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Galaxy Workshop Tokyo 2016

Community Galaxy の紹介

ライフサイエンス統合データベースセンター大田達郎


Galaxyとは

■“Galaxyは医学生物学分野のデータ解析のための、自由に利用できるウェブベースのプラットフォームです。無料の公開サーバでも自身のPCでも、解析を実行、再実行、共有することができます” (https://galaxyproject.org/)


Galaxyでできること

■ブラウザの操作だけでデータ解析ができます

■プログラミングの知識は必要ありません

■ワークフローの管理や再実行、結果の共有が簡単です


なぜ Galaxy を使うの？

■一度動かした処理をもう一度動かすのが得意

■たくさんのサンプルに定型処理を行う

■解析の結果を管理するのが楽

■複数人での共同研究でも効率がいい

■


なぜ Galaxy を使うの？

■一度動かした処理をもう一度動かすのが得意

■解析の度に準備をしなくていい

■解析の再現性が高まる！


「データ解析」の再現性

■ツールが変わると解析結果が変わってしまう

■アルゴリズムが変わってマッピングが変わる

■内部の統計手法が変わって結果が変わる

■Galaxy がカバーしてくれる！

Computer

OS

Galaxy

FastQC TopHat Cufflinks

Computer

OS

Galaxy


≠


「データ解析環境」の再現性

■環境が変わるとツールが動かなくなることがある

■ライブラリやツールの依存関係が壊れてしまう

■そもそもマシンが起動しなくなる

■Galaxyだけでは解決できない問題

Computer

OS

Galaxy


Computer

OS

Galaxy

FastQC CufflinksTopHat��


解決策: Community Galaxy

■必要なものをパッケージングしてしまう

■OSをVirtual Machine, ツールをDockerで

Computer

OS

Galaxy


Computer

OS

Galaxy



Community Galaxy のご利益

■Galaxy の維持管理の手間が減る

■どこでも動く＝解析プロトコルを共有できる

■共有ワークフローがどんどん増える


Galaxy Community Meetup

■都内近郊で毎月開催

■Community Galaxy やツール、ワークフローの共有


今日のワークショップのねらい

■Galaxy の紹介（午前のハンズオン）

■データ解析にGalaxyを使ってみよう

■Community Galaxy 共有ワークフローの紹介

■共有されたワークフローを使ってみよう

■自分のワークフローを共有しよう


なんでも相談室 @ 隣の教室

■なんでも相談を受けます

■15:20 〜 16:20 => サーバなどの相談

■16:30 〜 17:15 => ワークフローの相談

■お悩みの例

■ハンズオンの続きをやりたい

■このPCでVMは動きますか？

■どうやって勉強すればいい？


Q ＆ A

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Documents

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