MIMI  

Het grote  genoom van het mimivirus stelt het in staat zijn eigen eiwitten aan te makenNews Published online: 14 October 2004; | doi:10.1038/ Giant virus qualifies as 'living organism'Mark Peplow 

http://discovermagazine.com/2006/mar/unintelligent-designhttp://ribonucleicacids.blogspot.com/2006/02/mimivirus.html http://keatstelescope.blogspot.com/2006/02/mimiviruses-different-kind-of-life.htmlhttp://en.wikipedia.org/wiki/Mimivirus http://www.sciencemag.org/cgi/content/short/1101485v1http://www.sciencemag.org/cgi/reprint/308/5725/1114a.pdfhttp://www.sciencemag.org/cgi/reprint/308/5725/1114b.pdf  

Het  genoom van het  grootste  virus ter wereld  is   ontrafeld  :___ het virus kreeg  het  lab-koosnaampje "Mimi"  :" : Officieel is mimi de afkorting  voor  "mimicking microbe."  zegt   onderzoeker Didier Raoult. "... maar mijn vader , ook een wetenschapper , vertelde me ooit het  zelfsverzonnen sprookje voor het slapengaan  over  "mimi l'amoebe' De naam is ook ter zijner nagedachtenis ... "____In een  zopas verschenen artikel in science ( 1 ), zeggen de  Franse wetenschappers die het onderzoek deden dat "Mimi, in tegenstelling tot  andere virussen , wel degelijk "echt" levend  is ... " Het virus genoom lijkt ook de sleutels te bevatten die de evolutie die leide  tot de  eerste "cellen met DNA-nucleus" , kunnen verklarenSinds de 60-tiger jaren van vorige eeuw argumenteren wetenschappers over de vraag of  " virussen  levende organismen zijn, of een bundel grote biochemische  moleculen op basis van C/N ...chemie  "

Virussen ( micro agens  die niet door de bacteriefilters kunnen worden uitgezift ) zijn gewoonlijk kleiner en simpeler dan de bacteria zijn lange tijd beschouwd als  "naakte genen " ;maar ze   bestaan eigenlijk uit toch wat meer : enkel wat genetisch materiaal , omhuld door een   eiwitlaagje ( capsule/coat )  Een virus MOET de biologische replikatie machinerie van een " echt levend "  orgnanisme  kapen ; het doet dat door zijn genetisch materiaal  in de gastcel  te injekteren

Bakteria , in kontrast met de virussen , bezitten  en  onderhouden alle noodzakelijke  inrichtingen / programma's en informatie   om zich zelfstandig te vermenigvuldigen : ze zijn dan ook per definitie "levend " . " Alhoewel het alle kenmerken van een virus heeft , is het mimi-virus  ; complexer dan de doorsnee  virus "zegt   Jean-Michel Claverie,  bioloog  aan het  Institut de Biologie Structurale et  Microbiologie ,  Marseilles, France , __ en lid van het team dat de sequencing inspanning  deed .... " ... Als men zich  virussen voorstelt als  het automerken-modellen  aanbod  op de markt ; dan is MIMI een auto , maar dan wel een luxe-model en uitgerust met de meeste acessoires en de verst gevorderde technologieen  en snufjes ... " het  Mimi  DNA -virus lijkt op een nieuwe vorm van  parasitair leven  "Mimi draagt 50 genen ( van de 1260( ? )  aanwezige ) waarvan  nu al zeker  is geweten dat  die dingen doen , nog nooit eerder gezien in een virus . Het  bestudeerde Mimivirus  kan ongeveer 150 eiwitten zelf aanmaken  samen met de nodige chemische " chaperonnes "om de  juiste "opvouwprocedures " te gebruiken bij de  stereochemische opbouw van die proteinen .... Het kan zelfs het eigen DNA repareren wanneer dat beschadigd  word , en dat allemaal in tegenstelling tot andere " normalere " virussen 

Ter Vergelijking ; Het  "kleinste "tot nu toe gekende bacterieel  genoom  ( en  kleinste  organisme  in staat tot zelfstandige  replicatie )   zie ookMinimal genomic  set ....http://www.cogs.susx.ac.uk/users/ctf20/dphil_2005/CSNs.htm The Core Genome  (2011)http://sandwalk.blogspot.com/2011/10/core-genome.html

Essential genes  in Bacillus subtilis http://www.cogs.susx.ac.uk/users/ctf20/dphil_2005/CSNs/Minimal%20Genome/4678.pdf

Mycoplasma genitalium ---->

" ..... When the entire 580,000-unit DNA sequence was completed, this free-living microbe was discovered to have only 470 genes that code for proteins.... ) 

  

   http://www.er.doe.gov/Accomplishments_Awards/Decades_Discovery/77.html evodisku  - Synthetic life evodisku  - Het gelijk van Darwin evodisku  - CREATIONISME en EVOLUTIONISME Mycoplasma -   Mycoplasma GenitaliumFreethinker • Toon onderwerp - Virussen versus evolutie/creatie't Groot Skepptisch Discussieforum' • Toon onderwerp - Zijn   ...  

Genetic map of Mycoplasma genitalium

 

Virussen gebruiken ofwel DNA ofwel RNA ( retro-virussen ) om hun informatie vast te houden en te gebruiken als "smetstof"   ; mimi bezit en gebruikt beiden ...

" we hebben hier een echt  organisme, Er is DNA , RNA  en een grote hoeveelheid eiwitten aanwezig  " zegt Didier Raoult,een  leidend lid van het team ...   

Monster virusMimi werd ontdekt  in 1992 door de Britse microbioloog  Tom Rowbotham  tijdens een  onderzoek naar  amoeba  levend  in het water van een koeltoren te Bradford( engeland ) , waarvan werd vermoed dat het de bron was van een influenza  uitbarsting   in de wijde omgeving ....Amoeba leven in koelwater en in air-conditioning systemen , ze voeden zich met "kiemen" waaronder pathogenen als  Legionella en  Chlamydia pneumoniae  Deze laatste  kan  ademhalingsziekten veroorzaken Raoult ontdekte dat  sommige pneumonia patienten antistoffen  bezaten  tegen het  MIMI -virus ... Opvolgings- onderzoek  toonde aan dat het hier ging om een echt viraal " monster"  van  800 nanometer doorsnede , ongeveer viermaal zo groot als het pokken virus ...  De nieuwe studie toont aan dat het genoom bestaat uit   1.2 millioen bases-opeenvolgingen :  dat is meer dan wat in sommige bacterieen aanwezig is en maakt het verscheidene keren groter dan de grootste  DNA virussen .... De nucleotide -basen  zijn gewonden  tot  1,260 genen( een enorm aantal  voor een virus) ,waardoor het virus even  complex wordt als sommmige bacteria Het virus is zo groot dat de eerste onderzoekers dachten met een bacterie te doen te hebben ... De meeste virussen zijn slechts zichtbaar met  elektronen -microscopen , maar dit virus kon worden ontdekt met een hoogwaardig  optisch microscoop

  Didier Raoult ( Marseille) kon geen specifieke bacterie genen detekteren .... . Het team vergeleek het met andere  grote virussen zoals het pokken virus waarmee het "misschien " verwant is . 

Het virus  vormde de eerste van een volledig nieuw "ontdekte"  ( lees -->  speciaal benoemde )  virus familie : de Mimiviridae Dat dient echter nog verder te worden  bevestigd (2004)...  De oude theorie dat virussen waarschijnlijk " gedegenereerde " bacterieen zijn , komt hiermee  echter  verder op de helling te staan ... zeker wanneer men in rekening brengt dat veel virussen ook "nieuwe" ( non-bacterieele ) genen bevatten ( wat dan weer werd verklaard door het idee dat de  stamouders van die degenerees ondertussen "uitgestorven " waren ... )

Bovendien , bevat  viraal DNA dikwijls erg veel "junk" en "onzin"  sequencen , genetisch materiaal zonder enige nuttige functie (ballast ?  )Mimi, echter is erg proper erg gemeen er erg  efficient en erg succesvol ; meer dan 90 n 90%  van zijn   DNA doet iets  specifieks . Omdat Mimi , genen bevat die iets te maken hebben met replicatie , is dit misschien de reden van zijn groter verspreiding-succes , zegt  Anne Bridgen, virologiste van de   University of Ulster, Northern Ireland. "Ik heb nog nooit van virussen gehoord die coderen zoals dit ding doet "zei ze  

LevenslijnenAlhoewel biologen het levende soms verdelen in drie aparte categorieen ( zie Carl Woese ) is er genoeg materiaal over Mimi om een vierde tak vanfundamenteel leven aan de basis van de levensboom  toe te voegen ... ---> Bacteria zijn  de primitiefste tak omdat ze een "echte "  kern missen ( wél een chromosoom ) om hun genetische  basisinfo  te bewaren   ---> Archaea  lijken daar erg op , maar lijken apart geevolueerd , omdat ze een ander soort  ongebruikelijk celmembraan bezitten .---> Alle andere levende dingen zijn eukaryoten ; in het bezit van cellen ( of één cel )  met een kern Mimi bezit  zeven  genen die gemeenschappelijk zijn in alle leven , waardoor het bewijst verwant te zijn aan  alle andere levensvormen  zegt Raoult en als  .... "echt" leven kan worden  bestempeld . Bridgen draait ( voorzichtig ? ) meer rond de pot  ; "zeggen dat dit virus de vertegenwoordiger is van een vierde categorie van leven , is een overhaaste  conclusie maar het kan misschien wel suggereren dat een drie kategorieen -systeem wel wat simplistisch is  ... " , 

"LIVING  TRANSITIONNAL"  of  " ENDOSYMBIONTE  PARTNER " ? Enkele wetenschappers  hebben geopperd dat eukaryoten oorspronkelijk onstonden uit de endosymbiotische samensmelting  van een virus en een bacterieë of meerdere bacterieen  ... Bacteria  kunnen de ribosomen hebben geleverd ( de proteine-fabrieken van de cell ) en de virussen zouden hun materiaal hebben geinjecteerd in endosymbionte cellen bestaande uit een samenwerking tussen verschillende bacterieen , waardoor ze eigenlijk een proto-kern vormden ... Een veel gehoord bezwaar tegen deze hypothese is dat  virussen over het algemeen de  sleutel-genen van de eukaryoten missen ...

Maar het mimi genoom bezit ze wel , waardoor dus ondersteuning van de theorie weer mogelijk wordt ... zegt  Raoult. Het team probeert nu andere  reuze virussen  op te sporen ,en zijn ook  druk bezig met  exact uit te zoeken hoe en waar en waarvoor  ,  Mimi  het aanwezige  genen-kapitaal allemaal  gebruikt ....  Referenties(1) Raoult D., et al. Science, published online, doi:10.1126/science.1101485 (2004). (2) La Scola B., et al. Science, 299. 2033 (2003).

 

LINKS 

http://www.virologyj.com/content/2/1/8A new example of viral intein in MimivirusHiroyuki Ogata1 , Didier Raoult  and Jean-Michel Claverie1 2005 Ogata et al; licensee BioMed Central Ltd.This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License http://creativecommons.org/licenses/by/2.0,which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.  

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=15486256

 

  

Figure 1. Mimivirus branching in the Tree of Life. None of the genes used to generate this tree exhibited evidence of recent lateral transfer.

Mimivirus Data/Analysis center

Mimivirus genome map  [Now interactive] Comprehensive Mimivirus gene phylogenies Mimivirus complete genome sequence  (1,181,404 nt - Fasta format) Mimivirus ORFeome  (911 ORFs, - Fasta format) Mimivirus URFeome  (347 URFs, - Fasta format) Mimivirus ORFs  (911 ORFs, nt, - Fasta format) Mimivirus URFs (347 URFs, nt, - Fasta format) Mimivirus Phylogenetic profiling Mimivirus Blast search (genome & proteome) Comprehensive double-stranded DNA virus genome Blast search (nt) Target list for ongoing X-ray crystallography 3D-structure determination [in construction] Mimivirus picture gallery

Mimivirus picture gallery(Credits and Copyright: Prof. Didier Raoult, Rickettsia Laboratory, La Timone, Marseille, France)

Mimivirus vs a mycoplasma cell (U. urealyticum) Mimivirus particle infecting an ameoba Mimivirus particle infecting an ameoba (close up) Isolated particle-1 Isolated particle-2 Isolated particle-3 Particle assembly around the amoeba nucleus Particle productions in an amoeba

 

 

 

Home | Credits | Giant Virus data/analysis Center | News | Top 100 largest viral genomes | Bibliography | Links |Contribute

Top 100 largest viral genome sequencesVirus Length Segm Protein Date Nbrs NC Id

1 Mimivirus 1181404 1 911 4/11/04 - NC_0064502 Bacillus phage G 497513 1 682 - - -3 E. huxleyi virus86 407339 1 472 - - Sanger FTP4 Canarypox virus 359853 1 328 1/03/04 - NC_0053095 Ectocarpus siliculosus virus 335593 1 240 2/27/01 - NC_0026876 Paramecium bursaria Chlorella virus 1 330743 1 690 2/06/96 - NC_0008527 Shrimp white spot syndrome virus 305107 1 531 1/20/01 2 NC_0032258 Fowlpox virus 288539 1 261 3/06/02 1 NC_0021889 Pseudomonas phage phiKZ 280334 1 306 3/21/03 - NC_00462910 Bacteriophage KVP40 244835 1 381 9/03/03 - NC_00508311 Pongine herpesvirus 4 241087 1 165 4/02/02 - NC_00352112 Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus 236120 1 267 2/23/98 - NC_00199313 Human herpesvirus 5 strain Merlin 235645 1 165 9/16/04 2 NC_00627314 Bacteriophage Aeh1 233234 1 352 2/03/03 - NC_00526015 Amsacta moorei entomopoxvirus 232392 1 294 3/07/02 - NC_00252016 Human herpesvirus 5 strain AD169 230287 1 151 3/07/90 2 NC_00134717 Murid herpesvirus 1 230278 1 0 1/27/96 - NC_00406518 Murid herpesvirus 2 230138 1 167 8/14/00 - NC_00251219 Heliothis zea virus 1 228089 1 154 6/01/02 - NC_00415620 Cowpox virus 224499 1 233 5/19/03 1 NC_00366321 Cercopithecine herpesvirus 8 221454 1 223 8/26/04 - NC_00615022 Invertebrate iridescent virus 6 212482 1 468 0/04/94 - NC_00303823 Ectromelia virus 209771 1 173 5/31/97 - NC_00410524 Ostreid herpesvirus 1 207439 1 127 6/14/04 - NC_00588125 Camelpox virus 205719 1 211 2/04/02 1 NC_00339126 Rabbitpox virus 197731 1 184 4/17/04 - NC_00585827 Monkeypox virus 196858 1 191 2/12/01 - NC_00331028 Tupaiid herpesvirus 1 195859 1 158 3/11/02 - NC_00279429 Vaccinia virus 191737 1 273 8/03/93 4 NC_00155930 Molluscum contagiosum virus 190289 1 163 8/15/96 - NC_00173131 Lymphocystis disease virus - isolate China 186250 1 239 6/17/04 - NC_00590232 Variola virus 185578 1 197 5/04/93 2 NC_00161133 Equid herpesvirus 2 184427 1 79 3/07/95 - NC_00165034 Xestia c-nigrum granulovirus 178733 1 181 6/07/00 - NC_00233135 Gallid herpesvirus 2 174077 1 109 5/02/00 2 NC_00222936 Bacteriophage 44RR2.8t 173591 1 252 10/11/03 - NC_00513537 Human herpesvirus 4 172281 1 94 2/18/03 2 NC_00134538 Cercopithecine herpesvirus 15 171096 1 80 8/24/04 - NC_00614639 African swine fever virus 170101 1 151 1/12/04 - NC_00165940 Enterobacteria phage T4 168903 1 278 7/05/99 - NC_00086641 Enterobacteria phage RB69 167560 1 273 7/07/03 - NC_00492842 Gallid herpesvirus 3 164270 1 100 10/12/00 - NC_00257743 Enterobacteria phage RB49 164018 1 274 8/13/03 - NC_00506644 Psittacid herpesvirus 1 163025 1 73 2/03/03 - NC_00526445 Human herpesvirus 6B 162114 1 104 3/08/02 1 NC_00089846 Myxoma virus 161773 1 170 2/04/99 - NC_00113247 Lymantria dispar nucleopolyhedrovirus 161046 1 164 1/03/98 - NC_00197348 Rabbit fibroma virus 159857 1 165 2/15/99 - NC_00126649 Human herpesvirus 6 159321 1 123 6/05/95 - NC_00166450 Meleagrid herpesvirus 1 159160 1 101 3/07/02 - NC_00264151 Mamestra configurata nucleopolyhedrovirus B 158482 1 167 8/25/02 - NC_00411752 Cercopithecine herpesvirus 1 156789 1 75 5/22/03 - NC_00481253 Mycobacteriophage Bxz1 156102 1 225 4/05/03 - NC_00468754 Mamestra configurata nucleopolyhedrovirus A 155060 1 169 4/05/02 1 NC_00352955 Human herpesvirus 2 154746 1 77 2/27/97 - NC_00179856 Human herpesvirus 7 153080 1 86 9/03/04 1 NC_00171657 Human herpesvirus 1 152261 1 77 4/03/90 - NC_00180658 Lumpy skin disease virus 150773 1 156 8/13/01 2 NC_00302759 Equid herpesvirus 1 150224 1 80 7/15/04 1 NC_00149160 Sheeppox virus 149955 1 148 6/20/02 2 NC_00400261 Callitrichine herpesvirus 3 149696 1 72 1/14/02 - NC_00436762 Goatpox virus 149599 1 0 6/05/02 1 NC_00400363 Swinepox virus 146454 1 150 1/31/02 - NC_00338964 Equid herpesvirus 4 145597 1 79 1/12/97 - NC_00184465 Yaba-like disease virus 144575 1 152 1/06/01 - NC_00264266 Suid herpesvirus 1 143461 1 77 8/26/04 - NC_00615167 Orf virus 139962 1 130 1/21/04 1 NC_00533668 Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus 139342 1 141 9/11/01 - NC_00310269 Bovine herpesvirus 5 138390 1 73 1/09/04 - NC_00526170 Human herpesvirus 8 137508 1 82 2/11/96 - NC_00340971 Spodoptera exigua nucleopolyhedrovirus 135611 1 139 2/11/00 - NC_00216972 Bovine herpesvirus 1 135301 1 73 1/25/97 - NC_00184773 Yaba monkey tumor virus 134721 1 140 1/08/03 - NC_00517974 Bovine papular stomatitis virus 134431 1 131 1/21/04 - NC_00533775 Bacteriophage SPBc2 134416 1 185 4/06/98 - NC_00188476 Ictalurid herpesvirus 1 134226 1 92 8/02/93 - NC_00149377 Autographa californica nucleopolyhedrovirus 133894 1 156 3/08/99 - NC_00162378 Cercopithecine herpesvirus 17 133719 1 89 3/24/99 1 NC_003401

79 Orgyia pseudotsugata multicapsid nucleopolyhedrovirus 131995 1 152 3/27/97 - NC_00187580 Agrotis segetum granulovirus 131680 1 132 4/09/04 - NC_00583981 Rachiplusia ou multiple nucleopolyhedrovirus 131526 1 149 10/02/02 - NC_00432382 Helicoverpa armigera nucleopolyhedrovirus G4 131403 1 136 3/07/02 - NC_00265483 Choristoneura fumiferana defective nucleopolyhedrovirus 131158 1 149 0/11/03 - NC_00513784 Helicoverpa zea single nucleocapsid nucleopolyhedrovirus 130869 1 139 1/01/02 - NC_00334985 Helicoverpa armigera nuclear polyhedrosis virus 130759 1 137 8/13/04 - NC_00309486 Alcelaphine herpesvirus 1 130608 1 71 8/21/97 - NC_00253187 Bacteriophage RM 378 129908 1 146 4/22/03 - NC_00473588 Choristoneura fumiferana MNPV 129609 1 146 5/28/04 - NC_00477889 Bombyx mori nucleopolyhedrovirus 128413 1 143 0/14/98 - NC_00196290 Human herpesvirus 3 124884 1 73 9/19/87 4 NC_00134891 Cercopithecine herpesvirus 9 124138 1 72 10/28/00 - NC_00268692 Cydia pomonella granulovirus 123500 1 143 4/02/01 - NC_00281693 Bacteriophage T5 121750 1 162 4/17/04 1 NC_00585994 Murid herpesvirus 4 119450 1 81 8/12/97 1 NC_00182695 Phthorimaea operculella granulovirus 119217 1 130 7/01/02 - NC_00406296 Epiphyas postvittana nucleopolyhedrovirus 118584 1 136 8/19/01 - NC_00308397 Adoxophyes honmai nucleopolyhedrovirus 113220 1 125 4/05/03 - NC_00469098 Saimiriine herpesvirus 2 112930 1 76 7/27/92 1 NC_00135099 Infectious spleen and kidney necrosis virus 111362 1 125 3/28/02 - NC_003494100 Cryptophlebia leucotreta granulovirus 110907 1 128 8/13/03 - NC_005068

All the virology on the web     The big book of viruses   Christian Beuret's Virology pages (Spiez, Switzerland)     The virus genome resource at NCBI  The Microbiology Information portal   American Society for Virology  Look into the Poxvirus Bioinformatics Resource center for known and incoming large pox virus genomes  Viral Proteins Phylogenetic Profiling  

Virussen zijn door wetenschappers vaak als 'laatkomers' gezien, in de evolutionaire tak van het leven. Een nieuw artikel in het tijdschrift Discover, beschrijft hoe we deze rol van virussen in het evolutionaire plaatje van het begin van leven wellicht moeten herzien, Een interessant stukje tekst, waarbij de discussie "is een virus nou iets levends of niet?" ook belangrijk is. Het artikel bevat ook een kleine historische introductie over de ontdekking van virussen in het algemeen. 

http://www.discover.com/issues/mar-06/cover/ Ref ;           http://www.freethinker.nl/forum/viewtopic.php?p=25547#25547  MIMIhttp://ribonucleicacids.blogspot.com/2006/02/mimivirus.html http://keatstelescope.blogspot.com/2006/02/mimiviruses-different-kind-of-life.htmlhttp://en.wikipedia.org/wiki/Mimivirushttp://www.sciencemag.org/cgi/content/short/1101485v1http://www.sciencemag.org/cgi/reprint/308/5725/1114a.pdfhttp://www.sciencemag.org/cgi/reprint/308/5725/1114b.pdf 

MimivirusGenomics

TaxId: 315393 Mimivirus [viruses] Sequences: 3 nucleotide, 2708 protein

Genomic data from NCBI

ImagesDocuments

The 1.2-Megabase Genome Sequence of Mimivirus 

A giant virus in amoebae 

Comment on" The 1.2-Megabase Genome Sequence of Mimivirus 

Mimivirus Relatives in the Sargasso Sea 

Response to Comment on" The 1.2-Megabase Genome Sequence of Mimivirus 

Mimivirus in pneumonia patients 

A new example of viral intein in Mimivirus 

New evolutionary frontiers from unusual virus genomes 

Mimivirus TyrRS: preliminary structural and functional characterization of the first amino-acyl tRNA … 

Virology: Gulliver among the Lilliputians 

Mimivirus rexHester van Santen

het grootste virus ooit heeft bijna duizend genen

Het Mimivirus doet de traditionele scheiding in de microbiologie tussen virus en bacterie vervagen. Het is reusachtig en heeft ongelofelijk veel genen. Wat moet een virus nou met 900 genen?

Alsof je in de keuken een muis vindt die zo groot is als de kat, dat is de verbazing die het Mimivirus in wetenschappelijke gelederen opwekt. Een volkomen normaal ogend, ietwat hoekig virus - maar dan tien keer zo groot als gewoonlijk.

Het virus werd in 2003 beschreven. Maar pas nu begint duidelijk te worden hoe afwijkend het virus eigenlijk is en trekken virologen hun volledige repertoire aan overtreffende trappen uit de kast. Totaal onverwacht, een schokgolf door de virologenwereld, een nieuw hoofdstuk in virus-genomics, heette het het afgelopen jaar in de wetenschappelijke tijdschriften.

Mimivirus is met een diameter van 750 nanometer veruit het grootste virus ooit gevonden, en ook zijn 911 genen vormen een record. De meeste virussen - poliovirus, hepatitis, griep - meten tussen de 20 tot 120 nanometer; griepvirussen hebben (afhankelijk van het type) tien of elf genen. Ze vallen bij Mimi in het niet. Mimivirus is het eerste virus dat zo groot is als de kleinste bacteri 챘 n, en dat h 처처 rt gewoonweg niet. Intrigerender is dat het monsterlijke virusdeeltje ook net zoveel genen heeft als een bacterie, met ongekende functies bovendien. Mimivirus heeft een flink aantal genen die coderen voor de productie van eiwitten. Dat is een taak die elk virus per definitie overlaat aan zijn gastheer.

Dat leidt, drie jaar na de eerste berichten over Mimivirus, tot vergaande uitspraken. De Franse hoogleraar medische bioinformatica Jean-Michel Claverie, mede-auteur van die eerste publicatie over het virus(Science, 28 maart 2003) schreef drie maanden geleden in het tijdschrift Virus Research dat Mimivirus de grenzen tussen virussen en cellulaire organismen (zoals bacteri 챘 n) zodanig vervaagt dat het tijd wordt voor een totaal nieuwe classificatie van de microbiologische wereld.

Mimivirus is volgens hem geen virus, maar een gigantisch girus dat ontstond toen de stamboom van het leven nog slechts een stronkje was. In die vroegere tijden, denkt Claverie, was Mimivirus een primitief cellulair organisme. Een levend ding dus, dat zijn eigen eiwitten bouwt en zijn eigen genen vermenigvuldigt. Het betekent dat Mimivirus ooit leefde - terwijl virussen algemeen beschouwd worden als niet meer dan ingewikkelde complexen van organische moleculen. Claverie noemde het vorige maand in Virus Research een serieuze slag voor de scheiding tussen de cellulaire wereld en de virussen. Dit is het enige virus dat een direct verband heeft met de stamboom van het leven, licht hij per e-mail toe.

Wat is Mimivirus? Dat is de belangrijkste vraag die behandeld wordt in de ruim twintig wetenschappelijke artikelen die tot nu over het reuzenvirus verschenen. En daar komt bij: hoe uniek is dit? Kunnen we een virus nog wel beschouwen als een supergestroomlijnde, minimalistische zak genen? En hoeveel weten we überhaupt van de evolutie van virussen?

De opschudding heeft even op zich laten wachten, want het was al in 1992 dat Mimivirus voor het eerst de aandacht van de wetenschap trok. Een ziekenhuis in de Noord-Engelse industriestad Bradford kampte destijds met een uitbraak van longontsteking en ging op zoek naar de ziekteverwekker. Toen in de koeltoren van de ziekenhuiswaterleiding amoebes werden gevonden, kwamen die terecht op het bureau van Timothy Rowbotham, een microbioloog in Leeds. Want koeltorens zijn beruchte broeiplaatsen voor amoebes vol Legionella-bacteriën (die de veteranenziekte veroorzaken) en Rowbotham was een kenner op het gebied van Legionella-achtige bacteriën in amoebes. Hij vond een aantal bacteriesoorten, waarvan één onbekende kleine ronde die zich niet liet kweken. Dat komt vaker voor. De Bradford-coccus belandde in de ijskast.

Toen Rowbothams lab eind jaren negentig werd opgeheven, gaf hij de inhoud van de vriezer aan bevriende klinisch microbiologen in Marseille. Een van hen, Bernard La Scola, probeerde de bacterie te karakteriseren op basis van de genetische code voor het ribosoom, de bacteriële eiwitproductie-eenheid. Die methode was inmiddels gemeengoed, maar steeds mislukte het. Onder de elektronenmicroscoop bleek waarom: de Bradford-coccus had de typische twintigvlakkige vorm die kenmerkend is voor veel virussen. Maar dan wel met een diameter van 500 nanometer - 750 als je zijn vacht van eiwitharen meerekent. 0,75 micrometer dus, een kanjer! Het is een van de weinige virussen die zichtbaar is met een lichtmicroscoop.

Niet allee het uiterlijk van de coccus bleek virusachtig: ook de genetische code leek niet op een bekende bacterie, en het ding viel tijdens de infectie van zijn amoebe-gastheer tijdelijk uiteen. Dat doen bacteri 챘 n niet. Virussen wel, omdat ze hun eiwitmantel steeds opnieuw opbouwen. De coccus werd omgedoopt in Mimivirus, voor Mimicking Microbe: het virus dat een bacterie nadoet. Maar inderdaad, ontegenzeggelijk een virus. Met een virale manier van vermenigvuldigen, een virale eiwitmantel. Bacteriën zijn compleet anders: hun buitenwand is niet van eiwit en ze vermenigvuldigen zich door deling.

Er kwam een eerste korte Science-publicatie (28 maart 2003) over dit giant virus in amoebae, waarin de biologen in Marseille al schatten dat het virus negenhonderd genen zou hebben. Toch bleef het stil. Jean-Michel Claverie vanuit Marseille, die sinds de ontdekking met de microbiologen is blijven samenwerken: Virologen zijn erg conservatief. Het veld was niet klaar voor een totaal nieuw soort  virus. En zover we nu weten, vormt het Mimivirus geen gevaar voor de volksgezondheid. Prof. Eugene Koonin, een evolutionair viroloog van het invloedrijke informatica-instituut NCBI in Maryland die ook veel over het Mimivirus heeft gepubliceerd, zegt nu over de Franse studie: Er stond weinig informatie in en ik denk dat er wat zorgen waren over mogelijke artefacten.

Uiteindelijk, toen de biologen uit Marseille in november 2004 het genoom van het virus in Science publiceerden, kwam die aandacht er wel. Niet zozeer van virologen, maar vooral van de kleine schare evolutiebiologen die zich bezighouden met de vroege oorsprong van het leven. Mimivirus bleek zestien genen te bevatten die betrokken worden bij de productie van eiwitten (translatie). Dat was bij geen enkel ander virus vertoond.

Het genoom bood verder een set DNA-reparatie-genen waarvan er vier nooit eerder in een DNA-virus gevonden waren, enzymen voor allerlei opbouw- en afbraakprocessen, en een voor een virus unieke set van drie soorten topoïsomerases. Dat zijn enzymen die zorgen dat DNA niet in de knoop raakt bij ingewikkelde processen als vermenigvuldiging.

In Science beschreven de Fransen nog iets merkwaardigs: Mimivirus genen hebben verwanten die zich overal in de boom van het leven ophouden. Neem het trio van topo ïsomerases van Mimivirus: de één heeft zijn naaste familielid onder de pokkenvirussen, de tweede lijkt op een eencellige parasiet die verlammingen bij konijnen veroorzaakt, en de derde heeft het meest weg van een menselijke darmbacterie. In de stamboom die Claverie cum suis produceerden, op basis van zeven Mimivirus-genen, belandde het virus in het midden, aan de voet dus. Vandaar dat zij stellen: Mimivirus heeft een oeroude geschiedenis (drie miljard jaar pakweg) en moet beschouwd worden als een organisme, op basis van zijn uitgebreide lijst functies van zijn genen. Claverie: Zeker weten!

Het virus staat overigens niet helemaal alleen op die plek: algemeen wordt erkend dat Mimivirus verwanten heeft onder een diverse groep van virussen, de nucleocytoplasmatische grote DNA-virussen (NCLDVs) waartoe onder andere ook het pokkenvirus behoort. Die zijn, zoals de naam zegt, vrij groot en ze delen met Mimivirus een kenmerkende groep genen. Volgens Claverie delen ze de herkomst van Mimi.

Maar de plaats op de stamboom die de wetenschappers uit Marseille aan Mimivirus en de andere NCLDVs toekennen, wordt door anderen betwist. Mimivirus bakent zeker geen nieuw koninkrijk van het leven af, maar verdient wel de titel van koning der genenrovers. Zo vatte David Moreira, evolutiebioloog uit Parijs, zijn kritiek in mei 2005 samen in Science. Dat het in het inwendige van Mimivirus lijkt op een naar oud geld riekend interieur met Engels servies, Afrikaans houtsnijwerk en Chinese vazen, betekent volgens Moreira nog niet dat Mimivirus die genetische verzameling van zijn exotische voorouders geërfd - hij kan haar ook best her en der bijeen hebben geplunderd. Genen sprokkelen is voor een mens schier onmogelijk, maar virussen zijn er goed in. Ze nemen zonder moeite genen over van gastheren, of van elkaar.

Mimivirus, zo betoogt David Moreira uit Parijs, is niks meer of minder dan een hyper-promiscue meestersprokkelaar. En de Amerikaanse hoogleraar Eugene Koonin schreef vorig jaar in Current Biology dat het geen kunst dat het virus aan de basis van de stamboom uitkomt, als het ding een hutspot is van allerlei ingepikte genen. In een toelichtende e-mail: Ik vermoed dat die centrale positie een artefact is.

Hij en zijn collega Lakshminarayan Iyer betogen in het al eerder genoemde aprilnummer van Virus Research (een thema-uitgave die helemaal gewijd was aan complexe virusgenomen) dat Mimivirus en de andere grote NCLDVs niet afstammen van iets cellulairs. Ze stellen dat Mimivirus en de andere NCLDVs een gezamenlijke voorouder hebben die wèl heel oud is - zij denken dat die ontstaan is in de tijd van de eerste eukaryoten, de cellen met een kern. Die wordt meestal geschat op ruim twee miljard jaar geleden, hoewel er over de precieze gang van zaken nogal wat discussie is. Die voorouder zou volgens Koonin & Iyer zon vijftig genen gehad hebben - al een vrij complex genoom dus, waarna het virus zich verder ontwikkelde en groeide door uitwisseling van genen. Met andere virussen, en vervolgens met cellulaire gastheren.

Niet mee eens, schrijft Claverie in zijn elektronische reactie. Hij ziet Mimivirus nog steeds bij voorkeur als een levend fossiel. Het lijkt waarschijnlijk dat dit virus (en dus alle NCLDVs die ermee verwant zijn) zijn ontstaan door reductieve evolutie vanuit een cellulair, parasitair organisme. Ook hij voelt zich gesteund door de genoomanalyse van Mimi, die vooralsnog niet hard mee werkt om het beeld van een willekeurige zak genen te steunen.

Zo staat de gastheer van Mimi, de amoebe Acanthamoeba polyphaga, niet hoog op de lijst van genetische verwanten van Mimivirus. Dat is een argument tegen smokkel, want stelen doet een virus graag bij zijn gastheer. Ten tweede is ruim dertig procent van Mimivirus genen afgeleid van een ander Mimivirus-gen, en dat geldt vooral voor genen die belast zijn met het overleven in de gastheercel. Dat duidt op efficiënt genengebruik - en op ouderdom, zegt Claverie. Ook wiskundige analyse van het genetische woordgebruik zou niet op recente gensmokkel duiden. En ten slotte gebruikt de helft van Mimivirus genen ook nog eens dezelfde genetische schakelaar. Dat is erg veel: geen enkel virus haalt dat verder. Geen willekeurig bijeen gepakt genoom dus, zegt Marseille.

Maar of dat dan betekent dat Mimivirus ontstond uit een vroeg-cellulair organisme? Bioinformaticus Claverie komt zelf in dat eerder genoemde februarinummer van Virus Research, al met een kanttekening. Het grootste bezwaar van dit scenario is dat je moet bedenken hoe iets kan overgaan van vermenigvuldiging door celdeling naar een virale manier van replicatie.

Koonin gaat in zijn e-mail ook in tegen Claveries interpretatie van Mimivirus genoom: Ik onderschat helemaal niet dat duplicatie ook belangrijk was bij de ontwikkeling van dat genoom. Maar dat sluit volgens Koonin niet uit dat Mimivirus die genen éérst gesmokkeld heeft, en dat ze daarna gekopieerd zijn.

Ook Koonin heeft nog wel wat uit te leggen: waarom zijn Mimivirus en sommige andere grote virussen zo groot geworden, en wat moeten ze met al die genen? Het is een vraag die hij maar moeilijk kan beantwoorden. Maar hij benadrukt in een inleiding in het complexe-virussen-themanummer dat Mimivirus niet alleen staat. De laatste paar jaar zijn er allerlei, uiteenlopende soorten virussen gevonden die niet zo minimalistisch zijn als het griepvirus met zijn elftal genen. Hij vermoedt dat Mimivirus zijn bijzondere positie binnen de NCLDVs te danken heeft aan een bijzondere selectiestrategie waarin niet snelle voortplanting belangrijk is, maar de overleving van de nakomelingen. Het is in de populatiebiologie een bekend concept. Maar bijna al het empirische werk over de populatiebiologie van virussen moet nog gedaan worden, voegt hij er aan toe.

Ook volgens de Franse prof kan alles nog, in het obscure vakgebied van de evolutiebiologie van virussen. Claverie: We weten helemaal niet hoe virussen in de evolutie zijn ontstaan. Het kan zijn dat ze een gezamenlijke voorouder hebben, of dat verschillende groepen ieder hun eigen, oeroude afstammingslijn hebben. Het is heel erg in discussie. Er zijn serieuze theorieën over cellen die hun systeem van DNA-replicatie van virussen hebben overgenomen; dat de overgang van RNA naar DNA in virussen plaatsvond; dat virussen de voorloper van de celkern vormden.

Na het DNA van mensen, kippen, muizen en rijstplanten worden echter steeds meer virale genomen in kaart gebracht. Evolutionair virologen, die hun onderzoeksobjecten wel het ondergeschoven kindje van de genoomrevolutie (Genome Biology, maart 2005) noemen, zien nu dat hun vakgebied in een stroomversnelling is geraakt (Virus Research, april 2006). Voorlopig levert dat vooral vragen op.

Eén antwoord hebben ze: een virus is geen zak genen, en al helemaal geen minimalistische.

Mimivirus is de onbetwiste recordhouder Grootste Virus Met De Meeste Genen.

Maar voor de eeuwigheid? Onwaarschijnlijk, aldus Eugene Koonin van het Amerikaanse bioinformatica-instituut NCBI. Er kunnen er een heleboel zijn. Mimivirus heeft sowieso enkele familieleden die ook behoorlijk aan de maat zijn: de diverse groep van de nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs).

Ze hebben net als Mimivirus een dubbele DNA-helix als genetisch materiaal, ze delen een aantal karakteristieke genen, en ze zijn relatief groot.

De pokkenvirussen en de herpesvirussen vallen bijvoorbeeld in die categorie; Mimivirus vormt een aparte tak in zijn eentje. Jean-Michel Claverie zoekt in die hoek naar virussen die zich kunnen meten met het Mimivirus

. Ze moeten volgens hem te vinden zijn in zee. Mimivirus dook op in een waterleiding, en binnen de NCLDVs is Mimivirus het meest verwant aan virussen die algen en vissen als gastheer hebben. Mariene microbiologen beschreven rond 1980 al enkele heel grote virussen in algen - ongeveer half zo groot als Mimivirus - maar die beschrijvingen kwamen nooit verder dan de vakliteratuur. Het is bovendien niet ondenkbaar dat heel grote virussen zich systematisch aan het oog onttrekken, omdat ze bij het filteren van watermonsters bij de bacteriëen belanden.  Claverie begon zijn zoektocht deze zomer in een watermonster uit de Sargassozee in het Caribisch gebied. Van dat monster wilde Craig Venter (bekend van het menselijk genoomproject) twee jaar geleden al het bacterieële genetisch materiaal in kaart brengen. Hij een overweldigend aantal genen: 1,2 miljoen (Science, 4 maart 2004).

 Het merendeel daarvan was nog onbekend en kwam terecht onder de noemer sequenties uit het milieu. In het Virology Journal (augustus 2005) laat Claverie zien dat dat ongedefinieerde DNA verwanten bevat van Mimivirus. En zo kan het dat de eiwitmantel van het virus uit Bradford zijn naaste (bekende) familielid heeft in de Sargassozee.

Het leven op aarde laat zich indelen in een klein aantal hoofdgroepen, de zogeheten koninkrijken. Hoeveel het er zijn, daarover woedt een langlopende discussie. Het ligt er maar aan hoe je kijkt: naar de genetische code (dan zijn het er drie), of naar de eigenschappen van de organismen (dan zijn het er vijf of meer). Hoewel de ontdekkers van Mimivirus anders bepleiten, vallen de virussen buiten die indeling in koninkrijken, omdat ze meestal niet beschouwd worden als levende organismen.

Bacteriëen: Van alle bestaande levensvormen zijn de bacterieën (samen met de Archaea, zie hieronder) het oudst. Ze zijn al gevonden in rotsen van 3,5 miljard jaar oud. Bacteriëen meten tussen een halve en enkele micrometers, al zijn er de laatste tien jaar ook reuzenbacterieën gevonden die veel groter zijn. Bacterieën hebben één ringvormig chromosoom. Ze hebben geen celkern of celorgaantjes die aparte functies uitvoeren. Wel zijn ze, op de kleine parasitaire bacterieën na, vrijlevend. Ze maken hun eigen eiwitten en vermenigvuldigen zich door celdeling. Verschillende kunnen zwemmen met een zweepstaart.

Archaea: Met deze organismen deelden de bacterieën de jonge aarde. Op het oog verschillen Archaea niet van bacteriëen. Ze zijn even groot en hebben net als bacteriëen geen celkern. Op basis daarvan worden ze ingedeeld bij de bacteriëen (als prokaryoten). Genetici zijn het daar niet mee eens. Zij beschouwen Archaea als een aparte groep, onder meer omdat hun eiwitbouw-apparaat (en de genetische code daarvoor) heel anders is - die lijkt meer op die van eukaryoten (zie hieronder).

Eukaryoten: Tussen de 2,5 en 2 miljard jaar geleden ontstond een nieuw soort organismen: eukaryoten. Alle planten, alle dieren, schimmels en eencelligen met een kern (amoebes bijvoorbeeld, en pantoffeldiertjes) horen erbij. Onze cellen verschillen fundamenteel van die van bacterieën, onder andere omdat er een kern in zit - vandaar eukaryoot. In die kern zitten verschillende draadvormige chromosomen. De cellen zijn ook veel groter dan die van bacterieën. Planten, dieren, schimmels en eencelligen zijn onderling zo verschillend (ook wat de vorm en inhoud van hun cellen betreft) dat ze ook wel als aparte koninkrijken beschouwd worden.

Virussen: Traditioneel worden virussen gezien als organische dingen, die niet zelfstandig kunnen overleven. Het zijn pakketjes genen waarmee de cellen van een geïnfecteerde gastheer aan de slag gaan. Die gastheercel leest die virusgenen af en produceert viruseiwitten. En voilà, dan heb je weer een nieuw virus. Virussen hebben een mantel van eiwit, maar verder zijn ze erg divers. Er zijn bolvormige, twintigvlakkige, zelfs lintvormige. Ook de chemische samenstelling van hun genetisch materiaal verschilt.

 Evolutionair virologen gaan ervan uit dat virussen heel oud zijn, en dat ze op de een of andere manier aan de evolutie van het leven hebben bijgedragen.

Pokkenvirus (foto Science)

http://www.virology.net/Big_Virology/BVDNAherpes.htmlhttp://web.uct.ac.za/depts/mmi/stannard/herpes.htmlWAT EEN KANJER   http://www.nrc.nl/nrc.nl/specialwetenschaponderwijs/20060903/pages/01009/articles/NRC-20060903-01009002.pdf   

Mimivirus: levend fossiel of genenverzamelaar?6 bioSCOPE [06]http://bioscope.bio.uu.nl/archief/2006/bioSCOPE%206%20jrg%206.pdf 

door Tessa Quax

Sinds anderhalf jaar woedt er onder evolutionair virologen een heftige discussie over de ontstaansgeschiedenis van virussen. Begin mei 2006  werd in de wetenschapbijlage van het NRC Handelsblad uitgebreid aandacht besteed aan het huidige debat. Aanleiding hiervoor gaf de in 2004 gepubliceerde genoomsequentie van het zogeheten Mimivirus.Dit gigantische virus, dat qua grootte met bacteriën kan competeren, werd al meer dan tien jaar geleden in de koeltoren van een waterleiding gevonden, maar op datmoment werd nog niet ingezien dat het een virus betrof. Men wist dat het een parasiet was die amoeben infecteerde en hield het door zijn enorme omvang voor een bacterie. Verder onderzoek bracht echter aan hetlicht dat deze zogenaamde ‘bacterie’ bij infectie van de gastheer tijdelijk geheel uiteen viel en bovendien over een twintigvlakkige eiwitmantel beschikte en niet over een celmembraan.Hieruit viel niets anders te concluderen dan dat men met een reusachtig virus te maken had. Het heeft een diameter van 0,75 micron. Ter vergelijking: Escherichia coli (een darmbacterie) is 3 micron in doorsnede.  Niet alleen grootMaar het was niet alleen de grootte van het virus die de wetenschappers versteld liet staan.Het virus heeft nog  een vreemde eigenschap.  Het beschikt namelijk over maar liefst 911 genen, terwijl een gemiddeld virus het met niet meer dan 10 à 20 moet doen.Deze genen coderen onder andere voor de productie van eiwitten, iets wat virussen meestal aan hun gastheer overlaten.

  Bij vergelijking van het genoom van het Mimivirus met dat van andere organismen, bleek het virus bij de groep van Nucleocytoplasmic Large DNA Viruses (NLDV’ s) te horen. Deze virussen delen met het Mimivirus enkele genen, hebben ook dubbelstrengs DNA en zijn eveneens aardig aan de maat, al is het Mimivirus van hen wel de  grootste. Het pokkenvirus en herpesvirus behoren onder andere tot deze groep.

Levend organisme De genen van het Mimivirus hebben echter ook verwanten in alle drie de domeinen vanhet leven: bacterieën, archaea en eukaryoten.Hieruit concludeerde de Franse groep virologen, die ook het genoom van het Mimivirus publiceerde, met de professor bioinformaticaJean-Michel Claverie voorop, dat het virus een soort levend fossiel is. Het zou een geschiedenis van ongeveer drie miljard jaar hebben en moet beschouwd worden als een levend organisme. Dit is in strijd met de geldende opvatting dat virussen niet leven, omdat zij zich niet zonder hun gastheerkunnen reproduceren. Verder zou het virus een voorouder van het eukaryote leven kunnen zijn.

Gestolen genenDeze opvatting wordt fel bestreden door onder andere de Parijse evolutiebioloog David Moreira, en professor Koonin, die als evolutionairviroloog verbonden is aan het National Center for Biotechnology Information (NCBI), dat een grote publieke DNA database beheert. Zij gaan er van uit dat het Mimivirus zijn grote hoeveelheid genen in de loop van de evolutie ‘gestolen’ heeft van een heel scala aan andere organismen,een fenomeen dat vaker bij virussen wordt waargenomen. Doordat deze collectie genen uit alle domeinen van het leven afkomstigis, wordt door vergelijkende computerprogramma’s het virus al snel aan de voet van de levensstamboom geplaatst, terwijl het daar eigenlijk niet hoort volgens opponenten van de theorie. Bovendien vinden zij het moeilijk voor te stellen hoe een cellulair organisme over kan gaan op een virale replicatie.Dit is ook een onderwerp waar Claverie mee worstelt.Argumenten en vragenMaar de Parijse evolutiebioloog vuurt ook argumenten af waar zijn tegenstanders in de discussie niet omheen kunnen. Zo blijktde amoebe, die gastheer van het Mimivirus is, niet veel verwantschap met het virus te hebben. Dit is vreemd, gezien men zou verwachtendat het virus juist genen met zijn gastheer uitwisselt. Verder lijken veel genen van het virus sterk op elkaar, wat er op duidtdat ze uit andere genen van het virus ontstaan zijn en dus niet van een ander organisme verkregen. Ook is het voor opponentenvan de theorie van Claverie lastig om te beantwoorden waarom het Mimivirus al die genen ‘verzamelt’. Tot zo ver is het moeilijk hier een logische verklaring voor te vinden. Over de evolutie van virussen is nog heel weinig bekend. De ontdekking van het Mimivirus heeft in ieder geval deze tak van de evolutiebiologie een nieuwe impuls gegeven waardoor de aangewakkerde discussie zeker nog in alle hevigheid vervolgd zal worden. 

Reuzenvirus Mimi lijkt toch verzamelzak van bacterieële genenHester van Santen09-12-2006

Mimivirus, het grootst bekende virus ter wereld, kan zijn diverse genenverzameling best van bacteriën overgenomen hebben. In Trends in Genetics (15 november, online) beschrijven Franse microbiologen daarvoor een mechanisme.

Mimivirus is net zo groot als de kleinste bacteriën en bezit ongeveer negenhonderd genen. Dat is ongekend veel voor een virus (ter vergelijking: een griepvirus heeft maar tien of elf genen).

Van de meeste van Mimivirus genen is de functie onbekend, maar andere genen blijken verwanten te hebben in alle uithoeken van de evolutionaire stamboom. Onder allerlei bacteri 챘 n, maar ook ondereukaryoten (cellen met een kern). Bovendien hebben die genen functies die voor een virus abnormaal zijn, zoals eiwitproductie.

Biologen uit Marseille opperden daarom begin dit jaar dat Mimivirus een zeer oude loot vormt aan die levensboom.

Anderen spraken dat tegen, en in dat laatste kamp scharen zich nu drie microbiologen en genetici uit Toulouse, die het genoom van Mimivirus en drie verwante grote virus hebben bekeken.

Op basis van bepaalde structuren in dat genoom (herhalingen, een las) opperen ze dat de grote virussen hun DNA op eenzelfde manier vermenigvuldigen als pokkenvirussen.

Daarbij maken ze zodanig gebruik van de kopieermachinerie van hun gastheercel, dat hun genen extreem door elkaar geschud raken. Op deze manier kunnen ze ook gemakkelijk vreemde genen opnemen. Het is bovendien een vicieuze cirkel: als er eenmaal een paar bacteriegenen in het genoom zitten, gaat er gemakkelijker wat fout bij de vermenigvuldiging.

Bacteriegenen zijn er genoeg in de buurt van Mimivirus, omdat die zich vermenigvuldigt in amoebes die ook de gastheer zijn van Legionella-bacteriëen.

Ook de andere grote DNA-virussen die zij onderzochten (Chlorella-virussen die algen infecteren) kunnen bacteriëen tegenkomen als de alg in een pantoffeldiertje terechtkomt.

Mimivirus is een twintighoekig virus met haren van suiker op de mantel. Het virus meet in doorsnede iets minder dan een duizendste millimeter.

  

Wetenschappers ontdekken ‘reuzenvirus’ 10 december 2009© NU.nl/Dennis Rijnvis 

– Franse onderzoekers hebben een reuzenvirus geïsoleerd dat is opgebouwd uit genetisch materiaal van planten, dieren en bacteriën.  

De onderzoekers van de universiteit van Aix-Marseille ontdekten het nieuwe virus in amoebes, eencellig organismen die als parasiet kunnen voorkomen bij zowel mensen als dieren.

Het DNA van het ‘reuzenvirus’ bestaat uit maar liefst 368.000 basenparen en bevat genetisch materiaal van planten, dieren, bacteriën en andere virussen,- Al dat genetisch materiaal kan ook  geincorporeerd (opgenomen) zijn  in de loop der  tijd van diverse gastheren.... doen virussen wel vaker(  vandaar ook dat ze  veelal kunnen worden omgebouwd  tot nuttige   vectoren  bij  biotechnologische GM  ) . Al dat materiaal  kon  zich in de amoebe  re-combineren tot een nieuw organisme, ( ook vertrekkend  vanuit diverse virussen ? )  .http://www.google.com/hostednews/afp/article/ALeqM5ie4i8QA7xofyoOW8Z4o421LY3Iog

Microscoop

De ontdekking van het nieuwe virus wordt beschreven in het wetenschappelijk tijdschrift Proceedings of the National Academy of Sciences.http://www.pnas.org/content/early/2009/12/08/0911354106.abstract

Er zijn slechts een handvol reuzenvirussen ontdekt  :Het eerste  accidenteel  in  1993( MIMI )

Vandaag is nog steeds weinig  bekend over deze soorten virussen (1) Een ander team van Roualt vond  ook al  een mini -virus( spoetnik) dat andere virussen infecteerd om zich te kunnen voortplanten  

Het nieuwe  organisme, dat de naam Marseillevirus heeft gekregen, is volgens de onderzoekers het op vier na grootste virus ter wereld. Het organisme heeft een diameter van 250 nanometer (ongeveer 250 miljoenste millimeter) en is daardoor zichtbaar door een gewone optische microscoop.

De wetenschappers vermoeden dat amoebes een belangrijke bron zullen zijn voor de creatie van  meer reuzenvirussen, omdat de organismen zich voeden met bacteriën en en virussen van verschillende soorten.

Ziekteverwekker ?

“Dit virus is een totaal nieuwe virale vorm”, zo verklaarde hoofdonderzoeker Didier Raoult tegen persbureau AFP.http://www.antimicrobe.org/authors/didier_raoult.asp

“In amoebes is een proces van permanente creatie aan de gang, waardoor er een nieuw repertoire van virussen kan ontstaan.De reuzenvirussen kunnen uiteindelijk ziekteverwekkers worden als ze zich specialiseren”, aldus Raoult." Het idee was niet ingecalculeerd  noch   voorzien noch  voorspeld  binnen  de 'common descent ' theorie  van Darwin  "Het idee van een luca is zinloos vanuit o.m. dit 'permanente creatie -mechanisme '-perspektief   Het was  een idee van Darwin maar het is duidelijk  fout ... "  Darwin was al  vele malen  fout ... maar dat is niet belangrijk ...Hij wist zelfs niets af van het bestaan van genen   DNA , RNA en al de rest .Net zoalsNewton niets afwist van Kernfysica en QM Wat wel belangrijk is ,is hoe moderne  evolutiebiologen dit gaan  inbouwen in hun wetenschap ... Te beginnen met de interpretaties van de ontdekkers van het virus

 

Raoult :

"“We have this idea that everything is derived from something with very old roots. But there is still creativity going on, creating new origins,” Raoult says.

However  he adds that " prokaryotic forerunners, which came before modern amoebas, might have, in fact, been the necessary incubators that allowed for the evolution of eukaryotic organisms. "

http://www2.cnrs.fr/presse/communique/1740.htm 

 

© Raoult / URMITE  /  Marseillevirus, à différents stades de sa formation dans l'amibe.

 

http://www.genomeweb.com/sequencing/french-american-researchers-sequence-giant-virus-found-inside-amoeba

http://www.wired.com/wiredscience/2009/12/giant-viruses/

Hungry Amoebas Spawn Biggest Viruses Ever By Brandon Keim  December 8, 2009  

(1) -Er zijn zowel DNA als RNA virussen, maar het zou  interessant zijn om te weten of dat marseille virus een combinatie van DNA en RNA als genoom heeft. - Er zijn  ook nog  eens single stranded (ss) DNA virussen en double stranded (ds) DNA virussen en ssRNA en dsRNA virussen... het zijn wonderlijke dingen

 

MIMI

Mamavirus     en   sputnik    

 ← VIRUS

MAMA -VIRUS : Sputnik en Viroiden →

Virus loopt virus op

 Zijn virussen dan toch échte levende wezens?door: Arjen Dijkgraaf 7 augustus 2008

  Mimivirus replicates in the cytoplasm

Friday, March 26th, 2010

Poxviruses are considered to be unique among DNA viruses because their infection cycle is carried out exclusively in the host cytoplasm. Such an infection strategy is of interest, because it necessitates generation of elaborate factories in which viral replication and assembly are promoted. By using imaging techniques, researchers showed that the infection cycle of the largest virus currently identified, the Acanthamoeba polyphaga Mimivirus, similarly occurs exclusively in the host cytoplasm. Newly synthesized mRNAs accumulate at discrete cytoplasmic sites that are distinct from the sites where virus replication occurs, and this is also observed in vaccinia infection. By revealing substantial physiologic similarity between poxviruses and Mimivirus and thus, implying that an entirely cytoplasmic viral replication might be more common than generally considered, these findings underscore the ability of DNA viruses to generate large and elaborate replication factories.

Vaccinia-like cytoplasmic replication of the giant Mimivirus. PNAS USA March 15 2010 doi: 10.1073/pnas.091273710

Related:

DNA Viruses Marvellous mimivirus Marine mimivirus relatives are large algal viruses Mimivirus and the Stargate

 

Over reuzenvirussen:10 reacties Posted by pierraveneta op januari 29, 2011

Sinds de ontdekking van het mimivirus en het mamavirus, twee reuzenvirussen, wordt er opnieuw veel gedebatteerd over het al dan niet rekenen van virussen tot de levende organismen. Patrick Forterre, een microbioloog aan het Instituut Pasteur in Parijs, wijdt er een omvangrijk artikel aan.

Virussen bezitten geen eigen cel en metabolisme waardoor ze cellen moeten infecteren om

Het mamavirus. Hier is de rand van de virusfabriek te zien met bovenin de geproduceerde virusdeeltjes en onderin de virusfabriek.

zich te vermenigvuldigen. Hebben ze de cel eenmaal geïnfecteerd dan kapen ze de hele kopieerfabriek van deze cel om nieuwe kopieën van zichzelf te maken. Dit gebeurt in een duidelijk afgetekende regio van de cel die de virusfabriek genoemd wordt. In 2003 werd het mimivirus ontdekt. Dit enorme virus werd tot dan toe door virusjagers weggezeefd samen met de bacteriën omdat het zo groot is. Dit virus infecteert een amoebe (Entamoeba haemolytica). Het mamavirus, dat nog groter is, werd in 2008 ontdekt en infecteert een andere amoebe (Acanthamoeba polyphaga). Dit mamavirus wordt op zijn beurt geïnfecteerd door een heel klein virusje dat Spoetnik genaamd werd. Spoetnik kaapt de virusfabriek van het mamavirus binnen de geïnfecteerde amoebe. Het mamavirus maakt daardoor foute kopieën van zichzelf en wordt ‘ziek’. Dit is de eerste keer dat er een virofaag ontdekt is. Het feit dat een virus ziek kan worden is voor de onderzoekers een goede reden om virussen tot de levende organismen te rekenen.

mamavirus in een amoebe. De donkere vlek is de virusfabriek. De zwarte stippen zijn de virusdeeltjes.

Patrick Forterre stelt voor het leven in te delen in capside-coderende organismen (virussen ofwel virocellen) en ribosoom-coderende organismen (alle andere organismen ofwel ribocellen). Een virus wordt in zijn afbeeldingen altijd weergegeven als onderdeel van de geïnfecteerde cel. De fase waarin het virus binnen de cel is, zou de levende fase van zijn levenscyclus zijn. Hierbij moet gedacht worden aan levenscyclussen van planten met sporen, waarbij de virions ofwel virusdeeltjes een soort sporen zouden zijn. Er wordt aan virussen een grote rol toebedeeld in de evolutie van het eerste leven (zie ook ‘LUCA en virussen‘). Virussen zouden ontstaan kunnen zijn uit de eerste cellijnen die de ‘struggle for life’ verloren hebben. Slechts een enkele lijn overleefde. De virussen infecteerden ook de afstammelingen van LUCA en liftten zo mee met de eerste winnende cellijnen. Hij legt de nadruk op het feit dat virussen specifieke eiwitten hebben die niet homoloog zijn met eiwitten van (hedendaagse) cellen wat zou kunnen betekenen dat de virussen inderdaad voortkomen uit cellijnen die eerder dan LUCA leefden. Deze specifieke eiwitten zijn onder andere betrokken in het metabolisme van DNA dus virussen zouden aan de oorsprong van het DNA kunnen staan. Er is door andere auteurs ook gesuggereerd dat reuzenvirussen de eerste celkernen vormden.

Het is onmogelijk een boom van leven te maken voor virussen omdat er teveel genen uitgewisseld worden met onder andere plasmiden. Voorlopig blijft de boom van leven zoals we hem nu kennen, maar de wereld van virussen zou gezien kunnen worden als een soort omhulsel van de stam en de vertakkingen.

Uit: National Geographic, Noorderlicht, Natureen het artikel:Giant Virusses: Conflicts in Revisiting de Virus Concept.Patrick Forterre

 

 

Megavirushttp://www.pnas.org/content/108/42/17486

11/10 /2011

Franse biologen hebben het grootste virus ooit opgevist uit de oceaan , voor de kust van Chili .Virussen zijn normaal gesproken grofweg nog eens honderd maal kleiner dan bacteriën, die ook al niet met het blote oog te zien zijn.

Zeven jaar geleden ontdekten wetenschappers het bestaan van zogenoemde reuzenvirussen, die ongeveer hetzelfde formaat hebben als een bacterie.

Het nu ontdekte virus is zelfs, als je kijkt naar hoe veel DNA en genen het bevat, groter dan de gemiddelde bacterie.Het reuzenvirus  bezit  10 tot 20 keer de omvang van een gewoon virus.en is – hoe toepasselijk – Megavirus Chilensis gedoopt.

 

 Hair-like structures can be seen of the outside of the Mimivirus (top) and Megavirus (bottom) particles  

http://www.bbc.co.uk/news/science-environment-15242386

http://blogs.discovermagazine.com/loom/2011/10/10/please-welcome-megavirus-the-worlds-most-ginormous-virus/?utm_source=twitterfeed&utm_medium=twitter&utm_campaign=Feed%3A+Loom+%28The+Loom%29

http://s2.hbvl.be/ahimgpath/assets_img_gvl/2011/10/11/2012695/megavirus-ontdekt-lokt-en-eet-amoebes-id2135843-460x0.jpg

"Het virus is groter dan sommige bacteriën", aldus professor Jean-Michel Claverie van de universiteit van Aix-Marseille in Frankrijk. "Je hebt geen elektronenmicroscoop nodig om het te zien. Een gewone microscoop volstaat".Het virus meet ongeveer 0,7 micrometer (1 micrometer is een duizendste millimeter). Het Megavirus chilensis telt meer dan 1.000 genen. Die bevatten de instructies voor de voortplanting van  het virus binnen  een gastcel

Virussen kunnen zich slechts  voortplanten. binnen een  levende  cel   die ze moeten  binnendringen en  waarvan ze de  voorplantingsmechanismen kapen. Megavirus chilensis heeft  draadachtige  vezeltjes(fibrillae ) aan de buitenwand (capside) en die structuur stelt hen in staat waarschijnlijk amoebes of eencellige organismen te enteren   ____  Bacteriën hebben eveneens dergelijke  vezeltjes op de buitenwand. ____Het virus gebruikt de amoebe daarna   om zich voor te planten.

 

 

Megavirus  (de inzet  is het  virusfabriekje in een amoebecel  )

 

Het Megavirus chilensis creëert binnen de amoebes een soort cel binnen de cel ( een speciaal virus-aanmaak fabriekje ) - een paard van Troje als het ware - waarbinnen de megavirus- nakomelingen tot stand komen.

http://en.wikipedia.org/wiki/Megavirushttp://www.wired.com/wiredscience/2011/10/megavirus-cell-evolution/

Attachment: 4678.pdf minimal genome bacillus subtilis.pdfAttachment: Mimivirus- the emerging paradox of quasi-autonomous viruses.pdf