De Bio- (&Geo-) Diversiteit van het CWIArjen Doelman

MAS, CWI & UvA

OPZET:

• Centraal staan een twaalftal voorbeelden van bestaande aan de aard- en levenswetenschappen gerelateerde onderzoeksprojecten op het CWI.

Een `one man poster session’

• Andersoortige activiteiten:

• Aard Leven

• Plannen en `synergie’

Opmerking: • Naamgeving `posters’ gebaseerd op groepsleiders – een versimpeling, zij representeren tevens aio’s en andere co-auteurs.

• Het genoemde CWI-onderzoek is bijna zonder uitzondering uitgevoerd in samenwerking met aard- en/of levenswetenschappers.

Harry Buhrman/Peter Grunwald/Paul Vitanyi (INS4):

Clustering & Similarity Analysis

SARS is een Corona virus

Een SARS virus

Andere toepassingen: evolutiaire bomen, tekstanalyse

Leen Stougie (PNA1): Combinatorische optimalisatie

computationele biologie

`phylogenetic networks’

evolutionaire netwerk voor gistsoorten

evolutionaire boom

. . .

Eric Pauwels (PNA4): Extractie en matching van patronen

`ambient intelligence’/ visuele plaatsbepalingen

&

walvissen, dolfijnen, zeeschilpadden, bomen, ...

Dezelfde walvis in de data base

Foto

skelet

foto

Informatie over de groei/geschiedenis van het koraal

Kwantitatief meten aan biologische objecten

Robert van Liere (INS3): Visualisatie & 3D oppervlakken

Jason Frank (MAS1): Statistisch accurate (klimaat)simulaties

Simulatie KNMI (140 jaar)

Daan Crommelin (MAS1): Deduceren van modellen uit data

Andere toepassingen: klimaatsdynamica, moleculaire dynamica, ...

Temperatuur oceaan oktober 2005

Voorspellingen

Andere toepassingen: klimaatsdynamica, moleculaire dynamica, ...

Jan van Schuppen (MAS2):

`System reduction’ , metabolische/proteine/genetische networks

input ) output

glycolyse netwerk

gist

Antonios Zagaris (MAS1): Dynamische model reductie

Een sterk vereenvoudigde verbrandingsreactie

Laag dimensionaal gedrag in grote systemen

biochemische netwerken

Ute Ebert (MAS3): Multiscale analyse Gasontladingen

Sprites (50km)

Laboratorium (4cm)

Toepassingen in de techniek

Joke Blom (MAS1): modelleren & simuleren biochemische processen

`Hybride’ systemen:

Tussen continu (concentraties) en volledig discreet (moleculaire dynamica)

Schalen: continu discreet

cel

Ben Sommeijer (MAS1): Phytoplankton dynamica

Blauwalgen in het Ijsselmeer

Modelleren planktonconcentraties in het Nieuwe Meer (Amsterdam ZO)

Simulaties, hydrodynamica en ecologie

Arjen Doelman (MAS1): `Pattern Formation’ Verwoestijning

Niger, Afrika; schaal: tientallen meters

Vegetatiepatronen als indicatie voor verwoestijning

ANDERSOORTIGE ACTIVITEITEN:

• Het NISB = Netherlands Institute for Systems Biology

Samenwerking tussen:

• &

17 december `kennismakingsdag’ op de werkvloer.

• Er loopt een wervingsactie voor twee bio-informatici en/of bio-mathematici op tenure track niveau.

• De `bio-bonus’.

• Wiskunde heeft langere traditie/is meer geïntegreerd in AARDwetenschappen

• AARDwetenschappen `continue’ wiskunde MAS

• LEVENswetenschappen zijn nog op zoek naar `fundamentele wetten’

• Wiskunde/Informatica? LEVENswetenschappen INS, MAS, PNA

• LEVENswetenschappen:Triviale W & I? Of juist veel te moeilijk??

AARD LEVEN

PLANNEN & SYNERGIE

• Gecombineerde aanstellingen, detacheringen, gasten, ...

Frank Bruggeman (CWI & VU: NISB) – MAS3

Huib de Swart (IMAU, Institute for Marine and Atmospheric research Utrecht: NDNS) – MAS1

...

• DIVERSITEIT & SYNERGIE:

Duidelijk aanwezig binnen de Aardwetenschappen (MAS)

Binnen de Levenswetenschappen?

AARD & LEVEN (phytoplankton, verwoestijning, ...)

• Een gecombineerde krachtsinspanning?

Klimaat? `Genetics’? Kankeronderzoek? Medisch-technisch? ...