handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid...

36
HANDLEIDING BIJ PROEFSCHRIFTEN DISSERTATION GUIDE www.bookbuilders.nl

Transcript of handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid...

Page 1: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

TITEL HOOFDSTUK + 1TITEL HOOFDSTUK

handleiding BiJ PROeFSChRiFTen

diSSeRTaTiOnguide

www.bookbuilders.nl

Page 2: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

handleidingIn dit boekje staan de belangrijkste van deze regels, naast algemene richtlijnen voor een zo helder mo-gelijke opmaak. Uiteraard kunnen wij u uitgebrei-der advies geven over het uiterlijk van uw boek en de verschillende mogelijkheden die er zijn.

guideIn this leaflet, you will find the most important rules and pointers to keep in mind when completing your book. We would be more than happy to provide you with additional information and advice regarding your specific needs and wishes.

Page 3: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

INHOUD

inhOud05 handleiding bij proefschriften

07 Stappenplan proefschriften

11 instructies binnenwerk

15 Opmaak binnenwerk

23 aanlevering

27 Technische afwerking van het boek

31 Planning

35 Vragen en advies

indexdissertation guide

Roadmap dissertation

instructions for the interior

design of the interior

hand over

Technical completion of the book

Planning

Questions and advice

INDEX + 3

Page 4: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Offerte formulier proefschriften

op www.bookbuilders.nl.

Dissertation quotation form at

www.bookbuilders.nl.

Page 5: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

DISSERTATION GUIDEHANDLEIDING BIJ PROEFSCHRIFTEN

handleiding BiJ PROeFSChRiFTenAls wetenschappelijk onderzoeker heeft u vaak meerdere jaren tijd en moeite gestopt in studie, on-derzoek en de uitwerking daarvan. Het enige wat u nog rest is het publiceren. In deze handleiding kunt u lezen wat er belangrijk is qua opmaak en waar u op moet letten wanneer u gaat drukken. Wilt u toch meer informatie, stuur dan een e-mail naar [email protected] +

diSSeRTaTiOnguideAs a scientist you invest several years time and ef-fort into your study, research and their effects. All there is left is publishing. This guide provides some tips and usefull information about designing and printing of your dissertation. If you want additional information, do not hesitate to contact us at [email protected] +

a+ 5

Page 6: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Uitnodiging

Invitation

CD / DVD Digitaal proefschrift

CD / DVD Digital dissertation

Proefschrift (omslag en binnenwerk)

Dissertation (cover and interior)

Stellingen

Propositions

Extra bijlage (optioneel)

Extra attachment (optional)

Propositions

1. Due to the complex distribution of methylesters and acetyl groups, no pectin

molecule is alike. (this thesis) 2. A toolbox of esterases with different tolerance to substituents is essential for the

characterization of the sugar beet pectin’s structure.

(this thesis) 3. The annotation of enzymes within the CAZy system must not always be taken

for granted. 4. Insignificant differences in experimental data can be significantly relevant for

future research. 5. University ranking gives honor and distinction while at the same time imposing

responsibility. 6. Cultural differences only exist in people's minds.

7. Social media should be called selfie-media.

Propositions belonging to the thesis entitled:

“Enzymatic fingerprinting and modification of acetylated pectins” Connie Remoroza, Wageningen, 21st of March, 2014

Page 7: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

ROADMAP DISSERTATIONSSTAPPENPLAN PROEFSCHRIFTEN

ROadmaP diSSeRTaTiOn1 Quotation

You can use offset printing or digital printing de-pending on the number of copies, budget and time you have. You can find a printer via PON or the in-ternet. If you print together with a colleague most printers will offer a discount. You can always mail us to provide you a price for printing your disserta-tion.

2 delivery

Overall, a printer will apply a delivery time of ap-proximately 15 days. They need to reserve one week for the proof version, one week for printing and one week for the binding/delivery. There are options to get your dissertations faster, however make sure that quality is leading when someone claims to print it fast for you. >>

STaPPenPlan PROeFSChRiFT1 Offerte

U kunt uw proefschrift laten vervaardigen via offset druk of digitaal. Deze keuze is afhankelijk van op-lage, budget en levertijd.Een drukker hiervoor vinden kan je via PON of via internet.Wanneer je samen met een ander de opdracht uit-besteed is er vaak additionele korting mogelijk.U kunt ons ook altijd mailen voor een opgave.

2 levertijd

Globaal genomen hanteerd een drukker een lever-tijd van ongeveer 15 werkdagen. Ze reserveren één week voor de proefronde, één week voor het druk-ken en één week voor de afwerking. Bij printing-on-demand kan dat nog sneller en is de totale levertijd ongeveer 10 werkdagen. Indien de bestel-ling sneller geleverd moet worden, dan zijn er vaak ook nog mogelijkheden, let dan wel op dat dit niet de kwaliteit in de weg staat. >>

+ 7

Page 8: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative
Page 9: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

STAPPENPLAN PROEFSCHRIFTEN

3 Proof

Once received, we check your supplied files. Make a proof (paper and/or digital) and we send it to you. If ther are any corrections, we make another proof until your approval.

4 The cover

A thorough thesis deserves a matching cover. Designing the cover of your thesis is a free service we offer. Of course you also design the cover your-self. Please contact us for specifaications.

5 Production Printing / finishing

After your agreement to the proof version the production phase starts. We will print/finish the desired no. off copies a. Your thesis, including propositions and invitations, neatly boxed and then, on an agreed day, may be picked up or delivered. +

3 Proefronde

Na ontvangst controleren wij uw aangeleverde be-standen. Daarvan maken we een proefexemplaar en sturen die naar u toe. Na controle van de proef kunnen eventuele correctiebestanden worden aan-geleverd. Vervolgens kunnen we voor alle zeker-heid nog een digitale proef toesturen. Het is uiteraard ook mogelijk uw proefschrift door ons op te laten maken. Hiervoor gelden echter wel andere aanleverspecificaties en levertijden.

4 het omslag

Een gedegen proefschrift verdient een dito omslag (kaft of cover). Het ontwerpen van de omslag van uw proefschrift bieden wij gratis als service aan. Uiteraard kunt u het omslagontwerp ook zelf aanleveren.

5 Productie drukken/printen/afwerking

Na uw akkoord op de proef start de productiefase. Wij zullen de gewenste oplage drukken/printen en afwerken. Uw proefschrift wordt, inclusief stellin-gen en uitnodigingen, netjes in dozen verpakt waarna uw proefschrift op een afgesproken dag kan worden afgehaald of worden bezorgd. +

ROADMAP DISSERTATIONS + 9

Page 10: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Pag. I - (Franse) titelpagina

Page I - (French) title page

Pag. II - Colofon pagina

Page II - Colophon page

Pag. III - Promotiepagina

Page III - Promotion page

Pag. IV - Promotorenpagina

Page IV - Doctoral committee page

Enzymatic fingerprinting and

modification of acetylated pectins

Connie Remoroza

Thesis committee

Promotors Prof. Dr H. Gruppen Professor of Food Chemistry Wageningen University Prof. Dr H.A. Schols Personal chair at the Laboratory of Food Chemistry Wageningen University Other members Prof. Dr L. Dijkhuizen, University of Groningen Prof. Dr M.E. Hendrickx, KU Leuven, Belgium Prof. Dr M.W.F Nielen, Wageningen University Dr M.-C. Ralet, INRA Nantes, France

This research was conducted under the auspices of the Graduate School VLAG (Advanced studies in Food Technology, Agrobiotechnology, Nutrition and Health Sciences).

Enzymatic fingerprinting and

modification of acetylated pectins

Connie Remoroza

Thesis submitted in fulfilment of the requirements for the degree of doctor

at Wageningen University by the authority of the Rector Magnificus

Prof. Dr M.J. Kropff, in the presence of the

Thesis Committee appointed by the Academic Board to be defended in public

on Friday 21 March 2014 at 4 p.m. in the Aula.

Connie Remoroza Enzymatic fingerprinting and modification of acetylated pectins 162 pages

PhD thesis, Wageningen University, Wageningen, NL (2014) With references, with summaries in English and Dutch

ISBN: 978-90-6173-902-5

Page 11: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

INSTRUCTIES BINNENWERK

inTeRiOR inSTRuCTiOnSPreliminary pages

Beginning of the book, all pages before the actual text starts (title page, table of contents, preface, etc.). In contrast to the preliminary pages of a trade edition (a ‘regular’ book), a thesis has a different sequence. In a trade edition the usual sequence is: French title, blank, title page, colophon page.

Sequence preliminary pages thesis

Page I - (French) title pageTitle in caps only (corps 12-14 pts)

Page II - Colophon pageISBN 90 XXX - X - XXXXX - XXX - X(Go to: Bureau ISBN www.isbn.nl)© your name, year ‘copyright clause’ (see page 15)

Page III - Promotion pageText according to instructions from university.

Page IV - Doctoral committee pageNames of ‘promotors’ according to instructions from your university. >>

inSTRuCTieS BinnenweRkVoorwerk

Begin van het boek, alle pagina’s vóór eigenlijke tekst begint (titelpagina, inhoud, voorwoord, enz.).In tegenstelling tot het voorwerk in een handels-editie (een ‘gewoon’ boek), kent een proefschrift een afwijkende volgorde. In een handelseditie is de gebruikelijke volgorde: Franse titel, blanco, titelpa-gina, colofonpagina.

Volgorde voorwerk proefschrift

Pag. I - (Franse) titelpaginaUitsluitend titel in hoofdletters (lettergrootte 12-14 pts)

Pag. II - Colofon pagina ISBN 90 XXX - X - XXXXX - XXX - X(Ga naar: Bureau ISBN, www.isbn.nl)© uw naam, jaartal ‘auteursrechtclausule’ (zie pag.15)

Pag. III - PromotiepaginaTekst volgens voorschrift van de universiteit.

Pag. IV - PromotorenpaginaNamen van promotoren volgens voorschrift van de universiteit. >>

INTERIOR INSTRUCTIONS + 11

Page 12: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Pag. V - Opdracht (optioneel)

Page V - Dedication (optional)

Pag. VI - Blanco (optioneel)

Page VI - Blank )optional)

Pag. VII - Inhoudsopgave

Page VII - Table of contents

Pag. IIX - Blanco of Voorwoord

Page IIX - Blank or Preface

Abstract To reveal the ester distribution patterns in acetylated pectins, an enzymatic fingerprinting method using a combined endo-polygalacturonase (PG) and pectin lyase (PL) treatment followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative light scattering detection was developed. This method paved the way for the development of the new quantitative parameters degree of hydrolysis by PG (DHPG) and degree of hydrolysis by PL (DHPL). These parameters distinguished the methylester and acetyl group distribution patterns within different sugar beet pectins (SBPs). In the case of pectin having a degree of methylesterification (DM) of >50 and acetylation of ~20, the above approach was insufficient. Hence, a second digestion was introduced using a fungal pectin methylesterase and a PG. More than 60% of the total GalA residues present in three SBPs were recovered as monomer and oligomers after the two digestions. The first digestion of the acid extracted commercial SBP revealed the presence of small blocks of nonesterified GalA residues and segments containing large blocks of PL degradable methylesterified and /or acetylated GalA residues. Blocks of partly methylesterified, non-acetylated GalA residues were recognized after the second digestion. These results show that the acetylation pattern is non-random.

A pectin acetylesterase (BliPAE) and a pectin methylesterase (BliPME) from Bacillus licheniformis DSM13 were produced, purified and biochemically characterized. The mode of action of BliPAE and BliPME towards acetylated pectins was revealed using the newly developed enzymatic fingerprinting method. BliPAE specifically deacetylates the O-3 linked acetyl groups of nonmethylesterified galacturonic acid residues in the homogalacturan of pectin. BliPME efficiently de-methylesterifies lemon pectins (DM34-76 → DM 0) and SBPs (DM 30-73 → DM 14) in a blockwise manner. BliPME is quite tolerant towards the acetyl groups present within the SBPs. For the first time, a comprehensive experimental characterization was directed to enzymes from B. licheniformis having a PAE and a PME activity.

Table of contents Abstract

Chapter 1 General Introduction 9

Chapter 2 Combined HILIC-ELSD/ESI-MSn enables the separation, identification and quantification of sugar beet pectin derived oligomers

29

Chapter 3 Descriptive parameters for revealing substitution patterns of sugar beet pectins using pectolytic enzymes

45

Chapter 4 Two-step enzymatic fingerprinting of sugar beet pectin 65

Chapter 5 A Bacillus licheniformis pectin acetylesterase is specific for homogalacturonan’s acetylated at O-3

85

Chapter 6 Mode of action of Bacillus licheniformis pectin methylesterase on highly methylesterified and acetylated pectins

105

Chapter 7 General Discussion 125

Summary 145

Samenvatting 149

Acknowledgements 153

About the author 157

7

Page 13: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

INSTRUCTIES BINNENWERK

next pages

From page V you make the rules. However, there are unwritten rules that determine the accessibility and readability of the book. Therefore:

Page V - Dedication (optional)

Page VI - Blank (optional)

Page VII - Table of contents

Page IX - Preface

Chapters

Chapter 1 starts after these pages. Please note: every chapter starts on an odd (right-hand) page.

examples of ‘copyright clause’

All rights reserved. Save exceptions stated by the law, no part of this publication may be reproduced, stored in a retrieval system of any nature, or transmit-ted in any form or by any means, electronic, mechan-ical, photocopying, recording or otherwise, includ-ed a complete or partial transcription, without the prior written permission of the authors, application for which should be addressed to author. +

Volgende pagina’s

Vanaf pag. V worden de spelregels door u bepaald. Maar er is toch een onuitgesproken wetmatigheid welke be paalt of een boek toegankelijk en rustig leesbaar is, daarom:

Pag. V - opdracht (optioneel)

Pag. VI - Blanco (optioneel)

Pag. VII - inhoudsopgave

Pag. IX - voorwoord

hoofdstukken

Na voorgaande pagina’s volgt Hoofdstuk 1. Let wel op: alle hoofdstukken beginnen op een oneven (dus: rechter-)pagina.

Voorbeelden van ‘auteursrechtclausule’

Alle rechten voorbehouden. Niets uit deze opgave mag worden verveelvoudigd, opgeslagen in een geautomatiseerd gegevensbestand of openbaar worden gemaakt, in enige vorm of op enige wijze, zonder voorafgaande schriftelijke toestemming van de auteur. +

INTERIOR INSTRUCTIONS + 13

Page 14: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Propositions

1. Due to the complex distribution of methylesters and acetyl groups, no pectin

molecule is alike. (this thesis) 2. A toolbox of esterases with different tolerance to substituents is essential for the

characterization of the sugar beet pectin’s structure.

(this thesis) 3. The annotation of enzymes within the CAZy system must not always be taken

for granted. 4. Insignificant differences in experimental data can be significantly relevant for

future research. 5. University ranking gives honor and distinction while at the same time imposing

responsibility. 6. Cultural differences only exist in people's minds.

7. Social media should be called selfie-media.

Propositions belonging to the thesis entitled:

“Enzymatic fingerprinting and modification of acetylated pectins” Connie Remoroza, Wageningen, 21st of March, 2014

Page 15: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

OPMAAK BINNENWERK

inTeRiORdeSignA book’s design is of great importance to the over-all product: an attractive cover, the right font, the layout of the text. Specific rules apply to the design and layout of a thesis.

Sequence

- The preliminary pages are not numbered. Num-bering starts at the beginning of the actual text.

- Every new part (from dedication to chapter) starts on a right-hand page.

If needed, insert a blank page on the left. This page is counted, but not numbered.

- Sequence: preface, introduction, chapter 1, 2, 3, etc., appendix(es), summary, literature/bibliography, re gister, index, thank yous, curriculum vitae.

OPmaak BinnenweRkEen goed verzorgd boek staat of valt met de opmaak: een mooi omslag, het juist lettertype, de hiërarchie in koppen, etc. Daarnaast is een proef-schrift gebonden aan een aantal vaste spelregels.

indeling/volgorde

- Het voorwerk krijgt geen paginacijfers. De pagine-ring begint bij aanvang van de eigenlijke tekst.

- Elk nieuw onderdeel (van opdracht tot hoofdstuk) begint op een rechterpagina.

Links eventueel een blanco pagina invoegen. Deze pagina wél meetellen, maar níet nummeren.

- Volgorde: voorwoord, inleiding, hoofdstuk 1, 2, 3 enz., bijlage(n), samenvatting, literatuur, register, index, eventueel dankwoord, curriculum vitae.

INTERIOR DESIGN + 15

Page 16: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Neem de marges instellingen over.

Copy the margin setup.

Ga naar marges en kies

“aangepaste marges”.

Go to margins and choose

“document margins”.

Neem de kop- en voettekst

instellingen over.

Copy the head- and footnote

setup.

Page 17: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

OPMAAK BINNENWERK

design

Keep the design clean, logic and consistent. The size for the lay-out is A4. After reduction of 80% the book size will be 17x24 cm.

Type area

You determine the type area (area of the text printed on the page), but generally these are good indications. In Microsoft Word the page margins would be:top: . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 cm - 3,5 cmbottom: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cmleft: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cmright:. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cm

Rugmarge: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0 cmheader: . . . . . . . . .1,25 cm - 2,5 cmfooter: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1,25 cm

top: . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 cm - 3,5 cmbottom: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cmleft: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cmright:. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cm

Rugmarge: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0 cmheader: . . . . . . . . .1,25 cm - 2,5 cmfooter: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1,25 cm

The page number and possible headers fall outside these margins. >>

Vormgeving

Hou de vormgeving rustig, logisch en consequent. Het formaat voor de opmaak is A4. Na verkleining van 80% is het boekformaat 17x24 cm.

de zetspiegel

(tekstdeel van pagina dat bedrukt wordt) wordt door uw inzicht bepaald. Ter indicatie: In Word bijv. zijn de pagina-instellingen als volgt - in het scherm Pagina instelling vult u bij marges in:Boven: . . . . . . . . . . . . . . 2 cm - 3,5 cmOnder: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cmLinks: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cmRechts: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cm

Rugmarge: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0 cmKoptekst: . . . . .1,25 cm - 2,5 cmVoettekst: . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1,25 cm

Boven: . . . . . . . . . . . . . . 2 cm - 3,5 cmOnder: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cmLinks: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cmRechts: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2,5 cm

Rugmarge: . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 0 cmKoptekst: . . . . .1,25 cm - 2,5 cmVoettekst: . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1,25 cm

Het paginacijfer en evt. headers vallen hier buiten. >>

INTERIOR DESIGN + 17

Page 18: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Schreef letters

Times, 12 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 ABCGaramond, 12 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 abc

Schreefloze letters

Helvetica, 12 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 abcArial, 12 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 abc

lettergrootte bij 80% verkleining

Times, 10 pts (=12pts op 80%):

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 ABCGaramond, 10 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 abc

Serif types

Times, 12 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 ABCGaramond, 12 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 abc

Sans-serif types

Helvetica, 12 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 abcArial, 12 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 abc

Fontsize at 80% reduction

Times, 10 pts (=12pts op 80%):

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 ABCGaramond, 10 pts:

abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890 abc

Page 19: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

INTERIOR DESIGNOPMAAK BINNENWERK

letter

Preference goes to so-called serif types, for exam-ple the Times Roman or Garamond. Sans-serif types, such as Helvetica or Arial, are less suited for longer texts.

letter size

Preference goes to 12 pts. After reduction to 80% (done at the printers) this becomes 10 pts. Notes 10 pts. after reduction this is 8 pts.

line spacing

This depends on the letter. Try 1,2 as well as 1,3. >>

lettertype

De voorkeur gaat uit naar zogenaamde ‘schreeflet-ters’, bijvoorbeeld een Times of Garamond. Schreefloze letters, zoals bijvoorbeeld een Helvetica of Arial zijn minder geschikt voor langere teksten.

lettergrootte

De voorkeur voor de grootte van de tekst gaat uit naar 12 pts. Na verkleining tot 80% wordt dit 10 pts. Noten 10 pts, na verkleining tot 80% wordt dit 8 pts.

Regelafstand

Dit is afhankelijk van het gebruikte lettertype. Probeer zowel 1,2 als 1,3. >>

+ 19

Page 20: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Kop

Title

Hoofdstukkop

Header

Tussenkop 1

Subtitle 1

Tussenkop 2

Subtitle 2

Page 21: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

INTERIOR DESIGNOPMAAK BINNENWERK

headers (of chapters, paragraphs)

Be logic and consistent. Create a hierarchy.

Bold, italic type etc.

Avoid underlining. Be sparse with bold and italic.

Page numbering

Preferred is alternately at the left and right bottom of the page. On pages without text no page number. Please note that blank pages do count in the number ing of the rest. +

koppen

Houdt de koppen logisch en consequent. Maak een duidelijke hiërarchie. Vet, cursief, e.d.

Vermijd onderstrepingen. Wees matig met cursieve of vette letters in de tekst.

Paginacijfer

Bij voorkeur paginacijfers afwisselend links- en rechtsonderaan de pagina. Op pagina’s zonder tekst komt geen paginacijfer. N.B. deze pagina’s tellen wél mee in de nummering. +

+ 21

Page 22: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Adobe PDF (.pdf)

Microsoft word(.doc / .docx)

Page 23: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

HAND OVERAANLEVERING

hand OVeRPdF

Very important when working with PDF files is using the right software. A lot of the free available soft-ware is only useful for creating PDFs for screen use, and not for print (for instance PDFwriter). Our pref-erence goes to Adobe Distiller.

If you hand in a trial chapter at an early stage, for us to check, it may avoid surprises in a later stage. Please be aware that we can hardly make any correct ions in your PDF files. If there are any mis-takes/errors in your proof, you will have to hand in new PDF files.

word/Text files

If you are not able to hand in PDF files, Book Builders can make them for you. In that case you send us your Word files. If you create your text files with Micro-soft Word 2000 or higher, Haveka is able to make perfect PDF files of your text. When using earlier versions of MS Word or a different text editor, please consult Haveka. >>

aanleVeRingPdF

Als u uw manuscript in PDF aanleverd is het van be-lang om de juiste software te gebruiken. Onder de gratis verkrijgbare software zijn nl. pro-gramma’s die al leen geschikt zijn voor schermge-bruik (bijv. PDF-writer), maar niet voor drukwerk. Onze voorkeur gaat uit naar Adobe Distiller.

Het is handig om in een vroeg stadium een proefhoofd stuk in PDF te mailen om verrassingen in een later stadium te voorkomen. Houdt u er reke-ning mee dat wij amper correcties kun nen aan-brengen in het door u geleverde PDF-bestanden. U zult zelf nieuwe bestanden moeten leveren als u nog fouten tegenkomt in de proef.

Tekstverwerkerbestanden

Als u zelf geen PDF aan kunt leveren, kan Book Builders dit voor u verzorgen, u stuurt ons dan de tekstverwerkersbestanden. Omdat er soms tekst-verloop ontstaat bij het maken van een PDF is hier-over goed overleg noodzakelijk. In de versies van het programma Word (Microsoft) is dit euvel vanaf de versie Word 2000 opgelost. >>

+ 23

Page 24: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative
Page 25: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

AANLEVERING

handing in photos digitally

When handing in photos digitally, please scan the original. Scan at 300 dpi and save as .jpg or .eps or .tiff file.

- Save black - and - white photos as grayscale. - Colour photos as CMYK.- Bitmap files need to be at least 1200 dpi.

Of course we can scan your pictures for you.

Cover

If you hand in your cover digitally, you can use the above instructions. Please do consult Book Builders in re gard to the spine size and hand in one file: back, spine and front complete. We can make a cover according to your wishes. Prices vary. +

Foto’s digitaal aanleveren

Voor het digitaal aanleveren van foto’s dient u de af beeldingen te scannen. Scannen op 300 dpi en wegschrijven als .jpg (voorkeur) of.eps of .tiff.

- Zwart-wit foto’s bewaren als grayscale.- Kleurenfoto’s als CMYK.- Bitmap (lijntekeningen) minimaal 1200 dpi.

Het spreekt voor zich dat wij de afbeeldingen ook voor u kun nen scannen. Omslag

Als u de omslag zelf digitaal aanleverd, kunt u de in structies zoals hierboven beschreven, volgen. Vraag wel van te voren de rugdikte en lever één be-stand aan, dus achterplat, rug en voorplat com-pleet opgemaakt. Ook kunnen wij het omslag voor u verzorgen aan de hand van uw wensen. De kosten hiervan zijn variabel. +

Het is ook mogelijk om in

een zwart/wit binnenwerk

fullcolour pagina’s te

verwerken. Wij kunnen hier

een offerte voor uitbrengen.

It’s also possible to

integrate colour pages in a

black and white interior.

Contact us for a quotation.

+ 25HAND OVER

Page 26: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative
Page 27: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

TECHNISCHE AFWERKING VAN HET BOEK

TeChniCal COmPleTiOn OF The BOOkPaper interior

Standard is 90 grs. matte mc paper for the interior. The reason for this is because it reads easily and is good for printing photos and illustrations. However you can choose from a variety of papers. If for in-stance you prefer a slightly tinted paper, we re-commend 90 grs. Biotop.

Cover

We print the covers on 240 grs. sulfaatkarton. You have the option of matte or glossy laminate. >>

TeChniSChe aFweRking Van heT BOekPapier binnenwerk

Standaard hebben wij gekozen voor 90 grs. mat MC papier voor het binnenwerk. Dit papier is geko-zen omdat het makkelijk leest en foto’s/illustraties er goed op gedrukt kunnen worden. Maar uiter-aard kunt u kiezen uit veel soorten papier. Als u bijv. een licht getint papiersoort wilt, raden wij 90 grs. Biotop aan.

Omslag

Wij drukken de omslagen op 240 grs. Sulfaatkarton 1-zijdig gestreken. U maakt de keuze uit glanzend of mat lamineren. >>

TECHNICAL COMPLETION OF THE BOOK + 27

Page 28: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative
Page 29: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

TECHNISCHE AFWERKING VAN HET BOEK

invitations and propositions

The sizes of the cards are 10 x 15 cm and 6 x 23 cm.Usually are created to match the cover of the book, but anything is possible.

handing in the propositions

Max. two A4 papers, same design as the interior, will be reduced to 80%.Cards and theses have to be handed in at the same time as the manuscript.

Finishing

All books we produce us are paperbacks, but hard-cover is also possibility. +

uitnodigingen en stellingen

De formaten van de kaartjes zijn 10 x 15 en 6 x 23 cm. Vaak worden de uitnodigingen gemaakt aan de hand van de omslag, maar alles is mogelijk.

aanlevering stellingen

Maximaal 2 A4, zelfde opmaak als binnenwerk, worden naar 80% verkleind.Zowel kaartjes als stellingen dienen tegelijk met het manuscript in het bezit van Book Builders te zijn.

afwerking

Alle door ons geproduceerde boeken worden ge-brocheerd afgewerkt, maar ook hard gebonden is een mogelijkheid. +

TECHNICAL COMPLETION OF THE BOOK + 29

Page 30: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative
Page 31: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

PLANNING

Planning

The printer

We need time to make a book out of your manu-script: text needs to be put on plate, ink need to dry, the cover needs lamination, and the binder also requires time to finish the book.

what we can do for you

If you rather let someone else take care of the de-sign of your book, we can do it for you. Please con-tact us early, so that we can make a solid planning for making your book.

what we need from you

We need the digital text files and a complete print of your manuscript. >>

Planning

de drukker

We hebben natuurlijk tijd nodig om een boek van uw manuscript te maken: tekst moet op plaat, inkt moet drogen, het omslag moet gelamineerd worden. Ook de binder heeft de nodige tijd voor het binden nodig.

wat wij voor u kunnen betekenen

Als u de opmaak van uw boek liever uit handen geeft, kunnen wij deze vormgeving verzorgen. Indien dit uw keuze is, willen we graag tijdig con-tact om een goede planning te kunnen maken.

wat u dan moet doen

We willen dan graag de bestanden digitaal en een uitdraai van uw manuscript ontvangen. >>

PLANNING + 31

Page 32: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative
Page 33: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

PLANNING

Time of the production

If you design the book yourself, and deliver us the manuscript in PDF file, we can produce a good book in a relatively short time. But in order to have enough time to receive a proof and still have time for corrections, the credo is simple: the earlier you hand in your files, the more time (and ease of mind) you have to finish your book.

We need to receive your manuscript files and optional cards and theses at least three weeks before the date.

If you let us design your book, please deliver your files (and print-out) six weeks before the date. +

Benodigde tijd voor de productie

Als u de vormgeving zelf verzorgt en het manus-cript in PDF-formaat aanleverd, kunnen wij in rela-tief korte tijd een goed boek leveren. Maar om tijd genoeg te hebben voor een proef en mo gelijke cor-recties te verwerken is het credo eenvoudig: hoe eerder u inlevert, des te meer rust er is om het boek te vervaardigen.Maar in ieder geval willen we minimaal drie weken voor de inleverdatum uw zelf vervaardigde manus-cript en mogelijke uitnodigingen en stellingen ontvangen.Mocht u uw boek door ons laten opmaken, dan willen wij minimaal zes weken voor de inleverda-tum uw bestanden (met uitdraai) in ons bezit hebben. +

PLANNING + 33

Page 34: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative
Page 35: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

VRAGEN EN ADVIES

QueSTiOnS and adViCeBook Builders for you

Because it is impossible to tell everything about the making of your dissertation, we kindly invite you to ask your questions or for advice. Just call or mail us:

Book Builders

Korenpad 16534 AS Nijmegen

Tel. 024 642 90 92

www.bookbuilders.nl

[email protected]@[email protected]

VRagen en adVieSBook Builders, uw grafische partner

Natuurlijk is het onmogelijk álles te vertellen over het maken van een proefschrift. U bent bij ons welkom voor al uw vragen of gewoon voor advies. U kunt ons gewoon bellen of mailen.

Book Builders

Korenpad 16534 AS Nijmegen

Tel. 024 642 90 92

www.bookbuilders.nl

[email protected]@[email protected]

QUESTIONS AND ADVICE + 35

Page 36: handleiding BiJ diSSeRTaTiOn PROeFSChRiFTen guide · followed by hydrophilic interaction liquid chromatography coupled to electrospray ionization ion trap mass spectrometry with evaporative

Korenpad 1 - 6534 AS Nijmegen - Tel. 024 642 90 92 - [email protected] - www.bookbuilders.nl