Onderwijs in Literatuuronderzoek : Doen voor of voordoen? (web en z rotterdam 2012 12-13)

Onderwijs in Literatuuronderzoek :

Doen voor of voordoen?

WEB&Z – Erasmus MC Rotterdam13 december 2012

Wichor Bramer

Medische Bibliotheek Erasmus MC 2

Huisregels

Zoals in al mijn cursussen:

Vragen? Breek meteen in, wacht niet tot het eind

Bij rode tekst word je geacht mee te denken


Is er een duidelijke scheidslijn tussen

doen voor en voordoen?

Medische Bibliotheek Erasmus MC

MeSH terms MeSH terms Booleaanse operatorenBooleaanse operatoren VeldnamenVeldnamen HistoryHistory MyNCBIMyNCBI Automatic Term MappingAutomatic Term MappingFiltersFilters

4

Doen we iets niet goed?

Hoe ziet de standaard PubMed cursus eruit?

Maar… Ben je er als je alle knoppen kent?


Doen we iets niet goed?Wie bepaalt de inhoud?

Docent

Mijn standaardvoorbeelden:

-Die werken goed

-Ik weet hoe ik ze ga zoeken

-Die heb ik de vorige keer ook gebruikt

Link

Deelnemer

Mijn eigen onderzoeksvraag:

-Daar ben ik nu mee bezig

-Is de reden dat ik de cursus volg

-Ik wil leren hoe ik die aanpak

Link


Een titel maakt veel verschil

Basis literatuuronderzoek

Vervolg ...

Systematisch literatuuronderzoek in PubMed

... in andere databases

Systematic Literature Retrieval in PubMed


Veranderde inhoud

Bij inschrijving: onderzoeksvraag indienen

0. Huiswerk

1. Eigen onderzoeksvraag indelen in elementen


Does eating broccoli have cancer preventive effects?

generalspecific

important

unimportant

broccoli cancer

prevention

broccoli cancer prevention


generalspecific

important

unimportant

diet

What are the effects of diet (pre-)conceptionally and during pregnancy on the risk of development of postpartum depression

postpartum depression

Conception/ pregnancy

Risk of development


Veranderde inhoud

Bij inschrijving: onderzoeksvraag indienen

0. Huiswerk

1. Eigen onderzoeksvraag indelen in elementen

Antwoorden van de docent

2. Elementen vertalen in synoniemen


3. Synoniemen omzetten in syntax


4. Zoekactie controleren en optimaliseren

Na afloop: Antwoorden van de docent


Controleren

Zijn jullie zijn je ervan bewust dat je in PubMed

makkelijk fouten maakt?

Welke?

Controleren jullie je PubMed zoekacties op fouten?

Hoe?


Analyse the results: check for errors

Check your query for mistakesGo to Search details and use Ctrl-F to search

Frequent mistakes

Phrase unknown or 'all fields' Every instance is one too many Field code missing

OR missing ' AND ' odd frequency is wrongcheck if AND's are deliberate

Missing parentheses PubMed only checks the total number of opening and closing parentheses.

Split the query in elements to check each element for parentheses.


Optimaliseren

Hebben jullie speciale trucjes om je zoekacties te

optimaliseren?


Elements : optimization

generalspecific

important

unimportant

broccoli cancer

prevention

cruciferous vegetables cancer subset in PubMed

Number of hits:

295

Number of hits:

797 (+170%)

Number of hits:

1236 (+55%)

Number of hits:

4091 (+231%)

Filter:

NOT ((animals[mh] OR plants[mh]) NOT humans[mh])

Number of hits:

1913 (-53%)

result


Basic optimization of your results

1. Scan the first relevant hits on synonyms you haven’t

included in your search

2. Per element: scan the abstracts of articles that have the

MeSH terms, but not the free text words already known.

3. Per element: Scan the MeSH terms of articles that have

these free text words, but not the MeSH terms already

known.

4. Replace important specific elements with more general

ones

5. Drop unimportant elements from your query and see what

extra articles you found.


Andere onderdelen van de cursusDiscussies:

over het nut van al die verschillende databases

over of je in een database zonder relevance ranking (als

PubMed) sneller sensitiviteit of specificiteit optimaliseert

Quizje: Vinden van een enkel artikel


Try to find this article in PubMed:

Fortes C, Mastroeni S, Melchi F, Pilla MA, Antonelli G,

Camaioni D, Alotto M, Pasquini P. A protective effect of the

Mediterranean diet for cutaneous melanoma. Int J Epidemiol.

2008 Oct;37(5):1018-29.

17

10987654321


What is the PMID?

18


Try again:

Fortes C, Mastroeni S, Melchi F, Pilla MA, Antonelli G,

Camaioni D, Alotto M, Pasquini P. A protective effect of the

Mediterranean diet for cutaneous melanoma. Int J Epidemiol.

2008 Oct;37(5):1018-29.

19


What is the PMID?

Fortes 1018 : 18621803

20







Met google zoeken naar phrases die niet in PubMed te vinden zijn

Google PubMed

Overzicht van de nadelen van PubMed


Disadvantages of PubMedDisadvantages of PubMed 1. Limited truncation options (600 variants, no wildcard)

2. Strange behavior when truncating phrases (longer wordstem often retrieves more results)

3. No proximity operators

If you want to be more precise every possible phrase should be written out, but:

4. Not all phrases that are present in articles are known and searchable in PubMed

5. No relevance ranking

PubMed is not optimal for performing systematic searches.

We recommend searching other databases (as well)







Met google zoeken naar phrases die niet in PubMed te vinden zijn

Overzicht van de nadelen van PubMed

Samenvatting moeten de cursisten zelf geven

controle of ze het inderdaad goed hebben begrepen


SummarizedSummarized 1. Start your search in a MS Word Document

2. Divide your research question into elements

3. Open the MeSH database and try to find the best MeSH terms for each element

4. For those MeSH terms use at least the entry terms as free text searches and paste them in Word

5. Use one of the field names [mh] and [tiab] ([pa] [nm] [pt] [sh]) for all synonyms of all elements, use parenthesis and OR to combine synonyms into elements, and combine all elements with AND

6. Only after you translated all important elements this way, open the PubMed database and search for articles

7. Optimize your search until you are satisfied (use the roadmap)

If you really want to be exhaustive do the workshop on multiple databases


Voordelen

Cursisten (allemaal) veel meer

betrokken

Goede voorbeelden uit de

praktijk meteen toepassen in

je cursussen

Echt toegevoegde waarde naast

standaard PubMed cursussen

Klanten kunnen voorbereidend

werk voor grote searches

beter zelf doen

Nadelen

Kost veel voorbereidingstijd

(afhankelijk van routine

docent)

Cursus duurt langer: bijna 4 uur

(maar niet te lang volgens

deenemers)

Klanten weten nu echt dat ze het

niet zelf kunnen en komen

steeds meer bij ons

Niet voor grote groepen. Bij ons

max 9 (aantal computers)

minstens iedere 3 weken


Werkt het?

Ja

Evaluatie: gemiddeld hoog in de 8 link

Nog geen eindtoets, maar grote sprongen in practicum gezien

Wordt gewerkt aan accreditatie en opname in curriculum PhDs.

Neen

Niet iedere onderzoeksvraag leent zich even goed voor de systematiek

Niet iedere cursist is even ontvankelijk

Disclaimer vooraf


Warning

Don´t think you know what you´re about to see

You al are experienced users, but have adapted methods that are

counter effective.

Pay close attention

We teach you subtle changes in the way you search PubMed that will

have great impact on your search results.

And change PubMed into a more valuable tool

We want to change the way you use PubMed to make it more

effective!


Dus

Bied je cursisten meer dan een knoppencursus PubMed.

Leer ze systematisch zoeken!


Wichor Bramer

Biomedisch Informatiespecialist

Medische Bibliotheek - Erasmus MC - Rotterdam

010 – 70 43785

[email protected]

slideshare.net/wichor

@wichor

nl.linkedin.com/in/wichor

Onderwijs in Literatuuronderzoek : Doen voor of voordoen? (web en z rotterdam 2012 12-13)

Education

Transcript of Onderwijs in Literatuuronderzoek : Doen voor of voordoen? (web en z rotterdam 2012 12-13)