dag waarop bedrijven zich presenteren, carrièremarkt en workshops.

februari info via students mail

Masteravond Waarbij (bijna) alle UU masters zich presenteren, met voorlichting en extra activiteiten.

februari en oktober

aanmelden via UU-site etc.

Bèta Website ‘Your βetter Future’

Nog in de maak; website met overzicht van alle loopbaanoriëntatie binnen Bètafaculteit, met kleurcodes per sector.

hele jaar beschikbaar

wordt nog gemaakt, hopelijk rond februari klaar

Biologie (cursief valt onder tutoraat) Studieadviseur Biologie Voor alle vragen, wijst studenten door naar

allerlei andere informatiepunten hele jaar beschikbaar

mail; spreekuren

Studentbestuurslid Biologie Voor kleine vragen; makkelijk te benaderen. Kan studenten doorverwijzen naar de juiste informatiepunten.

hele jaar beschikbaar

makkelijk benaderbaar; mail/aanspreken

Arbeidsmarktoriënterende lezingen

In diverse niveau 2 cursussen zijn lezingen van bedrijven

periode 1 t/m 4

BSA informatie Door de studieadviseur; informatie dat er gewerkt hoort te worden, anders wordt je uitgeschreven

september

1e jaars college

Arbeidsmarktoriëntatie Informatie-dag over arbeidskansen algemeen voor biologen, in samenwerking met Nibi.

mei

1e jaars tutoraat-handleiding

Info studieadviespaden Informatie over de studieadviespaden en hoe die aansluiten op masters

oktober en mei

1e jaars tutoraat-handleiding

Masterinformatie Over de masters februari 1e jaars tutoraat-handleiding

28

Utrechtse Biologen Vereniging (UBV)

Kanalen om studenten te bereiken: posters, Facebook, nieuwsbrief, website, verenigingskamer

Carriereweken Workshops en presentatie bedrijven November Via UBV

Studeren in buitenland avond

(SihBA)

Waarbij studenten van andere studenten en studieadviseur horen hoe het is, hoe te regelen

etc. Veel ruimte voor vragen

september via UBV

Alternatieve masterdag

Avond waarbij studenten over hun masterprogramma en stage komen vertellen

februari via UBV

Carrièreavond (voorheen BAD)

Avond waarop bedrijven zich presenteren aan studenten, misschien uitbreiding met informatie over promoveren / academische carrière

november via UBV en mail naar alle Life Sciences studenten

CV check Mogelijkheid voor UBV-leden om te laten doen bij People in Science

november via UBV

Stagebank Leerstoelgroepen kunnen stages aanbieden; ook plaats voor studentassistentschappen en banenbank

hele jaar beschikbaar

UBV website

Lezingen Korte lezingen door mensen die met biologie werken

+/- 1 per maand via UBV

Buitenlandse Studiereis

Reis met een bezoek aan een buitenlandse Universiteit / instelling

juli via UBV

Bedrijfsexcursies Excursies naar bedrijven waar biologen kunnen werken

meerdere per jaar via UBV

Bioborrel Borrel waarbij studenten en medewerkers van het departement met elkaar in contact kunnen komen

eens per maand via UBV en departement Biologie

Alternatieve studiegids

Informele studiegids waarin studenten hun mening geven over cursussen

4 per jaar via UBV

Alternatieve mastergids

Informele studiegids waarin studenten hun mening geven over masterprogramma’s en hun stage uitleggen

eens per jaar via UBV

Entrepreneurship workshop

In 2014 gegeven door Climate-Kic. Hier leer je hoe je je eigen bedrijf zou kunnen opzetten en hoe je dit aan moet pakken.

november via UBV

Vakgroepentocht Mogelijkheid om kennis te maken bij verschillende vakgroepen voor potentiele stageplekken

november Via UBV

Cursus Loopbaan oriëntatie

Intensieve cursus waarbij deelnemers stil staan bij vragen als wie ben ik, wat wil ik, wat kan ik?

februari via UBV

29

8. De PADVINDER; studiepaden in de opleiding

De studiepaden zijn afgestemd op masterprogramma’s na de bachelor Biologie. Je stelt je eigen pakket(ten) samen, eventueel in overleg met je tutor en/of studieadviseur. Bij de mastercoördinatoren kun je terecht voor inhoudelijke

informatie. Afhankelijk van verplichte en sterk geadviseerde cursussen per track en andere cursussen die je binnen een master programma wilt gaan volgen, kun

je je keuzes aanpassen. De studiepaden zijn zo goed mogelijk afgestemd op de daarbij aangegeven masteropleidingen. In alle studiepaden is de afstudeeropdracht (scriptiecursus) of onderzoeksproject

verplicht. Onderscheiden worden de volgende studierichtingen:

─ Gedragsbiologie ─ Moleculaire Levenswetenschappen ─ Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit

─ Educatie, Communicatie en Management Om het duidelijker te maken heeft de opleiding een groter aantal studiepaden

vastgelegd. Per studiepad worden zg. kerncursussen aangeven, er wordt aangegeven welke andere cursussen zowel binnen als buiten biologie interessant

zijn en tot welke masters en beroepen het kan leiden. Je volgt meestal twee of misschien wel meer studiepaden.

Als hulpmiddel bij het maken van een planning is een programmaatje ontwikkeld dat je in in staat stelt om vakken in het rooster te plaatsen; De VAKKENVULLER.

Het is te downloaden via http://intercon.science.uu.nl/Coos/. Er zijn versies voor Linux, Mac en Windows. Check regelmatig op nieuwe gegevens (programma vraagt zelf daar om)!

In de figuur hieronder staan aangeven welke studiepaden er zijn en hoe ze

gerangschikt zijn in relatie tot de studierichtingen LET OP: De studiepaden zijn in ontwikkeling, dat wil zeggen dat de informatie in navolgende beschrijvingen onderhevig aan veranderingen kan zijn, informeer ook

bij betreffende coördinatoren en docenten.

30

8.1 Leeswijzer PADVINDER

De studiepaden bij Biologie zijn een hulpmiddel om een richting binnen de Biologie

te kiezen. Er zijn 12 studiepaden waarbij per studiepad de kerncursussen aangegeven worden. Daarnaast worden biologie cursussen genoemd die aanbevolen worden,

dat wil zeggen dat ze goed bij het studiepad passen en een aanvulling kunnen zijn. Tevens worden cursussen die bij andere departementen en faculteiten

gegeven worden, maar ook een goede aanvulling van het studiepad vormen, genoemd. Voor de kerncursussen van een studiepad wordt aangegeven wat de ingangseisen zijn. Bij de aanbevolen cursusen bij Biologie kunnen aanvullende

ingangseisen gelden, informeer je tijdig via deze gids en Osiris. Ook voor de cursussen buiten Biologie wordt aangeraden van te voren goed te informeren naar

ingangseisen, beschikbare plaatsen en inschrijfperiodes.

Je volgt meer dan één studiepad, je kunt ook delen van studiepaden volgen. De major betaat uit 135 EC en dat zijn maximaal 18 cursussen, meer dan welk

studiepad dan ook bevat. Ook moet je opletten dat je naast de verplichte cursussen voldoende cursussen van niveau 1, 2 en 3 volgt. Deze informatie is te

vinden in deze gids. Daarnaast moet je opletten dat je voor het studiepad Educatie, Communicatie en Management, als je de Educatie kant op wilt,

voldoende cursussen met biologische inhoud volgt. In dit studiepad kies je meestal één of twee van de richtingen.

Maak op tijd een studieplanning en bespreek deze met je tutor of met de

studieadviseur. Het kan zijn dat een combinatie van studiepaden moeilijk te combineren is door hoe de cursussen geroosterd zijn. De opleiding doet haar best

om veelgekozen studiepadcombinaties zo studeerbaar mogelijk te maken. Je hoeft niet alle cursussen van een studiepad te volgen. Mocht je problemen tegenkomen door je keuze neem dan contact op met de studieadviseur.,

In het studiepad schema wordt aangegeven voor welke (veelal Utrechtse) masterprogramma’s het studiepad een voorbereiding kan zijn. Let op, informeer je

tijdig over de ingangseisen voor een master via de masterkiezerssite, zodat je goed voorbereid bent op de master van je keuze. Alle masteropleidingen mogen in principe selecteren, zorg dus dat je goede cijfers haalt.

De aangegeven masteropleidingen zijn niet uitputtend, het is dus zaak je goed te informeren. Dit kan onder meer via de masterkiezerssite je tutor of de

studieadviseur of via het bezoeken van master informatieavonden.

De cursussen in het studiepad worden aangeven door pictogrammen. De pictogrammen bevatten alle organisatorische informatie over de betreffende

cursus, zoals naam, niveau, Osiriscode, periode, timeslot, en in welke studiepaden de cursus een kerncursus is, of dat het een verplichte cursus is. Voor informatie

over de inhoud, leerdoelen en toetsing ga je naar deze gids, betaplanner of via Osiris.

Het schema met pictogrammen geeft informatie hoe de relatie tussen de

cursussen is, meestal is een cursus, of de kennis die ook elders verkregen kan zijn, nodig om een cursus op een hoger niveau te kunnen volgen. Dit wordt

aangegeven met een zwarte pijl. Er kunnen maar maximaal twee cursussen als ingangseis verplicht worden gesteld . Een uitzondering kan zijn als een derde cursus een ´technische´ cursus is, MGOT of Voortgezette statistiek. De groene

pijlen geven aan dat één van de cursussen van het lagere niveau nodig is om de cursus op het hogere niveau te mogen volgen. In geval van één groene pijl gaat

het om een zeer sterk aanbevolen cursus.

31

8.2 Studiepaden: (on)mogelijke combinaties EB

NB

GB

PB

TOX

MB

TBB

OB

ENM

WEC

M E

ECM

CEC

M M

CB

-BIL

A-M

CN

BEX

,

+ M

CB

E

kan

, nie

t

in V

V

EB-B

ILA

-BIL

A-B

ILA

NB

kan

, nie

t

in V

V

GB

-BET

H

PB

kan

, nie

t

in V

V

TOX

-WB

EL

/WEA

D

= ka

n n

iet

MB

kan

, nie

t

in V

V

= ka

nTB

Bka

n, n

iet

in V

V

OB

-BIL

A

-BET

HEN

MW

= ka

n a

llee

n a

ls

eth

iek

nie

t ge

da

an

wo

rdt

= va

ak

geb

ruik

te

com

bi

(dik

om

lijn

d)

NB

: co

mb

inat

ies

me

t m

arie

ne

we

ten

sch

app

en

we

gge

late

n, o

md

at d

aar

no

g

vee

l cu

rsu

sse

n b

uit

en

BIO

bij

ho

ren

(V

V is

vakk

en

vull

er)

32

8.3 Studiepad CELBIOLOGIE

33

8.4 Studiepad ECOLOGIE en NATUURBEHEER

34

8.5 Studiepad EDUCATIE COMMUNICATIE en MANAGEMENT

35

8.6 Studiepad EVOLUTIE en BIODIVERSITEIT

36

8.7 Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE

37

8.8 Studiepad MARIENE WETENSCHAPPEN

38

8.9 Studiepad MICROBIOLOGIE

39

8.10 Studiepad NEUROBIOLOGIE

40

8.11 Studiepad ONTWIKKELINGSBIOLOGIE

41

8.12 Studiepad PLANTENBIOLOGIE

42

8.13 Studiepad THEORETISCHE BIOLOGIE en BIOINFORMATICA

43

8.14 Studiepad TOXICOLOGIE

44

CURSUSBESCHRIJVINGEN PER PERIODE

Periode 1, niveau 1 cursussen

EVOLUTIE & BIODIVERSITEIT Evolution and Biodiversity Coördinator: dr. F.A.C. Wiegant

Onderwijsinstituut Biologie

H.R. Kruytgebouw, kamer Zuid-407

tel.: 030-253 4143 e-mail: f.a.c.wiegant@uu.nl

Docenten: mw. dr. M.J. Duchateau, m.j.h.m.duchateau@uu.nl mw. dr. J.W.M. Freriksen, j.w.m.freriksen@uu.nl mw. dr. M.C. Koster, m.c.koster@uu.nl

G. Steur MSc, g.steur@gmail.com E.T. Pos MSc, e.t.pos@uu.nl dr. F.A.C. Wiegant, f.a.c.wiegant@uu.nl

Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie.

Studiepad

In deze cursus doe je op het gebied van evolutie en biodiversiteit de basiskennis op die nodig is voor alle vakken van niveau 1, 2 en 3 en voor alle studiepaden.

Leerdoelen In deze cursus vorm je een kritisch beeld van de processen, patronen en theorie

van evolutie. Verder leer je de belangrijkste verschillen en overeenkomsten van organismen in en tussen domeinen. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden in het uitvoeren van een literatuurstudie en het schrijven van een individueel essay

(miniscriptie).

Aan het einde van de cursus kun je: ─ de belangrijkste micro-evolutionaire processen noemen en toepassen, ─ uitleggen wat een soort is en hoe soorten ontstaan,

─ theorieën benoemen die het ontstaan van het leven op aarde verklaren, ─ het resultaat interpreteren van verschillende methoden van

verwantschapsanalyse, ─ de belangrijkste biologische en geologische patronen in de aardgeschiedenis

beschrijven, ─ (model)organismen in domeinen en onderliggende groepen indelen, ─ de belangrijkste verschillen en overeenkomsten van organismen in en tussen

domeinen en onderliggende groepen aangeven, ─ beredeneren wat de ecologische niche is van organismen en welke fysiologische

eigenschappen daar bij horen, ─ de inzichten uitleggen wanneer en op welke manier de verschillende vormen

van leven op aarde zijn ontstaan,

─ de evolutionaire verwantschap in en tussen domeinen en onderliggende groepen beschrijven en toelichten,

45

─ een samenhangend beeld van macro-evolutionaire patronen en micro-

evolutionaire processen uitleggen en toepassen. ─ informatie opzoeken, selecteren, beoordelen en rangschikken

─ gerangschikte informatie samenvatten in een essay

Vaardigheden De belangrijkste vaardigheden die je in de cursus leert en gebruikt, zijn:

─ kritisch denken, ─ systematische benadering van problemen, ─ structureren en classificeren,

─ dissectie van een organisme uitvoeren aan de hand van een handleiding, ─ een organisme observeren en de resultaten in een schematische tekening

samenvatten, ─ selecteren, verwerken en lezen van literatuur ─ schriftelijke rapportage, schrijven van een eenvoudig wetenschappelijk essay

(miniscriptie) over een evolutionair onderwerp.

Inhoud Evolutiebiologie omvat het geheel van vakgebieden die de patronen, en processen die tot evolutie leiden, bestuderen. Hiertoe behoren onder andere de

paleontologie, biogeografie, systematiek, moleculaire biologie, genetica, populatiebiologie en de evolutionaire ecologie. Evolutie is een proces dat tot

adaptatie en biodiversiteit leidt, waarbij de evolutietheorie een verklaring geeft voor alle huidige en historische biologische processen en patronen. Wetenschappers schatten dat er 10 tot 80 miljoen soorten op aarde zijn, waarvan

er op dit moment ongeveer 2 miljoen zijn beschreven. In de cursus komen de hoofdthema’s uit de evolutiebiologie van klein- naar

grootschalig aan bod: ─ micro-evolutie: de processen van genetic drift, natuurlijke selectie en adaptatie

op populatieniveau, inclusief socialiteit, kin- en seksuele selectie

─ soortvorming: reproductieve isolatie, hybriden ─ macro-evolutie: de veelal grootschalige veranderingen in ruimte en tijd en, als

gevolg daarvan, het ontstaan van de grote systematische groepen van het leven. Een aantal grote groepen van organismen worden behandeld, die ontstaan zijn in de loop van 3.5 miljard jaar evolutie: virussen, bacteriën,

archae, schimmels, eencellige eukaryoten, planten en dieren

Onderwijsvormen Deze bestaan uit hoorcolleges, werkcolleges en (computer)practica, COO,

excursie, schrijven van een essay en zelfstudie.

Toetsing De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als eindcijfer. Voor elk van de twee deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen en

het gemiddelde van de twee deeltentamens moet minimaal 5,5 zijn. Bij een onvoldoende voor één of beide deeltoetsen is het mogelijk om ze afzonderlijk te

herkansen mits het berekende eindcijfer niet lager is dan een niet afgeronde 4.0. Het cijfer van het blok wordt bepaald door: ─ de twee tentamens (80%, 8 van de tien punten),

─ het individueel essay (20%, 2 van de 10 punten).

46

Afhankelijk van de kwaliteit van het essay en of je beide deadlines hebt gehaald,

vindt de beoordeling van het essay plaats in een 5-tal categorieën: met een O (onvoldoende: 0.8 punten), een M (matig: 1.1), een V (voldoende: 1.4), een G

(goed: 1.7) of een U (uitstekend: 2). Haal je een deadline niet, dan gaan er 0.3 punten af van het eindcijfer van je essay. Lever je geen essay in dan is de beoordeling ND en krijg je geen eindcijfer voor de cursus! Een onvoldoende essay

moet herkanst worden.

Studiemateriaal ─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 10e editie, Pearson Education

Inc., San Francisco, 2014,

─ Werkboek Evolutiebiologie en Biodiversiteit.

47

MOLECULAIRE BIOLOGIE

Molecular Biology

Coördinator: dr. A.F.M. Cremers

leerstoelgroep Celbiologie

H.R. Kruytgebouw, kamer O501

tel.: 030-253 3002/3184 e-mail: a.f.m.cremers@uu.nl

Docenten: dr. A.F.M. Cremers, a.f.m.cremers@uu.nl

dr. A.A.M. Thomas, a.a.m.thomas@uu.nl

mw.dr. P. Krijgsheld, p.krijgsheld@uu.nl

Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek

met biologie.

Studieadviespad Deze cursus is van belang voor alle vakken in jaar 1 en alle studieadviespaden.

Leerdoelen In de cursus Moleculaire Biologie krijg je kennis van en inzicht in de structuur van

biomoleculen, van cellulaire processen en van de structuur en functie van het genetische materiaal. In het bijzonder leer je:

─ de structuur van biomoleculen, de algemene processen in de cel en de opbouw van biologische membranen beschrijven,

─ de opbouw membranen en opname van grote en kleine moleculen, ─ de intracellulaire compartimenten van de cel en de bijbehorende functies

benoemen,

─ celademhaling en fotosynthese kunnen beschrijven en de verschillen tussen de processen kunnen aangeven,

─ hoe signalen van buiten af aan de cel worden doorgegeven, en hoe de signalen in de cel worden omgezet in een respons,

─ beschrijven/uitleggen op welke manier de celcyclus wordt gereguleerd,

─ de overeenkomsten en verschillen tussen mitose en meiose uitleggen, ─ de principes van DNA replicatie en transcriptie uitleggen, en de regulatie van

transcriptie kennen, ─ de principes van RNA processing en translatie en de rol van tRNA beschrijven,

─ de processen replicatie, transcriptie en translatie bij prokaryote en eukaryote organismen vergelijken,

─ eenvoudige moleculaire celbiologische technieken begrijpen,

─ globaal de processen en genen betrokken bij ontwikkeling kennen.

Vaardigheden ─ uitwerken van werkcolleges in kleine groepen, ─ zelfwerkzaamheid en werken in groepen.

─ het systematische benaderen van problemen en kritisch denken. ─ schrijven theoretisch practicum verslag

Inhoudsbeschrijving De cel is de basiseenheid in de biologie. Elk organisme bestaat uit cellen of is zelf

48

één enkele cel. Door de chemische processen in cellen te begrijpen krijgen we

inzicht in de mogelijkheden en beperkingen van levende organismen. Dit betreft zowel dier, plant als micro-organisme.

De cursus begint dan ook met het krijgen van kennis en inzicht in de structuur van aminozuren/eiwitten, koolhydraten en nucleïnezuren. Dit inzicht van biomoleculen is essentieel voor het leren begrijpen van levensprocessen op moleculair niveau.

Ook zullen de chemische processen die in de cel plaatsvinden bestudeerd worden. In het tweede deel worden de structuur en functie van het genetisch materiaal op

moleculair niveau en de invloed van mutaties op de functie van genen behandeld. Ook kijk je dan hoe genetisch materiaal in de cel wordt opgeslagen en over dochtercellen verdeeld. Daarnaast krijg je een inleiding in de moderne moleculaire

genetica.

Onderwijsvormen Er zullen verschillende onderwijsvormen aan bod komen zoals blended learning (media bekijken via lecturenet),’(hoor)colleges, werkcolleges, theoretische

practicum opdrachten , een 7-tal Computer Ondersteund Onderwijs programma’s (COO’s) en opdrachten (zelftoetsen) van Blackboard en Mastering

Biology.

Blackboard Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je de links naar de media, de links naar opgenomen hoorcolleges, college-handouts,

werkcollegeopdrachten, roosters, COO’s, , interessante links en de toetsen van Mastering Biology en Blackboard die je steeds moet maken.

Mastering Biology Dit is een online programma behorende bij het boek van Campbell. Je zult over

verschillende items toets vragen moeten maken.

Toetsing De toetsing van de cursus bestaat uit twee delen: deel 1 en deel 2. ─ Halverwege de cursus leg je toets 1 af en aan het einde van cursus toets 2

(beide digitale toetsen) ─ Verder krijg je een beoordeling voor de opdrachten tijdens het werkcollege, de

toetsen van Blackboard, de toetsen van Mastering Biology en voor het Praktisch werk.

Het cijfer van deeltoets 1 bestaat uit toets 1 (80%) en Opdrachten Werkcollege

(5%), Opdrachten Blackboard (5%), Opdrachten Mastering Biology (5%) en het Theoretisch Practicum (5%)

Het cijfer van deeltoets 2 bestaat uit toets 2 (80%) en Opdrachten Werkcollege (5%), Opdrachten Blackboard (5%), Opdrachten Mastering Biology (5%) en het Theoretisch Practicum (5%)

Deeltoetsen 1 en 2 mogen niet lager zijn dan 5,0 Het eindcijfer voor de cursus bestaat uit: cijfer deeltoets 1 (50%) en cijfer

deeltoets 2 (50%). Dit eindcijfer moet hoger zijn dan een 5,5. Studiemateriaal

─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 10e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2014,

─ Inlogcode Mastering Biology, 10e editie Campbell ─ Blokboek met handouts colleges, werkcolleges en COO kosten ca. €10

49

Periode 1, niveau 2 cursussen MARIENE WETENSCHAPPEN II Marine sciences II: ‘Evolution and ecology of coastal seas’ Coördinator: mw.dr. Francesca Sangiorgi

Mariene Palynologie

LPP; Gebouw ‘Aardwetenschappen’

Budapestlaan 4, 3584 CD Utrecht

Kamer Z310, tel.: 030-253 2419

e-mail: f.sangiorgi@uu.nl

secretariaat: m.mullen@uu.nl; tel. 030-253 2629

Docenten: mw.dr. Francesca Sangiorgi (f.sangiorgi@uu.nl)

dr. Bas van de Schootbrugge (b.vanderschootbrugge@uu.nl)

prof.dr. Stefan Schouten (stefan.schouten@nioz.nl)

mw.dr. Sabine Gollner (sabine.gollner@nioz.nl)

Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven

Ingangseisen

Het volledig gevolgd hebben van de cursus Mariene wetenschappen I is gewenst. Studenten die niet Mariene Wetenschappen I hebben gevolgd moeten contact opnemen met de coördinator om de ingangseisen te bespreken.

Studiepad

Deze cursus is van belang voor studenten die het studieadviespad Marine Wetenschappen, met name voor de track Environmental Biology - Biomarine Sciences. Ook voor studenten Aardwetenschappen en studenten die het

studieadviespad Educatie, Communicatie en Management of Ecologie volgen kan dit een waardevolle cursus zijn.

Leerdoelen Kustgebieden zijn uitzonderlijk dynamische omgevingen welke constant

veranderen. Er ontstaan unieke ecosystemen door de interactie van land en zee met hoge biodiversiteit en biologische activiteit. Wereldwijd wonen steeds meer

mensen in de kustgebieden, met als gevolg dat de kustgebieden en ecosystemen ook worden geconfronteerd met de effecten van menselijk handelen bovenop de natuurlijke veranderingen. Vervuiling, afbraak van habitat en klimaatverandering

dragen allemaal bij aan de aantasting van de kust ecosystemen. Voor instandhouding en bescherming van de kustgebieden zijn maatregelen nodig

tegen deze hoge mate van verstoring. In deze cursus leren de studenten over: ─ geologische, morfologische, hydrodynamische, biologische en chemische

processen die spelen in verschillende kustsystemen met de nadruk op de Nederlandse situatie ;

─ identificatie en ecologie van karakteristieke organismen van verschillende soorten ecosystemen langs de kust.

─ vergelijkingen van hedendaagse kustmilieus met die uit het (geologische) verleden (via analyses van fossiele organismen in paleomilieus en vroegere kustgebieden),

50

─ concepten rondom de integratie tussen ecologie / ecosystemen en

engineering (ecosysteem engineering), ─ mens-gerelateerde en natuurlijke verstoringen, vragen rondom natuurbehoud.

Vaardigheden ─ lezen, zoeken, selecteren en kritisch verwerken van wetenschappelijke

literatuur, ─ Het leren van taxonomische vaardigheden om de belangrijkste microscopische

eukaryote primaire producenten in de Nederlandse wateren en de belangrijkste benthos organismen in verschillende typen kustgebieden te identificeren (gebruik van lichtmicroscoop en binoculair microscoop)

─ systematische benadering van problemen; kritisch denken, ─ schriftelijke rapportage en mondelinge presentatie (Engels),

─ omgaan met complexe mariene ecosystemen, en hun interactie met fysische processen

─ denken op biologische en geologische tijdschalen.

Inhoud

Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken): ─ geologische, morfologische evolutie van de kustgebieden

─ hydrodynamische, chemische en biologische processen (productiviteit / organische degradatie)

─ biologische en ecologische analyses van verschillende soorten kustmilieus

zandige kust modderige oever

rotsachtige kust estuaria zeegras gemeenschappen en schorren (ev. Mangroves)

─ verstoringen en natuurbehoud ─ excursie naar typisch slikken & schorren kustgebied/Veldwerk (1 dag)

Werkvormen (Werk)colleges, lichtmicroscoop en binoculair practica voor micro/meiobenthos

en phytoplankton identificatie, discussiesessies, essay schrijven (Engels)

Toetsing Aan de eisen voor de cursus is voldaan indien een voldoende is behaald voor (1) het presenteren van onderzoek rondom de excursie

(2) het tentamen over de gehele stof. Het eindcijfer wordt respectievelijk gewogen in de verhouding 1:3

Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd.

Studiemateriaal: Garrison T., 2013, “Oceanography; An invitation to Marine Science, 8th edition,

International Edition (wordt ook gebruikt voor Mariene Wetenschappen I), Keiser et al. (2011), Marine ecology: processes, systems, impacts, Oxford (second edition). Het kopen van dit boek is niet verplicht. Literatuur wordt tijdens de

cursus aangeboden, o.a. via Blackboard.

51

MICROBIËLE INTERACTIES

Microbial interactions Coördinator: dr. P.A.H.M. Bakker (Peter)

Onderzoeksgroep Plant-microbe interacties

H.R. Kruytgebouw, kamer W307

tel.: 030-253 6861

e-mail: p.a.h.m.bakker@uu.nl

Docenten : dr. P.A.H.M. Bakker, p.a.h.m.bakker@uu.nl

prof.dr. M.G.A. van der Heijden marcel.vanderheijden@art.admin.ch

mw.dr. M.C. Koster m.c.koster@uu.nl

prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, c.m.j.pieterse@uu.nl

Ingangseisen De eerstejaars cursussen Moleculaire biologie, Evolutie en biodiversiteit, Biologie

en ecologie van planten en/of vergelijkbare cursussen. Studiepad

De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie.

Leerdoelen: Tijdens de cursus microbiële interacties kom je zowel theoretisch als praktisch in aanraking met verschillende vormen van interacties tussen micro-organismen en

dieren of planten. Hierbij komen pathogenen, symbionten, probiotica en beheersing van pathogenen aan de orde.

Na afloop van deze cursus kun je: ─ de karakteristieken beschrijven van microben

─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van dier-microbe en plant-microbe interacties,

─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen dier/plant en

micro-organismen en kunnen uitleggen hoe deze mechanismen bestudeerd worden,

─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen micro-organismen onderling en kunnen uitleggen hoe deze mechanismen bestudeerd worden,

─ begrip hebben van het belang van micro-organismen voor het functioneren van dieren/planten,

─ afwijkingen aan planten veroorzaakt door micro-organismen waar te nemen ─ microbiologische technieken uitvoeren ─ een onderzoeksvraag formuleren, wetenschappelijke experimenten bedenken

en uitvoeren, ─ een literatuuronderzoek uitvoeren, een poster maken, een presentatie maken

en geven. Vaardigheden

Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, uitvoeren van de onderzoekscyclus, systematische benadering van problemen, kritisch denken,

creatief en probleemoplossend denken en werken, omgaan met complexe systemen, plannen, mondelinge rapportage, wetenschappelijke discussie.

52

Inhoudsbeschrijving

Micro-organismen veroorzaken niet alleen ziekten maar zijn ook onmisbaar voor het normaal functioneren van dieren en planten.

Afhankelijk van de aard van het micro-organisme kunnen neutrale, positieve en negatieve interacties tussen micro-organismen en dieren/planten plaatsvinden. In deze cursus komen mechanismen van interacties aan de orde waarbij duidelijk

wordt hoe complex de biotische omgeving van een dier/plant is. De interacties worden tijdens de cursus van beschrijvend tot op het moleculaire

niveau behandeld. Vragen die aan de orde komen zijn: Welke signalen zijn betrokken bij communicatie tussen dieren/planten en micro-organismen? Wat is het voordeel van de interactie voor de micro-organismen? Heeft het dier/de plant

een voor- of nadeel van de interactie? Hoe kunnen interacties door de mens worden benut?

In de eerste 4 weken van de cursus ligt de nadruk op dier-microbe interacties. Naast een algemene introductie in de microbiologie leert de student de

belangrijkste kenmerken van experimenteel onderzoek aan micro-organismen kennen. In groepsverband worden een aantal case studies uitgewerkt. De eerste

4 weken worden afgesloten met een schriftelijke toets. In het tweede deel van de cursus ligt de nadruk op plant-microbe interacties. De student leert hier de

karakteristieken van pathogene en symbiotische interacties kennen en maakt uitgebreid kennis met het begrip microbioom. In practica worden zieke planten en door mycorrhiza geïnfecteerde wortels in de Uithof verzameld en bestudeerd,

daarnaast komen antagonistische interacties tussen micro-organismen aan de orde. Ook deze 4 weken worden afgesloten met een schriftelijke toets.

De laatste anderhalve week van de cursus wordt in groepsverband een specifieke vraag over het microbioom van dier en/of plant uitgewerkt en gepresenteerd tijdens een afsluitende sessie.

Onderwijsvormen

De cursus omvat hoorcolleges, werkcolleges, en practica. Er wordt gepresenteerd in de vorm van een mondelinge presentatie, een verslag, een plenaire discussie, een poster en een essay.

Toetsing

Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht. Voor het eindcijfer telt het gemiddelde van de twee deeltoetsen mee voor 65% en de practica voor 35% (het gemiddelde van de practica van de twee delen voor 30%

en de eindopdracht voor 5%). Beide cijfers moeten 5,5 of hoger zijn.

Studiemateriaal Labjas, practicumhandleiding en labjournaal

53

PLANTENFYSIOLOGIE

Plant Physiology Coördinator: dr. M.C.G. Proveniers (Marcel)

Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie

H.R. Kruytgebouw, kamer O403

tel.: 030-253 3172

e-mail: m.proveniers@uu.nl

Docenten : dr. M.C.G. Proveniers, m.proveniers@uu.nl

Gastdocenten, nog niet bekend

Ingangseisen

De eerstejaars cursus Biologie en ecologie van planten.

Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Organismen, ecosystemen en biodiversiteit. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursus

Planten, adaptatie en afweer.

Leerdoelen: De doelstelling van de cursus is de student inzicht te geven in de fysiologische processen die zich afspelen in hogere planten. Hierbij wordt de plant vooral als

geheel bekeken en wordt de interactie van de plant met zijn omgeving verder uitgediept.

Na afloop van deze cursus: ─ heb je inzicht verworven in het moleculair functioneren van een plant op het

niveau van cel, weefsel, en volledige plant ─ kun je de mechanismen beschrijven waarover hogere planten beschikken om

op diverse omgevingsfactoren te reageren, ─ kun je plantreacties vertalen naar moleculaire mechanismen die aan de basis

liggen van deze reacties, ─ kun je beschrijven hoe een plant zich aan kan passen aan verschillende types

van stress in zijn leefmilieu,

─ kun je onderzoeksgericht denken om mogelijke plantreacties te evalueren en te kunnen sturen,

─ heb je inzicht verkregen in verschillende maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals de moderne landbouw, de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biofuels) en de

effecten van klimaatverandering op plantengroei en -ontwikkeling.

Vaardigheden Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, systematische benadering van problemen, kritisch denken, mondelinge rapportage, wetenschappelijke

discussie. Je oefent ook je presentatietechniek en door middel van peer-review een oordeel

te vellen over het werk van anderen. Inhoud

Het centrale thema in de cursus plantenfysiologie is het functioneren van de plant in zijn omgeving. Planten zijn, in tegenstelling tot dieren, niet mobiel en ze

54

moeten hun groei en ontwikkeling daarom continu afstemmen op veranderingen

in hun leefomgeving. Dit kunnen acute veranderingen zijn, zoals de de plotselinge aanwezigheid van (a)biotische stressoren, maar ook graduele,

seizoensgebonden veranderingen, zoals de verandering van daglengte en omgevingstemperatuur gedurende de loop van het seizoen. In de cursus wordt zowel stilgestaan bij de basale processen die voor groei en

ontwikkeling van de plant nodig zijn, alsmede bij de verschillende mechanismen waarover hogere planten beschikken om op de diverse omgevingsfactoren te

reageren. Ook zal worden ingegaan op hoe verschillende omgevingssignalen en plant-eigen signalen geïntegreerd worden om ontwikkelingsprocessen te “fine-tunen”.

Hierbij komen alle aspecten van de moderne plantenfysiologie aan de orde:

─ transport van water, ionen en suikers, ─ metabolisme (fotosynthese, respiratie, assimilatie), ─ groei en ontwikkeling (patroonvorming, meristemen, organogenese),

─ regulatie van bloei (integratie van daglengte, omgevingstemperatuur en ontwikkelingsafhankelijke signalen),

─ de rol van hormonen (auxine, gibberelline, cytokinine, ethyleen, abscisinezuur en brassinosteroiden) als signaalmoleculen tijdens de ontwikkeling, hun

werkingsmechanisme en onderlinge interacties, ─ de rol van licht tijdens verschillende stadia van de ontwikkeling

(fotomorfogenese; rood, verrrood en blauw licht responsen),

─ stressfysiologie; adaptatie aan biotische en, met name, abiotische stress (droogte, hitte, zout, koude, anaerobie).

Alle processen worden behandeld op diverse niveaus: de hele plant, de cel en op moleculair niveau (genen, eiwitten etc.).

Hiernaast beoogt de cursus aan de hand van de besproken stof inzicht te geven in maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals

gewasontwikkeling in de moderne landbouw (domesticatie/veredeling, biotechnologie), de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biofuels) en de gevolgen van klimaatverandering voor planten als

energieleverancier voor bijna alle ecosystemen op aarde.

Onderwijsvormen Naast hoorcolleges, zijn werkcolleges, het schrijven en reviewen van een “position paper”, presentatie van een primair onderzoeksartikel en zelfstudie de

onderwijsvormen in deze cursus.

Toetsing Voor het eindcijfer telt de eindtoets voor 60 % mee, de beoordeling voor het essay + review voor 30% en de poster voor 10%. Alle cijfers moeten voldoende

zijn.

Studiemateriaal Boek Plant Physiology (6e editie, Sinauer) van Taiz & Zeiger Tijdens de cursus op te zoeken en aan te reiken literatuur.

55

ONTWIKKELINGSBIOLOGIE

Developmental biology Coördinator: dr. W.J.A.G. Dictus

Biomedische Wetenschappen

Hijmans van den Berghgebouw, HB4.04b,

tel.: 088-755 34 03

e-mail: w.j.a.g.dictus@umcutrecht.nl

Docenten: dr. W.J.A.G. Dictus

dr. A.A.M.Thomas, a.a.m.thomas@uu.nl

Ingangseisen

Het blok sluit aan op eerdere onderdelen van het eerste jaar Biologie (Moleculaire biologie, Biologie van Dieren en Evolutie en Biodiversiteit) c.q. het 1e

jaar Biomedische Wetenschappen (Cellen en Organisme) en het tweede jaar Biomedische Wetenschappen (Biomembranen/Signaaltransductie). Daarbij zijn aan de orde geweest: transcriptie, translatie, interacties tussen cellen,

signaaltransductie, celcyclus, embryogenese, bouwplan. Bij het uitvoeren van experimenten wordt voortgebouwd op de theoretische en praktische ervaring van

de cursussen “Biologie van Dieren” (Biologie) of “Weefsels” (Biomedische wetenschappen)”. Bij niet voldoen aan de ingangseisen kan door de blokcoördinator extra stof worden opgegeven, die voorafgaand aan het blok

bestudeerd dient te worden.

Studieadviespad Het blok is onderdeel van met name de studiepad Ontwikkelingsbiologie maar ook geschikt om te volgen indien je het studiepad Celbiologie volgt.

Leerdoelen

Na afloop van de cursus kun/heb je: ─ inzicht in de embryonale ontwikkeling van de gangbare modelsystemen in de

ontwikkelingsbiologie (muis, zebravis, Xenopus, Drosophila en C. elegans), ─ inzicht in de wijze waarop de moleculair genetische informatie, die in het DNA

is opgeslagen, wordt gedecodeerd en vertaald in de contouren van het

bouwplan van een embryo, de bevruchting van eicellen, de rol van asymmetrische delingen van embryo’s, de differentiatie van weefsels, de

vorming van organen en de uitgroei van het embryo tot een volwassen individu, en de relatie tussen ontwikkelingsbiologie en evolutie,

─ verklaren hoe verstoringen in de bovengenoemde processen kunnen leiden

tot ziekten met een ontregeling van celgroei of celdifferentiatie en tot erfelijk bepaalde ontwikkelingsstoornissen,

─ minimaal 3 recente artikelen op een van de gebieden van de ontwikkelingsbiologie helder samen te vatten in de vorm van een essay

en via peer-review een essay van anderen te voorzien van feedback. Vaardigheden Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur, lezen wetenschappelijk

artikel, hanteren biologische variabiliteit, omgaan met complexe systemen, wetenschappelijke discussie, beargumenteren standpunten, schriftelijke rapportage in het Nederlands of Engels, microscoopgebruik,

56

dissectievaardigheden, ethisch bewustzijn, kritisch denken, peer-review en

samenwerken.

Inhoudsbeschrijving en onderwijsvormen Tijdens de cursus worden aan de hand van een aantal veelgebruikte modelsystemen, zowel van vertebraten, invertebraten als planten, de volgende

aspecten behandeld: klievingen, gastrulatie, neurulatie, organogenese, het ontstaan van de lichaamsassen, positionele informatie, Hox-genen,

mesodermvorming, celdifferentiatie, celmigratie, recombinant/knock out/transgene dieren, de moleculair-genetische regulatie van gecoördineerde ontwikkeling. Naast de normale ontwikkeling besteed je tijdens de cursus

aandacht aan stoornissen die bij de ontwikkeling kunnen optreden. In een 6-tal practica bekijk je levende embryo’s van kippen en zebravissen en

preparaten van embryo’s van de kip en de hamster. Het ontstaan van het embryonale kraakbeenskelet van de kip maak je zichtbaar in een zelf uit te voeren kleuringsprocedure.

Naast hoorcolleges en practica volg je werkcolleges, nabesprekingen van hoorcolleges en practica, computerpractica en gestructureerde zelfstudie. Daarbij

word je ondersteund door een BlackBoard site waar handouts van de colleges (in kleur), zelftesten, roosterwijzigingen, uitslagen, een oefententamen en allerlei

andere informatie te vinden is. Er wordt vanuit gegaan dat je regelmatig de BlackBoard site raadpleegt. In samenwerking met de bibliotheekmedewerkers krijg je instructie in het zoeken

van gegevens in wetenschappelijke databestanden. Hieraan gekoppeld schrijf je in een groepje van 4 studenten een essay over een onderwerp dat gebaseerd is

op een van de 24 onderwerpen uit de ‘Milestones in Developmental Biology’ (publicatie Nature, juli 2004). Deze onderwerpen gaan over een van de volgende terreinen: ontwikkeling van het zenuwstelsel, kiemcellen en

geslachtsdeterminatie, regeneratie, groei en veroudering, evolutie en ontwikkeling.

Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt voor 80% bepaald door een drietal toetsen.

De zwaarte van deze toetsen is gelijk. De literatuuropdracht telt voor 20% mee. Deelname aan toetsen, voorcolleges van practica, practica, computerpractica,

werkcolleges, als mede aan het eerste hoorcollege is verplicht, ook voor recidivisten. De hoorcolleges zijn niet verplicht maar wel zéér aan te raden. Individuele toetsen kunnen niet worden herkanst, tenzij in geval van overmacht.

Studiemateriaal

─ Het boek ‘Principles of Development’ van Wolpert, Tickle & Arias (5e druk), ─ Snijset, labjas, kleurpotloden, gum.

57

THEORETISCHE ECOLOGIE

Theoretical Ecology Coördinator: prof.dr. Rob J. de Boer

Onderzoeksgroep Theoretische Biologie

H.R. Kruytgebouw

kamer Z502, tel.: 030-253 7560

e-mail: r.j.deboer@uu.nl

Docenten: prof.dr. R.J. de Boer, r.j.deboer@uu.nl

Ingangseisen

Systeembiologie (jaar 1) en Ecologie (jaar 1)

Studiepad Deze cursus behoort tot de studieadviespaden Organismen, ecosystemen en biodiversiteit en Theoretische Biologie & Bioinformatica.

Leerdoelen

In deze cursus leer je: ─ ecologische processen beschrijven en begrijpen met behulp van wiskundige

modellen,

─ wiskundige modellen lezen, begrijpen (kunnen toelichten) en bekritiseren, ─ klassieke modellen uit de theoretische ecologie begrijpen en herkennen,

─ nieuwe wiskundige modellen opstellen voor ecologische vraagstukken, ─ theoretische resultaten vertalen naar een biologische interpretatie, ─ wiskundige modellen op een computer analyseren en simuleren,

─ toepassen van eenvoudige algebra om evenwichten en isoclines uit te rekenen,

─ toepassen van begrippen als stabiliteit, periodiek gedrag, attractor, hysterese, complex systemen,

─ een mondelinge presentatie maken en presenteren,

─ schriftelijk rapporteren,

Vaardigheden Bibliotheekgebruik, lezen en analyseren van een wetenschappelijk artikel, beroepsspecifieke tools, computer als leeromgeving, programmeren, uitvoeren

van de onderzoekscyclus, omgaan met complexe systemen, mondelinge rapportage (Engels), schriftelijke rapportage (Engels).

Inhoud Theoretisch onderzoek speelt een belangrijke rol in de ecologie. De cursus

behandelt een groot aantal eenvoudige en een aantal gecompliceerde modellen om te laten zien hoe men met een dergelijke formele behandeling ecologische

processen kan beschrijven en leren begrijpen. Studenten worden vertrouwd gemaakt met het opstellen en analyseren van wiskundige modellen. Theoretische

ecologische modellen zouden na deze cursus niet langer als ‘black box’ beschouwd mogen worden. Resultaten van modellen, en hun eventuele ecologische consequenties, moeten kritisch gewogen worden aan de hand van de

inhoud, de complexiteit, de realiteit, en het formalisme van het model.

58

In het onderdeel ‘modellering van populatiedynamica’ worden bekende modellen

uit de theoretische ecologie opnieuw afgeleid. Door modellen zelf af te leiden uit eenvoudige biologische aannames leert de student dergelijke modellen kritisch te

beschouwen en doet de student ervaring op met het zelf ontwikkelen van wiskundige modellen. De klassieke modellen voor de groei van populaties, roofdier-prooisystemen, concurrentie, en metapopulaties komen allen aan de

orde. De student leert de resultaten verkregen met dergelijke modellen vertalen naar een biologische interpretatie (totaal 4 weken).

In het onderdeel ‘modellering van populatiedynamica’ worden bekende modellen uit de theoretische ecologie opnieuw afgeleid. Door modellen zelf af te leiden uit

eenvoudige biologische aannames leert de student dergelijke modellen kritisch te beschouwen en doet de student ervaring op met het zelf ontwikkelen van

wiskundige modellen. De klassieke modellen voor de groei van populaties, roofdier-prooisystemen, concurrentie, en metapopulaties komen allen aan de orde. De student leert de resultaten verkregen met dergelijke modellen vertalen

naar een biologische interpretatie (totaal 6 weken, afgesloten met een tentamen).

Tijdens de tweede helft van de cursus lezen en bespreken we een aan klassieke

en recente artikelen en zijn er een aantal gastcolleges van ecologen die zowel experimenten doen als modellen gebruiken. Dit wordt afgesloten met een tentamen. Daarnaast werk je in een kleine groep aan een groot project dat

doorlopen wordt aan de hand van een recente wetenschappelijke publicatie. In deze grote opdracht leer je deze kennis in praktijk brengen, primaire literatuur

lezen, en doorloop je de onderzoekcyclus van vraagstelling, naar onderzoek, naar het presenteren van je resultaten (totaal 4 weken, afgesloten met een symposium en schriftelijk verslag in het Engels).

Werkvormen Nieuwe stof wordt uitgelegd in hoorcolleges en geoefend in werkcolleges en

computerpractica. We lezen en bespreken klassieke wetenschappelijke artikelen. In week 7-10 doorloop je de onderzoekcyclus en wordt zo zelfstandig mogelijk

aan een groot project gewerkt. Daarnaast wordt tijd gereserveerd voor zelfstudie.

Toetsing Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde over de drie onderdelen. Voor de

practica zelf krijg je geen cijfer, de deelname aan de practica is niet verplicht. In de praktijk blijken de practica essentieel voor een voldoende begrip van de stof.

Studiemateriaal ─ Het e-boek “Modeling Population Dynamics” van Rob de Boer wordt bij

aanvang van de cursus verstrekt (tegen een kostprijs van ongeveer € 10) en

is ook verkrijgbaar via “http://theory.bio.uu.nl/rdb/books”. ─ De computerprogamma's GRIND en Berkeley Madonna staan geïnstalleerd in

de computerleerzalen. GRIND is ook vrij beschikbaar via http://tbb.bio.uu.nl/rdb/te/computer.html.

Informatie Tijdens de cursus krijg je actuele informatie via Blackboard en/of

http://tbb.bio.uu.nl/rdb/te

59

Periode 1, niveau 3 cursussen BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP Biodiversity and the landscape

Coördinator: dr. H. ter Steege, Naturalis biodiversity Center

e-mail: h.tersteege@uu.nl/hans.tersteege@ncbnaturalis.nl

Docenten: drs. J.G.M. Persoon, j.g.m.persoon@uu.nl

mw. dr. M.B. Soons, m.b.soons@uu.nl

dr. H. ter Steege, h.tersteege@uu.nl dr. Feike Schieving, f.schieving@uu.nl

Edwin Pos MSc., e.t.pos@uu.nl

LET OP deze cursus is 15 EC in timeslot AD én BC.

Ingangseisen

De cursus bouwt voort op de cursussen Evolutie en biodiversiteit, Biologie en ecologie van planten en Ecologie van niveau 1 en de cursus Natuurbehoud, Duurzaamheid en Plantendiversiteit van niveau 2.

Studiepad

Deze cursus is van belang voor studenten in de studiepaden Ecologie en Natuurbeheer, Evolutie en Biodiversiteit en Educatie, Communicatie en Management.

Leerdoelen

De cursus is erop gericht om de plantendiversiteit in het landschap te verklaren en patronen daarin te herkennen. Na de cursus kan je:

─ de belangrijkste processen die biodiversiteit genereren en in stand houden beschrijven,

─ de standplaats van plantensoorten in het landschap verklaren (of nader

onderzoeken) aan de hand van deze processen, ─ bodemvorming, geologie en geologische ondergrond (van de Wadden) in

grote lijnen beschrijven, ─ Nederlandse planten determineren, ─ 15 belangrijke Nederlandse plantenfamilies als familie herkennen,

─ de belangrijkste soorten uit de hoofdecosystemen van Terschelling herkennen,

─ veldwaarnemingen omzetten in een onderzoeksvraag en werkbare hypotheses,

─ in groepsvorm een onderzoeksplan (inclusief veldwerk)maken en uitvoeren,

─ een onderzoekvoorstel presenteren en verdedigen, ─ data verwerken en analyseren met R,

─ een wetenschappelijk verslag schrijven, ─ een wetenschappelijke presentatie maken en presenteren, ─ relevante gegevens verzamelen via internet en bibliotheek.

60

Vaardigheden

Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur; uitvoeren onderzoekscyclus inclusief schriftelijke en mondelinge rapportage; systematische

benadering problemen; kritisch waarnemen & denken, creativiteit en probleemoplossend vermogen, hanteren biologische variabiliteit, planten determineren, met grote datasets werken, werken met R, samenwerken,

overleg, omgaan met kritiek/feedback; basiskennis Nederlandse Flora.

Inhoud Het hoofdthema in deze multidisciplinaire cursus is het leren zien van verbanden tussen vegetatie, diversiteit, ondergrond, geomorfologie en geologische

processen, en het herkennen van patronen die zijn ontstaan als gevolg van de wisselwerking van biotische en abiotische processen.

In de eerste week worden inleidende colleges gegeven over biodiversiteit in temporele en spatiële zin, de ecologie van duinen en kwelders, bodemkunde en

het ontstaan van de waddeneilanden. Daarna volgen ca. twee weken intensief veldwerk op Terschelling. Tijdens drie inleidende excursies komt de

wisselwerking tussen flora, bodem, (micro)klimaat en geologische processen aan bod die uiteindelijk het landschap en de vegetatie bepalen. De nadruk ligt daarbij

op het herkennen van processen, patronen en verbanden. Na de excursie vindt op het eiland een plantentoets plaats, waarin planten en families moeten worden herkend en planten gedetermineerd. Vervolgens doe je in groepen ecologisch

veldonderzoek naar de relatie tussen plantengroei en abiotiek (4 dagen).

In de vierde week kijken we wat de exacte mechanismen zijn die diversiteit genereren en reguleren. Jullie maken dan zelf colleges over over evolutionaire processen, ijstijden, refugia, gradienten in diversiteit en hun oorzaken, neutrale

modellen, frequentie-afhankelijke mortaliteit, dynamische evenwichten, dispersie, game theorie en vele andere zaken. We verwachten dat je door middel

van deze week een degelijke kijk krijgt op het begrip Biodiversiteit en welke factoren en processen belangrijk zijn. In week vier begint ook een collegereeks ‘theoretische basis van ecologie en biodiversiteit’ (deze loopt van week 4-7).

Hierin komen competitie en theorieën die diversiteit verklaren aan bod.

In week 5 van de cursus beginnen we met het leren werken met R, een programmeertaal die door steeds meer onderzoekers wordt gebruikt om data te verwerken en analyseren. Week 5 wordt besteed aan een algemene inleiding in

R. Week 6 gaat dieper in op multivariate analyse van vegetatie data. In week 7 sluiten we de collegereeks af en is het tentamen.

Week 8 wordt gebruikt om met je nieuwe vaardigheden, je eigen data en die van groepen uit voorgaande jaren een goede analyse te maken van je

veldonderzoek, en daar een 'wetenschappelijke publicatie' over te schrijven. In week 9 schrijf je dit verslag, levert het in en bereidt een wetenschappelijke

presentatie voor. Deze wordt in de laatste week op een eindsymposium gepresenteerd. In deze weken zijn een aantal contactmomenten gepland maar we gaan er van uit dat je dit voor een groot deel zelfstandig moet kunnen

plannen en uitwerken. Na de presentaties zijn er een paar dagen om je 'publicatie' te verbeteren n.a.v. alle feedback.

61

Inhoud en bijbehorende werkvormen

Week 1: Wat is Biodiversiteit?, Vegetatie en ecologie van duinen en kwelders, bodemkunde, plantenfamilies (hoorcolleges, determineerparctica,

zelfstudie). Week 2: Excursies Terschelling, onderzoeksplan opstellen, determineren planten

(groepsexcursies, groepsopdracht, determineer toets).

Week 3: Veldwerk duinen en kwelder (veldwerk in groepen van 5 pers., groepsverslag maken).

Week 4: Colleges biodiversiteit, werken aan colleges over diversiteit, presentatie. Week 5: Introductie in R, colleges theorie biodiversiteit. Week 6: Vegetatie analyses in R.

Week 7: Afsluiting colleges theorie biodiversiteit, zelfstudie, tentamen. Week 8: Data analyses, bespreking resultaten en problemen

Week 9: Publicatie schrijven en inleveren/presentatie voorbereiden. Week 10: Eindsymposium onderzoekTerschelling, verslag verbeteren en

inleveren.

Toetsing

De cursus is voldoende afgerond indien een voldoende is behaald voor de plantendetermineeratietoets op Terschelling, de publicatie, de presentatie, en het

tentamen, en indien aan alle practicumverplichtingen is voldaan. Het cijfer van het blok wordt bepaald door de plantendetermineertoets (15%), publicatie (25%), presentatie (20%) en het tentamen (40%). De practica

worden niet beoordeeld middels een cijfer maar actieve deelname aan alle practicumonderdelen is verplicht.

Studiemateriaal ─ R. v.d. Meijden (2005). Heukels' Flora van Nederland, 23ste druk. (c. €50 –

via UBV) - verplicht ─ Shaw, P.J.A. (2009) Multivariate Statistics for the Environmental Sciences,

ISBN-10: 0340807636. (c. €36) - verplicht ─ Loupe, prepareernaalden, tekenpapier, aantekenboek(je) en evt. een schep of

troffel.

─ Regenkleding, stevig schoeisel en kampeeruitrusting. ─ Men moet zelf in de kosten van levensonderhoud voorzien.

─ De kosten van de reis naar Harlingen en terug zijn voor eigen rekening. ─ De kosten voor deelname aan de cursus bedragen €30. Dit is een bijdrage

aan de boottocht en de camping op Terschelling en dient op de eerste

cursusdag voldaan te worden.

Op/naar Terschelling heb je nodig: ─ notitieboekje en zacht potlood ─ loep, Flora, de cursushandleiding

─ OV-jaarkaart ─ laarzen of ander waterdicht schoeisel, paraplu en regenkleding

─ Kampeerspullen (hierover kunnen onderling afspraken gemaakt worden) Logistieke zaken Terschelling

De studenten kamperen op Camping Terpstra, Oosterburen 81, 8891 GB Midsland, tel. 0562-449091. Hier wordt gedurende de tweede week s’avonds

vanaf 19.00 uur gebruik gemaakt van de kantine om materiaal uit het veld te verwerken en data in te voeren. Op de camping zijn geen wasmachines, wel is er

62

een stomerij in Midsland tel. 0562-448093.

Fietsen worden door de cursus beschikbaar gesteld bij aankomst op het eiland bij de Fa. Tijs Knop, Torenstraat 10-12, West-Terschelling.

De staf verblijft in Goede Haven, Heereweg 13, Midsland Noord. Winkels zijn meestal open van 08.00 uur tot 18.00 uur.

63

CELLEN EN WEEFSELS

Cells and tissues Coördinator: dr. P.M.P. van Bergen en Henegouwen

Onderzoeksgroep Celbiologie

H.R. Kruytgebouw

kamer N503, tel.: 030-253 3349

e-mail: p.vanbergen@uu.nl

Docenten: dr. L. Kapitein, dr. J.A. Post, mw.prof.dr.A. Akhmanova, dr. P.M.P. van Bergen

en Henegouwen en prof.dr. S. van den Heuvel

Ingangseisen: MLS studenten: jaar 1; Biologie studenten: de cursussen de Cel, Metabolisme en Moleculair genetische onderzoekstechnieken.

Studiepad: MLS en Celbiologie

Leerdoelen: Het doel van de cursus is de student inzicht te geven in:

De werking (mechanisme) en organisatie van de dierlijke cel.

De werking van microscoposche technieken die nodig zijn om het functioneren van de cel te bestuderen.

Vaardigheden: Na afronding van de cursus is de student in staat:

de verschillende technieken van lichtmicroscopie en elektronenmicroscopie te beschrijven en celstructuren met behulp van elektronenmicroscopie te

herkennen. het effect van random diffusie, moleculaire eigenschappen, concentratie

gradiënten, eiwitinteracties en transportsystemen op cellulair transport en

signaaltransductie te beredeneren. de functie en complexiteit van eiwitinteracties en signal pathways binnen

de systeembiologie te benoemen. verschillende moleculaire mechanismen van celcommunicatie en

intracellulair transport te beschrijven.

(het belang van) verschillende controle mechanismen in de celcylus te beschrijven.

verschillende moleculaire mechanismen van kankerontwikkeling en kankerbehandeling te benoemen

de rol van stamcellen in weefselproductie te benoemen en de huidige

ontwikkelingen binnen stamcel engineering te beschrijven. onderzoeksresultaten te analyseren en presenteren

Inhoud:

In deze cursus wordt de werking van de dierlijke cel uitgelegd vanaf het moleculaire niveau tot en met het functioneren van cellen in de weefsels van levende organismen. In de cel wordt informatie uitgewisseld door middel van

transport, zowel passief (diffusie) als actief transport via het cytoskelet. Informatieuitwisseling tussen de cellen vindt plaats via extracellulaire

signaalmoleculen die via receptoren hun effect hebben op het functioneren van de cel. Aandacht zal ook besteed worden aan de processen waarbij deze informatieuitwisseling verkeerd is gegaan zoals bij kanker.

64

In het eerste overwegend technische deel van deze cursus zal de werking en toepassing van twee microscopische technieken worden behandeld: licht- en

electronen microscopie. Dit zijn essentiele technieken om het functioneren van de moleculen te bestuderen in de levende cel (licht microscopie) en bij hoge resolutie (electronen microscopie). In het tweede deel zal het functioneren van

de cel besproken worden terwijl in het laatste deel de samenwerking van de cellen in weefsels behandeld gaat worden. Tijdens deze cursus wordt ook

aandacht besteed aan het leren lezen en presenteren van onderzoeksliteratuur. Je theoretische kennis wordt op twee momenten in deze cursus getoetst. Daarnaast wordt je beoordeeld op je blackboardopdrachten en je

literatuurpresentatie. Uiteindelijk zal je met deze cursus een vrijwel compleet, moleculair inzicht krijgen in de werking van de levende cel in hun context van

het levende organisme. Werkvormen: Computerpracticum, discussiecollege, groepsopdracht,

gastcollege, hoorcollege, paper, presentatie, werkcollege, zelfstudie.

Toetsing:

TENTAMEN1

TENTAMEN2 PRESENTATIE WERKCOLLEGE

Tentamen halverwege cursus

Tentamen eind cursus Presenteren van een paper Opdrachten a.h.v. een paper

40%

40% 10% 10%

Studiemateriaal:

Molecules of Life, Kuriyan et al., hoofdstuk 17. Molecular Biology of the Cell, sixth edition: Alberts et al. De Hoofdstukken: 5-7, 9, 12, 13, 15, 17-20, 22

65

ENDOCRINOLOGIE

Endocrinology Coördinator: dr. Rüdiger W. Schulz

Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie/Voortplantingsbiologie

H.R. Kruytgebouw, kamer W606

tel.: 030-253 3064

e-mail: r.w.schulz@uu.nl

Docenten: dr. Jan Bogerd, j.bogerd@uu.nl

dr. Rüdiger W. Schulz, r.w.schulz@uu.nl

Gastdocenten: prof. Melly Oitzl, m.oitzl@hotmail.com

prof. Ton Groothuis, a.g.g.groothuis@rug.nl

Ingangseisen De cursus sluit aan op onderdelen uit de eerstejaarscursussen Moleculaire

Biologie en Biologie van Dieren. Verder is voorkennis van belang op het gebied van de moleculaire biologie (transcriptie, translatie, structuur en functie van DNA, RNA, eiwitten) en de celbiologie (cel-cel interactie, celcyclus,

signaaltransductie, receptortypen). Het wordt daarom aanbevolen de niveau 2 cursussen Ontwikkelingsbiologie en De Cel te volgen. Bovendien wordt de niveau

2 cursus Metabolisme aanbevolen. De daarin behandelde biochemie van de stofwisseling sluit aan op de in de cursus Endocrinologie cursus behandeld endocriene regulatie van de stofwisseling. In alle gevallen zijn het

aanbevelingen, geen harde eisen.

Studiepad De cursus is onderdeel van de moleculaire studieadviespaden (ondersteunend)

van de gedragsbiologie. Bovendien is de cursus een (keuze)onderdeel van de Bachelor “Molecular Life Sciences”. De cursus is een goede voorbereiding op de Masters Molecular and Cellular Life Sciences en Cancer, Stem Cells and

Developmental Biology.

Leerdoelen In deze cursus leer je de principes kennen van de integratieve regulatie van levensprocessen door hormonen bij mens/gewervelde dieren. Aan het einde van

de cursus ben je in staat om: ─ De belangrijkste, endocriene systemen in vertebraten te benoemen en de

hoofdfuncties van de betrokken hormonen te beschrijven ─ Het concept van hormonale regulatie van levensprocessen op het niveau van

het organisme, inclusief interacties tussen verschillende organen/weefsels

hierbij, uit te leggen ─ Het ontstaan van een aantal endocriene organen (b.v. voorplantingsorganen,

hypofyse, pancreas,) tijdens de embryonale fase uit te leggen en de daarbij werkende moleculaire mechanismen te begrijpen

─ De organen betrokken bij hormoonproductie anatomisch en histologisch te

herkennen en te beschrijven ─ Verbanden te leggen tussen de microscopische structuur en fysiologische

functie van endocriene organen/cellen, en uit de analyse van experimentele monsters af te leiden hoe feedback systemen werken

─ De endocriene regulatie van fysiologische processen van het organisme te

beschrijven en op conceptueel niveau de werkingsmechanismen van hormonen

66

op cellulair en moleculair niveau uit te leggen

─ De wijze waarop energie homeostase, bijnierfunctie, groei, voortplanting, stress en gedrag integratief gereguleerd worden conceptueel te begrijpen en

te beschrijven ─ Af te leiden hoe geselecteerde ziektebeelden en/of “loss-of-function” mutaties

samenhangen met stoornissen in de ontwikkeling en endocriene regulatie van

levensprocessen.

Vaardigheden Lezen en kritisch verwerken van wetenschappelijke literatuur door een samenhangend concept van het onderwerp te ontwikkelen, mondeling te

presenteren, en schriftelijk samen te vatten. Dit wordt twee keer toegepast, een keer in een literatuurstudie, een andere keer bij het schrijven en presenteren van

een research proposal. In beide gevallen wordt (ook) gebruik gemaakt van het concept van “peer review” zodat vaardigheden i.v.m. de beoordeling van (mede)studenten ontwikkeld kunnen worden. Omgaan met complexe

regelsystemen, wetenschappelijke discussie (incl. het formuleren van vragen), gebruik lichtmicroscoop.

Inhoud

In deze cursus staat de integratieve regulatie van levensprocessen door hormonen centraal. Aandacht wordt besteed aan de regulatie van de voortplanting, bijnier, energie homeostase en spijsvertering, schildklier en groei;

ook het aspect van hormonen en gedrag komt aan bod (twee gastdocenten). Inleidend worden de voor de endocrinologie belangrijkste concepten behandeld

(zoals homeostase, hormoonassen, feedback mechanismen, relatie tussen de biochemische opbouw van hormonen en structuur en functie van hun receptoren). Ook bestuderen wij de functionele anatomie/histologie van de

endocriene organen (3 microscoop practica). In detail wordt ingegaan op de ontwikkeling en het functioneren van het voortplantingssysteem, maar ook op de

ontwikkeling van hypofyse en alvleesklier. Vervolgens wordt aandacht geschonken aan de hormonen die een rol spelen bij de stressreactie en in het metabolisme, groei, en differentiatie (b.v. insuline, groei- en

schildklierhormonen), en worden recente gegevens over het functioneren van regelsystemen via multiple weefseltypen en hormonen toegelicht (b.v. de bot-

pancreas-testis as). Tijdens de cursus wordt ook aandacht besteed aan academische vaardigheden (zie boven). Ter ondersteuning van de zelfstudie dient het boek “Human Physiology” (6e druk) van Silverthorn (Pearson

International Edition). Voor de onderwerpen van de gastsprekers (prof. Melly Oitzl “Sex and stress hormones, development and cognition” en prof. Ton

Groothuis “Social regulation of testosteron production”) dienen ter voorbereidende zelfstudie voorafgaand aan hun colleges enkele artikelen gelezen te worden. In de loop van de cursus presenteren 12 werkgroepen (telkens 4-5

studenten) een literatuur studie onderwerp (verdieping van collegestof). Dezelfde werkgroepen stellen ter afsluiting van de cursus hun research proposals voor

(ontwikkeld op het gebied waar de groep door de literatuur studie al speciale kennis heeft opgebouwd).

Werkvormen Collegecyclus, microscoop practica, literatuuropdracht en research proposal

(verdieping van geselecteerde aspecten van de collegestof door schriftelijke samenvatting, mondelinge presentatie, bedenken van goed/fout vragen; de

67

literatuur studie en het research proposal voer je uit in groepjes van 4-5

studenten).

Toetsing Je neemt aan alle onderdelen van de cursus deel. Voor alle practica en de twee gastcolleges geldt aanwezigheidsplicht.

Individuele toetsing: Tijdens de cursus worden twee deeltentamens ingeroosterd (telkens 2-3 uren met meestal gesloten vragen; PC toets m.b.v. TestVision

software; gezamelijke weegfactor 80%). De twee deeltentamens moeten beiden voldoende zijn om te kunnen slagen voor deze cursus; indien een deeltentamen onvoldoende zou zijn maar niet slechter dan een 5, dan kan met het andere

deeltentamen gecompenseerd worden. Groepstoetsing: De mondelinge en schriftelijke presentatie van de literatuur

opdracht wordt als volgt beoordeeld: twee docenten geven een cijfer voor de presentatie die vermenigvuldigd wordt met het aantal groepsleden (voorbeeld: bij 5 groepsleden resulteert het cijfer 7 in 35 punten). Vervolgens verdelen de 5

groepsleden de 35 punten onder elkaar en delen de uitslag aan de coördinator mee (weegfactor 10%).

Het research proposal (schriftelijke samenvatting, mondelinge presentatie) wordt weer in werkgroepen (samenstelling zoals bij literatuur opdracht) vervaardigd en

de samenvatting wordt door alle andere groepen beoordeeld (ranking lijst; weegfactor 5%), terwijl één andere groep een detail-beoordeling geeft (supervisie door een docent; weegfactor 5%).

Studiemateriaal

─ Human Physiology - An integrated approach van D.U. Silverthorn (Pearson 6th edition, 2013). AANBEVOLEN MAAR NIET VERPLICHT OM AAN TE SCHAFFEN

─ Voor de literatuuropdracht en het research proposal krijg je de literatuur elektronisch uitgereikt of de link naar de respectievelijke UBU bron

meegedeeld. ─ De college plaatjes worden via Blackboard ter beschikking gesteld. ─ Benodigde software: PDF reader, presentatie software.

68

GEDRAGSECOLOGIE

Behavioural ecology Coördinator: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José)

Onderzoeksgroep Animal Ecology

Kruytgebouw, kamer O210

tel.: 030-253 5435

e-mail: m.j.h.m.duchateau@uu.nl

Docenten: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau

dr. G. Driessen (Gerard), e-mail:gerard.driessen@ecology.falw.vu.nl

Ingangseisen

De cursussen Biologie van dieren, Evolutiebiologie en biodiversiteit en Experiment en statistiek van jaar 1, cursussen Gedragsbiologie en Evolutie

niveau 2, of vergelijkbare cursussen. De cursus is een verdere functionele en evolutionaire verdieping van de gedragsonderdelen in bovengenoemde cursussen. De cursus kan gezien worden als complementair aan de meer causale

benadering van de 3e jaars niveau 3 cursus Cognitie en gedrag.

Studiepad De cursus maakt deel uit van de studieadviespad Gedragsbiologie. De cursus dient als voorbereiding op de track Behavioural Ecology binnen het

masterprogramma Environmental Biology

Leerdoelen Na afloop van deze cursus kan de student verklaren waarom bepaalde individuele gedragingen geëvolueerd zijn, hoe de keuzes die individuen maken

samenhangen met de diverse kenmerken van het milieu waarin zij zich bevinden en wat deze keuzes betekenen voor hun fitness. In het bijzonder kan de student:

─ de samenhang tussen genen en gedrag aangeven en de relatie ervan met natuurlijke selectie,

─ beschrijven hoe hypothesen in de gedragsecologie getest kunnen worden, ─ aangeven hoe kosten en baten van met name fourageergedrag via

optimaliteitsmodellen van invloed zijn op het uiteindelijke gedrag van dieren,

─ de evolutionaire wapenwedloop predator-prooi aan de hand van verschillende voorbeelden kunnen uitleggen,

─ de verschillende vormen van concurrentie benoemen en uitleggen, ─ (speltheoretische) modellen voor competitie uitleggen in relatie tot ESS en de

factoren die van invloed zijn op competitie aangeven,

─ uitleggen waardoor er een seksueel conflict is, wat seksuele selectie is en wat sex ratio inhoudt en aangeven welke factoren van invloed zijn op de sex ratio,

─ aangeven welke paringsystemen er zijn, welke ecologische factoren en beperkingen daarbij betrokken zijn en ook aangeven welke alternatieve strategieën er zijn en waarom,

─ de 4 hypothesen voor samenwerking beschrijven, en aangeven welke factoren een rol spelen bij samenwerking en helpen,

─ de evolutie van sociale insecten uitleggen en aangeven waarom steriele werksters bestaan,

─ de empirische cyclus uitvoeren aan de hand van gedragsecologische

vraagstellingen met als proefdieren Drosophila of Nasonia, ─ wetenschappelijk verslag schrijven, poster maken en presenteren.

69

Vaardigheden Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken van primaire literatuur, toepassen

kennis, uitvoeren empirische cyclus, kennis en toepassen van Excel, toepassen statistiek, hanteren biologische variabiliteit, schriftelijke rapportage Nederlands, poster maken en presenteren, samenwerken, feedback verwerken.

Inhoud

Het thema van de cursus is de samenhang tussen diergedrag, ecologie en evolutie en betreft de functionele en evolutionaire benadering van gedrag. Het theoretische deel van de cursus zal in hoor- en werkcolleges behandeld

worden aan de hand van het boek An Introduction to Behavioural Ecology, 4e editie, N.B. Davies, J.R. Krebs & S.A.West en verdiepende primaire literatuur. De

cursus start met de relatie genen en gedrag, natuurlijke selectie en hoe hypotheses in de gedragsecologie getoetst kunnen worden. De cursus gaat verder met de onderwerpen economische analyse van kosten en baten van

gedrag en optimalisatie, concurrentie tussen soorten en binnen de soort, predator-prooi interacties, paringssystemen en seksuele selectie, samenwerking,

zelfzuchtigheid en altruïsme. Het praktische deel van de cursus omvat een volledige onderzoekscyclus met

experimenten rond thema’s van gedragsecologie, waarbij de fruitvlieg Drosophila en de sluipwesp Nasonia als modeldier gebruikt worden. De cyclus omvat het bedenken van een hypothese, het opzetten en uitvoeren van experiment met zelf

verzamelde proefdieren, het verzamelen van gegevens, uitwerken van de data met behulp van spreadsheats, in Excel en statistisch toetsen met SPSS schrijven

van verslag waarbij gebruik wordt gemaakt van wetenschappelijke literatuur en het maken en presenteren van een poster.

Toetsing De onderwerpen van de hoor- en werkcolleges worden in twee schriftelijke,

theoretische deeltentamens getoetst. Het gemiddelde van de twee deeltentamens vormen het cijfer van de theoretische toets. Om te middelen moet elk deeltentamencijfer minstens 5.0 zijn. Actieve deelname aan practica en

posterpresentaties is verplicht. Het practicum wordt beoordeeld aan de hand van het verslag en werkhouding. Het eindcijfer van de cursus wordt pas vastgesteld

nadat zowel de theoretische toets (2/3) als ook de ministage (1/3), voldoende zijn. Studiemateriaal

An Introduction to Behavioural Ecology, 4e ditie, 2012, N.B. Davies, J.R. Krebs and S.A.West; ISBN 978-1-4051-1416-5

70

GENOOMBIOLOGIE

Genome biology

Coördinator: dr. Guido van den Ackerveken

Onderzoeksgroep Plant-Microbe Interacties

H.R. Kruytgebouw, kamer W304, tel. 030-253 3013

e-mail: g.vandenackerveken@uu.nl

Docenten: dr. Berend Snel, b.snel@uu.nl

dr. Guido van den Ackerveken, g.vandenackerveken@uu.nl

Ingangseis

Je moet de Cel (niveau 2) behaald hebben of vergelijkbare kennis elders opgedaan; basiskennis Moleculaire Biologie (jaar 1 van de opleiding Biologie of vergelijkbaar) aangevuld met kennis van hoofdstukken 4 t/m 7 van Molecular

Biology of the Cell (Alberts et al., 5th edition).

Studiepad De cursus is kerncursus in de studiepaden Theoretische Biologie en Bioinformatica en Ontwikkelingsbiologie

Leerdoelen

─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen van aanvullende gegevens uit ander informatiebronnen,

─ het kunnen samenvatten en beschrijven van complexe beschrijvingen van

genetische systemen en hun werking en regulatie, ─ het belang van genoomprojecten te verwoorden, en de benaderingen en

werkwijzen om genomen in kaart te brengen te beschrijven, ─ de organisatie van genomen van hogere eukaryoten samen te vatten ─ het gebruik van comparative genomics en samenhangende evolutionaire

werkingsmechanismen samen te vatten, ─ het doel van functional genomics en de werkwijze om functies in kaart te

brengen samen te vatten, ─ de mechanismen die het genoom veranderen te verwoorden,

─ de modificaties in chromatine te begrijpen en toe te passen om hun invloed op de expressie van genen te beredeneren,

─ browsers en databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van

gegevens over genen en genomen, ─ het integreren van genomics en genetische data met het doel om in

begrijpelijke taal over een bepaald onderwerp een essay te schrijven en te verdedigen.

─ Het voorbereiden van een pleidooi en het verdedigen van standpunten in een

debat.

Inhoud en werkvormen In deze theoretische cursus gaan we dieper in op de structuur en opbouw van eukaryote genomen en de mechanismen die de organisatie, regulatie en evolutie

van het genoom beïnvloeden. Tijdens de cursus behandelen we ook actuele onderwerpen als kloneren, RNA interferentie, epigenetica, personal genome en

houden we twee debatten. Iedere week volg je op maandag een college dat de basis vormt voor de

verdere week. Op de andere dagen werk je aan opdrachten. De docenten zijn

71

dan beschikbaar voor overleg en vragen. Op een aantal vrijdagen werk je aan

computeropdrachten die gericht zijn om te leren werken met DNA informatie.

De eerste 4 weken van de cursus hebben als thema Genoomopbouw en –regulatie. In dit eerste blok zullen ook twee debatten (in de vorm van een rechtszaak) georganiseerd worden over onderwerpen gerelateerd aan dit thema.

Het eerste blok zal worden afgesloten met een tentamen.

Het tweede blok van 6 weken staat in het teken van analyse, evolutie en functie van genomen. Hier worden de methoden van genoom-sequencing besproken en is er veel aandacht voor comparative genomics en genoomevolutie.

De beschikbaarheid van genoom-sequenties maakt het mogelijk om alle genen in organismen te bestuderen. We behandelen expressie van het genoom,

interactienetwerken en functional genomics, wat erop gericht is om de biologische functie van genen in het genoom te bepalen. In een gastcollege zal het Personal genome of $1000 genome worden besproken en is er een

discussie over dit onderwerp. Een belangrijke onderdeel van dit blok is het schrijven van een werkstuk

over nieuwe inzichten in genoomevolutie die zijn verkregen door het beschikbaar komen van nieuwe genoomsequenties. Hierbij komen alle tot dusverre

behandelde aspecten van de cursus terug. Naast het schrijven van het werkstuk beoordeel je samen met je groep (van 4 studenten) het werkstuk van een andere groep en stel je kritische vragen tijdens de verdediging van het werkstuk.

In de laatste week van de cursus is er tijd voor zelfstudie en is er een afsluitend tentamen.

Blackboard Blackboard is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor

de cursus nodige informatie.

Toetsing Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. De maandagcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke

toetsen (60%, het gemiddelde moet voldoende zijn om de cursus te halen en boven de 4 om de cursus te mogen herkansen), het voeren van het debat

(10%), en het werkstuk met de bijbehorende peer-review en verdediging (30%). Studiemateriaal

─ Een reader met primaire literatuur in de vorm van artikelen en review verhalen

─ Toegang tot het internet

72

Periode 2, niveau 1 cursussen BIOLOGIE VAN DIEREN

Animal Biology Coördinator: dr. J. Bogerd (Jan)

Hugo R. Kruytgebouw, kamer West-607,

Padualaan 8, 3584 CH Utrecht

tel. 030 253 4177 e-mail: j.bogerd@uu.nl

Docenten: dr. J. Bogerd (Jan), j.bogerd@uu.nl

mw. dr. M.J.H.M. Duchateau, m.j.h.m.duchateau@uu.nl mw. dr. E. de Graaff, e.degraaff@uu.nl

dr. R.W. Schulz, r.w.schulz@uu.nl

dr. A.A.M. Thomas, a.a.m.thomas@uu.nl

Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie.

Studieadviespad

De cursus bereidt voor op het volgen van studieadviespaden Gedragsbiologie, Moleculaire Levenswetenschappen en Educatie, Communicatie & Management.

Leerdoelen Na afloop van deze cursus kun je:

─ de karakteristieken beschrijven van de dierlijke basisweefsels, ─ de belangrijkste functies van de verschillende weefsels en orgaansystemen

beschrijven,

─ de relatie uitleggen tussen de vorm en de functie van weefsels en orgaansystemen,

─ beschrijven hoe gedurende de evolutie orgaansystemen zich hebben ontwikkeld,

─ verklaren hoe het zenuwstelsel en het hormonale stelsel samenwerken bij het in stand houden van de homeostase van het interne milieu,

─ de rol van het gedrag bij het handhaven van de homeostase beschrijven,

─ de causale analyse van gedrag beschrijven.

Vaardigheden

Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden: ─ relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften,

selecteren en verwerken van literatuur, ─ uitvoeren van de onderzoekscyclus: een proef plannen, en een labjournaal

bijhouden, ─ creatief en probleemoplossend werken en omgaan met complexe systemen, ─ mondeling en schriftelijk rapporteren in het Nederlands, een presentatie

maken en geven en die van medestudenten beoordelen, ─ microscopiseren,

─ dissectie, een orgaan dan wel een dier ontleden aan de hand van een handleiding,

─ ethisch denken en handelen.

73

Inhoud

De cursus Biologie van dieren gaat verder waar de biologielessen van de middelbare school ophielden. Je gaat, in detail, het functioneren van processen in

het lichaam van een dier bestuderen. Met de kennis over die processen leer je vervolgens allerlei verstoringen van de homeostase te verklaren. Zo bestudeer je de levensverrichtingen (functionele fysiologie) en de daarbij

horende structuren van dieren, de vertebraten (gewervelde dieren) in het bijzonder. Tevens leer je de relatie tussen vorm en functie van dierlijke cellen,

organen en orgaansystemen verklaren. Daarbij krijgen vooral bouw en functioneren van organen en orgaanstelsels veel aandacht: de opbouw van verschillende weefseltypes, het zenuwstelsel, het spierstelsel, het spijs-

verteringsstelsel, de energiehuishouding, het immuunsysteem, de gaswisseling, de excretie en osmoregulatie, de homeostase van het interne milieu en de

regulatie via het neurale en het hormonale systeem komen aan de orde. Een belangrijk aandachtsgebied in de cursus is het gedrag van organismen. De causale analyse van gedrag begint met informatie die wordt waargenomen door

zintuigen, de stimuli. Die stimuli zullen, na verwerking door het zenuwstelsel, resulteren in gedrag dat aanpassing van het individu aan de buitenwereld

mogelijk maakt. Je zult leren dat communicatie en leerprocessen daarin een belangrijke rol spelen. Daarnaast draagt gedrag bij aan de homeostase van het interne milieu en leer je meer over de gevolgen van een langdurig bedreigde

homeostase.

Onderwijsvormen Tijdens de cursus volg je hoor- en werkcolleges, practica (microscopie en dissectie) en COO’s. Daarnaast werk je in groepen aan opdrachten waarover je

aan medestudenten presentaties geeft. Biologie van Dieren is een pittige cursus die echter goed te doen is als je de

behandelde stof bijhoudt tijdens de zelfstudietijd en tijdig begint met het bestuderen van de tentamenstof. Door het maken van de zelftesten en de

oefententamens kun je controleren of je de stof voldoende beheerst. Blackboard

De cursus wordt ondersteund door Blackboard waar je de college-handouts, de opdrachten, de roosters, de beoordelingsformulieren, de zelftesten, een

biomedisch woordenboek en interessante links vindt. Via Blackboard kun je met medestudenten discussiëren over de opdrachten en de inhoud van de cursus. Toetsing

De cursus Biologie van Dieren heeft twee deeltoetsen. Het eindcijfer van de

cursus wordt pas vastgesteld nadat aan alle practicum- en presentatiever-plichtingen is voldaan. Dit houdt tevens in dat voor alle presentaties én het verslag minimaal een “voldoende” (5,5 of hoger) moet worden behaald om de

cursus met een voldoende eindcijfer te kunnen afsluiten.

Actieve deelname aan practica, werkcolleges en presentatieopdrachten is verplicht. Als je onverhoopt een practica of een presentatie hebt gemist, krijg je op een later tijdstip beperkt de gelegenheid het gemiste alsnog in te halen.

De definitieve berekening van het eindcijfer zal bij het begin van de cursus worden gecommuniceerd.

74

Studiemateriaal

─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 10e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2014,

─ werkboek Biologie van Dieren 2014-2015, ─ een snijset en labjas voor de dissectiepractica, ─ een potlood, een gum en een puntenslijper.

Aanbevolen:

─ “Henderson’s Dictionary of Biology” van Lawrence, 15e editie, Pearson Education Inc., 2011.

75

BIOLOGIE en ECOLOGIE van PLANTEN

Plant Biology & Ecology Coördinator: prof.dr. L.A.C.J. Voesenek, L.A.C.J.Voesenek@uu.nl

leerstoelgroep Ecofysiologie van Planten

H.R. Kruytgebouw, kamer Z307

tel. : 030-253 6849

Docenten: dr. R. Pierik, r.pierik@uu.nl

mw dr. M. Hefting, m.m.hefting@uu.nl

mw dr. R. Sasidharan, r.sasidharan@uu.nl

Ingangseisen

VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie.

Studieadviespad Deze cursus is van belang voor alle plantenbiologische en ecologische cursussen

van de bacheloropleiding Biologie.

Leerdoelen Je kent de bouw van de plant, je kunt de belangrijkste fysiologische processen van de plant verklaren en met eenvoudige proeven kun je plantenbiologische

processen aantonen/meten. Tevens kun je basis principes van de ecologie van planten en hun ecologische strategieën begrijpen en toepassen.

Concreet betekent dit dat je: ─ kan uitleggen hoe verschillende milieufactoren de fotosynthese van een plant

beïnvloeden,

─ hoe verschillende fotosynthesetypen (C3, C4, CAM) van elkaar verschillen en wat het belang daarvan is,

─ de aanpassingen van groei en ontwikkeling van een plant aan de omgeving kan verklaren met onder andere fysiologische en/of morfologische parameters,

─ kan uitleggen hoe xyleem- en floëemtransport in een plant plaatsvindt, ─ op basaal niveau kan verklaren hoe de interne sturing in een plant plaats

vindt (hormonen, fytochroom), ─ de interne architectuur van blad, stengel en wortel kan beschrijven, ─ het functioneren van een plant in zijn (a)biotische milieu kan toelichten,

─ kunt werken met begrippen als niche, habitat en eilandtheorie, ─ veranderingen in de structuur en dynamiek van ecosystemen kan toelichten

─ kan uitleggen hoe eigenschappen van planten kunnen worden gebruikt in voedselproductie en andere maatschappelijke thema’s.

─ een eenvoudig wetenschappelijk verslag over een experiment kan schrijven.

76

Vaardigheden

Dit zijn: ─ verslag schrijven,

─ een biologisch probleem analyseren en de daarvoor benodigde informatie verzamelen,

─ een wetenschappelijk artikel lezen,

─ mondelinge rapportage ─ maken en houden van een PowerPoint presentatie,

─ samenwerken, ─ gebruik van binoculair of (stereo)microscoop,

Inhoud De cursus is opgedeeld in vier thema’s: 1) fotosynthese en groei, 2) transport

van water, nutriënten en assimilaten, 3) sturing en reproductie en 4) plantenecologie. Ze zijn zo gekozen dat ze enerzijds de basis vormen voor de vakken Plantenbiologie en Plantenecologie en anderzijds het mogelijk maken om

maatschappelijk relevante onderwerpen waarbij planten zijn betrokken, te bestuderen.

In het eerste thema ligt de aandacht op de fotosynthesemechanismen van

verschillende plantengroepen (C3, C4, CAM), de effecten daarop van verschillende milieuparameters (intern en extern) en groei. De kwantitatieve rol van fotosynthese, ademhaling en morfologische parameters spelen een

belangrijke rol in de koolstofbalans van planten.

In het thema transport (thema 2) ligt de aandacht op de principes van watertransport door een plant (opname, xyleem- en floeemtransport, transpiratie), nutriëntenopname en de interacties die bestaan met het

fotosyntheseproces.

In het thema sturing en reproductie (thema 3) bestudeer je de regulatie van ontwikkeling (kieming, groei en bloei) door plantenhormonen en het waarnemen van licht. Een aantal voorbeelden van signaaltransductie routes zullen aan bod

komen.

In thema 4 bestuderen we planten in relatie tot hun (a)biotsche milieu en op hogere integratie niveaus van levensgemeenschap en ecosysteem. We bestuderen de interacties tussen organismen en hoe deze interacties bepalend

zijn voor de ruimtelijke verdeling van organismen, voor de successie in ecosystemen en voor

de ontwikkeling van plantendiversiteit. De eerste 3 thema’s gaan tevens in op het belang van planteneigenschappen in

de voedselproductie en besteden ook aandacht aan de mogelijkheden en consequenties van genetische modificatie voor planten.

Onderwijsvormen Hoor- en werkcollege, practicum, COO, projectgestuurd onderwijs (PGO),

literatuur en experimenteel onderzoek, het maken van opdrachten (verslagen en presentaties) en zelfstudie zijn de onderwijsvormen in deze cursus.

77

Toetsing

Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit resultaten van de drie deeltentamens, de beoordeling van de PGO-opdrachten en de beoordeling van

het verslag over de experimenten (practicum). Bij actieve deelname aan de werkcolleges kun je een bonuspunt verdienen.

Voorwaarde voor het krijgen van het eindcijfer is dat je de practica en PGO hebt

gevolgd. De practica zelf worden niet beoordeeld met een cijfer, maar actieve deelname aan alle practicumonderdelen is verplicht.

Als je onverhoopt een practicum hebt gemist, dan krijg je op een later tijdstip de gelegenheid om het gemiste alsnog in te halen. Om praktische redenen kan dat

mogelijk pas een jaar later zijn in de volgende cursus Plantenbiologie. Studiemateriaal

─ werkboek ‘Biologie en Ecologie van Planten’, ─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 10e editie, Pearson Education

Inc., San Francisco, 2014, ─ labjas en labjournaal,

─ snijset voor de practica, potlood, kleurpotloden, gum.

78

Periode 2, niveau 2 cursussen GEDRAGSBIOLOGIE Behaviour Biology

Coördinator: dr. M.J. Duchateau (Marie José)

Onderzoeksgroep Gedragsbiologie

Kruytgebouw, kamer O 210

tel.: 030-253 5435

e-mail: m.j.h.m.duchateau@uu.nl

Docenten: prof.dr. J.J. Bolhuis, j.j.bolhuis@uu.nl

mw.dr. M.J.H.M. Duchateau, m.j.h.m.duchateau@uu.nl

mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, e.h.m.sterck@uu.nl

dr. J. de Vries, j.devries@uu.nl

dr. M.A. Zandbergen, m.a.zandbergen@uu.nl

Gastdocenten

Capaciteit: max. 60 Ingangseisen

De cursus is een vervolg op de onderdelen Gedragsbiologie en Gedragsecologie uit de niveau 1 cursussen Biologie van Dieren en Evolutiebiologie. De cursus kan

gezien worden als een voorbereiding van de niveau 3 cursus Cognitie en Gedrag en de meer functionele en evolutionaire benadering van gedrag van de niveau 3 cursus Gedragsecologie.

Studiepad

De cursus is maakt deel uit van het studiepad Gedragsbiologie. Zij bereidt mede voor op de Master Neuroscience and Cognition en het specialisatieprogramma Behavioural Ecology binnen de master Environmental Biology.

Leerdoelen

Na afloop van deze cursus kun je: ─ de neurobioologische principes van stimulus perceptie, structuren voor de

zintuiglijke verwerking en resulterend motorisch gedrag beschrijven, ─ aangeven wat motivatie is en welke modellen motivatie beschrijven en welke

factoren bij motivatie een rol spelen,

─ verschillende motivatiesystemen en hun interacties beschrijven, ─ aangeven hoe emoties en beloningssystemen aan elkaar gerelateerd zijn

aangeven welke biologische ritmes er zijn, hoe ze ontstaan en werken en wat hun invloed is op gedrag,

─ aan de hand van auditieve perceptie bij de uil, cognitieve verwerking van

leren bij de honingbij en motorische output van zang van vogels de neurale mechanismen van gedrag beschrijven,

─ aangeven wat nature/nurture controverse inhoudt, aangeven wat imprinting is, de ontwikkeling van gedrag aan de hand van vogelzang beschrijven, de rol van hormonen en de ontwikkeling van de hersenen in de ontwikkeling van

gedrag aangeven, ─ de verschillende soorten van leren beschrijven en de rol van het

werkgeheugen en referentiegeheugen in het leerproces aangeven, ─ een beschrijving geven van de verschillende cognitieve vaardigheden van

79

dieren zoals ruimtelijke representaties, representaties van aantallen, inzicht,

gereedschapsgebruik, sociale representaties waaronder theory of mind, social learning en taal,

─ aangeven wat communicatie is, verschillende vormen van communicatiesignalen en eigenschappen ervan beschrijven, de oorsprong van signalen uitleggen,

─ aangeven wat seksuele selectie is en de verschillende effecten van seksuele selectie beschrijven,

─ de evolutie van gedrag uitleggen aan de hand van 'strong inference', fylogenie en coëvolutie,

─ de factoren aangeven die een rol spelen in het ontstaan van sociale groepen,

de verschillende vormen van samenwerking beschrijven, de mogelijke consequenties van groepsleven beschrijven,

─ uitleggen wat dierenwelzijn is, kennis van diergedrag bij de groei en het hanteren van dieren in gevangenschap toepassen,

─ diergedrag in de conservatiebiologie toepassen,

─ toepassen van verklaringen voor diergedrag en de evolutie van gedrag op het gedrag van mensen,

Vaardigheden

─ Mondelinge en schriftelijke rapportage in het Nederlands, ─ Het schrijven van een onderzoeksvoorstel aan de hand van een opgegeven

onderwerp. Dit presenteren en verdedigen.

─ Toepassen van kennis, ─ Bibliotheekgebruik,

─ Creativiteit en problemen oplossen, ─ Beargumenteren van standpunten.

Inhoud Gedragsbiologie is de wetenschappelijke bestudering van het gedrag van dieren.

Ruim veertig jaar geleden heeft de Nederlandse etholoog Niko Tinbergen de vier grote vragen in de gedragsbiologie gepostuleerd: evolutie, functie, ontwikkeling en causatie.

De eerste twee vragen kan men omschrijven als vragen naar het waarom van gedrag. Hieronder valt onder andere het deelgebied van de gedragsecologie. De

laatste twee vragen betreffen het hoe van gedrag, de mechanismen die aan het gedrag ten grondslag liggen. Gedragsbiologie is de moderne versie van wat we vroeger ethologie noemden.

Het is echter veel breder dan de traditionele ethologie en omvat ook disciplines als cognitieve ethologie, neurobiologie van gedrag, en de meer toegepaste

disciplines als zoo conservatie biologie en dierenwelzijn. Dit zijn disciplines die in de dagen van Lorenz en Tinbergen, de grondleggers van de ethologie, nog niet bestonden.

In de cursus Gedragsbiologie komen alle vier vragen van Tinbergen aan bod. Door middel van hoorcolleges en werkcolleges krijg je een gedetailleerd beeld

van de moderne gedragswetenschap. Hierbij gebruiken we het boek ‘The Behavior of Animals’. Behalve het belang van de vier vragen voor onderzoek naar gedrag bespreken

we ook de noodzaak waarom je deze vragen moet onderscheiden. Hierbij komt de (on-)mogelijkheid van integratie van causatie en functie aan bod.

80

Werkvormen

Je krijgt in het theoretische eerste deel van de cursus colleges, werkopdrachten en –colleges, computerpractica, en zelfstudie. De stof wordt middels 2

deeltentamens getentamineerd. In het 2e deel van de cursus schrijf je in een groepje medestudenten een onderzoeksvoorstel aan de hand van een opgegeven onderwerp over één van de

thema's uit het boek. Het voorstel verdedig je met een korte presentatie voor de groep. Daarbij moet je opmerkingen verdedigen van andere studenten uit de

cursus die je voorstel hebben gelezen en van kritische vragen en opmerkingen hebben voorzien.

Toetsing Het eindcijfer van de cursus is samengesteld uit:

─ de schriftelijke toets (2/3 van het eindcijfer, als elk deeltentamen minstens 5.0 is en beide deelcijfers gemiddeld minstens 5.5 is),

─ de opdracht 'Onderzoeksvoorstel' (1/3 van het eindcijfer)

De beoordeling van het ‘Onderzoeksvoorstel’ bestaat uit het zelf geschreven

voorstel en de presentatie (3/4) en uit de review en interview van een ander onderzoeksvoorstel en je werkhouding (1/4).

Je krijgt pas een eindcijfer als zowel de theoretische toets als de opdracht voldoende zijn afgerond.

Studiemateriaal

Boek: ‘The Behavior of Animals: Mechanisms, Function, and Evolution’. Blackwell Publishing, Oxford, 2005 (Eds. Johan J. Bolhuis & Luc-Alain Giraldeau) ISBN 0-631-23125-0

81

GENTHERAPIE, KANKER, AIDS

Gene therapy, cancer, AIDS Coördinator: dr. A.A.M. Thomas

Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie

H.R. Kruytgebouw, kamer O506

tel.: 030-253 3971

e-mail: a.a.m.thomas@uu.nl

Docent: dr. A.A.M. Thomas

Ingangseisen

Noodzakelijke voorafgaande cursussen bevatten kennis van replicatie, transcriptie, translatie, basale kennis over het ontstaan van kanker, (zoals te

vinden in Campbell and Reece, 9e druk, hoofdstukken 15- 21), kennis van celbiologie, (hoofdstukken 7, 8, 11, en 12), basale kennis van immunologie, zoals ter sprake komt in huidige Biologie-cursussen jaar 1 (hoofdstuk 43), basale

kennis van virusreplicatie, zoals in hoofdstuk 19, kennis van veel gebruikte technieken in de moleculaire biologie zoals beschreven in hoofdstuk 20, kennis

van dierlijke weefsels, vormen en functies, zoals in hoofdstuk 40. Deze cursus kan bij voorkeur worden gevolgd in het derde studiejaar. Tweedejaars worden alleen toegelaten indien er plaats is. Het maximum aantal

plaatsen is 80.

Studiepad De cursus past in de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen (vanaf 2009), Biomoleculaire wetenschappen, Dierwetenschappen,

Ontwikkelingsbiologie en genetica, en Toxicologie. Je kunt de cursus ook volgen vanuit een bredere interesse.

Leerdoelen: Na de cursus kan je:

─ uitleggen welke vormen van genetische therapieën bestaan, hoe ze werken, en bij welke aandoeningen dit theoretisch of praktisch haalbaar zou kunnen

zijn, ─ ethische aspecten rondom genetische therapieën beschrijven, ─ uitleggen welke cellulaire processen belangrijk zijn bij het ontstaan van een

tumor en bij uitzaaiingen, en hoe en welke therapieën deze processen beïnvloeden,

─ uitleggen wat de normale afweerreactie is tegen een infectie, en wat de reactie is bij een HIV infectie,

─ uitleggen wat het effect is van bestaande en te ontwikkelen medicijnen tegen

HIV en AIDS, ─ uitleggen hoe het immuunsysteem reageert op een vaccin, een tumor, of een

virusinfectie, ─ uitleggen waarom er virale variatie is en hoe de variatie invloed heeft op

medicijnen en vaccins, ─ relevante gegevens verzamelen via internet en wetenschappelijke

tijdschriften,

─ een essay maken over een medicijn. De cursus is op gevorderd niveau qua moleculaire en celbiologische aspecten, en

verdiepend wat betreft immunologische aspecten.

82

Vaardigheden

Selecteren en verwerken literatuur, omgaan met complexe systemen, wetenschappelijke discussie, schriftelijke rapportage in het Nederlands, ethisch bewustzijn wat betreft gentherapie, gebruik van medicijnen en vaccins.

Inhoudsbeschrijving

De cursus geeft je inzicht in humane cellulaire processen met een geïntegreerde benadering vanuit de moleculaire biologie, biochemie, en celbiologie. Die kennis gebruik je in een aantal toepassingsgerichte biotechnologische problemen zoals

gentherapie, RNA interferentie, en gencorrectie, en bij het begrijpen van tumorontwikkeling, metastasering, en het ontstaan van AIDS.

De cursus zal de volgende thema’s behandelen: gentherapie, anti-sense therapie, RNA-interferentie, DNA-repair als genetische therapie, ontstaan van tumoren, oncogenen, tumorsuppressors, apoptose, telomeren, receptoren en

liganden, monoklonale antilichamen, antikanker medicijnen, vaccins tegen kanker, virussen als vaccins, adhesiemoleculen, integrine’s, metastasering,

angiogenese. Bij het HIV-AIDS deel: Koch’s postulaten, moleculaire biologie van HIV, interactie

van HIV met immuunsysteem, belangrijke cellen van het immuunsysteem, immuundominantie, eigenschappen van virale polymerase, ontstaan van virale varianten, mechanisme van HIV medicijnen, virusreceptoren, resistentie, HIV-

vaccins, ethiek rondom gebruik medicijnen en ontwikkeling van vaccins.

Werkvormen en bijbehorende inhoud De cursus is theoretisch. Werkvormen zijn hoorcolleges, zelfstudie, en het schrijven van een essay.

Toetsing

Aanwezigheid bij het eerste college is verplicht. De cursus is voldoende afgerond als de twee toetscijfers (elk 40%) en de beoordeling van het ingeleverde essay (20%) resulteren in een voldoende.

Studiemateriaal

─ cursushandleiding met hand-outs ─ kopieën van de benodigde artikelen, te verkrijgen via UBU of internet

83

METABOLISME

Metabolism Coördinator: mw.dr. H. Schluepmann

Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie

H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8

kamer O405, tel.: 030-253 3289

e-mail: h.schlupmann@uu.nl

Docenten: dr. P.M.P. van Bergen en Henegouwen, p.vanbergen@uu.nl

mw.dr. H. Schluepmann, h.schlupmann@uu.nl

Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven. Ingangseisen

De cursus Moleculaire biologie op niveau 1 uit de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is.

Studiepad De cursus ‘Metabolisme’ maakt deel uit van de studiepaden Moleculaire

levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit.

Leerdoelen De cursus heeft als doel om het effect van metabolisme op fysiologie te illustreren met betrekking op metabolische ziekten.

Deze cursus leert je de beginselen van de biochemie waaronder: ─ de thermodynamica van enzymatische reacties, enzym kinetica en regulatie,

─ de meest belangrijke metabolisme cascades die betrekking hebben op het vergaren van energie en primaire stoffen, hoe ze met elkaar in verbinding staan en in welke cel compartimenten ze plaats vinden.

De metabolismeconcepten worden geoefend met behulp van computerpractica en met behulp van oefeningen uit het tekstboek.

Vaardigheden ─ Biochemische termen begrijpen en

─ Biochemische moleculen herkennen ─ Onderzoek van primaire en secondaire literatuur en data bestanden,

─ Presenteren van kennis die gerelateerd is aan de integratie van metabolisme en fysiologie.

Inhoud Lectures are given in Dutch (Dr. van Bergen en Henegouwen) and in English (Dr. Schluepmann). The textbook is in English.

Metabolism underlies every living organism and defines the organisms’ ecological niche. Metabolism occurs at differing scales. At a larger scale, metabolism affects

the composition of gases in the atmosphere with oxygen resulting from photo and redox-syntheses that occurred in ancient bacteria. At a cellular scale

metabolism provides the energy and building blocks required for cellular growth and differentiation of cells to form functional organs. Metabolism determines also the physiological integration of organs.

84

Understanding metabolism requires knowledge of biochemistry. Current research

in metabolism goes beyond the chemical characterization of all metabolites, detection of their content in cellular compartments and of their flux through

interwoven pathways. The challenge today is to reconstruct metabolite interactions with proteins, their distribution over pathways and cellular compartments in computed models that allow predicting organ growth and

development. In comparison to the ambitions of modern research in metabolism, the topics

studied during the course are very humble and include: ─ an introduction into thermodynamics, enzyme kinetics and regulation, ─ carbon and energy metabolism across sub-cellular compartments,

─ energy storage and its metabolic regulation, ─ the classes of primary compounds amino acids, nucleotides and lipids and

their metabolic interconnections, ─ essential metabolites from outside: vitamins, ─ metabolic diseases that uncover physiological connections beyond cellular

metabolism. The course will lay foundations for Level 3 courses in cell biology, microbiology,

physiology and molecular aspects of ecology.

Werkvormen Hoor- en werkcollege, zelfstudie, practicum en computerpracticum met report, presenteren van metabolische ziektes.

Toetsing

Toets 1 40% Toets 2 40% Presentatie Metabolische Ziekte 20%

Studiemateriaal

─ verplicht: het boek ‘Biochemistry’, 6th edition, J.M. Berg, J.L. Tymoczko en L. Stryer, 2012

─ aanbevolen: ‘Student Companion to accompagny Biochemistry Sixth Edition’, Gumport, Deis, Counts Gerber en Koeppe II; ISBN 0-7167-7067-9

85

MOLECULAIR GENETISCHE ONDERZOEKSTECHNIEKEN Molecular Genetic Research techniques Coördinator: mw.dr. Esther De Graaff, Afdeling Celbiologie

H.R. Kruytgebouw, kamer Z501

tel. 253 3458

e-mail: e.degraaff@uu.nl

Docenten: dr. Guido van den Ackerveken

dr. Mike Boxem

mw.dr. Esther de Graaff

prof.dr. Sander van den Heuvel

dr. Luis Lugones

mw.dr. Margot Koster

dr. Marcel Proveniers

mw.dr. Inge The

Ingangseisen

Basiskennis Moleculaire Biologie uit of vergelijkbaar met jaar 1 van de opleiding Biologie.

Uitsluiting Vanwege de grote overlap met Moleculaire Genetica is het niet toegestaan om

beide cursussen te volgen.

Studiepad Moleculaire genetica is een kerncursus in de studiepaden Celbiologie, Microbiologie, Ontwikkelingsbiologie en Plantenbiologie. Daarnaast kan het ook

een passend cursus zijn voor de studiepaden Neurobiologie, Theoretische Biologie en Toxicologie

Leerdoelen Aan het einde van de cursus kun je:

– moderne moleculair genetische vaardigheden en technieken toepassen, – moleculair biologische problemen oplossen,

– de systematische benadering van problemen en vraagstellingen begrijpen en toepassen,

– complexe biologische systemen onderkennen en hanteren,

– met bovenstaande kennis primaire artikelen lezen.

Vaardigheden – in groepsverband een onderzoekscyclus opzetten en uitvoeren,

– kritisch denken en standpunten beargumenteren in een wetenschappelijke discussie over een vraagstelling, de aanpak en de daaruit voortvloeiende

resultaten, – browsers en databases gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens

over literatuur, protocollen en genen.

86

Inhoud

In deze cursus leren jullie de experimentele aanpak en de moleculair genetische technieken die veel gebruikt worden om processen in levende prokaryote en

eukaryote cellen te bestuderen. Hiervoor gaan jullie leren werken met bacteriën, planten- en zoogdiercellen. Daarnaast zullen jullie genetische epistase in C.elegans en D. Melanogaster bestuderen.

Buiten de praktijk leren jullie uitgebreid over de theoretische achtergrond achter al deze toepassingen om zo een beter beeld te krijgen welke methode waarvoor

het beste toepasbaar is. Enkele technieken die jullie zullen uitvoeren zijn basale en gea en gevorderde recombinant DNA technieken, eiwit isolatie uit zoogdiercellen, yeast 2-hybrid en genetische epistase in C.elegans en D.

Melanogaster. Ieder week krijg je hoorcolleges en zelfstudie opdrachten om uit te werken om je

goed voor te bereiden op de verschillende practica. Tijdens de practica leren jullie ook hoe je nauwkeurig een labjournaal bij moet houden om in de toekomst de experimenten te kunnen nadoen.

Werkvormen:

Hoorcollege, werkcollege, practicum en zelfstudie. Veel van de benodigde informatie, zoals roosters en opdrachten tijdens de cursus krijg je via

Blackboard. Toetsing:

Actieve deelname aan de hoor- en werkcolleges is aanbevolen, deelname aan de praktica zijn verplicht. Er zijn twee deeltoetsen en er wordt gekeken naar de inzet

bij de practica. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt.

Studiemateriaal Voor deze cursus wordt geen gebruikt van een boek maar zal worden verwezen

naar verschillende websites en primaire wetenschappelijke artikelen. Voor de practica is een labjas verplicht.

87

VOORTGEZETTE STATISTIEK EN ‘R’ Advances statistics and ‘R’

Coördinator: dr. R. Hermsen

Onderzoeksgroep Theoretische Biologie

H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8

kamer Z510, tel.: 030-253 3637

e-mail: r.hermsen@uu.nl

Docent: dr. R. Hermsen

Ingangseisen Experiment & Statistiek

Studiepad Gedragsbiologie, Ecologie en Natuurbeheer, Evolutie en Biodiversiteit

Leerdoelen

Na het voltooien van deze cursus kun je: ─ redeneren over en rekenen aan kansen en kansverdelingen,

─ basisbegrippen uit de statistiek uitleggen en gebruiken in redeneringen, ─ gegeven een vraagstelling, zelfstandig een geschikte onderzoeksopzet

ontwerpen,

─ gegeven een onderzoeksopzet of verzameling gegevens, zelfstandig bepalen welke analyses geschikt en van toepassing zijn,

─ een reeks binnen de biologie veelvoorkomende statistische analyses toepassen en hun uitkomsten interpreteren,

─ gegevens bewerken en analyses uitvoeren met behulp van de statistische

software “R” en de gebruikersomgeving “R Studio”, ─ de resultaten van statistische analyses, conclusies, en de verantwoording van

gemaakte keuzes vastleggen in een wetenschappelijk verslag, ─ gepubliceerd onderzoek kritisch beoordelen, ─ een aantal veelvoorkomende misvattingen, misinterpretaties, dwalingen en

vergissingen uitleggen en vermijden.

Vaardigheden ─ Het programmeren van eenvoudige scripts in “R”, ─ Het schrijftelijk vastleggen van statistische resultaten in een wetenschappelijk

verslag.

Inhoud In het vak Experiment & Statistiek heb je kennisgemaakt met een aantal basisbegrippen en -technieken uit de statistiek. In dit vak wordt je kennis van

statistiek geconsolideerd, verdiept, en verbreed. Daarnaast leer je om gegevens te bewerken en analyses uit te voeren met behulp van de statistische software

“R” en de gebruikersomgeving “R Studio”. De onderwerpen die behandeld zijn tijdens Experiment & Statistiek zullen worden

uitgediept. Daarnaast komen in ieder geval de volgende nieuwe onderwerpen aan bod:

- Kansverdelingen: de binomiale verdeling, de Poissonverdeling, - De analyse van proporties en frequenties, waaronder de binomiale toets en de

88

chi-kwadraat goodness-of-fit-toets,

- Afhankelijkheidsanalyses, waaronder odds ratio, chi-kwadraat afhankelijkheidstoets, en Fishers exacte toets.

- 2-weg ANOVA, blokkenproef, en general linear models. - het corrigeren voor covariaten, - een aantal computer-intensieve methoden: simulatie, randomisatie, en

bootstrapping.

Werkvormen Zelfstudie, hoorcolleges, en werkcolleges waarin intensief gebruik wordt gemaakt van computers.

Toetsing

Tijdens de cursus zul je verschillende opdrachten moeten inleveren. Het vak eindigt met een tentamen. Je eindcijfer wordt berekend uit je resultaten voor de opdrachten en de toets. (De verdeelsleutel wordt bij aanvang van de cursus

bekendgemaakt.)

Studiemateriaal ─ The Analysis of Biological Data, 2e editie. M.C. Whitlock and D. Schluter, 2013.

─ Werkboek “Voortgezette Statistiek en R”. ─ Handouts en artikelen die door de docent beschikbaar worden gesteld.

89

Periode 2, niveau 3 cursussen

COMPUTATIONELE BIOLOGIE Computational biology Coördinator/docent: mw.prof.dr. P. Hogeweg

Onderzoeksgroep Theoretische Biologie

H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8

kamer Z503, tel.: 030-253 3692

e-mail: p.hogeweg@uu.nl

Deze cursus wordt in het Engels gegeven.

Ingangseisen Verplichte voorkennis is de eerstejaars cursus Systeembiologie. Sterk

aanbevolen wordt om voorafgaande de cursus de niveau 2 cursus Theoretische ecologie te volgen.

Studiepad De cursus Computationele biologie bied je een sterke theoretische ondersteuning

in de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit.

Leerdoelen Computational Biology uses computer modeling to investigate biological

problems. The course teaches a variety of modeling techniques and techniques to analyse the model behaviour. Moreover biological theory obtained by computational modeling is examined.

Inhoud

During the course, the emphasis will be on composing exact models, based on specific hypotheses. The models are analyzed, the results yielding insights in the original biological system. The models that are studied address fundamental

questions from a variety of biological fields, among which:

─ Evolutionary dynamics ─ eco-evolutionary dynamics and spatial pattern formation,

─ host-pathogen co-evolution, ─ genome evolution, e.g. interaction between gene regulation and evolution, ─ evolution of complexity, robustness and evolvability.

─ Developmental dynamics (from genes to organisms) (plant and animal models

will be used) ─ pattern formation,

─ cell differentiation, ─ morphogenesis and mechanical interactions between cells, ─ EVO-DEVO (evolution of development).

─ Network dynamics)

─ gene regulation and metabolic networks, ─ RNA interference.

90

─ Behaviour ─ behavioral self-structuring through local interactions,

─ interface between learning and evolution.

(Spatial) pattern formation and emergent properties are common themes

emphasised in all these areas and the related general theory is introduced as a separate module.

A number of different model formalisms are used, namely: ─ non-linear differential/difference equations (ODE and MAPs), ─ reaction Diffusion Systems (PDE),

─ Cellular automata machines, ─ event based models,

─ individually oriented models, ─ evolutionary computation, ─ hybrid models using several combinatiions of the above formalisms.

Analysis tools include bifurcation analysis, sensitivity analysis, and various

pattern analysis techniques.

Werkvormen A typical day starts with lectures, followed by computational modeling excercises. Literature will be handed out related to the computer excercises , and at the end

of the course, literature seminars are given by the students.

Toetsing The student's final mark is based on the exam and the litterature seminar.

Studiemateriaal ─ Practicum handleidingen, sheets en literatuur,

─ Op de computers maak je gebruik van LINUX.

91

DIDACTIEK

Didactics Coördinator: mw.dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine)

Didactiek van de Biologie

Freudenthal Institute for Science and Mathematics Education

Buys Ballot gebouw, Princetonplein 5, Kamer 362

tel. 030 – 253 2213 (secr. 253 1179)

e-mail: m.c.p.j.knippels@uu.nl,

website FIsme: http://www.fisme.uu.nl

Docent: mw.dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine) en drs. Frans Kranenburg

Deze cursus kun je niet volgen als je didactiek niveau 2 gevolgd hebt

Studiepad De cursus Didactiek valt binnen het studiepad Educatie, communicatie en

management. De cursus is daarnaast voor een ieder aan te raden die kritisch wil leren kijken naar en nadenken over het (eigen) leerproces en biologieonderwijs. Ook is het een goede voorbereiding op de master Science Education and

Communication. Vanaf collegejaar 2015-2016 geldt de cursus Oriëntatie op de Onderwijspraktijk

(BETA-B2OOP) of Wetenschap- en Techniekcommunicatie (BETA-B2WTC) als ingangseis voor de niveau 3 Didactiek cursus.

Leerdoelen De overkoepelende doelen van de cursus zijn:

─ het verwerven van een vakdidactisch begrippenapparaat voor het beschrijven, ontwikkelen, analyseren en beoordelen van biologieonderwijs,

─ bevorderen van een actieve studiehouding waarin kritische reflectie en verantwoordelijkheid voor het eigen leerproces centraal staan.

Hiertoe moet je onder meer:

─ je bewust zijn van eigen opvattingen over leren en onderwijzen, deze kunnen relateren aan pedagogische en leertheoretische principes uit de literatuur,

─ het model van didactische analyse kunnen beschrijven en toepassen in het beoordelen van biologieonderwijs,

─ inzicht hebben in de maatschappelijke krachten die de inhoud en vorm van

het biologieonderwijs mede bepalen.

Inhoud

Deze cursus is een inleiding in de didactiek, waarin leren en onderwijzen van de biologie centraal staat. Je maakt kennis met leertheorieën, verkent verschillende

leerstijlen en denkt na over de aard van je vak. Wat houdt het ‘vak biologie’ precies in, wat onderscheidt biologie van de andere natuurwetenschappen,wat zijn moeilijke thema’s in de biologie en hoe kun je het onderwijsleerproces het

beste vormgeven? Kortom, de relaties tussen het vak, de lerende en maatschappij worden verkend en consequenties voor de inrichting van

(biologie)onderwijs besproken. Deze cursus richt zich niet primair op het zelf leren lesgeven. Daarvoor zijn de

meer op vaardigheden en onderwijspraktijk gerichte cursussen OCEP en de Educatieve minor (niveau 3). De cursus Didactiek heeft meer het karakter van een theoretische inleiding en praktijkoriëntatie. Wel ontwerp je in een

92

groepsopdracht zelf een les of educatieve bijeenkomst.

Waar wetenschapscommunicatie zich richt op informeel leren in buitenschoolse contexten, richt didactiek zich vooral op formeel leren in schoolse contexten.

De hoofdthema’s die in de cursus aan bod komen zijn: ─ Kennismaking en oriëntatie Hoe, wat, waarom?

─ Wat is leren? Leren en leertheorieën ─ Wat is het vak? Aard en ontwikkeling van het (school)vak

biologie ─ Waarom is dit vak belangrijk? Onderwijsvisies ─ Hoe ontwikkel je vakonderwijs? Modellen–(leer)doelen–werkvormen –

toetsing ─ Vakdidactisch onderzoek Methoden en praktijkvoorbeelden

Onderwijsvormen Per week zijn er twee dagdelen aan contacttijd, de overige tijd (1½ dag) is voor

zelfstudie waaronder het werken aan opdrachten en het bestuderen van literatuur. De tijdsinvestering voor deze cursus is 20 uur per week

De contacttijd wordt vormgegeven als interactieve colleges. Daarmee wordt bedoeld dat plenaire, individuele en groepsactiviteiten elkaar afwisselen.

Beoordeling In week 10 vindt een schriftelijke toets (tentamen) over de gehele stof plaats.

Daarnaast wordt in een groepsopdracht een les ontworpen voor een specifieke doelgroep. Het ontwerp zelf (educatief materiaal) en de verantwoording van het

ontwerp worden in een verslag aangeleverd en het ontwerp wordt voor de medestudenten gepresenteerd. Gedurende de contacturen wordt een actieve houding van de student verwacht.

Zo worden (groeps)opdrachten uitgevoerd, presentaties verzorgd en peer-feedback gegeven. Actieve deelname is voorwaarde om toegelaten te kunnen

worden tot het tentamen. Beoordeeld worden dus: ─ Schriftelijke toets (individueel)

─ Ontwerpopdracht (groep): verslag en presentatie

Benodigdheden ─ Syllabus waarin een algemene inleiding, rooster, toetsing, literatuur en

opdrachten.

─ Blackboard. ─ Tijdens de cursus worden aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal

uitgedeeld of via Blackboard beschikbaar gesteld. ─ Je moet kunnen beschikken over een editie van Campbell ‘Biology’.

93

MARIENE WETENSCHAPPEN III: ‘Oceans of the Future’

Marine sciences III: ‘Oceans of the Future’ Coördinator: prof.dr Appy Sluijs

Mariene Palynologie

LPP; Gebouw ‘Aardwetenschappen’

Budapestlaan 4, 3584 CD Utrecht

Kamer Z312, tel.: 030-253 2638

e-mail: a.sluijs@uu.nl

secretariaat: m.mullen@uu.nl; tel. 030-253 2629

Docenten: mw.prof.dr. Corina Brussaard, corina.brussaard@nioz.nl

mw.dr. Katja Philippart, katja.philippart@nioz.nl

dr. Gert-Jan Reichart, reichart@geo.uu.nl

mw.dr. Francesca Sangiorgi, f.sangiorgi@uu.nl

prof.dr. Appy Sluijs, a.sluijs@uu.nl

dr. Mark Vermeij

Ingangseis Het volledig gevolgd hebben van de cursus Mariene wetenschappen II is als

ingangseis verplicht. Studiepad

Deze cursus is van belang voor studenten die het studiepad Mariene Biologie volgen en vooral hierin de track Environmental Biology - Biomarine Sciences.

Ook voor studenten die het studiepad Educatie, communicatie en beleid volgen, kan dit een waardevolle cursus zijn.

Leerdoelen Toenemende CO2 concentraties en klimaatverandering resulteren in oceanen in

verzuring, opwarming en zuurstofgebrek. In deze niveau 300 cursus vergaart de student inzicht in de processen die deze veranderingen teweeg brengen. Verder maakt de student kennis met belangrijke groepen mariene organismen en de

manier waarop hun voorkomen en hun fysiologie verandert als gevolg van de fysisch-chemische veranderingen; in het heden en verleden via de studie van de

“fossil record”. Hierbij vergaar je: ─ een inzicht in de fysische en chemische processen die op dit moment aan

verandering onderhevig zijn in de oceanen en die opwarming, oceaanverzuring en anoxia (zuurstofloosheid) tot gevolg hebben,

─ inzicht in de fysiologie van organismen in zeewater,

─ fysiologische kennis van de belangrijkste groepen virussen, macrobenthos, koralen, pro- en eukaryotisch fyto- en zooplankton, en hun rol in mariene

ecosystemen, ─ inzicht in de manier waarop veranderende fysisch-chemische omstandigheden

in de oceaan de fysiologie van de belangrijkste groepen/soorten beïnvloedt,

─ overzicht van de complexiteit in de respons van ecosystemen op verzuring, opwarming en anoxia,

─ kennis en actuele vragen rond soort- en ecosysteemrespons tijdens perioden van oceaanverzuring en anoxia in het geologisch verleden.

Vaardigheden ─ selecteren, analyseren en verwerken van complexe literatuur,

─ uitvoeren korte onderzoekscyclus in groepsvorm, inclusief literatuur en

94

presentatie,

─ systematische benadering problemen; kritisch denken, ─ mondelinge & schriftelijke rapportage (Engels),

─ wetenschappelijke discussie in groepsniveau en op een minicongres, ─ omgaan met complexe mariene ecosystemen, ─ denken op biologische en geologische tijdschalen.

Inhoud

Voortbouwend op de introductie cursus Marine Sciences (I) zijn de hoofdthema’s in deze cursus Future Oceans: 1. Verzuring, anoxia (zuurstofloosheid) en opwarming van de oceanen en randzeeën, 2. de belangrijkste groepen

organismen in de oceaan, 3. De fysiologische en ecologische respons van deze groepen op de veranderingen in de oceaan, 4. Biotische respons ten tijde van

analoge veranderingen in het geologisch verleden Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken):

(1) veld werk/excursie, (2) niet-calcificerende organismen

2.1 dinoflagellaten en diatomeeën 2.2 bacteriën

2.3 virussen 2.4 archaea

(3) calcificerende organismen

3.1 coccolithoforen 3.2 foraminiferen

3.3 koralen 3.4 macrobenthos

(4) paleo-oceaanverzuring en -anoxia

(5) studenten doen in groepjes literatuuronderzoek naar van tevoren gedefinieerde onderwerpen, onder begeleiding van een docent. Tijdens een

congres worden de resultaten gepresenteerd. Werkvormen

(Werk)colleges, practica, discussie, presentaties, essays (Engels)

Toetsing De cursus is voldoende afgerond indien een voldoende is behaald voor (1) ‘presentatie’ tijdens het congres en

(2) het tentamen over de gehele stof. Het eindcijfer wordt bepaald in de verhouding 1:2, met maximaal één maal een

5. Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd.

Studiemateriaal:

Literatuur wordt tijdens de cursus aangeboden, o.a. via Blackboard.

95

MILEUVERANDERINGEN DOOR DE TIJD

Environmental Change: past, present and future Coördinator: dr. T. Donders, t.h.donders@uu.nl,

Onderzoeksgroep Paleoecologie,

Gebouw Aardwetenschappen,

Docenten: dr. T. Donders, t.h.donders@uu.nl

mw.prof.dr. F. Wagner, f.wagner@uu.nl

Deze cursus wordt in het Engels gegeven.

Ingangseisen Geen.

Studiepad Deze cursus is aangeraden voor de studiepaden Evolutie en Biodiversiteit en

Ecologie en Natuurbeheer en is voor studenten met belangstelling voor biogeologie een kerncursus.

Leerdoelen Aan het einde van de cursus kun je:

─ milieuomstandigheden (klimaat, CO2, nutrienten, menselijke invloed) in het heden begrijpen en in het verleden reconstrueren

─ morfologische kenmerken van palaeoecologisch belangrijke fossielgroepen (pollen, sporen, macroscopische plantenfossielen, diatomeeën) herkennen,

─ met palaeoecologische methodieken kenmerken van sedimentaire archieven

bepalen en interpreteren, ─ kwantitatieve palaeoecologische analyses (als pollen influx, stomata dichtheid

analyses, ordinatie) en milieureconstructies uitvoeren

Vaardigheden

─ Data genereren en verwerken, gegevens op grafische wijze presenteren, ─ mondelinge en schriftelijk presenteren/rapporteren (in het Engels), ─ statistische bewerkingen van gegevens uitvoeren (ordinatie, classificatie,

regressie), ─ beeldanalyse

Inhoud In deze cursus worden de basisprincipes behandeld van onderzoek naar

continentale ecosystemen (terrestrisch en aquatisch) zowel in het heden als in het verleden. De nadruk ligt hierbij op de wisselwerking tussen de

geosfeer/hydrosfeer – biosfeer – atmosfeer in samenhang met milieu- en klimaatveranderingen op verschillende temporele en ruimtelijke schalen.

Paleoecologische methodes worden gebruikt om veranderingen in ecosystemen te reconstrueren op verschillende tijdschalen (10-1-107 jaar), waarbij gebruik gemaakt wordt van moderne analogen. Belangrijke aspecten zijn het onderscheid

tussen natuurlijke en antropogene veranderingen in het Laat-Kwartair (de afgelopen 15.000 jaar) en de implicaties hiervan voor huidige en toekomstige

milieuveranderingen.

96

Structuur:

Deze cursus is in drie modules onderverdeeld: 1) palynologie, 2) diatomeeën analyse, en 3) paleo-fysiologie van planten. In deze drie modules worden de

verschillende paleo-proxies geïntroduceerd en zullen de resultaten geïnterpreteerd worden met betrekking tot milieu- en klimaatveranderingen.

Per week worden 2 hoorcolleges (2x45 min per hc) gegeven, die een overzicht geven van de vegetatiegeschiedenis en klimaatsveranderingen. De werkcolleges

bestaan uit intensieve microscooppractica, waarin geleerd wordt microfossielen (pollen en sporen, diatomeeën en blad stomata) te determineren en analyseren. Met behulp van computerpractica worden de resultaten geïnterpreteerd.

Werkvormen Naast meer individueel onderwijs in de vorm van colleges, werkcolleges, microscopische practica, computerpractica, werk je in groepen van 2-15

studenten aan opdrachten. De opdrachten resulteren in mondelinge presentaties en schriftelijke verslagen (in het Engels).

Er zijn 2 excursiedagen gepland, 1) bezoek aan het Nationale Herbarium in Leiden en Naturalis, 2) een velddag naar Landgoed Oostbroek en de Kromme

Rijn. Toetsing

Er moeten 2 verslagen geschreven worden over de onderwerpen palynologie en paleo-fysiologie. Verder moet een presentatie gegeven worden (groepen van 2

studenten). De cijfers voor deze verslagen/presentatie tellen elk mee voor 20%. Het tentamen telt mee voor 40% van het uiteindelijke cijfer.

Studiemateriaal ─ Blackboard waarop de PowerPoint presentaties van de colleges, literatuur,

opdrachten, rooster, computerpractica etc. als pdf’s verkrijgbaar zijn.

97

TROPISCHE ECOSYSTEMEN EN KLIMAAT

Tropical ecosystems and climate Coördinator: mw.dr. Marijke van Kuijk

Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit

H.R. Kruytgebouw, kamer N305, tel.: 030–253 6846

e-mail: m.vankuijk@uu.nl

Docenten: mw.dr. Marijke van Kuijk (Prins Bernhard Leerstoel, Ecologie en Biodiversiteit)

mw.dr. Mariet Hefting (Ecologie en Biodiversiteit)

prof.dr. William F. Laurance (Prins Bernhard Leerstoel)

Gastdocenten

Ingangseisen De cursus bouwt voort op de kennis van de niveau 1 cursussen Plantenbiologie en Ecologie, de niveau 2 cursus Natuurbeheer, Duurzaamheid en

Plantendiversiteit en de niveau 3 cursus Biodiversiteit en Landschap.

Uitsluiting Vanwege overlap hebben studenten die de cursus Planten en Klimaatsveranderingen hebben gevolgd, GEEN toegang tot deze cursus.

Studiepad

De cursus is onderdeel van het studiepad Ecologie en Natuurbeheer. Doel

Het doel van de cursus is je te laten zien dat een goede ecologische kennis en onderzoeksvaardigheid bijdraagt aan het analyseren en oplossen van belangrijke

wereldproblemen, met als voorbeeld klimaatverandering. Inhoud

Een van de grote problemen waar de mensheid voor staat is klimaatverandering. Vooral door het verbranden van fossiele brandstoffen, het omhakken en

verbranden van tropische bossen, en het verstoren van moerassen, komt er steeds meer CO2 in de atmosfeer wat leidt tot opwarming. Het is onze overtuiging dat goed onderlegde ecologen een belangrijke bijdrage kunnen en

zullen gaan leveren aan het in kaart brengen van dit probleem en het oplossen ervan. We richten ons in deze cursus vooral op tropische bossen omdat deze het

meest divers zijn maar ook het meest bedreigd worden, o.a. door grootschalige landgebruikverandering, en omdat tropisch bos een grote rol speelt in mitigatie

van de effecten van klimaatverandering. Naast de ‘green carbon’ zullen we ook aandacht besteden aan ‘blue carbon’: de opslag van koolstof door zeegrassen, moerassen en mangrovebossen.

Planning In de eerste 2 weken van de cursus leer je hoe planten en bossen reageren op

een verhoogd CO2 gehalte in de atmosfeer en daarmee samenhangend een stijgende temperatuur. We gebruiken een koolstofmodel dat simuleert hoe de fotosynthese in een blad verandert door een veranderend klimaat, en vervolgens

berekent welk effect dit heeft op de koolstofopslag van een tropisch bos. Door CO2 opname kunnen planten de opwarming van het klimaat afremmen. Maar

hoe veel CO2 nemen bossen op en hoe zal dit in de toekomst veranderen? We laten jullie zien hoe je hier schattingen van kunt maken.

98

In week 3 en 4 gaan we in op hoe zeegrassen, moerassen en mangrovebossen koolstof opslaan en hoe dit in verhouding staat tot de koolstofopslag in tropisch

bos. We doen dit aan de hand van (gast)colleges en een (schrijf)opdracht. In week 5 krijg je college van Bill Laurance, de leerstoelhouder van de Prince

Bernhard Chair for international Nature Conservation. Bill zal o.a. vertellen over biodiversiteit in tropisch bos en de bedreigingen en behoud ervan,

biobrandstoffen (is dit nu wel een goed idee of niet) en programma’s als REDD+, die erop gericht zijn om tropisch bos te beschermen.

In week 6 wordt een theoretische toets afgelegd over alle opgedane kennis in week 1-5. Deze kennis is noodzakelijk om het tweede deel van de cursus goed af

te kunnen leggen. In week 7-10 gaan we verder werken met het koolstofmodel. Je weet nu hoe het

model werkt en wat een verhoogd CO2 gehalte en temperatuur doen met de fotosynthese in een blad en de koolstofopslag in een bos. Vervolgens ga je met

het model een zelf gekozen thema uitgebreider onderzoeken. Denk hierbij aan onderwerpen als de invloed van houtkap, periodieke landbouw, de productie van

biobrandstoffen of de soortensamenstelling van het bos op de koolstofbalans. Je past je model zelf aan om de simulaties te kunnen doen die jouw onderzoeksvraag beantwoorden. Hier schrijf je een rapport over.

Werkvormen

De theorie wordt behandeld in de vorm van hoorcolleges, computerpractica en (schrijf)opdrachten, en behelst vooral de eerste 6 weken van de cursus. Dit wordt afgerond met een theorietoets. In volgende weken van de cursus maak je

onder begeleiding een computermodel; je voert simulaties uit aan de hand van een zelf te kiezen scenario en je schrijft daarover een rapport.

Toetsing De toetsing vindt plaats op basis van de theorietoets (2/3) en het rapport (1/3).

Beide onderdelen moeten echter wel voldoende zijn om voor de cursus te slagen.

Studiemateriaal Relevante literatuur wordt op blackboard geplaatst of uitgedeeld.

99

WETENSCHAPPER IN BELEID

Scientist in policy

Coördinator: dr. René Verburg

Copernicus Institute of Sustainable Development

Faculty of Geosciences

Unnik building, Room 920

e-mail: r.w.verburg@uu.nl

Docenten: mw.dr. P.A. (Pita) Verweij, p.a.verweij@uu.nl

dr. René Verburg, r.w.verburg@uu.nl

Ingangseisen

Voor deze cursus is het gehaald hebben van de cursus Beta in bedrijf en beleid aanbevolen. Kennis van ecologie op niveau 1 is aanbevolen. Studiepad

„Wetenschapper in Beleid‟ is onderdeel van de studiepaden ‘Educatie,

communicatie en management’ (ECM) en Toxicologie. De cursus kan ook van belang zijn voor studenten met interesse in het adviespad ‘Ecologie en

Natuurbeheer’ omdat de cursus een goede voorbereiding is op het masterprogramma Environmental Biology, specialisatie Ecology and Natural

Resource Management. Leerdoelen

In de cursus staat de rol van wetenschapper in beleid centraal. Het gaat daarbij niet alleen om inzicht in de mogelijke rollen van wetenschappers, maar ook om

de context van het beleid zelf. In deze cursus is dat beleid het (inter)nationale natuurbeleid.

Je bepaalt en verheldert daarbij je eigen positie in het spanningsveld tussen wetenschap en beleid. De vaardigheden die je hierbij ontwikkelt, liggen vooral op het terrein van kennismanagement, methodologie, communicatie (schriftelijk en

mondeling), metacognitieve vaardigheden (zoals zelfreflectie en kritiek) en management.

Dit betekent dat je aan het eind van de cursus: ─ inzicht hebt in verschillende posities en rollen die wetenschappers kunnen

spelen in het beleid en de kansen, risico’s en verantwoordelijkheden daarvan,

─ kunt uitleggen wat de hoofdpunten zijn van het natuurbeleid in Nederland, in de EU en mondiaal,

─ enkele methoden kunt beschrijven en illustreren om natuurbeheer in te passen in een beleidsmatige context, een project kunt uitvoeren (managen, presenteren en toelichten) over een

voor biologen relevant beleidsprobleem dat voldoet aan gestelde criteria. Vaardigheden

In de cursus komen de volgende kernvaardigheden aan bod: ─ kennismanagement: gebruik van primaire en secundaire literatuur in een

project, ─ enkele sociaal wetenschappelijke onderzoeksmethoden,

─ het DPSIR model, ─ de beleidscyclus en managementfuncties, ─ relevantie van indicatoren voor beleidsontwikkeling en –evaluatie,

100

─ projectevaluatie. Inhoud

In de cursus Wetenschapper in Beleid worden de relaties tussen natuur, natuuronderzoek, natuurbeheer, beleid en maatschappelijke context behandeld. De maatschappelijke context is niet alleen een omgeving voor onderzoek,

beheer, beleid e.d., hij geeft ook vorm aan natuur, door gebruik en andere impacts, hij beïnvloedt wat we natuur noemen en hoe we deze waarderen, welke

prioriteiten we stellen in onderzoek en beleid, welke strategieën van natuurbeheer we kiezen e.d. In het geheel van het beheer van natuurlijke hulpbronnen kan de wetenschapper mede een beslissende rol spelen.

Aan de orde komen de natuur in Nederland, Europa en mondiaal, natuurvisies, natuurbeleid in Nederland, EU en mondiaal, principes van natural resource

management, maatschappelijke waardering van ecologische functies, mogelijke posities en rollen van wetenschappers in beleid (pure wetenschapper, adviseur,

advocaat, makelaar van opties), de verantwoordelijkheden van de wetenschapper in beleid, en methodologische aspecten van management en beleid.

Daarnaast krijgen academische vaardigheden en academische vorming aandacht. Werkvormen

In de cursus krijg je te maken met een gevarieerd aanbod van werkvormen: ─ een serie colleges en werkcolleges,

─ in enkele werkcolleges zullen gemotiveerde studenten een belangrijke rol spelen,

─ zelfstudie, ─ trainingen in vaardigheden: projectmanagement leidend tot een projectplan,

schriftelijke rapportage leidend tot een schrijfplan en een projectverslag

(rapport/artikel), ─ een project in een groep over een zelfgekozen probleem binnen de thematiek

en randvoorwaarden van de cursus (ca 30 dagdelen). Toetsing

De serie colleges, werkcolleges en zelfstudie sluit je af met een schriftelijke toets. Het project wordt beoordeeld op het projectplan, het rapport en de

presentatie. Deze vier toetsonderdelen bepalen als volgt het eindcijfer: ─ toets: 40%,

─ project: 60% (waarvan het projectplan 20%, het projectverslag 60% en de presentatie 20%).

Een cijfer lager dan 4 voor de toets of het project kan niet worden gecompenseerd met andere deelcijfers.

Studiemateriaal Cursusmap en Blackboard met hand-outs van colleges en teksten/artikelen voor

zelfstudie.

101

Periode 3, niveau 1 cursussen BIOTECHNOLOGIE EN MAATSCHAPPIJ Biotechnology and society

Keuzecursus

Coördinator: mw.dr. M.C. Koster (Margot) leerstoelgroep Microbiologie

H.R. Kruytgebouw, kamer W407

tel.: 030-253 2267

e-mail: m.c.koster@uu.nl

Docenten: dr. R.A. Ohm, r.a.ohm@uu.nl

dr. F.R. Stafleu, f.r.stafleu@uu.nl

Ingangseisen

VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus Moleculaire Biologie op niveau 1 Bachelor Biologie of een

vergelijkbare cursus moet in zijn geheel gevolgd zijn. Studiepad

De cursus past goed in de studiepaden Celbiologie, Microbiologie en Plantenbiologie.

Leerdoelen De cursus richt zich op het leren begrijpen en gebruiken van principes die de

basis vormen van belangrijke biotechnologische toepassingen, alsmede de impact van biotechnologie op de maatschappij.

Na afloop van deze cursus kun je: ─ de technieken die ten grondslag liggen aan belangrijke biotechnologische

ontwikkelingen uitleggen,

─ beredeneren welke techniek te gebruiken en resultaten interpreteren, ─ voorbeelden noemen van belangrijke biotechnologische toepassingen,

─ principes uit de recombinant DNA technologie toepassen, ─ de gevolgen van biotechnologische toepassingen op de maatschappij

aangeven, ─ een beredeneerde mening geven over de mogelijkheden en beperkingen van

biotechnologische ontwikkelingen,

─ een studie uitvoeren in teamverband voor een opdrachtgever, gebruikmakend van academische en niet-academische bronnen

─ resultaten van de studie schriftelijk en mondeling rapporteren Vaardigheden

─ het zelfstandig eigen maken van leerstof, ─ individueel en in groepsverband oplossen van problemen,

─ het presenteren van informatie (schriftelijk en mondeling), ─ standpunten beargumenteren

102

Inhoud

Biotechnologie is het gebruik van biologische principes, organismen en hun producten voor praktische doeleinden. De mens bedrijft al eeuwenlang

biotechnologie, bijvoorbeeld bij het maken van bier of brood. De ontwikkeling van nieuwe technieken, zoals de recombinant DNA technologie, en de enorme toename van onze kennis over biologische systemen heeft ertoe geleid dat dit

veld in een ware stroomversnelling is gekomen en men spreekt dan ook over een biotechnologische revolutie. Bacteriën voor de afbraak van toxische stoffen,

transgene planten als eetbare vaccins, het klonen van varkens voor xenotransplantatie of het repareren van een dwarslaesie met stamcellen zijn maar een paar voorbeelden van toepassingen die volop in ontwikkeling zijn. In

deze cursus worden de technieken die de basis vormen van verschillende biotechnologische toepassingen behandeld en geïllustreerd aan de hand van

voorbeelden. Hierbij wordt ook gekeken naar de impact van deze ontwikkelingen op de maatschappij en naar ethische dilemma’s die de moderne biotechnologie oproept.

Onderwijsvormen

De cursus omvat interactieve colleges, zelfstudie met behulp van kennisclips en online oefentoetsen, werkcolleges en groepsopdrachten..

Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je roosters, college-handouts, en opdrachten.

Toetsing Tijdens de cursus zijn er twee toetsmomenten, een tussentoets en een eindtoets.

Daarnaast zullen de opdrachten beoordeeld worden. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt.

Studiemateriaal

─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 10e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2014

─ Introduction to Biotechnology van Thieman and Palladina, Pearson

International edition. ISBN13 = 9781292027616 ─ werkboek Biotechnologie.

103

MARIENE WETENSCHAPPEN I Marine Sciences I Coördinator: dr. Bas van de Schootbrugge

Leerstoelgroep Mariene Palynologie

& Paleoceanografie (Geowetenschappen),

Gebouw Aardwetenschappen

Budapestlaan 4, 3584 CD Utrecht

kamer Z308, tel.: 030-253 7691

e-mail: B.vanderSchootbrugge@uu.nl

secretariaat: m.mullen@uu.nl; tel. 030-253 2629

Docenten: mw.dr. Francesca Sangiorgi, f.sangiorgi@uu.nl

prof.dr. Appy Sluijs, a.sluijs@uu.nl

Ingangseisen

VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus is niet toegankelijk voor studenten die Mariene

Wetenschappen cursussen op niveau 2 of 3 succesvol hebben afgerond. Studieadviespad

De cursus is van belang voor studenten die de volgende studieadviespaden volgen: “Mariene Wetenschappen”, “Organismen, ecosystemen en biodiversiteit”,

“Ecologie”, “Aarde, Leven en Klimaat”, “Evolutie”. Leerdoelen

In deze multidisciplinaire introductiecursus maak je kennis met biologie in de oceaan. De biologie wordt in context van het abiotische milieu gebracht waarbij

ook basale chemie en natuurkunde wordt geïntegreerd en op biologische en langere tijdschalen wordt nagedacht. Je leert zo de biologische processen en mariene ecosystemen als bepalend deel van het oceaansysteem in brede zin te

bepalen. Na afloop kun/heb je: ─ een basisinzicht van het leven in de oceaan, met name plankton, algen en

dieren, alsmede ecosystemen. ─ basale kennis van nutrientenkringlopen in de oceaan ─ inzicht in de interactie tussen fysische, chemische en biologische processen in

de oceanen, en de ecologische gevolgen van antropogene invloeden, ─ kennis van ‘marine resources’ en duurzaamheidsvraagstukken daaromtrent

─ inzicht in de werking van de oceaan als systeem

Vaardigheden ─ Selecteren en verwerken eenvoudige media, literatuur en internetbronnen,

─ systematische benadering problemen; kritisch denken, mondelinge rapportage (Engels/Nederlands); wetenschappelijke discussie,

─ professionele posterpresentatie (engels), ─ kennis(vorming) complexe mariene (eco)systemen.

Inhoud

Het hoofdthema in deze bij uitstek multidisciplinaire cursus is een introductie in de biologie van de oceaan in relatie tot het abiotische milieu. Welke zaken bepalen nu eigenlijk wat waar in de oceaan leeft? En wat leeft er dan precies?

Wie zijn primaire producenten en hoe zit een marien voedselweb in elkaar? Het

104

grote verschil tussen land en zee is dat de zee een veel grotere drie dimensionaal

karakter heeft dan het land, door zijn grote diepte. Verder spelen ook langere tijdschalen een belangrijke rol voor de biologie, zoals oceaancirculatie.

Deze cursus heeft dus als doel, naast de biologie, het leren zien van (basale) verbanden tussen fysische, chemische en biologische processen, in het verleden (paleo) en heden, die mariene ecosystemen in brede zin bepalen en of bepaald

hebben. Ook besteed je aandacht aan verwachtingen voor de nabije toekomst.

In de eerste weken volg je inleidende colleges over wat een oceaan eigenlijk is, waar ze uit bestaat en hoe ze eruit ziet in drie dimensies. Dan volgt de grootste component, de biologie, inclusief evolutie, productie, pelagische en benthische

ecosystemen, zoologie, en nutrientenkringlopen. Andere componenten zijn atmosfeer- en oceaan circulatie en processen op langere tijdschalen die de

biologie bepalen. Practica gaan in op belangrijke groepen fyto-, en zoöplankton en benthische groepen, naast werkcolleges/practica oceanografie, en inleidende colleges. De colleges gaan ook in op actuele thema’s zoals opwarming van de

Aarde, globale biodiversiteits-veranderingen, effecten van vervuiling, en de typische Wadden- en Noordzee ecosystemen, mede aan de hand van (redelijk

eenvoudige) literatuur en discussies, en de dagelijkse ‘news of the day’ discussies. Presentaties voor en door studenten vormen hier een onderdeel van.

In de cursus ligt de nadruk op het herkennen van processen, patronen en verbanden (bijvoorbeeld pelagic-benthic coupling) in het mariene domein. Je

besteedt aandacht aan actuele vraagstellingen, en hoe onderzoek in de praktijk wordt verricht. In de laatste week maak je een poster en houd je een presentatie

(Engels), die deels is voorbereid in de voorafgaande weken, aan de hand van zelfgekozen, of voorgestelde probleemstellingen.

Onderwijsvormen Hoorcolleges, practica, discussie, presentatie(s), poster

Toetsing De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende hebt behaald voor de

onderdelen: 1. Tentamen 1

2. Poster 3. Tentamen 2

Voor alle onderdelen moet tenminste een 5.5 worden gehaald. Het eindcijfer wordt bepaald in de verhouding 1 : ¾ : 1. De practica worden niet beoordeeld

met een cijfer maar actieve deelname aan alle hoor- en werkcolleges is verplicht. Alle werkcolleges moeten zijn afgetekend om het eindcijfer te krijgen.

Het boek Garrison, T., 2010, 2007, Oceanography, an invitation to marine science, 7th Edition, Brooks/Cole Cengage Learning, ISBN-13: 978-0-495-

39194-4, ISBN-10: 0-495-39194-8, ca. € 70,- (korting mogelijk via UBV), is VERPLICHT!

105

SYSTEEMBIOLOGIE

Systems Biology

Coördinator: mw.dr. Kirsten ten Tusscher

leerstoelgroep Theoretische Biologie

H.R. Kruytgebouw, kamer Z510

tel.: 030-253 3637

e-mail: k.h.w.j.tentusscher@uu.nl

Docenten: prof.dr. R.J. De Boer, r.j.deboer@uu.nl

mw.dr. K.H.W.J. Ten Tusscher, k.h.w.j.tentusscher@uu.nl

dr. B.E. Dutilh, b.e.dutilh@uu.nl

Ingangseisen

VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie.

Cursus website: http://tbb.bio.uu.nl/sb Leerdoelen Na het volgen van de cursus kun je:

─ goed uit de voeten met de basiswiskunde van vergelijkingen oplossen, afgeleides en imieten berekenen, functies tekenen, en rekenen met breuken,

exponenten en logaritmen, ─ bioinformatische vaardigheden zoals werken met sequentie alignment, blast

homologie searches, clusteringmethoden, fylogenetische bomen, en basis

scripten, ─ sequentiegegevens analyseren uit het aanbod van bioinformatische data op het

internet, ─ reductionistische versus systeembiologische aanpak van complexe biologische

vragen herkennen,

─ wiskundige modellen uit een aantal verschillende disciplines van de biologie lezen, begrijpen en interpreteren in termen van de biologische betekenis,

─ biologische modellen met differentiaalvergelijkingen maken en parametervrije functies tekenen,

─ het gedrag van wiskundige modellen voorspellen door deze te analyseren in een

faseruimte met isoclines en evenwichten.

Vaardigheden ─ De computer gebruiken om biologische vragen te beantwoorden, ─ wetenschappelijke artikelen lezen,

─ bioinformatische tools toepassen, ─ werken met complexe systemen en wiskunde,

─ creatief, kritisch, en probleemoplossend denken en werken.

Inhoud

Complexiteit is een fenomeen waarbij vele kleine onderdelen samenkomen in een groter, complex systeem. Biologische systemen zijn complex op elk niveau.

Traditioneel worden biologische systemen reductionistisch bestudeerd, door ze uit elkaar te halen en kennis te verzamelen over de kleine deelsystemen. In de systeembiologie (Systems Biology) gaat het juist over het integreren van kleine

onderdelen tot een groter geheel. Daarbij worden allerlei gerelateerde biologische

106

feiten gecombineerd in een model om op die manier de werking van het gehele

biologische systeem beter te begrijpen. Systeembiologie is een onderzoeksgebied dat voornamelijk wordt bedreven in "dry labs", waar computers het meeste werk

verrichten en de onderzoeker de computationele resultaten probeert te begrijpen en te overzien. Indeling De eerste helft van de cursus bestaat uit twee onderdelen, Basiswiskunde en

Bioinformatic Data Analysis. In de tweede helft van de cursus richten we ons op Wiskunde en Theoretische Biologie. Basiswiskunde

Op de eerste vier maandagen van de cursus behandelen we met behulp van de digitale wiskunde omgeving (DWO) basiswiskunde die iedere bioloog moet

beheersen. Het gaat hierbij om vergelijkingen oplossen, afgeleides en limieten berekenen, functies tekenen, en rekenen met breuken, exponenten, en

logaritmen. We beginnen de eerste dag met een korte toets zodat je zelf kunt inschatten in hoeverre je deze wiskunde al wel of niet beheerst. Het is vervolgens je eigen

verantwoordelijkheid om te beslissen of je deze werkcolleges volgt. Let er wel op, dat óók deze basiswiskunde halverwege de cursus geëxamineerd gaat worden, en

dat het halen van minimaal een 5 voor deze toets een vereiste is om het vak als geheel met een voldoende af te kunnen sluiten. Bioinformatic Data Analysis

Naast de basiswiskunde zullen we ons het grootste deel van de eerste vijf weken richten op basisconcepten en vaardigheden uit de bioinformatica. Grote

ontdekkingen in de biologie worden vaak door nieuwe technologieën gedreven, en de bioinformatische analyse van biologische data is van groot belang in alle biologische disciplines. De moderne biologie verzamelt in een hoog tempo

bijzonder veel nieuwe feiten die opgeslagen worden in grote databanken. Voorbeelden hiervan zijn grote aantallen complete genomen van verschillende

organismen, de aanwezigheid van micro-organismen in verschillende milieus, de expressiepatronen van genen in verschillende cellen, en de netwerken van interacties tussen de verschillende eiwitten in een cel. De bioinformatica probeert

deze schat van biologische data te combineren, integreren, en analyseren. In dit deel van de cursus maak je kennis met de werking van fundamentele

methodes die gebruikt worden in de analyse van biologische datasets, zoals sequentie alignment, homologie searches, clustering, en fylogenie. Eén van de belangrijkste vaardigheden van een goede bioinformaticus is om zinnige

interpretaties te maken op basis van grote hoeveelheden data, en te leren door de bomen het bos te zien. Daarom leer je in dit deel van de cursus ook om de

resultaten van dergelijke analyses interpreteren. Wiskunde/Theoretische Biologie Dit deel van de cursus gaat over het modeleren van biologische systemen. Om dit

te kunnen doen combineren we de wiskunde van differentiaalvergelijkingen met de analyse van modellen uit de theoretische biologie en systeembiologie. Hierbij

zal de basiswiskunde behandeld tijdens de eerste helft van de cursus van groot belang zijn. Deze modelleringstak binnen de systeembiologie wordt ook wel computationele levenswetenschappen (Computational Life Sciences) genoemd.

In dit deel van de cursus leer je hoe je wiskundige modellen kunt lezen, interpreteren, analyseren, en op een computer simuleren. We behandelen de

wiskundige technieken die je hier voor nodig hebt. Je leert evenwichten te bepalen en faseruimtes te schetsen waaruit we de stabiliteit van deze evenwichten aflezen.

107

We behandelen wiskundige modellen uit een aantal verschillende biologische

disciplines zodat je kunt zien dat de systeembiologie in veel vakgebieden gebruikt wordt.

Onderwijsvormen Elke dag begint met een hoorcollege. Dit wordt gevolgd door een werkcollege

(papier en pen opgaven en/of een computerpracticum). Het volgen van de werkcolleges en de computerpractica is onontbeerlijk voor een voldoende begrip

van de stof. Zelfstudietijd tijdens de cursus gebruik je om de uitgedeelde artikelen te bestuderen en om de stof van de volgende keer voor te bereiden.

Toetsing

Basiswiskunde

─ Schriftelijke toets halverwege de cursus (tegelijkertijd met de toets over bioinformatica),

─ Cijfer telt voor 1/10 mee in het eindcijfer van de cursus.

Bioinformatic Data Analysis ─ Schriftelijke toets halverwege de cursus (tegelijkertijd met de toets over de

basiswiskunde), ─ Cijfer telt voor 4/10 mee in het eindcijfer van de cursus. ─ Er kan een bonuspunt worden verdiend door de opgaven van de

werkcolleges en computerpractica te maken, én een mini-artikel van voldoende kwaliteit over het miniproject te schrijven. Opgaven dien je de

dag van het werkcollege / computerpracticum af te laten tekenen bij de studentassistenten. Dit bonuspunt wordt opgeteld bij het deeltoetscijfer (maximum eindcijfer is een 10).

Wiskunde/Theoretische Biologie

─ Schriftelijke toets aan het einde van de cursus, ─ Cijfer telt voor 5/10 mee in het eindcijfer van de cursus, ─ Er kan een bonuspunt worden verdiend door de opgaven van de

werkcolleges en computerpractica te maken, én een verslag van voldoende kwaliteit over het miniproject te schrijven. Opgaven dien je op de dag van

het werkcollege / computerpracticum af te laten tekenen bij de studentassistenten. Dit bonuspunt wordt opgeteld bij het deeltoetscijfer (maximum eindcijfer is een 10).

Eindcijfer ─ Het eindcijfer wordt voor 1/10 bepaald door het cijfer voor de

basiswiskunde, voor 4/10 bepaald door het Bioinformatica cijfer en voor 5/10 bepaald door het Wiskunde/Theoretische Biologie cijfer.

─ Om een voldoende te halen moet je bovendien voor ieder van de drie

afzonderlijke onderdelen minstens een 5 gehaald hebben. Herkansing

─ Van de onderdelen die niet herkanst hoeven worden blijft het deeltoetscijfer staan.

─ De eventueel behaalde bonuspunten blijven staan. Studiemateriaal

─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 9e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2014,

─ Readers: De readers koop je tegen kostprijs of kun je downloaden via

Blackboard of de algemene website van de cursus: http://tbb.bio.uu.nl/sb

108

Periode 3, niveau 2 cursussen BETA IN BEDRIJF EN BELEID Science in company and policy

Coördinator: C. Kruijne (Codrin) MSc

Onderwijsinstituut Biologie

Kruytgebouw, kamer O424

tel.: 0622466179

e-mail: l.c.kruijne@uu.nl

Docenten: C. Kruijne (Codrin) MSc

Gastsprekers (n.n.b.)

Ingangseisen

Het gehaald hebben van de cursus Experiment en statistiek van niveau 1 is ten zeerste aangeraden.

Studiepad Deze cursus past in de studiepaden Toxicologie en Educatie Communicatie en

Management. Leerdoelen en vaardigheden

Aan het einde van de cursus heeft student kennis van en ervaring met: ─ de rol van de wetenschapper als werknemer in bedrijf en beleid

─ trans disciplinair, projectmatig samenwerken voor product/dienstinnovatie ─ onderzoek naar, evaluatie en beïnvloeding van beleid middels schriftelijke

argumentatie

─ ontwikkeling van eigen professionele, interpersoonlijke vaardigeden, zoals communiceren, feedback geven, evalueren en presenteren

Inhoud De natuurwetenschappen vormen de basis voor technologische innovatie.

Beleidsmakers en bedrijven stimuleren onderzoek om oplossingen te creëren voor sociale uitdagingen en om economische groei te stimuleren. Deze cursus

geeft een eerste inzicht in het valoriseren van wetenschappelijke kennis in bedrijf en beleid voor studenten die zich willen oriënteren op een carrière buiten de academische wereld. De consulting in, je eigen bedrijf starten of bij de overheid

werken? Je oriëntatie begint met deze cursus. De cursus richt zich op het ontwikkelen van trans disciplinaire vaardigheden om

complexe uitdagingen te onderzoeken en interventies te ontwerpen in de vorm van beleid of bedrijfsconcepten.

Trans disciplinaire duurzame innovatie Vanuit het perspectief van bedrijf werken studenten in groepen middels een

duurzame innovatie methode, biomimicry, aan het creëren van kennis en product-/dienstconcepten voor maatschappelijke of bedrijfsproblemen.

Beleid analyseren en beïnvloeden Vanuit het perspectief van beleid onderzoeken, evalueren en beïnvloeden

studenten beleid door individuele schrijfopdrachten.

109

Inspanningsverplichting Er wordt van studenten verwacht minimaal 80% van alle bijeenkomsten goed

voorbereid aanwezig te zijn. Deelname aan alle toetsingsonderdelen en peer feedback en evaluaties zijn vereist om deel te mogen nemen aan de herkansing.

Dit is een intensieve cursus waar de gemiddelde student 20 uur per week voor nodig heeft voor o.a. bijeenkomsten, groepswerk en zelfstudie. Het wordt

afgeraden om bij deelname aan deze cursus meer dan twee cursussen in dezelfde periode te volgen.

Werkvormen Hoorcollege (Verplicht)

Eens per week komen we bij elkaar (’hoorcolleges’) om kennis te maken met iemand uit de bedrijf- of beleidspraktijk en met hen in discussie te gaan. Doel is om tijdens de cursus een bezoek te brengen aan een bedrijf dat voorop loopt in

technische innovatie.

Voorbereiding bijeenkomsten Studenten bestuderen materiaal en kijken presentaties vooraf aan bijeenkomsten

en bereiden zich voor om het meeste te halen uit de interactie met experts en elkaar.

Werkcollege (Verplicht) De cursus wordt aangeboden als een combinatie van interactieve colleges met

experts en workshops waarin studenten in teams samenwerken aan projecten en elkaar peer feedback en evaluaties geven.

Voorbereiding bijeenkomsten Studenten zullen oefenen met het elkaar geven van professionele feedback en

evaluaties om zo elkaar te helpen resultaten te verbeteren. Bijdrage aan groepswerk

We werken in de cursus als in een virtuele denk tank/concept lab (‘werkcolleges’). Studenten werken in multi disciplinaire teams aan complexe

cases. Eens per week werken alle groepen samen in dezelfde ruimte om gezamenlijke uitdagingen aan te gaan, onderling kennis uit te wisselen en resultaten te delen.

Toetsing

Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde van de drie elementen: bedrijfsgroepsopdracht (40%), individuele beleidsschrijfopdrachten (30%) en individueel tentamen (30%). Om voor de cursus te slagen dient elk van deze drie

onderdelen met minimaal een 5 afgerond te zijn en het gewogen gemiddelde 5,5 of hoger te zijn.

Studiemateriaal Volgt nog.

110

GEDRAGSOBSERVATIES

Behavioural observations Coördinator: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José)

Onderzoeksgroep Animal Ecology

Kruytgebouw, kamer O210 tel.: 030-253 5435

e-mail: m.j.h.m.duchateau@uu.nl

Docenten: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, e.h.m.sterck@uu.nl

mw.dr. A.M. Schel, a.m.schel@uu.nl

dr. J. de Vries, J.deVries1@uu.nl

mw.drs. L. van den Berg, L.M.vandenBerg2@uu.nl

Ingangseisen De cursus Gedragsbiologie en de cursus Voortgezette statistiek en R of cursussen van gelijkwaardig niveau.

Studiepad

De cursus is een kerncursus in het studiepad Gedragsbiologie, die aansluit bij de track Behavioural Ecology in de master Environmental Biologie. Deze cursus is verplicht voor de cursussen Cognitie & Gedrag en Gedragsecologie.

Leerdoelen

Deze cursus heeft tot doel: ─ Leren van vaardigheden voor Gedragsonderzoek:

o schrijven van het research proposal met primaire literatuur

o maken van een ethogram o leren gebruiken van het computerprogramma Boris voor het scoren van

gedragingen o leren over verschillende observatiemethoden zoals scan, focal, instantaan o gebruik van een camera en de analyse met behulp van het

computerprogramma Boris o observeren

o invoeren van data in Excel o data-analyse en statistiek

─ Leren samenwerken in groepen:

o binnen de groepen gelijke verdeling van taken met wisselende rol o onderling overleg tussen verschillende groepen met een voorzitter en

notulist ─ Leren rapporteren:

o communicatie met dierenhouders/dierenverzorgers

o bespreking met begeleider o peer review

o power point presentatie

Vaardigheden In deze cursus leer je zelfstandig vaardigheden zoals in de leerdoelen beschreven om gedragsonderzoek te kunnen doen, waarbij goede communicatie en

afspraken met groepsleden, begeleiders en dierenhouders/dierenverzorgers essentieel zijn.

111

Inhoud Voor het onderzoeken van allerlei vraagstellingen op het gebied van gedrag zoals

behandeld in de cursus Gedragsbiologie, wordt gebruik gemaakt van gedragsobservaties. De cursus behandelt alle aspecten die met gedragsobservaties te maken hebben zoals beschreven bij de leerdoelen.

De cursus is gebaseerd op de autonomie en competitie van de studenten. Dat wil zeggen dat de studenten zich zelfstandig in groepen van 3 personen de

vaardigheden eigen maken, waarna ze met 2 andere groepen die hetzelfde onderwerp hebben, de vaardigheden bespreken. In totaal zijn er 4 onderwerpen die uitgewerkt worden door 3 groepen van 3 studenten (36 studenten in totaal.)

Tijdens de wekelijkse bespreking zal er een voorzitter en notulist zijn die rouleert, zodat iedereen een keer voorzitter en notulist zal zijn. Na deze

bespreking zal het thema van die week besproken worden met de begeleider waarbij de notulisten van elk van de vier groepen het voortouw zullen nemen in de bespreking. De verschillende aspecten voor gedragsobservaties zullen in de

logische volgorde van gedragsonderzoek tijdens de cursus aanbod komen.

De cursus wordt afgesloten met een eindsymposium tijdens welke de resultaten van de vier onderwerpen gepresenteerd worden inclusief video

Werkvormen Studenten werken zelfstandig verschillende aspecten uit die met

gedragsonderzoek te maken hebben. Tijdens de wekelijkse bijeenkomsten worden de uitgezochte en uitgewerkte vaardigheden besproken met de

begeleider van dat onderwerp. Aan het eind van de cursus zal het resultaat van het gedragsonderzoek gepresenteerd worden.

Toetsing De eindpresentatie zal voor 40% bijdragen aan het eindcijfer (groepscijfer). De

research proposal zal 15% van het eindcijfer zijn (groepscijfer). Tijdens de wekelijkse besprekingen met de begeleiders wordt de actieve bijdrage van de studenten beoordeeld wat 10% van het eindcijfer is (individueel cijfer). Het

verslag van de notulist wordt beoordeeld en is 20% van het eindcijfer (individueel cijfer). De studenten beoordelen elkaar ten aanzien van inzet en

samenwerking (met argumentatie) en telt als 15% van het eindcijfer (individueel cijfer).

Studiemateriaal Boek: Gedragsobservatie van J.P.van der Sande. Noordhoff, 2001. ISBN-10

9068905341

112

EVOLUTIE

Evolution Coördinator: Edwin Pos MSc

Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit

H.R. Kruytgebouwkamer N303

e-mail: e.t.pos@uu.nl

Docenten: Edwin Pos MSc, e.t.pos@uu.nl

Gastsprekers (n.n.b.)

Ingangseisen

De niveau 1 cursus Evolutiebiologie en Biodiversiteit

Studiepad De cursus Evolutiebiologie maakt deel uit van de studiepaden Gedragsbiologie, Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit.

De cursus bereidt voor op alle biologische masterprogramma’s.

Leerdoelen Tijdens de cursus verwerf je op een verdiepend niveau inzicht in de belangrijkste algemene patronen en processen van evolutie. Ook verdiep je je kennis over

biodiversiteit op fylum niveau door voor 15 fyla materiaal te verzamelen en hun kenmerken te bestuderen. Verder leer je evolutionaire kennis concreet toe te

passen door het schrijven van een voorstel tot bescherming van een soort. Tot slot kun je het synthetische karakter van de evolutiebiologie (d.w.z. het aandragen van een 'unifying' concept voor de hele biologie en het absorberen

van kennis uit alle richtingen van de biologie) uitleggen en illustreren met voorbeelden.

Vaardigheden Je oefent met het zelfstandig verwerken van een grote hoeveelheid studiestof. In

het kader van de opdrachten oefen je met het vertalen van wetenschappelijke kennis naar een toegepaste setting. Je oefent ook je presentatietechniek en door

middel van peer-asessment een oordeel te vellen over het werk van cursusgenoten. Als laatste train je vaardigheden die je nodig hebt voor het verzamelen, herkennen en benoemen van een deel van de fyla van het leven.

Inhoud

Evolutie is het meest belangrijke principe binnen de biologie. Het is de enige biologisch-wetenschappelijke theorie die alle fenomenen van het leven verenigt, van het niveau (macro)molecuul tot ecosysteem. Sinds de moderne synthese

(het combineren van Darwin’s inzichten met de moderne genetica) begin vorige eeuw heeft evolutionair onderzoek een grote vlucht genomen. De daarop

volgende ontwikkelingen - ontstaan van de moleculaire biologie, het toenemen van computerrekenkracht en het ontwikkelen van fylogenetische reconstructie

methoden - hebben gezorgd voor een enorme toename in ons begrip van de processen en patronen van evolutie. Vandaag de dag focust evolutionair onderzoek niet alleen op typisch evolutiebiologische vragen, zoals de regulatie

van genetische diversiteit, het ontstaan van complexe systemen als cellen en hersenen, en het ontstaan van biodiversiteit. Ook onderzoekers op het gebied

van de moleculaire, genomische, cellulaire en ontwikkelingsbiologie

113

onderschrijven dat het raamwerk, de principes en de analysemethoden van de

evolutionaire biologie van belang zijn voor hun werkgebieden. Deze cursus legt de nadruk op de algemene principes van evolutie, de hypothesen over de

oorzaken van evolutionaire veranderingen (die relevant zijn voor de meeste organismen) en de grote patronen die zichtbaar zijn in de geschiedenis van de aarde. De cursus is uitstekend geschikt voor het opdoen van evolutionaire basis

kennis, ongeacht het werkveld waar de bioloog in terecht komt (binnen de biologie of daarbuiten).

Deze cursus gaat verder waar de cursus Evolutiebiologie en Biodiversiteit op niveau 1 stopt. Het eerste deel van de cursus behandelt macro-evolutionaire

onderwerpen. Eerst wordt ingegaan op de Tree of Life en de methoden die ten grondslag liggen aan de reconstructie hiervan. Vervolgens wordt gekeken naar

het ontstaan van biodiversiteit en de patronen die in deze diversiteit zichtbaar zijn. Een fundamentele eenheid binnen de biologie is de soort en daarom wordt ook aandacht besteed aan theorieën omtrent soorten en soortvorming. Als

afsluiting van het thema macro-evolutie wordt o.a. gekeken naar de geschiedenis van de aarde, trends in het fossiele archief en snelheden van evolutie.

Het tweede deel van de cursus focust op het thema micro-evolutie. Allereerst wordt gekeken naar de thema’s variatie en random veranderingen in populaties

(genetic drift). Daarna wordt het onderwerp natuurlijke selectie bestudeerd. De evolutie van genen, genomen en ontwikkelingsprocessen komt hierbij ook aan bod. Tot slot worden de onderwerpen co-evolutie, de evolutie van fenotypes en

de evolutie van life-histories besproken.

De kern van de evolutionaire biologie is het beschrijven en analyseren van de geschiedenis van evolutie, en de analyse van de daaraan ten grondslag liggende oorzaken en mechanismen. De reikwijdte van de evolutionaire biologie is veel

groter dan ieder ander biologisch veld, omdat alle organismen en hun kenmerken het product zijn van een evolutionaire geschiedenis van verandering. Het is

daarom onmogelijk om in een algemene cursus evolutiebiologie als deze de evolutionaire geschiedenis van afzonderlijke groepen te behandelen. Om toch een indruk te krijgen van de diversiteit van het leven wordt aan een grote

opdracht gewerkt, de Fyla Expositie, waarin studenten zelf een aantal door hun gekozen groepen gaan verzamelen en bestuderen.

Omdat evolutionaire kennis ook steeds meer doordringt in het dagelijkse leven - van de geneeskunde (bv. ontstaan van antibiotica resistentie, begrijpen van

verouderingsprocessen) tot klimaatverandering (bv. wat is de impact van verandering in vergelijking met het verleden) - is het ook belangrijk om

evolutionaire kennis concreet te kunnen toepassen. Aan de hand van een aantal opdrachten – over bedreigde soorten – zal worden geoefend met het toepassen van evolutionaire kennis in een concrete casus. Wat zijn argumenten om een

bepaalde soort te beschermen en wat is er op tegen. Hierbij moeten studenten uiteindelijk zelf beslissen welke 10 van de 30 voorgedragen soorten in

aanmerking komen voor bescherming. Werkvormen

De studiestof wordt behandeld aan de hand van het boek “Evolution” (Futuyma) en je zult een aanzienlijk deel van deze stof zelfstandig verwerken. Om je te

helpen met het verwerken van de leerstof zijn een aantal (responsie)colleges ingebouwd, waarin je met je medestudenten en de docent systematisch de stof

114

behandelt. Daarnaast wordt in groepen van twee gewerkt aan drie kleine en een

grote (afsluitende) opdracht. Tot slot wordt één van de kleine opdrachten individueel gepresenteerd.

Toetsing Er zullen 5 onderdelen worden beoordeeld met een cijfer:

─ individueel tentamen (50% van het eindcijfer). Voor dit tentamen moet hoger dan een 5,5 worden gehaald,

─ groepsbeoordeling van de opdracht Fyla Expositie (20% van het eindcijfer, ─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1

(10% van het eindcijfer),

─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 2 (10% van het eindcijfer),

─ individuele presentatie van opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1 of 2 (10% van het eindcijfer).

Studiemateriaal ─ Handleiding blok Evolutiebiologie 2010,

─ boek Evolution (3e editie, Sinauer) van Futuyma, ─ tijdens de cursus op te zoeken literatuur.

115

PALEOECOLOGIE

Palaeo-ecology

Coördinator: mw.prof.dr. F. Wagner, f.wagner@uu.nl

Onderzoeksgroep Paleoecologie,

Gebouw Aardwetenschappen,

kamer W324 tel.: 030- 253 2636

Docenten: mw.prof.dr. F. Wagner

dr. Timme Donders

Plaats in het curriculum De cursus bouwt voort op de cursussen biologie en ecologie van planten, evolutie

en biodiversiteit, systeem aarde en vegetatiegeografie.

Studiepad Deze cursus is aangeraden voor voor studenten die het studiepaden Ecologie en Natuurbeheer en Evolutie en Biodiversiteit volgen.

Inhoud

Deze cursus behandelt de ecologie en evolutie van het leven vanuit een palaeobiologisch perspectief. Waar hebben die grote organismen groepen hun oorsprong? Centraal staat de evolutionaire geschiedenis en palaeo-ecologie van

de primaire producenten, landplanten zoals deze over de afgelopen 500 miljoen jaar in het geologisch archief gedocumenteerd is. Welke adaptieve stappen

moeten planten en dieren maken om het land te kunnen veroveren en welke strategieën ontwikkelen ze om de hedendaagse soortenrijkdom te behalen? Met voorbelden van de meest belangrijke planten families uit verschillende

geologische tijdsperken word vervolgens de intrede van zaad- en bloemenplanten behandeld. Tevens word inzicht gegeven in factoren die daarbij

een rol spelen, zoals extincties en radiaties, evenals klimaat veranderingen, palaeogeografie en co-evolutie met dieren. Tijdens practica in de botanische tuinen worden de morfologie en ecologie van

nog levende verwante planten soorten en uitzonderlijke voorbeelden van zogenoemde “levende fossielen” ter discussie gesteld.

Daarnaast is er specifieke aandacht voor het reconstrueren van milieu en klimaatsveranderingen met behulp van pollen en sporen.

Leerdoelen In deze cursus bestudeer je het fossielen archief om inzicht in de evolutionair

geschiedenis van organismen, met accent op het plantenrijk, te krijgen. Het doel is om basiskennis te verwerven over de morfologische diversiteit en

soortenrijkdom in het geologisch verleden. Na afloop kan je/heb je: ─ de morfologische kenmerken van macros- en microscopische planten fossielen

determineren, in de taxonomische hoofdgroepen indelen en waar mogelijk aan moderne plantenfamilies relateren,

─ inzicht over de fysiologische aanpassingen die planten in de loop van evolutie ontwikkelen om het land succesvol te veroveren,

─ vegetatie reconstructie met behulp van pollen analyse uitvoeren,

─ aan de hand van een vegetatiereconstructie het palaeomilieu / - klimaat herleiden,

116

─ de fysische en chemische processen rangschikken welke de vorming van

fossiel planten assemblages beïnvloeden en de consequenties voor het reconstrueren van de vegetatie en klimaat,

─ inzicht over de invloed van vegetatie op de mondiale koolstof kringloop gedurende de opkomst van landplanten en het ontstaan van de eerste bossen,

─ uitleggen onder welke milieu en geologische factoren de productie en accumulatie van organisch materiaal tot vorming van olie- en gasreservoirs /

bronnen leidt, ─ basisbegrippen van relevante aspecten uit de sedimentologie, stratigrafie en

algemene geologie hanteren.

Vaardigheden

Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden: ─ observeren, tekenen en beschrijven van plantenfossielen,

relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften,

selecteren en verwerken van literatuur, ─ uitvoeren van de onderzoekscyclus,

─ mondeling en schriftelijke rapporteren in het Nederlands, een presentatie maken, deze geven en die van medestudenten beoordelen

─ microscoperen, Onderwijsvormen

Dit zijn (hoor)colleges, werkcolleges, practica, excursies, COO, en zelfstudie. Tijdens de practica en werkcolleges werk je met 3-5 medestudenten (afhankelijk

van de totaal hoeveelheid deelnemers) samen aan opdrachten, die je schriftelijk uitwerkt. De werkcollegeopdrachten lever je in.

Blackboard Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je college-

handouts, werkcollege- en practica opdrachten, roosters, interessante links. Toetsing

Het cijfer van het blok wordt bepaald door het verslag (15%), de presentatie (15%), een mid-term tentamen (40%) en het afsluitend tentamen (40%). De

practica worden niet beoordeeld middels een cijfer maar het inleveren van en samenvatting, actieve deelname en aan alle practicumonderdelen is verplicht.

Studiemateriaal ─ wit tekenpapier, een potlood, een gum en een puntenslijper.

117

ORIËNTATIE OP DE ONDERWIJSPRAKTIJK

Orientation on Education Coördinator: drs. A.H. Mooldijk

Buys Ballotgebouw,

Princetonplein 5,

Kamer 052A, tel.: 030-253 1181/1179

e-mail: a.h.mooldijk@uu.nl

Docenten: drs. F.A.N. Kranenborg

drs. A.H. Mooldijk

Ingangseis

Geen specifieke ingangseisen. De cursus mag niet gedaan worden als je OCEP (B-B3OCEP05) of

Didactiek (B-B2DID09 en B-B3DID14) gevolgd hebt.

Studiepad De cursus past binnen alle studiepaden van Biologie, is voorbereidend op het

masterprogramma SEC, is verplicht voor de lerarenopleiding (Science Teacher Education binnen het masterprogramma SEC). Meer info op: http://www.fi.uu.nl/fisme/nl/onderwijs/bachelor/bachelor.html.

Cursusdoelen

De student kan de in de cursus aangereikte theorieën gebruiken bij de interpretatie van geobserveerde lessen en lesplannen. De student kan een leeractiviteit ontwerpen, uitvoeren en hierop reflecteren.

De student kan zijn/haar planning van een leeractiviteit onderbouwen met de in de cursus aangereikte theorieën.

De student kan een beeld schetsen van de veelzijdigheid van het werk van een docent. De student kan verwoorden in hoeverre hij/zij verwacht dat het docentschap iets

voor hem/haar kan zijn.

Eindtermen Kennis: de student kan aangeboden theorie reproduceren en toepassen in leersituaties en -middelen.

Vaardigheid: de student kan zich presenteren bij de uitleg van eenvoudige stof of een instructie.

Attitude: de student heeft een realistisch beeld van het docentschap en de rol van een docent bij het leren van vakinhoud.

Inhoud In de eerste week is er kennismaken, voorbereiding van de eerste stagedagen

waaronder observeren en afspraken voor de stage. De weken erna gaat de student twee tot drie dagdelen naar de stageschool om te observeren en later ook (een onderdeel van) een les zelf te geven. De stof

tijdens de contacttijd sluit aan op de opdrachten tijdens de stage. In de contacttijd komen aan de orde:

Presentatietechnieken, leerstijlen, informatieverwerking, de rollen van de docent, lesopbouw, werkvormen, leertheorieën, motivatie, evaluatie, feedback en

118

reflecteren.

Tijdens de contacttijd geven studenten ook simulatie-lesjes: presenteren stukjes theorie, beoordelen elkaar op de gemaakte leeractiviteit en de presentatie.

Werkvormen Verplichte hoor- en werkcolleges.

Toetsing

Eindtoets Weging 100 Minimum cijfer 6

Beoordeling

Tentamen over de aangereikte theorie in de vorm van open vragen en mogelijk een casus. (50%) Een onderbouwd lesplan voor een leeractiviteit, uitgevoerd, geëvalueerd door leerlingen en stagebegeleider en met een eigen reflectie.

(50%) Daarnaast zorgen feedback van stagebegeleider en leerlingen voor een eerste beeld van de mogelijkheden van de student als docent.

119

WETENSCHAPS- en TECHNIEKCOMMUNICATIE

Science and Technology Communication

Coördinator: mw. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc

Didactiek van de Biologie Freudenthal Institute

for Science and Mathematics Education (FIsme)

Buys Ballot Gebouw, Princetonplein 5, Kamer 306

tel. 030 – 253 2213 (secr. 253 3775)

e-mail: E.P.H.M.deBakker@uu.nl, website FIsme:

http://www.fisme.science.uu.nl/fisme/nl/

Docenten: mw. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc en F. van Dam (Frans).

https://www.osiris.universiteitutrecht.nl/osistu_ospr/OnderwijsCatalogusZ

oekCursus.do

Ingangseis Specifieke voorkennis is niet vereist.

Studiepad Iedere bioloog communiceert in en over zijn werk. Deze cursus past daarom in

alle studiepaden, maar maakt specifiek onderdeel uit van het studieadviespad Educatie, Communicatie en Management. De cursus bereidt voor op de

masteropleiding Science Education and Communication. Leerdoelen

Na het afronden van deze cursus kan de student: ─ Omschrijven wat wetenschapscommunicatie is, en wat

wetenschapscommunicatieprofessionals doen. ─ Verklaren hoe verschillende visies op wetenschap, maatschappij en mens de

wetenschapscommunicatie vormen en beïnvloeden. ─ Aan de hand van ontwerp-, leer-, gedrags- en communicatiemodellen

communicatieve activiteiten en producten beschrijven,analyseren, en beoordelen.

─ De kenmerken schetsen van een dialoog over wetenschap en technologie en die toepassen in het ontwerp van een product.

─ Een omschrijving geven van belangrijke deelgebieden van de wetenschapscommunicatie en de kennis over de daarbij behorende specifieke

doelen, doelgroepen en aanpakken toepassen. ─ Een persoonlijke positie bepalen t.o.v. wetenschapscommunicatie voor de

verdere inrichting van zijn/haar studie en loopbaan.

Inhoud

Cursusomschrijving In deze cursus gaat het over het waarom, hoe en wat van wetenschapscommunicatie. Een nanotechnoloog die blogt over zijn vakgebied,

brugklassers die een bezoek brengen aan een science centre, burgers die discussiëren over de voor- en nadelen van nieuwe ICT; ze hebben

gemeenschappelijk dat ze communiceren over wetenschap en technologie. In deze cursus belichten we de diversiteit en veelvormigheid van de wetenschapscommunicatie, haar werkveld, beoefenaars en publieksgroepen, om

120

je inzicht te geven in de factoren die het vakgebied en haar ontwikkeling

beïnvloeden. Een museummedewerker heeft bijvoorbeeld helderheid en aantrekkelijkheid van

de boodschap hoog in het vaandel staan. Bij een communicatie-adviseur gaat het vooral over aspecten als vertrouwen en het betrekken van de doelgroep. Wil je je doelen dus bereiken, dan moet je tal van aspecten in het oog houden. Zo is het

van belang om te weten ‘wie’ er communiceert, ‘wat’ de boodschap precies is, op ‘welke manier’ die het beste ontwikkeld of overgebracht kan worden, ‘wie’ de

gesprekspersoon is en ‘welk effect’ er beoogd wordt. Het kost tijd en moeite deze aspecten helder in kaart te brengen, zeker als het gaat om wetenschap- en technologie-gerelateerde onderwerpen. Inzicht enerzijds in de complexe

verwevenheid van wetenschap en technologie met onze maatschappij, en anderzijds in de mens en in communicatieprocessen kan daarbij een helpende

hand bieden. Deze cursus is inleidend en oriënterend. De focus ligt op het verwerven van een kennisbasis die je nodig hebt om een goed wetenschapscommunicator te

worden. Door literatuurstudie, de analyse van concrete cases, en verhalen van gastsprekers uit de praktijk van de wetenschapscommunicatie, genereer je

inzicht in wetenschapscommunicatie. Gedurende de cursus zul je de nieuw verworven kennis meteen gebruiken in concrete opdrachten, zoals bijvoorbeeld

het ontwerpen van een communicatieproduct of -activiteit voor synthetische biologie of nanotechnologie. De hoofdthema’s die in de cursus aan bod komen zijn:

─ Ontwikkeling en definiëring van het vakgebied wetenschapscommunicatie ─ Wetenschapscommunicatieprocessen ─ Wetenschap en dialoog ─ De complexe verwevenheid van wetenschap en technologie en de

samenleving ─ Deelgebieden van de wetenschapscommunicatie: risicocommunicatie,

gezondheidscommunicatie, informele educatie en wetenschapsjournalistiek Daarnaast draagt de cursus bij aan je beroepsoriëntatie. Je ontmoet professionals uit verschillende deelgebieden van de wetenschapscommunicatie.

Je krijgt zicht op wat wetenschapscommunicatie voor jou betekent, en wat voor rol dit vak in je vervolgopleiding en carrière zal gaan spelen.

Onderwijsvormen Interactief hoorcollege en werkcollege (aanwezigheid verplicht)

Toetsing

Schriftelijk tentamen (60%, minimumcijfer 6) en beoordeling groepsontwerpopdracht (40%).

Verplicht materiaal Boek: Wetenschapscommunicatie, een kennisbasis (Red. F. van Dam, A.M.

Dijkstra en L. de Bakker). Kosten materiaal € 38,50

121

Periode 3, niveau 3 cursussen BIO-ETHIEK Bio-ethics

Coördinator: dr. F. Stafleu

Ethiek Instituut,

W.C. van Unnikgebouw, Heidelberglaan 8

kamer 239, tel.: 030-253 9416

e-mail: f.r.stafleu@uu.nl

Docenten: dr. F. Stafleu

Ingangseis Je hebt tenminste twee cursussen op niveau 2 afgerond van de major Biologie.

Specifieke voorkennis van de ethiek is niet vereist.

Studiepad Deze cursus past binnen alle studiepaden van Biologie.

Leerdoelen ─ Je kunt aan de biologie gerelateerde ethische vraagstukken, dilemma’s en

argumenten herkennen, benoemen en analyseren, ─ de belangrijkste ethische benaderingen (de consequentialistische,

deontologische, deugdethische en zorgethische theorieën) benoemen en

hanteren, ─ biologische en ethische concepten verbinden met actuele debatten en deze

integreren in een weloverwogen beargumenteerd standpunt. Ten aanzien van maatschappelijke context kun je: ─ ethische discussies in maatschappelijk en wetenschappelijk perspectief

plaatsen en het belang ervan onderkennen voor je toekomstig werkveld, ─ kritisch reflecteren over je rol als professional en je professionele

verantwoordelijkheid in een maatschappelijke context Vaardigheden

─ Kritisch reflecteren: argumentatiestructuren maken en herkennen in teksten en betogen, alsmede drogredenen herkennen en benoemen, je eigen rol als

bioloog evalueren en kritisch beschouwen, ─ deel kunnen nemen aan ethische beraadslaging en debat, ─ zelfstandig, in groepen, een project uitvoeren, verwerken tot een product

(artikel, boekje, audiovisueel product) en dit mondeling presenteren aan je medestudenten.

Inhoud Ethiek kun je omschrijven als morele besliskunde; in de ethiek wordt vaak een

afweging gemaakt tussen verschillende handelingsmogelijkheden op basis van morele argumenten. Ethische reflectie is vooral gericht op het gestructureerd

nadenken over de beslissingen die we nemen, en de handelingen die daaruit voortvloeien. Om het simpel te zeggen: ethische reflectie vraagt ons om uit te leggen waarom we dingen doen zoals we ze doen, en ons te verantwoorden

tegenover elkaar. Dit is niet een simpelweg uitleg geven van de redenen die

122

mensen hebben om iets te vinden (‘dat vind ik nu eenmaal zo’), maar daagt ons uit

om de achterliggende waarden (waarom vind je dat belangrijk) te benoemen en met elkaar tot een idee van wat goed is om te doen te komen. In de praktijk zijn

mensen het er niet altijd over eens wat goed is om te doen: dit meningsverschil is soms te verklaren doordat mensen andere waarden belangrijk vinden, soms ook kan door discussie en reflectie meer begrip voor elkaars standpunt worden

gevonden, soms ook wordt duidelijk dat er wel degelijk gemeenschappelijke standpunten in te nemen zijn. Het gestructureerd nadenken over problemen van

ethische aard helpt ons om meer helderheid te krijgen over de aard van onze meningsverschillen, zodat we deze soms kunnen aanpassen, aanscherpen of beter kunnen formuleren.

In deze cursus bieden we je niet alleen een breed palet aan thema’s die in de biologische praktijk actueel zijn, maar bieden we je ook verschillende invalshoeken

en instrumenten om op gestructureerde wijze te leren reflecteren. De cursus heet “bio-ethiek voor Biologen”, omdat de thema’s die besproken worden, gekozen zijn met het oog op de biologische beroepsuitoefening. De

toegepaste ethiek maakt echter gebruik van theoretische concepten die vooral in de fundamentele ethiek worden doordacht. Daar komen dan ook de instrumenten

vandaan die je helpen om gestructureerd na te denken over de actuele thema’s in de biologie.

Opbouw van de cursus

De cursus duurt 10 weken en is onderverdeeld in twee blokken. In het eerste blok (week 1-5) gaan we in op relevante ethische theorieën en concepten en hun

toepassing. In week 6 volgt dan een toets. Het tweede blok (7-9) spits zich verder toe op praktische onderwerpen en vaardigheden en wordt in week 10 afgesloten met een toets. Een belangrijk onderdeel van de cursus is het maken

van een paper. In week 6 zal er uitgebreid aandacht worden besteed aan dit onderwerp.

Werkvormen De cursus bestaat uit hoorcolleges en werkcolleges. In de werkcolleges werk je

opdrachten uit. Dit gebeurt via verschillende werkvormen zoals het voorbereiden en geven van presentaties, discussies, het geven van een les etc.

Een belangrijk onderdeel van de cursus is het maken van een paper. Toetsing

─ Schriftelijke toets over eerste blok in week 6 en laatste blok in week 10, ─ presentaties en geven les in werkgroep verband (week 2, 3, 9),

─ paper ter afsluiting van de cursus. De verschillende cijfers worden gewogen in een verhouding van gemiddelde toetsen : presentaties : paper = 2 : 1 : 2.

Studiemateriaal: – L.L.Bolt, M.F. Verwey en J.J.M. van Delden, ‘Ethiek in Praktijk’. Koninklijke

van Gorcum, 5e druk 2005 (verplicht!) – reader

123

MOLECULAIRE EUKARYOTE MICROBIOLOGIE

Molecular eukaryotic microbiology Coördinator: dr. L.G. Lugones

Leerstoelgroep Microbiologie

H.R. Kruytgebouw

Kamer W402, tel.: 030-253 3016

e-mail: L.G.Lugones@uu.nl

Docenten: dr. L.G. Lugones, L.G.Lugones@uu.nl

prof.dr. H.A.B. Wösten, H.A.B.Wosten@uu.nl

Deze cursus heette voorheen Eukaryote Microbiologie maar is inhoudelijk onveranderd.

Ingangseisen/uitsluitingen Deze cursus kun je niet doen als je Eukaryote microbiologie gevolgd hebt (zelfde

inhoud). De cursus Moleculair genetische onderzoekstechnieken is een ingangseis voor deze cursus, de cursus Microbiële interacties is gewenst.

Studiepad De cursus is onderdeel van de studiepaden Microbiologie maar past ook in

andere studiepaden. De cursus is een voorbereiding op de masterprogramma’s Molecular Cellular Life Sciences, Environmental Biology en Infection and Immunity.

Leerdoelen

In deze cursus wordt het belang van eukaryote micro-organismen in de natuur en voor de mens behandeld. Centraal staan de moleculaire mechanismen die deze micro-organismen gebruiken om te functioneren. Daarnaast ontwikkel je

vaardigheden met betrekking tot het uitvoeren van biologisch onderzoek en het presenteren van resultaten van je zelf of van anderen.

Aan het einde van de cursus kun je: ─ de rol van eukaryote micro-organismen in de natuur, wetenschap en industrie

aangeven en uitleggen hoe wetenschappelijk onderzoek bijdraagt tot het

begrip en uitbouwen van deze rol, ─ de moleculaire en cellulaire opbouw en mechanismen van eukaryote micro-

organismen met elkaar vergelijken, ─ moleculaire technieken die gebruikt worden in het onderzoek naar micro-

organismen op schrift en in de praktijk toepassen,

─ primaire literatuur over eukaryote micro-organismen analyseren en presenteren,

─ een onderzoekscyclus verrichten, ─ je eigen onderzoek of dat van anderen mondeling presenteren en schriftelijk

samenvatten Vaardigheden

─ Chemisch rekenen,

─ Uitvoeren onderzoekscylus,

─ Mondelinge rapportage in het Nederlands,

─ Het bijhouden van een labjournaal,

─ Lezen wetenschappelijk artikel, verwerken literatuur.

124

Inhoud Eukaryote micro-organismen zijn enorm divers. Zij behoren tot verschillende rijken binnen het domein van de eukaryoten en zijn talrijk qua aantal soorten en

individuen. Eukaryote micro-organismen vervullen een dominante rol in de natuur. Zo zijn zij primaire producenten, opruimers van organisch en

anorganisch materiaal, symbionten of ziekteverwekkers. Daarnaast bieden eukaryote micro-organismen of hun componenten ons ongekende mogelijkheden tot het gebruik in industriële processen, in de geneeskunde en bij het verbeteren

van het milieu. Kortom, bewust of onbewust voeren we dagelijks strijd met deze micro-organismen of maken juist van hen gebruik.

Middels fundamenteel onderzoek zijn talrijke moleculaire mechanismen opgehelderd die verklaren hoe een eukaryote micro-organisme functioneert. Het is gebleken dat veel van deze mechanismen ook voorkomen in complexere

systemen zoals planten, dieren en de mens, waardoor eukaryote micro-organismen belangrijke modelsystemen zijn geworden voor onderzoek naar het

functioneren van de levende cel. De cursus begint met een introductie van de eukaryote microorganismen aan de

hand van de “tree of life”. Het belang van deze organismen in de natuur en de mens wordt behandeld. Moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan het functioneren van eukaryote micro-organismen zullen worden behandeld aan

de hand van een aantal modelorganismen die behoren tot verschillende rijken. Hoe moleculair onderzoek wordt verricht aan eukaryote micro-organismen zal

worden uitgelegd aan de hand van methoden die worden toegepast in het schimmelonderzoek. In de tweede deel van de cursus wordt een onderzoekscyclus in de praktijk

doorgelopen. Om de student voor te bereiden op de onderzoeksmaster, wordt gewerkt met een opdracht, een protocollen bundel en daar waar nodig

multimediale uitleg. De student zal zoveel mogelijk zijn eigen onderzoeksopzet moeten vormgeven. Daarom ontbreekt een practicum handleiding.

Werkvormen Hoor en werkcolleges, COO, zelfstudie, literatuuropdracht, ministage

Toetsing De cursus is voldoende afgerond als een voldoende is behaald voor zowel het

tentamen als het practicum. Het eindcijfer wordt bepaald door het tentamen (70%) en de beoordeling van het

practicum/ministage (30%). Studiemateriaal

─ Het collegedictaat Eukaryote Microbiologie,

─ Een labjas

125

MOLECULAIRE EN CELLULAIRE BIOLOGIE EXPERIMENTEEL

Molecular cell biology experimental Coördinator: dr. A.F.M. Cremers

Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie

H.R. Kruytgebouw

kamer N503, tel.: 030-253 3002

e-mail: a.f.m.cremers@uu.nl

Docenten: mw.prof.dr. A. Akhmanova, A.Akhmanova@uu.nl

prof.dr. C.C. Hoogenraad, C.Hoogenraad@uu.nl

mw.dr. C.J. Wierenga, C.J.Wierenga@uu.nl

dr. L. Kapitein, L.Kapitein@uu.nl

dr. P. van Bergen en Henegouwen, p.vanbergen@uu.nl

Capaciteit: max. 16 studenten

Ingangseisen De cursus Moleculaire biologie (niveau 1) of een daarmee vergelijkbare cursus en de cursus de Cel (niveau 2) en Cellen en Weefsels (niveau 3). Vanwege het

experimentele karakter kun je de cursus Moleculaire celbiologie alleen volgen in het derde jaar van je opleiding.

Studiepad Moleculaire celbiologie wordt sterk aanbevolen voor het studiepad Celbiologie en

is essentieel voor studenten die de master Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) willen volgen.

Leerdoelen Verschillende aspecten die met dit onderzoek te maken hebben, passeren hierbij

de revue. Aan het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig een moleculair celbiologisch onderzoek te starten.

In het bijzonder kun je dan: ─ een onderzoeksproject opstellen en uitvoeren, ─ zelfstandig een protocol opstellen voor een experiment,

─ gegevens uit een experiment analyseren, ─ een recent artikel analyseren en presenteren aan medestudenten,

─ de resultaten van het onderzoeksproject beschrijven in een wetenschappelijk artikel,

─ de resultaten van het onderzoeksproject presenteren.

Vaardigheden

─ Zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek “The Cell” van Alberts, ─ analyseren primaire literatuur, ─ plannen en uitvoeren van een onderzoekscyclus,

─ kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ mondelijke rapportage van het uitgevoerde onderzoeksproject in een

minisymposium ─ schriftelijk rapportage van het uitgevoerde onderzoeksproject in de vorm van

een wetenschappelijk artikel.

126

Inhoud

Het doel van deze cursus betreft het opzetten en uitvoeren van een onderzoeksproject in de Moleculaire Celbiologie. Dit blok van het derde jaar

(niveau 3 cursus) van de opleiding Biologie richt zich op de verschillende onderzoeksthema’s van de groep Celbiologie (zie website http://cellbiology.science.uu.nl/).

Het blok bestaat uit een aantal onderdelen. Naast colleges bestaat de cursus uit het doornemen van literatuur, het beoordelen van een artikel (referee rapport),

het maken van het werkcollege over het maken van recombinante constructen, het opstellen van een onderzoeksvraag, het uitvoeren een onderzoek, het presenteren van dit onderzoek en het schrijven een verslag in de vorm van een

wetenschappelijk artikel.

Werkvormen (Werk)college: op het college bediscussieer je met de docent en je medestudenten vragen over bestudeerde hoofdstukken uit “The Cell”.

In groepjes van elk 4 studenten werk je op basis van een primair artikel aan een onderzoeksproject.

Toetsing

Bij de beoordeling van de cursus worden aan de hand van criteria en aantal aspecten integraal meegewogen. Deze zijn: ─ meedoen aan de discussie bij de colleges,

─ literatuur opdracht, ─ presentatie literatuur opdracht,

─ maken protocol, ─ opstellen van het onderzoeksplan, ─ uitvoeren van het onderzoeksplan,

─ uitwerken van de onderzoeksresultaten, ─ verslaggeving in de vorm van artikel,

─ presentatie onderzoeksproject. De cursus wordt niet afgesloten met een tentamen.

Studiemateriaal ─ Het boek “The Cell” van Alberts

─ Laboratoriumjas

127

MOLECULAIRE EN CELLULAIRE BIOLOGIE THEORETISCH Molecular cell biology theoretical Coördinator: dr. A.F.M. Cremers

Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie

H.R. Kruytgebouw

kamer N503, tel.: 030-253 3002

e-mail: a.f.m.cremers@uu.nl

Docenten: mw.prof.dr. A. Akhmanova, A.Akhmanova@uu.nl

prof.dr. C.C. Hoogenraad, C.Hoogenraad@uu.nl

mw.dr. C.J. Wierenga, C.J.Wierenga@uu.nl

dr. L. Kapitein, L.Kapitein@uu.nl

dr. P. van Bergen en Henegouwen, p.vanbergen@uu.nl

Capaciteit: max. 12 studenten

Ingangseisen De cursus Moleculaire biologie (niveau 1) of een daarmee vergelijkbare cursus en de cursus de Cel (niveau 2), Metabolisme (niveau2) en Moleculaire genetische

onderzoekstechnieken (niveau 2). Deze theoretische cursus kun je alleen volgen in het derde jaar van je opleiding, want je hebt goede basiskennis van

Moleculaire Celbiologie en Biochemie nodig. Studiepad

Moleculaire celbiologie wordt sterk aanbevolen voor het studiepad Celbiologie en is essentieel voor studenten die de master Molecular and Cellular Life Sciences

(MCLS) willen volgen.

Leerdoelen Het leren schrijven van een onderzoeksvoorstel. Een kritische houding aanleren wat onderzoek betreft. Leren kritisch zijn over primaire artikelen.

Op het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig een voorstel te doen voor een moleculair celbiologisch onderzoek.

In het bijzonder kun je dan: ─ een onderzoeksproject opstellen conform de richtlijnen van NWO, ─ zelfstandig een protocol opstellen voor een experiment,

─ recent literatuur analyseren en presenteren aan medestudenten, ─ Het onderzoeksproject voor een jury verdedigen.

Vaardigheden ─ Zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek “The Cell” van Alberts,

─ analyseren primaire literatuur, ─ opstellen onderzoeksvoorstel

─ planning, ─ kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ schriftelijk rapportage van onderzoeksvoorstel in de vorm van een NWO

aanvraag, ─ mondelinge rapportage en verdediging van een onderzoeksvoorstel.

128

Inhoud De Universiteit Utrecht is een op onderzoek gerichte universiteit. Dat betekent

dat onderzoek naast onderwijs een hoofdtaak van de universiteit is. Om een goede onderzoeker te worden zijn er een aantal eigenschappen nodig die studenten zich eigen dienen te maken tijdens kun bachelor en master opleiding

aan de universiteit. Deze eigenschappen zijn het verkrijgen van zowel kennis als praktische ervaring. Het eerste gebeurt door theoretische cursussen en het

laatste door practica. Echter, kennis en praktische ervaring zijn niet voldoende om een goede onderzoeker te worden, het is minstens zo belangrijk om kritisch te zijn ten aanzien van de bestaande kennis. Daarnaast moet je in staat zijn om

vragen te stellen over zaken die verder gaan dan de bestaande kennis. Vervolgens moeten methodes bedacht worden die een eensluidend antwoord

geven op de gestelde vragen. Op deze wijze wordt nieuwe kennis gecreëerd. In deze cursus gaan jullie specifieke aandacht besteden aan deze laatstgenoemde vaardigheden. Jullie gaan een kritische houding oefenen door gebruik te maken

van primaire recente literatuur. We gaan in deze artikelen onderzoeken of de experimenten een antwoord geven op de gestelde vragen. We gaan ook een

referee rapport maken en daarmee de kwaliteit van het artikel vaststellen. De ultieme test over de verworven vaardigheden zal worden gegeven door het

opstellen van een onderzoeksvoorstel op NWO niveau. Dat betekent dat jullie een aantal wetenschappelijke vragen stellen, daarbij de methoden bedenken die nodig zijn om een antwoord op die vragen te krijgen. Het NWO niveau betekent

dat het voorstel uitvoerbaar moet zijn binnen de gestelde termijn (bv 1 jaar) en dat het voorstel origineel en innovatief is. Je zult het voorstel op een juiste wijze

moeten kunnen presenteren en verdedigen voor een jury van deskundige wetenschappers.

Het doel van deze cursus betreft het maken van een onderzoeksvoorstel over een onderwerp van de vakgroep. Dit blok van het derde jaar (3 niveau cursus)

van de opleiding Biologie richt zich dus op de onderzoeksthema’s van de groep Celbiologie (zie website http://cellbiology.science.uu.nl/) Het blok bestaat uit een aantal onderdelen. Naast colleges bestaat de cursus uit

doornemen literatuur, artikel beoordelen (referee rapport), werkcollege fusie constructen, het opstellen onderzoeksvraag en het maken van een

onderzoeksvoorstel dat ingediend moet worden bij NWO http://www.nwo.nl/onderzoek-en-resultaten/programmas/top-subsidies.

Werkvormen en toetsing Bij de beoordeling van de cursus worden aan de hand van criteria een aantal

aspecten integraal meegewogen. Deze zijn actieve deelname aan: ─ de discussie bij de colleges, ─ literatuur opdracht,

─ presentatie literatuur opdracht, ─ opstellen van het onderzoeksvoorstel,

─ Verdedigen onderzoeksvoorstel De cursus wordt niet afgesloten met een tentamen.

Studiemateriaal ─ Het boek “The Cell” van Alberts

129

MOLECULAIRE EN CELLULAIRE NEUROBIOLOGIE EXPERIMENTEEL Molecular and cellular neurobiology experimental Coördinator: dr. A.F.M. Cremers

Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie

H.R. Kruytgebouw

kamer N503, tel.: 030-253 3002

e-mail: a.f.m.cremers@uu.nl

Docenten: mw.prof.dr. A. Akhmanova, A.Akhmanova@uu.nl

prof.dr. C.C. Hoogenraad, C.Hoogenraad@uu.nl

mw.dr. C.J. Wierenga, C.J.Wierenga@uu.nl

dr. L. Kapitein, L.Kapitein@uu.nl

dr. P. van Bergen en Henegouwen, p.vanbergen@uu.nl

Capaciteit: max. 16 studenten

Ingangseisen De cursus Moleculaire biologie (niveau 1) en Biologie van dieren (niveau 1) of een daarmee vergelijkbare cursus en de cursus de Cel (niveau 2), Neurobiologie

(niveau 2) en de cursus Moleculaire genetische onderzoekstechnieken (niveau 2). Vanwege het experimentele karakter kun je deze cursus alleen volgen in het

derde jaar van je opleiding. Studiepad

Moleculaire en Cellulaire Neurobiologie wordt sterk aanbevolen voor het studiepad Neurobiologie en is essentieel voor studenten die de Master

Neuroscience and cognition of Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) willen volgen.

Inhoud Het doel van deze cursus betreft het opzetten en uitvoeren van een

onderzoeksproject in de Moleculaire en Cellulaire Neurobiologie. Dit blok van het derde jaar (niveau 3 cursus) van de opleiding Biologie richt zich op de

onderzoeksthema’s van de groep Celbiologie (zie website http://cellbiology.science.uu.nl/). Het blok bestaat uit een aantal onderdelen. Naast colleges bestaat de cursus uit

het doornemen van literatuur, het beoordelen van een artikel (referee rapport), het maken van het werkcollege het maken van recombinante DNA constructen,

het opstellen van een onderzoeksvraag, het uitvoeren een onderzoek, het presenteren van dit onderzoek en het schrijven van een wetenschappelijk artikel.

Leerdoelen De doelstelling van deze cursus is het leren van onderzoek doen in de

Moleculaire en Cellulaire Neurobiologie. Verschillende aspecten die met dit onderzoek te maken hebben, passeren hierbij de revue.

Op het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig een moleculair celbiologisch onderzoek te starten.

In het bijzonder kun je dan: ─ een onderzoeksproject opstellen en uitvoeren,

130

─ zelfstandig een protocol opstellen voor een experiment,

─ gegevens uit een experiment analyseren, ─ een recent artikel analyseren en presenteren aan medestudenten,

─ de resultaten van het onderzoeksproject beschrijven in een wetenschappelijk artikel,

─ de resultaten van het onderzoeksproject presenteren.

Vaardigheden

─ Zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek “The Cell” van Alberts, ─ analyseren primaire literatuur, ─ uitvoeren onderzoekscyclus,

─ planning, ─ kritisch denken, samenwerken en overleg,

─ schriftelijk rapportage van onderzoeksproject in de vorm van een wetenschappelijk artikel.

Werkvormen (Werk)college: op het college bediscussieer je met de docent en je

medestudenten vragen over bestudeerde hoofdstukken uit “The Cell”. In groepjes van elk 4 studenten werk je aan een onderzoeksproject.

Toetsing Bij de beoordeling van de cursus worden aan de hand van criteria een aantal

aspecten integraal meegewogen. Deze zijn actieve deelname aan: ─ de discussie bij de colleges,

─ literatuur opdracht, ─ presentatie literatuur opdracht, ─ maken protocol,

─ opstellen van het onderzoeksplan, ─ uitvoeren van het onderzoeksplan,

─ uitwerken van de onderzoeksresultaten, ─ verslaggeving in de vorm van artikel, ─ presentatie onderzoeksproject.

De cursus wordt niet afgesloten met een tentamen.

Studiemateriaal ─ Het boek “The Cell” van Alberts Laboratoriumjas

131

MOLECULAIRE EN CELLULAIRE NEUROBIOLOGIE THEORETISCH Molecular cellular neurobiology theoretical Coördinator: dr. A.F.M. Cremers

Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie

H.R. Kruytgebouw

kamer N503, tel.: 030-253 3002

e-mail: a.f.m.cremers@uu.nl

Docenten: mw.prof.dr. A. Akhmanova, A.Akhmanova@uu.nl

prof.dr. C.C. Hoogenraad, C.Hoogenraad@uu.nl

mw.dr. C.J. Wierenga, C.J.Wierenga@uu.nl

dr. L. Kapitein, L.Kapitein@uu.nl

dr. P. van Bergen en Henegouwen, p.vanbergen@uu.nl

Capaciteit: max. 12 studenten

Ingangseisen De cursus Moleculaire biologie (niveau 1) en Biologie van dieren of een daarmee vergelijkbare cursus en de cursus de Cel (niveau 2) , Neurobiologie (niveau 2) en

de cursus Moleculaire genetische onderzoekstechnieken. Deze theoretische cursus kun je alleen volgen in het derde jaar van je opleiding, want je hebt

goede basiskennis van Moleculaire Celbiologie en Neurobiologie nodig. Studiepad

Moleculaire en Cellulaire Neurobiologie wordt sterk aanbevolen voor het studiepad Neurobiologie en is essentieel voor studenten die de master

Neuroscience and cognition of Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) willen volgen.

Leerdoelen Het leren schrijven van een onderzoeksvoorstel. Een kritische houding aanleren

wat onderzoek betreft. Leren kritisch zijn over primaire artikelen, niet alles klakkeloos aannemen

Op het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig een moleculair neurobiologisch onderzoek te starten. In het bijzonder kun je dan:

─ een onderzoeksproject opstellen conform de richtlijnen van NWO, ─ zelfstandig een protocol opstellen voor een experiment,

─ een recent artikel analyseren en presenteren aan medestudenten, ─ Verdedigen van het onderzoeksproject voor een jury.

Vaardigheden ─ Zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek “The Cell” van Alberts,

─ analyseren primaire literatuur, ─ Opstellen onderzoeksvoorstel ─ planning,

─ kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ schriftelijk rapportage van onderzoeksvoorstel in de vorm van een NWO

aanvraag.

132

Inhoud

De Universiteit Utrecht is een op onderzoek gerichte universiteit. Dat betekent dat onderzoek naast onderwijs een hoofdtaak van de universiteit is. Om een

goede onderzoeker te worden zijn er een aantal eigenschappen nodig die studenten zich eigen dienen te maken tijdens kun bachelor en master opleiding aan de universiteit. Deze eigenschappen zijn het verkrijgen van kennis en het

verkrijgen van praktische ervaring. Het eerste gebeurt door theoretische cursussen en het laatste door practica. Echter kennis en praktische ervaring zijn

niet voldoende om een goede onderzoeker te worden, het is minstens zo belangrijk om kritisch te zijn ten aanzien van de bestaande kennis en om in staat te zijn vragen te stellen over zaken die verder gaan dan de bestaande kennis.

Vervolgens moeten methodes bedacht worden die een eensluidend antwoord geven op de gestelde vragen. Op deze wijze wordt nieuwe kennis gecreëerd. In

deze cursus gaan we specifieke aandacht besteden aan deze laatst genoemde vaardigheden. We gaan een kritische houding oefenen door gebruik te maken van primaire recente literatuur. We gaan in deze artikelen onderzoeken of de

experimenten een antwoord geven op de gestelde vragen. We gaan ook een referee rapport maken en daarmee de kwaliteit van het artikel vast stellen. De

ultieme test over de verworven vaardigheden zal worden gegeven door het opstellen van een onderzoeksvoorstel op NWO niveau. Dat betekent dat jullie

een aantal wetenschappelijke vragen stellen, daarbij de methoden bedenken die nodig zijn om een antwoord op die vragen te krijgen. Het NWO niveau betekent dat het voorstel uitvoerbaar moet zijn binnen de gestelde termijn (bv 1 jaar) en

dat het voorstel innovatief en origineel is. Je zult het voorstel op een juiste wijze moeten kunnen presenteren en verdedigen voor een jury van deskundige

wetenschappers.

Het doel van deze cursus betreft het maken van een onderzoeksvoorstel over

een onderwerp van de vakgroep. Dit blok van het derde jaar (3 niveau cursus) van de opleiding Biologie richt zich dus op de onderzoeksthema’s van de groep

Celbiologie (zie website http://cellbiology.science.uu.nl/) Het blok bestaat uit een aantal onderdelen. Naast colleges bestaat de cursus uit doornemen literatuur, artikel beoordelen (referee rapport), werkcollege fusie

constructen, opstellen onderzoeksvraag en het maken van een onderzoeksvoorstel dat ingediend moet worden bij NWO

http://www.nwo.nl/onderzoek-en-resultaten/programmas/top-subsidies.

Werkvormen Bij de beoordeling van de cursus worden aan de hand van criteria een aantal

aspecten integraal meegewogen. Deze zijn actieve deelname aan: ─ de discussie bij de colleges, ─ literatuur opdracht,

─ presentatie literatuur opdracht, ─ opstellen van het onderzoeksvoorstel,

─ verdedigen onderzoeksvoorstel De cursus wordt niet afgesloten met een tentamen.

Studiemateriaal Het boek “The Cell” van Alberts

133

ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA

Developmental Biology and Genetics Coördinator: mw.dr. Inge The, s.i.the@uu.nl

Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie

H.R. Kruytgebouw, kamer O508

Docenten: prof.dr. Sander van den Heuvel, S.J.L.vandenHeuvel@uu.nl

mw.dr. Inge The, s.i.the@uu.nl

dr. Mike Boxem, m.boxem@uu.nl

dr. Rik Korswagen, r.korswagen@hubrecht.eu

dr. Jeroen Bakkers, j.bakkers@hubrecht.eu

Capaciteit: max. 40 studenten

Ingangseisen

De cursus is een verdieping van de kennis op het gebied van moleculaire cell- en ontwikkelingsbiologie en genetica. De cursus Moleculaire biologie (niveau 1) en

de cursus Ontwikkelingsbiologie (niveau 2) of daarmee vergelijkbare cursussen zijn verplicht. Bij twijfel graag contact opnemen met de coordinator. De cursus is gericht op derdejaars studenten die voldoen aan de ingangseisen. Deze

studenten hebben voorrang bij inschrijving. Indien er plaats over is, kunnen na toestemming van de coordinator andere studenten deelnemen.

Studiepad Ontwikkelingsbiologie wordt sterk aanbevolen voor het studiepad

Ontwikkelingsbiologie en voor studenten die de Master Molecular and Cellular Life Scienences (MCLS) of Cancer Genomics and Developmental Biology (CGDB)

willen volgen. Leerdoelen

De doelstelling van deze cursus is het leren van onderzoek doen in Ontwikkelingsbiologie.

Tijdens het volgen van de cursus ontwikkel je: ─ kennis van de levenscyclus en de specifieke onderzoeksvoordelen van

modelorganismen voor de ontwikkelingsgenetica,

─ begrip van de principes voor de regulatie van celdeling en differentiatie tijdens de ontwikkeling en het toepassen van dit begrip bij de beoordeling van

gegevens uit de literatuur, ─ kennis van de rol van cel polariteit en asymmetrische deling bij de

ontwikkeling van meercelligen en stam-cel delingen,

─ begrip van de bijdrage van systeembiologie en modellering aan het ontwikkelingsbiologieonderzoek.

Je leert: ─ genen opsporen en analyseren die betrokken zijn bij ontwikkelingsprocessen, ─ bio-informatische databases op het internet gebruiken,

─ een biologisch probleem analyseren op verschillende organisatieniveaus (moleculair, cellulair en organismaal),

─ complexe wetenschappelijke vraagstellingen formuleren en deze vertalen naar experimenten,

─ primaire literatuur in het vakgebied van de ontwikkelingsbiologie verwerken en

presenteren in het Engels

134

Vaardigheden ─ Genetische, cel biologische, moleculair biologische en microscopische

technieken, ─ uitvoeren van de onderzoekscyclus, ─ analyse van complexe systemen,

─ het gebruik van databestanden, ─ analyseren van primaire literatuur,

─ mondelinge en schriftelijke rapportage in het Engels, ─ samenwerken, presenteren en feedback geven/verwerken

Inhoud De focus is op de regulatie van celdeling en differentiatie tijdens de ontwikkeling,

met nadruk op de combinatie van deze processen in stamcel lineages. De rol van stamcellen in celdeling en celdifferentiatie is een zeer in de belangstelling staande fundamentele vraagstelling, zowel in de ontwikkelingsbiologie als in de

geneeskunde. In deze cursus diep je met moleculair-genetisch onderzoek de onderlinge relaties tussen deze processen uit. Je gebruikt daarvoor

modelorganismen. Bij uitstek lenen zich hiervoor de rondworm Caenorhabditis elegans, de fruitvlieg Drosophila melanogaster en de zebravis Danio rerio.

Werkvormen Hoorcolleges in het Engels ter ondersteuning van zelfstudie. Aanwezigheid is

verplicht, actieve deelname wordt aanbevolen. De zelfstudie bestaat uit het bestuderen van primaire literatuur, individueel en per groep. Je geeft een

presentatie van de primaire literatuur in het Engels ter oefening en als hulp in de verwerking en beoordeling van de geleerde stof. Bij de presentaties van medestudenten is je aanwezigheid verplicht. Practica illustreren hoe

ontwikkelingsbiologisch onderzoek in zijn werk gaat.

Toetsing De beoordeling van de cursus bestaat uit drie delen die samen het eindcijfer bepalen:

1. het theoretische deel, twee tentamens waarbij vragen worden gesteld over de colleges, het practikum en de artikelen die besproken zijn door de

studenten (GEEN open boek tentamen). 2. het verplichte practische deel, waarbij vragen uit de handleiding beantwoord

moeten worden.

3. de literatuurstudie met presentaties in het Engels.

Studiemateriaal ─ zelf geschreven college aantekeningen ─ praktikumhandleiding in het Engels

─ primaire artikelen in het Engels ─ De cursus wordt niet gegeven aan de hand van een studieboek, maar een

aantal hoofdtukken uit “Principles of Development” van Lewis Wolpert en Cheryll Tickle (ISBN-13: 978-0199554287) zijn nuttig als achtergrond informatie.

135

PLANTEN, ADAPTATIE EN AFWEER

Plants, adaptation and defense Coördinatoren: dr. R. Pierik (Ronald)

Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten

H.R. Kruytgebouw,

kamer Z305, tel.: 030-253 6838

e-mail: r.pierik@uu.nl

prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse (Corné)

Onderzoeksgroep Plant microbe Interactions

H.R. Kruytgebouw

kamer W306, tel.: 030-253 6887

e-mail: c.m.j.pieterse@uu.nl

Docenten: dr. R. Pierik, r.pierik@uu.nl

dr. P.A.H.M. Bakker, p.a.h.m.bakker@uu.nl

prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, c.m.j.pieterse@uu.nl

Ingangseisen De cursus kun je in het tweede en derde studiejaar volgen. Zij sluit goed aan op

de niveau 2 cursussen Microbiële interacties, Plantenfysiologie en Metabolisme. Het gehaald hebben va de cursus Moleculair genetische onderzoekstechnieken is

verplicht. Studiepad

Deze cursus is een kerncursus van de studiepaden Plantenbiologie en Microbiologie en geeft een goede voorbereiding voor het masterprogramma

Environmental Biology.

Leerdoelen

Doel van deze cursus is te begrijpen hoe planten functioneren in, en zich aanpassen aan, de voortdurend veranderende en vaak levensbedreigende

omgeving. In de cursus leer je op verschillende integratieniveaus de relatie tussen signaalmoleculen, genen, en adaptieve/defensieve reacties van planten te

beredeneren en te verklaren. Tijdens de cursus bereid je je theoretisch en praktisch voor op het opzetten en uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek in de Plantenbiologie. Daarbij

doorloop je een volledige experimentele cyclus. Na afloop van de cursus kun je:

─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van abiotische stress,

─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van aanpassing aan abiotische

stress, ─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van biotische

stress, ─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van afweer tegen biotische stress, ─ verklaren hoe mechanismen van adaptatie en afweer zich gedurende de

evolutie hebben ontwikkeld, ─ verklaren hoe externe stress-stimuli op cellulair niveau worden omgezet in

specifieke mechanismen van adaptatie of afweer, ─ de belangrijkste functies beschrijven van plantenhormonen in stress

signaaltransductie,

136

─ wetenschappelijke experimenten bedenken, plannen, en uitvoeren,

Vaardigheden ─ Het analyseren van wetenschappelijke publicaties,

─ aan de hand van wetenschappelijke literatuur een complex biologisch probleem systematisch analyseren,

─ plannen en timemanagement,

─ het uitvoeren van de onderzoekscyclus, ─ resultaten interpreteren en kritisch bediscussiëren,

─ het formuleren van een onderzoeksvraag, ─ het mondeling en schriftelijk rapporteren van resultaten.

Inhoud Planten staan onder voortdurende bedreiging van veel abiotische en biotische

stressfactoren als droogte, overstroming, beschaduwing door buurplanten, pathogenen, herbivore insecten etc. Om te overleven hebben planten gedurende de evolutie zeer effectieve mechanismen voor adaptatie en afweer ontwikkeld.

In de cursus stellen en behandelen we hierover de volgende vragen: Abiotische stress

─ Hoe passen planten zich aan aan overstroming? ─ Hoe reageren planten op beschaduwing door buurplanten?

─ Hoe communiceren planten met elkaar? Biotische stress ─ Waarom zijn sommige micro-organismen schadelijke ziekteverwekkers en zijn

andere voordelig voor een plant? ─ Hoe verdedigen planten zich tegen ziekteverwekkers?

─ Wat heeft de immuunrespons van planten gemeen met dat van mens en dier?

Tijdens de cursus staat de individuele plant centraal, maar worden processen die

betrokken zijn bij afweer en adaptatie geanalyseerd tot op het cellulaire en moleculaire niveau. We gaan in gaan op de volgende vragen:

─ Hoe herkent een plant een bepaalde vorm van stress en hoe wordt deze herkenning op cellulair niveau vertaald in de juiste adaptieve of defensieve

respons? ─ Wat is de rol van plantenhormonen in deze processen? ─ De cursus bestrijkt een multidisciplinair vakgebied, waarbinnen je ecologie,

plantenfysiologie, fytopathologie, microbiologie, (bio)chemie en moleculaire genetica geïntegreerd bestudeerd. De samenhang tussen de verschillende

integratieniveaus (molecuul, gen, cel, plant) in relatie tot het functioneren in, en aanpassen aan, de voortdurend veranderende en vaak levensbedreigende omgeving van planten is een belangrijk aspect van de cursus.

Werkvormen

Je krijgt hoorcolleges, werkcolleges, practica (eerste helft van de cursus) en een eigen onderzoeksproject (tweede helft van de cursus). Je werkt tijdens de practica en het onderzoeksproject in groepen van twee. De resultaten van de

practica en die van het eigen onderzoeksproject (minisymposium) presenteer je aan je collega-studenten.

Toetsing Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht. Het

eindcijfer bestaat uit een gewogen gemiddelde van tussentoets, eind-tentamen, practica en eigen onderzoek en wordt als volgt berekend:

137

Tentamen (25%), Tussentoets (25%), practica (20%) en eigen onderzoek

(30%). Voor elk van de onderdelen moet je minimaal een 5,5 halen.

Studiemateriaal ─ Labjas

─ Practicumhandleiding ─ labjournaal

138

TOXICOLOGIE

Toxicology Coördinator: Dr. Marianne Bol-Schoenmakers,

Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS),

tel.: 030-253 5397 e-mail: m.bol-schoenmakers@uu.nl

Ingangseisen

Biologische kennis van dierkunde en moleculaire (cel)biologie op niveau 1 en basiskennis van de organische chemie. Het gevolgd hebben van Metabolisme

en/of Neurobiologie van niveau 2 is gewenst. Studieadviespad

Deze cursus is een kerncursus van het studieadviespad Toxicologie en aanbevolen voor het studiepad Ecologie en Natuurbeheer daarnaast als

basiscursus een belangrijk onderdeel van de voorbereiding op het masterprogramma Toxicology and Environmental Health.

Leerdoelen Kennis en inzicht

Na het volgen van het blok kan de student: - verschillende principes uit de toxicologie, zoals werkingsmechanisme en

dosis-effect relaties, gebruiken en deze in de praktijk toepassen;

- cellulaire en moleculaire processen welke kunnen leiden tot orgaan-specifieke toxische effecten beschrijven en verklaren;

- de meest voorkomende humane intoxicaties herkennen en deze vanuit een mechanistisch oogpunt begrijpen.

Vaardigheden Na afloop van de cursus is de student in staat om:

- een risicoschatting te maken van een toxische stof aan de hand van bestaande literatuur;

- de wetenschappelijke onzekerheden ten aanzien van risicoschatting

communiceren naar een breder publiek; - op grond van theoretische kennis en literatuuronderzoek een projectvoorstel

te formuleren en te presenteren.

Inhoud Toxicologie bestond al in de vroege oudheid, toen mens en dier het onderscheid leerden maken tussen eetbaar en niet eetbaar. Vele jaren later stelde de

grondlegger van de moderne toxicologie, Paracelsus (1493-1541) het als volgt: “What is there that is not poison? All things are poison and nothing (is) without

poison. Solely the dose determines that a thing is not a poison.” Kortom, er zijn veel potentieel giftige stoffen, die op veel manieren een nadelig gezondheidseffect kunnen veroorzaken. Wij komen dagelijks in contact met

potentieel giftige stoffen. Dit kunnen humane geneesmiddelen zijn, maar ook schoonmaakmiddelen, pesticiden, milieuvervuilende stoffen of giftige planten en

dieren. De aard van het toxische effect is niet alleen afhankelijk van de soort toxische stof, maar ook van de blootstelling en de eigenschappen van het blootgestelde individu (zoals soort, geslacht, leeftijd, ziektestatus,

voedingsstatus en eerdere blootstelling aan toxische stoffen). Bij vaststellen van

139

de blootstelling moet gekeken worden naar de hoeveelheid toxische stof waaraan

een individu is blootgesteld, maar ook de blootstellingsroute (bijvoorbeeld via inhalatie, ingestie, huidcontact of injectie) en de blootstellingsduur (bijvoorbeeld

kort eenmalig, of langdurig) bepalen mede het effect. Toxiciteit omvat ook de distributie van een toxische stof naar het doelorgaan. Daar gaat het een interactie aan met target moleculen (bijvoorbeeld een receptor of een eiwit)

waardoor er een biochemische reactie optreedt (bijvoorbeeld verstoring van de celfunctie of structuur of het aanzetten van repair-mechanismen).

Centraal binnen de toxicologie staat het werkingmechanisme van een potentieel toxische stof. Alleen als dat bekend is kan een inschatting gemaakt worden van een mogelijk risico na blootstelling aan een stof. Vervolgens kan de

risicoschatting worden toegepast om onderzoeksvragen vast te stellen om onzekerheden in toekomstige risicoschattingen te beperken. Ook speelt de

toxicoloog een belangrijke rol in het effectief communiceren van een risico naar publiek en wetenschappelijke wereld. In de media komen regelmatig berichten over mogelijke humane risico’s van toxische stoffen, zoals bijvoorbeeld

bestrijdingsmiddelen in de Bollenstreek, dioxinebesmetting van eieren of bij grote branden zoals bij Moerdijk in 2011, waarbij de mening van een toxicoloog

wordt gevraagd. Deze cursus bestaat uit vier hoofdthema’s. Ten eerste zullen inleidende colleges

over toxicologische basisprincipes worden gegeven. Vervolgens wordt een aantal toxicologisch belangrijke orgaansystemen behandeld en veel voorkomende klassen van toxinen. Ten slotte zal aandacht worden besteed aan de toepassing

van de toxicologie voor mens en milieu. Deze onderwerpen zullen worden behandeld aan de hand van maatschappelijk relevante case studies. Verder gaat

de student in een kleine groep ter verdieping van zijn/haar kennis gedurende de cursus een onderzoeksvoorstel schrijven over een moleculair-toxicologisch onderwerp.

Opzet van de cursus

De vier hoofdthema’s zullen in verschillende geïntegreerde onderwijsvormen aan de orde komen: - In de hoorcolleges (33) worden de toxicologische principes uitgelegd.

- Tijdens de werkcolleges (10) gaat de student de besproken principes toepassen. Zij zullen dit doen aan de hand van maatschappelijk relevante,

toxicologische problemen. - De student gaat in een kleine groep ter verdieping van zijn/haar kennis gedurende de cursus een onderzoeksvoorstel schrijven over een moleculair-

toxicologisch onderwerp onder begeleiding van een docent (± 20 uur). Tijdens het werken aan de opdracht leren de studenten verschillende aspecten zoals:

gericht literatuur zoeken, beschreven data interpreteren en toepassen bij de formulering van nieuwe onderzoeksvragen. Ter afronding wordt een onderzoeksvoorstel geschreven en een mondelinge presentatie gehouden. De

opdracht zal worden afgesloten met een discussie/nabespreking met de begeleidende docent.

In de zelfstudietijd kunnen de studenten zich voorbereiden op de werkcolleges en werken aan de opdracht.

Het blokboek en ander studiemateriaal is in het Engels opgesteld.

140

Blackboard

Handouts, aankondigingen, veranderingen in het rooster staan op Blackboard (uu.blackboard.com).

Toetsing Tentamen

De beoordeling vindt plaats aan de hand van twee deeltentamens (A en B), welke afzonderlijk met minimaal een 4 en samen gemiddeld met minimaal een

5,5 moeten zijn beoordeeld. De deeltentamens bepalen ieder 30% van het eindcijfer. De tentamens zijn “gesloten-boek-tentamens”, wat betekent dat het blokboek, handouts, eigen aantekeningen en Casarett&Doull’s NIET gebruikt

mogen worden bij het tentamen.

Research proposal Het onderzoeksvoorstel wordt beoordeeld door de begeleidende docent en telt voor 40% (C) mee. De uiteindelijke beoordeling wordt vastgesteld door de

examinator van de cursus. Het projectvoorstel wordt beoordeeld volgens de volgende criteria:

a) Analyse van de probleemstelling b) Verwerking van de literatuur

c) Schriftelijke presentatie d) Mondelinge presentatie e) Discussie/nabespreking

Elk aspect wordt beoordeeld met een score van 1-5 en het eindcijfer is gelijk aan het aantal punten/2,5.

De uiteindelijke beoordeling van het vak wordt: 0.3xA + 0.3xB + 0.4xC

Benodigdheden Boek: Casarett and Doull’s Toxicology, The Basic Science of Poisons, 8th edition,

C.D. Klaassen, McGraw-Hill Education, (1454pp, ISBN 0071769234, richtprijs €110.00). Handouts van de colleges zullen voorafgaand aan elk college digitaal beschikbaar worden gesteld via Blackboard.

141

WETENSCHAPPER IN ADVIES

Working as a scientist in consultancy Coördinator: drs. Jasper van Winden

Buys Ballotgebouw, kamer 708

tel. 030 253 5796

email: j.vanwinden@uu.nl

Max aantal studenten: 48 Ingangseisen

De cursus staat behalve voor studenten biologie ook open voor studenten van andere bèta-bacheloropleidingen.

Studiepad Wetenschapper in advies is een cursus die het Kennispunt Bètawetenschappen

verzorgt op verzoek van het departement Biologie. De cursus sluit vooral aan bij de studiepaden Communicatie, Management en Beleid en Toxicologie.

Leerdoelen Studenten kunnen:

─ aangeven wat hun gedachten zijn over het vak van adviseur voor hun eigen latere beroepspraktijk.

─ een gegeven probleemstelling in haar context analyseren. ─ een plan van aanpak opstellen voor een adviestraject in opdracht. ─ een bureaustudie uitvoeren in teamverband waarbij ook niet-academische

bronnen geraadpleegd worden. ─ hun onderzoeksresultaten vertalen naar een gegeven context en hieruit een

advies formuleren. ─ hun advies doelgroepgericht communiceren aan hun opdrachtgever.

Inhoud Onze (kennis)maatschappij heeft op allerlei terreinen steeds meer behoefte aan

mensen die een goed wetenschappelijk onderbouwd advies kunnen geven. In de cursus ´Wetenschapper in advies´ maak je kennis met deze adviespraktijk en ga je een adviesrapport schrijven voor een echte opdrachtgever. Je leert hoe de

vraag van een opdrachtgever wordt vertaald naar onderzoek en hoe dat onderzoek uitmondt in een wetenschappelijk onderbouwd advies.

Je analyseert samen met andere studenten het probleem of de vraag die de opdrachtgever heeft voorgelegd en vertaalt het naar een probleemstelling. Je ontwikkelt samen met je groepsgenoten een projectplan en kiest

onderzoeksmethoden. Na het onderzoek (vaak literatuuronderzoek in combinatie met interviews van betrokkenen) presenteer je het eindresultaat aan de

opdrachtgever. Het gaat om een integraal adviesrapport met aanbevelingen. De cursus is gericht op leren door ervaren. Naast het groepswerk zijn er (werk)colleges, gericht op het ontwikkelen van vaardigheden die je nodig hebt

voor het doen van adviesgericht onderzoek. Tijdens het groepswerk word je begeleid door een projectbegeleider. Je onderhoudt contact met je opdrachtgever

en consulteert inhoudelijke experts binnen en/of buiten de universiteit. Opbouw

142

De cursus wordt gekenmerkt door een diversiteit aan werkvormen waarbij

theorie en praktijk zoveel mogelijk worden afgewisseld. Er zijn hoorcolleges, maar ook werkcolleges in de vorm van trainingen, waarbij middels opdrachten,

discussies en debatten de theorie in praktijk wordt gebracht. We leggen daarbij zoveel mogelijk de relatie met de projectopdracht waaraan tijdens de cursus gewerkt wordt. Andersom wordt bij het uitwerken van de projectopdracht niet

alleen praktisch gewerkt, maar ook teruggekeken naar de theorie. Er is tevens een debatmiddag gepland waarin onder andere de onafhankelijkheid van

wetenschappers onderwerp van discussie is. Tijdens de cursus komen de volgende thema´s en vaardigheden aan de orde

(afhankelijk van de projectopdracht): ─ opdrachtonderzoek en kennissamenleving,

─ wetenschappelijke advisering in een maatschappelijke context, ─ projectmatig werken in teams (interdisciplinair denken en samenwerken,

indelen in fasen, taakverdeling, plannen, management),

─ probleemanalyse: vertalen van het maatschappelijk probleem naar wetenschappelijke probleemstellingen,

─ onderzoekscyclus, ─ projectplan maken, onderzoeksmethodologie, bronnenonderzoek (omgaan

met verschillende bronnen, literatuurbeoordeling), ─ communicatieve vaardigheden (vergaderen, onderhandelen, argumenteren,

interviewen, enquêteren),

─ wetenschappelijke resultaten vertalen naar maatschappelijke context, ─ rapporteren, doelgroepsgericht schrijven, presenteren (zowel mondeling als

schriftelijk). Naast een groepscijfer (75%) krijg je een cijfer voor een persoonlijke

eindopdracht (25%).

Wat

Wie

Door wie

Hoe

Weging

Eindrapport

Groep

De cursusleiding

Het oordeel van de

opdrachtgever wordt hierin

ook meegenomen (relevant,

werkbaar voor

opdrachtgever).

Op basis van criteria

(deze worden besproken in de

colleges)

75%

Tussen-producten

en presentaties

Groep

De cursusleiding

Kwaliteitsoordeel, geen beoordeling

Kan meetellen in afronding. Er

worden feedback formulieren

gebruikt.

+ of – 0,5

Persoonlijke

opdracht

Individueel

Cursuscoordinator Cijfer

Op basis van criteria (zie opdracht)

25%

Proces

Individu

Oordeel door de CEO i.s.m.

kwaliteitsmanager en

medestudenten

Kwaliteitsoordeel, geen

beoordeling.

Gaat ook over functioneren als

teamleider en/of kwaliteitsmanager

+ of – 1,0

143

Benodigdheden

Optioneel: het boek ‘Competent adviseren’ door Roel Grit en Marco Gerritsma, Uitgever: Noordhoff, ISBN 13: 9789001814205, verkrijgbaar bij o.m. BOL.com

~25 euro. Reader wordt uitgedeeld op de eerste dag van de cursus. Meer informatie

Neem contact op met de cursuscoordinator.

144

Periode 4, niveau 1 cursussen ECOLOGIE Ecology Coördinator: mw.dr.ir. M.M. Hefting

leerstoelgroep Ecologie en biodiversiteit

H.R. Kruytgebouw, kamer N306 tel.: 030-253 7441, e-mail: m.m.hefting@uu.nl

Docenten: mw.dr.ir. M.M. Hefting, m.m.hefting@uu.nl

dr. F. Schieving, f.schieving@uu.nl

Ingangseisen De cursus Ecologie bouwt voort op de kennis die is opgedaan in de cursus Biologie en Ecologie van Planten. Verder is voorkennis uit de vakken Moleculaire

celbiologie, Biologie van dieren en gedrag en Systeembiologie een pré.

Studiepad De cursus is een voorbereiding op de studiepaden Ecologie en Natuurbeheer,

Planten Biologie en Evolutie en Theoretische Biologie en Bioinformatica. Leerdoelen

In deze cursus bestudeer je biologische processen op de hogere integratieniveaus (populatie, levensgemeenschap en ecosysteem). Het centrale

thema hierbij is het effect van verstoring op ecosystemen. We kijken specifiek naar de verstoringseffecten door klimaatverandering, en menselijk ingrijpen in ecosystemen zoals vermesting en fragmentatie. Bij het veldwerk dat onderdeel

uitmaakt van deze cursus leer je de ecologische kennis gebruiken bij het analyseren van problemen uit het natuurbeheer.

Na afloop van de cursus kun je: ─ de centrale concepten uit de ecologie en populatiedynamica hanteren, ─ simpele prooi-predatie interacties formuleren, analyseren en vertalen naar de

praktijk van het natuurbeheer, ─ de verworven kennis van ecologische concepten en theorieën gebruiken bij de

bestudering van wat complexere problemen binnen de ecologie, ─ enkele statistische basisbegrippen hanteren en beschrijvende statistische

parameters kunnen uitrekenen.

Vaardigheden

─ hypothesen en onderzoeksvragen formuleren, ─ eenvoudige meetmethodieken uitvoeren om een ecologisch probleem te

bestuderen,

─ samenwerken in kleine groepen met nadruk op informatieoverdracht, informatie verwerking en het beargumenteren van standpunten,

─ veldgegevens verwerken en statistisch analyseren met Excel, ─ informatie halen uit aangereikte achtergrondliteratuur, ─ een wetenschappelijk rapport schrijven met een duidelijke structuur en met

helder en correct taalgebruik.

145

Inhoud

De cursus is ingedeeld in theorie deel en een casestudy Oostvaarsdersplassen met veldwerk en een essay opdracht.

In het theoretische deel komen de volgende onderwerpen aan de orde: ─ de structuur en dynamiek van ecosystemen

─ terugkoppelingen en alternatieve evenwichten ─ de rol van decompositieprocessen

─ energiestromen en nutriëntenkringlopen in ecosystemen ─ trofische niveaus ─ dispersie en fragmentatie

─ allocatie strategieën ─ biodiversiteit en invasieve soorten

─ exponentiële groei en logistische groei ─ intra- en interspecifieke concurrentie ─ predator-prooi relaties

─ metapopulaties

Bij de populatiedynamica zullen we zien dat heel veel interacties begrijpelijk gemaakt kunnen worden met relatief simpele wiskunde. We zullen bijvoorbeeld

gaan kijken naar de effecten van verstoring op intra- en interspecifieke concurrentie.

Het praktische deel van de cursus bestaat uit: ─ veldwerk en een excursie in de Oostvaardersplassen waarin je data van

vraatschade aan de bossen in de Flevopolder gaat verzamelen en met behulp van basale statistische methoden analyseert en overzichtelijk weergeeft.

─ het analyseren van de populatiedynamica van grote grazers uit de praktijk

van het natuurbeheer (case study grote grazers in de Oostvaardersplassen). Dit zal verwerkt worden in de vorm van een essay.

Onderwijsvormen De onderwijsvorm is zowel theoretisch als praktijkgericht en bestaat uit hoor- en

werkcolleges en een veldwerk in kleine werkgroepjes. Verder het analyseren van onderzoekgegevens, het schrijven van een verslag en een essay, en zelfstudie.

Toetsing Het theoretisch deel van de cursus wordt getoetst met een tweetal schriftelijke

(deel)tentamens. De inhoud hiervan gaat over de behandelde stof uit het verplichte boek

“Elements of Ecology” van Smith & Smith, 8e editie , de leerstof aangeboden via Blackboard, de syllabus en de tijdens de colleges, werkcolleges en het veldwerk behandelde stof.

Het eindcijfer van de cursus wordt bepaald door: ─ deeltoets 1 (40%)

─ deeltoets 2 (40%) ─ beoordeling van het practicum (12%, groepscijfer). ─ beoordeling van het essay (8%, groepscijfer).

Compensatie is alleen mogelijk wanneer deeltoetsen ieder zijn

beoordeeld met minimaal een 5.0 en het essay en verslag hoger of gelijk aan een 5.0.

146

Studiemateriaal ─ Elements of Ecology van Smiths and Smiths,

─ syllabus, ─ rekenmachine, liniaal, en schrijfbenodigdheden.

147

EXPERIMENT & STATISTIEK Experiment and statistics Coördinator: dr. P.A.H.M. Bakker

leerstoelgroep Plant Microbe Interacties

H.R. Kruytgebouw, kamer W307

tel.: 030-253 6861 e-mail: p.a.h.m.bakker@uu.nl

Docenten: Biostatistiek: dr. R. Hermsen (Theoretische Biologie en Bioinformatica)

Wetenschapsfilosofie: Prof.dr. L.T.G. Theunissen (Descartes Centre)

Project: Diverse docenten van de leerstoelgroepen van Biologie

Ingangseisen Toegang tot deze cursus hebben alleen eerstejaarsstudenten van de bachelor Biologie, niet voor bijvakkers.

Studieadviespad

De cursus bereidt voor op niveau 2 en 3 cursussen van de studie Biologie, niet speciaal op specifieke cursussen later in het curriculum.

Leerdoelen Eén van de doelen van de cursus is het bekend maken van de studenten met

Biologie als experimentele wetenschap. Om dit te bereiken zal aandacht worden besteed aan de geschiedenis van de Biologie en de experimentele cyclus zal worden doorlopen. Een tweede, hiermee samenhangend doel is een basisniveau

statistiek te bereiken voor alle studenten. Aan het eind van de cursus kun je:

─ een correcte statistische analyse toepassen op onderzoeksdata, ─ biologische vragen zodanig in onderdelen herformuleren, dat je ze binnen een

biologisch specialisme kan bestuderen,

─ informatie opzoeken, selecteren, beoordelen, en rangschikken, ─ met behulp van trefwoorden artikelen vinden in elektronische bestanden,

─ een primair artikel analyseren, ─ bewust en kritisch het leerproces van jezelf en medestudenten

becommentariëren,

─ een vergadering leiden van medestudenten, kritische vragen stellen, en doelen formuleren,

─ samenwerken met een of meerdere medestudenten bij het opzoeken en presenteren van nieuwe informatie,

─ gerangschikte informatie samenvatten in een essay en poster,

─ een onderzoekscyclus doorlopen (het opstellen en toetsen van een hypothese, het opzetten en uitvoeren van experimenten en het statistisch verwerken van

onderzoeksdata), ─ de juiste regels voor verwijzingen naar literatuur en data van anderen

toepassen.

Vaardigheden

De belangrijkste vaardigheden die je in de cursus leert en gebruikt, zijn: ─ toepassen statistiek en bijbehorende computervaardigheden

─ systematische benadering van problemen ─ wetenschappelijke discussie

148

─ bibliotheekgebruik

─ bijhouden labjournaal ─ selecteren, lezen en verwerken van literatuur en andere bronnen

─ creativiteit en probleemoplossend vermogen ─ samenwerken ─ experimentele vaardigheden

Inhoudsbeschrijving

De cursus Experiment en Statistiek bestaat uit 3 onderdelen. ─ Statistiek is een onlosmakelijk onderdeel van experimentele wetenschappen

en de statistiek in deze cursus geeft iedere student voldoende basis

statistische beginselen in de context van een experiment toe te passen ─ Geschiedenis van de Biologie, een onderdeel van wetenschapsfilosofie, geeft

inzicht in de Biologie als experimentele wetenschap. ─ ‘Backbone’ van de cursus is het experiment of het project. Hierbij doorloop je

de experimenteercyclus; je stelt hypothesen op en je ontwerpt experimenten

en voert ze uit. Hierbij heb je beide voorgaande onderdelen nodig.

Werkvormen De cursus bestaat voor een groot deel uit projectonderwijs gecombineerd met

hoorcolleges en werkcolleges over de vakgebieden statistiek en wetenschaps- filosofie. De rode draad van de cursus is het onderzoeksproject aan een biologisch relevant onderwerp. Aan het eind van de cursus presenteren de

groepen hun bevindingen en wordt er ook een verslag geschreven.

Toetsing De cursus bevat 3 onderdelen waarvoor je een beoordeling krijgt. Het zijn: Statistiek, Wetenschapsfilosofie en het Experimentele project. Voor de

onderdelen Statistiek en Wetenschapsfilosofie is er een toets, en het Experimentele project heeft een aanwezigheidsplicht en wordt beoordeeld aan de

hand van algemene inzet en een verslag. Voor de Statistiektoets moet minimaal een 5,5 worden gehaald en de toets telt voor 50% mee in het eindcijfer, Wetenschapsfilosofie telt voor 20% mee en het Experiment voor 30%. Om een

deeltoets te herkansen moet het cijfer minimaal een 4,0 zijn. Het eindcijfer moet minimaal 5,5 zijn. Indien geen eindcijfer kan worden

gegeven of bij een eindcijfer lager dan 4,0 moet de cursus in zijn geheel worden overgedaan.

Studiemateriaal ─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 10e editie, Pearson Education

Inc., San Francisco, 2014, ─ The Analysis of Biological Data van M.C. Whitlock & D. Schluter ─ Cursushandleiding

149

Periode 4, niveau 2 cursussen

DE CEL

The Cell Coördinator: dr. J.A. Post,

Onderzoeksgroep Biomolecular Imaging

H.R. Kruytgebouw

kamer W505, tel.: 030-253 3894

e-mail: j.a.post@uu.nl

Docenten: dr. J.A. Post, j.a.post@uu.nl

dr. A. Thomas, a.a.m.thomas@uu.nl

dr. F. Cremers, a.f.m.cremers@uu.nl

mw.prof.dr. A.S.Akhmanova, a.akhmanova@uu.nl

LET OP: met ingang van het studiejaar 2015-2016 wordt deze cursus

alleen nog in periode 4 gegeven Ingangseisen

Aantoonbare beheersing van de kennis behandeld in de cursus Moleculaire biologie op 1 niveau uit de bachelor opleiding Biologie of kennis die daarmee

vergelijkbaar is. Uitsluiting

Het is niet toegestaan om De Cel te volgen als je de niveau 3 cursus Moleculaire Celbiologie al hebt gevolgd.

Studiepad De Cel is een kerncursus in het studiepad Celbiologie, Ontwikkelingsbiologie,

Microbiologie en Theoretische Biologie en Bioinformatica.

Leerdoelen In de cursus krijg je kennis van en inzicht in de structuur van biomoleculen en cel-componenten en van cellulaire processen. In het bijzonder leer je:

─ de principes van opbouw, replicatie, transcriptie en herstel van DNA uitleggen ─ de principes van genexpressie, RNA processing en translatie beschrijven

─ de processen replicatie, transcriptie en translatie bij prokaryote en eukaryote organismen vergelijken

─ de intracellulaire compartimenten van de cel en de bijbehorende functies

benoemen ─ de structuur van biomoleculen en hun werkingsmechanisme in cel-processen

beschrijven ─ de opbouw van biologische membranen en hun rol in (eiwit)transport

beschrijven ─ de verschillen en overeenkomsten van cel-ademhaling en fotosynthese

benoemen

─ hoe signalen van buiten af aan de cel worden doorgegeven ─ beschrijven op welke manier de celcyclus wordt gereguleerd

─ met elk ander behandeld cellulair proces werken op het niveau van het boek Essential Cell Biology

─ een primair celbiologisch artikel eigen maken en presenteren.

150

─ moleculaire celbiologische technieken en experimenten begrijpen

Vaardigheden

Aan de orde komen: ─ lezen en verwerken van primaire literatuur, ─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentatie)

─ rapporteren, ─ houden van een presentatie.

Inhoud In deze cursus krijg je inzicht in het functioneren van de cel op zowel moleculair

als celbiologisch niveau. Dit wordt gedaan aan de hand van het boek ‘Essential Cell Biology’ (zie studiemateriaal) en primaire literatuur.

Inzicht in de processen die zich afspelen in cellen en tussen cellen spelen zijn van groot belang voor onder andere gezondheid en biotechnologie.

In de cursus komen o.a. de volgende onderdelen aan bod: bouwstenen van de cel, genregulatie en expressie, signaaltransductie en compartimentalisatie,

celskelet, celcyclus en celdood en wordt nagenoeg het hele boek behandeld. In de laatste twee weken van de cursus werk je in een groepje aan een primair

artikel uit het tijdschrift Cell. Elke groep heeft een aantal sessies met de begeleider. Over met name de experimenten, resultaten en conclusies van het artikel wordt een presentatie gegeven.

Onderwijsvormen

Hoorcolleges, werkcolleges, COO, zelftesten, literatuurstudie en verslaggeving (presentatie). De werkcolleges moeten in groepen gemaakt worden en wekelijks ingeleverd worden. De zelftesten (via BlackBoard) moeten gemaakt worden op

dezelfde dag waarop de stof behandeld wordt op college. Er wordt gebruik gemaakt van Blackboard 9.1. Hier vind je cursusinformatie,

roosters, college-handouts, werkcollegeopdrachten, zelftoetsen, etc. Toetsing

De eindbeoordeling van de cursus bestaat uit een tweetal deeltoetsen, het maken van de werkcolleges en BlackBoard zelftoetsen en een literatuurstudie

met presentatie. Deze onderdelen tellen als volgt mee: deeltoets 1: 35% deeltoets 2: 35%

(bovendien moet voor elke deeltoets minimaal een 5,0 gehaald worden en moet het gemiddelde minimaal 5,5 zijn)

literatuur: 20% werkcollege en BlackBoard zelftoetsen: 10%

(bovendien wordt er van je verwacht dat je je serieus inzet bij de

literatuurstudie en moeten de werkcolleges en BlackBoard zelftoetsen gemaakt en ingeleverd worden)

Studiemateriaal Essential Cell Biology. Fourth edition, Alberts et al. (Garland Science).

151

NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN PLANTENDIVERSITEIT

Nature conservation, sustainability and plant diversity

Coördinator: Rens Vaessen MSc

Onderwijsinstituut, Departement Biologie

e-mail: r.w.vaessen@uu.nl

Docenten: prof.dr. René Boot, dr. Jos Dekker, drs. Eric Gouda, drs. ing. Vijko Lukkien,

mw. Monique Grooten, mw. Natasja Oerlemans, prof.dr. George Kowalchuk,

mw.dr. Marijke van Kuijk, drs. Hans Persoon, dr. Marco Roos, Gijs Steur

MSc., mw.dr. Pita Verweij en prof.dr. Bert de Vries

Ingangseisen: Campbell Biology (Pearson, editie 9), in het bijzonder hoofdstuk 29, 30, 35 en 56: ‘Plant Diversity I: How Plants Colonized Land’; ‘Plant Diversity

II: The Evolution of Seed Plants’; ‘Plant Structure, Growth, and Development’; en ‘Conservation Biology and Global Change’, worden als bekend veronderstelt (zelf vooraf bestuderen).

Studiepad : De cursus is kerncursus van het studiepad Ecologie en

Natuurbeheer en Evolutie. De cursus bouwt voort op de kennis van de niveau 1 cursussen Evolutie en Biodiversiteit, Biologie en Ecologie van Planten en Ecologie en vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursussen Biodiversiteit en

Landschap en Tropische Ecosystemen en Klimaat.

Leerdoelen en vaardigheden In deze cursus doe je kennis op over: ─ Verschillende wetenschappelijke benaderingen betreffende de concepten

natuurbehoud en duurzaamheid; ─ Hoe je de concepten natuurbehoud en duurzaamheid in verband kan brengen

met toegepaste natuurbeschermingsmaatregelen op lokaal, nationaal en internationaal niveau;

─ Plantendiversiteit, zich uitend in plantensoorten, familie-indelingen,

bloembestuiving en zaadverspreiding, in evolutionaire context; ─ De aard en de gevolgen van processen als habitatverlies, overexploitatie,

fragmentatie, klimaatverandering, en introductie van exotische soorten; ─ Wat de kennisvelden en vaardigheden zijn die biologen dienen te bezitten, om

(later) actief te kunnen worden binnen het werkveld van natuurbehoud en

duurzaamheid;

Tevens leer je een aantal vaardigheden: ─ Kenmerkpatronen van plantensoorten, zowel levend als herbariummateriaal op

een botanische en wetenschappelijke manier beschrijven en interpreteren

(door middel van botanisch tekenen en het opstellen van bloemdiagrammen) ─ Het interpreteren van deze kenmerkpatronen en het in verband brengen ervan

met taxonomische (familie) en functionele (co-evolutionaire) relaties en ecologische aanpassingen

─ Het in groepsverband leren werken onder begeleiding van een externe

opdrachtgever, ─ Het presenteren van wetenschappelijk onderzoek op verschillende manieren

(verslag, poster, powerpoint)

152

─ Netwerken met organisaties die actief zijn op het gebied van Natuurbehoud,

Duurzaamheid en Plantendiversiteit.

Inhoud Tijdens deze cursus zal aan de hand van het plantenrijk het begrip biodiversiteit, het verlies en de achteruitgang van soorten en de gevolgen hiervan nader

worden toegelicht. Vervolgens wordt dit in verband gebracht met natuurbehoud en duurzaamheid.

De cursus omvat 4 hoofdonderdelen: ─ Tijdens colleges, practica en enkele bezoeken aan de Botanische

Tuinen maak je kennis met (co-)evolutionaire relaties binnen het plantenrijk, de variatie binnen en de verschillen tussen belangrijke plantenfamilies, hun

verspreiding op aarde, ecologische/ economische betekenis en bedreigingen. ─ Samen met verschillende docenten die actief zijn in zowel de wetenschap als

de praktijk werk je tijdens workshops de concepten natuurbehoud en

duurzaamheid in relatie tot biodiversiteit verder uit. ─ Tijdens de gehele cursus werk je in groepsvorm aan de “Grote Opdrachten”.

Tijdens deze opdracht zal je aan de hand van concrete en actuele vraagstellingen de onderwerpen natuurbehoud, duurzaamheid en

plantendiversiteit op een geïntegreerde wijze benaderen. Deze vraagstelling werk je onder begeleiding van een externe begeleider uit tot een wetenschappelijk verslag dat wordt gepresenteerd met behulp van een poster

tijdens een symposium. ─ De “Werkgeversdag”. Op deze dag geven vertegenwoordigers van

instellingen en organisaties uit het werkveld van natuurbehoud en duurzaamheid de studenten een idee van de kennis en vaardigheden die biologen dienen te hebben om aan het werk te gaan binnen dit werkveld. Je

kan als student dus alvast kennismaken met toekomstige werkgevers.

Onderwijsvormen Zoals hierboven staat aangegeven krijg je tijdens de cursus onderwijs in de vorm van hoorcolleges, practica, workshops, symposia, schrijf- en

onderzoeksopdrachten en praktijk-georiënteerde bezoeken aan de Botanische Tuinen.

Beoordeling ─ In de laatste week van de cursus vindt een schriftelijke toets over de gehele

stof plaats. Deze toets draagt voor 50% bij aan de eindbeoordeling. ─ De Grote Opdracht telt totaal voor 30% mee; waarvan de sollicitatiebrief 5%,

Plan van Aanpak 5% het schriftelijk verslag 60%, en de presentatie(s) 30%. ─ De aanwezigheid tijdens de cursus en het voldoende maken van de

opdrachten tijdens de practica en workshops draagt nog eens voor 20% bij

aan het eindcijfer voor de cursus. ─ Voor alle onderdelen (Grote Opdracht, practica en workshops, tentamen) moet

een voldoende (5,5) worden gehaald om te slagen voor de cursus. ─ Het onderdeel practica en workshops kan eventueel herkanst worden tijdens

de cursus en de onderdelen Grote Opdracht en het tentamen op donderdag 10

juli 2014.

153

Benodigdheden

─ Voorkennis: Campbell Biology (Pearson, editie 9), in het bijzonder hoofdstuk 29, 30, 35 en 56: ‘Plant Diversity I: How Plants Colonized Land’; ‘Plant

Diversity II: The Evolution of Seed Plants’; ‘Plant Structure, Growth, and Development’; en ‘Conservation Biology and Global Change’, als inleiding op de cursus (zelf vooraf bestuderen).

─ Loep (doublet of triplet, minstens 10x vergroting, géén vergrootglas) prepareerset, en tekenmateriaal (blanco A4tjes, potlood, gum) voor de

plantenpractica. ─ De beide syllabi van de cursus. De achtergrond literatuur die in de syllabi

wordt aangeboden is tentamenstof.

─ De reader ‘Mondeling en schriftelijk rapporteren tijdens de studie biologie’ versie 2007 (ook verkrijgbaar via de Blackboard-pagina van de cursus).

─ Tijdens de cursus krijg de student aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal uitgedeeld of via Blackboard.

─ Tijdens de cursus wordt er gevraagd dat de student tijdens de workshops

informatie op zoekt op het internet. Aangezien de dichtstbijzijnde bruikbare computerfaciliteiten van de Universiteit soms in een ander lokaal of gebouw

zijn wordt het aangeraden om tijdens de cursus een Laptop met een draadloze netwerkconnectie beschikbaar te hebben.

154

NEUROBIOLOGIE

Neuroscience Coördinator: dr. Esther De Graaff en dr. Corette J. Wierenga

Afdeling Celbiologie

H.R. Kruytgebouw, kamer Z501

tel. 253 3458

e-mail: e.degraaff@uu.nl, c.j.wierenga@uu.nl

Docenten: dr. Corette J. Wierenga, c.j.wierenga@uu.nl

dr. Esther De Graaff, e.degraaff@uu.nl

prof.dr. Casper Hoogenraad, c.hoogenraad@uu.nl

dr. Maartje Veeneman, m.m.j.veeneman-rijkens@umcutrecht.nl

Ingangseisen Basiskennis Neurobiologie uit of vergelijkbaar met jaar 1 van de

bacheloropleiding Biologie.

Studiepad Deze cursus vormt een onderdeel van de studiepaden Neurobiologie en Toxicologie. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursus

‘Moleculaire en cellulaire (Neuro)biologie’ en ‘Cognitie en gedrag’. Alleen of samen met de vervolgcursus is de cursus een goede basis voor de

masterprogramma’s ‘Molecular and Cellular Life Sciences’ en ‘Environmental Biology’, de track Behavioural ecology en van het masterprogramma ‘Neuroscience and Cognition’. Vanwege grote overlap met de BMW-cursus

Neurowetenschappen is het niet toegestaan om beide cursussen te volgen.

Leerdoelen De cursus geeft je: ─ een overzicht van wat neurobiologie inhoudt,

─ kennis van het selecteren en verwerken van neurobiologische literatuur,

─ een idee van de functionele structuur van het dierlijke en menselijke brein,

─ inzicht in de manier waarop informatie in het menselijke en dierlijke brein opgeslagen en verwerkt wordt,

─ een idee van wat er fout gaat in bepaalde hersenziektes,

─ een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige neurobiologische onderzoek.

Vaardigheden

─ selecteren en verwerken van literatuur,

─ essay schrijven,

─ doorgronden van complexe systemen,

─ systematische benadering problemen.

155

Inhoud

De hersenen van hogere vertebraten zijn de meest complexe systemen die we kennen, en de pogingen om die te begrijpen worden wel gezien als de grootste

uitdaging van de moderne wetenschap. Deze cursus heeft als doel je een basiskennis bij te brengen van de moderne neurowetenschappen in al zijn facetten. Deze basiskennis is onontbeerlijk voor fundamenteel onderzoek aan het

brein, het bestuderen van gedrag van mensen en dieren en voor onderzoek naar ziektes van het zenuwstelsel.

Tijdens de cursus gaan we in op de functionele en neuro-anatomische aspecten van de hersenen en de neurofysiologische basis van perceptie, cognitie en

motorische sturing. Je besteedt aandacht aan algemene neurobiologische principes die zowel bij de mens als bij (andere) dieren terug zijn te vinden.

Daarnaast verdiep je je ook in specifieke eigenschappen (en soms ziektes) van het menselijk brein. Veel van de structuren en processen zoals ionkanalen, actiepotentialen, neurotransmitters, synapsen, etc., komen in het gehele

dierenrijk voor. Ze vormen de bouwstenen voor de veel complexere processen zoals cognitie en bewustzijn in hogere vertebraten.

Aan de hand van het boek 'Neuroscience' van Purves (5de editie) bestudeer je de

volgende hoofdthema's: ─ basale fysiologie van elektrische signalen in neuronen, ─ communicatie tussen neuronen,

─ leren en geheugen, ─ ontwikkeling van het zenuwstelsel,

─ perceptuele systemen: zien, horen, ruiken,

─ motorsystemen: motor cortex, basale ganglia, cerebellum, ─ hogere cognitieve functies: taal, slaap, emoties, sexuele verschillen.

Werkvormen Een groot deel van de stof van de cursus zal worden gepresenteerd in de vorm van hoorcolleges en zelfstudieopdrachten. Daarnaast is er een

computerpracticum over elektrische signalen in zenuwcellen. Jullie schrijven zelfstandig in groepjes van 2 (minimaal 1, maximaal 3) een essay

(~3 pagina’s) over een zelf te kiezen neurobiologisch onderwerp. Dit essay wordt eerst beoordeeld door medestudenten van andere groepen (peer review) en daarna door een begeleider.

week 4/5: inventariseren van het onderwerp, week 7/8: essay schrijven,

week 9: peer review, week 10: verbeteren van het essay en eindbeoordeling begeleider.

Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit de deelcijfers die je krijgt voor:

─ deeltentamen 1: 50%,

─ deeltentamen 2: 40%,

─ essay: 10%,

Voor elk van de deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen. Studiemateriaal

Purves D., et al.: Neuroscience, 5th edition, Sinnauer Associates Inc, 2011.

156

Periode 4, niveau 3 cursussen AQUATISCHE ECOLOGIE Aquatic Ecology

Coördinator: mw.prof.dr. E. van Donk (Ellen)

Palaeoecology (UU)/Landschapsecologie (UU)/

Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW)

Droevendaalsesteeg 10

6708 PB Wageningen

e-mail: e.vandonk@nioo.knaw.nl

Docenten: dr. E. Bakker (Liesbeth)

dr. S. Declerck (Steven)

dr. W.M. Mooij (Wolf)

dr. T. Fernandes (Tanîa)

dr. L. Senerpont Domis (Lisette)

dr. D. van de Waal (Dedmer)

S.Teurlincx, MSc (Sven)

Capaciteit: max. 15

Let op: De cursus wordt gegeven op Nederlands instituut voor Ecologie (NIOO-

KNAW) te Wageningen. Ingangseisen

Alleen toegankelijk voor Biologiestudenten aan het eind van studiejaar 3.

Studiepad De cursus is voor studenten met een ecologische, wetenschappelijke interesse en past binnen het studiepad ‘Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit’.

Leerdoelen

Vergaring van kennis van, en inzicht in aquatische ecologie als wetenschappelijk werkveld

Concepten vertalen naar gerichte onderzoeksvragen en experimenten

Primaire wetenschappelijke artikelen analyseren op vraagstelling, methode en breder ecologisch concept

Zelf bedenken van wetenschappelijke vraagstellingen, hypotheses en gerichte experimenten met methodiek tot beantwoording van deze vragen

Verwerking en analyse van wetenschappelijke literatuur met het oog op concepten, vraagstelling en proefopzet. Oefenen met het schrijven en

bediscussiëren van wetenschappelijke proef- en projectopzetten. Mondelinge presentatievaardigheden.

Inhoud In deze cursus staat de werking van aquatische ecosystemen in al zijn facetten

centraal. Deze zoetwatersystemen herbergen een veelvoud aan soorten die allen hun eigen plaats in de voedselketen innemen. Het voorkomen en functioneren van soorten in het aquatische ecosysteem en de diensten die deze soorten

leveren vormen een rode draad door de cursus.

157

De eerste 5-6 weken van de cursus wordt iedere week aan de hand van een

overkoepelend concept gekeken naar een specifiek project of experiment wat op dat moment werkelijk uitgevoerd wordt. Studenten kunnen actief meepraten,

meedenken en ook praktisch deelnemen aan het onderzoek. Dit praktische deel moet gezien worden als een kijkje in de keuken van het ecologische onderzoek waarbij een veelvoud aan technieken en ervaringen de revue zullen passeren.

Vervolgens wordt een wetenschappelijk artikel geanalyseerd en gepresenteerd. De laatste weken van de cursus zullen gevuld worden met het in groepsverband

schrijven van een project en proefopzet binnen één van de eerder behandelde thema’s. Het idee is dat studenten zelf een vraagstelling, hypotheses en studieopzet verzinnen en deze in de vorm van een onderzoeksvoorstel

opschrijven. Vervolgens wordt deze opzet gepresenteerd met behulp van een poster.

Werkvormen Hoorcolleges, werkcolleges, practica, discussies, schrijfopdracht, posteropdracht,

presentaties.

Toetsing Actieve deelname aan alle onderdelen is verplicht. Dat betekent verplichte

aanwezigheid bij colleges en werkcolleges, practica en discussies. Verder zijn er een drietal onderdelen die met een cijfer worden beoordeeld:

Presentatie over artikel (20%)

Schriftelijk onderzoeksvoorstel (40%) Poster onderzoeksvoorstel (40%)

Voor elk van de onderdelen moet minimaal een 5,5 behaald worden. Studiemateriaal

Geen studiemateriaal vooraf aan te schaffen

158

BIOLOGISCHE MECHANISMEN IN EEN ‘BIOBASED’ ECONOMIE

Biological mechanisms in a „biobased“ economy

Coördinator: mw.dr. H. Schluepmann

Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie

H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8

kamer O405, tel.: 030-253 3289

e-mail: h.schlupmann@uu.nl

Docenten: prof.dr. R.P. de Vries

mw.dr. H. Schluepmann

Capaciteit: max. 30

Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven.

Ingangseisen Basic knowledge of biochemistry and metabolism is required equal or comparable

with the content of the Niveau 2 course Metabolisme taught within the biology curriculum at Utrecht University.

Studiepad This course fits in a molecular and biochemical path.

Leerdoelen You will be able to creatively and successfully deal with open questions in biology

relating to research and development of importance for society.

Approaches to dealing with open questions taught will include: ─ Review primary publications to establish a baseline of specialized knowledge ─ Identify and define missing knowledge

─ Rank missing knowledge according to relevance and importance criteria ─ Identify a methodology to address the key knowledge

─ Consult and discuss with others and with peers ─ Evaluate the feasibility and likely outcome of the methodology

─ Design the experiments and prepare your time-scheme of activity. ─ Conclude from the cycle(s) of creative thinking about the complex problem

Vaardigheden ─ Researching and reading of primary literature and databases.

─ Drawing and presentation of a poster in a group. ─ Writing of a small research proposal independently.

Inhoud Specialized, state of the art research of the bio-economy is the subject of this

course. The period is split into two 5-week portions. The first portion deals with conversions to building blocks required for industry. The second portion deals with production of biomass required for the conversions.

You will carry out your own research on complex open problems actively researched in the Utrecht University and CBS laboratories of the teaching staff

159

guiding you. The problems you will be researching during the course in 2014 are

as following:

Biomass conversion to building blocks for biobased industry. Prof. Dr. R.P. de Vries

1. Better enzymes for degrading specific biomass types 2. Improving enzyme production by manipulating fungal regulators

3. Synergy between enzymes in plant polysaccharide degradation 4. Correlating pre-treatment to enzyme cocktail efficiency 5. Design of enzyme cocktails for de-polymerization of Azolla biomass.

At the end of the first 5 weeks, you will present your research in a poster presentation and discuss then evaluate the poster presentations of others in

the class. Sustainable production of reduced CO2 and N2 for biobased economy. Dr.

H. Schluepmann

1. Domestication of a CO2 and N2 fixing crop: Azolla. Control of reproduction and weediness.

2. Domestication of a CO2 and N2 fixing crop: Azolla. Agrosystem/nursery design for optimum production.

3. Pathways for lipid and wax production in Azolla

4. Pathways for fertilizer and protein production in Azolla 5. Control for carbon shunting into soluble phenolics in Azolla

6. Carbohydrate content in the biomass of Azolla. During the second five weeks your research and ministage at the laboratory will

allow you to first generate a presentation within a group then use the presentation to write your own stage proposal on the problems listed above.

Werkvormen Lectures, self- and group-study, poster presentation, a practical ministage, visit to

an industrial plant of the biobased-economy and the writing of a stage proposal.

Toetsing Evaluation of a poster (after 5 weeks) and a stage proposal (after 10 weeks).

Studiemateriaal Primary Literature. Database resources.

160

COGNITIE EN GEDRAG

Cognition and behaviour Coördinator: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José)

Onderzoeksgroep Gedragsbiologie

Kruytgebouw, kamer O210

tel.: 030-253 5435

e-mail: m.j.h.m.duchateau@uu.nl

Docenten: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau

mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, e.h.m.sterck@uu.nl

dr. J. de Vries, j.devries@uu.nl

drs. L. van den Berg, L.M.vandenBerg2@uu.nl

Ingangseisen Inleiding in de Gedragsbiologie en de cursus Voortgezette statistiek en R of

cursussen van gelijkwaardig niveau.

Studiepad

De cursus is een kerncursus in het studieadviespad Gedragsbiologie, die aansluit bij de track Behavioural Neuroscience in de master Neuroscience & Cognition en

bij het specialisatieprogramma Behavioural Ecology in de master Environmental Biologie. Deze cursus is verplicht voor het masterprogramma Behavioural Ecology.

Leerdoelen

Na afloop van deze cursus kun je: ─ de evolutie van socialiteit beschrijven en beredeneren,

─ de verschillende sociale strategieën beschrijven en de evolutionaire theorieën ervan verklaren,

─ de sociale mechanismen uitleggen en toepassen,

─ de verschillende cognitieve capaciteiten van organismen uitleggen en toepassen en ook de relatie leggen met het sociaal functioneren van

organismen, ─ kritisch evalueren van methodes die cognitieve capaciteiten van dieren testen.

Vaardigheden ─ analyseren van primaire literatuur,

─ bedenken/synthese van wetenschappelijke methode voor een experiment op basis van literatuur,

─ empirische cyclus uitvoeren vanaf verzamelen van observationele data tot

statistische toetsing, ─ schriftelijke rapportage: wetenschappelijk verslag (in het Engels), essay (in

het Engels) met behulp van wetenschappelijke literatuur, ─ mondelinge rapportage (in het Engels) ─ inhoudelijke discussie voeren

─ ethisch bewustzijn

Inhoud De cursus is een verdere verdieping van het gedeelte gedragsbiologie in de niveau 1 cursus Biologie van dieren en van niveau 2 cursus Gedragsbiologie.

161

Het hoofdthema van de cursus is sociaal gedrag. Organismen kunnen leven in

eenvoudige, anonieme groepen tot complexe geïndividualiseerde gemeenschappen, met daaraan gerelateerd verschillende sociale strategieën. Het

functioneren binnen sociale groepen vereist bepaalde cognitieve vaardigheden, van eenvoudige herkenning tot 'theory of mind'. De verschillende cognitieve mechanismen die gerelateerd zijn aan groepsleven worden in de cursus

behandeld.

Als hoofdthema van het theoretische deel van de cursus komen de sociale cognitieve vaardigheden aan bod. Verder wordt ook sociaal leren (imitatie, emulatie; innovatie; culturele transmissie) behandeld. Er zal ingegaan worden op

de verschillende sociale strategieën en de evolutionaire theorieën erover (game theoretische modellen; marketmodellen; optimalisatiemodellen; image scoring).

Aanbod zullen komen de sociale mechanismen zoals zelforganisatie, conflict en conflicthantering (dominantie; verzoening) en worden persoonlijkheid bij dieren behandeld. Vervolgens zal cognitieve ethologie (intentie, deceptie, theory of

mind, episodisch geheugen) behandeld worden. Het theoretische deel eindigt met een discussie naar aanleiding van het boek

‘Denken dieren na’ van Clive Wynne. De theorie wordt vervolgens getoetst middels een schriftelijk tentamen.

Tijdens het praktische deel van de cursus doe je een ministage met observationeel onderzoek aan Java-apen, waarbij de observaties plaats vinden

bij BPRC Rijswijk. Je doorloopt de onderzoekscyclus met vraagstelling, verzameling van observationele data, statistische toetsing, schriftelijke

verslaglegging en presentatie. Verder zul je tijdens het praktische deel aan de hand een onderwerp met behulp

van literatuur en eigen creatief denken een methode bedenken om een cognitieve capaciteit van een diersoort te onderzoeken. Hierover wordt een essay

geschreven en een presentatie gegeven. Door de presentaties van je medestudenten maak je kennis met de verschillende onderzoeksmethoden voor het aantonen van cognitieve vaardigheden bij dieren.

Werkvormen

Colleges, werkcolleges en ministage, verslag en essay. Toetsing

Actieve deelname aan practica en presentatieopdrachten is verplicht, ─ Het verslag van de ministage, de essay en de presentaties worden

afzonderlijk beoordeeld, ─ De onderwerpen van de colleges en werkcolleges worden in een theoretische

schriftelijke eindtoets getoetst.

Het eindcijfer van de cursus is het gemiddelde van de theoretische toets (50%), het practicum (20%), het essay (20%) en de presentaties (10%).

Je krijgt alleen een eindcijfer als alle deelcijfers voldoende zijn.

Studiemateriaal

─ Primaire literatuur ─ Het populair-wetenschappelijke boek: ‘Denken dieren na’ van Clive Wynne

(deze Nederlandse vertaling is nog tweedehands te koop)

162

GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE History and philosophy of biology Coördinator: prof.dr. L.T.G. Theunissen

Instituut voor Geschiedenis en

Grondslagen der Natuurwetenschappen

Buys Ballot gebouw, Pincetonplein 5

tel.: 030-253 7218

e-mail: l.t.g.theunissen@uu.nl

Docenten: prof.dr. L.T.G. (Bert) Theunissen, l.t.g.theunissen@uu.nl

Ingangseisen

De cursus is alleen toegankelijk voor studenten in het derde studiejaar. Studiepad

Deze cursus is van belang voor biologiestudenten met historische en wijsgerige belangstelling en voor alle studenten die overwegen een master te doen in

History and Philosophy of Science en Science Education and Communication. De cursus maakt onderdeel uit van de minor Geschiedenis en Filosofie van de Natuurwetenschappen.

Leerdoelen

In deze cursus leer je een kritisch beeld te vormen van de geschiedenis van de biologie en de moderne biologie in een wetenschapsfilosofisch perspectief te plaatsen. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden in literatuurstudie en het voeren

van een wetenschappelijke discussie

Aan het einde van de cursus kun je: ─ de belangrijkste historische ontwikkelingen in de negentiende en twintigste

eeuw beschrijven die hebben geleid tot de moderne biologie,

─ de belangrijkstee wetenschapsfilosofische achtergronden van moderne biologische theorieën beschrijven en analyseren.

Vaardigheden

─ Lezen en begrijpen wetenschapshistorische teksten en wetenschapsfilosofische teksten,

─ systematische benadering van problemen,

─ kritisch denken, wetenschappelijke discussie, reflexie, ─ mondelinge rapportage.

Inhoud De cursus begint met de historische colleges. Deze vormen een zelfstandig

onderdeel en leveren tegelijkertijd het basismateriaal voor het filosofische deel. We behandelen de periode ca. 1800 - ca 2000 en concentreren ons op de

ontwikkeling van de biologie tot een aparte natuurwetenschappelijke discipline. Centraal in dit proces staat de wisselwerking van twee onderzoekprogramma’s, respectievelijk gekenmerkt door een beschrijvende en een experimentele

(causaal-analytische) aanpak. Onderwerpen die aan de orde komen zijn onder andere:

─ de rol van Kants Kritik der Urteilskraft bij het ontstaan van de

163

teleomechanische onderzoeksrichting,

─ Cuvier en de formulering van het morfologische programma, ─ Darwins evolutietheorie als een eerste poging om de functionele en de

morfologische invalshoek te verenigen, ─ de tegenstelling tussen ‘experimentalists’ en ‘naturalists’ rond 1900, ─ de opkomst van de synthetische evolutietheorie en het aandeel daarin van de

verschillende biologische disciplines, en ─ de theoretische en methodologische grondslagen van de moleculaire biologie.

Het wijsgerige deel van de cursus begint met een korte inleiding in de algemene wetenschapsfilosofie, toegelicht aan de hand van voorbeelden uit de geschiedenis

van de biologie. Centraal staat de vraag naar de legitimiteit van de status die natuurwetenschap heeft, ook in onze maatschappij: waarom hechten we waarde

aan wat 'de wetenschap' beweert? Daarna gaan we in op de vraag naar het eigen karakter van de biologie. De manieren van theorievorming en de verklaringsprincipes in de biologie verschillen

op het eerste gezicht nogal van die in de natuur- en scheikunde. Is dit een zwakte en zou biologie er naar moeten streven een ‘echte harde wetenschap’ te

worden? Of heeft het te maken met het eigen karakter van het onderwerp van studie? Bijvoorbeeld met het specifieke karakter van het evolutieproces? Of met

de complexiteit en organisatiegraad van het leven?

Zowel in de historische als in de wijsgerige colleges confronteren we je met

verschillende visies op diverse onderwerpen. Hiermee verwerf je inzicht in en oordeelsvermogen over de werkwijze van de wetenschapshistoricus en –filosoof.

Werkvormen Hoor- en werkcolleges

Toetsing

Tentamen historisch deel, 50%, tentamen wijsgerig deel, 50%

Studiemateriaal ─ B. Theunissen/R.P.W. Visser, De wetten van het leven. Historische

grondslagen van de biologie 1750-1950,

─ reader Filosofie van de biologie, ─ Ed Koster (red.) Wat is wetenschap? Een filosofische inleiding voor

levenswetenschappers en medici. Amsterdam, VU University Press, 2010, 263 pp.

164

IMMUNOBIOLOGIE

Immunobiology

Coördinator: mw.dr. Can Keşmir,

Onderzoeksgroep Theoretische Biologie en Bioinformatica

Kruytgebouw, kamer Z509,

tel: 253 4212, Email: c.kesmir@uu.nl

Docenten: prof.dr. Ronald Bontrop (Biomedical Primate Research Center, Rijswijk

en Theoretische Biologie UU), bontrop@bprc.nl

dr. Paul van Bergen en Henegouwen (Molecular Cell Biology UU),

p.vanbergen@uu.nl

prof.dr. R.J. de Boer (Theoretische Biologie en Bioinformatica UU),

r.j.deboer@uu.nl

Ingangseisen De cursus de Cel van niveau 2 uit de bachelor opleiding Biologie of kennis die

daarmee vergelijkbaar is. Studiepad

De cursus past uitstekend in de studiepaden Moleculaire levenswetenschappen en Organismen, ecosystemen en biodiversiteit.

Leerdoelen

Aan het eind van de cursus heb je: ─ Een inzicht in de functie van het immuunsysteem, op het niveau van het boek

The Immune System (Parham).

─ kennis van het selecteren en verwerken van immunologische literatuur,

─ een immunologisch onderwerp/probleem eigen maken en uitdiepen aan de

hand van primaire literatuur. ─ kennis met het gebruik van wiskundige modellen en bioinformatica in

immunologisch onderzoek.

─ een idee van wat er fout gaat in bepaalde immune systeem relateerde ziektes, ─ een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige

immunologische onderzoek. Vaardigheden

─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen van gerelateerde informatie uit ander informatiebronnen,

─ het kunnen samenvatten en presenteren van complexe beschrijvingen van immune systemen en hun werking en regulatie,

─ het gebruik van basis bioinformatica en wiskundige modellen,

─ databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over genen en genomen voor immunologisch onderzoek.

─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentaties en rapporten),

─ rapporteren,

─ houden van een presentatie.

Inhoud Het immuunsysteem omvat aangeboren en verworven defensiemechanismen tegen (pathogene) micro-organismen.

165

Het eerste deel van de cursus brengt je begrip van het immuunsystem op een

basisniveau. In de vorm van hoorcolleges krijg je stapsgewijs inzicht in de opbouw en de wijze van functioneren van het menselijk afweersysteem.

Het immunesysteem kenmerkt zich door zijn grote diversiteit. Dit aspect vormt het centrale thema in de cursus. De immunologische processen en

mechanismen die leiden tot een adequate afweer tegen bacterien en virussen krijgen de meeste aandacht. Je leert bijvoorbeeld de structuur van antistoffen

kennen en de basis van antistof-variabiliteit, effector-functies van antistoffen, functies van lymfocyten, antigeen-presenterende cellen en de functie van eiwitten van het major histocompatibiliteits complex, en immunologische

tolerantie.

Tijdens cursus is er ook een practicum. Uit faag display bibliotheken van antistoffragmenten worden doorgaans verschillende collecties fragmenten geselecteerd tegen verschillende target antigenen. In het practicum zullen de

antistof genen worden bekeken die na een enkele selectieronde op een antigeen verkregen worden. Je kijkt daarbij naar de diversiteit en het gebruik van

verschillende kiemlijnsegmenten.

Gedurende de cursus leer je hoe je wiskundige modellen en bioinformatica kunt gebruiken in immunologisch onderzoek. Je leert wiskundige modellen begrijpen en analyseren en je leert om met basis bioinformaticamethoden te voorspelen

welke stukken van een virus of bacterie het meest immunogeen zijn.

Werkvormen Hoor- en werkcollege (pen en paper of computer), practicum, , artikel presentaties en discussie sessies.

Blackboard-Vista is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus nodige informatie, en de opdrachten.

Toetsing Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. De hoorcolleges zijn

hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door een schriftelijke toets (40%), artikel

presentaties, en discussie (15%), en twee schriftelijke rapporten over practicum en werkcolleges (45%). Het cijfer voor de toets mag niet lager dan 4 zijn.

Studiemateriaal

─ Boek: The immune system, by Peter Parham, third edition, 2009, Garland Science, (het boek is verplicht bij de cursus),

─ Artikelen van primaire literatuur (te downloaden van cursus webpagina:

theory.bio.uu.nl/immbio).

166

MICROBIËLE ECOLOGIE

Microbial ecology

Coördinator: prof. dr. George Kowalchuk,

leerstoelgroep Ecologie en biodiversiteit

H.R. Kruytgebouw, kamer N306 tel.: 030-253 7441, e-mail: g.kowalchuk@uu.nl

Deze cursus is in ontwikkeling, past goed in de studiepaden Ecologie en

Natuurbeheer en Microbiologie. De beschrijving komt z.s.m. beschikbaar.

167

STAGE WETENSCHAPS- EN TECHNIEK- COMMUNICATIE Internship Science and Technology Communication

Coördinator: mw. drs. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc

Didactiek van de Biologie Freudenthal Institute

for Science and Mathematics Education (FIsme)

Buys Ballot Gebouw, Princetonplein 5, Kamer 306

tel. 030 – 253 3775

e-mail: E.P.H.M.deBakker@uu.nl,

website FIsme: http://www.fisme.science.uu.nl/fisme/nl/

Docenten: mw. drs. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc en drs. F. van Dam (Frans).

https://www.osiris.universiteitutrecht.nl/osistu_ospr/OnderwijsCatalogusZoekCursus.do

Ingangseis

BETA-B2WTC Studiepad

Iedere bioloog communiceert in en over zijn werk. Deze cursus past daarom in alle studiepaden, maar maakt specifiek onderdeel uit van het studieadviespad

Educatie, Communicatie en Management. De cursus bereidt voor op de masteropleiding Science Education and Communication.

Leerdoelen Na het afronden van deze cursus kan de student: ─ Aan de hand van ontwerp-, leer-, gedrags- en communicatiemodellen

communicatieve activiteiten en producten beschrijven, analyseren, en beoordelen.

─ De kennisbasis wetenschapscommunicatie adequaat inzetten in het ontwerp van een wetenschapscommunicatief product.

─ Een korte populair wetenschappelijke tekst schrijven met een specifiek doel voor een specifieke doelgroep

─ In teamverband een mondelinge eindpresentatie adequaat voorbereiden en

geven voor opdrachtgever, docenten en medestudenten. ─ In teamverband een voldoende onderbouwde verantwoording schrijven voor

het ontwikkelde product. ─ Zijn/haar persoonlijke positie herbepalen t.o.v. wetenschapscommunicatie

voor de verdere inrichting van zijn/haar studie en loopbaan.

Inhoud

In deze stagecursus zet je de kennis die je op hebt gedaan in de introductiecursus wetenschapscommunicatie (BETA-B2WTC) in op de werkvloer. Je gaat meedraaien in de dagelijkse gang van zaken in een organisatie die

werkzaam is op het gebied van de wetenschapscommunicatie. Als eigen opdracht ontwikkel je samen met een medestudent projectmatig en onderbouwd een wtc-

product voor de stage-organisatie. Gedurende de onderwijssessies en het werken in de praktijk ontwikkel je zicht op de benodigde competenties voor het wtc-

werkveld en op jouw eigen toekomst binnen of buiten de

168

wetenschapscommunicatie.

Als toekomstig museummedewerker heb je bijvoorbeeld helderheid en aantrekkelijkheid van de boodschap hoog in het vaandel staan. Als je communicatie-adviseur wilt worden gaat het vooral over aspecten als vertrouwen

en het betrekken van de doelgroep. Door jouw wensen en verwachtingen te spiegelen aan de realiteit op de werkvloer, kun jij reflecteren op je functioneren

en je persoonlijke positie t.o.v. de wetenschapscommunicatie beter bepalen.

Per week is er op de maandag interactief onderwijs of een werkgroep van 2 of 4 uur. Het flankerend onderwijs richt zich op het projectmatig leren werken (in teams) aan de ontwikkeling van een product waarvoor de stage-organisatie de

opdrachtgever is. Naast projectmatig leren werken, zal het ontwikkelingsproces ondersteund worden, o.a. door ontwerpsessies en verdiepende theorie. Ook aan

de ontwikkeling van de student als toekomstig werknemer wordt aandacht besteed. Zo is een korte cursus publieksschrijven over wetenschap een integraal onderdeel van de onderwijssessies.

De woensdagen en vrijdagen zijn twee volle stagedagen. Op deze stagedagen

ervaren de studenten wat het werken in de wetenschapscommunicatie inhoudt en welke competenties (persoonlijke eigenschappen, vaardigheden & kennis) je

er allemaal voor nodig hebt. Ze draaien mee in de dagelijkse gang van zaken, pakken voorkomende werkzaamheden op en werken aan een (klein) concreet

wetenschapscommunicatief product in opdracht van de stage-organisatie.

Verplicht materiaal Boek: Wetenschapscommunicatie, een kennisbasis (Red. F. van Dam, A.M.

Dijkstra en L. de Bakker). Kosten materiaal €38,50.

Onderwijsvormen Interactief hoorcollege en werkcollege (aanwezigheid verplicht)

Toetsing Productverslag (gezamenlijk product van twee studenten): 50% Minimum cijfer 6

Populair wetenschappelijke tekst: 25% Minimum cijfer 5 Functioneringsverslag: 25% Minimum cijfer 5

169

Alle perioden, niveau 3 cursussen AFSTUDEEROPDRACHT (Scriptie zonder stage)

Bachelor thesis Coördinatoren: dr. Ton Peeters, dr. Martijn van Zanten

Onderwijsinstituut Biologie, Moleculaire Plantenfysiologie

H.R. Kruytgebouw kamer Z407, O406

tel. 030-253 4143, 3431 e-mail: Hscriptie.bio@uu.nl

Docenten: dr. Ton Peeters, a.j.m.peeters@uu.nl

mw.dr. Bianca Kramer, b.m.r.kramer@uu.nl

mw.dr. Roos Goverde r.l.j.goverde@library.uu.nl

Ingangseisen

Derdejaars cursus. Als ingangseis geldt dat je tenminste 120 studiepunten van de major van de opleiding Biologie hebt behaald en waarvan het verplichte deel

(alle cursussen van jaar 1 en de cursus Toegepaste biostatistiek) geheel met voldoendes moet zijn afgerond. Cursussen die je hebt gehaald in de profileringsruimte (dit kan ook een minor zijn) tellen hierbij niet mee!!

Je gaat zelf op zoek naar een onderwerp en begeleider. Dit is de link naar onderzoeksgroepen bij biologie om je te orienteren; http://www.uu.nl/faculty/science/NL/contact/depts/biologie/onderzoek/Pages/leerstoelgr

oepen.aspx.

Studieadviespad Deze cursus (of het onderzoeksproject) is verplicht bij elk studiepad.

Leerdoelen In deze cursus laat je zien dat je het volgende kan:

─ effectief en efficiënt de juiste literatuur opsporen en de juiste literatuur selecteren,

─ goed structureren van je literatuuronderzoek (wat wil ik weten, waarom wil ik

dat weten, hoe kom ik dat te weten?), ─ een goede probleemstelling formuleren (verankerd, relevant, precies,

functioneel en consistent), ─ een wetenschappelijk artikel juist beoordelen (kritisch lezen), ─ een overzichtelijk schrijfplan opstellen,

─ een kritische beschouwing op de wetenschappelijk literatuur geven, ─ nieuwe kennis en concepten synthetiseren uit de bestaande kennis,

─ een goede mondelinge samenvatting van het literatuuronderzoek geven. Vaardigheden

De afstudeeropdracht is een ‘proeve van bekwaamheid’ om je bachelordiploma te mogen ontvangen.

In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde: ─ digitaal opsporen en archiveren van literatuur, ─ selecteren en verwerken van literatuur (waaronder op een juiste manier

literatuurverwijzingen weergeven) ─ uitvoeren van een (literatuur)onderzoekscyclus,

─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken

170

─ wetenschappelijk schrijven: efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst

schrijven in het Nederlands óf in het Engels ─ aangezien je zelf op zoek moet gaan naar een scriptieonderwerp leer

je zelfstandig en actief plannen, handelen en contacten onderhouden. Inhoud

Tijdens de scriptiecursus diep je een specifiek onderwerp uit de biologie uit. Hiervoor zoek je uit alle beschikbare literatuur relevante informatie die je op de

juiste manier verwerkt tot een scriptie. Het eindresultaat hiervan, de scriptie, is niet alleen een beschrijvende samenvatting van de beschikbare feiten en ideeën, maar bevat ook een eigen kritische beschouwing van de literatuur. Het verder

ontwikkelen van je academische vaardigheden zoals literatuuronderzoek, wetenschappelijk schrijven en presenteren, staat hierbij centraal. Het

eindproduct van de cursus bestaat uit een leesbare scriptie van ongeveer 20 – 25 pagina’s in het Nederlands of Engels (het laatste met wederzijds goedvinden).

Werkvormen Werkcollege(s) waarin je uitleg krijgt over en je oefent in de verschillende

(academische) vaardigheden van het wetenschappelijke schrijven. Dit doe je groepsgewijs. Daarnaast krijg je een persoonlijk inhoudelijke begeleider (een

docent van een onderzoeksgroep binnen en/of buiten het departement Biologie). Toetsing

Het eindcijfer voor de scriptiecursus is gebaseerd op een rubric die bij het begin van de cursus uitgereikt wordt, belangrijke onderdelen zijn:

─ de structuur/vorm van de scriptie, ─ de inhoud van de scriptie; de wetenschappelijke kwaliteit, ─ het proces/de werkhouding.

Studiemateriaal

Boekje geschreven door Warna Oosterbaan “Een leesbare scriptie” (Bert Bakker), In principe zijn alle drukken goed (15e herziene druk, 2013, ISBN-13: 9789035140769). Kosten €5-€10

171

ONDERZOEKSPROJECT (Scriptie gecombineerd met stage)

Research project Coördinatoren: dr. Ton Peeters, dr. Martijn van Zanten

Onderwijsinstituut Biologie, Moleculaire Plantenfysiologie

H.R. Kruytgebouw kamer Z407, O406

tel. 030-253 4143, 3431 e-mail: Hscriptie.bio@uu.nl

Docenten: dr. Ton Peeters, a.j.m.peeters@uu.nl

mw.dr. Bianca Kramer, b.m.r.kramer@uu.nl

mw.dr. Roos Goverde r.l.j.goverde@library.uu.nl

Let op: Voor deze cursus dien je je voor beide onderdelen apart in te schrijven. Voor alléén B-B3ONST kun je je niet inschrijven, alleen in combinatie

met B-B3ONSCR! Deze cursus is 15 EC. Ingangseisen

Als ingangseis geldt dat tenminste 120 studiepunten van de major biologie zijn gehaald en waarvan het verplichte deel (alle cursussen van jaar 1 en de cursus

Toegepaste biostatistiek) geheel en met voldoendes moeten zijn afgerond. Studiepunten die je in de profileringsruimte hebt gehaald, tellen niet mee. Je gaat zelf op zoek naar een onderwerp en begeleider. Dit is de link naar

onderzoeksgroepen bij biologie om je te orienteren; http://www.uu.nl/faculty/science/NL/contact/depts/biologie/onderzoek/Pages/leerstoelgr

oepen.aspx. Studiepad

Dit onderzoeksproject is een combinatie van onderzoeksscriptie en onderzoeksstage waarbij het scriptiedeel als verplicht onderdeel in je major meetelt. Het past in elk studiepad en vormt net als de afstudeeropdracht het

sluitstuk van je bacheloropleiding.

Leerdoelen Scriptiedeel: Dit gedeelte van de cursus is de scriptiecursus zoals je kunt lezen bij

Afstudeeropdracht (scriptiecursus). Onderzoeksdeel:

Je krijgt inzicht hoe wetenschappelijk onderzoek verloopt en hoe een onderzoeksgroep functioneert door deel te nemen aan onder andere de werkbesprekingen van de groep.

Vaardigheden

In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde: ─ (digitaal) opsporen en archiveren van literatuur; selecteren en verwerken van

literatuur, waaronder op een juiste manier literatuurverwijzingen weergeven,

─ wetenschappelijk schrijven: efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst schrijven in het Nederlands óf in het Engels,

─ uitvoeren van een onderzoekscyclus, ─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken met verslaglegging in een

labjournaal,

172

─ aangezien je zelf op zoek moet gaan naar een onderzoeksproject leer

je zelfstandig en actief plannen, handelen en contacten onderhouden.

Inhoud In het scriptiedeel van het onderzoeksproject diep je een specifiek onderwerp uit

de biologie uit. Hiervoor zoek je uit alle beschikbare literatuur relevante informatie, die je op de juiste manier verwerkt tot een scriptie en die ook bijdraagt aan het opstellen van een onderzoeksplan. Het eindresultaat van de

scriptie is niet alleen een beschrijvende samenvatting van de beschikbare feiten en ideeën, maar bevat ook een eigen kritische beschouwing van de literatuur.

Het eindproduct bestaat uit een scriptie van ongeveer 20 – 25 pagina’s in het Nederlands of Engels (het laatste met wederzijds goedvinden). In overleg met je begeleider kunnen je eigen onderzoeksresultaten ook opgenomen worden in je

scriptie. Naast de literatuurstudie participeer je, onder begeleiding van een onderzoeker,

in lopend onderzoek. Je verzamelt zelf data of verwerkt al aanwezige data aan de hand van een vraagstelling. In het onderzoeksdeel van de cursus voer je bij een onderzoeksgroep een

onderzoekcyclus uit aan de hand van je in de scriptie uitgewerkte vraagstelling en opgestelde hypothese.

Werkvormen Werkcollege(s) waarin je uitleg krijgt over en je oefent in de verschillende

(academische) vaardigheden van het wetenschappelijke schrijven. Dit doe je groepsgewijs en samen met de studenten die alleen de afstudeeropdracht

volgen. Daarnaast heb je voor je onderzoek een persoonlijk inhoudelijke begeleider (een onderzoeker, promovendus of post-doc van een onderzoeksgroep binnen een instelling).

Toetsing

Het eindcijfer voor het scriptiedeel is gebaseerd op een rubric die bij het begin van de cursus uitgereikt wordt, belangrijke onderdelen zijn:

─ de structuur/vorm van de scriptie, ─ de inhoud van de scriptie; de wetenschappelijke kwaliteit, ─ het proces/de werkhouding.

Het eindcijfer voor het onderzoeksdeel is gebaseerd op een rubric die bij het begin van de cursus uitgereikt wordt, belangrijke onderdelen zijn:

─ het onderzoeksverslag ─ werkhoudig en zelfstandigheid bij het uitvoeren van je onderzoek.

Studiemateriaal Boekje geschreven door Warna Oosterbaan “Een leesbare scriptie” (Bert Bakker),

In principe zijn alle drukken goed (15e herziene druk, 2013, ISBN-13: 9789035140769). Kosten €5-€10.

173

Biologie in het werkveld niveau 2 cursussen BIOLOGIE IN HET WERKVELD Biology in the field

Dit is een cursus bestaande uit 3 module cursussen naar keuze vanaf studiejaar 2013-2014

Coördinator: dr. A.J.M. Peeters

Onderwijsinstituut Biologie

H.R. Kruytgebouw kamer Z407,

tel. 030-253 4143

e-mail: a.j.m.peeters@uu.nl

Docenten: de module cursussen worden door diverse docenten van binnen en buiten de

UU gegeven.

Ingangseisen: Er zijn geen specifieke ingangseisen. De cursussen kunnen

vanaf studiejaar 2 gevolgd worden Periode/Tslot: Dit zijn veelal buitencursussen die seizoensafhankelijk zijn en

derhalve niet in de voorgeschreven periodes/timeslots vallen.

Inschrijving: LET OP: inschrijving voor één van deze cursussen is niet mogelijk via OSIRIS-student maar gaat via de UBV!

(http://biologieinhetwerkveld.org/)

Belangrijk: De cursus ‘Biologie in het werkveld’ kan voor 7,5 ECTS

afgetekend worden als drie (willekeurige) module cursussen (elk 2,5 ECTS) gehaald zijn. Voor studenten die deze cursussen vóór het studiejaar 2013-2014 gevolgd

hebben is er geen mogelijkheid deze af te laten tekenen als onderdeel van ‘Biologie in het werkveld’.

174

FLORA cursus Coördinator: Gijs Steur MSc.

e-mail: g.steur@gmail.com

Docenten: drs. Hans Persoon MSc en drs. Vijko Lukkien MSc,

Edwin Pos Msc, Stefan van Meijeren Msc, dr. Arie Speksnijder

Periode: Voorjaar, avonduren en weekend

Studiepunten: 2,5

AVIFAUNA cursus Coördinator: Rascha Nuijten MSc.

e-mail: rascha.nuijten@gmail.com

Docenten: Luc de Bruijn, Erik Kleyheeg MSc

Periode: Voorjaar, avonduren en weekend

Studiepunten: 2,5

MYCOLOGIE cursus Coördinator: Aldert Gutter

Docenten: Aldert Gutter

Periode: Najaar, avonduren en weekend

Studiepunten: 2,5

ENTOMOLOGIE cursus Coördinator: dr. Henri Groeneveld

e-mail: H.W.Groeneveld@uu.nl

Docenten: dr. Henri Groeneveld, prof. Rinus Sommeijer

Periode: Najaar, avonduren en weekend

Studiepunten: 2,5

BIJEN cursus Coördinator: dr. Marie José Duchateau

e-mail: M.J.H.M.Duchateau@uu.nl

Docenten: mw.dr. Marie José Duchateau, prof. Rinus Sommeijer

Periode: Voorjaar, avonduren en weekend

Studiepunten: 2,5

HERPETOLOGIE cursus Coördinator: Mátyás Bittenbinder, Joris van den Berg

e-mail: M.A.Bittenbinder@students.uu.nl

Docenten: Mátyás Bittenbinder, Joris van den Berg

Periode: Voorjaar, avonduren en weekend

Studiepunten: 2,5

LOOPBAANORIENTATIE cursus Coördinator: drs. Frans Meeuwsen

e-mail: fransmeeuwsen@hotmail.com

Docenten: drs. Frans Meeuwsen

Periode: Voorjaar, avonduren en weekend

Studiepunten: 2,5

175

Onderwijs- en examenregeling

Bacheloropleidingen

Faculteit Bètawetenschappen

2015-2016

176

Contents PARAGRAAF 1 – ALGEMENE BEPALINGEN ............................................................... 178 art. 1.1 – toepasselijkheid van de regeling .........................................................178 art. 1.2 – begripsbepalingen ..........................................................................178 PARAGRAAF 2 – VOOROPLEIDING .......................................................................... 179 art. 2.1 – Toelating .....................................................................................179 art. 2.2 – Toelating .....................................................................................179 art. 2.3 – Taaleis bij buitenlands diploma ...........................................................180 art. 2.4 - colloquium doctum ..........................................................................180 PARAGRAAF 3 – INHOUD EN INRICHTING VAN DE OPLEIDING ...................................... 180 art. 3.1 – doel van de opleiding .......................................................................180 art. 3.2 – vorm van de opleiding ......................................................................181 art. 3.3 – taal waarin de opleiding wordt verzorgd .................................................181 art. 3.4 – studielast .....................................................................................181 art. 3.5 – major ..........................................................................................181 art. 3.6 - dubbele bachelor ............................................................................181 art. 3.7 – profileringsruimte, minor ...................................................................181 art. 3.8 – onderdelen elders ...........................................................................182 art. 3.9 – honoursprogramma’s in de Science Honours Academy ..............................182 art. 3.10 – feitelijke vormgeving onderwijs ..........................................................182 art. 3.11 – informatievoorziening .....................................................................183 PARAGRAAF 4 – ONDERWIJS ................................................................................. 183 art. 4.1 – cursus .........................................................................................183 art. 4.2 – ingangseisen cursussen; voorkennis ....................................................183 art. 4.3 - inschrijving voor cursussen ................................................................183 art. 4.4 – aanwezigheids- en inspanningsverplichting ............................................183 art. 4.5 – deelname aan cursussen; voorrangregels ..............................................183 art. 4.6 – afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije periode kerst ..184 PARAGRAAF 5 – TOETSING ................................................................................... 185 art. 5.1 – algemeen .....................................................................................185 art. 5.2. - examencommissie ..........................................................................185 art. 5.3. – toetsing thesis ..............................................................................185 art. 5.4 – cijfers ..........................................................................................186 art. 5.5 – reparatie: aanvullende of vervangende toets ...........................................186 art. 5.6 – toetsvorm .....................................................................................186 art. 5.7 – mondelinge toetsen .........................................................................186 art. 5.8 – toetsvoorziening bijzondere gevallen ....................................................187 art. 5.9 – termijn beoordeling .........................................................................187 art. 5.10 – geldigheidsduur ............................................................................187 art. 5.11 – inzagerecht .................................................................................187 art. 5.12 – bewaartermijn toetsen ....................................................................187 art. 5.13 – vrijstelling ...................................................................................187 art. 5.14 – fraude en plagiaat .........................................................................188 PARAGRAAF 6 – EXAMEN ...................................................................................... 189 art. 6.1 – examen .......................................................................................189 art. 6.2 – judicium cum laude .........................................................................189 art. 6.3 – graad ..........................................................................................190 art. 6.4 – honours .......................................................................................190 art. 6.5 – getuigschrift ..................................................................................190 art. 6.6 – final Grade Point Average (GPA) .........................................................190

177

PARAGRAAF 7 – STUDIEBEGELEIDING .................................................................... 191 art. 7.1 – studievoortgangsadministratie ............................................................191 art. 7.2 – studiebegeleiding ...........................................................................191 art. 7.3 – handicap ......................................................................................192 art. 7.4 – (bindend) studieadvies .....................................................................192 PARAGRAAF 8 – OVERGANGS- EN SLOTBEPALINGEN ................................................ 194 art. 8.1 – vangnetregeling .............................................................................194 art. 8.2 – Honoursstudenten die voor 1 september 2013 zijn gestart ..........................194 art. 8.3 – wijziging ......................................................................................194 art. 8.4 – bekendmaking ...............................................................................194 art. 8.5 – inwerkingtreding .............................................................................194 BIJLAGE A: Biologie .............................................................................................. 195 art. 2.1 – Toelating .....................................................................................195 art. 2.3 - Colloquium Doctum .........................................................................195 art. 3.5 – Major ..........................................................................................195 art. 3.6 – Dubbele bachelor ...........................................................................195 art. 3.9 – Honoursprogramma Science Honours Academy; Biologie en MLS ................196 art. 4.2 – Ingangseisen cursussen; voorkennis ....................................................196 art. 6.7 – Toegang tot masteropleiding ..............................................................196 art. 7.4- (bindend) studieadvies ......................................................................196 art. 8.4- Overgangsregeling ...........................................................................197 Overzicht 1. Verplichte onderdelen Major Biologie ................................................197 Overzicht 2. Keuzeonderdelen Major Biologie .....................................................197 Overzicht 3. Verplichte onderdelen Molecular Life Sciences ...................................199 Overzicht 4. Keuzeonderdelen Molecular Life Sciences .........................................199 Practica (aanvulling art. 3.1.3) ........................................................................200 Cursussen met beperkte capaciteit (aanvulling art. 4.5) .........................................200 Bijlage H..................................................................................................200

178

In de Onderwijs- en Examenregeling zijn de opleiding specifieke rechten en plichten opgenomen

van studenten enerzijds en de Universiteit Utrecht anderzijds. In het (algemene universitaire) Studentenstatuut staan de rechten en plichten die voor alle studenten gelden. Deze regeling is vastgesteld door de decaan van de Faculteit Bètawetenschappen op 29 juni 2015 met instemming van de faculteitsraad d.d. 29 juni 2015

PARAGRAAF 1 – ALGEMENE BEPALINGEN

art. 1.1 – toepasselijkheid van de regeling

Deze regeling geldt voor het studiejaar 2015-2016 en is van toepassing op het onderwijs, de toetsen en het examen van de bacheloropleidingen van de Undergraduate School Bètawetenschappen: Biologie, Farmacie, Informatica, Informatiekunde, Natuur- en Sterrenkunde, Scheikunde en Wiskunde (hierna te noemen: de opleiding) en op alle studenten die voor de opleiding staan ingeschreven. Indien een artikel specifiek ingaat op een individuele bachelor opleiding, dan is dat terug te vinden in bijlage A (Biologie), bijlage B (Farmacie), bijlage C (Informatica), bijlage D (Informatiekunde), bijlage E (Natuur-en Sterrenkunde), bijlage F (Scheikunde) en bijlage G

(Wiskunde). De opleiding wordt verzorgd door de Undergraduate School van de faculteit Bètawetenschappen, hierna te noemen: de faculteit. art. 1.2 – begripsbepalingen

In deze regeling wordt verstaan onder: a. de wet: de Wet op het hoger onderwijs en wetenschappelijk onderzoek (WHW); b. student: degene die is ingeschreven aan de universiteit voor het volgen van het onderwijs en/of

het afleggen van de tentamens en de examens van de opleiding; c. studiepunt: eenheid uitgedrukt in EC, waarbij een studiepunt gelijk staat aan 28 uur studeren; d. gedragscode taal: de op grond van art. 7.2 sub c van de wet door het college van bestuur

vastgestelde gedragsregels ten aanzien van het verzorgen van het onderwijs en de examens in een andere taal dan het Nederlands;

e. opleiding: de bacheloropleiding genoemd in art. 1.1 van deze regeling, bestaande uit een samenhangend geheel van onderwijseenheden;

f. onderdeel: een onderwijseenheid (cursus) van de opleiding, opgenomen in de Universitaire Onderwijscatalogus;

g. major: een samenhangend geheel van onderdelen die samen de hoofdrichting van de opleiding

vormen; h. minor: een samenhangend geheel van onderdelen met een omvang van 30 EC, anders dan de

eigen major; i. science honours academy: al het honoursonderwijs van de faculteit Bètawetenschappen valt

onder de Science Honours Academy. De Science Honours Academy heeft een honoursdirector. j. honoursonderwijs: Het honoursonderwijs in de faculteit Bètawetenschappen bestaat uit de

honoursprogramma’s van de bachelor opleidingen (zie art. 3.9), de dubbele bachelor opleidingen

(zie art. 3.6 ) en het College of Pharmaceutical Sciences (zie bijlage B); k. honoursprogramma: aanvullend uitdagend voor een deel extra curriculair programma van 45

studiepunten voor geselecteerde studenten; l. toets: tentamen als bedoeld in art. 7.10 van de wet; m. examen: het afsluitend bachelorexamen van de opleiding dat met goed gevolg is afgelegd als

aan alle verplichtingen van de gehele bacheloropleiding is voldaan;

n. Universitaire Onderwijscatalogus: het onder verantwoordelijkheid van het college van bestuur

gehouden register van de binnen de universiteit verzorgde cursussen; o. portfolio: de verzameling documenten m.b.t. de prestaties van de student binnen de door hem

gekozen opleiding;

p. cursuscoördinator/examinator: de docent die het aanspreekpunt is voor de cursus; q. contract onderwijsvoorzieningen: het door de onderwijsdirecteur (of andere functionaris namens

de opleiding) en gehandicapte student afgesloten contract waarin is vastgelegd op welke noodzakelijke en redelijke voorzieningen de student recht heeft;

179

r. Internationaal Diploma Supplement: de bijlage bij het bachelor getuigschrift waarin een

toelichting is opgenomen m.b.t. de aard en de inhoud van de opleiding (mede in internationale context)6;

s. Getuigschrift: Dit heeft dezelfde betekenis heeft als in de WHW t. Semester: een onderwijsperiode die opgebouwd is uit twee perioden van tien weken. De overige begrippen hebben de betekenis die de wet daaraan toekent.

PARAGRAAF 2 – VOOROPLEIDING Voor opleidingen waar alle vwo-profielen toelating geven: art. 2.1 – Toelating

1. Naast de in de wet genoemde diploma’s die toegang geven tot de opleiding, heeft de bezitter van het diploma van een in de bijlage onder H vermelde gelijkwaardige vooropleiding toegang tot de opleiding.

2. De bezitter van een diploma van met goed gevolg afgelegd propedeutisch examen aan een hogeschool, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat hij of zij voldoende kennis op het daarbij vermelde niveau bezit van de volgende vakken: zie bijlagen A-G

Voor opleidingen waar alleen bepaalde vwo-profielen toelating geven: art. 2.2 – Toelating 1. Naast de in de wet genoemde diploma’s die toegang geven tot de opleiding, heeft de bezitter

van het diploma van een in de bijlage onder H vermelde gelijkwaardige vooropleiding toegang tot de opleiding mits voldaan is aan voorwaarden genoemd in het tweede lid.

2. Degene die niet een diploma met het juiste vwo-profiel heeft (dat direct toelating geeft tot de opleiding; zie bijlage A-G), maar wel een gelijkwaardig diploma dat op grond van de wet of op grond van het eerste lid toegang geeft, dan wel een diploma van een met goed gevolg afgelegd propedeutisch examen aan een hogeschool, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat hij of zij voldoende kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezit van de vakken van het verplichte vwo-profiel die vermeldt staan in de opleiding specifieke bijlagen A-G.

3. Degene die niet een diploma met het vwo-profiel natuur en gezondheid of natuur en techniek

heeft (dat direct toelating geeft tot de opleiding), maar wel een diploma van met goed gevolg afgelegd propedeutisch examen aan een hogeschool, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat

is aangetoond dat hij of zij voldoende kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezit van de volgende vakken: zie bijlagen A-G

4. Deficiënties in de vooropleiding in de in het tweede lid genoemde vakken kunnen worden vervuld door het afleggen van de desbetreffende toetsen bij Boswell Bèta of de Centrale Commissies Voortentamen Biologie / Natuurkunde / Scheikunde / Wiskunde. De examencommissie kan in bijzondere gevallen een docent aan de universiteit in het desbetreffende vak belasten met het

afnemen van een of meer toetsen.

6 Voor Scheikunde wordt een eurobachelor certificaat uitgereikt. Dat is de bijlage bij het getuigschrift waarmee

binnen de European Chemistry Thematic network overeengekomen opleidingskwaliteit wordt gegarandeerd.

180

art. 2.3 – Taaleis bij buitenlands diploma

De bezitter van een buitenlands diploma kan pas inschrijven: a. nadat voldaan is aan de eis inzake voldoende beheersing van de Nederlandse taal door het met

goed gevolg afleggen van het staatsexamen Nederlands als tweede taal, programma 2 dan wel het certificaat Nederlands als Vreemde Taal, ‘Profiel Academische Taalvaardigheid’ (PAT) of "Profiel Taalvaardigheid Hoger Onderwijs" (PTHO), en7

b. nadat is aangetoond dat voldaan is aan de eis van voldoende beheersing van de Engelse taal op

het niveau van het Nederlandse vwo-examen.

Deficiënties in de vooropleiding in Engels worden voor aanvang van de opleiding vervuld door het afleggen van één de volgende toetsen:

o IELTS (International English Language Testing System), academic module. De minimum

vereiste IELTS score (overall band) moet zijn: 6.0 met tenminste 5.5 voor het onderdeel ‘writing’.

o TOEFL (Test Of English as a Foreign Language). De minimum vereiste TOEFL score is:83 (internet-based test).

o Cambridge EFL (English as a Foreign Language) Examinations, met één van de volgende certificaten: - Cambridge Certificate in Advanced English; minimum score: C;

- Cambridge Certificate of Proficiency in English; minimum score: C. art. 2.4 - colloquium doctum Het toelatingsonderzoek, bedoeld in art. 7.29 van de wet, heeft betrekking op de volgende vakken

op het daarbij vermelde niveau: zie bijlagen A-G

PARAGRAAF 3 – INHOUD EN INRICHTING VAN DE OPLEIDING art. 3.1 – doel van de opleiding 1. Met de opleiding wordt beoogd:

o kennis, vaardigheid en inzicht op het gebied van de major en het bereiken van de

eindkwalificaties genoemd in het tweede lid. o academische vorming. Hieronder wordt verstaan het ontwikkelen van competenties

(kennis, vaardigheden en attitudes) ten aanzien van: - academisch denken, handelen en communiceren; - hanteren van relevant wetenschappelijk instrumentarium; - (wetenschappelijk) communiceren in de eigen taal van de opleiding;

- hanteren van specifieke kennis van een vakgebied in een bredere wetenschappelijke, wetenschapsfilosofische, en maatschappelijk/culturele context

- gedragsnormen die gelden tijdens de studie en binnen de wetenschap. o voorbereiding op een verdere studieloopbaan Studenten worden vanaf het eerste bachelorjaar vertrouwd gemaakt met theorie en praktijk van wetenschappelijk onderzoek en andere academische en/of carrière mogelijkheden.

2. De afgestudeerde: o heeft kennis van en inzicht in het vakgebied van de major; o heeft kennis van en inzicht in de theoretische en methodologische grondslagen van de

major;

7 Voor studenten die geselecteerd zijn voor het College of Pharmaceutical Sciences geldt alleen art. 2.3.b.

181

o beschikt over algemene academische vaardigheden, in het bijzonder met betrekking tot de

major; o is in staat om kennis en inzicht op dusdanige wijze toe te passen, dat dit een professionele

benadering van zijn/haar werk of beroep laat zien; o kan een praktijkvraag of probleem op het vakgebied herformuleren tot een duidelijke en

onderzoekbare probleemstelling; de daarin vervatte begrippen op adequate wijze operationaliseren; een onderwerp zowel theoretisch als empirisch bestuderen, in onderlinge samenhang; het resultaat weergeven in een coherent betoog dat wordt

afgesloten met een heldere, synthetiserende conclusie; de resultaten gebruiken voor het beantwoorden van de praktijkvraag of het bijdragen aan verheldering en zo mogelijk oplossing van het probleem; vormt een oordeel dat mede gebaseerd is op het afwegen van relevante sociaalmaatschappelijke, wetenschappelijke of ethische aspecten.

o is in staat om informatie, ideeën en oplossingen over te brengen op een publiek bestaande

uit specialisten of niet-specialisten.

o bezit de leervaardigheden en competenties die noodzakelijk zijn om een masteropleiding aan te gaan.

art. 3.2 – vorm van de opleiding De opleiding wordt voltijds verzorgd.

art. 3.3 – taal waarin de opleiding wordt verzorgd 1. De opleiding wordt in het Nederlands verzorgd8. 2. In afwijking van het eerste lid kunnen een of meer onderdelen van de opleiding in het Engels

worden verzorgd indien de herkomst van de studenten en/of van de docenten daartoe noodzaakt.

art. 3.4 – studielast

1. De opleiding heeft een studielast van 180 studiepunten. 2. De opleiding omvat onderdelen op gevorderd niveau9 met een studielast van tenminste 45

studiepunten (in major en profileringsruimte samen). art. 3.5 – major 1. De inhoud en randvoorwaarden verbonden aan de major zijn te vinden in de opleiding specifieke

bijlagen A-G.

2. Onderdeel van de major is een thesis met een studielast van ten minste 7,5 studiepunten (zie ook bijlagen A-G), waarbij de student de mogelijkheid heeft een afrondend werkstuk te maken

als proeve van bekwaamheid waarin vereiste kennis, vaardigheden en attitudes samenkomen.

art. 3.6 - dubbele bachelor

Zie bijlagen A-G. art. 3.7 – profileringsruimte, minor 1. De opleiding omvat een profileringsruimte, waarin de student onderdelen kiest met een totale

studielast van ten minste 45 studiepunten10.

8 Het Onderwijs in het College of Pharmaceutical Sciences wordt in het Engels verzorgd. 9 Zie art. 4.1 10 Voor de bacheloropleiding Farmacie en in het geval van dubbele majors is de omvang van de

profileringsruimte afwijkend en te vinden in de bijlagen.

182

2. De onderdelen van de profileringsruimte dienen voor ten minste 15 studiepunten op verdiepend

of gevorderd niveau te liggen. 3. Voor keuze komen in aanmerking onderdelen opgenomen in de Universitaire Onderwijscatalogus,

tenzij er naar het oordeel van de examencommissie sprake is van inhoudelijke dubbeling met betrekking tot eerder door de student afgelegde onderdelen. Voorts komen voor keuze in aanmerking - onder goedkeuring van de examencommissie - onderdelen verzorgd door een andere Nederlandse of een buitenlandse universiteit dan wel van een bekostigde of aangewezen Nederlandse instelling voor hoger beroepsonderwijs. De examencommissie bepaalt daarbij welk

niveau deze onderdelen hebben. De examencommissie onthoudt goedkeuring als er naar haar oordeel sprake is van inhoudelijke dubbeling met betrekking tot eerder door de student afgelegde onderdelen. Indien onderdelen inhoudelijk geheel of gedeeltelijk overlappen kan de examencommissie de inbreng van deze onderdelen voor het examen beperken door aftrek van studiepunten naar rato van de overlap.

4. Indien de student een samenhangend geheel van onderdelen kiest, dat door een faculteit wordt verzorgd onder de aanduiding ”minor” (http://www.uu.nl/organisatie/faculteit-

betawetenschappen/onderwijs/minors), wordt deze aanduiding op het getuigschrift van zijn

examen vermeld. art. 3.8 – onderdelen elders

1. Voorwaarde voor het behalen van het getuigschrift van het bachelorexamen van de opleiding is

dat ten minste de helft van het onderwijsprogramma is behaald via onderdelen verzorgd door de Universiteit Utrecht.

2. Onderdelen die tijdens de opleiding elders behaald worden, kunnen uitsluitend met toestemming van de examencommissie worden ingebracht in het examenprogramma van de student.

3. Voor onderdelen die voorafgaand aan de start van de bacheloropleiding zijn behaald aan een

instelling voor hoger onderwijs, kan slechts op grond van art. 5.13 vrijstelling worden verleend.

art. 3.9 – honoursprogramma’s in de Science Honours Academy (Biologie, Farmacie, Informatica, Informatiekunde, Natuur- en Sterrenkunde, Scheikunde en Wiskunde )

1. De honoursprogramma’s hebben een studielast van 45 studiepunten. Daarvan worden onderdelen met een totale studielast van minimaal 15 tot maximaal 30 studiepunten in de major gevolgd. Het honoursprogramma kent tenminste 15 studiepunten aan extracurriculaire activiteiten. De samenstelling van het programma is vermeld in bijlage A-G. Van elke honoursstudent wordt actieve deelname verwacht aan extracurriculaire activiteiten binnen de honourscommunity. Onderdeel van het honoursprogramma is een honours-thesis met een studielast van tenminste 7,5 studiepunt. Studenten doen internationale ervaring op in het

honoursprogramma, b.v. in de vorm van een studiereis. 2. De selectie van kandidaten en de toelating tot het programma is opgedragen aan de

selectiecommissies van de individuele honoursprogramma’s. De kandidaat ontvangt een toelatings- c.q. afwijzingsbeslissing tot het honoursprogramma.

Hierin wordt gewezen op de bezwaarmogelijkheidbij de examencommissie. 3. Instroom in het honoursprogramma is mogelijk bij; zie bijlagen A-G. 4. Bij de selectie voor deelname aan het honoursprogramma gelden criteria die vermeld staan op

de website van de Science Honours Academy van de faculteit Bètawetenschappen (http://vkc.library.uu.nl/vkc/SHA/Pages/Default.aspx)

5. Na afloop van elk studiejaar wordt de voortgang van de studenten in het honoursprogramma geëvalueerd. De gebruikte criteria voor de evaluatie zijn te vinden op de website van de Science Honours Academy. Op basis van deze evaluatie wordt door de opleidingsdirecteur besloten of de

student het programma mag vervolgen of moet stoppen. art. 3.10 – feitelijke vormgeving onderwijs

1. Het aantal contacturen voor de opleiding (aantal geprogrammeerde contacturen voor de verschillende cursussen en daarbovenop de geprogrammeerde of genormeerde begeleidingstijd) bedraagt tenminste 12 uur per week.

2. In de Universitaire Onderwijscatalogus is van elke cursus aangegeven: a. de programmering van de onderwijsactiviteiten b. de roosters en programmering van de uren c. de geprogrammeerde contacttijd per cursus

183

d. de overige gestructureerde contacturen voor de algemene begeleiding van studenten

(stage- en scriptiebegeleiding, tutoraat, studiebegeleiding, etc.) waarbij een docent/medewerker dat uur beschikbaar is voor de student

e. waar en wanneer de tentamens en aanvullende toetsen van de cursussen plaatsvinden.

3. De student kan de roosters van het onderwijs waarvoor hij staat ingeschreven, inzien in de Bètaplanner. Voorts kan de student in de Bètaplanner zien waar en wanneer de tentamens en aanvullende toetsen van de cursussen waarvoor hij staat ingeschreven, plaatsvinden.

art. 3.11 – informatievoorziening De student dient geregeld zijn universitaire e-mailadres en de digitale leeromgeving te raadplegen. Informatie die via e-mail en de digitale leeromgeving is verspreid wordt als bekend verondersteld.

PARAGRAAF 4 – ONDERWIJS art. 4.1 – cursus

1. Voor de onderdelen van de opleiding worden cursussen verzorgd met een studielast van zeven en een halve studiepunt of een veelvoud daarvan.

2. Alle cursussen die deel uit kunnen maken van de opleiding zijn opgenomen in de Universitaire Onderwijscatalogus.

3. Een cursus wordt verzorgd op een van de volgende niveaus: - inleidend: 1 - verdiepend: 2

- gevorderd: 3

art. 4.2 – ingangseisen cursussen; voorkennis 1. Aan de volgende onderdelen van de major kan worden deelgenomen nadat voor de daarbij

vermelde cursussen een voldoende is behaald: Zie bijlagen A-G.

2. Onverminderd het bepaalde in het eerste lid wordt in de Universitaire Onderwijscatalogus bij elke cursus aangegeven welke voorkennis gewenst is om daaraan met goed gevolg te kunnen deelnemen.

art. 4.3 - inschrijving voor cursussen

1. Aan een cursus kan pas worden deelgenomen nadat de student zich tijdig daarvoor via OSIRIS-

student heeft inschreven. Zie: http://students.uu.nl/praktische-zaken/in-en-uitschrijving/inschrijven-cursussen

2. De student kan zich uitschrijven via OSIRIS student tot en met de wijzigingsdagen voorafgaande

aan het betreffende blok.

art. 4.4 – aanwezigheids- en inspanningsverplichting 1. Van elke student wordt actieve deelname verwacht aan de cursus waarvoor hij staat

ingeschreven.

2. Naast de algemene eis dat de student actief participeert in het onderwijs, worden de aanvullende eisen per onderdeel in de Universitaire Onderwijscatalogus omschreven.

3. Bij een kwalitatief of kwantitatief onvoldoende deelname kan de cursuscoördinator de student uitsluiten van verdere deelname aan de cursus of een gedeelte daarvan.

art. 4.5 – deelname aan cursussen; voorrangregels 1. In de Universitaire Onderwijscatalogus wordt aangegeven voor hoeveel studenten een cursus

ten hoogste wordt verzorgd. 2. Toelating voor de cursussen met een beperkte capaciteit vindt plaats op basis van vooraf

vastgestelde en gepubliceerde toelatingscriteria en voorrangsregels, met dien verstande dat

184

voor de opleiding ingeschreven studenten voorrang genieten bij de cursussen die behoren tot

het verplichte deel van hun major.

art. 4.6 – afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije periode kerst

In bijlagen A-G zijn de cursussen opgenomen die internationale studenten in periode 2 voor de onderwijsvrije periode rond kerst kunnen afronden.

185

PARAGRAAF 5 – TOETSING art. 5.1 – algemeen 1. Tijdens de cursus wordt de student op academische vorming getoetst en wordt getoetst of de

student in voldoende mate de gestelde leerdoelen bereikt. 2. In de Universitaire Onderwijscatalogus staat beschreven aan welke prestaties de student moet

voldoen om de cursus met succes af te ronden en wat de criteria zijn waarop de student beoordeeld wordt.

3. Iedere cursus bevat meerdere toetsmomenten. Uiterlijk halverwege de cursusduur is er een moment waarop de docent de vorderingen van de student evalueert en aan hem kenbaar maakt.

4. De toetsing van de student is afgerond bij het einde van de cursus.

5. In het Reglement11 van de examencommissie (zie: paragraaf 2,3 & 4) staat de gang van zaken bij toetsing beschreven.

art. 5.2. - examencommissie 1. De decaan stelt voor elke opleiding of groep van opleidingen een examencommissie in en draagt

er zorg voor dat het onafhankelijk en deskundig functioneren van de examencommissie voldoende wordt gewaarborgd.

2. De decaan benoemt de voorzitter en de leden van de examencommissie voor een termijn van drie jaar op basis van hun deskundigheid op het terrein van de betreffende opleiding(en) of het terrein van toetsing, waarbij: - ten minste één lid afkomstig is van buiten de desbetreffende (groep van) opleiding(en), en

− ten minste één lid als docent verbonden is aan de desbetreffende (groep van) opleiding(en). Herbenoeming is mogelijk. Alvorens tot benoeming over te gaan, hoort de decaan de leden van

de desbetreffende examencommissie. 3. Als lid of voorzitter van de examencommissie kan niet benoemd worden diegene die een

managementfunctie met financiële verantwoordelijkheid bekleedt of bestuurlijke (deel)verantwoordelijkheid voor een onderwijsprogramma heeft. Hieronder worden in ieder geval verstaan: de decaan, vicedecaan, directeur/hoofd/manager van een departement, lid van een departementaal management/bestuursteam, directeur/hoofd/manager van een afdeling, lid van een afdelings- management/bestuursteam, lid/voorzitter van de board of studies van de

Graduate School of Undergraduate School en de onderwijsdirecteur. 4. Het lidmaatschap van de examencommissie eindigt bij het verstrijken van de benoemingstermijn.

Voorts wordt aan de voorzitter en de leden door de decaan op eigen verzoek ontslag verleend. De voorzitter en de leden worden door de decaan ontslagen, indien zij niet meer voldoen aan de vereisten genoemd in lid 2 of lid 3 van dit artikel. Voorts kan de decaan de voorzitter en de leden

ontslaan indien is gebleken dat zij de wettelijke taken onvoldoende uitvoeren. 5. De decaan maakt de samenstelling van de examencommissie(s) aan de studenten en docenten

bekend. art. 5.3. – toetsing thesis 1. De toetsing van de in artikel 3.5 lid 5 bedoelde thesis wordt verricht door tenminste twee

examinatoren (de desbetreffende begeleider en een tweede beoordelaar), waarvan tenminste één examinator is verbonden aan de opleiding.

2. Indien de thesis in meertallen wordt geschreven, krijgt elke student op grond van diens expliciet gemaakte bijdrage een individuele beoordeling.

11 Ook wel ‘Regels en Richtlijnen genoemd’

186

art. 5.4 – cijfers

1. Cijfers worden gegeven op een schaal van 1 tot en met 10; in halve punten vanaf de 6 en in hele

punten onder de 6. De eindbeoordeling van een cursus is voldoende dan wel onvoldoende, in cijfers uitgedrukt: 6 of hoger, respectievelijk 5 of lager.

2. Alfanumerieke resultaten worden in onderstaande gevallen toegekend: - de student die staat ingeschreven voor een cursus en aan geen enkel toetsonderdeel heeft

deelgenomen, ontvangt een ND (Niet Deelgenomen)

- de student die aan te weinig toetsonderdelen heeft deelgenomen om in aanmerking te komen voor een aanvullende toets, ontvangt een NVD (Niet VolDaan);

- de student die nog niet heeft voldaan aan een onderdeel, en hier geen cijfer voor ontvangt, maar wel in aanmerking komt voor een aanvullende toets, ontvangt een AANV (AANVullende toets)

- indien de student heeft voldaan aan een onderdeel, maar hier geen cijfer voor ontvangt, kan

de student een V (Voldoende) als resultaat worden toegekend; - indien de student niet heeft voldaan aan een onderdeel, maar hier geen cijfer voor ontvangt,

kan de student een ONV (Onvoldoende) als resultaat worden toegekend - de student aan wie vrijstelling is verleend door de examencommissie ontvangt een VR

(VRijstelling);

- indien fraude en/of plagiaat is geconstateerd door de examencommissie, kan de student een FR (FRaude) als resultaat worden toegekend.

art. 5.5 – reparatie: aanvullende of vervangende toets

1. Indien de student aan alle inspanningsverplichtingen tijdens de cursus heeft voldaan, wordt hij uitsluitend bij een onvoldoende eindbeoordeling van ten minste een 4.0 of AANV, eenmaal in de

gelegenheid gesteld een aanvullende of een vervangende toets af te leggen. 2. Een student die vanwege een aantoonbare overmacht situatie niet in staat is geweest tot het

afleggen van maximaal één (deel)toets per cursus mag een reparatietoets doen, indien hij de overmacht situatie zo spoedig mogelijk als kan worden verwacht, gemeld heeft bij het studiepunt. De student komt hierna niet meer in aanmerking voor een reparatietoets als bedoeld

in lid 5.5.1 3. Bij de reparatietoets zoals beschreven on der lid 1 en 2 kan de gehele stof van de cursus worden

getoetst. art. 5.6 – toetsvorm

1. Toetsing binnen een cursus vindt plaats op de wijze als vermeld in de Universitaire Onderwijscatalogus.

2. Op verzoek kan de examencommissie toestaan dat een toets op een andere wijze dan krachtens het eerste lid is bepaald, wordt afgelegd.

art. 5.7 – mondelinge toetsen 1. Mondeling wordt niet meer dan één persoon tegelijk getoetst, tenzij de examencommissie anders

heeft bepaald. 2. Het mondeling afnemen van een toets is openbaar, tenzij de examencommissie of de

desbetreffende examinator in een bijzonder geval anders heeft bepaald, dan wel de student daartegen bezwaar heeft gemaakt.

187

art. 5.8 – toetsvoorziening bijzondere gevallen

1. Indien een student voor het behalen van het bachelorexamen nog ten hoogste één (eerder

afgelegd maar niet met goed gevolg voltooid) onderdeel van maximaal 7,5 studiepunt nodig heeft en het niet verlenen van een individuele toetsvoorziening aantoonbaar tot een studievertraging van meer dan een semester leidt, kan hij desgevraagd in aanmerking komen voor een individuele toetsvoorziening.

2. Indien het niet verlenen van een individuele toetsvoorziening zou leiden tot een ‘bijzonder geval

van onbillijkheid van overwegende aard’ kan de examencommissie besluiten een toetsvoorziening toe te kennen.

3. Verzoeken om een bijzondere toetsvoorziening moeten zo snel mogelijk met bewijsstukken worden ingediend bij de examencommissie.

art. 5.9 – termijn beoordeling 1. De examinator stelt direct, binnen 24 uur, na het afnemen van een mondelinge toets het oordeel

vast en reikt de student een desbetreffende schriftelijke verklaring uit.

2. De examinator stelt het oordeel over een schriftelijk of op andere wijze afgenomen toets vast binnen 10 werkdagen na de dag waarop deze is afgenomen, en verschaft de administratie van de faculteit de nodige gegevens ten behoeve van de uitreiking van het schriftelijk of elektronisch bewijsstuk van het oordeel aan de student.

3. De student wordt gewezen op het inzagerecht, bedoeld in art. 5.11 en op de beroepsmogelijkheid bij het College van beroep voor de examens.

art. 5.10 – geldigheidsduur

1. De geldigheidsduur van behaalde onderdelen is acht jaar.

In afwijking hiervan kan de examencommissie in geval van bijzondere omstandigheden, op verzoek van de student, voor een onderdeel een verlengde geldigheidsduur bepalen.

2. Deeltoetsen en opdrachten die behaald zijn binnen een onderdeel dat niet met goed gevolg is afgelegd, vervallen na het studiejaar waarin zij zijn behaald. Uitzonderingen: zie bijlage A-G

art. 5.11 – inzagerecht

1. Gedurende tenminste dertig dagen na de bekendmaking van de uitslag van een schriftelijke toets krijgt de student op zijn verzoek inzage in zijn beoordeeld werk.

Tevens wordt hem op zijn verzoek tegen kostprijs een kopie verschaft van dat werk. 2. Gedurende de in het eerste lid genoemde termijn kan elke belanghebbende kennis nemen van

vragen en opdrachten van de desbetreffende toets, alsmede zo mogelijk van de normen aan de hand waarvan de beoordeling heeft plaatsgevonden.

3. Toetsvragen/opgaven kunnen na het afleggen van de toets of na inzage weer worden ingenomen. art. 5.12 – bewaartermijn toetsen 1. De opgaven, uitwerkingen en het beoordeelde werk van de schriftelijke toetsen worden (in

papieren of digitale vorm) gedurende twee jaar na de beoordeling bewaard. 2. De in artikel 3.5, vijfde lid bedoelde thesis en de beoordeling daarvan wordt (in papieren of

digitale vorm) gedurende zeven jaar na de beoordeling bewaard.

art. 5.13 – vrijstelling

De examencommissie kan de student op diens verzoek, gehoord de desbetreffende examinator, vrijstelling verlenen van een onderdeel van de opleiding, indien de student: a. hetzij een qua inhoud en niveau overeenkomstig onderdeel van een universitaire of hogere

beroepsopleiding voorafgaand aan de start van de bacheloropleiding heeft voltooid; b. hetzij aantoont door werk- c.q. beroepservaring over voldoende kennis en vaardigheden te

beschikken m.b.t. het desbetreffende onderdeel.

188

art. 5.14 – fraude en plagiaat

1. Onder fraude en plagiaat wordt verstaan het handelen of nalaten van een student waardoor een juist oordeel over zijn kennis, inzicht en vaardigheden geheel of gedeeltelijk onmogelijk wordt.

Onder fraude valt onder meer: - tijdens het tentamen spieken. Degene die gelegenheid biedt tot spieken is medeplichtig aan

fraude; - tijdens het tentamen in het bezit te zijn van hulpmiddelen (voorgeprogrammeerde

rekenmachine, mobiele telefoon, boeken, syllabi, aantekeningen etc), waarvan de raadpleging niet uitdrukkelijk is toegestaan;

- door anderen laten maken van (delen van) een studieopdracht; - het zich voor de datum of het tijdstip waarop het tentamen zal plaatsvinden, in het bezit

stellen van de vragen, of opgaven, of antwoorden van het desbetreffende tentamen;

- fingeren van enquête- of interviewantwoorden of onderzoekgegevens; Van plagiaat is sprake bij het in een scriptie of ander werkstuk gegevens of tekstgedeelten van anderen overnemen zonder bronvermelding. Onder plagiaat valt onder meer: - het knippen en plakken van tekst van digitale bronnen zoals encyclopedieën of digitale

tijdschriften zonder aanhalingstekens en verwijzing; - het knippen en plakken van teksten van het internet zonder aanhalingstekens en verwijzing;

- het overnemen van gedrukt materiaal zoals boeken, tijdschriften of encyclopedieën zonder aanhalingstekens en verwijzing;

- het opnemen van een vertaling van bovengenoemde teksten zonder aanhalingstekens en verwijzing;

- het parafraseren van bovengenoemde teksten zonder (deugdelijke) verwijzing: parafrasen moeten als zodanig gemarkeerd zijn (door de tekst uitdrukkelijk te verbinden met de

oorspronkelijke auteur in tekst of noot), zodat niet de indruk wordt gewekt dat het gaat om

eigen gedachtegoed van de student; - het overnemen van beeld-, geluids- of testmateriaal van anderen zonder verwijzing en

zodoende laten doorgaan voor eigen werk; - het zonder bronvermelding opnieuw inleveren van eerder door de student gemaakt eigen

werk en dit laten doorgaan voor in het kader van de cursus vervaardigd oorspronkelijk werk, tenzij dit in de cursus of door de docent uitdrukkelijk is toegestaan;

- het overnemen van werk van andere studenten en dit laten doorgaan voor eigen werk. Indien dit gebeurt met toestemming van de andere student is de laatste medeplichtig aan plagiaat;

- ook wanneer in een gezamenlijk werkstuk door een van de auteurs plagiaat wordt gepleegd, zijn de andere auteurs medeplichtig aan plagiaat, indien zij hadden kunnen of moeten weten dat de ander plagiaat pleegde;

- het indienen van werkstukken die verworven zijn van een commerciële instelling (zoals een internetsite met uittreksels of papers) of die tegen betaling door iemand anders zijn

geschreven.

2.

a. Wanneer fraude of plagiaat wordt geconstateerd of vermoed, deelt de examinator dit schriftelijk mee aan de examencommissie.

b. De examencommissie stelt de student in de gelegenheid:

- schriftelijk daarop te reageren, en/of - te worden gehoord.

3. De examencommissie stelt vast of er sprake is van fraude of plagiaat en deelt de student

schriftelijk haar besluit en de sancties conform het bepaalde in het vierde lid mede, onder vermelding van de beroepsmogelijkheid bij het College van beroep voor de examens.

4. Fraude en plagiaat wordt door de examencommissie als volgt bestraft:

a. In ieder geval:

o ongeldig verklaren van het ingeleverde werkstuk of tentamen o berisping, die aangetekend wordt in OSIRIS.

b. En eventueel voorts, afhankelijk van aard en omvang van de fraude of plagiaat, en van de studiefase van de student, één of meer van de volgende sancties: o verwijderen uit de cursus o het niet meer in aanmerking komen voor een positief judicium (cum laude) als bedoeld

in art.6.2

189

o uitsluiting van deelname aan tentamens of andere vormen van toetsing die behoren bij

het betreffende onderwijsonderdeel voor het lopende academisch jaar, dan wel voor een periode van 12 maanden

o volledige uitsluiting van deelname aan alle tentamens of andere vormen van toetsing voor een periode van 12 maanden.

c. Indien de student reeds eerder een berisping heeft gekregen: volledige uitsluiting van deelname aan alle tentamens of andere vormen van toetsing voor een periode van 12 maanden.

d. Bij zeer ernstige en/of herhaalde fraude kan de examencommissie het college van bestuur voorstellen de inschrijving voor de opleiding van de betrokkene definitief te beëindigen.

5. Als de examencommissie vaststelt dat er sprake is van grootschalige of georganiseerde fraude,

welke van een omvang is dat het de tentamenresultaten in hun geheel zal beïnvloeden, beslist

de examencommissie onverwijld dat het desbetreffende tentamen ongeldig is en dat alle deelnemers op korte termijn het hele tentamen moeten overdoen. Daarbij stelt de examencommissie de datum vast waarop het tentamen moet worden overgedaan. Deze datum ligt uiterlijk twee weken na het constateren van de fraude, zodat de deelnemers nog baat hebben bij hun voorbereiding voor het tentamen.

PARAGRAAF 6 – EXAMEN

art. 6.1 – examen

1. De examencommissie stelt de uitslag van het examen vast en reikt het getuigschrift als bedoeld

in art. 6.5 uit zodra de student aan de eisen van het examenprogramma heeft voldaan. 2. Alvorens de uitslag van het examen vast te stellen, kan de examencommissie zelf een onderzoek

instellen naar de kennis van de student m.b.t. een of meer onderdelen of aspecten van de opleiding, indien en voorover de uitslagen van de desbetreffende toetsen haar daartoe aanleiding geven.

3. Beoordeling van het examendossier maakt deel uit van het afsluitend examen. Als datum voor het examen geldt de laatste werkdag van de maand waarin de examencommissie heeft vastgesteld dat de student aan de eisen van het examenprogramma heeft voldaan.

4. Voor het behalen van het examen geldt als voorwaarde dat voor alle onderdelen een voldoende

is behaald. 5. Voor het behalen van het examen en de afgifte van het getuigschrift geldt tevens als voorwaarde

dat de student ingeschreven was voor de opleiding in de periode dat de toetsen zijn afgelegd.

Ingeval de student niet aan deze voorwaarde voldoet, kan het college van bestuur een verklaring van geen bezwaar afgeven met betrekking tot het behalen van het examen en de afgifte van het getuigschrift nadat de student de verschuldigde collegegelden en administratiekosten voor de

'ontbrekende' perioden heeft betaald. 6. Degene die het examen met goed gevolg heeft afgelegd en aanspraak heeft op uitreiking van

een getuigschrift, kan de examencommissie verzoeken daartoe nog niet over te gaan. Dit verzoek moet worden ingediend binnen twee weken nadat de student op de hoogte is gebracht van de uitslag van het examen. Bij dit verzoek geeft de student aan wanneer hij het getuigschrift wil ontvangen. De examencommissie willigt het verzoek in het studiejaar 2015-2016 in ieder geval in:

- wanneer de student een bestuursfunctie gaat vervullen waarvoor een bestuursbeurs van de Universiteit Utrecht beschikbaar is

- een stage of onderdeel in het buitenland gaat volgen - onderdelen moet volgen die verplicht zijn voor toelating tot de masteropleiding.

De examencommissie kan het verzoek tevens inwilligen indien het niet inwilligen van het verzoek zal leiden tot een onbillijkheid van overwegende aard vanwege de omstandigheid dat betrokkene in de studieplanning geen rekening heeft kunnen houden met het automatisch afstuderen.

art. 6.2 – judicium cum laude Het judicium 'cum laude' wordt toegekend aan het bachelorexamen, indien voldaan is aan elk van de volgende voorwaarden:

190

- voor de onderdelen van de bacheloropleiding is gewogen gemiddeld tenminste het cijfer 8,0

behaald en voor het bacheloronderzoek/bachelor scriptie een 8,0 of hoger; - in de loop van de studie is maximaal 1 onderdeel overgedaan; - voor maximaal 60 studiepunten zijn niet-meetellende vrijstellingen verkregen; - er geen beslissing is van de examencommissie (als bedoeld in art. 5.14, lid 4 onder b)

inhoudend dat vanwege vastgestelde fraude/plagiaat de student niet meer in aanmerking komt voor een positief judicium (cum laude);

- het bachelorexamen binnen vier jaar is behaald.

art. 6.3 – graad 1. Aan degene die het examen met goed gevolg heeft afgelegd, wordt de graad “Bachelor of

Science” verleend.

2. De verleende graad wordt op het getuigschrift van het examen aangetekend. art. 6.4 – honours Indien het honours programma als bedoeld in art. 3.9 met goed gevolg is afgesloten, wordt dit vermeld op het Internationaal Diploma supplement.

art. 6.5 – getuigschrift 1. Ten bewijze dat het examen met goed gevolg is afgelegd wordt door de examencommissie een

getuigschrift uitgereikt. Per opleiding wordt één getuigschrift uitgereikt, ook al rondt een student

meerdere programma’s af.

2. De examencommissie voegt aan dit getuigschrift het Internationaal Diploma Supplement toe, waarmee (internationaal) inzicht wordt verschaft in de aard en inhoud van de afgeronde opleiding.

art. 6.6 – final Grade Point Average (GPA)

1. Op het Internationaal Diploma Supplement is het final Grade Point Average (GPA) vermeld om de academische prestaties van een student weer te geven.

2. Het final GPA is het gemiddelde cijfer van de resultaten die zijn behaald binnen het examenprogramma van de opleiding, gewogen naar studiepunten en uitgedrukt op een schaal van 1 tot en met 4 met één decimaal. Resultaten behaald in het eerste inschrijvingsjaar voor de bacheloropleiding, tellen niet mee bij de berekening van het final GPA.

3. De berekening van het final GPA gaat als volgt:

- alle geldende tentamenresultaten na het eerste inschrijvingsjaar, behaald in het examenprogramma van de bacheloropleiding worden omgerekend naar quality points. Voor studenten die instromen in een hoger studiejaar (d.w.z. degenen die vrijstelling hebben gekregen voor alle onderdelen van de eerste periode in de bacheloropleiding, met een gezamenlijke studielast van 60 studiepunten) geldt een afwijkende regel: bij deze studenten worden alle geldende tentamenresultaten vanaf hun eerste inschrijvingsjaar, behaald in het examenprogramma van de bacheloropleiding omgerekend naar quality

points; - quality points zijn het geldend tentamenresultaat x aantal studiepunten van het

betreffende onderdeel; - het totaal aantal behaalde quality points gedeeld door het totaal aantal behaalde

studiepunten geven het gemiddeld tentamenresultaat; - het gemiddeld tentamenresultaat wordt omgezet in het final GPA.

191

Final GPA

Gemiddeld eindresultaat Final Grade Point Avarage

Van Tot en met 8,00 10,00 4,0

7,70 7,99 3,7

7,40 7,69 3,3

7,00 7,39 3,0

6,70 6,99 2,7

6,40 6,69 2,3

6,00 6,39 2,0

5,60 5,99 1,7

5,40 5,59 1,3

4,50 5,39 1,0

0,00 4,49 0,0

PARAGRAAF 7 – STUDIEBEGELEIDING art. 7.1 – studievoortgangsadministratie

1. De faculteit registreert de individuele cursus eindresultaten van de studenten en stelt deze via

Osiris-student ter beschikking. 2. Bij het studiepunt Bètawetenschappen kan een gewaarmerkt studievoortgangsdossier worden

verkregen.

art. 7.2 – studiebegeleiding 1. De faculteit draagt zorg voor de introductie en de studiebegeleiding van de studenten, die voor

de opleiding zijn ingeschreven, mede ten behoeve van hun oriëntatie op mogelijke studiewegen binnen en buiten de opleiding.

2. De studiebegeleiding omvat:

- een verplicht matchingstraject voor aanstaande studenten voorafgaand aan inschrijving voor een bacheloropleiding12 met als doel studenten te begeleiden bij de keuze voor een opleiding die past bij hun ambitie, verwachtingen en mogelijkheden;

- een introductie in de eerste week van het eerste semester van het eerste studiejaar; - toewijzing van een tutor aan alle bachelorstudenten die hen gedurende het eerste semester

in de studie introduceert, en voor hen beschikbaar is voor begeleiding in de verdere studie en bij het maken van keuzes gedurende de bachelorfase;

- groepsgewijze en individuele advisering over mogelijke studiewegen binnen en buiten de opleiding, mede met het oog op beroepsmogelijkheden na de masteropleiding en over mogelijkheden om direct na het behalen van het bachelordiploma de arbeidsmarkt te betreden;

- groepsgewijze en individuele advisering over studievaardigheden, studieplanning en de keuze voor het vervolgtraject na het bachelordiploma;

- het bieden van verwijzing en hulp bij door studenten ervaren moeilijkheden tijdens de

studie;

12 Met uitzondering van selectieve opleidingen en opleidingen met een numerus fixus

192

- het bieden van verwijzing naar een passender studie aan studenten die vóór 1 februari van

het jaar van eerste inschrijving uitschrijven voor de opleiding; - een individuele matchingsactiviteit voor degenen die in de loop van het studiejaar vanuit

een andere opleiding aan de Universiteit Utrecht worden verwezen naar de opleiding; - het geven van een dringend advies na het eerste semester en een bindend advies na het

tweede semester van het eerste jaar op basis van alle behaalde studiepunten in het eerste jaar over het al dan niet voortzetten van de studie.

3. Een portfolio kan als instrument van studieloopbaanbegeleiding worden ingezet.

art. 7.3 – handicap Aan de student met een functiestoornis wordt de gelegenheid geboden het onderwijs te volgen en

de toetsen af te leggen op de wijze zoals vastgelegd in zijn Contract onderwijsvoorzieningen.

Verzoeken om een studiecontract af te sluiten worden ingediend bij de studieadviseur. art. 7.4 – (bindend) studieadvies 1. In het jaar van eerste inschrijving ontvangt de student die staat ingeschreven voor de opleiding,

voor 31 januari, een schriftelijk studieadvies over de voortzetting van zijn opleiding 2. Zie bijlage A-G. 3. De studenten die een negatief of twijfeladvies als bedoeld in lid 2 krijgen, worden uitgenodigd

voor een gesprek met als doel het bespreken van de studiemethode, een heroverweging van de studiekeuze en een eventuele verwijzing.

4. Aan het einde van het academisch jaar, doch uiterlijk op 31 augustus, ontvangt de student een tweede schriftelijk advies over de voortzetting van zijn opleiding. Onverminderd het bepaalde in lid 9, 10 en 11 wordt aan dit studieadvies een afwijzing met een bindend karakter verbonden, indien de student minder dan 45 studiepunten heeft behaald. De afwijzing geldt gedurende een

termijn van 4 studiejaren.

5. Bij het vaststellen van het aantal behaalde studiepunten als bedoeld in lid 2 en lid 4 tellen alle behaalde studiepunten in het eerste studiejaar mee. De studiepunten van verworven vrijstellingen en de resultaten van behaalde deeltoetsen tellen niet mee.

6. Aan de student die een verzoek tot uitschrijving vóór 1 februari van het eerste jaar van inschrijving doet, wordt geen studieadvies als bedoeld in lid 4 uitgebracht. Indien de student zich

in een volgend studiejaar opnieuw inschrijft, zal in dat volgende studiejaar het studieadvies als bedoeld in lid 4 worden uitgebracht.

7. In afwijking van het vijfde lid, krijgt de student die: - een verzoek tot uitschrijving vóór 1 februari van het jaar van eerste inschrijving doet, en - na 1 februari wel ingeschreven is bij (een andere opleiding van) de Universiteit Utrecht, en - minder dan 45 studiepunten heeft behaald,

wel een negatief bindend studieadvies voor de tweede bacheloropleiding.

8. Het studieadvies wordt namens de decaan van de faculteit Bètawetenschappen uitgebracht door de onderwijsdirecteur van de opleiding.

9. Alvorens een afwijzend studieadvies wordt uitgebracht, wordt de student in de gelegenheid gesteld te worden gehoord door of namens de onderwijsdirecteur.

10. In zijn afweging om een afwijzend studieadvies uit te brengen betrekt de onderwijsdirecteur op verzoek van de student diens persoonlijke omstandigheden. Uitsluitend persoonlijke omstandigheden die door de student na intreden zo spoedig als redelijkerwijs kan worden

verlangd bij de studieadviseur zijn gemeld, worden door de onderwijsdirecteur betrokken in zijn afweging. Onder persoonlijke omstandigheden wordt verstaan ziekte, zwangerschap, functiestoornis, bijzondere/ernstige familieomstandigheden, topsport en bestuursactiviteiten voor een studentenorganisatie met volledige rechtsbevoegdheid of in het kader van de organisatie en het bestuur van de Universiteit Utrecht, de faculteit of de opleiding.

11. In zijn afweging om een afwijzend studieadvies uit te brengen betrekt de onderwijsdirecteur op

verzoek van de student voorts andere vormen van overmacht dan de in het vorige lid genoemde.

Uitsluitend overmacht situaties die na intreden zo spoedig als redelijkerwijs kan worden verlangd bij de studieadviseur zijn gemeld, worden door de onderwijsdirecteur betrokken in zijn afweging. Voorts kan de onderwijsdirecteur onbillijkheden van ernstige aard in zijn oordeel betrekken.

12. Indien op grond van de omstandigheden als bedoeld in lid 10 en lid 11 van het verbinden van een afwijzing wordt afgezien, dan wordt aan de student aan het einde van diens volgende studiejaar opnieuw het studieadvies als bedoeld in lid 4 uitgebracht. De student moet het aantal

punten bedoeld in het vierde lid halen in dat volgende studiejaar; de reeds in het eerste studiejaar behaalde studiepunten tellen daarbij niet mee.

193

13. Tegen een beslissing tot afwijzing kan binnen 6 weken beroep ingesteld worden bij het College

van beroep voor de examens.

194

PARAGRAAF 8 – OVERGANGS- EN SLOTBEPALINGEN

art. 8.1 – vangnetregeling In die gevallen waarin deze regeling niet voorziet, niet duidelijk voorziet of tot kennelijke onredelijke uitkomsten leidt, wordt door of namens de decaan beslist, na de examencommissie te hebben

gehoord. Indien de beslissing op basis van de wet behoort tot de bevoegdheden van de examencommissie, stuurt de decaan het verzoek naar de examencommissie ter afhandeling. art. 8.2 – Honoursstudenten die voor 1 september 2013 zijn gestart

In afwijking van artikel 3.9 blijft voor studenten die reeds voor 2013-2014 waren ingeschreven voor een honoursprogramma, artikel 3.9 van de Onderwijs- en examenregeling 2012-2013 van toepassing zolang zij dat programma volgen. art. 8.3 – wijziging 1. Wijzigingen van deze regeling worden door de decaan, gehoord de opleidingscommissie en na

overleg met de faculteitsraad of opleidingsraad, bij afzonderlijk besluit vastgesteld. 2. Een wijziging van deze regeling heeft geen betrekking op het lopende studiejaar, tenzij de

belangen van de studenten daardoor redelijkerwijs niet worden geschaad. 3. Een wijziging kan voorts niet ten nadele van studenten van invloed zijn op een beslissing, die

krachtens deze regeling door de examencommissie is genomen ten aanzien van een student.

art. 8.4 – bekendmaking De decaan draagt zorg voor bekendmaking van deze regeling, alsmede van elke wijziging via internet.

art. 8.5 – inwerkingtreding Deze regeling treedt in werking op 1 september 2015.

o – o – o

195

BIJLAGE A: Biologie art. 2.1 – Toelating

1. Naast de in de wet genoemde diploma’s die toegang geven tot de opleiding, heeft de bezitter van het diploma van een in de bijlage H vermelde gelijkwaardige vooropleiding toegang tot de opleiding mits voldaan is aan voorwaarden genoemd in het tweede lid.

2. Degene die niet een diploma met het vwo-profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie heeft (dat direct toelating geeft tot de opleiding), maar wel een gelijkwaardig diploma dat op grond van de wet of op grond van het eerste lid toegang geeft, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat hij of zij voldoende kennis op het

niveau van het vwo-eindexamen bezit van de volgende vakken van het verplichte vwo-profiel: - biologie, - wiskunde A en/of B voor studenten Biologie,

- wiskunde B voor studenten Molecular Life Sciences, - natuurkunde, - scheikunde

3. Deficiënties in de vooropleiding in de in het tweede lid genoemde vakken kunnen worden vervuld

door het afleggen van de desbetreffende toetsen van Boswell Bèta of van de Centrale Commissies Voortentamen biologie, natuurkunde, scheikunde, wiskunde. De examencommissie kan in bijzondere gevallen een universitair docent in het desbetreffende vak belasten met het afnemen van een of meer toetsen om het vereiste niveau vast te kunnen stellen.

art. 2.3 - Colloquium Doctum Het toelatingsonderzoek, bedoeld in art. 7.29 van de wet, heeft betrekking op de volgende vakken op het daarbij vermelde niveau: 1. biologie op vwo-niveau, 2. scheikunde op vwo-niveau,

3. natuurkunde op vwo-niveau, 4. wiskunde B op vwo-niveau.

5. actieve en passieve beheersing van de Nederlandse taal 6. passieve beheersing van de Engelse taal

art. 3.5 – Major 3. De opleiding omvat een major Biologie met een studielast van 135 studiepunten. Daarvan zijn

de in het overzicht onder 1 aangewezen onderdelen met een totale studielast van 52,5 studiepunten verplicht. Voor de track Molecular Life Sciences zijn de in het overzicht 4 aangewezen onderdelen met een totale last van 67,5 studiepunten verplicht.

4. De overige onderdelen van de major Biologie (82,5 studiepunten) worden door de student gekozen uit de in het overzicht onder 2 aangewezen onderdelen. Voor de track Molecular Life Sciences kiest de student de overige onderdelen van de major (67,5 studiepunten) uit de in het

overzicht onder 5 aangewezen onderdelen. 5. Deze keuzeonderdelen van de major Biologie dienen voor ten minste 15 studiepunten op

verdiepend niveau (niveau 2) te liggen en voor tenminste 37,5 studiepunten op gevorderd niveau (niveau 3). De overige 30 studiepunten van de major kiest de student uit onderdelen op inleidend, verdiepend en/of gevorderd niveau. Voor studenten Molecular Life Sciences dienen de keuzeonderdelen van de major voor tenminste 37,5 studiepunten op verdiepend niveau te liggen en voor tenminste 37,5 studiepunten op

gevorderd niveau. 6. Als onderdeel van de major Biologie kan de student een in het overzicht 1 aangewezen

Onderzoeksproject op gevorderd niveau (15 EC) kiezen, waarvan 7,5 studiepunten behoren tot de onder lid 3 van dit artikel aangewezen verplichte onderdelen (de Afstudeeropdracht). De overige 7,5 studiepunten van het Onderzoeksproject behoren tot de onder lid 5 genoemde 37,5 studiepunten die de student naar keuze kan kiezen op niveau 3. Onderdeel van de track Molecular

Life Sciences is een bachelorwerkstuk met een studielast van 15 EC waarbij de student een Onderzoeksproject uitvoert.

art. 3.6 – Dubbele bachelor Geen aparte regeling

196

art. 3.9 – Honoursprogramma Science Honours Academy; Biologie en MLS

6. Het honoursprogramma heeft een studielast van 45 studiepunten13. Daarvan worden onderdelen met een totale studielast van minimaal 15 tot maximaal 30 studiepunten in de major gevolgd. Onderdeel van het honoursprogramma is een honoursthesis/researchproject met een studielast van 15 studiepunten. De samenstelling van het programma is vermeld op de website van de Science Honours Academy14. Het honoursprogramma kent voorts 15 studiepunten aan extra-curriculaire activiteiten. Van elke honoursstudent wordt actieve deelname verwacht aan extra-curriculaire activiteiten binnen de honourscommunity, hieraan wordt 7,5 studiepunten

toegekend. Studenten doen internationale ervaring op in het honoursprogramma, bijvoorbeeld in de vorm van een studiereis.

7. De selectie van kandidaten en de toelating tot het programma is opgedragen aan de selectiecommissies van Biologie. De kandidaat ontvangt een toelatings- c.q. afwijzingsbeslissing tot het honoursprogramma. Hierin wordt gewezen op de bezwaarmogelijkheid bij de

honoursdirector.

8. Instroom in het honoursprogramma is mogelijk halverwege en aan het einde van jaar 1. 9. Bij de selectie voor deelname aan het honoursprogramma gelden criteria die vermeld staan op

de website van de Science Honours Academy2. 10. Na afloop van elk studiejaar wordt de voortgang van de studenten in het honoursprogramma

geëvalueerd. De gebruikte criteria voor de evaluatie zijn te vinden op de website van de Science Honours Academy2. Op basis van deze evaluatie wordt door de opleidingsdirecteur besloten of de student het programma mag vervolgen of moet stoppen.

art. 4.2 – Ingangseisen cursussen; voorkennis 5. Toegang tot de cursussen (practica, werkcolleges en toetsen) van het verdiepende niveau

(niveau 2) van de opleiding heeft de student die van de inleidende cursussen op niveau 1 in het eerste jaar van de opleiding onderdelen met een studielast van tenminste 30 studiepunten heeft behaald op het moment van inschrijven voor de niveau 2 cursussen.

6. Toegang tot de cursussen van het gevorderde niveau (niveau 3) van de opleiding heeft de student

die van de keuzeonderdelen van de opleiding op verdiepend niveau (niveau 2) onderdelen met een studielast van ten minste 15 studiepunten heeft behaald.

7. Toegang tot de cursussen Afstudeeropdracht (scriptiecursus) en Onderzoeksproject heeft de student die ten minste 120 studiepunten van de major van de opleiding heeft afgerond met een voldoende eindcijfer, waarvan het verplichte deel van de major (45 studiepunten) geheel moet zijn behaald.

8. Vanwege gewetensbezwaren kan de student verzoeken dat de verplichte dissectiepractica van de cursus Biologie van dieren (niveau 1) worden vervangen door een andere opdracht.

9. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren met dissectie is verplicht voor alle cursussen van niveau 2 en 3 met practica waarbij gebruik wordt gemaakt van dieren.

10. Onverminderd het bepaalde in het eerste lid wordt in de Universitaire Onderwijscatalogus (en de studiegids) bij elke cursus aangegeven welke voorkennis vereist is om daaraan met goed gevolg te kunnen deelnemen. De cursuscoördinator is verantwoordelijk voor het bepalen van het niveau

van de student.

art. 6.7 – Toegang tot masteropleiding Masteropleidingen kunnen individuele selectie toepassen voor toelating. Zie hiervoor de Onderwijs- en Examenregelingen van de betreffende masteropleidingen.

art. 7.4- (bindend) studieadvies

1. In het jaar van zijn eerste inschrijving ontvangt de student uiterlijk op 31 januari een schriftelijk

studieadvies over de voortzetting van zijn opleiding. 2. Dit pre-advies, dat gebaseerd is op de op dat moment geregistreerde studieresultaten van het

eerste semester, is niet bindend maar geeft een waarschuwing bij onvoldoende studievoortgang,

13 Het honoursprogramma omvat tenminste zes onderdelen van 7,5 studiepunten, waarvan minimaal 15

studiepunten voor een honoursthesis 14

www.uu.nl/sciencehonours

197

zodat de student nog de gelegenheid heeft om zijn prestaties te verbeteren:

a. wanneer de student 0 studiepunten heeft behaald na de eerste periode, krijgt de student een negatief advies.

b. indien de student 7,5 studiepunten heeft behaald, krijgt de student een twijfeladvies. 3. De studenten die een negatief of twijfeladvies als bedoeld in lid 2 krijgen, worden uitgenodigd

voor een gesprek met als doel het bespreken van de studiemethode, een heroverweging van de studiekeuze en een eventuele verwijzing.

4. In de maand juli nadat de aanvullende toetsing van periode 3 en de eindresultaten van de

cursussen in periode 4 bekend zijn, ontvangt de student een tweede schriftelijk advies over de voortzetting van zijn opleiding. Onverminderd het bepaalde in lid 9, 10 en 11 (zie hoofdtekst) wordt aan dit studieadvies een afwijzing met een bindend karakter verbonden, indien de student minder dan 45 studiepunten heeft behaald. De afwijzing geldt gedurende een termijn van vier studiejaren.

5. Bij het vaststellen van het aantal behaalde studiepunten als bedoeld in lid 2 en lid 4 tellen alle

in het eerste jaar behaalde studiepunten mee. De studiepunten van verworven vrijstellingen en de resultaten van behaalde deeltoetsen tellen niet mee.

art. 8.4- Overgangsregeling In afwijking op overzicht 3: Voor studenten die voor 1 september 2010 zijn gestart met de opleiding geldt dat de Keuzeonderdelen Profileringsruimte opgenomen mogen worden in de Keuzeonderdelen

Major (uit overzicht 2). Voor studenten die vóór 1 september 2013 zijn gestart met de opleiding geldt dat zij 67,5 EC verplichte vakken op niveau 1 en 2 moeten doen, 60 EC aan niveau 1 vakken en 7,5 EC voor Biostatistiek, hierbij is niet de verplichte bachelor thesis op niveau 3 inbegrepen. Met ingang van 1 september 2013 zijn 45 EC aan vakken op niveau 1 verplicht (zie overzicht 1), niet inbegrepen de verplichte bachelor thesis op niveau 3. Voor recidivisten van het curriculum vóór 1 september 2013 wordt een herkansings- en overgangsregeling vastgesteld.

Overzicht 1. Verplichte onderdelen Major Biologie Verplichte onderdelen Major Biologie

niveau cursus code cursus EC

1 B-B1DIER05 Biologie van dieren 7,5

1 B-B1EVBI09 Evolutie en biodiversiteit 7,5

1 B-B1MB05 Moleculaire biologie 7,5

1 B-B1BEP13 Biologie en ecologie van planten 7,5

1 B-B1EXST13 Experiment en statistiek 7,5

1 B-B1SYSB09 Systeembiologie 7,5

3 3

B-B3AFST05 B-B3ONSCR -ONST

Afstudeeropdracht (Bachelor scriptie) of: Onderzoeksproject

7,5 15

Overzicht 2. Keuzeonderdelen Major Biologie

Keuzeonderdelen Major Biologie

niveau cursus code cursus EC

1 B-B1BIOT09 Biotechnologie 7,5

1 B-B1ECO09 Ecologie 7,5

1 B-B1MAWE13 Mariene wetenschappen I 7,5

2 BETA-B2BBB Bèta in bedrijf en beleid 7,5

2 B-B2BIW13 Biologie in het werkveld 7,5

2 B-B2CEL09 De Cel 7,5

2 B-B2EVO09 Evolutie 2 7,5

2 B-B2GEBI05 Gedragsbiologie 7,5

2 B-B2GEOB Gedragsobservaties 7,5

2 B-B2GKA05 Gentherapie, kanker en aids 7,5

2 B-B2MAWE14 Mariene wetenschappen II 7,5

2 B-B2META09 Metabolisme 7,5

2 B-B2MINT10 Microbiële interacties 7,5

2 B-B2MGOT14 Moleculair genetische onderzoekstechnieken 7,5

2 B-B2NADU11 Natuurbehoud, duurzaamheid en plantendiversiteit 7,5

198

Keuzeonderdelen Major Biologie (vervolg)

2 B-B2NEUR10 Neurobiologie 7,5

2 B-B2OBI07 Ontwikkelingsbiologie 7,5

2 BETA-B2OOP Oriëntatie op de onderwijspraktijk 7,5

2 B-B2PALE09 Paleoecologie 7,5

2 B-B2PLFY09 Plantenfysiologie 7,5

2 B-B-2THEC05 Theoretische ecologie 7,5

2 B-B2VSR Voortgezette statistiek en R 7,5

2 BETA-B2WTC Wetenschaps- en techniekcommunicatie 7,5

3 B-B3AQEC05 Aquatische ecologie 7,5

3 B-B3BILA10 Biodiversiteit en landschap 15

3 B-B3BETH05 Bio-ethiek 7,5

3 B-B3BMBC13 Biolog. mechanismen in een ‘Biobased’ economie 7,5

3 B-B3CEWE Cellen en weefsels 7,5

3 B-B3CEG05 Cognitie en gedrag 7,5

3 B-B3COMB10 Computationele biologie 7,5

3 B-B3DIDA14 Didactiek 7,5

3 B-B3ENDO10 Endocrinologie 7,5

3 B-B3EUKA09 Eukaryote microbiologie 7,5

3 B-B3EVO14 Evolutie 3: co-evolutie in theorie en praktijk 7,5

3 B-B3GECO09 Gedragsecologie 7,5

3 B-B3GENB09 Genoombiologie 7,5

3 B-B3GESB05 Geschiedenis en wijsbegeerte van de biologie 7,5

3 B-B3IMMB09 Immunobiologie 7,5

3 B-B3MSCI05 Mariene wetenschappen III 7,5

3 B-B3MIECO Microbiële ecologie 7,5

3 B-B3ENVCH Milieuveranderingen door de tijd 7,5

3 B-B3MCBE Moleculaire en cellulaire biologie experimenteel 7,5

3 B-B3MCBT Moleculaire en cellulaire biologie theoretisch 7,5

3 B-B3MCNE Moleculaire en cellul. neurobiologie experimenteel 7,5

3 B-B3MCNT Moleculaire en cellul. neurobiologie theoretisch 7,5

3 B-B3OBG05 Ontwikkelingsbiologie en genetica 7,5

3 B-B3PLAA05 Planten, adaptatie en afweer 7,5

3 BETA-B3WTS Stage wetenschaps- en techniekcommunicatie 7,5

3 B-B3TOX10 Toxicologie 7,5

3 B-BTREK11 Tropische ecosystemen en klimaat 7,5

3 B-B3WEAD09 Wetenschapper in advies 7,5

3 B-B3WBEL09 Wetenschapper in beleid 7,5

Bij de keuze gelden de volgende regels:

1) op niveau 2 moet voor ten minste 15 studiepunten aan keuzecursussen worden gekozen; 2) op niveau 3 moet voor ten minste 30 studiepunten aan keuzecursussen worden gekozen.

199

Overzicht 3. Verplichte onderdelen Molecular Life Sciences

Verplichte onderdelen Molecular Life Sciences

A cursussen op niveau 1 (inleidend)

cursus code cursus EC

B-B1FUN14 Functionele biologie 7,5

B-B1MOL14 Moleculaire celbiologie 7,5

SK-B1BIOC Bio-organische chemie 7,5

SK-B1BIFC Biofysische chemie 7,5

SK-BSPAN Spectroscopie en analyse 7,5

SK-BBICH Biomoleculaire chemie

B cursussen op niveau 2 (verdiepend)

cursus code cursus EC

SK-B2MBBT Moleculair biologische en biochemische technieken 7,5

C cursussen op niveau 3 (gevorderd)

cursus code cursus EC

B-B3CEWE Cellen en weefsels 7,5

SK-BTHESIS/B-B3THESIS

Bachelorthesis 15

Overzicht 4. Keuzeonderdelen Molecular Life Sciences

Keuzeonderdelen Molecular Life Sciences

A cursussen op niveau 1 (inleidend)

cursus code cursus EC

B-B1BIOT09 Biotechnologie 7,5

B-B1SYSB09 Systeembiologie 7,5

FA-200 Geneesmiddel binding en werking 7,5

SK-BKWAN Kwantumchemie en anorganische chemie 7,5

SK-BWSNK2 Wis- en natuurkunde 2 7,5

B cursussen op niveau 2 (verdiepend)

cursus code cursus EC

B-B2EVO09 Evolutie 7,5

B-B2GKA05 Gentherapie, kanker, aids 7,5

B-B2MINT10 Microbiële interacties 7,5

B-B2NEUR10 Neurobiologie 7,5

B-B2THEC05 Theoretische ecologie 7,5

FA-206 Infecties 7,5

SK-B2MSPR Mass Spectrometry: fundamentals and applications in Proteomics, Metabolomics and Structural Biology

7,5

SK-B2MEME Membranen en membraaneiwitten 7,5

SK-B2NMRM NMR-spectroscopie en molecular modelling 7,5

SK-BORC13 Organische chemie 2 (theorie en praktijk) 7,5

SK-B2RDEM Röntgendiffractie en Elektronenmicroscopie 7,5

SK-BREPR Researchproject 7,5

SK-BWS2-13 Wiskunde 2 7,5

200

C cursussen op niveau 3 (gevorderd)

cursus code cursus EC

B-B3COMB10 Computationele biologie 7,5

B-B3EUKA09 Eukaryote microbiologie 7,5

B-B3IMMB09 Immunobiologie 7,5

B-B3MCB05 Moleculaire en cellulaire biologie 7,5

B-B3OCEP05 Oriëntatie op de communicatieve en educatieve praktijk 7,5

B-B3WBEL09 Wetenschapper in beleid 7,5

B-B3OBG05 Ontwikkelingsbiologie en genetica 7,5

FA-303 Farmacologie van het centraal zenuwstels 7,5

FA-305 Biotechnologie 7,5

FA307 Ontwikkelen nieuwe geneesmiddelen 7,5

FA-328 Natural Product Research 7,5

SK-BMECH08 Geneesmiddelchemie 7,5

SK-BORC3 Organische chemie 3 7,5

SK-B3PRFO Protein Folding 7,5

SK-BVIZI Virusses 7,5

SK-B3TOYM Toy Models 7,5

Practica (aanvulling art. 3.1.3) Vrijwel elke cursus bestaat geheel of gedeeltelijk uit praktische oefeningen. De omvang en aard van de praktische oefeningen staan vermeld bij de cursusbeschrijvingen in de studiegids en in de

Universitaire Onderwijscatalogus.

Cursussen met beperkte capaciteit (aanvulling art. 4.5) Vrijwel elke cursus heeft vanwege de opgenomen praktische oefeningen een beperkte capaciteit. Het maximaal toelaatbare aantal studenten staat vermeld bij de cursusbeschrijvingen in de Universitaire Onderwijscatalogus en in de studiegids.

Bijlage H Gelijkwaardige vooropleidingen

NEDERLAND: vwo-diploma ‘oude stijl’ op basis van vakkenpakket, vwo-diploma op basis van ‘oude profielen’ (vwo-eindexamen afgelegd krachtens de in de Wet

voortgezet onderwijs geregelde voorschriften zoals luidend tot en met 31 juli 2007), gymnasium diploma afgegeven krachtens de Hoger Onderwijswet 1876, hbs-diploma afgegeven krachtens de Middelbaar Onderwijswet. Einddiploma hoger beroepsonderwijs van opleidingen die onder ministerie van VWS (Volksgezondheid, Welzijn Sport, voorheen WVC: Welzijn, Volksgezondheid en Cultuur, genaamd) vallen. Het betreft hier de volgende opleidingen:

Einddiploma verloskundige (afgegeven door bijvoorbeeld de Stichting Kweekschool voor Vroedvrouwen te Amsterdam, de Vroedvrouwenschool Kerkrade uitgaande van de Rooms-Katholieke Stichting Moederschapszorg te Kerkrade of de Stichting Rotterdamse Opleiding tot Verloskundige te Rotterdam);

Einddiploma operatie-assistent. Tot 1 januari 1997 betrof het ook nog de volgende opleidingen:

Orthoptie (Nederlandse Academie voor Orthoptie aan de faculteit gezondheidszorg van de Hogeschool Midden-Nederland te Utrecht);

Mondhygiëne (de Academie voor Mondhygiëne aan de faculteit gezondheidszorg van de Hogeschool Midden-Nederland te Utrecht, de Stichting Opleiding Mondhygiënisten te Amsterdam, de Opleiding tot Mondhygiënist te Nijmegen);

Oefentherapeut-Mensendieck (Stichting tot opleiding van oefentherapeuten-Mensendieck te Amsterdam);

Bewegingstherapie Cesar (Stichting Opleiding Bewegingstherapie Cesar te Den Dolder) Podotherapie (Hogeschool Eindhoven te Eindhoven).

201

Einddiploma hoger beroepsonderwijs op gebied van cultuur:

Einddiploma Rijksacademie voor Beeldende Kunst te Amsterdam; Einddiploma Jan van Eyk-academie te Maastricht; Einddiploma Opleiding Restauratoren te Amsterdam; Einddiploma KMA/ KIM (defensie); Diploma Hoger bestuursambtenaar.

INTERNATIONAAL BACCALAUREAAT Getuigschrift van het Diploma van het internationale baccalaureaat verstrekt door het International Baccalaureate Office te Genève.

SURINAME getuigschrift Voorbereidend Wetenschappelijk Onderwijs.