Faculteit Bètawetenschappen

Studiegids 2020 - 2021

BacheloropleidingBiologie

1

STUDIEGIDS

Bacheloropleiding

BIOLOGIE

niveau 1, 2 en 3 Studiejaar 2020-2021

versie 4 oktober 2020

Het curriculum van Biologie is dynamisch en dat wil zeggen dat tussentijds veranderingen plaats kunnen vinden. Deze veranderingen zullen altijd op diverse manieren bekend gemaakt worden waaronder in de digitale versie van deze gids. Raadpleeg voor de meest recente informatie de online versie van deze studiegids. In iedere nieuwe versie zal aangegeven worden welke veranderingen er t.o.v. de

vorige versie zijn doorgevoerd. Scan hiervoor de QR code of ga naar http://students.uu.nl/beta/biologie

Foto cover Maria Salaru

Universiteit Utrecht Departement Biologie

Studiepunt Biologie

Minnaertgebouw (kamer 1.20) Leuvenlaan 4, 3584CE Utrecht

tel. 030-253 5888

2

Ten geleide Dit is de studiegids voor het studiejaar 2020-2021 van de bacheloropleiding Biologie, Faculteit Betawetenschappen, Universiteit Utrecht. In deze gids staan alle huishoudelijke regels met betrekking tot de opleiding. De formele Onderwijs en examenregeling (OER) staat als laatste in de gids afgedrukt. Dit is het document waar een student zich op kan beroepen. Alle cursussen, die bij het verschijnen van deze gids bekend waren, zijn uitgebreid beschreven. Denk daarbij aan inhoud, leerdoelen, toetsing maar ook aan ingangseisen. De cursussen zijn georganiseerd in studiepaden. De studiepaden staan uitgebreid beschreven in hoofdstuk 8 van deze gids; de PADVINDER. Hierbij wordt iedere cursus weergegeven door een icoontje. Dit icoontje bevat veel informatie over de cursus; studiepad(en), naam, code, niveau en periode/timeslot. Als hulpmiddel bij het maken van een planning is een programmaatje ontwikkeld dat je in staat stelt om cursussen in het rooster te plaatsen; de VAKKENVULLER. Het is te downloaden via http://www.projects.science.uu.nl/coos/Vakkenvuller/index.html. Er zijn versies voor Linux, Mac en Windows. Download regelmatig nieuwe versies van het programma (de gegevens binnen een versie worden automatisch aangepast!). De cursusbeschrijvingen zijn gegroepeerd per periode en dan per niveau; je zoekt eerst bijvoorbeeld periode 3 en vindt daar de beschrijvingen van cursussen op niveau 1, 2 en 3 die in deze periode gegeven worden. Gedurende het collegejaar 2020-2021 kunnen veranderingen in het curriculum plaatsvinden. Gebruik bij het plannen van je studie altijd de laatste (=online) versie LET OP: Door onvoorziene Corona maatregelen in de loop van het stuidejaar kunnen veranderingen plaatsvinden. Hierover worden jullie altijd geïnformeerd. Overzicht veranderingen 2020-2021: Er zijn diverse studiepaden aangepast, hierbij kunnen ook ingangseisen van cursussen veranderd zijn. Hier wordt coulant mee omgegaan.

• Het vak Aquatische ecologie (B-B3AQEC05) wordt niet meer gegeven. • Het vak Immunobiologie (B-B3IMMB09) is verplaatst van periode 4AD naar periode 1AD. • Het vak Bioinformatics and genomics (BMW33316) in periode 4BC is vervangen door

Bioinformatics for comparative genomics (B-B3BCG20) in periode 4AD. • Een bijzondere nieuwe cursus is Thematic interdisciplinary challenge (B-B3TIC20, 3AD)

In het eerste jaar verdwijnen vijf cursussen te weten: de verplichte cursussen Biologie en ecologie van planten (B-B1BEP13, 2BC), Systeembiologie (B-B1SYSB09, 3BC), Experiment en statistiek (B-B1EXST13, 4BC) en de keuzecursussen Genen en gezondheid (B-B1GENG16, 4AD) en Ecologie (B-B1ECO13, 4BC). Onderdelen van al deze cursussen en nieuwe onderdelen komen terug in vier nieuwe verplichte cursussen: Planten en micro-organismen (B-B1PLMI20, 2BC), Kwantitatieve biologie (B-B1KWBI20, 3BC), Genomica (B-B1GENO20, 4AD) en Ecologie en experiment (B-B1ECEX20, 4BC). Studenten die één of meerdere verplichte 1e jaarscursussen die niet meer gegeven worden niet gehaald hebben in 19-20 maken gebruik van een extra aanvullende toets. Deze zal waarschijnlijk plaatsvinden in de derde week van de kerstvakantie, jullie krijgen daarover bericht. Mochten er dan nog studenten zijn die een van deze cursussen -of delen daarvan- over moeten doen dan wordt dat gedaan op afspraak en via maatwerk. Ondanks de zorg die aan de tekst in dit document is besteed kunnen er onbedoelde fouten en onzorgvuldigheden in staan. U kunt derhalve geen rechten aan de tekst in deze studiegids ontlenen. De UBV geeft een alternatieve studiegids uit. In deze gids geven studenten hun persoonlijke mening over de cursussen van niveau 2 en 3. Het departement Biologie is niet verantwoordelijk voor de inhoud van deze alternatieve gids.

3

INHOUDSOPGAVE 1.VOORWOORD .................................................................................................................. 6 2. ALGEMEEN ..................................................................................................................... 8 2.1 Onderwijs en Examenregeling (OER) en Studentenstatuut ............................................................ 8 2.2 Reglement Examencommissie Undergraduate School, faculteit Bètawetenschappen ............................. 8 2.3 Studenten e-mail .............................................................................................................. 8 2.4 Osiris ............................................................................................................................ 8 2.5 Blackboard ..................................................................................................................... 8 2.6 Roosters ........................................................................................................................ 8 2.7 Studiepunt Biologie ........................................................................................................... 9 2.8 Studieadviseurs voor de bacheloropleiding ............................................................................... 9 2.9 Facultaire klachtencoördinator .............................................................................................. 9 2.10 Kamer Biologie van de Examencommissie UGS ....................................................................... 9 2.11 Opleidingsdirecteur en coördinator/manager bacheloropleiding Biologie ........................................... 9 2.12 1e jaarscoördinatoren ..................................................................................................... 10 2.13 De practicumzalen ........................................................................................................ 10 2.14 Gedragsregels practicumzalen .......................................................................................... 10 2.15 Honoursprogramma Biologie ............................................................................................ 10 2.16 BioSCOPE ................................................................................................................. 11 2.17 Vrijstellingen................................................................................................................ 11 2.18 Studeren in het buitenland? .............................................................................................. 12 2.19 Welzijn ...................................................................................................................... 12 3. HET ONDERWIJS VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE .................................................... 15 3.1 Doelstellingen ............................................................................................................... 15 3.2 Eindtermen ................................................................................................................... 15 3.3 Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) .................................................................................. 15 3.4 Bindend studieadvies ....................................................................................................... 15 3.5 Het programma van de opleiding ......................................................................................... 16 3.5.1 Major ....................................................................................................................... 16 3.5.2 Profileringsruimte ......................................................................................................... 17 3.5.2.1 Cursussen buiten de opleiding Biologie ............................................................................. 18 3.5.2.2 Suggesties voor cursussen buiten Biologie ......................................................................... 18 3.5.2.3 Planning voor cursussen buiten Biologie ........................................................................... 19 3.5.3 Minor ....................................................................................................................... 19 3.6 Vaardigheden................................................................................................................ 19 3.7 Het timeslot rooster en belangrijke data ................................................................................. 19 3.8 Regels aanvullende toetsing .............................................................................................. 21 4. DE CURSUSSEN VAN DE BACHELOR OPLEIDING BIOLOGIE .................................................... 22 4.1 Cursussen op niveau 1 ..................................................................................................... 22 4.1.1 Uitsluitingen niveau 1 .................................................................................................... 22 4.2 Cursussen op niveau 2 ..................................................................................................... 22 4.2.1 Uitsluitingen niveau 2 .................................................................................................... 23 4.3 Cursussen van niveau 3 ................................................................................................... 23 4.3.1 Uitsluitingen niveau 3 .................................................................................................... 23 4.4 Uitsluitingen met vakken bij andere opleidingen ....................................................................... 24 4.5 Jaarrooster 2020-2021 Bachelor Biologie ............................................................................... 25 4.6 Toelating tot cursussen van niveau 2 en 3 .............................................................................. 26 4.6.1 Verplichte volgorde toelating tot de cursussen ....................................................................... 26 4.6.2 Het kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen .......................................................................... 26 4.7 Wat te doen als je eerste keus buiten Biologie is? ..................................................................... 27 5. VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING ..................................................................... 28 5.1 Voorlichting .................................................................................................................. 28 5.2 Inschrijving cursussen via OSIRIS-student .............................................................................. 28 5.3 Regels bij de aanmelding en plaatsing .................................................................................. 28 5.4 Aanmelden voor niet-biologen bij cursussen van Biologie ............................................................ 29 6. MASTERPROGRAMMA’S .................................................................................................. 30

4

7. ARBEIDSMARKTORIËNTATIE ............................................................................................ 31 8. De PADVINDER; studiepaden in de opleiding ........................................................................... 33 8.1 Leeswijzer PADVINDER ................................................................................................... 34 8.2 Studiepad CELBIOLOGIE ................................................................................................. 35 8.3 Studiepad ECOLOGIE en NATUURBEHEER .......................................................................... 36 8.4 Studiepad EVOLUTIEBIOLOGIE ......................................................................................... 37 8.5 Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE ......................................................................................... 38 8.6 Studiepad MARIENE WETENSCHAPPEN ............................................................................. 39 8.7 Studiepad MICROBIOLOGIE ............................................................................................. 40 8.8 Studiepad NEUROBIOLOGIE ............................................................................................. 41 8.9 Studiepad ONTWIKKELINGSBIOLOGIE ................................................................................ 42 8.10 Studiepad PLANTENBIOLOGIE ........................................................................................ 43 8.11 Studiepad THEORETISCHE BIOLOGIE en BIOINFORMATICA ................................................... 44 8.12 Studiepad TOXICOLOGIE ............................................................................................... 45 8.13 VERBREDENDE VAKKEN .............................................................................................. 46 CURSUSBESCHRIJVINGEN PER PERIODE .............................................................................. 47 Periode 1, niveau 1 cursussen ................................................................................................ 47 EVOLUTIE & BIODIVERSITEIT ............................................................................................... 47 MOLECULAIRE BIOLOGIE .................................................................................................... 49 Periode 1, niveau 2 cursussen ................................................................................................ 51 ACADEMISCHE COMMUNICATIE ........................................................................................... 51 BIOLOGISCHE MODELLERING .............................................................................................. 53 MARIENE WETENSCHAPPEN II ............................................................................................. 55 MICROBIËLE INTERACTIES ................................................................................................. 57 ONTWIKKELINGSBIOLOGIE ................................................................................................. 59 PALEONTOLOGIE FLORA .................................................................................................... 61 PLANTENFYSIOLOGIE ........................................................................................................ 63 Periode 1, niveau 3 cursussen ................................................................................................ 65 BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP .......................................................................................... 65 CELLEN EN WEEFSELS ...................................................................................................... 68 DIDACTIEK ...................................................................................................................... 70 ENDOCRINOLOGIE ............................................................................................................ 72 GEDRAGSOBSERVATIES .................................................................................................... 75 GENOOMBIOLOGIE ............................................................................................................ 77 IMMUNOBIOLOGIE ............................................................................................................. 79 Periode 2, niveau 1 cursussen ................................................................................................ 81 BIOLOGIE VAN DIEREN ....................................................................................................... 81 PLANTEN en MICRO-ORGANISMEN ....................................................................................... 84 Periode 2, niveau 2 cursussen ................................................................................................ 86 DE CEL ........................................................................................................................... 86 GEDRAGSBIOLOGIE .......................................................................................................... 88 METABOLISME ................................................................................................................. 91 MOLECULAIR GENETISCHE ONDERZOEKSTECHNIEKEN ........................................................... 93 ORIËNTATIE OP DE ONDERWIJSPRAKTIJK ............................................................................. 95 VOORTGEZETTE STATISTIEK EN ‘R’ ...................................................................................... 97 Periode 2, niveau 3 cursussen ................................................................................................ 99 COMPUTATIONELE BIOLOGIE .............................................................................................. 99 EVOLUTIE INTERDISCIPLINAIR ........................................................................................... 101 EVOLUTIONAIRE ONTWIKKELINGSBIOLOGIE ........................................................................ 103 GENTHERAPIE, KANKER, AIDS ........................................................................................... 105 LIGHT AND ELECTRON MICROSCOPY ................................................................................. 107 MARIENE WETENSCHAPPEN III: ‘Oceans of the Future’ .............................................................. 109 MOLECULAIRE PROKARYOTE MICROBIOLOGIE ..................................................................... 111 MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS ...................................................................... 113 PALEOENVIRONMENTS .................................................................................................... 115 TROPISCHE ECOLOGIE .................................................................................................... 117 WETENSCHAPPER IN BELEID ............................................................................................ 119

5

Periode 3, niveau 1 cursussen .............................................................................................. 121 BIOTECHNOLOGIE EN MAATSCHAPPIJ ................................................................................ 121 MARIENE WETENSCHAPPEN I ........................................................................................... 123 KWANTITATIEVE BIOLOGIE ............................................................................................... 125 Periode 3, niveau 2 cursussen .............................................................................................. 128 ACADEMISCHE COMMUNICATIE ........................................................................................... 51 BETA IN BEDRIJF EN BELEID ............................................................................................. 128 DATA SCIENCE EN BIOLOGIE ............................................................................................. 130 EVOLUTIE 2 ................................................................................................................... 132 WETENSCHAPS- en TECHNIEKCOMMUNICATIE ..................................................................... 135 Periode 3, niveau 3 cursussen .............................................................................................. 137 EMPATHIE INTERDISCIPLINAIR .......................................................................................... 137 MOLECULAIRE EUKARYOTE MICROBIOLOGIE ....................................................................... 138 MOLECULAR CELL RESEARCH ........................................................................................... 140 NATURE BASED DESIGN ................................................................................................... 142 NEURONALE AANDOENINGEN ........................................................................................... 144 ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA ............................................................................ 146 PLANT DEVELOPMENT AND ENVIRONMENT ......................................................................... 148 THEMATIC INTERDISCIPLINARY CHALLENGE ........................................................................ 150 TOXICOLOGIE ................................................................................................................ 152 WETENSCHAPPER IN ADVIES ............................................................................................ 154 WILDLIFE CONSERVATION ................................................................................................ 156 Periode 4, niveau 1 cursussen .............................................................................................. 158 ECOLOGIE en EXPERIMENT............................................................................................... 158 GENOMICA .................................................................................................................... 160 Periode 4, niveau 2 cursussen .............................................................................................. 163 DE CEL ........................................................................................................................... 86 DIERFYSIOLOGIE ............................................................................................................ 163 NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN PLANTENDIVERSITEIT .................................................. 165 NEUROBIOLOGIE ............................................................................................................ 167 Periode 4, niveau 3 cursussen .............................................................................................. 169 BIO-ETHIEK .................................................................................................................... 169 BIOINFORMATICS for COMPARATIVE GENOMICS ................................................................... 171 BIOLOGIE van de ‘BIOBASED’ ECONOMIE .............................................................................. 173 COGNITIE en SOCIO-ECOLOGIE ......................................................................................... 175 EVOLUTIE 3; co-evolutie in theorie en praktijk ........................................................................... 177 FOOD FORWARD: innovations that help feed the world ................................................................ 179 GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE ........................................................... 181 MICROBIËLE ECOLOGIE ................................................................................................... 183 Alle perioden, niveau 3 cursussen .......................................................................................... 186 BACHELOR ONDERZOEKSSCRIPTIE .................................................................................... 186 BACHELOR ONDERZOEKSTAGE ......................................................................................... 188 Biologie in het werkveld niveau 2 cursussen .............................................................................. 190 BIOLOGIE IN HET WERKVELD ............................................................................................ 190 Onderwijs en examenregeling PARAGRAAF 1 – ALGEMENE BEPALINGEN ....................................... 194

6

1.VOORWOORD Deze gids beschrijft het onderwijsprogramma, studiepaden, de vakken van de bacheloropleiding Biologie, reglementen van huishoudelijke aard en de formele Onderwijs en examenregeling (OER). De opleiding biedt je zeer veel keuzevrijheid en er is veel aandacht voor vakspecifieke en academische vaardigheden. In het eerste jaar van de bacheloropleiding Biologie maak je kennis met deelgebieden van de biologie. In de daaropvolgende jaren ga je jezelf meer verdiepen in bepaalde specialisaties binnen de biologie. Het onderwijs op niveau 1 heeft een inleidend karakter en biedt je de mogelijkheid je te oriënteren op de breedte van de biologie en de beschikbare studiepaden die je kunt gaan volgen. Een studiepad is een samenhangend pakket van cursussen. De studiepaden geven richting aan je studie biologie, maar het is niet nodig dat je studiepaden helemaal afrondt. Uitgebreide informatie over alle studiepaden is te vinden in hoofdstuk 8 van dit document; de PADVINDER. Een behaalde cursus op niveau 1, of aantoonbare kennis van hetzelfde niveau, zijn vaak een voorwaarde om een cursus op niveau 2 te kunnen volgen. Het onderwijs op niveau 2 is verdiepend van aard en geeft je de gelegenheid om je verder te oriënteren op een biologische richting waarin je je wilt specialiseren. Behalve een oriënterende functie heeft het niveau 2 onderwijs nog twee andere doelstellingen. Tijdens deze cursussen maak je kennis, meer dan bij niveau 1, met de onderzoekscyclus en wetenschappelijke denken. Daarnaast bekwaam je je verder in een aantal (academische en vakspecifieke) vaardigheden voor het vervolg van je studie en daarna. Voor het volgen van cursussen op gevorderd niveau (niveau 3) worden veelal behaalde niveau 2 cursussen als verplichte ingangseis gesteld. Welke ingangseisen gesteld worden voor een cursus kun je vinden in de cursusbeschrijvingen, in de studiepad beschrijvingen en de PADVINDER. De cursusbeschrijvingen in deze gids vind je ook online in de universitaire onderwijscatalogus. Deze onderwijscatalogus kun je bereiken via OSIRIS-student als je als student ingeschreven bent bij de Universiteit Utrecht of op www.uu.nl/onderwijscatalogus. Binnen de opleiding Biologie zijn eisen gesteld aan de samenstelling van het cursuspakket. Je moet een aantal onderdelen verplicht volgen, 7 cursussen op niveau 1, de cursus Academische communicatie op niveau 2. Je sluit je opleiding af met de Bachelor onderzoeksscriptie en –stage (samen 15 EC1). De studiepaden die je volgt vergemakkelijken het kiezen van een samenhangend pakket van cursussen. Je kiest meerdere studiepaden, maar binnen de major moeten tenminste 6 cursussen op niveau 3 worden afgerond waarvan minimaal 3 met aanduiding 3* (OER). De studiepaden bereiden tevens voor op mogelijke masterprogramma’s, maar een studiepad is geen direct toegansgkaartje voor een masterprogramma. Daarnaast is het volledig afronden van een studiepad geen ingangseis voor masterprogramma’s. Wil je een specifieke master gaan volgen, in of buiten Utrecht, informeer dan tijdig naar de toelatingseisen en selectiecriteria. Een deel van je opleiding (25% = 45 EC) mag je besteden aan cursussen bij andere opleidingen. Dit noemen we de profileringsruimte (zie verder hoofdstuk 3.5).

1 Een EC-studiepunt, afgekort als EC, is 28 uur studie (ECTS is de afkorting van European Credit Transfer System).

7

De opleiding kent een bindend studie advies (BSA). Dat houdt in dat studenten in het eerste jaar minimaal 45 EC (van de 60) behaald moeten hebben om een positief BSA te krijgen. Bij minder dan 45 EC krijgt de student een negatief BSA, hetgeen inhoudt dat de student voor 4 jaar uitgesloten wordt van de opleiding. Zie verder paragraaf 2.15 in deze gids over vrijstellingen. Bij de inhoud van en het bewaken van de kwaliteit van de opleiding onderhoudt de opleiding nauwe contacten met de Opleidings Advies Raad (OAR), Opleidings Advies Commissie-Biologie (OAC-B), Kamer Biologie van de Examencommissie Undergraduate School, de Opleidingscommissie van de Undergraduate School, het student bestuurslid en de vice-Voorzitter van de Utrechtse Biologen Vereniging (commissaris Onderwijs). De deelname van studenten binnen deze gremia is van groot belang en wordt door de opleiding zeer gewaardeerd.

8

2. ALGEMEEN 2.1 Onderwijs en Examenregeling (OER) en Studentenstatuut De doelstellingen van de opleiding, de examens, de reglementen, inschrijvingen en de organisatie van het departement Biologie staan in de Onderwijs- en Examen Regeling (OER). De OER bestaat uit een algemeen deel dat geldt voor alle bachelor opleidingen van de Undergraduate School van de faculteit Bètawetenschappen en een Biologie-specifieke bijlage. Deze bijlage bevat de formele beschrijving van de opleiding. De OER beschrijft de rechten en plichten van studenten enerzijds, en de opleiding anderzijds. De OER en de bijlage worden jaarlijks vastgesteld door de decaan in samenspraak met en na instemming door opleidingscommissie en faculteitsraad en zijn bindend. De OER kun je vinden via http://students.uu.nl/beta/biologie, onder ‘regelingen en procedures’ en aan het einde van deze gids. De overige zaken van belang staan in het Studentenstatuut van de Universiteit Utrecht (UU) en de Code of Conduct http://students.uu.nl/praktische-zaken/regelingen-en-procedures/oer-en-studentenstatuut. In het Studentenstatuut vind je informatie over de Universitaire voorzieningen. OER en Studentenstatuut worden elk studiejaar herzien. 2.2 Reglement Examencommissie Undergraduate School, faculteit Bètawetenschappen De Examencommissie Undergraduate School van de faculteit Bètawetenschappen voert de OER uit. Zij werkt met een reglement. Dit reglement beschrijft de regels en richtlijnen die van toepassing zijn op toetsen en examens. Dit document is te vinden via http://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures. 2.3 Studenten e-mail Je krijgt van de Universiteit een e-mail adres. Je krijgt hierover per email bericht. Je studentenmail is een officieel communicatiekanaal en heeft dezelfde status als een brief: check je e-mail dus regelmatig, in ieder geval dagelijks! De informatie wordt als bekend verondersteld.

2.4 Osiris Het studievoortgangssysteem van de Universiteit Utrecht heet OSIRIS en is te raadplegen via OSIRIS-student: https://osiris.uu.nl/osiris_student_uuprd/StartPagina.do. Je gebruikt OSIRIS-student om je eigen gegevens (bijvoorbeeld je cijfers) te raadplegen, adreswijzigingen door te geven en om je vanaf de tweede helft van het 1e studiejaar in te schrijven voor cursussen (zie hiervoor ook hoofdstuk 5 in deze gids). 2.5 Blackboard Blackboard is de electronische leeromgeving van de opleiding en wordt door vrijwel alle cursuscoördinatoren gebruikt. Via dit medium worden door docenten informatiebronnen en instructies aangeboden. Tevens worden via Blackboard andere practische zaken m.b.t. je cursus meegedeeld. Blackboard kun je bereiken via http://www.uu.nl/blackboard. Er zijn ook apps voor iOS en Android systemen beschikbaar via Apple Store of Play Store. 2.6 Roosters Roosters voor je vakken waarvoor je bent ingeschreven worden gepersonaliseerd kenbaar gemaakt via een app; MyUU. De roosters kun je ook terugvinden via een website; https://mytimetable.uu.nl. Veranderingen in het rooster zijn direct in deze app of website te volgen.

9

2.7 Studiepunt Biologie Het Studiepunt Biologie van de afdeling Onderwijs- en Studentenzaken zorgt voor de verspreiding van informatie over het onderwijs. Zij maakt hiervoor gebruik van de studenten e-mail en de onderwijswebsite van biologie. Via studiepunt vraag je ook je diploma aan, zie https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/afstuderen of bijv. een transcript van je cijferlijst. Ook voor ziekmelding bij tentamens en voor cursusinschrijving kun je bij studiepunt terecht. Voor vragen over inschrijving bij de opleiding/universiteit, betalen collegegeld etc. kun je niet terecht bij het studiepunt maar bij Studentenservice. Hierover kun je lezen in het Studentenstatuut (zie website). Iedere student wordt dringend verzocht om verandering of beëindiging van de studie, langdurige studieonderbreking e.d. aan het studiepunt Biologie door te geven. Studiepunt Biologie (Minnaertgebouw) Leuvenlaan 4, 3584CE Utrecht Kamer 1.20 tel. 030-2535888 Balie open: dagelijks van 11.00-13.00 uur, e-mail: science.bio.ba@uu.nl Je wordt bij het Studiepunt Biologie (onder meer) geholpen door Petra Konijn. 2.8 Studieadviseurs voor de bacheloropleiding De studieadviseur is het aanspreekpunt voor de student met betrekking tot zowel inhoudelijke studiegerelateerde vragen als vragen over planningonderwijsprogramma, exameneisen, studeren in het buitenland, en persoonlijke problemen. Studenten die om wat voor reden dan ook studievertraging dreigen op te lopen wordt aangeraden zo snel mogelijk contact op te nemen met de studieadviseur. dr. Isolde den Tonkelaar (rechterfoto), kamer 1.05 Minnaertgebouw drs. Barber van Manen (linkerfoto), kamer 1.16 Minnaertgebouw e-mail: studieadviseur.bio@uu.nl op afspraak: via www.uu.nl/beta/studieadviseurs Inloopspreekuur Isolde: maandag 12:30-13:30 2.9 Facultaire klachtencoördinator Pim Visscher MSc tel. 0611155219 e-mail: p.visscher@uu.nl 2.10 Kamer Biologie van de Examencommissie UGS Verzoeken en klachten gericht aan de Kamer Biologie kun je sturen naar examencommissie.bio@uu.nl. Hiervoor is een formulier ontworpen dat je moet invullen en opsturen naar bovengenoemd emailadres. Het formulier kun je downloaden via: http://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures. 2.11 Opleidingsdirecteur en coördinator/manager bacheloropleiding Biologie dr. A.J.M. (Ton) Peeters dr. M. (Martijn) van Zanten Opleidingsdirecteur Onderwijsmanager Kruytgebouw, Z407 Kruytgebouw, O205 e-mail: bachelor.bio@uu.nl

10

2.12 1e jaarscoördinatoren Christa Eekhuis MSc en Jonno van Vulpen MSc zijn de 1e jaarscoordinatoren. Zij zullen coördinatoren en docenten van 1e jaarscursussen ondersteunen bij het onderwijs en de onderwijsorganisatie.

2.13 De practicumzalen De practica van de cursussen volg je in de practicumzalen op de 3e of 4e verdieping van het Koningsbergergebouw (KBG), Budapestlaan 4B of op de 4e verdieping van het Kruytgebouw, Padualaan 8 (Z428). Ing. Rob Welschen is de beheerder van de practicumruimten in het Koningsberger- gebouw. Hij regelt de practicummaterialen, verhuur en uitleen van microscopen, verkoop van dictaten, etc. Zijn kamer is 3.24 in het Koningsbergergebouw, tel. 030 2531221. 2.14 Gedragsregels practicumzalen • Jassen en tassen dienen in de kluisjes opgeborgen worden en mogen niet op de

zaal aanwezig zijn. • Op de practicumzaal moeten studenten altijd een labjas aan, tenzij expliciet door de

docent gemeld wordt dat het niet nodig is. • Op de practicumzaal en in de directe omgeving daarvan mag niet gegeten of

gedronken worden. 2.15 Honoursprogramma Biologie De opleiding Biologie kent een honoursprogramma. Dit is een selectief programma waarbij het gaat om verbreding én verdieping. Een groot deel van het programma vindt plaats bij de opleiding (curriculair) en een kleiner deel bij de Science Honours Academy (het Beta Honours programma, extracurriculair). In dit programma wordt vaak aan een boek of soms ook een website met een biologisch thema gewerkt. Zie hieronder voor een paar voorbeelden.

Studenten worden na het einde van periode 2 (maart/april) geïnformeerd over de inhoud van het programma en op basis van cijfers (gemiddeld een 7,5 of hoger) of op voorspraak van de tutor uitgenodigd om te solliciteren. Er worden meestal 15-20 studenten voor het programma geselecteerd.

11

2.16 BioSCOPE De Utrechtse Biologen Vereniging (UBV) geeft in samenwerking met de opleiding het maandblad de bioSCOPE uit. Hierin is ook regelmatig informatie over de opleiding te vinden.

2.17 Vrijstellingen Algemeen Om een Positief Bindend Studieadvies (BSA) te halen moet je in je eerste studiejaar 45 EC aan studiepunten halen (zie ook 3.4). Let op dat vrijstellingen niet meetellen voor de 45 EC die je voor een positief Bindend Studieadvies (BSA) moet halen. Let ook op dat als je een andere cursus wilt doen in de periode en het timeslot van de cursus waar je vrijstelling voor hebt gekregen, je jézelf daarvoor moet inschrijven en dat plaatsing niet is gegarandeerd. Twijfel je of je de vrijstellingen wilt aanvragen of gebruiken, neem dan contact op met de studieadviseur, studieadviseur.bio@uu.nl. Andere opleiding aan andere universiteit? Heb je voordat je Biologie in Utrecht ging studeren al cursussen behaald bij een andere opleiding aan een andere universiteit? Dan kun je mogelijk vrijstelling krijgen voor (een deel van) je profileringsruimte. Neem contact op met de Kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures >> Kamer Biologie. Stuur relevante stukken zoals cijferlijst en cursusbeschrijvingen mee. Nadat je bericht hebt ontvangen van de kamer Biologie ga je met het bericht van de kamer en met je originele bewijzen en een kopie daarvan naar studiepunt Biologie om je bewijzen te laten waarmerken. Biologie of Bio-gerelateerd aan andere universiteit? Heb je voordat je Biologie in Utrecht ging studeren al cursussen bij een opleiding Biologie of bij een bio-gerelateerde opleiding aan een andere universiteit behaald? Dan kun je mogelijk vrijstelling voor bepaalde vakken krijgen en/of voor (een deel van) je profileringsruimte. Neem contact op met de Kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures >> Kamer Biologie. Stuur relevante stukken zoals cijferlijst en cursusbeschrijvingen mee. Nadat je bericht hebt ontvangen van de Kamer Biologie ga je met het bericht van de kamer en met je originele bewijzen en een kopie daarvan naar studiepunt Biologie om je bewijzen te laten waarmerken. Andere opleiding aan UU? Heb je voordat je Biologie in Utrecht ging studeren al cursussen behaald aan een andere opleiding bij de Universiteit Utrecht? Dan kun je mogelijk vrijstelling krijgen voor (een deel van) je profileringsruimte. Voor 1 december van je eerste jaar Biologie doe je een verzoek bij de examencommissie (Kamer Biologie) om je cursussen van je eerdere opleiding mee te laten tellen voor je profileringsruimte. Je krijgt hier begin oktober een herinnering van namens de Kamer Biologie van de examencommissie van de UGS. Wanneer er voor 1 december geen aanvraag is gedaan, verschuiven de cursussen in Osiris naar ‘niet meetellend voor het examenprogramma’. Je kunt ook in een later stadium van de studie nog een verzoek doen om cursussen mee te laten tellen voor de profileringsruimte, maar realiseer je dat het beoordelen van de aanvraag tijd kost (maximaal 6 weken); dit i.v.m. afstuderen. Cursussen die teveel overlap hebben met cursussen bij Biologie zullen in je studievoortgangsoverzicht van Osiris als niet meetellend voor het examenprogramma worden aangemerkt. Als je een aanverwante opleiding zoals Biomedische wetenschappen of Diergeneeskunde hebt gedaan, is het soms mogelijk vrijstelling voor

12

bepaalde cursussen te krijgen. Neem daarvoor contact op met de Kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures >> Kamer Biologie. 2.18 Studeren in het buitenland? Wil je naar het buitenland, begin dan een jaar van te voren met de voorbereidingen. Eind september/begin oktober is er een voorlichtingsavond over studeren in het buitenland die georganiseerd wordt door de UBV en Science International Office. Alle informatie kun je vinden op de webpagina https://students.uu.nl/beta/biologie/onderwijs/studeren-in-het-buitenland 2.19 Welzijn

Studeren kun je leren…, …maar ONTSPANNEN ook! Als student is het vaak vele balletjes in de lucht houden. Om dit vol te houden en goed te blijven functioneren is dagelijkse ontspanning noodzakelijk. Je zit dan lekkerder in je vel, kan makkelijker studeren en zo geniet je meer van je studententijd! Het kan echter voorkomen dat dit je niet lukt en dat je merkt dat het niet goed met je gaat. Dat is erg vervelend, maar gelukkig ook op te lossen. Je kan met vrienden praten want er is een grote kans dat zij jouw gevoelens herkennen en delen. Dit kan al een hele opluchting zijn. Wil je toch graag meer hulp, dan hebben de bacheloropleiding Biologie, faculteit Bètawetenschappen en de Universiteit Utrecht verschillende plekken waar je terecht kan. In deze brochure vind je tips en informatie over hulplijnen die je kunnen helpen bij zowel studiegerelateerde als persoonlijke problemen. Onthoud vooral dat je er nooit alleen voor staat en dat je overal een oplossing voor kunt zoeken!

Stress, psychische klachten en burn-outs Stress is een beschermingsmechanisme van je lichaam. In een bedreigende situatie zorgt het er namelijk voor dat je snel kan reageren. Dit kan levensreddend zijn. Ondervind je echter te lang stress, dan wordt het schadelijk en spreken we van chronische stress. Chronische stress kan (grote) gevolgen hebben voor jouw gezondheid, zoals een verminderde weerstand en dus hogere kans op ziektes. Bovendien kan het resulteren in psychische problemen, zoals vermoeidheidsklachten, concentratieproblemen, angst-aanvallen en burn-outverschijnselen. Als chronische stress niet wordt opgelost, kan het ook leiden tot studievertraging of misschien wil je zelfs helemaal stoppen met je studie. Herken je jezelf in het bovenstaande, dan ben je niet de enige. Steeds meer studenten geven aan last te hebben van chronische stress en/of stress-gerelateerde problemen en gaan vaker naar de studentenpsycholoog. Het is dus belangrijk dat je chronische stress zoveel mogelijk voorkomt door een goede balans te vinden tussen studeren en ontspanning, zowel voor jouw gezondheid als jouw professionele vooruitgang. Wil je meer weten over (chronische) stress en de gedachten die daar een rol bij spelen, kijk dan eens op: https://students.uu.nl/praktische-zaken/begeleiding-en-advies/pak-je-problemen-aan/stress.

Ontspanning

Gun jezelf tijd om te ontspannen Verminder beeldschermtijd (social media, Netflix en gamen)

13

Geef je hersenen regelmatig rust met activiteiten die laag zijn in prikkels Vind een activiteit die voor jou ontspannend is (sporten, tekenen, lezen, etc.) Ga naar buiten!

Stressoren

Leg je telefoon niet in de buurt als je studeert Voorkom activiteiten die hoog in prikkels zijn vlak voor het slapen Overmatig smartphonegebruik resulteert in FOMO (fear of missing out) en SMS (social media

stress) Probeer piekeren vooral ’s nachts te voorkomen, zodat je een goede nachtrust krijgt

Waar vind je hulp bij Biologie? Tutor

Een tutor is meestal een docent die lesgeeft binnen Biologie. Hij of zij kan je helpen bij keuzestress binnen het studieprogramma, bij studievertraging of als je juist op zoek bent naar meer uitdaging. De tutor kan je voorzien van de juiste informatie of doorverwijzen.

Studieadviseur

De studieadviseur bij Biologie, bij wie je terecht kunt voor begeleiding en advies als je te maken hebt met persoonlijke omstandigheden die je studie beïnvloeden (bijvoorbeeld depressieve of angstklachten, stress, familieproblemen), is Isolde den Tonkelaar (studieadviseur.bio@uu.nl). Bovendien kan zij je doorsturen naar de juiste personen die je verder kunnen helpen met specifieke problemen, zoals de studentenpsycholoog of het Skills Lab. Je kunt gemakkelijk een afspraak maken met Isolde via https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/begeleiding-en-advies.

Studentenpsycholoog

De studentenpsycholoog is er voor alle studenten van de Universiteit Utrecht en kan helpen bij studie- en/of persoonlijke problemen. Hij of zij kan je advies en informatie geven om problemen aan te pakken, je individueel of in een groep begeleiden of doorverwijzen voor gespecialiseerde hulp. Je kan makkelijk online een afspraak maken via https://students.uu.nl/afspraak-maken-met-een-studentenpsycholoog.

UBV Als je liever je problemen met een medestudent bespreekt heeft het UBV-bestuur twee vertrouwenspersonen. Deze kunnen worden aangesproken in de UBV-kamer voor een vertrouwelijk gesprek of bereikt worden via vertrouwenspersoonubv@gmail.com.

Trainingen De Universiteit Utrecht geeft ook meerdere trainingen die je tools bieden om jouw problemen de baas te worden. De UU biedt onder andere de volgende trainingen:

Faalangst aanpakken, Verander je negatieve zelfbeeld, Mindfulness (aandachttraining), Pak stress aan.

14

Deze trainingen bestaan uit meerdere bijeenkomsten waar je via opdrachten en oefeningen aan de slag gaat met jouw problemen. Voor alle trainingen is een intakegesprek met de studentenpsycholoog of de begeleiders van het programma nodig. Wil je gericht jouw studievaardigheden verbeteren dan kan je ook terecht bij het Skills Lab (https://students.uu.nl/naast-de-studie/trainingen). Zij bieden verschillende cursussen, workshops en tools die helpen bij het verbeteren van jouw (academische) vaardigheden.

Hulp buiten de universiteit Ook buiten de universiteit kun je bij veel instanties terecht. Hieronder volgen een aantal mogelijkheden:

Huisartsen kunnen je helpen bij psychische klachten. Zij kunnen je onder andere doorverwijzen naar een psycholoog of andere instanties die ervaring hebben met specifieke mentale problemen.

113 zelfmoord preventie (https://113.nl) biedt anoniem en vertrouwelijk hulp aan mensen die suïcidale gedachten of neigingen hebben. Bovendien hebben ze een crisislijn (0900-0113) die 24/7 beschikbaar is voor acute hulp. Heb je geen acute hulp nodig dan kan je ook gebruik maken van de overleglijn (020 311 38 88), online therapie of de zelfhulpcursus. Je kunt hier ook informatie vinden als je je zorgen maakt om iemand anders.

Grip op je dip (https://gripopjedip.nl) biedt tips, informatie en cursussen over het omgaan met dips en depressies en heeft deskundigen die je kunnen helpen als je last hebt van depressieve gedachtes.

Deze tekst is geschreven door Melissa Blom, net afgestudeerd bioloog, in de hoop dat mijn medestudenten zich realiseren dat het niet erg is als het niet goed gaat en dat je er met hulp altijd weer uitkomt.

15

3. HET ONDERWIJS VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE 3.1 Doelstellingen Het doel van de opleiding is dat de afgestudeerde beschikt over vakgebonden kennis en vaardigheden zoals beschreven in de eindtermen. 3.2 Eindtermen De bachelor Biologie: 1. heeft kennis en begrip van de centrale biologische concepten; evolutie, structuur &

functie, informatieverwerking, energie & metabolisme en systemen, en kan deze, afhankelijk van de specialisatie, toepassen in een of meerdere vakgebieden in de biologie

2. kan gebruik maken van het interdisciplinaire karakter van de wetenschap en dit toepassen voor het oplossen van biologische problemen

3. beschikt over de vaardigheid om een verscheidenheid aan basale onderzoeks-technieken toe te passen en kan zich nieuwe technieken eigen maken

4. is in staat om, in beperkte mate zelfstandig, een wetenschappelijk probleem te vertalen in een experimenteel onderzoeksplan, dat uit te voeren en de resultaten ervan te analyseren en te interpreteren, in relatie tot de relevante literatuur

5. is in staat om de door hem/haar zelf geselecteerde wetenschappelijke literatuur en andere databronnen kritisch te analyseren, interpreteren en evalueren

6. is in staat om in professionele context mondeling te communiceren over zijn vakgebied

7. is in staat om in professionele context schriftelijk te communiceren over zijn vakgebied

8. is in staat om, in beperkte mate zelfstandig, kennis te vergaren voor het oplossen van complexe biologische problemen, zowel individueel als in een (multidisciplinair) team

9. is in staat kritisch te reflecteren op eigen en andermans handelen in professionele context ten einde zijn/haar (en hun) bijdrage te verbeteren

10. is in staat te reflecteren op de maatschappelijke en ethische consequenties van biologisch onderzoek en kan zijn/haar mening met argumenten onderbouwen

11. kan een weloverwogen keuze maken voor een vervolgopleiding of beroep. 3.3 Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) De bacheloropleiding Biologie heeft een omvang van 180 EC en bestaat uit de major biologie (135 EC) en een vrij deel, de profileringsruimte (45 EC). Het programma van de opleiding en de bijbehorende regelingen staan beschreven in de Onderwijs- en Examenregeling (OER). De OER wordt elk jaar opnieuw herzien en is te vinden aan het einde van deze gids en op de website:http://students.uu.nl/beta/biologie, onder ‘regelingen en procedures’. 3.4 Bindend studieadvies Alle eerstejaars studenten krijgen aan het einde van het eerste studiejaar een schriftelijk bindend studieadvies (BSA) van de onderwijsdirecteur. Indien de student in juli na alle herkansingen niet voldaan heeft aan de eis van 45 behaalde EC dan ontvangt hij een negatief bindend studieadvies. De student mag niet doorgaan met de studie Biologie in Utrecht en kan zich gedurende 4 jaar niet meer inschrijven voor deze studie in Utrecht. Dit bindend studieadvies wordt in januari vooraf gegaan door een niet-bindend pre-advies. Dit is bedoeld als reflectiemoment; studenten met een twijfel of negatief pre-advies wordt sterk aangeraden de studievoortgang met de tutor of studieadviseur te bespreken en eventueel te besluiten te stoppen met de studie. Als je vóór 1 februari je studiefinanciering stopt, worden je studentenreisproduct en aanvullende beurs automatisch een gift. Er is één voorwaarde: je mag in hetzelfde

16

studiejaar geen studiefinanciering meer aanvragen voor een opleiding aan hbo of universiteit. Daarnaast tellen de maanden die je tot februari hebt ontvangen mee als verbruikte studiefinancieringsmaanden. (https://duo.nl/particulier/opleiding-stoppen-of-wijzigen/stoppen-in-je-eerste-jaar.jsp). Als je in het eerste jaar van inschrijving voor 1 februari stopt met de opleiding en je uitschrijft bij de Universiteit Utrecht krijg je geen negatief BSA. In geval van persoonlijke omstandigheden die het studeren hinderen kan de opleidingsdirecteur besluiten het negatief BSA om te zetten naar een aangehouden advies. Voorwaarde hiervoor is dat de student deze omstandigheden zo snel als mogelijk gemeld heeft aan de studieadviseur. De precieze voorwaarden met betrekking tot BSA zijn na te lezen in de OER, artikel 7.4. 3.5 Het programma van de opleiding De opleiding bestaat uit een major (135 EC) en een vrije profileringsruimte (45 EC) gevuld met cursussen van elk 7½ EC of een veelvoud daarvan op drie niveaus. De major bestaat uit verplichte cursussen en een aantal keuzecursussen. van niveau 1, 2 (verdiepend) of 3 (gevorderd). In totaal moet je 45 EC aan cursussen op niveau 3 halen. De eisen voor major en profileringsruimte volgen hieronder. De verplichte en keuzecursussen die tot de major biologie horen, staan vermeld in de OER. De beschrijving van deze cursussen vind je in deze studiegids en in de online onderwijscatalogus. Cursussen, die niet in de OER van Biologie staan en die je volgt bij andere opleidingen, breng je onder in de profileringsruimte van je bachelorprogramma. 3.5.1 Major De MAJOR biologie bestaat uit maximaal 18 cursussen van 7½ EC (totaal 135 EC). Voor studenten vanaf 2020 als jaar van aanvang geldt dat zij 10 (75 EC) verplichte cursussen moeten volgen; - 7 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 52½ EC). - de cursus Academische communicatie op niveau 2. - de Bachelor onderzoeksscriptie én onderzoeksstage (niveau 3, 15 EC). De overige 8 cursussen (60 EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven (major verplichte keuze). Voor het volgen van deze cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 2 keuzecursussen (15 EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 waarvan minimaal 3

met aanduiding 3* (OER), - voor de overige 2 keuzecursussen (15 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van

niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major. In totaal moet je in de major dus minimaal 6 (45 EC) niveau 3 cursussen (4 + Onderzoeksscriptie én onderzoeksstage) gevolgd hebben.

Figuur 2. Omvang in EC van de verschillende onderdelen van de bachelor Biologie (vanaf 2020)

Voor studenten vanaf 2017 (tot en met 2019) als jaar van aanvang geldt dat zij 9 verplichte cursussen moeten volgen; - 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC). - de cursus Academische communicatie op niveau 2. - de Bachelor onderzoeksscriptie én onderzoeksstage (niveau 3, 15 EC).

major 135 EC profilering 45 EC

vrije keuze 45 EC scriptie en stage

15 EC

major verplichte keuze 60 EC

major verplicht 60 EC

17

De overige 9 cursussen (67,5 EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 2 keuzecursussen (15 EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 waarvan minimaal 3 met

aanduiding 3* (OER), - voor de overige 3 keuzecursussen (15 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van

niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major. In totaal moet je in de major dus minimaal 6 (45 EC) niveau 3 cursussen (4 + Onderzoeksscriptie én onderzoeksstage) gevolgd hebben Voor studenten met 2016 als jaar van aanvang geldt dat zij 8 verplichte cursussen moeten volgen; - 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC). - de Bachelor onderzoeksscriptie én onderzoeksstage (niveau 3, 15 EC). De overige 10 cursussen (75 EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 3 keuzecursussen (22½ EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 waarvan minimaal 3 met

aanduiding 3* (OER), - voor de overige 3 keuzecursussen (22½ EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van

niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major. In totaal moet je in de major dus minimaal 4 + Onderzoeksscriptie én onderzoeksstage niveau 3 cursussen gevolgd hebben. Voor studenten vanaf 2013 tot en met 2015 als jaar van aanvang geldt dat zij 7 verplichte cursussen moeten volgen; - 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC). - de Afstudeeropdracht (niveau 3, 7½ EC) óf Scriptiedeel van het Onderzoeksproject

(niveau 3, 7½ EC). Het stagedeel van het Onderzoeksproject is een keuzecursus van de major (zie onder).

De overige 11 cursussen (82½ EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze 11 cursussen gelden een aantal regels: - je volgt tenminste 3 keuzecursussen (22½ EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 (het stagedeel van het

Onderzoeksproject telt hier niet mee), - voor de overige 4 keuzecursussen (30 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van

niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major, hierbij moeten minimaal 2 cursussen op niveau 2 en/of 3 zijn (zie hiervoor de gids, het stagedeel van het Onderzoeksproject telt hier wel mee).

In totaal moet je in de major dus minimaal 5 (37½) niveau 3 cursussen (inclusief de Afstudeeropdracht óf Scriptiedeel van het onderzoeksproject) gevolgd hebben. In totaal moet je minimaal 6 (45 EC) niveau 3 cursussen gevolgd hebben in major en profileringsruimte samen (OER 3.4.2.). 3.5.2 Profileringsruimte In de bacheloropleiding Biologie heb je een profileringsruimte van 45 EC (6 cursussen van 7½ EC). Deze cursussen kun je zowel buiten als binnen de bacheloropleiding Biologie kiezen. Alle cursussen van de Universiteit Utrecht vind je in de universitaire onderwijscatalogus via www.uu.nl/onderwijscatalogus. Tenminste twee cursussen (15 EC) van de profileringruimte moeten bestaan uit cursussen op niveau 2 of 3. Je kunt (een deel) van je profileringsruimte ook opvullen met een minor.

18

3.5.2.1 Cursussen buiten de opleiding Biologie Als je (in de profileringsruimte) onderwijs bij een andere opleiding aan de Universiteit Utrecht (UU) of daarbuiten volgt, dan kun je in die periode (of timeslot) geen onderwijs van Biologie zelf volgen. Let wel op mogelijke inhoudelijke dubbeling met Biologievakken (OER art. 3.7 en zie ook 4.4 in deze gids). De bachelorcursussen aan de UU zijn vrijwel allemaal in de 4 cursusperioden geroosterd met gelijke start en einddatums. Bij andere universiteiten gelden andere perioden. Voor het volgen van cursussen buiten de Universiteit Utrecht moet je vóóraf toestemming vragen aan de Kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures >> Kamer Biologie. 3.5.2.2 Suggesties voor cursussen buiten Biologie In het schema hieronder staan cursussen die Biologiestudenten bij andere opleidingen aan de Universiteit Utrecht kunnen kiezen. Het is maar een kleine greep uit het gehele aanbod en een compleet overzicht is te vinden in de Osiris Onderwijscatalogus, www.uu.nl/onderwijscatalogus. Klik bij inscrhijven in Osiris aan: ‘bijvakker’=’ja’ en kies een faculteit en/of periode en/of niveau. Wil je binnen de faculteit Bètawetenschappen een keuzecursus kiezen, dan is de cursusplanner handig om te gebruiken. Bij het opdoen van inspiratie voor losse cursussen kun je ook kijken bij de minors, www.uu.nl/minors. Kijk ook op de webpagina onder ‘profileringsruimte/minors’. Kijk ook eens op het prikbord bij Studiepunt en op de Blackboard Startpagina voor studenten voor aankondigingen van interessante cursussen en praat met je medestudenten. cursusnaam cursuscode Periode* Timeslot* Studium generale Wetenschapsfilosofie 202000030 3 E Duurzaamheid als wereldbeeld GEO3-5004 3 E Geowetenschappen Paleoclimatology GEO3-1329 1 A Systeem aarde1 GEO1-1191 1 AD Landscape ecology and nature conservation GEO3-2140 1 C Deformatie en metamorfose van de korst GEO2-1209 2 A Sedimentaire systemen GEO2-1208 2 C Paleontology - fauna GEO2-1215 3 A Paleoceanography GEO2-1218 3 C Mens en landschap GEO2-4210 3 C Milieu, gedrag en communicatie GEO2-2116 3 C Philosophy of Science and Ethics GEO2-2142 4 D Philosophy of Science and Ethics GEO2-2142 2 D Veldwerk 2 Voorlandbekken en afz. mil.** GEO3-1217 4 ABCDE BMW Infectie en Immuniteit BMW20805 1 BC Research design and analysis BMW33718 1 BC Orgaansystemen**** BMW20205 2 BC Farmacologie BMW30405 4 BC Communiceren via het DNA-lab*** BMW31709 1,2,3,4 Zie Osiris Sociale wetenschappen Psychopharmacology 201700081 4 B Klinische neuropsychologie 200300073 2 B Child development: interdisc. perspectives 201800002 1 B

19

Bèta breed Klimaatverandering in context BETA-B1KLC 3 D Filosofie van de natuurwetenschappen BETA-B2FGN 2 B Making modern science: a history of chemistry 1750-1950 BETA-B3MMS 1 B

Klimaat en maatschappij BETA-B1KM 4 A Farmacie Schimmels en geneesmiddelen FA-BA112 3 AD Verslaving en verslavingsmiddelen FA-BA316 3 AD Conscious brain & unconscious mind FA-BA217 4 BC Natuurkunde De wetenschappelijke revolutie BETA-B1WR 4 B Informatica Imperatief programmeren INFOIMP 1 D

* aan het opzoeken van deze gegevens is veel zorg en aandacht besteed; als je een cursus wilt volgen, controleer dan altijd in de Osiris Onderwijscatalogus of de cursus nog steeds gegeven wordt én of dat nog steeds in dezelfde periode en hetzelfde timeslot is. Controleer zelf of je aan de ingangseisen voldoet. ** ingangseisen voor Veldwerk 2 Voorlandbekken en afzettings milieu voor Biologiestudenten: voor 1 maart van

het lopende studiejaar voldaan hebben aan de volgende eisen: - tenminste 75 majorgebonden studiepunten hebben behaald; - tenminste 30 majorgebonden studiepunten op niveau 2 hebben behaald; - Sedimentaire systemen (GEO2-1208) hebben behaald; - Mariene Wetenschappen II (B-B2MAWE14) en Experiment en statistiek (B-B1EXST13) hebben behaald. NB: De cursus Deformatie en metamorfose van de korst (GEO2-1209) wordt dringend als ingangseis geadviseerd. Kennis van deze cursus is essentieel. ***De cursus Communiceren via het DNA-lab kun je niet doen als je de cursus Didactiek doet of gedaan hebt. ****Orgaansystemen en dierfysiologie hebben veel overlap. Het is niet toegestaan om beide te doen 3.5.2.3 Planning voor cursussen buiten Biologie Begin tijdig met het plannen van vakken die je buiten de eigen opleiding wilt volgen! Houd er rekening mee, dat: - de onderwijsperiodes en inschrijfprocedures bij andere onderwijsinstellingen veelal

niet overeenkomen met die van de UU en dat je daardoor studie-vertraging kunt oplopen,

- cursussen die je buiten Biologie wilt volgen, in een vrij vroeg stadium al vol kunnen zitten,

- er ingangseisen kunnen zijn om een cursus te mogen volgen. - Let op: inschrijvingen voor cursussen bij de faculteiten FSW, GW en REBO gaan per

semester (= halfjaar)! 3.5.3 Minor Een minor is een samenhangend pakket cursussen dat je in je profileringsruimte bij een andere bacheloropleiding kunt volgen. Een groot aantal bacheloropleidingen bieden complete minorprogramma’s aan. Een minor bestaat doorgaans uit 30 EC, waarvan tenminste 7,5 EC op niveau 2. Informatie over minorprogramma’s van andere Utrechtse opleidingen kun je vinden via de minorsite: www.uu.nl/minors. 3.6 Vaardigheden In het eerste studiejaar besteed je veel aandacht aan (academische- en studie-) vaardigheden die je nodig hebt in het vervolg van je studie en daarna. In jaar 2 en 3 wordt deze vaardighedenlijn voortgezet. Welke vaardigheid(heden) in een cursus speciaal aandacht krijgen, kun je lezen bij de cursusbeschrijvingen in het tweede deel van deze studiegids. 3.7 Het timeslot rooster en belangrijke data Het jaarrooster bestaat uit vier onderwijsperioden van elk 10 weken. In elke periode volg je, om 60 studiepunten per studiejaar te halen, twee cursussen. Het is niet

20

mogelijk en ook niet toegestaan, om bij Biologie meer dan twee cursussen tegelijk in één periode te volgen2. Reden hiervoor is dat Biologie in veel gevallen twee timeslotcombinaties voor elke cursus gebruikt. Een timeslot bestaat uit een aantal dagdelen waarin de cursus wordt gegeven.

TIMESLOTMODEL

Tijd dag maandag dinsdag woensdag donderdag vrijdag

09:00-10:45 A1 B1 A4 C6 D4

11:00-12:45 A2 B2 A5 C7 D5

13:15-15:00 C1 C4 D1 B3 D6

15:15-17:00 C2 C5 D2 B4 D7

17:15-19:00 C3 A3 D3 B5 D8

De meeste cursussen van Biologie worden gegeven tussen 9:00 en 19:00 in de timeslotcombinaties A+D (maandagmorgen, woensdag en vrijdag) en B+C (maandagmiddag, dinsdag en donderdag). In een onderwijsperiode kun je bij biologie maximaal twee cursussen tegelijk volgen, de ene in timeslot A+D, de andere in timeslot B+C. In het studiejaar 2020-’21 beginnen de cursussen op maandag 31 augustus.

Van tot en met

Periode 1 week 36 t/m 45 31-aug-20 6-nov-20

Periode 2 week 46 t/m 5 9-nov-20 5-feb-21

Periode 3 week 6 t/m 15 8-feb-21 16-apr-21

Periode 4 week 17 t/m 26 26-apr-21 2-jul-21

Vakantie/vrij Let op aanvullende toetsing! Van tot en met

Kerstvakantie week 52+53+1 21-dec-20 8-jan-21

Onderwijsvrij week 16 19-apr-21 23-apr-21

Zomervakantie week 27 t/m 35 5-jul-21 3-sep-21

Aanvullende toetsing van tot en met

Aanvullende toetsing periode 1 week 1 7-jan-21 8-jan-21

Aanvullende toetsing periode 2 week 16 22-apr-21 23-apr-21

Aanvullende toetsing periode 3 week 27 8-jul-21 9-jul-21

Aanvullende toetsing periode 4 week 28 15-jul-21 16-jul-21

2 Uitzonderingen: Biologie in het werkveld cursussen en cursussen bij andere opleidingen die na 19 uur worden gegeven kunnen wel als derde cursus gevolgd worden, bijvoorbeeld cursussen bij Studium Generale, www.sg.uu.nl.

21

Cursusinschrijving van tot en met

Cursusinschrijving periode 1 (studiejaar 2021-22) (concept) via Osiris student 31-mei-21 27-jun-21

Cursusinschrijving periode 2 via Osiris student 14-sep-20 27-sep-20

Cursusinschrijving periode 3 via Osiris student 2-nov-20 29-nov-20

Cursusinschrijving periode 4 via Osiris student 1-feb-21 28-feb-21

Na-inschrijving op Na-inschrijving periode 1 (studiejaar 2021-22) (concept) via Osiris student 23+24-aug-21 Na-inschrijving periode 2 via Osiris student 26+27-okt-20 Na-inschrijving periode 3 via Osiris student 25+26-jan-21 Na-inschrijving periode 4 via Osiris student 6+7-apr-21 Diploma uitreikingen op

16-sep-20

17-mrt-21 21-okt-21

3.8 Regels aanvullende toetsing3

Als je voor een cursus een onvoldoende eindcijfer haalt, lager dan 5,5, en je eindcijfer voor de cursus is lager dan een onafgeronde 4.0, dan mag je niet meedoen aan de aanvullende toetsing (herkansing)! Voldoende resultaten (>= 5.5), mogen niet herkanst worden om een hoger cijfer te halen. 1. Als je na het afleggen van een aanvullende of vervangende toets nog geen

voldoende eindcijfer (5,5 en hoger) voor de cursus hebt gehaald, vervallen alle deelcijfers van de betreffende cursus, ook de eventueel behaalde voldoende deelcijfers (OER 5.10.3). Een verplichte cursus moet je het studiejaar daarop overdoen. Als het een keuzecursus betreft dan kun je een andere cursus kiezen. Je kunt je onvoldoende dus niet wegwerken door in het volgende studiejaar alleen deel te nemen aan de aanvullende of vervangende toetsing.

Als je vanwege een aantoonbare overmachtsituatie (bijvoorbeeld je bent/was ziek) niet in staat bent of niet in staat bent geweest tot het afleggen van maximaal één deeltoets per cursus, dan mag je alsnog aan de aanvullende of vervangende toets deelnemen (OER 5.5.3). Voorwaarde is dat je de overmachtsituatie zo snel als kan worden verwacht (voor of na) maar uiterlijk binnen 10 werkdagen na de toets die je hebt gemist, gemeld hebt bij het studiepunt Biologie (cc naar coördinator). Je moet een passend bewijs van je overmachtssituatie inleveren bij studiepunt Biologie.

3 Deze punten zijn opgenomen in de Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) van de bacheloropleiding Biologie 2020-21 (zie OER aan het einde van deze gids).

22

4. DE CURSUSSEN VAN DE BACHELOR OPLEIDING BIOLOGIE De cursussen van de bacheloropleiding Biologie zijn opgedeeld in niveau 1 (inleidend), 2 (verdiepend) en niveau 3 (gevorderd) en ondergebracht in studiepaden (hoofdstuk 8; PADVINDER). Alle cursussen zijn 7,5 EC tenzij anders vermeld bij de cursusbeschrijvingen verderop in dit document. 4.1 Cursussen op niveau 1 In het eerste jaar volg je 7 verplichte cursussen op niveau 1 die je een breed beeld geven van de biologie en je in staat stellen een verantwoorde keuze te maken voor het vervolg van je opleiding in de richting van jouw interesse(s). Je werkt veel met het boek Campbel Biology. Je orienteert je gedurende dit eerste jaar op een aantal studiepaden in de richting(en) waarin je je verder zou willen specialiseren. Naast verplichte cursussen is er gedurende het eerste jaar, in periode 3 een keuzemoment waarbij je een keuze kunt maken uit niveau 1 keuzecursussen van Biologie (Mariene Wetenschappen I of Biotechnologie en Maatschappij) of daarbuiten. De enige niveau 2 cursus die je in je eerste jaar kunt volgen is Orientatie op de Onderwijspraktijk (BETA-B2OOP). Je moet dan wel 15 EC aan niveau 1 cursussen gehaald hebben (let op, deze cursus heeft een verkorte en aangepaste inschrijfperiode). 4.1.1 Uitsluitingen niveau 1 Cursus Niet toegestaan als je hebt gevolgd: Biotechnologie en maatschappij (B-B1BIOT09)

Moleculair genetische onderzoekstechnieken (B-B2MGOT) of de Cel (B-B2CEL09)

Planten en micro-organismen (B-B1PLMI20) Biologie en ecologie van planten (B-B1BEP13)

Kwantitatieve biologie (B-B1KWBI20) Systeembiologie (B-B1SYSB09)

Kwantitatieve biologie (B-B1KWBI20) Experiment en statistiek (B-B1EXST13)

Genomica (B-B1GENO20) Genen en gezondheid (B-B1GENG16)

Genomica (B-B1GENO20) Systeembiologie (B-B1SYSB09)

Ecologie en experiment (B-B1ECEX20) Ecologie (B-B1ECO13)

4.2 Cursussen op niveau 2 De cursussen op niveau 2 (verdiepend) geven je een oriëntatie op en verdieping in deelgebieden van de Biologie. Je doet in deze cursussen onderzoekservaring op en past onderdelen van de empirische cyclus toe. Daarbij maak je gebruik van wetenschappelijke literatuur en leer je hiermee omgaan. We verwachten van je dat je leert argumenteren en communiceren over biologisch-maatschappelijke problemen, kritisch leert analyseren en leert reflecteren op je eigen functioneren en studievoortgang. Biologie-in-het-werkveld cursussen zijn kleine (2,5 EC) cursussen die door de UBV en de opleiding georganiseerd worden. Een cursus is 2,5 EC waard en door drie cursussen succesvol af te ronden kun je de cursus ‘Biologie in het werkveld’ éénmaal voor 7,5 EC af laten tekenen (profileringsruimte!). Zie voor meer informatie de cursusbeschrijvingen van ‘Biologie in het Werkveld’. Voor de meeste niveau 2 cursussen is voorkennis nodig. Voor die cursussen worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op in je eerste studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen die bij Biologie cursus(sen) willen volgen). Bij de cursusbeschrijvingen én in de

23

studiepadbeschrijvingen staat aangegeven wat de ingangseisen zijn. 4.2.1 Uitsluitingen niveau 2 Een aantal niveau 2 cursussen hebben veel overlap met andere cursussen. Het is daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de andere al hebt afgerond. Huidige cursus Niet toegestaan als je hebt gevolgd: Oriëntatie Onderwijspraktijk (BETA-B1OOP) Didactiek (B-B2DID09 of B-B3DID14) Biologische modellering (B-B2THEC05) Theoretische ecologie (B-B2THEC05)

4.3 Cursussen van niveau 3 De niveau 3 cursussen geven je door een breed aanbod van cursussen de mogelijkheid om een verantwoorde keuze te maken voor een masterprogramma. Op niveau 3 werk je vrijwel uitsluitend met primaire literatuur uit het vakgebied. Je neemt veel in de vorm van kleine projecten actief deel aan het universitaire onderzoek. In de niveau 3 cursussen leer je: ─ Integreren/synthetiseren, dat wil zeggen voorspellen op basis van theorie; zicht

krijgen op samenhang tussen bestudeerde vakken en theorieën; theorie toepassen; aanzet tot specialisatie; vaardigheden en kennis toepassen bij een biologische vraagstelling.

─ Wetenschappelijk en conceptueel denken: specifieke methoden en technieken toepassen, een eigen bijdrage leveren aan een onderzoeksvraagstelling, ontwerpen en uitvoeren van experimenten, in samenhang evalueren van wetenschappelijk informatie over hetzelfde onderwerp uit verschillende bronnen en bovendien vanuit verschillende wetenschappelijke theorieën en perspectieven.

Voor de meeste niveau 3 cursussen is ‘voorkennis’ nodig. Voor die cursussen worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op in je eerste studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen die bij Biologie cursus(sen) willen volgen) en door het volgen van een of meer niveau 2 cursussen. Bij de cursusbeschrijvingen én in de studiepadbeschrijvingen staat aangegeven wat de ingangseisen zijn. 4.3.1 Uitsluitingen niveau 3Een aantal niveau 3 cursussen hebben veel overlap met andere cursussen. Het is daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de andere al hebt afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd met de namen van de ‘oude’ cursus die ze vervangen. Huidige cursus Niet toegestaan als je hebt gevolgd: Gentherapie kanker en aids (B-B3GKA16) Gentherapie kanker en aids (B-B2GKA05) Gedragsobservaties 17 (B-B3GEOB17) Gedragsobservaties (B-B2GEOB) Socio-ecologie (B-B3SOEC16) Cognitie en gedrag 05 (B-B3CEG05) Cognitie en socio-ecologie (B-B3SOEC16) Socio-ecologie (B-B3SOEC16) Tropische ecologie (B-B3INB16) Intern. Natuurbeheer (B-B3INB16) Molecular plant-microbe interactions (B-B3MPMI17) Plant adaptatie en afweer (B-B3PLAA05)

Plant development and environment (B-B3PDE17) Plant adaptatie en afweer (B-B3PLAA05)

Bioinformatics for comparative genomics (B-B3BCG20) Bioinformatics and genomics (BMW-33316)

24

4.4 Uitsluitingen met vakken bij andere opleidingen Biologiestudenten volgen regelmatig vakken bij een andere opleiding. Het kan voorkomen dat de overlap met een biologievak dermate groot is dat de examencommissie slechts één van beide vakken toestaat, de vakken sluiten elkaar dan uit. Het is de verantwoordelijkheid van de student dit zelf te controleren, neem bij twijfel contact op met de studieadviseur. Hieronder is een, uiteraard niet volledig, lijstje met vakken bij Biologie en hun uitsluitende tegenhanger bij BMW, Farmacie en Geowetenschappen.

Uitsluitende vakken vanwege teveel overlap (Biologie t.o.v. BMW, FAR en GEO)

Biologie BMW FAR GEO

Moleculaire biologie Cellen Moleculaire

celbiologie en genetica

Evolutie en biodiversiteit Evolutiebiologie

Kwantitatieve biologie

Wiskunde en systeemanalyse

de Cel Mol. Biol van de cel

Dierfysiologie Orgaansystemen

Metabolisme Moleculen/Stofwisseling

Neurobiologie Neurowetenschappen Neurologie

Endocrinologie Hormonen en homeostase

Genoombiologie Genes and genomes

Toxicologie Toxicologie

LET OP: deze lijst is niet volledig, controleer altijd of er overlap is met Biologie vakken indien je een vak bij een andere opleiding gaat volgen.

25

4.5 Jaarrooster 2020-2021 Bachelor Biologie

Bach

elor

ople

idin

g Bi

olog

ie n

ivea

u 1,

2 e

n 3

in 2

020-

2021

ni

euw

times

lot v

erpl

aats

tpe

riode

ver

plaa

tst

28-ju

l-20

Nive

au 1

Tim

eslo

tM

arie

ne W

eten

scha

ppen

I (B

io k

euze

curs

us)

A+D

Bio

tech

nolo

gie

(Bio

keu

zecu

rsus

)Ti

mes

lot

B+C

Nive

au 2

Tim

eslo

tAc

adem

isch

e co

mm

unic

atie

(1AD

, 3AD

of 3

BC

)M

etab

olis

me

Ac

adem

isch

e co

mm

unic

atie

(1AD

, 3AD

of 3

BC

)N

atuu

rbeh

oud,

duu

rzaa

mh.

en

plan

tend

iv.

A+D

Ont

wik

kelin

gsbi

olog

ieM

GO

T (A

D o

f BC

)B

eta

in b

edrij

f en

bele

idN

euro

biol

ogie

Pl

ante

nfys

iolo

gie

Orie

ntat

ie o

p de

ond

erw

ijspr

aktij

kO

rient

atie

op

de o

nder

wijs

prak

tijk

Voor

tgez

ette

sta

tistie

k en

RW

eten

scha

ps- e

n te

chni

ekco

mm

unic

atie

Tim

eslo

tB

iolo

gisc

he m

odel

lerin

gde

Cel

(p2B

C o

f p4B

C)

Acad

emis

che

com

mun

icat

ie (1

AD, 3

AD o

f 3B

C)

de C

el (p

2BC

of p

4BC

)B

+CD

IER

HK

Ged

rags

biol

ogie

D

atas

cien

ce e

n bi

olog

ieD

ierf

ysio

logi

e M

arie

ne w

eten

scha

ppen

II

MG

OT

(AD

of B

C)

Evol

utie

2

Mic

robi

ële

inte

ract

ies

Pale

onto

logi

e flo

ra

Nive

au 3

Tim

eslo

tB

iodi

vers

iteit

en la

ndsc

hap

(15

stp)

Evol

utio

naire

Ont

wik

kelin

gsbi

olog

ie

Mol

. Cel

l Res

earc

hEv

olut

ie 3

A+D

Cel

len

en W

eefs

els

Gen

ther

apie

, kan

ker e

n ai

ds

Mol

. euk

aryo

te m

icro

biol

ogie

B

ioin

form

atic

s fo

r com

para

tive

geno

mic

s (n

w)

Ged

rags

obse

rvat

ies

Mol

. pro

kary

ote

mic

robi

olog

ieN

atur

e ba

sed

desi

gnFo

od fo

rwar

dIm

mun

obio

logi

ePa

leoe

nviro

nmen

tsTh

emat

ic in

terd

isci

plin

ary

chal

lege

(nw

)G

esch

iede

nis

en w

ijsbe

geer

teW

eten

scha

pper

in b

elei

d W

eten

scha

pper

in a

dvie

sW

ildlif

e co

nser

vatio

n Sc

riptie

/ond

erzo

eksp

roje

ctSc

riptie

/ond

erzo

eksp

roje

ctSc

riptie

/ond

erzo

eksp

roje

ctSc

riptie

/ond

erzo

eksp

roje

ctTi

mes

lot

Bio

dive

rsite

it en

land

scha

p (1

5 st

p)C

ompu

tatio

nele

bio

logi

eEm

path

ie in

terd

isci

plin

air

Bio

base

d ec

onom

ieB

+CD

idac

tiek

Evol

utie

inte

rdis

cipl

inai

rN

euro

nale

aan

doen

inge

nB

io-e

thie

kEn

docr

inol

ogie

Ligh

t & e

lect

ron

mic

rosc

opy

Ont

wik

kelin

gsbi

olog

ie e

n ge

netic

a C

ogni

tie e

n so

cio-

ecol

ogie

(nw

e na

am)

Gen

oom

biol

ogie

Mar

iene

wet

ensc

happ

en II

IPl

ant d

evel

opm

ent &

env

ironm

ent

Mic

obië

le e

colo

gie

Mol

ecul

ar p

lant

mic

robe

inte

ract

ions

To

xico

logi

e T r

opis

che

ecol

ogie

Sc

riptie

/ond

erzo

eksp

roje

ctSc

riptie

/ond

erzo

eksp

roje

ctSc

riptie

/ond

erzo

eksp

roje

ctSc

riptie

/ond

erzo

eksp

roje

ct

Aanv

ulle

nde

toet

sen:

Cur

susi

nsch

rijvi

ngen

van

tot e

n m

etpe

riode

1:

7 en

8 ja

n 20

21Ti

mes

lot A

+D:

ma-

mor

gen

/ wo

/ vr

Cur

susi

nsch

rijvi

ng p

erio

de 1

31-m

ei-2

127

-jun-

21pe

riode

2:

22 e

n 23

apr

il 20

21Ti

mes

lot B

+C:

ma-

mid

dag

/ di /

do

Cur

susi

nsch

rijvi

ng p

erio

de 2

14-s

ep-2

027

-sep

-20

perio

de 3

:8

en 9

juli

2021

Ker

stva

kant

ie:

ma

21 d

ecem

ber 2

020

- vr 8

janu

ari 2

021

Cur

susi

nsch

rijvi

ng p

erio

de 3

2-no

v-20

29-n

ov-2

0pe

riode

4:

15 e

n 16

juli

2021

Ond

erw

ijsvr

ije w

eek:

19

april

- 23

apr

il 20

21C

ursu

sins

chrij

ving

per

iode

4

1-fe

b-21

28-fe

b-21

31-8

-202

0 t/m

6-1

1-21

020

Ecol

ogie

en

expe

rimen

t (nw

)

Gen

omic

a (n

w)

Perio

de 4

9-11

-202

0 t/m

5-2

-202

18-

2-20

21 t/

m 1

6-4-

2021

26-4

-202

1 t/m

2-7

-202

1Pe

riode

2Pe

riode

1

Evol

utie

biol

ogie

en

Bio

dive

rsite

it

Mol

ecul

aire

Bio

logi

ePl

ante

n en

mic

ro-o

rgan

ism

en (n

w)

Kw

antit

atie

ve B

iolo

gie

(nw

)

Bio

logi

e va

n D

iere

n

Perio

de 3

26

4.6 Toelating tot cursussen van niveau 2 en 3 4.6.1 Verplichte volgorde toelating tot de cursussen Los van de ingangseisen die voor een cursus kunnen gelden zijn er meer regels die bepalen wanneer je mag deelnemen aan cursussen van niveau 2 en 3. In de Onderwijs en Examenregeling (OER) van de bacheloropleiding Biologie (studiejaar 2020-’21) staan deze regels beschreven. De OER wordt telkens voor één studiejaar aangepast en vastgesteld. Er verschijnt dus elk jaar een nieuwe OER die de vorige vervangt. Je kunt de OER vinden op de website: http://www.uu.nl/studenten/biologie, onder ‘regelingen en procedures’ en achteraan in deze gids. Naast de regels in de OER zijn er bij Bologie nog wat aanvullende regels Ingangseisen cursussen; voorkennis 1. De enige niveau 2 cursus die je in je eerste jaar kunt volgen is Orientatie op de

Onderwijspraktijk (BETA-B2OOP). Toegang tot deze cursus heeft de student die van de inleidende cursussen op niveau 1 van het eerste jaar van de opleiding onderdelen met een studielast van tenminste 15 EC heeft behaald.)

2. Toegang tot de cursussen van het gevorderde niveau (niveau 3) van de opleiding heeft de student die van de keuzeonderdelen van de opleiding op verdiepend niveau (niveau 2) onderdelen met een studielast van tenminste 15 EC heeft behaald.

3. Toegang tot de cursussen Onderzoeksscriptie en Onderzoeksstage heeft de student die tenminste 120 EC van de major van de opleiding heeft afgerond met een voldoende eindcijfer, waarvan het verplichte deel van de major geheel moet zijn behaald. (Cursussen in de profileringsruimte tellen NIET mee!)

4. Vanwege gewetensbezwaren kan de student verzoeken dat de verplichte dissectiepractica van de cursus Biologie van dieren (niveau 1) worden vervangen door een andere opdracht.

5. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren met dissectie kan verplicht zijn voor cursussen van niveau 2 en 3 met practica waarbij gebruik wordt gemaakt van dieren. Dit is ter beoordeling van de cursuscoördinator, dit staat bij de ingangseisen van de cursus vermeld.

6. Onverminderd het bepaalde in het eerste lid wordt in de Universitaire Onderwijscatalogus (en de studiegids) bij elke cursus aangegeven welke voorkennis vereist is om daaraan met goed gevolg te kunnen deelnemen. De cursuscoördinator is verantwoordelijk voor het bepalen van het niveau van de student.

Je kunt dus pas aan niveau 3 cursussen beginnen als je tenminste twee niveau 2 keuzecursussen hebt gevolgd en gehaald. 4.6.2 Het kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen Met het volgen van de niveau 2 en 3 keuzecursussen bereid je je voor op een masterprogramma of op de arbeidsmarkt. Weet je aan het einde van het eerste jaar nog niet in welke richting van de biologie je je wilt specialiseren, dan kun je je oriënteren door uit een paar studiepaden niveau 2 cursussen te kiezen. In de major Biologie zijn de keuzecursussen ondergebracht in 11 studiepaden (zie hoofdstuk 8). Deze studiepaden zijn samengesteld om richting te geven aan je studie en daarbij het kiezen van een samenhangend pakket cursussen te vergemakkelijken en (roostertechnisch) mogelijk te maken. Daarnaast zijn er een aantal verbredende cursussen die niet tot een studliepad behoren. Het zijn cursussen die voor elke student in ieder studiepad een waardevolle aanvulling (kunnen) zijn. Tevens kunnen deze cursussen een voorbereiding zijn voor een master op dat gebied. Bij het kiezen van de cursussen in jaar 2 en 3 heb je veel vrijheid. Het wordt aangeraden 2 (of meer) studiepaden te volgen. Overleg bij twijfel met je tutor of met de studieadviseur. Het is niet noodzakelijk dat je een studiepad helemaal afrondt, maar de studiepaden zijn vooral bedoeld om richting te geven aan je opleiding en interesses. Wil je een masterprogramma volgen, dan moet je bachelorprogramma daarop voorbereiden. Zorg ervoor dat je je daarover tijdig informeert! Afgeronde studiepaden zijn geen toegangsbewijzen tot masterprogramma’s en andersom is het voor masterprogramma’s ook geen vereiste dat bepaalde studiepaden helemaal zijn afgerond.

27

4.7 Wat te doen als je eerste keus buiten Biologie is? Je schrijft je dan zelf in voor je cursus van eerste keuze (meestal via Osiris). Aanmelding voor cursussen bij Biomedische Wetenschappen gaat via een mail naar bachelorBMW@umcutrecht.nl. Vul altijd een tweede- en derdekeuzeformulier in voor Biologie! Studiepunt Biologie weet echter niet of je voor je eerste keuze geplaatst bent. Laat het dus zo snel mogelijk weten aan studiepunt Biologie als je niet geplaatst bent. In de meeste gevallen is er nog maar een beperkt aantal plaatsen bij de ‘na-inschrijving’ van Biologie. Als je bij studiepunt Biologie aangegeven hebt dat je niet geplaatst bent voor je cursus buiten Biologie, ontvang je van studiepunt Biologie nader bericht over de eventuele ‘na-inschrijving’. Als er bij Biologie onverhoopt geen plaats meer is, dan kun je je nog bij de na-inschrijving via Osiris voor een cursus van een andere opleiding inschrijven. Zorg dat je daar op voorbereid bent door van te voren te kijken wat je tweede- en derde keus buiten Biologie zou zijn. Als je cursussen/stage/summerschool in het buitenland wilt volgen, begin dan minimaal een jaar van te voren met de voorbereidingen. Informatie over studeren in het buitenland vind je via http://students.uu.nl/onderwijs/studeren-in-het-buitenland.

28

5. VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING 5.1 Voorlichting In oktober en mei krijgen de eerstejaars studenten algemene studievoorlichting over de studiejaren 2 en 3 van de bacheloropleiding en loopbaanoriëntatie. De precieze data en tijden worden per email bekend gemaakt. 5.2 Inschrijving cursussen via OSIRIS-student De in- en uitschrijving voor de cursussen vindt plaats via OSIRIS-student (zie schema in hoofdstuk 3.7). Eerstejaars studenten worden voor de cursussen in periode 1 en 2 door studiepunt ingeschreven maar verzorgen dit vanaf periode 3 zelf. Houd er rekening mee dat de cursussen van Biologie vaak al vol zijn bij de eerste inschrijvingsperiode. De inschrijving/aanmelding voor de cursussen via OSIRIS-student en de plaatsing in de cursus zijn in de tijd gescheiden trajecten. Bij aanmelding via Osiris-student wordt je op een wachtlijst geplaatst. Ongeveer drie weken na de sluitingsdatum (aanmelden is dan niet meer mogelijk) krijg je bericht over de cursussen waarvoor je in de volgende periode bent geplaatst. De cursussen van niveau 2 en 3 hebben een maximumcapaciteit. Het komt regelmatig voor dat zich voor een cursus meer studenten aanmelden dan er plaatsen zijn. Om te voorkomen dat je geen plaats hebt bij een cursus bij Biologie, vul je het online tweede en derde keuze formulier in. Een link hiervoor krijg je van Studiepunt. De uiterste inleverdatum voor dit formulier is gelijk aan de sluitingsdatum van de inschrijving op OSIRIS-student. 5.3 Regels bij de aanmelding en plaatsing Let op dat je aan de ingangseisen voor een cursus voldoet op het moment dat je je voor de cursus inschrijft, tenzij anders vermeld. Iedere cursus heeft een maximum capaciteit. Bij meer inschrijvingen dan plaatsen bij een cursus kunnen niet alle studenten worden geplaatst. Bij de plaatsing worden een aantal criteria gehanteerd die bepalen of je toegang hebt tot de cursus. Die criteria staan hieronder vermeld. Criteria bij plaatsing: • Voldoe je aan de ingangeisen? • Heb je het online 2e 3e keuzeformulier ingevuld (verplicht)? • Moet je nog verplichte eerstejaars cursus(sen) doen in de periode en timeslot van

de gekozen cursus? • Past de cursus bij je studiepad(en) en je studievoortgang? • Ben je eerder voor de cursus van je eerste keuze niet geplaatst. Heb je dit op het

2e 3e keuzeformulier aangegeven? • Voor hoeveel cursussen heb je je ingeschreven? (Maximaal 2 in verschillende

timeslots) • Kun je de cursus volgend jaar ook nog volgen, aantal EC? (volgend jaar voorrang;

dan aangeven op 2e 3e keuzeformulier) • Voor ouderejaars: studieverloop, heb je veel niet afgeronde cursussen staan? • In het uiterste geval wordt er, na inachtneming van bovenstaande

plaatsingscriteria, geloot. Mocht je onverhoopt voor een cursus niet worden geplaatst, dan kun je je in het volgende studiejaar opnieuw voor deze cursus inschrijven. Meld dit op het 2e 3e keuze formulier. We houden er dan rekening mee bij de plaatsing.

29

─ De inschrijving voor de cursussen vindt ALLEEN plaats via OSIRIS-student in de genoemde inschrijfperioden. LET HIEROP!!

─ Je 2e en 3e keuze geef je aan via een online formulier. ─ Als je geen, of te laat, een 2e en 3e keuze cursus opgeeft, geef je daarmee aan dat

je, ingeval je niet geplaatst wordt bij je eerste keuze cursus, je in de betreffende periode bij Biologie GEEN andere cursus wilt volgen. Het is dus NIET zo, dat als je GEEN 2e/3e derde keuze hebt opgegeven, dit je plaatsingskans voor je 1e keuze cursus vergroot.

Je mag je per periode voor maximaal 2 Biologie major cursussen inschrijven. Deze moeten in een verschillend timeslot vallen. Meld je je wel voor meer dan 1 cursus per timeslot aan (zo dit mogelijk is), dan word je voor geen van de aangemelde cursussen geplaatst. ─ Als je je in een periode naast 2 cursussen bij Biologie ook inschrijft voor cursussen

bij andere opleidingen, dan verklein je je plaatsingskans bij de Biologiecursussen. ─ Het is via OSIRIS-student niet mogelijk om je na de sluitingsdatum nog in te

schrijven! Dit kan eventueel alleen nog op de na-inschrijvingsdag, mits er dan nog plaats is, via Osiris.

Wil je cursussen bij andere bacheloropleidingen volgen, dan moet je er rekening mee houden dat plaatsingsprocedure(s) bij die opleidingen anders zijn dan die bij Biologie. Aanmelding voor cursussen bij Biomedische Wetenschappen gaat via een mail naar bachelorBMW@umcutrecht.nl. Let op: Als je je inschrijft voor een cursus bij een andere opleiding weet studiepunt Biologie niet of je al dan niet geplaatst bent voor die cursus. Laat studiepunt Biologie zo snel mogelijk weten als je niet geplaatst bent voor de cursus bij de andere opleiding en vul altijd je tweede- en derdekeuzeformulier in. Er is echter geen garantie dat je alsnog geplaatst kan worden voor een cursus bij Biologie. Let op: inschrijving voor cursussen bij de faculteiten FSW, GW en REBO gaan per semester! 5.4 Aanmelden voor niet-biologen bij cursussen van Biologie De cursussen bij Biologie zitten vaak vol. Hierdoor is inschrijven voor deze cursussen via Osiris voor niet-biologen niet mogelijk. Studenten die een cursus bij Biologie willen volgen kunnen zich aanmelden door een mailtje naar science.bio.ba@uu.nl te sturen. Indien er gelegenheid is de cursus te volgen krijgen zij daarover bericht. LAS studenten die een goegekeurde hoofdrichtingsverklaring hebben melden zich op bovenstaande manier aan (via email). MLS studenten en LAS studenten zullen op dezelfde manier als biologen deelnemen aan de plaatsingsprocedure.

30

6. MASTERPROGRAMMA’S De studieaviespadenpaden bieden je een goede voorbereiding op de programma's van diverse masteropleidingen. Er is echter geen garantie op toelating tot Masteropleidingen; i.e. een studiepad is geen entreebewijs. Er bestaan aan de Universiteit Utrecht geen doorstroommasters meer. Iedere student wordt, na aanmelding voor een master, individueel geselecteerd via criteria die zijn beschreven op de websites van de masterprogramma’s. Masterprogramma’s die zeer goed aansluiten bij de opleiding: ─ Applied Data Science ─ Bioinformatics and Biocomplexity ─ Bio Inspired Innovation ─ Cancer, Stem Cells and Developmental Biology ─ Environmental Biology ─ Molecular and Cellular Life Sciences ─ Toxicology and Environmental Health De bachelor biologie geeft ook toegang tot meer toegepaste bètabrede masters: ─ Science Education and Communication ─ Science and Business Management De volgende masterprogramma's (met specifiek vakkenpakket) sluiten goed aan bij de opleiding: ─ Applied Ethics ─ Biology of Disease ─ Drug Innovation ─ Earth, Life and Climate ─ Energy Science ─ Epidemiology ─ History and Philosophy of Science ─ Immunity and Infection ─ Marine Sciences ─ Neuroscience and Cognition ─ Regenerative Medicine and Technology Meer informatie over masterprogramma’s kun je vinden op de website: www.uu.nl/masters

31

7. ARBEIDSMARKTORIËNTATIE Faculteit en UU-breed Wat? Beschrijving Wanneer Hoe kom je ermee in

aanraking?

Career Services

Wil je weten hoe ver je bent met je voorbereiding op de arbeidsmarkt? Doe dan de career check en krijg

tips voor vervolgacties. Praat met de Career Officer om inzicht te

krijgen in wat je wilt en wat voor mogelijkheden er zijn.

Laat je CV of je sollicitatiebrief checken en oefen een sollicitatiegesprek. Volg een gratis training, check de website

voor het totale trainingsaanbod. Bezoek een van de events die Career

Services organiseert check de website voor het aanbod.

Hele jaar beschikbaar

students.uu.nl/beta/biologie/career-services of www.uu.nl/careerservices https://students.uu.nl/beta/biologie/career-services/activiteitenkalender

Carrièredag UU

Op de carrièredag zijn veel verschillende organisaties aanwezig. Tijdens zowel de workshops, de individuele gesprekken en de bedrijvenmarkt kun je met hen in contact komen.

februari www.carrieredaguu.nl

Carrièremiddag Carriere middag waarbij verschillende bedrijven/alumni vanuit Life Sciences aanwezig zijn om mee te netwerken.

Rond april Via UBV, Meibiose, Advident en Careerservices

International Office faculteit

Studeren in Buitenland informatie Voorlichting op SihBA i.s.m. UBV

hele jaar beschikbaar september

students.uu.nl/beta/biologie/onderwijs/studeren-in-het-buitenland

International Office UU-breed

Studeren in Buitenland informatie Voorlichtingsbijeenkomsten

Sept-dec

http://students.uu.nl/onderwijs/studeren-in-het-buitenland

Masteravond Waarbij (bijna) alle UU masters zich presenteren, met voorlichting en extra activiteiten.

februari en oktober

www.uu.nl/masters

Biologie

Studieadviseur Biologie

Voor alle vragen, verwijst indien nodig door naar andere informatiepunten

hele jaar beschikbaar

Studieadviseur.bio@uu.nl www.uu.nl/beta/studieadviseurs

Studentbestuurs-lid Biologie

Voor kleine vragen; makkelijk te benaderen. Kan studenten doorverwijzen naar de juiste informatiepunten

hele jaar beschikbaar

studbest@bio.uu.nl of aanspreken

Arbeidsmarkt- oriënterende lezingen

In diverse niveau 2 cursussen zijn lezingen van bedrijven

periode 1 t/m 4

BSA informatie Presentatie door de studieadviseur september 1e jaars college Arbeidsmarkt- oriëntatie

Presentatie over arbeidsmarkt algemeen voor biologen, in samenwerking met NIBI mei Blackboard Tutoraat

Info studiepaden Presentatie over de studiepaden en hoe die aansluiten op masters

oktober en mei Blackboard Tutoraat

Landelijk

LOBS masterdag

Markt waarbij (bijna) alle biologie-gerelateerde masters aanwezig zijn begin januari wordt reclame gemaakt via

UBV

BCF Career Event

Carrière-event; voor studenten en starters met meer dan 100 deelnemende organisatie, gratis online registratie

mei, locatie nog niet bekend

Aanmelden via www.bcfcareerevent.nl

NIBI

Nederlands Instituut voor Biologie, biedt gratis carrière-advies aan voor haar leden. Biologen worden gestimuleerd lid te worden, speciale aanbieding via UBV

hele jaar beschikbaar zelf achteraan

32

Utrechtse Biologen Vereniging (UBV) Kanalen om studenten te bereiken: posters, Facebook, Instagram, nieuwsbrief, website, verenigingskamer

Studeren in buitenland avond (SihBA)

Waarbij studenten van de facultaire international officer, de studieadviseur en twee studenten horen hoe je een exchange regelt en hoe het is etc. Veel ruimte voor vragen.

September via UBV

Scriptie infoavond

Avond waar algemene info en persoonlijke ervaring van twee studenten over het schrijven van een scriptie en het doen van een onderzoeksstage wordt vertelt. Veel ruimte voor vragen.

Oktober en Februari

via UBV

Carrièreavond

Avond waarop bedrijven zich presenteren aan studenten. Ook aandacht voor de loopbaan van de sprekers, uitgebreid met informatie over promoveren / academische carrière.

November via UBV en mail naar alle Life Sciences studenten

Lezingen Korte lezingen over Biologie-gerelateerde onderwerpen door hoogleraren en bekende wetenschappers.

+/- 1 per maand

via UBV

Bioborrel Borrel waarbij studenten en medewerkers van het departement met elkaar in contact kunnen komen.

Laatste vrijdag van elke maand

via UBV en departement Biologie

UBV Masteravond Avond waarbij masterstudenten over hun masterprogramma en stages komen vertellen. Veel ruimte voor vragen.

Februari of maart

via UBV

Life Science Career event

Middag waarbij bedrijven en alumni workshops lezingen en debatten geven met veel mogelijkheden om te netwerken.

Rond maart Via UBV, Advident, Career Services, M.B.V. Mebiose

UBV Mastergids

Informele studiegids waarin masterstudenten hun ervaringen met hun masterprogramma en stage(s) uiteenzetten.

Eens per jaar, februari of maart

via UBV

Minor infoavond Avond waar algemene informatie en persoonlijke ervaring van studenten over verschillende minors wordt vertelt.

Rond juni Via UBV

Studiepaden infoavond

Avond waar algemene informatie wordt verteld over de studiepaden die te volgen zijn binnen de opleiding.

Rond juni Via UBV

Buitenlandse Studiereis

Reis in de zomervakantie met bezoeken aan buitenlandse Universiteiten / instellingen.

Juli, na de herkansings-periode

via UBV

Carrière workshop Waarbij bedrijven workshops geven aan studenten over carrière onderwerpen.

Hele jaar door via UBV

Stagebank Leerstoelgroepen en bedrijven kunnen stages aanbieden; ook plaats voor studentassistentschappen en banenbank.

Hele jaar beschikbaar

UBV website

Bedrijfsexcursies Excursies naar bedrijven waar biologen kunnen werken.

Door het jaar heen

via UBV

UBV Studiegids Informele studiegids waarin studenten hun mening geven over cursussen.

Vier per jaar tijdens cursus-inschrijvingen

via UBV

Netwerk events

Activiteiten waar studenten in kleine groepjes met biologie-alumni vanuit verschillende werkvelden kunnen praten om zich te oriënteren op de mogelijkheden binnen de biologie.

Hele jaar door Via UBV

33

8. De PADVINDER; studiepaden in de opleiding De studiepaden bij Biologie zijn een hulpmiddel om een richting binnen de Biologie te kiezen. Ze zijn zo goed mogelijk afgestemd op masterprogramma’s na de bachelor Biologie. Je stelt je eigen pakket(ten) samen, eventueel in overleg met je tutor en/of studieadviseur. Bij de mastercoördinatoren kun je terecht voor de eisen die nodig zijn om toegelaten te worden tot een bepaalde master of track binnen een master. Het is verstandig om hier bij de keuzes van je vakkenpakket rekening te houden. Daarnaast zijn er cursussen die niet tot een bepaald studiepad behoren maar verbredend zijn. Met deze cursussen kun je je loopbaan een andere richting geven dan met de ‘traditionele’ richtingen binnen de Biologie. Het zijn cursussen die in ieder studiepad een waardevolle aanvulling (kunnen) zijn. Tevens kunnen deze cursussen een voorbereiding zijn voor een master op dat gebied. Er zijn 11 studiepaden die alllemaal bestaan uit een aantal kerncursussen. Daarnaast is in alle studiepaden de schrijfcursus, de bachelor onderzoeksscriptie en stage verplicht (voor studenten van voor cohort 2016 is alleen de scriptie verplicht). Je volgt meestal twee of misschien wel meer studiepaden, Het is niet verplicht om alle cursussen in een studiepad te volgen, het is ook mogelijk om delen van studiepaden te volgen. Naast de studiepaden worden er de volgende ‘studierichtingen’ onderscheiden: ─ Gedragsbiologie ─ Moleculaire Levenswetenschappen ─ Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit In de figuur hieronder staan aangeven welke studiepaden er zijn en hoe ze gerangschikt zijn in relatie tot de studierichtingen LET OP: De studiepaden zijn altijd in ontwikkeling, dat wil zeggen dat de informatie in navolgende beschrijvingen onderhevig aan veranderingen kan zijn, raadpleeg altijd de laatste versie van de digitale padvinder of studiegids en informeer ook bij betreffende coördinatoren en docenten. Als hulpmiddel bij het maken van een planning is een programmaatje ontwikkeld dat je in in staat stelt om vakken in het rooster te plaatsen; De VAKKENVULLER. (http://www.projects.science.uu.nl/coos/Vakkenvuller/index.html).

Er zijn versies voor Linux, Mac en Windows. Download regelmatig een nieuwe versie van het programma (programma vraagt zelf om de gegevens te verversen).

34

8.1 Leeswijzer PADVINDER Er zijn 11 studiepaden waarbij per studiepad de kerncursussen aangegeven worden. Daarnaast worden biologiecursussen genoemd die aanbevolen worden, dat wil zeggen dat ze goed bij het studiepad passen en een aanvulling kunnen zijn. Tevens worden cursussen die bij andere departementen en faculteiten gegeven worden, maar ook een goede aanvulling van het studiepad vormen, genoemd. Voor de kerncursussen van een studiepad wordt aangegeven wat de ingangseisen zijn. Bij de aanbevolen cursussen bij Biologie kunnen aanvullende ingangseisen gelden, informeer je tijdig via deze gids en Osiris. Ook voor de cursussen buiten Biologie wordt aangeraden van te voren goed te informeren naar ingangseisen, beschikbare plaatsen en inschrijfperiodes.

Je volgt meer dan één studiepad, je kunt ook delen van studiepaden volgen, het is niet verplicht om een studiepad ‘af te maken’. Hoeveel en welke cursussen je op niveau 3 binnen het studiepad doet hangt af van welke richting je op wilt in je master. Informeer je hierover. De major bestaat uit 135 EC en dat zijn maximaal 18 cursussen, meer dan welk studiepad dan ook bevat. Daarnaast zijn er verbredende cursussen die niet tot een bepaald studiepad behoren. Het zijn cursussen die in ieder studiepad een waardevolle aanvulling (kunnen) zijn. Tevens kunnen deze vakken een voorbereiding zijn voor een master op dat gebied.

Je moet opletten dat je naast de verplichte cursussen voldoende cursussen van niveau 1, 2 en 3 volgt. Deze informatie is te vinden in deze gids (hoofdstuk 3.5). Daarnaast is het goed om te weten dat als je de Educatie kant op wilt, voldoende cursussen met biologische inhoud volgt (vooral in de breedte).

Maak op tijd een studieplanning (bijvoorbeeld met de vakkenvuller) en bespreek deze met je tutor of met de betreffende studieadviseur (Barber van Manen). Het kan zijn dat een combinatie van studiepaden moeilijk te combineren is door de roostering van de cursussen. De opleiding doet haar best om veelgekozen studiepadcombinaties zo studeerbaar mogelijk te maken. Het is niet verplicht om alle cursussen van een studiepad te volgen. Mocht je problemen tegenkomen door je keuze(s) neem dan contact op met de betreffende studieadviseur (Barber van Manen).

In het studiepad schema wordt aangegeven voor welke (veelal UU) masterpro- gramma’s het studiepad een voorbereiding kan zijn. Let op, informeer je tijdig over de ingangseisen voor een master via de masterkiezerssite, zodat je goed voorbereid bent op de master van je keuze. Alle masteropleidingen selecteren, zorg dus dat je goede cijfers haalt.

De aangegeven masteropleidingen zijn niet uitputtend, het is dus zaak je goed te informeren. Dit kan onder meer via de masterkiezerssite of via het bezoeken van master informatieavonden.

De cursussen in het studiepad worden aangeven door pictogrammen. De pictogrammen bevatten alle organisatorische informatie over de betreffende cursus, zoals naam, niveau, osiriscode, periode, timeslot, en in welke studiepaden de cursus een kerncursus is, of dat het een verplichte cursus is. Voor informatie over de inhoud, leerdoelen en toetsing ga je naar de studiegids, cursusplanner of via Osiris.

35

8.2 Studiepad CELBIOLOGIE

36

8.3 Studiepad ECOLOGIE en NATUURBEHEER

37

8.4 Studiepad EVOLUTIEBIOLOGIE

38

8.5 Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE

39

8.6 Studiepad MARIENE WETENSCHAPPEN

40

8.7 Studiepad MICROBIOLOGIE

41

8.8 Studiepad NEUROBIOLOGIE

42

8.9 Studiepad ONTWIKKELINGSBIOLOGIE

43

8.10 Studiepad PLANTENBIOLOGIE

44

8.11 Studiepad THEORETISCHE BIOLOGIE en BIOINFORMATICA

45

8.12 Studiepad TOXICOLOGIE

46

8.13 VERBREDENDE VAKKEN

47

CURSUSBESCHRIJVINGEN PER PERIODE Periode 1, niveau 1 cursussen EVOLUTIE & BIODIVERSITEIT Evolution and Biodiversity Coördinator: prof. dr. George Kowalchuk Ecologie en Biodiversiteit H.R. Kruytgebouw, kamer N304 tel.: 030-253 6856 e-mail: g.a.kowalchuk@uu.nl Docenten: mw. dr. K. Gielen, k.gielen@uu.nl, dr. J. Bogerd, j.bogerd@uu.nl dr. E.T. Pos, e.t.pos@uu.nl, dr. F.A.C. Wiegant, f.a.c.wiegant@uu.nl

Ingangseisen VWO met profiel NG met natuurkunde of NT met biologie. Studiepad In deze cursus doe je op het gebied van evolutie en biodiversiteit de basiskennis op die nodig is voor alle vakken van niveau 1, 2 en 3 en voor alle studiepaden. Leerdoelen In deze cursus vorm je een kritisch beeld van de processen, patronen en theorie van evolutie. Verder leer je de belangrijkste kenmerken van organismen in de verschillende domeinen. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden in het uitvoeren van een literatuurstudie en het schrijven van een individuele miniscriptie. Aan het einde van de cursus kun je: ─ de belangrijkste micro-evolutionaire processen (natuurlijke selectie, genetische

drift, gene flow, mutatie) uitleggen en toepassen, ─ uitleggen wat een soort is en hoe soorten ontstaan, ─ verwantschapsanalyses kunnen interpreteren en uitleggen, ─ de belangrijkste patronen in de geschiedenis van het leven beschrijven, ─ de belangrijkste misconcepten in de evolutie herkennen en beschrijven, ─ de belangrijkste kenmerken van organismen in de verschillende domeinen en

onderliggende groepen aangeven, ─ beredeneren wat de ecologische niche is van organismen en welke adaptaties en

fysiologische eigenschappen daar bij horen, ─ de evolutionaire verwantschap in en tussen domeinen en onderliggende groepen

beschrijven en toelichten, ─ een samenhangend beeld van macro-evolutionaire patronen en micro-evolutionaire

processen uitleggen en toepassen. ─ informatie opzoeken, selecteren, beoordelen, rangschikken en samenvatten in een

miniscriptie Vaardigheden De belangrijkste vaardigheden die je in de cursus leert en gebruikt, zijn: ─ kritisch denken, ─ systematische benadering van problemen, ─ dissectie van een organisme uitvoeren aan de hand van een handleiding, ─ selecteren, verwerken en lezen van literatuur ─ schriftelijke rapportage, schrijven van een eenvoudige wetenschappelijke

miniscriptie over een evolutionair onderwerp.

48

Inhoud Evolutiebiologie omvat het geheel van vakgebieden die de evolutionaire processen bestuderen. Hiertoe behoren onder andere de paleontologie, biogeografie, systematiek, moleculaire biologie, genetica, populatiebiologie en de evolutionaire ecologie. Evolutie is een proces dat tot adaptatie en biodiversiteit leidt, waarbij de evolutietheorie een verklaring geeft voor alle huidige en historische biologische processen en patronen. Wetenschappers schatten dat er 10 tot 80 miljoen soorten op aarde zijn, waarvan er op dit moment ongeveer 2 miljoen zijn beschreven. In de cursus komen de volgende hoofdthema’s uit de evolutiebiologie aan bod: ─ micro-evolutie: de processen van mutatie, gene flow, genetische drift, en vormen

van selectie (natuurlijke-, artificiële-, seksuele- en kin-selectie) en adaptatie op populatieniveau.

─ soortvorming: reproductieve isolatie, allopatrische- en sympatrische soortvorming hybriden en polyploïdie.

─ macro-evolutie: de veelal grootschalige veranderingen in ruimte en tijd en, als gevolg daarvan, het ontstaan van de grote systematische groepen van het leven.

─ biodiversiteit: de volgende groepen van organismen worden behandeld: virussen, bacteriën, archae, schimmels, eencellige eukaryoten, planten en dieren

Onderwijsvormen Hoor- en werkcolleges, (computer)practica, COO en schrijven van miniscriptie. Toetsing De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als eindcijfer. Voor elk van de twee deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen en het gemiddelde van de twee deeltentamens moet minimaal 5,5 zijn. Bij een onvoldoende voor één of beide deeltoetsen is het mogelijk om ze afzonderlijk te herkansen mits het berekende eindcijfer niet lager is dan een niet afgeronde 4.0. Het cijfer van het blok wordt bepaald door: ─ de twee tentamens (80%, 8 van de tien punten), ─ de individuele miniscriptie (20%, 2 van de 10 punten). Afhankelijk van de kwaliteit van de miniscriptie en of je beide deadlines hebt gehaald, vindt de beoordeling van de miniscriptie plaats in een 5-tal categorieën: met een O (onvoldoende: 0.8 punten), een M (matig: 1.1), een V (voldoende: 1.4), een G (goed: 1.7) of een U (uitstekend: 2). Haal je een deadline niet, dan gaan er 0.3 punten af van het eindcijfer van je miniscriptie. Lever je geen miniscriptie in dan is de beoordeling ND en krijg je geen eindcijfer voor de cursus! Een onvoldoende miniscriptie moet herkanst worden. Studiemateriaal ─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco,

2020, met toegangscode Mastering Biology (ISBN 9781292343150), ─ Losse toegansgcodes voor MasteringBiology zijn te verkrijgen

via: https://www.pearsonmylabandmastering.com/global/students/get-registered/index.html; alleen betaling via PayPal of m.b.v. een credit card.

─ Werkboek Evolutie en Biodiversiteit.

49

MOLECULAIRE BIOLOGIE Molecular Biology

Coördinator: dr. Laurens A. van Meeteren

Onderzoeksgroep Cell Biology, Neurobiology and Biophysics H.R. Kruytgebouw, kamer O501 tel.: 030-253 3002 e-mail: L.A.vanMeeteren@uu.nl

Docenten: dr. Laurens van Meeteren, Marjolein Haagsman MSc (m.e.haagsman@uu.nl) en dr. Ron Habets (r.l.p.habets@uu.nl) Ingangseisen VWO met profiel NG met natuurkunde of NT met biologie. Studiepad Deze cursus is van belang voor alle vakken in jaar 1 en alle studiepaden. Leerdoelen In de cursus Moleculaire Biologie krijg je kennis van en inzicht in de structuur van biomoleculen, van cellulaire processen en van de structuur en functie van het genetische materiaal. De onderwerpen die aan bod komen: ─ de structuur van biomoleculen, ─ biochemie, ─ celstructuur en functie, ─ membranen, ─ cel signalering, ─ cel ademhaling, ─ fotosynthese, ─ celdeling (mitose en meiose), ─ nucleïnezuren, ─ het centrale dogma, ─ regulatie van gen expressie,

Vaardigheden ─ samenwerken, ─ zelfstandig studeren. Inhoudsbeschrijving De cel is de basiseenheid in de biologie. Elk organisme bestaat uit cellen of is zelf één enkele cel. Door de chemische processen in cellen te begrijpen krijgen we inzicht in de mogelijkheden en beperkingen van levende organismen. Dit betreft zowel dier, plant als micro-organisme. De cursus begint dan ook met het krijgen van kennis en inzicht in de structuur van aminozuren/eiwitten, koolhydraten en nucleïnezuren. Dit inzicht van biomoleculen is essentieel voor het leren begrijpen van levensprocessen op moleculair niveau. Vervolgens zal de opbouw van de cel en de chemische processen die er in plaatsvinden uitgebreid behandeld worden. In het tweede deel worden de structuur en functie van het genetisch materiaal op moleculair niveau en de invloed van mutaties op de functie van genen behandeld. Ook kijk je dan hoe genetisch materiaal in de cel wordt opgeslagen en over dochtercellen verdeeld. Daarnaast krijg je een inleiding in moderne moleculaire technieken en hun toepassingen.

50

Onderwijsvormen Je bereidt de stof thuis voor via het kijken van interactieve online clips op het platform van scalable learning. Daarnaast bestudeer je het boek en doorloopt de zelfstudie module behorend bij het boek (Mastering Biology). De individuele voorbereiding wordt afgesloten met een wekelijkse online kennistoets. Vervolgens worden er in kleine groepen verdiepende opdrachten gemaakt tijdens een werkcollege en waarin de lastige concepten worden besproken. Daarnaast zijn er tijdens het vak ook nog een aantal “meet the expert” colleges van vooraanstaande wetenschappers en maak je samen met andere studenten een poster over een moleculair biologisch onderwerp. Blackboard Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je de links naar alle relevante programma’s en websites. Het rooster is beschikbaar op blackboard en in de myUU app. Mastering Biology Dit is een online programma behorende bij het boek van Campbell. Hier vindt je de zelfstudie opdrachten. Toetsing Voor de toetsing tellen de volgende onderdelen mee (met weging in percentage voor eindcijfer): 1) Tentamens (T1 50%, T2 40%) 2) Individuele kennistoetsen (10%) Daarnaast is het verplicht om actief deel te nemen aan de werkcolleges en moet de poster en posterpresentatie van voldoende kwaliteit zijn. Er zijn 2 tentamens in de cursus, deze worden beide digitaal afgenomen. Tentamen 1 (T1) is in week 6 en tentamen 2 (T2) in week 10. Het eindcijfer moet boven de 5,5 zijn. Daarnaast moet er voor beide toetsen minimaal een 5,0 gehaald worden. Studiemateriaal ─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco,

2020, met toegangscode Mastering Biology (ISBN 9781292343150), ─ Losse toegansgcodes voor MasteringBiology zijn te verkrijgen

via: https://www.pearsonmylabandmastering.com/global/students/get-registered/index.html; alleen betaling via PayPal of m.b.v. een credit card.

─ Blokboek met werkcolleges.

51

Periode 1, niveau 2 cursussen ACADEMISCHE COMMUNICATIE Academic communication Coördinator: drs. ing. Karlijn Gielen Onderzoeksgroep Animal Ecology H.R. Kruytgebouw, kamer O302 tel.: 030-253 5364 e-mail: k.gielen@uu.nl

Docenten : drs ing. Karlijn Gielen n.n.b. Capaciteit: 90 (per timeslot) Je kunt deze cursus in periode 1 (AD) of periode 3 (AD óf BC) volgen Studiepad De cursus is een verplicht onderdeel vanaf examenprogramma BIOL-2017 en een keuze onderdeel voor alle andere studenten. Leerdoelen en vaardigheden: Aan het eind van de cursus kan de student: ─ een goede schrijftechniek toepassen bij verschillende typen tekst; een

gestructureerde en samenhangende tekst in correct en wetenschappelijk Engels en Nederlands schrijven.

─ bibliotheeksystemen exploreren over een biologisch onderwerp aan de hand van gestructureerde en systematische zoektechnieken

─ de inhoud van de gevonden literatuur kritisch beoordelen en ordenen. ─ wetenschappelijke artikelen ordenen, kritisch lezen, begrijpen, analyseren,

vergelijken, op waarde beoordelen, integreren en herformuleren t.b.v. eigen verslaglegging

─ de empirische cyclus herkennen in verscheidene vormen van wetenschappelijke artikelen en toepassen op eigen schrijfproducten

─ een kritische houding aannemen t.o.v. wetenschappelijke output, met name schrijfproducten en deze houding omzetting in gerichte peer-feedback

─ ontvangen feedback verwerken om opdrachten te verbeteren ─ aangeven wat de beroepsmogelijkheden na zijn studie zijn en aangeven wat zijn

eigen beroepsvoorkeuren en de daarvoor mogelijke studie- en loopbaankeuzes zijn

─ samen met een aantal medestudenten een interview- en filmproject opzetten en afronden (samenwerken)

─ mondelinge presentatie geven van een beleidsrapport ─ kritisch reflecteren op eigen handelen rondom schrijfproces, samenwerking en

presenteren Inhoudsbeschrijving Bij de cursus Academisch schrijven maak je kennis met verschillende manieren van wetenschappelijke communicatie. De nadruk ligt daarbij op het schrijven van verschillende wetenschappelijke teksten (zoals een essay en een review), maar ook mondelinge communicatie in de vorm van een interview, een presentatie en het maken van een voorlichtingsfilm komen in deze cursus aan bod. Je leert wetenschappelijke teksten lezen, analyseren, beoordelen en schrijven, in het

52

Nederlands en in het Engels. Daarom ontleed je eerst de opbouw van wetenschappelijke teksten in detail en leert hoe dit samenhangt met de empirische cyclus, om dit vervolgens zelf toe te passen op verschillende typen schrijfproducten. Het aanleren van de techniek van schrijven, zoals bijvoorbeeld het aanbrengen van structuur, is een belangrijk onderdeel van de cursus. Daarnaast komt het systematisch opzoeken, opslaan en correct refereren van literatuur aan de orde. Maar ook kritisch denken en argumenteren zijn essentiële vaardigheden voor goede wetenschappelijke communicatie. Beoordeling vindt plaats door ervaren docenten, maar er word je ook gevraagd om je medestudenten constructief en kritisch te beoordelen en te reflecteren op je eigen handelen. Onderwijsvormen De cursus omvat hoorcolleges, werkcolleges, groepswerk en zelfstudie. In het kader van beroepsoriëntatie houd je een interview en maak je een hierover een voorlichtingsfilm. Toetsing Aanwezigheid en actieve deelname bij contactmomenten is verplicht evenals het tijdig inleveren van alle (schrijf)producten. Voor het succesvol afronden van de cursus moeten de cijfers van de verschillende toetsonderdelen minimaal een 5,0 zijn, het gemiddelde cijfer voor individuele toetsing moet minimaal een 5,5 zijn en het totaalgemiddelde moet ook hoger zijn dan een 5,5. Conform OER mogen studenten in de herkansperiode één onvoldoende deeltoets (verslag of project) herkansen. ─ Resultaten en discussie 20% ─ Review 40% ─ Essay 10% ─ Beroepsoriëntatie 20% waarvan

o Tekst 10% o Voorlichtingsfilm 10%

─ Overige vaardigheden 10% bestaande uit o Peerfeedback o Zelfreflectie o Presenteren o Samenwerking

Studiemateriaal Dit wordt via Blackboard/internet aangeboden

53

BIOLOGISCHE MODELLERING Biological modeling Coördinator: prof.dr. Rob J. de Boer Afdeling Theoretische Biologie en Bioinformatica H.R. Kruytgebouw kamer N601, tel.: 030-253 7560 e-mail: r.j.deboer@uu.nl

Docenten: prof.dr. R.J. de Boer, r.j.deboer@uu.nl

Ingangseisen Systeembiologie (jaar 1) (Kwantitatieve biologie) of vergelijkbare kennis. Je kunt deze cursus niet volgen als je Theoretische ecologie behaald hebt. Studiepad Deze cursus behoort tot het studiepad Theoretische Biologie & Bioinformatica Leerdoelen In deze cursus leer je: ─ wiskundige modellen lezen, begrijpen (kunnen toelichten) en bekritiseren, ─ klassieke modellen voor populatie dynamica begrijpen en herkennen, ─ nieuwe wiskundige modellen opstellen voor biologische vraagstukken, ─ theoretische resultaten vertalen naar een biologische interpretatie, ─ dynamica van populaties op een computer analyseren en simuleren, ─ toepassen van begrippen als stabiliteit, periodiek gedrag, attractor, hysterese,

complex systemen, ─ een mondelinge presentatie maken en presenteren in het Engels, ─ schriftelijk rapporteren, Vaardigheden Lezen en analyseren van wetenschappelijk artikelen, beroepsspecifieke tools, computer als leeromgeving, programmeren, uitvoeren van de onderzoekscyclus, omgaan met complexe systemen, mondelinge rapportage (Engels), schriftelijke rapportage (Engels). In de eerste week van de cursus behandelen we een aantal nieuwe wiskundige concepten zoals: matrix, eigenwaarde, partiele afgeleiden, Jacobi matrix en complexe getallen. Inhoud Theoretisch onderzoek speelt een belangrijke rol in de biologie. De cursus behandelt een groot aantal wiskundige modellen om te laten zien hoe men de dynamica van biologische populaties kan beschrijven en begrijpen. Voorbeelden van deze populatiedynamica zijn: ecologische voedselketens, epidemiologische modellen, bacteriën geïnfecteerd door fagen en populaties van cellen. Studenten worden vertrouwd gemaakt met het opstellen en analyseren van wiskundige modellen. Wiskundige modellen zouden na deze cursus niet langer als ‘black box’ beschouwd mogen worden. De biologische consequenties van wiskundige resultaten moeten kritisch gewogen worden aan de hand van de inhoud, de complexiteit, de realiteit, en het formalisme van het model. Klassieke wiskundige modellen worden opnieuw afgeleid. Door modellen zelf af te leiden uit eenvoudige biologische aannames leert de student dergelijke modellen kritisch te beschouwen en doet de student ervaring op met het zelf ontwikkelen van wiskundige modellen. De student leert de resultaten verkregen met dergelijke modellen vertalen naar een biologische interpretatie. Inclusief de eerste week

54

wiskunde duurt dit onderdeel 6 weken. Het wordt afgesloten met een tentamen in week 7. Tijdens de laatste 3 weken van de cursus lezen en bespreken we een aantal klassieke en recente artikelen en werk je in een kleine groep aan een project dat doorlopen wordt aan de hand van een recente wetenschappelijke publicatie. In deze opdracht leer je de kennis van het eerste onderdeel in praktijk brengen, primaire literatuur lezen, en doorloop je de onderzoekcyclus van vraagstelling, naar onderzoek, naar het presenteren van je resultaten (totaal 3 weken, afgesloten met een symposium en schriftelijk verslag in het Engels). Werkvormen Nieuwe stof wordt uitgelegd in hoorcolleges en geoefend in werkcolleges met pen en papier opgaven en computersimulaties. We lezen en bespreken klassieke wetenschappelijke artikelen. In week 8-10 doorloop je de onderzoekcyclus en wordt zo zelfstandig mogelijk aan een groot project gewerkt. Er wordt ruim tijd gereserveerd voor zelfstudie. Toetsing Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde van de eerste toets (50%), de tweede toets (25%), en het project (25%). Voor de werkcolleges zelf krijg je geen cijfer en deelname aan de werkcolleges is niet verplicht. In de praktijk blijken de werkcolleges essentieel voor een goed begrip van de stof. Studiemateriaal ─ We verstrekken een aantal e-boeken en artikelenbundels: (1) het e-boek

“Biological Modeling of Populations”, (2) het antwoordenboek hiervan, (3) het e-boek “Matrices, Linearization, and the Jacobi matrix”, en (4) een bundel artikelen (tegen de kostprijs van € 20). De e-boeken zijn ook verkrijgbaar via de website van de cursus http://tbb.bio.uu.nl/rdb/bm.

─ We vragen je R en RStudio op de laptop te installeren. Mathematica is eventueel beschikbaar via MyWorkPlace.

Informatie Tijdens de cursus krijg je actuele informatie via Blackboard en/of http://tbb.bio.uu.nl/rdb/bm/bachelor.html

55

MARIENE WETENSCHAPPEN II Marine sciences II: ‘Evolution and ecology of coastal seas’ Coördinator: mw. dr. Francesca Sangiorgi Mariene Palynologie & Palaeoceanografie Vening Meinesz Gebouw A, Princetonlaan 8a, 3584 CB Utrecht Kamer 4.38, tel.: 030-253 2419, e-mail: f.sangiorgi@uu.nl secretariaat: mw Tjitske Vos.(t.vos@uu.nl); tel. 030-253 2629 Docenten: mw. dr. Francesca Sangiorgi (f.sangiorgi@uu.nl) mw. dr. Sabine Gollner (sabine.gollner@nioz.nl) dr. Bas van de Schootbrugge (b.vanderschootbrugge@uu.nl) dr. Joao Trabucho-Alexandre (j.trabucho@uu.nl) Gastdocenten: dr. Tjeerd Bouma (tjeerd.bouma@nioz.nl) prof. dr. Stefan Schouten (stefan.schouten@nioz.nl) Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven Ingangseisen De cursus Mariene Wetenschappen I of vergelijkbare kennis. Studenten die niet Mariene Wetenschappen I hebben gevolgd moeten contact opnemen met de coördinator om de ingangseisen te bespreken. Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten die het studiepad Marine Wetenschappen, volgen. Ook voor studenten Aardwetenschappen en studenten die het studiepad Ecologie en natuurbeheer volgen of de richting van Educatie, Communicatie en Management op willen kan dit een waardevolle cursus zijn. Leerdoelen Kustgebieden zijn uitzonderlijk dynamische omgevingen welke constant veranderen. Er ontstaan unieke ecosystemen door de interactie van land en zee met hoge biodiversiteit en biologische activiteit. Wereldwijd wonen steeds meer mensen in de kustgebieden, met als gevolg dat de kustgebieden en ecosystemen ook worden geconfronteerd met de effecten van menselijk handelen bovenop de natuurlijke veranderingen. Vervuiling, afbraak van habitat en klimaatverandering dragen allemaal bij aan de aantasting van de kust ecosystemen. Voor instandhouding en bescherming van de kustgebieden zijn maatregelen nodig tegen deze hoge mate van verstoring. In deze cursus leren de studenten over: ─ geologische, morfologische, hydrodynamische, biologische en chemische

processen die spelen in verschillende kustsystemen met de nadruk op de Nederlandse situatie ;

─ identificatie en ecologie van karakteristieke organismen van verschillende soorten ecosystemen langs de kust.

─ vergelijkingen van hedendaagse kustmilieus met die uit het (geologische) verleden (via analyses van fossiele organismen in paleomilieus en vroegere kustgebieden),

─ concepten rondom de integratie tussen ecologie / ecosystemen en engineering (ecosysteem engineering),

─ mens-gerelateerde en natuurlijke verstoringen, vragen rondom natuurbehoud.

56

Vaardigheden ─ lezen, zoeken, selecteren en kritisch verwerken van wetenschappelijke literatuur, ─ Het leren van taxonomische vaardigheden om de belangrijkste microscopische

eukaryote primaire producenten in de Nederlandse wateren en de belangrijkste benthos organismen in verschillende typen kustgebieden te identificeren (gebruik van lichtmicroscoop en binoculair microscoop)

─ systematische benadering van problemen; kritisch denken ─ schriftelijke rapportage (Engels), opdracht in kleine groepen of individueel ─ het leren van verzameling van data en hun interpretatie om de processen die

spelen in een kust milieu te begrijpen (gerelateerd aan veldwerkexcursie) ─ omgaan met complexe mariene ecosystemen, en hun interactie met fysische

processen ─ denken op biologische en geologische tijdschalen. Inhoud Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken): ─ geologische, morfologische evolutie van de kustgebieden ─ hydrodynamische, chemische en biologische processen (productiviteit / organische

degradatie) ─ biologische en ecologische analyses van verschillende soorten kustmilieus

• zandige kust • modderige oever • rotsachtige kust • estuaria • zeegras gemeenschappen en schorren (ev. Mangroves)

─ verstoringen en natuurbehoud ─ excursie naar typisch slikken & schorren kustgebied/Veldwerk (1 dag) Werkvormen (Werk)colleges, lichtmicroscoop en binoculair practica voor micro/meiobenthos en phytoplankton identificatie, discussiesessies, essay schrijven (Engels). Toetsing Aan de eisen voor de cursus is voldaan indien een voldoende is behaald voor 1) het schrijven van een essay en 2) het tentamen over de gehele stof. Het eindcijfer wordt respectievelijk gewogen in de verhouding 40:60 Het tentamencijfer moet voldoende zijn (>5.5) om het eindcijfer te krijgen Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd. Opdracht excursie heeft een beoordeling (voldoende, onvoldoende), maar wordt ook in de toets getest. Studiemateriaal ─ Garrison T., 2016, “Oceanography; An invitation to Marine Science, 8th or 9th

edition, International Edition (ook gebruikt bij Mariene Wetenschappen I), ─ Literatuur wordt tijdens de cursus aangeboden, o.a. via Blackboard.

57

MICROBIËLE INTERACTIES Microbial interactions Coördinator: dr. P.A.H.M. Bakker (Peter) Onderzoeksgroep Plant-microbe interacties H.R. Kruytgebouw, kamer W307 tel.: 030-253 6861 e-mail: p.a.h.m.bakker@uu.nl

Docenten : dr. P.A.H.M. Bakker, p.a.h.m.bakker@uu.nl prof.dr. M.G.A. van der Heijden marcel.vanderheijden@art.admin.ch mw.dr. M.C. Koster m.c.koster@uu.nl prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, c.m.j.pieterse@uu.nl Ingangseisen De eerstejaars cursus Moleculaire biologie én minimaal één van de volgende drie cursussen: Evolutie en biodiversiteit, Experiment en statistiek of Biotechnologie en maatschappij, en/of vergelijkbare cursussen. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie en Plantenbiologie. Leerdoelen: Tijdens de cursus microbiële interacties kom je zowel theoretisch als praktisch in aanraking met verschillende vormen van interacties tussen micro-organismen en dieren of planten. Hierbij komen pathogenen, symbionten, probiotica en beheersing van pathogenen aan de orde. Na afloop van deze cursus kun je: ─ de karakteristieken beschrijven van microben ─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van dier-microbe en

plant-microbe interacties, ─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen dier/plant en

micro-organismen en kunnen uitleggen hoe deze mechanismen bestudeerd worden,

─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen micro-organismen onderling en kunnen uitleggen hoe deze mechanismen bestudeerd worden,

─ begrip hebben van het belang van micro-organismen voor het functioneren van dieren/planten,

─ afwijkingen aan planten veroorzaakt door micro-organismen waar te nemen, ─ microbiologische technieken uitvoeren, ─ een onderzoeksvraag formuleren, wetenschappelijke experimenten bedenken en

uitvoeren, ─ een literatuuronderzoek uitvoeren, een poster maken, een presentatie maken en

geven. Vaardigheden Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, uitvoeren van de onderzoekscyclus, systematische benadering van problemen, kritisch denken, creatief en probleemoplossend denken en werken, omgaan met complexe systemen, plannen, mondelinge rapportage, wetenschappelijke discussie.

58

Inhoudsbeschrijving Micro-organismen veroorzaken niet alleen ziekten maar zijn ook onmisbaar voor het normaal functioneren van dieren en planten. Afhankelijk van de aard van het micro-organisme kunnen neutrale, positieve en negatieve interacties tussen micro-organismen en dieren/planten plaatsvinden. In deze cursus komen mechanismen van interacties aan de orde waarbij duidelijk wordt hoe complex de biotische omgeving van een dier/plant is. De interacties worden tijdens de cursus van beschrijvend tot op het moleculaire niveau behandeld. Vragen die aan de orde komen zijn: Welke signalen zijn betrokken bij communicatie tussen dieren/planten en micro-organismen? Wat is het voordeel van de interactie voor de micro-organismen? Heeft het dier/de plant een voor- of nadeel van de interactie? Hoe kunnen interacties door de mens worden benut? In de eerste 5 weken van de cursus wordt een introductie in de microbiologie gegeven en leert de student de belangrijkste kenmerken van experimenteel onderzoek aan micro-organismen kennen. In dit eerste deel ligt de nadruk op dier-microbe interacties. In groepsverband worden een aantal case studies uitgewerkt. Het eerste deel van de cursus wordt in week 6 afgesloten met een schriftelijke toets. In het tweede deel van de cursus ligt de nadruk op plant-microbe interacties. De student leert hier de karakteristieken van pathogene en symbiotische interacties kennen en maakt uitgebreid kennis met het begrip microbioom. In practica worden zieke planten en door mycorrhiza geïnfecteerde wortels verzameld en bestudeerd, daarnaast komen antagonistische interacties tussen micro-organismen aan de orde. Ook dit deel van de cursus wordt afgesloten met een schriftelijke toets. Onderwijsvormen De cursus omvat hoorcolleges, werkcolleges, en practica. Er wordt gepresenteerd in de vorm van een mondelinge presentatie, een verslag, een plenaire discussie en een essay. Toetsing Actieve deelname aan werkcolleges, practica en presentatieopdrachten is verplicht. Voor het eindcijfer telt het gemiddelde van de twee deeltoetsen mee voor 70% en de practica en opdrachten voor 30%. Beide cijfers moeten 5,5 of hoger zijn. Studiemateriaal Labjas, practicumhandleiding en labjournaal

59

ONTWIKKELINGSBIOLOGIE Developmental biology Coördinator: mw.dr. Inge The, s.i.the@uu.nl

Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O508

Docenten: dr. W.J.A.G. Dictus, w.j.a.g.dictus@umcutrecht.nl dr. B.K.A. Nelemans, b.k.a.nelemans@uu.nl mw.dr. S.I. The, s.i.the@uu.nl Ingangseisen Voor studenten van de bachelor Biologie de cursussen ‘Moleculaire Biologie’ en ‘Biologie van Dieren’, voor de studenten van de bachelor Biomedische Wetenschappen de cursussen ‘Cellen’, ‘Organisme’ en ‘Moleculaire Biologie van de Cel’ en voor de studenten van de bachelor Molecular Life Sciences de cursussen ‘Moleculaire celbiologie’ en ‘Functionele Biologie’. In alle gevallen geldt dat de genoemde cursussen met een voldoende zijn afgesloten. Bij de practica wordt voortgebouwd op de theoretische en praktische ervaring van de cursussen ‘Biologie van Dieren’ (Biologie) of ‘Weefsels’ (Biomedische wetenschappen). Indien studenten niet voldoen aan de ingangseisen, kan door de coördinator extra stof worden opgegeven die voorafgaand aan het blok bestudeerd dient te worden. LET OP: Gedurende deze cursus zijn er verplichte onderdelen waarbij gewerkt wordt met levend dierlijk materiaal. Studiepad De cursus is voornamelijk onderdeel van het studiepad Ontwikkelingsbiologie, maar is ook geschikt om te volgen indien je het studiepad Celbiologie volgt. Leerdoelen Na afloop van het blok kan de student: ─ de basale aspecten en terminologie van de embryologie omschrijven ─ de bevruchting en embryonale ontwikkeling van de gangbare modelsystemen in

de ontwikkelingsbiologie (muis, hamster, zebravis, Xenopus, Drosophila en C. elegans) toelichten

─ de wijze beschrijven waarop de moleculair genetische informatie, die in het DNA is opgeslagen, wordt gedecodeerd en vertaald in differentiatie van weefsels en vorming van organen

─ uitleggen hoe geslachtsdeterminatie plaatsvindt ─ de relatie tussen ontwikkelingsbiologie en evolutie toelichten ─ verklaren hoe verstoringen in de bovengenoemde processen kunnen leiden tot

ziekten met een ontregeling van celgroei of celdifferentiatie en tot ontwikkelingsstoornissen.

Vaardigheden De student is in staat: ─ een dissectiemicroscoop en een doorvallend lichtmicroscoop te gebruiken ─ structuren te benoemen van eenvoudige coupes van zebravis-, kip- en

hamsterembryo’s ─ werken met zebravis- en kippenembryo’s ─ minimaal drie recente artikelen op een van de gebieden van de

ontwikkelingsbiologie helder samen te vatten en te voorzien van commentaar in de vorm van een mini review

─ via peer feedback een mini review van een andere groep van feedback te

60

voorzien Inhoudsbeschrijving en onderwijsvormen Tijdens de cursus worden aan de hand van een aantal veelgebruikte vertebrate en invertebrate modelsystemen de volgende aspecten behandeld: klievingen, gastrulatie, neurulatie, organogenese, het ontstaan van de lichaamsassen, positionele informatie, Hox-genen, mesodermvorming, celdifferentiatie, celmigratie, recombinant/knock-out/transgene dieren, de moleculair-genetische regulatie van gecoördineerde ontwikkeling, evolutie van de ontwikkeling van vertebraten. Naast de normale ontwikkeling besteed je tijdens de cursus aandacht aan afwijkingen die bij de ontwikkeling kunnen optreden.

In een zestal (e-)practica bekijk je levende embryo’s van de kip en zebravis en preparaten van embryo’s van de kip, zebravis en hamster om de embryonale ontwikkeling van de dieren te onderzoeken. Het ontstaan van het embryonale kraakbeenskelet van de kip maak je zelf zichtbaar door dissectie van kippenembryo’s en een kleuringsprocedure. Je krijgt instructie bij het zoeken van gegevens in wetenschappelijke artikelen. Hieraan gekoppeld schrijf je in een groepje van vier studenten aan de hand van wetenschappelijke artikelen over een onderwerp dat gebaseerd is op één van de onderwerpen uit de ‘Milestones in Developmental Biology’ (publicatie Nature, juli 2004). Werkvormen De stof van de cursus zal worden gepresenteerd, doorgenomen en toegepast in de volgende vormen: ─ hoorcolleges ─ (e-)practica ─ nabesprekingen hoorcolleges en (e-)practica ─ COOs ─ schrijfopdracht Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt bepaald door:

1. Het cijfer van de schrijfopdracht. De beoordeling telt voor 20% van het eindcijfer en het minimale cijfer moet een 5 zijn. Deelname aan de peer feedback is een inspanningsverplichting.

2. Het cijfer van drie toetsen die samen 80% van het eindcijfer is. Om voor de cursus te slagen, moeten alle deelcijfers ≥ 5,0 en is het gemiddelde van de toetsen ≥ 5,5. Bij een gemiddelde tussen ≥5 en 5,5 moet de toets met het laagste cijfer herkanst worden. Indien het eindcijfer tussen ≥ 4 en 5 is, moeten alle drie de toetsen opnieuw gedaan worden.

Deelname aan het eerste college, voorcolleges (e-)practica, practica en college ethiek is verplicht, ook voor recidivisten. Een vervangende opdracht wordt gegeven bij afwezigheid bij een verplicht onderdeel. Deze moet voor de tentamens worden ingeleverd, en is een inspanningsverplichting waaraan moet zijn voldaan om te mogen herkansen. Studiemateriaal ─ Het boek ‘Principles of Development’ van Wolpert, Tickle & Arias (6e druk) ─ De cursushandleiding, waarin de practica opdrachten worden gemaakt ─ Snijset, labjas, kleurpotloden

61

PALEONTOLOGIE FLORA Palaeontology flora Coördinator: mw.prof.dr. F. Wagner-Cremer, f.wagner@uu.nl Onderzoeksgroep Paleoecologie, kamer 4.20, Vening Meinesz Building A, Princetonlaan 8A 030- 253 2666 Docenten: mw.prof.dr. F. Wagner-Cremer dr. T. Giesecke Plaats in het curriculum De cursus bouwt voort op de cursussen biologie en ecologie van planten, evolutie en biodiversiteit, systeem aarde en vegetatiegeografie. Deze of vergelijkbare kennis is sterk aanbevolen. Studiepad Deze cursus is aangeraden voor studenten die het studiepaden Ecologie en Natuurbeheer en Evolutie en Biodiversiteit volgen. Inhoud In deze cursus wordt de botanische evolutie vanaf het Paleozoicum tot nu behandeld. Centraal staat de ontwikkeling van de landplanten. Hierbij wordt ingegaan op de terugkoppelingsmechanismen tussen grootschalige geosfeer processen zoals platentektoniek, atmosfeer-biosfeer interacties en de koolstof cyclus. Vervolgens wordt ingegaan op de natuurlijke dynamiek van biodiversiteit versus de huidige afname van de biodiversiteit, de antropogene ‘massa-extinctie’ van de 21e eeuw. Een halve dag beroeps-oriënterend symposium met sprekers uit verschillende sectoren geeft een overzicht over de mogelijke werkgebieden in de Palaeoecologie. Structuur: In wekelijkse modules worden de belangrijkste periodes van de geologische geschiedenis behandeld. Per week bieden 2 hoorcolleges (2x45 min per hc) een overzicht van de vegetatieontwikkeling tijdens de verschillende geologische periodes. Tijdens de werkcolleges worden de volgende onderwerpen behandeld:

1. Inleiding sedimentaire gesteenten 2. Fossiele planten uit het Devoon 3. Ecosystemen uit het Carboon 4. Vegetatie uit het Mesozoicum 5. Vegetatieveranderingen gedurende het Kwartair 6. Huidige vegetatie en ‘levende fossielen

Leerdoelen In deze cursus bestudeer je het fossielen archief om inzicht in de evolutionair geschiedenis van organismen, met accent op het plantenrijk, te krijgen. Het doel is om basiskennis te verwerven over de morfologische diversiteit en soortenrijkdom in het geologisch verleden. Na afloop kan je/heb je: ─ de morfologische kenmerken van macros- en microscopische planten fossielen

determineren, in de taxonomische hoofdgroepen indelen en waar mogelijk aan moderne plantenfamilies relateren,

─ inzicht over de fysiologische aanpassingen die planten in de loop van evolutie ontwikkelen om het land succesvol te veroveren,

─ aan de hand van een vegetatiereconstructie het palaeomilieu/-klimaat herleiden,

62

─ de fysische en chemische processen rangschikken welke de vorming van fossiel planten assemblages beïnvloeden en de consequenties voor het reconstrueren van de vegetatie en klimaat,

─ inzicht over de invloed van vegetatie op de mondiale koolstof kringloop gedurende de opkomst van landplanten en het ontstaan van de eerste bossen,

─ uitleggen onder welke milieu en geologische factoren de productie en accumulatie van organisch materiaal tot vorming van olie- en gasreservoirs / bronnen leidt,

─ basisbegrippen van relevante aspecten uit de sedimentologie, stratigrafie en algemene geologie hanteren.

Vaardigheden Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden: ─ observeren, tekenen en beschrijven van plantenfossielen,

relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften, selecteren en verwerken van literatuur,

─ uitvoeren van de onderzoekscyclus, ─ mondeling en schriftelijke rapporteren in het Nederlands, een presentatie maken,

deze geven en die van medestudenten beoordelen ─ microscoperen Onderwijsvormen Dit zijn (hoor)colleges, werkcolleges, practica, excursies, COO, en zelfstudie. Tijdens de practica en werkcolleges werk je met 2-3 medestudenten (afhankelijk van de totaal hoeveelheid deelnemers) samen aan opdrachten, die je schriftelijk uitwerkt. De werkcollegeopdrachten lever je in. De opdrachten bestaan uit practica over gesteenten en fossielen, computerpractica en een practicum in de botanische tuinen. Verder is er tijd gereserveerd voor zelfstudie, bestaande uit aanvullende computeropdrachten en het lezen van de literatuur. Blackboard Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je college-handouts, werkcollege- en practica opdrachten, roosters, interessante links. Toetsing Alle practica zijn verplicht, waarbij twee samenvattende computer practica met elk 20% aan de cijfer bijdragen. Het uiteindelijke cijfer wordt bepaald door de practica (40%) en het eindtentamen (60%). Studiemateriaal wit tekenpapier, een potlood, een gum en een puntenslijper.

63

PLANTENFYSIOLOGIE Plant Physiology Coördinator: dr. M.C.G. Proveniers (Marcel) Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O205 tel.: 030-253 3111 e-mail: m.proveniers@uu.nl Docenten : dr. M.C.G. Proveniers, m.proveniers@uu.nl Ingangseisen De eerstejaars cursus Biologie en ecologie van planten of vergelijkbare kennis. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Plantenbiologie. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursussen Plant Development and Environment, Molecular Plant Microbe Interactions en Food forward. Leerdoelen: De doelstelling van de cursus is de student inzicht te geven in de fysiologische processen en basale ontwikkelingsmechanismen die zich afspelen in hogere planten. Hierbij wordt de plant vooral als geheel bekeken en wordt de interactie van de plant met zijn omgeving verder uitgediept. Na afloop van deze cursus: ─ heb je inzicht verworven in het moleculair functioneren van een plant op het

niveau van cel, weefsel, en volledige plant ─ kun je de mechanismen beschrijven waarover hogere planten beschikken om op

diverse omgevingsfactoren te reageren, ─ kun je plantreacties vertalen naar moleculaire mechanismen die aan de basis

liggen van deze reacties, ─ kun je beschrijven hoe een plant zich aan kan passen aan verschillende types van

stress in zijn leefmilieu, ─ kun je onderzoekgericht denken om mogelijke plantreacties te evalueren en te

kunnen sturen, ─ heb je inzicht verkregen in verschillende maatschappelijke ontwikkelingen waarin

planten centraal staan, zoals de duurzame landbouw, de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biobrandstoffen) en de effecten van klimaatverandering op plantengroei en -ontwikkeling.

Vaardigheden Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, systematische benadering van problemen, kritisch denken, mondelinge rapportage, wetenschappelijke discussie. Je oefent ook je presentatietechniek en door middel van peer-review een oordeel te vellen over het werk van anderen. Inhoud Het centrale thema in de cursus plantenfysiologie is het functioneren van de plant in zijn omgeving. Planten zijn, in tegenstelling tot dieren, niet mobiel en ze moeten hun groei en ontwikkeling daarom continu afstemmen op veranderingen in hun leefomgeving. Dit kunnen acute veranderingen zijn, zoals de plotselinge aanwezigheid van (a)biotische stressoren, maar ook graduele, seizoensgebonden

64

veranderingen, zoals de verandering van daglengte en omgevingstemperatuur gedurende de loop van het seizoen. In de cursus wordt zowel stilgestaan bij de basale processen die voor groei en ontwikkeling van de plant nodig zijn, alsmede bij de verschillende mechanismen waarover hogere planten beschikken om op de diverse omgevingsfactoren te reageren. Ook zal worden ingegaan op hoe verschillende omgevingssignalen en plant-eigen signalen geïntegreerd worden om ontwikkelingsprocessen te “fine-tunen”. Hierbij komen de volgende aspecten aan de orde: ─ groei en ontwikkeling (embryogenese, vegetatieve ontwikkeling, generatieve

ontwikkeling, vruchtvorming, zaadzetting, kieming en veroudering). Hierbij wordt dieper ingegaan op processen als patroonvorming, de rol van meristemen, organogenese, orgaanpolariteit en cel- en weefseldifferentiatie,

─ regulatie van bloei (integratie van daglengte, omgevingstemperatuur en ontwikkelingsafhankelijke signalen),

─ de rol van hormonen (auxine, gibberelline, cytokinine, ethyleen, abscisinezuur brassinosteroïden, strigolactonen, jasmonzuur en salicylzuur) als signaalmoleculen tijdens de ontwikkeling, hun werkingsmechanisme en onderlinge interacties,

─ de rol van licht tijdens verschillende stadia van de ontwikkeling (fotomorfogenese; rood, verrrood, blauw en UV-licht responsen),

─ stressfysiologie; adaptatie aan biotische en, met name, abiotische stress (droogte, hitte, zout, koude, anoxia).

Alle processen worden behandeld op diverse niveaus: de hele plant, de cel en op moleculair niveau (genen, eiwitten etc.). Hiernaast beoogt de cursus aan de hand van de besproken stof inzicht te geven in maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals gewasontwikkeling in de moderne landbouw (domesticatie/veredeling, biotechnologie), de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biofuels) en de gevolgen van klimaatverandering voor planten als energieleverancier voor bijna alle ecosystemen op aarde. Onderwijsvormen Naast hoorcolleges, zijn werkcolleges, het schrijven en reviewen van een essay, presentatie van een primair onderzoeksartikel en zelfstudie de onderwijsvormen in deze cursus. Toetsing Tentamens: 60% (De twee deeltoetsen worden gemiddeld en vormen samen één toetscijfer; het toetscijfer vormt 60% van het eindresultaat van de cursus; voor het toetscijfer telt deeltoets 1 voor 40% mee en deeltoets 2 voor 60% ), essay + peer review: 30% (20% + 10%), paper presentatie: 10 %, voor elk onderdeel moet minimaal 5 worden gescoord, het gemiddelde eindcijfer dient minimaal 5,5 of hoger te zijn! Studiemateriaal ─ Boek Plant Physiology and Development (6e editie, Sinauer) van Taiz, Zeiger,

Møller & Murphy ─ Tijdens de cursus op te zoeken en aangereikte literatuur.

65

Periode 1, niveau 3 cursussen BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP Biodiversity and the landscape Coördinator: mw.prof.dr. M.B. Soons, Onderzoeksgroep Ecologie en

Biodiversiteit, e-mail: m.b.soons@uu.nl Docenten: mw.prof.dr. M.B. Soons, m.b.soons@uu.nl dr. Edwin Pos, e.t.pos@uu.nl dr. Yann Hautier, y.hautier@uu.nl Stefan van Meijeren MSc., Dactylis, s.vanmeijeren@dactylis.nl

Erik Janse MSc., Dactylis, e.janse@dactylis.nl LET OP deze cursus is 15 EC in timeslot AD én BC. Door omstandigheden m.b.t. het Corona virus wordt het veldwerk niet op Terschelling maar rond Utrecht uitgevoerd. Ingangseisen De cursus Voortgezette Statistiek & R én de cursus Natuurbehoud, Duurzaamheid & Plantendiversiteit, of vergelijkbare kennis (bijv. uit de Floracursus) na overleg met de coördinator Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten in de studiepaden Ecologie en Natuurbeheer, Evolutie en Biodiversiteit Leerdoelen De cursus is erop gericht om de plantendiversiteit in het landschap te verklaren en patronen daarin te herkennen. Na de cursus kan je: ─ de belangrijkste processen die biodiversiteit genereren en in stand houden

beschrijven, ─ de standplaats van plantensoorten in het landschap verklaren (of nader

onderzoeken) aan de hand van deze processen, ─ bodemvorming, geologie en geologische ondergrond van Nederland in grote lijnen

beschrijven, ─ Nederlandse planten determineren, ─ 15 belangrijke Nederlandse plantenfamilies als familie herkennen, ─ de belangrijkste plantensoorten uit de hoofdecosystemen van Terschelling

herkennen, ─ veldwaarnemingen omzetten in een onderzoeksvraag en werkbare hypotheses, ─ in groepsvorm een onderzoeksplan (inclusief veldwerk) maken en uitvoeren, ─ een onderzoekvoorstel presenteren en verdedigen, ─ data verwerken en analyseren met R, ─ een wetenschappelijk verslag schrijven, ─ een wetenschappelijke presentatie maken en presenteren, ─ relevante gegevens verzamelen via internet en bibliotheek. Vaardigheden Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur; uitvoeren volledige onderzoekscyclus, inclusief schriftelijke en mondelinge rapportage; systematische benadering van problemen; kritisch waarnemen & denken; creativiteit en probleemoplossend vermogen; hanteren biologische variabiliteit; planten

66

determineren; vegetatie-opnames maken; veldmetingen doen aan milieufactoren die bepalend zijn voor plantengroei; met grote datasets werken; werken met R; multivariate statistiek and analyses interpreteren; samenwerken, overleggen en plannen; omgaan met feedback; basiskennis Nederlandse Flora en landschap. Inhoud De twee hoofdthema’s van deze multidisciplinaire cursus zijn (1) het leren zien van verbanden tussen vegetatie, plantendiversiteit, ondergrond, geomorfologie en menselijk ingrijpen in het landschap, en het herkennen van patronen die zijn ontstaan als gevolg van de wisselwerking van biotische en abiotische processen, en (2) het leren uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek.

In de eerste week worden inleidende colleges gegeven over biodiversiteit, de ecologie van duinen en kwelders, bodemkunde en het ontstaan van de Waddeneilanden. Daarna volgen twee weken intensief veldwerk op Terschelling, een goede conditie en het kunnen werken met de Heukels’ Flora van Nederland zijn hiervoor vereist. Tijdens drie inleidende excursies komt de wisselwerking tussen flora, bodem, (micro)klimaat en geologische processen aan bod die uiteindelijk het landschap en de vegetatie bepalen. De nadruk ligt daarbij op het herkennen van processen, patronen en verbanden. Na de excursie vindt op het eiland een plantentoets plaats, waarin planten en families moeten worden herkend en planten gedetermineerd. Vervolgens doe je in kleine groepen ecologisch veldonderzoek naar de relatie tussen plantengroei en omgeving.

In de vierde week kijken we wat de exacte mechanismen zijn die diversiteit genereren en reguleren. Jullie maken dan zelf colleges over de belangrijkste mechanismen, die ook onderdeel zijn van de tentamenstof. We verwachten dat je door middel van deze week een degelijke kijk krijgt op het begrip Biodiversiteit en welke factoren en processen belangrijk zijn.

In week 5 van de cursus beginnen we met het verdiepen van de vaardigheden in R, de programmeertaal die door onderzoekers wordt gebruikt om data te verwerken en analyseren. Hiervoor is kennis in statistiek en R uit de cursus Voortgezette Statistiek & R vereist. Week 6 gaat dieper in op multivariate analyse van vegetatie-data. In week 7 sluiten we alle colleges af en is het tentamen.

Week 8 wordt gebruikt om met je nieuwe vaardigheden, je eigen data en die van groepen uit voorgaande jaren een goede analyse te maken van je veldonderzoek, en daar een wetenschappelijk rapport over te schrijven. In week 9 schrijf je dit verslag, levert het in en bereidt een wetenschappelijke presentatie voor. Deze wordt in de laatste week op een eindsymposium gepresenteerd. In deze weken zijn een aantal contactmomenten gepland maar we gaan er van uit dat je voor het grootste deel zelfstandig moet kunnen plannen en uitwerken. Inhoud en bijbehorende werkvormen Week 1: Biodiversiteit, ecologie van duinen en kwelders, basis bodemkunde,

ontstaan van Waddeneilanden (hoorcolleges, determineer-practica, zelfstudie)

Week 2: Excursies Terschelling, determineren planten, onderzoeksplan opstellen (groepsexcursies, groepsopdracht, plantentoets)

Week 3: Veldwerk Terschelling (veldwerk in groepen van 5 personen, labmetingen) Week 4: Colleges biodiversiteit, werken aan colleges over diversiteit, presentatie Week 5: Verdiepende statistiek en R Week 6: Vegetatie-analyses in R Week 7: Zelfstudie, tentamen Week 8: Data analyses, bespreking resultaten en problemen Week 9: Verslag schrijven en inleveren, presentatie voorbereiden Week 10: Eindsymposium onderzoek Terschelling, verslag verbeteren en inleveren

67

Toetsing De cursus is voldoende afgerond indien een voldoende is behaald voor de plantentoets op Terschelling, het verslag, de twee presentaties en het tentamen, en indien aan de excursies en het veldwerk op Terschelling is meegedaan. Het cijfer van de cursus wordt bepaald door de plantentoets (15%), verslag (30%), presentaties (samen 15%) en het tentamen (40%). De excursies en het veldwerk worden niet beoordeeld middels een cijfer maar actieve deelname aan alle onderdelen is verplicht. Studiemateriaal ─ Leni Duistermaat (2020). Heukels' Flora van Nederland, ISBN 9789001589561

(ca. €55 – via UBV) – verplicht ─ Shaw, P.J.A. (2009) Multivariate Statistics for the Environmental Sciences, ISBN-

10: 0340807636. (ca. €50) - verplicht ─ Loep, prepareernaalden, tekenpapier, aantekenboek(je) ─ Regenkleding, stevig waterdicht schoeisel en kampeeruitrusting ─ Men moet op Terschelling zelf in de kosten van levensonderhoud voorzien ─ De kosten van de reis naar Harlingen en terug zijn voor eigen rekening ─ De kosten voor deelname aan de cursus bedragen €80. Deze eigen bijdrage is

noodzakelijk om de cursus op Terschelling te kunnen laten plaatsvinden. Dit is een bijdrage aan de boottocht en de camping op Terschelling en dient op de eerste cursusdag contant te worden voldaan.

Op/naar Terschelling heb je nodig: ─ Notitieboekje en potlood ─ Loep, Flora, de cursushandleiding ─ OV-jaarkaart ─ Laarzen of ander waterdicht schoeisel, goede regenkleding ─ Kampeeruitrusting (hierover kunnen onderling afspraken gemaakt worden) Logistieke zaken Terschelling De studenten kamperen op Camping Terpstra, Oosterburen 81, 8891 GB Midsland, tel. 0562-449091. Hier wordt gedurende de tweede week s’avonds vanaf 19.00 uur gebruik gemaakt van de kantine om materiaal uit het veld te verwerken en data in te voeren. Op de camping zijn geen wasmachines, wel is er een stomerij in Midsland tel. 0562-448093. Fietsen worden door de cursus beschikbaar gesteld bij aankomst op het eiland bij de Fa. Tijs Knop, Torenstraat 10-12, West-Terschelling. De staf verblijft in Goede Haven, Heereweg 13, Midsland Noord. Winkels zijn meestal open van 08.00 uur tot 18.00 uur.

68

CELLEN EN WEEFSELS Cells and tissues Coördinator: dr. R.L.P.Habets Onderzoeksgroep Cell Biology, Neurobiology and Biophysics H.R. Kruytgebouw kamer O501, tel.: 030-253 3002 e-mail: R.L.P.Habets@uu.nl

Docenten: dr. L. Kapitein, L.Kapitein@uu.nl, dr. J.A. Post, J.A.Post@uu.nl, mw.prof.dr.A.

Akhmanova, A.Akhmanova@uu.nl, dr. B. Kleizen, b.kleizen@uu.nl , prof.dr. S. van den Heuvel, S.J.L.vandenHeuvel@uu.nl en dr. S. Oliveira, S.Oliveira@uu.nl, dr. L.M.Will, L.M.Will@uu.nl , dr. W.H. Muller, dr E. de Graaff, E.deGraaff@uu.nl , W.H.Muller@uu.nl, dr. R.L.P.Habets, R.L.P.Habets@uu.nl

Ingangseisen MLS studenten: jaar 1; Biologie studenten: de cursussen De Cel en Moleculair genetische onderzoekstechnieken. De cursus Metabolisme wordt aangeraden. Studenten met vergelijkbare kennis die elders is verkregen zijn ook toelaatbaar. Studiepad MLS en Celbiologie Leerdoelen Het doel van de cursus is om de werking (mechanisme) en organisatie van de dierlijke cel te leren begrijpen. Meer specifiek: ─ De verschillende technieken van lichtmicroscopie en elektronenmicroscopie te

beschrijven en celstructuren met behulp van deze technieken te herkennen. ─ Het effect van diffusie, moleculaire eigenschappen, concentratie gradiënten, eiwit-

eiwit interacties en transportsystemen op moleculair en cellulair niveau kunnen uitleggen.

─ De functie en complexiteit van eiwitinteracties en signaling pathways binnen de systeembiologie kunnen benoemen.

─ Verschillende moleculaire mechanismen van celcommunicatie en intracellulair transport te beschrijven.

─ (het belang van) Verschillende controle mechanismen in de celcylus kunnen beschrijven.

─ Verschillende moleculaire mechanismen van kankerontwikkeling en kankerbehandeling kunnen benoemen.

─ De rol van stamcellen in weefselproductie kunnen benoemen en de huidige ontwikkelingen binnen stamcel engineering kunnen beschrijven.

Vaardigheden Na afronding van de cursus is de student in staat: ─ Zelfstandig grote hoeveelheden informatie uit een boek als “the Cell” van Alberts

te verwerken. ─ Samen te werken met studenten van een andere discipline, om met behulp van

theoretische kennis praktische opdrachten op te lossen. ─ Op een constructieve manier feedback te geven aan medestudenten. ─ Een primair artikel te analyseren en presenteren aan medestudenten. ─ Kritische vragen te bedenken bij een artikel en hierover te discussiëren.

69

Inhoud In deze cursus wordt de werking van de dierlijke cel uitgelegd vanaf het moleculaire niveau tot en met het functioneren van cellen in de weefsels van levende organismen. In het eerste deel van deze cursus zal het centraal dogma van de moleculaire biologie behandeld worden. DNA replicatie, transcriptie, translatie en de regulatie hiervan. Verder zullen de werking en toepassing van twee microscopische technieken worden behandeld: licht- en elektronen microscopie. In het tweede deel zal het functioneren van de cel besproken worden, zoals eiwit sortering, membraan transport, signaleringsroutes en de celcyclus. Ook behandelen we in deel 2 de samenwerking van de cellen in weefsels. Zo gaan we in op apoptose, cel-cel contacten en weefsel vernieuwing door stamcellen. Aandacht zal ook besteed worden aan situaties waarbij deze processen niet meer goed functioneren, zoals bij kanker. Werkvormen Hoorcollege, journal club, werkcollege, werkcollege bespreking, peer feedback, Blackboard opgaves, zelfstudie. Toetsing Deeltoets1 Tentamen halverwege cursus 40% Deeltoets2 Tentamen eind cursus 45% PRESENTATIE Journal club 10% BLACKBOARD Individuele opdrachten 5% WERKCOLLEGE Opdrachten inspanningsverplichting Voor beide deeltoetsen moet minimaal een 5 gehaald worden om voor de cursus te slagen. Het gemiddelde van alle cijfers moet een 5,5 of hoger zijn. Studiemateriaal ─ Molecular Biology of the Cell, sixth edition: Alberts et al. De Hoofdstukken: 5-7, 9,

12, 13, 15, 17-20, 22 ─ Primaire literatuur beschikbaar via Blackboard en UU bibliotheek

70

DIDACTIEK Didactics Coördinator: mw. dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine)

Didactiek van de Biologie Freudenthal Institute Buys Ballot gebouw, Princetonplein 5, Kamer 362 tel. 030 – 253 2213 (secr. 253 1179) e-mail: m.c.p.j.knippels@uu.nl,

Docent: mw.dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine) Ingangseisen Geen Studiepad De cursus Didactiek valt onder de ‘verbredende vakken’ en oriënteert op het leren en onderwijzen van de biologie. De cursus is daarnaast voor een ieder aan te raden die kritisch wil leren kijken naar en nadenken over het (eigen) leerproces en biologieonderwijs. Ook is het een goede voorbereiding op de master Science Education and Communication. Leerdoelen De overkoepelende doelen van de cursus zijn: ─ het verwerven van een vakdidactisch begrippenapparaat voor het beschrijven,

ontwikkelen, analyseren en beoordelen van biologieonderwijs, ─ bevorderen van een actieve studiehouding waarin kritische reflectie en

verantwoordelijkheid voor het eigen leerproces centraal staan. Hiertoe moet je onder meer: ─ je bewust zijn van eigen opvattingen over leren en onderwijzen, deze kunnen

relateren aan pedagogische en leertheoretische principes uit de literatuur, ─ het model van didactische analyse kunnen beschrijven en toepassen in het

beoordelen van biologieonderwijs, ─ inzicht hebben in de maatschappelijke krachten die de inhoud en vorm van het

biologieonderwijs mede bepalen. Inhoud Deze cursus is een inleiding in de didactiek, waarin leren en onderwijzen van de biologie centraal staat. Je maakt kennis met leertheorieën, verkent verschillende leerstijlen en denkt na over de aard van je vak. Wat houdt het ‘vak biologie’ precies in, wat onderscheidt biologie van de andere natuurwetenschappen, wat zijn moeilijke thema’s in de biologie en hoe kun je het onderwijsleerproces het beste vormgeven? Kortom, de relaties tussen het vak, de lerende en maatschappij worden verkend en consequenties voor de inrichting van (biologie)onderwijs besproken.

Deze cursus richt zich niet primair op het zelf leren lesgeven. Daarvoor zijn de meer op vaardigheden en onderwijspraktijk gerichte cursussen BETA-B2OOP (niveau 2) en de Educatieve minor (niveau 3). De cursus Didactiek heeft meer het karakter van een theoretische inleiding en praktijkoriëntatie. Wel ontwerp je in een groepsopdracht zelf een les of educatieve bijeenkomst.

Waar wetenschapscommunicatie zich richt op informeel leren in buitenschoolse contexten, richt didactiek zich vooral op formeel leren in schoolse contexten.

De hoofdthema’s die in de cursus aan bod komen zijn: ─ Kennismaking en oriëntatie Hoe, wat, waarom?

71

─ Wat is leren? Leerstijlen en leertheorieën ─ Wat is het vak? Aard en ontwikkeling van het (school)vak Biologie, het leren van een vak ─ Waarom is dit vak belangrijk? Onderwijsvisies ─ Hoe ontwikkel je vakonderwijs? Modellen–(leer)doelen–werkvormen – toetsing ─ Vakdidactisch onderzoek Methoden en praktijkvoorbeelden Onderwijsvormen Per week zijn er twee dagdelen aan contacttijd, de overige tijd (1½ dag) is voor zelfstudie waaronder het werken aan opdrachten en het bestuderen van literatuur. De tijdsinvestering voor deze cursus is 20 uur per week.

De contacttijd wordt vormgegeven als interactieve colleges. Daarmee wordt bedoeld dat plenaire, individuele en groepsactiviteiten elkaar afwisselen.

Beoordeling In week 10 vindt een schriftelijke toets (tentamen) over de gehele stof plaats. Daarnaast wordt in een groepsopdracht een les ontworpen voor een specifieke doelgroep. Het ontwerp zelf (educatief materiaal) en de verantwoording van het ontwerp worden in een verslag aangeleverd en het ontwerp wordt voor de medestudenten gepresenteerd.

Gedurende de contacturen wordt een actieve houding van de student verwacht. Zo worden (groeps)opdrachten uitgevoerd, presentaties verzorgd en peer-feedback gegeven. Actieve deelname is voorwaarde om toegelaten te kunnen worden tot het tentamen.

Beoordeeld worden dus: ─ Schriftelijke toets (individueel)- 60% ─ Ontwerpopdracht (groep): verslag en presentatie – 40% Benodigdheden ─ Blackboard. ─ Tijdens de cursus worden aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal

uitgedeeld of via Blackboard beschikbaar gesteld. ─ Je moet kunnen beschikken over een editie van Campbell ‘Biology’.

72

ENDOCRINOLOGIE Endocrinology Coördinator: dr. Rüdiger W. Schulz Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie/Voortplantingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer W606 tel.: 030-253 3064 e-mail: r.w.schulz@uu.nl

Docenten: dr. Jan Bogerd, j.bogerd@uu.nl dr. Rüdiger W. Schulz, r.w.schulz@uu.nl Gastdocenten: dr. Jorg Massen, j.j.m.massen@uu.nl dr. Harm Krugers, h.krugers@uva.nl prof.dr. Ton Groothuis, a.g.g.groothuis@rug.nl

Capaciteit max 60 Ingangseisen De cursus sluit aan op onderdelen uit de eerstejaarscursussen Moleculaire Biologie en Biologie van Dieren of vergelijkbare cursussen. Het gevolgd hebben van de cursus Ontwikkelingsbiologie en Dierfysiologie wordt aanbevolen. Verder is voorkennis van belang op het gebied van de moleculaire biologie (transcriptie, translatie, structuur en functie van DNA, RNA en eiwitten) en de celbiologie (cel-cel interactie, celcyclus, signaaltransductie, receptortypen). Het wordt daarom ook aanbevolen de niveau 2 cursus De Cel te volgen. Daarnaast wordt de niveau 2 cursus Metabolisme aanbevolen. De daarin behandelde biochemie van de stofwisseling sluit aan op de in de cursus Endocrinologie cursus behandeld endocriene regulatie van de stofwisseling. Studiepad De cursus is onderdeel van de moleculaire studiepaden (ondersteunend) en van de gedragsbiologie. Bovendien is de cursus een (keuze)onderdeel van de Bachelor “Molecular Life Sciences”. De cursus is een goede voorbereiding op de Masters Molecular and Cellular Life Sciences en Cancer, Stem Cells and Developmental Biology. Leerdoelen In deze cursus leer je de principes kennen van de integratieve regulatie van levensprocessen door hormonen bij mens/gewervelde dieren. Aan het einde van de cursus ben je in staat om: ─ De belangrijkste, endocriene systemen in vertebraten te benoemen en de

hoofdfuncties van de betrokken hormonen te beschrijven ─ Het concept van hormonale regulatie van levensprocessen op het niveau van het

organisme, inclusief interacties tussen verschillende organen/weefsels hierbij, uit te leggen

─ Het ontstaan van een aantal endocriene organen (b.v. voorplantingsorganen, hypofyse, pancreas) tijdens de embryonale fase uit te leggen en de daarbij werkende moleculaire mechanismen te begrijpen

─ De organen betrokken bij hormoonproductie anatomisch en histologisch te herkennen en te beschrijven

─ Verbanden te leggen tussen de microscopische structuur en fysiologische functie van endocriene organen/cellen, en uit de analyse van experimentele monsters af te leiden hoe feedback systemen werken

─ De endocriene regulatie van fysiologische processen van het organisme te beschrijven en op conceptueel niveau de werkingsmechanismen van hormonen op cellulair en moleculair niveau uit te leggen

73

─ De wijze waarop energie homeostase, bijnierfunctie, groei, voortplanting, stress

en gedrag integratief gereguleerd worden conceptueel te begrijpen en te beschrijven

─ Af te leiden hoe geselecteerde ziektebeelden en/of “loss-of-function” mutaties samenhangen met stoornissen in de ontwikkeling en endocriene regulatie van levensprocessen.

Vaardigheden Lezen en kritisch verwerken van wetenschappelijke literatuur door een samenhangend concept van het onderwerp te ontwikkelen, mondeling te presenteren, en schriftelijk samen te vatten. Dit wordt toegepast gedurende de literatuurstudie (schrijven van een samenvatting; houden van een presentatie), en een andere keer bij het schrijven van een research proposal (schrijven van een samenvatting die ook voor niet gespecialiseerde biologen begrijpelijk is; schrijven van een uitgebreid proposal). In beide gevallen wordt (ook) gebruik gemaakt van het concept van “peer review” zodat vaardigheden i.v.m. de beoordeling van (mede)studenten ontwikkeld kunnen worden. Omgaan met complexe regelsystemen, wetenschappelijke discussie (incl. het formuleren van vragen). De cursus wordt in het Nederlands gegeven, tenzij Engelstalige studenten ingeschreven zijn. Inhoud In deze cursus staat de integratieve regulatie van levensprocessen door hormonen centraal. Aandacht wordt besteed aan de regulatie van de voortplanting, bijnier, energie homeostase en spijsvertering, schildklier en groei; gastdocenten bespreken de aspecten van hormonen en gedrag resp. hormonen en hersenenfunctie. Inleidend worden de voor de endocrinologie belangrijkste concepten behandeld (zoals homeostase, hormoonassen, feedback-mechanismen, relatie tussen de biochemische opbouw van hormonen en structuur en functie van hun receptoren). Ook bestuderen wij de functionele anatomie/histologie van de endocriene organen (3 [gedigitaliseerde] microscoop practica). In detail wordt ingegaan op de ontwikkeling en het functioneren van het voortplantingssysteem, maar ook op de ontwikkeling van hypofyse en alvleesklier. Vervolgens wordt aandacht geschonken aan de hormonen die een rol spelen bij de stressreactie en in het metabolisme, groei, en differentiatie (b.v. insuline, groei- en schildklierhormonen), en worden recente gegevens over het functioneren van regelsystemen via multiple weefseltypen en hormonen toegelicht (b.v. de bot-pancreas-testis as). Tijdens de cursus wordt ook aandacht besteed aan academische vaardigheden (zie boven). Ter ondersteuning van de zelfstudie wordt het boek “Human Physiology – An Integrated Approach 8th edition (D.U. Silverthorn) aanbevolen. Voor de onderwerpen van de gastsprekers (dr. Jorg Massen, UU; dr. Harm Krugers, UvA; prof. Ton Groothuis, RUG) dienen ter voorbereidende zelfstudie voorafgaand aan hun colleges enkele artikelen gelezen te worden. In de loop van de cursus presenteren werkgroepen (4-5 studenten) een literatuurstudie onderwerp (verdieping van collegestof). Dezelfde werkgroepen dienen tegen het einde van de cursus hun research proposals ter beoordeling in. Een proposal wordt ontwikkeld op het gebied waar de groep door de literatuurstudie al speciale kennis heeft opgebouwd. De samenvatting van de proposals wordt door medestudenten, het proposal zelf door docenten beoordeeld. Werkvormen Collegecyclus, microscoop practica, literatuuropdracht en research proposal (verdieping van geselecteerde aspecten van de collegestof door schriftelijke

74

samenvatting, mondelinge presentatie, bedenken van goed/fout vragen; de literatuurstudie en het research proposal voer je uit in groepjes van 4-5 studenten). Toetsing Je neemt aan alle onderdelen van de cursus deel. Voor presentaties door studenten en de twee gastcolleges geldt aanwezigheidsplicht. Individuele toetsing: Tijdens de cursus worden twee deeltentamens ingeroosterd (telkens 2-3 uren met gesloten en enkele open vragen; PC toets (Remindo); gezamenlijke weegfactor 80%). De twee deeltentamens moeten beiden voldoende zijn (tenminste 5,5) om te kunnen slagen; indien een deeltentamen onvoldoende zou zijn maar niet slechter dan een 5, dan kan met het andere deeltentamen gecompenseerd worden. Groepstoetsing: De mondelinge en schriftelijke presentatie van de literatuur opdracht wordt als volgt beoordeeld: de docent geeft een cijfer gebaseerd op de schriftelijke samenvatting, de presentatie, en het beantwoorden van vragen. Het cijfer wordt vermenigvuldigd met het aantal groepsleden (voorbeeld: bij 5 groepsleden resulteert het cijfer 7 in 35 punten). Vervolgens verdelen de 5 groepsleden de 35 punten onder elkaar en delen de uitslag aan de coördinator mee (weegfactor voor eindcijfer: 10%). De groep dient gebruik te maken van een feedback gelegenheid met een docent m.b.t. de samenvatting en de presentatie plaatjes tenminste 2 dagen voor de presentatie. Een werkgroep die een presentatie houdt die als onvoldoende beoordeeld wordt dient de presentatie binnen 1-3 weken te herhalen. Het research proposal wordt weer in werkgroepen (samenstelling komt overeen met de groep bij de literatuur opdracht) vervaardigd. Maximaal twee weken na het houden van de literatuur presentatie bespreekt de werkgroep met een docent de inmiddels vervaardigde opzet van het onderzoeksvoorstel, gebaseerd op de in de literatuurstudie opgedane kennis (verplicht feedback moment). De ook voor niet gespecialiseerde biologen begrijpelijke samenvatting wordt door alle andere groepen beoordeeld (weegfactor voor eindcijfer: 5%), terwijl een docent het proposal beoordeelt (weegfactor 5%). Studiemateriaal ─ Human Physiology – An Integrated Approach 8th edition Silverthorn ISBN-10:

129225954X • ISBN-13: 9781292259543 AANBEVOLEN MAAR NIET VERPLICHT OM AAN TE SCHAFFEN

─ Voor de literatuuropdracht en het research proposal krijg je de literatuur elektronisch uitgereikt of de link naar de respectievelijke UBU bron meegedeeld.

─ De college plaatjes worden via Blackboard ter beschikking gesteld. ─ Benodigde software: PDF reader, presentatie en tekstverwerking software. Corona Afhankelijk van de ontwikkelingen is het mogelijk dat ook in periode 1 van het studiejaar 2020/2021 fysiek onderwijs (hoorcolleges en literatuur presentaties) nog niet gerealiseerd kan worden. Hoorcolleges worden dan vervangen door het ter beschikking stellen van podcasts. Voor de literatuur presentaties wordt t.z.t. een oplossing aangeboden (b.v. het opnemen en vervolgens uploaden van de presentatie thuis, gevolgd door bekijken en beluisteren via LectureNet, en tenslotte een on-line discussie, b.v. via een ZOOM sessie). Overleg van de werkgroepen met de docent tijdens de voorbereidingen van de literatuurpresentaties en de research proposals zal dan ook m.b.v. een on-line video software plaatsvinden.

75

GEDRAGSOBSERVATIES Behavioural observations Coördinator: mw.dr. A.M. Schel (Anne Marijke)a.m.schel@uu.nl Onderzoeksgroep Animal Ecology Kruytgebouw, kamer O303 tel.: 030-2532832 e-mail: a.m.schel@uu.nl Docenten: mw.dr. A.M. Schel, a.m.schel@uu.nl dr.J.J.M.Massen, j.j.m.massen@uu.nl

mw.drs. L. van den Berg, L.M.vandenBerg2@uu.nl mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, e.h.m.sterck@uu.nl

Capaciteit max 36 Ingangseisen De cursus Socio-Ecologie, Cognitie en gedrag en de cursus Voortgezette statistiek en R of cursussen met gelijkwaardige kennis en niveau. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren (B-B1DIER05) met dissectie is voor het volgen van deze cursus verplicht. Studiepad De cursus is een kerncursus in het studiepad Gedragsbiologie, die aansluit bij de track Behavioural Ecology in de master Environmental Biology. Leerdoelen Deze cursus heeft tot doel: ─ Leren van vaardigheden voor Gedragsonderzoek:

o schrijven van het onderzoeksvoorstel met primaire literatuur o maken van een ethogram o leren gebruiken van het computerprogramma Boris voor het scoren van

gedragingen o leren over verschillende observatiemethoden, zoals scan, focal, instantaan o gebruik van een camera en de analyse met behulp van het

computerprogramma Boris bij ontwikkelen van observatiemethode en data verzameling

o observeren o invoeren van data in Excel o data-analyse en statistiek

─ Leren samenwerken in groepen: o binnen de groepen gelijke verdeling van taken met wisselende rol o onderling overleg tussen verschillende groepen met een voorzitter en notulist

─ Leren rapporteren: o communicatie met dierenhouders/dierenverzorgers o bespreking met consultant o logboek bijhouden o peer review o power point presentatie

Vaardigheden In deze cursus leer je zelfstandig vaardigheden zoals in de leerdoelen beschreven om gedragsonderzoek te kunnen doen, waarbij goede communicatie en afspraken met groepsleden, begeleiders en dierenhouders/dierenverzorgers essentieel zijn.

76

Inhoud Voor het onderzoeken van allerlei vraagstellingen op het gebied van gedrag zoals behandeld in de cursus Gedragsbiologie, Cognitie en gedrag en Socio-Ecologie, wordt gebruik gemaakt van gedragsobservaties. De cursus behandelt alle aspecten die met gedragsobservaties te maken hebben zoals beschreven bij de leerdoelen. De cursus is gebaseerd op de autonomie, inzet en samenwerking van de studenten. Dat wil zeggen dat de studenten zich zelfstandig in groepen van 3 personen de vaardigheden eigen maken, waarna ze met 2 andere groepen die hetzelfde onderwerp hebben, de vaardigheden bespreken. In totaal zijn er 4 onderwerpen die uitgewerkt worden door 3 groepen van 3 studenten (36 studenten in totaal.) Tijdens de wekelijkse bespreking zal er een voorzitter en notulist zijn die rouleert, zodat iedereen een keer voorzitter en notulist zal zijn. Na deze bespreking zal het thema van die week besproken worden met de begeleider waarbij de notulisten van elk van de vier groepen het voortouw zullen nemen in de bespreking. De verschillende aspecten voor gedragsobservaties zullen in de logische volgorde van gedragsonderzoek tijdens de cursusaanbod komen. Tijdens de hele cursus zorgt elke groep voor het bijhouden van het logboek dat wekelijks met de notulen op Blackboard wordt geplaatst. De cursus wordt afgesloten met een eindsymposium waarbij de resultaten van de vier onderwerpen gepresenteerd worden inclusief video Werkvormen Studenten werken zelfstandig verschillende aspecten uit die met gedragsonderzoek te maken hebben. Tijdens de wekelijkse bijeenkomsten worden de uitgezochte en uitgewerkte vaardigheden besproken met de begeleider van dat onderwerp. Aan het eind van de cursus zal het resultaat van het gedragsonderzoek gepresenteerd worden. Toetsing De eindpresentatie zal voor 30% bijdragen aan het eindcijfer (groepscijfer). De research proposal zal 25% van het eindcijfer zijn (groepscijfer). Het logboek van elke groep draagt 10% bij aan het eindcijfer van de groep. Het verslag van de notulist wordt beoordeeld en is 10% van het eindcijfer (individueel cijfer). De studenten beoordelen elkaar ten aanzien van inzet en samenwerking (met argumentatie) en telt als 15% van het eindcijfer (individueel cijfer). Studiemateriaal Reader Gedragsobservaties

77

GENOOMBIOLOGIE Genome biology Coördinator: dr. Ronnie de Jonge Onderzoeksgroep Plant-Microbe Interacties H.R. Kruytgebouw, kamer N205, tel. 030-253 6860 e-mail: r.dejonge@uu.nl Docenten: prof.dr. Berend Snel, b.snel@uu.nl dr. Ronnie de Jonge, r.dejonge@uu.nl prof.dr. Guido van den Ackerveken, g.vandenackerveken@uu.nl Capaciteit: max 70 Ingangseis De cursus De Cel (niveau 2) of vergelijkbare kennis; basiskennis Moleculaire Biologie (jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie of vergelijkbaar) aangevuld met kennis van hoofdstukken over DNA in “Molecular Biology of the Cell”, of “Essential Cell Biology” (Alberts et al.). De cursus Moleculaire genetische onderzoekstechnieken wordt aanbevolen. Studiepad De cursus is kerncursus in het studiepad Ontwikkelingsbiologie, maar is ook nuttig bij een moleculairbiologische invulling binnen Theoretische Biologie en Bioinformatica, Plantenbiologie, Celbiologie en Evolutie. Leerdoelen ─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen

van aanvullende gegevens uit ander informatiebronnen, ─ het kunnen samenvatten en beschrijven van complexe genetische systemen en

hun werking en regulatie, ─ het belang van genoomprojecten te verwoorden, en de benaderingen en

werkwijzen om genomen in kaart te brengen te beschrijven, ─ de organisatie van genomen van hogere eukaryoten samen te vatten ─ het gebruik van comparative genomics en samenhangende evolutionaire

werkingsmechanismen samen te vatten, ─ het doel van functional genomics en de werkwijze om functies, zoals genome

editing, in kaart te brengen en samen te vatten, ─ de mechanismen die het genoom veranderen te verwoorden, ─ de modificaties in chromatine te begrijpen en toe te passen om hun invloed op de

expressie van genen te beredeneren, ─ browsers en databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens

over genen en genomen, ─ het integreren van genomics en genetische data met het doel om in begrijpelijke

taal over een bepaald onderwerp een essay te schrijven en te verdedigen, ─ het voorbereiden van een pleidooi en het verdedigen van standpunten in een

debat.

Inhoud en werkvormen In deze theoretische cursus gaan we dieper in op de structuur en opbouw van eukaryote genomen en de mechanismen die de organisatie, regulatie en evolutie van het genoom beïnvloeden. Tijdens de cursus behandelen we ook actuele onderwerpen als stamcellen, epigenetica, personal genome, next-generation sequencing, genome editing, en houden we twee debatten.

78

Iedere week volg je op maandag een college dat de basis vormt voor de verdere week. Op de andere dagen werk je aan opdrachten. De docenten zijn dan beschikbaar voor overleg en vragen. Op de meeste donderdagen werk je aan computeropdrachten die gericht zijn om te leren werken met DNA-informatie.

De eerste 4 weken van de cursus hebben als thema Genoomopbouw en –regulatie. Hierin komen onderwerpen als chromosoomopbouw, chromatine, epigenetica en imprinting aan de orde. In dit eerste blok zullen ook twee debatten (in de vorm van een rechtszaak) georganiseerd worden over onderwerpen gerelateerd aan dit thema en zal er een gastcollege over “organisatie van het DNA in de kern” zijn. Het eerste blok zal worden afgesloten met een tentamen.

Het tweede blok van 6 weken staat in het teken van analyse, evolutie en functie van genomen. Hier worden de methoden van genoom-sequencing besproken en is er veel aandacht voor comparative genomics en genoomevolutie. De beschikbaarheid van genoom-sequenties maakt het mogelijk om alle genen in organismen te bestuderen. We behandelen expressie van het genoom, interactienetwerken, functional genomics en genoom-editing, wat erop gericht is om de biologische functie van genen in het genoom te bepalen. In een gastcollege zal het onderwerp “Personal genome” worden besproken en is er een discussie over dit onderwerp.

Een belangrijk onderdeel van het tweede blok is het schrijven van een werkstuk over nieuwe inzichten in genoomevolutie die zijn verkregen door het beschikbaar komen van nieuwe genoomsequenties. Dit is een groepsopdracht met 4-5 studenten. In de opdracht komen alle tot dusverre behandelde aspecten van de cursus terug. Naast het schrijven van het werkstuk beoordeel je, via Peergrade, individueel het werkstuk van een andere groep en ben je in de gelegenheid om kritische vragen hierover te stellen. In de laatste week van de cursus is er tijd voor zelfstudie en is er een afsluitend tentamen. Blackboard Blackboard is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus benodigde informatie. Toetsing Actieve deelname aan computeropdrachten en debatten is verplicht. De maandagcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke toetsen (60%, iedere toets moet ≥5 scoren en gemiddeld ≥5.5 om de cursus te halen en gemiddeld ≥4 om de cursus te mogen herkansen), het voeren van het debat (10%), en het werkstuk met de bijbehorende peer-review (30%). Studiemateriaal ─ Een digitale reader met primaire literatuur in de vorm van artikelen en reviews

79

IMMUNOBIOLOGIE Immunobiology Coördinator: mw.dr. Can Keşmir, Onderzoeksgroep Theoretische Biologie en Bioinformatica Kruytgebouw, kamer N603, tel: 253 3481, Email: c.kesmir@uu.nl Docenten: prof.dr. Ronald Bontrop (Biomedical Primate Research Center, Rijswijk en

Theoretische Biologie UU), bontrop@bprc.nl, dr. Paul van Bergen en Henegouwen (Molecular Cell Biology UU), p.vanbergen@uu.nl, prof.dr. R.J. de Boer (Theoretische Biologie en Bioinformatica UU), r.j.deboer@uu.nl, dr. Jose Borghans (Translational Immunology, UMCU) j.borghans@umcu.nl.

capaciteit: max 60 studenten Ingangseisen Eén van de volgende n2 cursussen van de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is: De Cel, Metabolisme of Ontwikkelingsbiologie. Daarnaast is het zeer aanbevolen om een van de volgende n2 cursussen van de bacheloropleiding Biologie te volgen (of op een andere manier verkregen vergelijkbare kennis): Data Science en biologie en Voortgezette statistiek en R. Studiepad Dit is een kerncursus van het studiepad Theoretische Biologie en Bioinformatica. De cursus past ook uitstekend in veel andere studiepaden. Leerdoelen Aan het eind van de cursus heb/kun je: ─ inzicht in de functie van het immuunsysteem, op het niveau van het boek The

Immune System (Parham). ─ kennis van het selecteren en verwerken van immunologische literatuur, ─ een immunologisch onderwerp/probleem eigen maken en uitdiepen aan de hand

van primaire literatuur. ─ kennis van het gebruik van wiskundige modellen en bioinformatica in

immunologisch onderzoek. ─ een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige

immunologische onderzoek. Vaardigheden ─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen

van gerelateerde informatie uit ander informatiebronnen, ─ het kunnen samenvatten en presenteren van complexe beschrijvingen van

immune systemen en hun werking en regulatie, ─ het gebruik van basis bioinformatica en wiskundige modellen, ─ databases gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over genen en

genomen voor immunologisch onderzoek. ─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentaties en rapporten), ─ rapporteren, ─ houden van een presentatie. Inhoud Het immuunsysteem omvat aangeboren en verworven defensiemechanismen tegen (pathogene) micro-organismen. Het eerste deel van de cursus brengt je begrip van

80

het immuunsystem op een basisniveau. In de vorm van hoorcolleges krijg je stapsgewijs inzicht in de opbouw en de wijze van functioneren van het menselijk afweersysteem. Het immunesysteem kenmerkt zich door zijn grote diversiteit. Dit aspect vormt het centrale thema in de cursus. De immunologische processen en mechanismen die leiden tot een adequate afweer tegen bacterien en virussen krijgen de meeste aandacht. Je leert bijvoorbeeld de structuur van antistoffen kennen en de basis van antistof-variabiliteit, effector-functies van antistoffen, functies van lymfocyten, antigeen-presenterende cellen en de functie van eiwitten van het major histocompatibiliteits complex, en immunologische tolerantie. Gedurende de cursus leert je wiskundige modellen begrijpen en analyseren en met basis bioinformaticamethoden te voorspelen welke stukken van een virus of bacterie het meest immunogeen zijn. Werkvormen Hoor- en werkcollege (computer), artikel presentaties en discussie sessies. Black board pagina van het cursus is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus nodige informatie, en de opdrachten. Toetsing Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. Dit wordt getest in de vorm van een lab-boek, die in het eind van de cursus moet ingeleverd worden. De hoorcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke toetsen (60%), artikel presentaties, en discussie of debat (15%), en een schriftelijke rapport over computer werkcolleges (25%). Het gemiddelde cijfer voor de twee toetsen mag niet lager dan 5,5 zijn.

Studiemateriaal ─ Boek: The immune system, by Peter Parham, fourth edition, 2014, Garland

Science, (het boek is verplicht bij de cursus), ─ Primaire literatuur

81

Periode 2, niveau 1 cursussen BIOLOGIE VAN DIEREN Animal Biology Coördinator: dr. J. Bogerd (Jan)

Hugo R. Kruytgebouw, kamer O807, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht tel. 030 253 4177 e-mail: j.bogerd@uu.nl Docenten: dr. J. Bogerd (Jan), j.bogerd@uu.nl mw. dr. K. Gielen, k.gielen@uu.nl dr. R.L.P. Habets (Ron), r.l.p.habets@uu.nl mw. dr. C. Kesmir (Can), C.Kesmir@uu.nl dr. B.K.A. Nelemans, b.k.a.nelemans@uu.nl mw. dr. A.M. Schel (Anne Marijke), a.m. schel@uu.nl dr. R.W. Schulz (Rüdiger), r.w.schulz@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. Studiepad De cursus bereidt voor op het volgen van de studiepaden Gedragsbiologie, Ontwikkelingsbiologie, Neurobiologie en is belangrijk als je de Educatie kant op wilt. Leerdoelen Na afloop van deze cursus kun je: ─ de karakteristieken beschrijven van de dierlijke basisweefsels, ─ de belangrijkste functies van de verschillende weefsels en orgaansystemen

beschrijven, ─ de relatie uitleggen tussen de vorm en de functie van weefsels en

orgaansystemen, ─ beschrijven hoe gedurende de evolutie orgaansystemen zich hebben ontwikkeld, ─ verklaren hoe het zenuwstelsel en het hormonale stelsel samenwerken bij het in

stand houden van de homeostase van het interne milieu, ─ de rol van het gedrag bij het handhaven van de homeostase beschrijven, ─ de causale analyse van gedrag beschrijven. Vaardigheden Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden: ─ relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften, selecteren

en verwerken van literatuur, ─ uitvoeren van de onderzoekscyclus: een proef plannen, en een labjournaal

bijhouden, ─ creatief en probleemoplossend werken en omgaan met complexe systemen, ─ mondeling en schriftelijk rapporteren in het Nederlands, ─ dissectie, een orgaan dan wel een dier ontleden aan de hand van een handleiding, ─ ethisch denken en handelen. Inhoud De cursus Biologie van Dieren gaat verder waar de biologielessen van de middelbare school ophielden. Je gaat, in detail, het functioneren van processen in het lichaam

82

van een dier bestuderen. Met de kennis over die processen leer je vervolgens allerlei verstoringen van de homeostase te verklaren. Zo bestudeer je de levensverrichtingen (functionele fysiologie) en de daarbij horende structuren van dieren, de vertebraten (gewervelde dieren) in het bijzonder. Tevens leer je de relatie tussen vorm en functie van dierlijke cellen, organen en orgaansystemen verklaren. Daarbij krijgen vooral bouw en functioneren van organen en orgaanstelsels veel aandacht: de opbouw van verschillende weefseltypes, het zenuwstelsel, het spierstelsel, het spijsverteringsstelsel, de energiehuishouding, het immuunsysteem, de gaswisseling, de excretie en osmoregulatie, de homeostase van het interne milieu en de regulatie via het neurale en het hormonale systeem komen aan de orde. Een belangrijk aandachtsgebied in de cursus is het gedrag van organismen. De causale analyse van gedrag begint met informatie die wordt waargenomen door zintuigen, de stimuli. Die stimuli zullen, na verwerking door het zenuwstelsel, resulteren in gedrag dat aanpassing van het individu aan de buitenwereld mogelijk maakt. Je zult leren dat communicatie en leerprocessen daarin een belangrijke rol spelen. Daarnaast draagt gedrag bij aan de homeostase van het interne milieu en leer je meer over de gevolgen van een langdurig bedreigde homeostase. Onderwijsvormen Tijdens de cursus volg je hoorcolleges, Xerte zelfstudiemodules en practica (microscopie en dissectie). Daarnaast voer je zelfstandig een gedragsexperiment uit waarover je een verslag schrijft. Biologie van Dieren is een pittige cursus die echter goed te doen is als je de behandelde stof bijhoudt tijdens de aangegeven zelfstudietijd en tijdig begint met het bestuderen van de tentamenstof. Blackboard De cursus wordt ondersteund door Blackboard waar je de hand-outs van de hoorcolleges, de roosters, de links naar de Xerte zelfstudiemodules, een biomedisch woordenboek en andere interessante links en informatie vindt. Toetsing Deeltoetsen De cursus Biologie van Dieren heeft drie deeltoetsen. Voor ieder deeltentamen moet het tentamencijfer minimaal een 5,0 (onafgerond) zijn en tevens dient het gemiddelde van de drie tentamencijfers minimaal een 5,5 (onafgerond) te zijn. Een lager cijfer voor één deeltentamen mag dus worden gecompenseerd met hogere cijfers voor andere deeltentamens, mits voor elk deeltentamen minimaal een 5,0 is behaald. Indien twee of drie deeltoetsen met een cijfer lager dan een 5,0 (onafgerond) zijn afgesloten, geldt niet het rekenkundig gemiddelde van de deelcijfers, maar wordt de eindbeoordeling ONV (onvoldoende) en kom je niet in aanmerking voor de aanvullende toets. MasteringBiology In de cursus Biologie van Dieren dient voorafgaand aan elk hoorcollege de bijbehorende MasteringBiology assignment ingediend te zijn (dit zijn steeds harde deadlines). Het gemiddelde eindcijfer van alle MasteringBiology assignments dient na afloop van de laatste deadline een 6,0 of hoger te zijn. Indien dit cursusonderdeel met een cijfer lager dan een 6,0 wordt afgesloten, wordt de eindbeoordeling van de gehele cursus ONV (onvoldoende) en kom je niet in aanmerking voor enige aanvullende toetsing. Practica Actieve deelname aan de practica is verplicht. Het eindcijfer van de cursus wordt pas vastgesteld nadat aan alle practicumverplichtingen is voldaan. Het cijfer voor het

83

verslag van het gedragsexperiment dient een 6,0 of hoger te zijn en telt voor 4% van het eindcijfer mee. Het eindcijfer voor de cursus wordt - wanneer aan bovenstaande eis voor beide deeltoetsen is voldaan - als volgt berekend:

• 32 % deeltentamen 1 • 32 % deeltentamen 2 • 32 % deeltentamen 3 • 4 % verslag van het gedragsexperiment

Een eventuele verandering van de definitieve berekening van het eindcijfer zal bij het begin van de cursus worden gecommuniceerd. Studiemateriaal ─ een snijset en labjas, die je nodig hebt voor alleen de dissectiepractica, ─ een potlood, een gum en een puntenslijper, ─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco,

2020, met toegangscode Mastering Biology (ISBN 9781292343150), ─ Losse toegansgcodes voor MasteringBiology zijn te verkrijgen

via: https://www.pearsonmylabandmastering.com/global/students/get-registered/index.html; alleen betaling via PayPal of m.b.v. een credit card.

─ Werkboek Biologie van Dieren 2020-2021. Zorg dat je de toegangscode voor MasteringBiology, het boek BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2020, een werkboek Biologie van Dieren 2020-2021, een snijset en labjas voor aanvang van de cursus in je bezit hebt. Aanbevolen:

─ “Henderson’s Dictionary of Biology” van Lawrence, 16e editie, Pearson Education Inc.

84

PLANTEN en MICRO-ORGANISMEN Plants and micro-organisms Coördinator: Plantendeel: dr. Diederik Keuskamp, D.H.Keuskamp@uu.nl, Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten H.R. Kruytgebouw, kamer Z311, tel.: 030-253 2857 Microbiologiedeel: dr. Margot Koster, M.C.Koster@uu.nl, Onderzoeksgroep Microbiologie H.R.Kruytgebouw, kamer O403, tel.: 030-253 2267 Docenten: prof. dr. Ronald Pierik, R.Pierik@uu.nl, dr. Diederik Keuskamp,

D.H.Keuskamp@uu.nl, dr. Margot Koster, M.C.Koster@uu.nl. Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. Studiepad De cursus biedt basiskennis voor alle studiepaden, maar is een kerncursus in de studiepaden Plantenbiologie en Microbiologie. Leerdoelen Deel I In het eerste deel van de cursus leer je de bouw van de plant kennen, de belangrijkste fysiologische processen van de plant verklaren en eenvoudige plantenbiologische processen aantonen/meten. Aan het einde van de cursus kun je: ─ aangeven hoe de fotosynthesetypen (C3, C4, CAM) van elkaar verschillen, ─ uitleggen hoe verschillende milieufactoren de fotosynthese beïnvloed, ─ uitleggen hoe xyleem- en floëemtransport in een plant plaatsvindt, ─ de interne architectuur van blad, stengel en wortel beschrijven, ─ de aanpassingen van groei en ontwikkeling van een plant aan de omgeving

verklaren met onder andere fysiologische en/of morfologische parameters, ─ op basaal niveau verklaren hoe de (interne) sturing in een plant plaatsvindt, ─ het functioneren van een plant in zijn (a)biotische milieu toelichten, ─ uitleggen hoe eigenschappen van planten kunnen worden gebruikt in

voedselproductie en andere maatschappelijke thema’s. Deel II In het tweede deel van de cursus maak je kennis met de diversiteit en karakteristieken van micro-organismen en hun grote invloed op de aarde, de atmosfeer en het welzijn van alle levende organismen, inclusief de mens. Aan het einde van de cursus kun je: ─ de karakteristieken van micro-organismen (bacteriën, schimmels, virussen)

beschrijven, ─ de basistechnieken uitleggen die een rol spelen bij het bestuderen van micro-

organismen, ─ de moleculaire processen die leiden tot genoom plasticiteit verwoorden, ─ de moleculaire mechanismen waarmee micro-organismen reageren op (a)

biotische factoren in hun omgeving uitleggen, ─ de basismechanismen beschrijven van positieve en negatieve interacties van

micro-organismen met planten, dieren en de mens.

85

Vaardigheden ─ een biologisch probleem analyseren en de benodigde informatie verzamelen, ─ het verwerken en analyseren van data, ─ mondelinge rapportage, ─ samenwerken, Inhoud Deel I Het deel van de cursus over planten is opgedeeld in drie thema’s. • In het eerste thema ligt de aandacht op de fotosynthesemechanismen van

verschillende plantengroepen (C3, C4, CAM), de effecten daarop van verschillende milieuparameters (intern en extern) en groei. De kwantitatieve rol van fotosynthese, ademhaling en morfologische parameters spelen een belangrijke rol in de koolstofbalans van planten.

• In het thema transport (thema 2) ligt de aandacht op de principes van watertransport door een plant (opname, xyleem- en floeemtransport, transpiratie), nutriëntenopname en de interacties met het fotosyntheseproces.

• In het thema regulatie (thema 3) bestudeer je de regulatie van ontwikkeling (kieming, groei en bloei) door plantenhormonen en de invloed van (a)biotische factoren hierop. Een aantal voorbeelden van signaaltransductie routes zullen aan bod komen.

• Bij alle thema’s wordt tevens ingegaan op het belang van planteneigenschappen in de voedselproductie en besteden ook aandacht aan de mogelijkheden en consequenties van genetische modificatie voor planten.

Deel II In het tweede deel van de cursus over micro-organismen komen drie thema’s aan de orde. • In thema 1 wordt ingegaan op de geschiedenis van de microbiologie en de

technieken die nodig zijn om organismen die niet met het blote oog te zien zijn te kunnen bestuderen.

• In thema 2 wordt aandacht besteed aan het grote adaptieve vermogen van micro-organismen, zowel door het veranderen van het genetisch materiaal als door het waarnemen en reageren op signalen uit de omgeving.

• In thema 3 gaan we in op de interacties tussen micro-organismen en hun gastheren waarbij vooral gekeken zal worden naar interacties met de mens.

Onderwijsvormen Hoor- en werkcolleges, practica, COO, het maken van (groeps) opdrachten, online toetsen en zelfstudie zijn de onderwijsvormen in deze cursus. Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt bepaald door het gemiddelde van de twee deeltentamens (80%) en de beoordeling van de groepsopdrachten (20%). Hierbij geldt dat de cursus pas met een voldoende wordt afgerond als je voor elk van de twee deeltentamens en voor de groepsopdrachten minimaal een 5,5 hebt gehaald. Daarnaast is actieve deelname aan de practica en de werkcolleges en het maken van de online toetsen verplicht. Studiemateriaal ─ werkboeken ‘Planten’ en ‘Micro-organismen’, ─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco,

2020, met toegangscode Mastering Biology (ISBN 9781292343150), ─ Losse toegansgcodes voor MasteringBiology zijn te verkrijgen

via: https://www.pearsonmylabandmastering.com/global/students/get-registered/index.html; alleen betaling via PayPal of m.b.v. een credit card.

─ labjas en labjournaal, snijset potlood, kleurpotloden en gum voor de practica.

86

Periode 2, niveau 2 cursussen DE CEL The Cell Coördinator: dr. J.A. Post, j.a.post@uu.nl Onderzoeksgroep Biomolecular Imaging, H.R. Kruytgebouw kamer W505, tel.: 030-253 3894 Docenten: dr. J.A. Post, j.a.post@uu.nl dr. L.A. van Meeteren, l.a.vanmeeteren@uu.nl mw.prof.dr. A.S.Akhmanova, a.akhmanova@uu.nl Deze cursus wordt in periode 2BC én in 4BC gegeven Ingangseisen Aantoonbare beheersing van de kennis behandeld in de cursus Moleculaire biologie op 1 niveau uit de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is. Uitsluiting Het is niet toegestaan om De Cel te volgen als je de niveau 1 cursus B-B1MOL14 of de niveau 3 cursussen Molecular cell research of Cellen en weefsels al hebt gevolgd. Studiepad De Cel is een kerncursus in de studiepaden Celbiologie, Neurobiologie, Ontwikkelingsbiologie, Theoretische Biologie en Bioinformatica, Plantenbiologie en Toxicologie. De Cel is aanbevolen in de studiepaden Evolutiebiologie en Microbiologie. Leerdoelen In de cursus krijg je kennis van en inzicht in de structuur van biomoleculen en cel-componenten en van cellulaire processen. In het bijzonder leer je: ─ de principes van opbouw, replicatie, transcriptie en herstel van DNA uitleggen ─ de principes van genexpressie, RNA processing en translatie beschrijven ─ de processen replicatie, transcriptie en translatie bij prokaryote en eukaryote

organismen vergelijken ─ de intracellulaire compartimenten van de cel en de bijbehorende functies benoemen ─ de structuur van biomoleculen en hun werkingsmechanisme in cel-processen

beschrijven ─ de opbouw van biologische membranen en hun rol in (eiwit)transport beschrijven ─ de verschillen en overeenkomsten van cel-ademhaling en fotosynthese benoemen ─ hoe signalen van buiten af aan de cel worden doorgegeven ─ beschrijven op welke manier de celcyclus wordt gereguleerd ─ met elk ander behandeld cellulair proces werken op het niveau van het boek

Essential Cell Biology ─ een primair celbiologisch artikel eigen maken en presenteren. ─ moleculaire celbiologische technieken en experimenten begrijpen Vaardigheden Aan de orde komen: ─ lezen en verwerken van primaire literatuur, ─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentatie) ─ rapporteren,

87

─ feedback geven en verwerken ─ individueel schrijven van een “News and Views” . Inhoud In deze cursus krijg je inzicht in het functioneren van de cel op zowel moleculair als celbiologisch niveau. Dit wordt gedaan aan de hand van het boek ‘Essential Cell Biology’ (zie studiemateriaal) en primaire literatuur. Inzicht in de processen die zich afspelen in cellen en tussen cellen spelen zijn van groot belang voor onder andere gezondheid en biotechnologie. In de cursus komen o.a. de volgende onderdelen aan bod: bouwstenen van de cel, genregulatie en expressie, signaaltransductie en compartimentalisatie, celskelet, celcyclus en celdood en wordt nagenoeg het hele boek behandeld. In de laatste twee weken van de cursus werk je in een groepje aan een primair artikel uit het tijdschrift Cell. Elke groep heeft een aantal sessies met de begeleider. Over met name de experimenten, resultaten en conclusies van het artikel wordt een presentatie gegeven. Onderwijsvormen Hoorcolleges, werkcolleges, zelftesten, literatuurstudie, presentatie en individueel schrijven van News and Views en peer-feedback. De werkcolleges moeten in groepen gemaakt worden en wekelijks ingeleverd worden. De zelftesten (via BlackBoard) moeten gemaakt worden op dezelfde dag waarop de stof behandeld wordt op college. Er wordt gebruik gemaakt van Blackboard. Hier vind je cursusinformatie, roosters, college-handouts, werkcollegeopdrachten, zelftoetsen, etc. Toetsing De eindbeoordeling van de cursus bestaat uit een tweetal deeltoetsen, het maken van de werkcolleges en BlackBoard zelftoetsen en een literatuurstudie met presentatie. Deze onderdelen tellen als volgt mee: ─ deeltoets 1: 40% ─ deeltoets 2: 40%

(bovendien moet voor elke deeltoets minimaal een 5,0 gehaald worden en moet het gemiddelde minimaal 5,5 zijn)

─ literatuur: 15% ─ News and Views: 5%

(beoordeling voor literatuur en News and Views moet ≥ 5,5 zijn) ─ werkcollege en BlackBoard zelftoetsen: 0% (het serieus maken van deze

onderdelen hoort bij de inspanningsverplichting). Het kan zijn dat bovenstaande percentages bijgesteld worden, dat zal dan bij het introductiecollege bekend gemaakt worden. Studiemateriaal Essential Cell Biology, Fifth edition, Alberts et al. (Garland Science).

88

GEDRAGSBIOLOGIE Behaviour Biology Coördinator: dr. A.M. Schel (Anne Marijke) Onderzoeksgroep Animale Ecologie

Kruytgebouw, kamer O303 tel.: 030-253 2832

e-mail: a.m.schel@uu.nl Docenten: mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, e.h.m.sterck@uu.nl mw.dr. A.M. Schel, a.m.schel@uu.nl dhr dr J.J.M. Massen, j.j.m.massen@uu.nl mw.drs. Karlijn Gielen, K.Gielen@uu.nl Gastdocenten

Capaciteit: max. 60 Ingangseisen De cursussen Biologie van Dieren en Evolutie en biodiversiteit. De cursus bereidt voor op de niveau 3 cursus Cognitie en socio-ecologie. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren (B-B1DIER05of B-B1DIERHK) met dissectie is voor het volgen van deze cursus verplicht. Studiepad De cursus is maakt deel uit van het studiepad Gedragsbiologie. Zij bereidt mede voor op de Master Neuroscience and Cognition en de track Behavioural Ecology binnen de master Environmental Biology. Na afloop van het theoretische deel van deze cursus kun je: ─ de vier Why’s van Tinbergen beschrijven, als ook de geschiedenis van

Gedragsbiologie ─ de functie van de belangrijkste hormonen betrokken bij gedrag beschrijven ─ aangeven wat motivatie is, welke modellen motivatie beschrijven en welke

factoren bij motivatie en resulterend gedrag een rol spelen, ─ verschillende motivatiesystemen en hun interacties beschrijven, ─ aangeven hoe emoties en beloningssystemen aan elkaar gerelateerd zijn en van

belang zijn voor het gedrag, en aangeven welke biologische ritmes er zijn, hoe ze ontstaan en werken en wat hun invloed is op gedrag,

─ uitleggen wat dierenwelzijn is, kennis van diergedrag bij de groei en het hanteren van dieren in gevangenschap toepassen,

─ aangeven wat imprinting is, de verschillende soorten van leren beschrijven; sociaal leren, cultuur en ‘tool use’ beschrijven

─ een beschrijving geven van de verschillende cognitieve vaardigheden van dieren zoals ruimtelijke representaties, representaties van aantallen, inzicht, gereedschapsgebruik, sociale representaties waaronder theory of mind

─ aangeven wat communicatie is, verschillende vormen van communicatiesignalen en eigenschappen ervan beschrijven, de evolutie van signalen uitleggen,

─ de verschillende aspecten van optimaal foerageren uitleggen. ─ de verschillende paringssystemen aangeven, wat seksuele selectie is en de

verschillende effecten van seksuele selectie beschrijven, ─ de factoren aangeven die een rol spelen in het ontstaan van niet verwante sociale

groepen, de verschillende vormen van samenwerking beschrijven zoals ‘prisoners dilemma’, de mogelijke consequenties van groepsleven zoals ‘reproductive skew’ beschrijven,

89

─ kin selectie met ‘Hamilton’s rule’ en ook de verschillende verwantschappen uitleggen en de gevolgen daarvan zoals parent-offspring conflict uitleggen; eusocialiteit en de consequenties daarvan beschrijven

─ diergedrag in de conservatiebiologie toepassen, Verder heeft de cursus tot doel het leren van verschillende vaardigheden zoals beschreven bij de vaardigheden. Vaardigheden ─ Mondelinge en schriftelijke rapportage in het Nederlands, ─ Het schrijven van een onderzoeksvoorstel met een goed uitgewerkte methode aan

de hand van een opgegeven onderwerp. Dit presenteren en verdedigen. ─ Reviewen van een onderzoeksvoorstel ─ Toepassen van kennis, ─ Bibliotheekgebruik, ─ Creativiteit en problemen oplossen, ─ Beargumenteren van standpunten. Inhoud Gedragsbiologie is de wetenschappelijke bestudering van het gedrag van dieren. Ruim veertig jaar geleden heeft de Nederlandse etholoog Niko Tinbergen de vier grote vragen in de gedragsbiologie gepostuleerd: evolutie, functie, ontwikkeling en causatie. De eerste twee vragen kan men omschrijven als vragen naar het waarom van gedrag. Hieronder valt onder andere het deelgebied van de gedragsecologie. De laatste twee vragen betreffen het hoe van gedrag, de mechanismen die aan het gedrag ten grondslag liggen. We bespreken ook de noodzaak waarom je deze vragen moet onderscheiden. Gedragsbiologie is de moderne versie van wat we vroeger ethologie noemden. Het is echter veel breder dan de traditionele ethologie en omvat ook disciplines als cognitieve ethologie, neurobiologie van gedrag, en de meer toegepaste disciplines als zoo conservatie biologie en dierenwelzijn. Dit zijn disciplines die in de dagen van Lorenz en Tinbergen, de grondleggers van de ethologie, nog niet bestonden. In de cursus Gedragsbiologie komen alle vier vragen van Tinbergen aan bod. Door middel van hoorcolleges en werkcolleges krijg je een gedetailleerd beeld van de moderne gedragswetenschap zoals geformuleerd in de leerdoelen. Hierbij gebruiken we het boek ‘Animal Behavior’. Werkvormen (Interactieve) colleges, werkopdrachten en –colleges, computerpractica, en zelfstudie. Met een groepje medestudenten een onderzoeksvoorstel schrijven aan de hand van een opgegeven onderwerp over één van de thema's uit het boek. Er zijn vervolgens drie rollen per onderwerp mogelijk: a) de eerste groep zal haar voorstel verdedigen met een korte presentatie voor de groep, waaronder vragen beantwoorden; b) de tweede groep zal vragen opstellen voor presenterende groep en het reviewen van een onderzoeksvoorstel; en c) de derde groep zal 2 onderzoeksvoorstellen reviewen. Toetsing Het eindcijfer van de cursus is samengesteld uit: ─ de schriftelijke toets met twee deeltentamens (2/3 van het eindcijfer, als elk

deeltentamen minstens 5.0 is en beide deelcijfers gemiddeld voldoende is), ─ de opdracht 'Onderzoeksvoorstel' mits deze voldoende is (1/3 van het eindcijfer) De beoordeling van het ‘Onderzoeksvoorstel’ bestaat uit het zelf geschreven voorstel en de presentatie (3/4) en uit de presentatie / review / vragen over een ander

90

onderzoeksvoorstel en je werkhouding (1/4). Studiemateriaal Boek: Animal Behavior, Michael D. Breed & Janice Moor, 2016, second edition, Academic Press Elsevier; ISBN: 978-0-12-801532-2

91

METABOLISME Metabolism Coördinator: dr. L.A. (Laurens) van Meeteren Onderzoeksgroep Onderzoeksgroep Cell Biology, Neurobiology and Biophysics H.R. Kruytgebouw kamer O501, tel.: 030-253 3002 e-mail: l.a.vanMeeteren@uu.nl Docenten: dr. Laurens van Meeteren, l.a.vanMeeteren@uu.nl mw.dr. Henriette Schluepmann, h.schlupmann@uu.nl Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven. VOOR MLS-Studenten: In deze cursus zijn grote delen die overlappen met de 1e jaars cursussen van MLS. Het wordt daarom afgeraden om deze cursus als MLS-student te volgen. Ingangseisen De cursus Moleculaire biologie op niveau 1 uit de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is. Studiepad De cursus ‘Metabolisme’ maakt deel uit van de studiepaden Celbiologie en Toxicologie. Leerdoelen In het eerste deel van de cursus behandelen we de biochemie. Onderwerpen die aan bod komen zijn: eiwit-chemie en -structuur, enzymkinetiek, thermodynamica en bouw van koolwaterstoffen. In het tweede deel behandelen we metabole routes. Onderwerpen die aan bod komen zijn glycolyse, gluconeogenese, citroenzuurcyclus, oxidatieve fosforylering en glycogeen en vetzuur metabolisme. Vaardigheden ─ Samenstellen en geven van presentatie over een metabole ziekte. Inhoud Chemische reacties zijn de basis van al het leven. Tijdens deze cursus beginnen we met het leren over de biochemie van reacties en de enzymen die deze uitvoeren. Bij het tweede deel van de cursus kijken we specifiek naar de toepassing van de biochemie in de energiehuishouding van de cel. Voor een verdere inhoud is het informatief om te zien welke hoofdstukken we uit het boek we behandelen: Part I THE MOLECULAR DESIGN OF LIFE 1. Biochemistry: An Evolving Science 2. Protein Composition and Structure 7. Hemoglobin: Portrait of a Protein in Action 8. Enzymes: Basic Concepts and Kinetics 9. Catalytic Strategies 10. Regulatory Strategies 11. Carbohydrates

92

Part II TRANSDUCING AND STORING ENERGY 15. Metabolism: Basic Concepts and Design 16. Glycolysis and Gluconeogenesis 17. The Citric Acid Cycle 18. Oxidative Phosphorylation 20. The Pentose Phosphate Pathway 21. Glycogen Metabolism 22. Fatty Acid Metabolism Werkvormen In deze cursus ga je eerst zelf aan de slag met de stof. Tijdens de zelfstudie werk je deze hoofdstukken door aan de hand van een emodule. Aan het einde van de zelfstudie sluit je je voorbereiding af met een toets (5% van eindcijfer). Aangezien het pittige onderwerpen omvat is de voorbereiding essentieel in het goed kunnen volgen van de cursus. Vervolgens ga je met een groepje verdiepende opdrachten maken. Tijdens het aansluitende college wordt de stof kort herhaald aan de hand van de verdiepende opdrachten. Tijdens de cursus werk je in groepjes van 3 tot 4 studenten aan een presentatie over een metabole ziekte. Deze presentaties worden aan het einde van de cursus gegeven. Toetsing Toets 1 40% Toets 2 40% Blackboard toetsen 5% Presentatie Metabolische Ziekte 15% Studiemateriaal ─ Biochemistry (8th Edition) Author(s): Jeremy M. Berg, Lubert Stryer, John L.

Tymoczko, Gregory J. Gatto ISBN 9781319153939

93

MOLECULAIR GENETISCHE ONDERZOEKSTECHNIEKEN Molecular genetic research techniques Coördinator: mw.dr. Lena Will Leerstoelgroep Celbiologie H.R. Kruytgebouw Kamer N505, e-mail: l.m.will@uu.nl Docenten: prof. dr. Guido van den Ackerveken dr. Mike Boxem mw.dr. Lena Will dr. Luis Lugones dr. Marcel Proveniers mw.dr. Inge The Je kunt deze cursus in timeslot AD óf BC volgen Capaciteit: 90 in timeslot AD en 90 in timeslot BC! LET OP: Gedurende deze cursus is er een verplicht onderdeel waarbij gewerkt wordt met dierlijk materiaal. Ingangseisen Aantoonbare beheersing van de kennis behandeld in de cursus Moleculaire biologie op 1 niveau uit de bachelor opleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is. B-B2MGOT14 is equivalent aan SK-B2MBBT en kan niet door MLS-studenten worden gevolgd. B-B2MGOT14 kan niet gevolgd worden door studenten die B-B3MCR18 succesvol hebben afgerond. Studiepad Moleculaire genetische onderzoekstechnieken is een kerncursus in de studiepaden Celbiologie, Microbiologie, Neurobiologie, Ontwikkelingsbiologie en Plantenbiologie. Daarnaast kan het ook een passende cursus zijn voor de studiepaden Theoretische biologie & bioinformatica en Toxicologie Leerdoelen Aan het einde van de cursus kun je: – moderne moleculair genetische vaardigheden en technieken toepassen, – moleculair biologische problemen oplossen, – de systematische benadering van problemen en vraagstellingen begrijpen en

toepassen, – complexe biologische systemen onderkennen en hanteren, – met bovenstaande kennis primaire artikelen lezen. Vaardigheden – in groepsverband een onderzoekscyclus opzetten en uitvoeren, – kritisch denken en standpunten beargumenteren in een wetenschappelijke

discussie over een vraagstelling, de aanpak en de daaruit voortvloeiende resultaten,

– browsers en databases gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over literatuur, protocollen en genen.

Inhoud In deze voornamelijk praktische cursus leren jullie de experimentele aanpak en de

94

moleculair genetische technieken die veel gebruikt worden om processen in levende prokaryote en eukaryote cellen te bestuderen. Hiervoor gaan jullie leren werken met bacteriën, planten- en zoogdiercellen. Daarnaast zullen jullie chemotaxis in C.elegans bestuderen. Enkele technieken die jullie zullen uitvoeren zijn basale en gevorderde recombinant DNA technieken, conjugatie tussen bacteriën, genoverdracht naar planten, eiwit isolatie uit zoogdiercellen, Western Blot, immunocytochemie, confocale lasermicroscopie, yeast-2-hybrid en een chemotaxis assay met C. elegans. Buiten de praktijk leren jullie uitgebreid over de theoretische achtergrond achter al de verschillende toepassingen om zo een beter beeld te krijgen welke methode waarvoor het beste toepasbaar is. Ieder week krijg je hoorcolleges en zelfstudie opdrachten om uit te werken om je goed voor te bereiden op de verschillende practica. Tijdens de practica leren jullie ook hoe je nauwkeurig een labjournaal bij moet houden om in de toekomst de experimenten te kunnen nadoen. Verder kan je in deze cursus je VMT diploma halen. Werkvormen: Hoorcollege, werkcollege, practicum en zelfstudie. Veel van de benodigde informatie, zoals roosters en opdrachten tijdens de cursus krijg je via Blackboard. Toetsing: Actieve deelname aan de hoorcolleges is aanbevolen, deelname aan de werkcolleges en de practica zijn verplicht. Er zijn twee deeltoetsen en je wordt beoordeelt op je voorbereiding op en je inzet bij de practica en het bijhouden van een digitaal labjournaal. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt. Studiemateriaal Voor deze cursus wordt geen boek gebruikt maar zal worden verwezen naar verschillende websites/primaire wetenschappelijke artikelen. De practicumhandleiding kan voor het begin van de cursus gekocht worden en is voor alle practicumdagen verplicht. Tijdens practica is het dragen van een labjas verplicht. De labjassen worden door de opleiding ter beschikking gesteld. Het dragen van eigen labjassen is niet toegestaan.

95

ORIËNTATIE OP DE ONDERWIJSPRAKTIJK Orientation on Education Coördinator: drs. A.H. Mooldijk Buys Ballotgebouw, Kamer 369, tel.: 030-253 1181/1179 Princetonplein 5, e-mail: a.h.mooldijk@uu.nl Docenten: dr. H.E.K. Matimba drs. A.H. Mooldijk De cursus mag niet gedaan worden als je Didactiek (B-B2DID09 en B-B3DID14) of één van de cursussen van de Educatieve Minor gevolgd hebt. Ingangseis Minimaal 15 ects van het bachelorprogramma moet zijn behaald bij start van de cursus. Studiepad De cursus past binnen alle studiepaden van Biologie, is voorbereidend op het masterprogramma SEC, is een goede opstap voor de Educatieve Minor en voor de lerarenopleiding (Science Teacher Education binnen het masterprogramma SEC). Meer info op: http://www.uu.nl/masters/en/science-education-and-communication Plaatsing Plaatsing gebeurt op volgorde van aanmelding, waarbij wordt gestreefd naar een evenredige verdeling over de verschillende (school)vakken. Het stagebureau van de lerarenopleiding (de Graduate School of Teaching) regelt de oriëntatiestages. Het is echter toegestaan om zelf een stageplek aan te dragen wanneer je bijvoorbeeld op je oude middelbare school stage wilt lopen. Hiervoor dien je een verzoek in bij de cursuscoördinator en het stagebureau (stagebureau.gst@uu.nl), met daarbij de naam van de school, de plaats, en de naam en het e-mailadres van je begeleider/contactpersoon. Mochten er onvoldoende stageplekken beschikbaar zijn, dan vindt er een selectie plaats voor de cursus. Indien van toepassing ontvang je hierover uiterlijk twee weken voor aanvang van de cursus een bericht. Cursusdoelen Na het afronden van deze cursus kan de student:

─ een leeractiviteit ontwerpen, uitvoeren en hierop reflecteren; ─ een onderwijsactiviteit analyseren en evalueren op onderwijskundige

kwaliteit; ─ een realistisch beeld schetsen van het leraarsberoep; beoordelen in hoeverre

het behalen van een onderwijsbevoegdheid voor hem/haar een aantrekkelijke optie is.

Inhoud Deze cursus biedt een eerste oriëntatie op de beroepspraktijk van een leraar in het voortgezet onderwijs en de kennis en vaardigheden die je daar voor nodig hebt. Je traint een aantal vaardigheden met medestudenten in je cursusgroep en met behulp van het programma Traintool, je bestudeert literatuur, je ontwerpt een onderwijsactiviteit, en je loopt gedurende het blok een kleine stage in het voortgezet

96

onderwijs waarbij je vooral onderwijs observeert en uiteindelijk een (deel van) drie lessen uitvoert. Werkvormen Verplichte hoor- en werkcolleges. Actieve participatie in de cursus, daarom is er een aanwezigheidsverplichting. Toetsing Beoordeling Eindtoets van Traintool, een onderdeel waarmee je online je communicatietechniek oefent. (10%).

Tentamen over de aangereikte theorie in de vorm van open vragen en casussen. (90%) Daarnaast zorgen feedback van stagebegeleider en leerlingen voor een eerste beeld van de mogelijkheden van de student als docent.

97

VOORTGEZETTE STATISTIEK EN ‘R’ Advanced statistics and ‘R’ Coördinator: dr. Rutger Hermsen

Onderzoeksgroep Theoretische Biologie H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer N602, tel.: 030-253 3840 e-mail: r.hermsen@uu.nl Docenten: dr. Rutger Hermsen dr. Yann hautier Ingangseisen Niveau 1 cursus Experiment & statistiek (Kwantitatieve biologie) of kennis van de statistiek vergelijkbaar hiermee. Voor MLS studenten geldt dat zij deel kunnen nemen aan de cursus indien zij vooraf H1, H2, H3, H4, H6, en H10 uit het boek The Analysis of Biological Data van Whitlock & Schluter (3e editie) hebben bestudeerd. Aanmelden kan door een mailtje te sturen naar science.bio.ba@uu.nl. Studiepad Gedragsbiologie, Ecologie en Natuurbeheer en Theoretische Biologie en Bioinformatica Leerdoelen Na het voltooien van deze cursus kun je: ─ redeneren over en rekenen aan kansen en kansverdelingen, ─ basisbegrippen uit de statistiek uitleggen en gebruiken in redeneringen, ─ gegeven een vraagstelling, zelfstandig een geschikte onderzoeksopzet ontwerpen, ─ gegeven een onderzoeksopzet of verzameling gegevens, zelfstandig bepalen welke

analyses geschikt en van toepassing zijn, ─ een reeks binnen de biologie veelvoorkomende statistische analyses toepassen en

hun uitkomsten interpreteren, ─ gegevens bewerken en analyses uitvoeren met behulp van de statistische software

‘R’ en de gebruikersomgeving ‘R Studio’, ─ de resultaten van statistische analyses, conclusies, en de verantwoording van

gemaakte keuzes vastleggen in een wetenschappelijk verslag, ─ gepubliceerd onderzoek kritisch beoordelen, ─ een aantal veelvoorkomende misvattingen, misinterpretaties, dwalingen en

vergissingen uitleggen en vermijden. Vaardigheden ─ Het programmeren van scripts in ‘R’, ─ Het schriftelijk vastleggen van statistische resultaten in een wetenschappelijk

verslag. Inhoud In het vak Experiment & Statistiek heb je kennisgemaakt met een aantal basisbegrippen en -technieken uit de statistiek. In dit vak wordt je kennis van statistiek geconsolideerd, verdiept, en verbreed. Daarnaast leer je om gegevens te bewerken en analyses uit te voeren met behulp van de statistische software ‘R’ en de gebruikersomgeving ‘R Studio’.

98

De onderwerpen die behandeld zijn tijdens Experiment & Statistiek zullen worden uitgediept. Daarnaast komen in ieder geval de volgende nieuwe onderwerpen aan bod: ─ Kansverdelingen: de binomiale verdeling, de Poissonverdeling, ─ De analyse van proporties en frequenties, waaronder de binomiale toets en de chi-

kwadraat goodness-of-fit-toets, ─ Afhankelijkheidsanalyses, waaronder relative risk, odds ratio, chi-kwadraat

afhankelijkheidstoets, en Fishers exacte toets. ─ 2-weg ANOVA, blokkenproef, ANCOVA, en general linear models. ─ een inleiding in generalized linear models ─ het corrigeren voor covariaten, ─ computer-intensieve methoden, met name permutatietoetsen. Werkvormen Zelfstudie, hoorcolleges, en werkcolleges waarin intensief gebruik wordt gemaakt van computers. Toetsing Tijdens de cursus zul je verschillende opdrachten moeten inleveren. Het vak eindigt met een tentamen. Je eindcijfer wordt berekend uit je resultaten voor de opdrachten en de toets. De verdeelsleutel wordt bij aanvang van de cursus bekendgemaakt. Studiemateriaal ─ The Analysis of Biological Data, 3e editie. M.C. Whitlock and D. Schluter, 2020. ─ Werkboek “Course guide Advanced Statistics and R”. ─ Handouts en artikelen die door de docent beschikbaar worden gesteld

99

Periode 2, niveau 3 cursussen COMPUTATIONELE BIOLOGIE Computational biology Coördinator/docent: mw.prof.dr. P. Hogeweg Onderzoeksgroep Theoretische Biologie H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer Z503, tel.: 030-253 3692 e-mail: p.hogeweg@uu.nl

Deze cursus wordt in het Engels gegeven. Ingangseisen Verplichte voorkennis is de eerstejaars cursus Systeembiologie. Sterk aanbevolen wordt om voorafgaand aan de cursus de niveau 2 cursus Theoretische ecologie te volgen. Studenten met vergelijkbare kennis kunnen ook toegelaten worden. Studiepad De cursus Computationele biologie bied je een sterke theoretische ondersteuning in de Moleculaire en Ecologische richtingen. Leerdoelen Computational Biology uses computer modeling to investigate biological problems. The course teaches a variety of modeling techniques and techniques to analyse the model behaviour. Moreover, biological theory obtained by computational modeling is examined. Inhoud During the course, the emphasis will be on composing exact models, based on specific hypotheses. The models are analyzed, the results yielding insights in the original biological system. The models that are studied address fundamental questions from a variety of biological fields, among which: ─ Evolutionary dynamics

─ eco-evolutionary dynamics and spatial pattern formation, ─ host-pathogen co-evolution, ─ genome evolution, e.g. interaction between gene regulation and evolution, ─ evolution of complexity, robustness and evolvability.

─ Developmental dynamics (from genes to organisms) (plant and animal models will be used) ─ pattern formation, ─ cell differentiation, ─ morphogenesis and mechanical interactions between cells, ─ EVO-DEVO (evolution of development).

─ Network dynamics)

─ gene regulation and metabolic networks, ─ RNA interference.

─ Behaviour

─ behavioral self-structuring through local interactions,

100

─ interface between learning and evolution.

(Spatial) pattern formation and emergent properties are common themes emphasised in all these areas and the related general theory is introduced as a separate module. A number of different model formalisms are used, namely: ─ non-linear differential/difference equations (ODE and MAPs), ─ reaction Diffusion Systems (PDE), ─ Cellular automata machines, ─ event based models, ─ individually oriented models, ─ evolutionary computation, ─ hybrid models using several combinations of the above formalisms.

Analysis tools include bifurcation analysis, sensitivity analysis, and various pattern analysis techniques. Werkvormen A typical day starts with lectures, followed by computational modeling excercises, including a miniproject, about which a report is to be writen. iterature will be handed out related to the computer excercises , and at the end of the course, literature seminars are given by the students. Toetsing The student's final mark is based on primarily the written exam; and rounded off based on the literature seminar and the miniproject report Studiemateriaal ─ Practicum handleidingen, sheets en literatuur, ─ Op de computers maak je gebruik van LINUX.

101

EVOLUTIE INTERDISCIPLINAIR Evolution interdisciplinary Coördinator: dr. F.A.C. Wiegant Onderwijsinstituut Biologie H.R. Kruytgebouw, kamer Z407 tel.: 030-253 3972 e-mail: f.a.c.wiegant@uu.nl Docent: dr. F.A.C. (Fred) Wiegant, f.a.c.wiegant@uu.nl, Ingangseisen Evolutie & Biodiversiteit (niveau1) en Evolutie 2 (niveau 2), of vergelijkbare kennis. Studiepad Evolutiebiologie Leerdoelen ─ Verwerven van kennis en inzicht in het toepassen van het evolutieconcept binnen

verschillende disciplines waaronder geneeskunde, psychologie, sociologie en economie.

─ Inzicht in het aandeel dat verschillende disciplines kunnen hebben in het verklaren van wat ‘ons mens maakt’.

─ Inzicht in de werkwijze bij het opzetten en uitvoeren van interdisciplinair onderzoek en bij het schrijven van een interdisciplinair review.

─ Kennis van enkele hedendaagse debatten binnen de evolutionaire biologie. ─ Relevante evolutionaire informatie kunnen selecteren uit primaire artikelen. ─ Problemen in een evolutionaire context kunnen beschouwen en bediscussiëren. Vaardigheden De volgende academische vaardigheden worden tijdens de cursus geoefend: Academisch schrijven, populair-wetenschappelijk schrijven, presenteren, debatteren en discussiëren, samenwerken, interdisciplinariteit, creatief- en kritisch denken. Inhoudsbeschrijving Darwin’s evolutietheorie wordt de laatste decennia steeds vaker toegepast in andere vakgebieden. Zo vormt de evolutietheorie de basis voor vakgebieden als Evolutionaire geneeskunde, Evolutionaire psychologie & psychiatrie, Evolutionaire economie, etc. Tevens wordt van veel fenomenen de evolutionaire achtergrond bestudeerd zoals van religie, moraliteit, ethiek, cultuur, taal, kunstmatige intelligentie, etc. De toepassing van het begrip evolutie door natuurlijke selectie op andere terreinen dan de biologie blijkt verhelderend te kunnen werken en tot vruchtbare inzichten en nieuwe onderzoeksgebieden te leiden. Het moet echter wel zorgvuldig en kritisch gebeuren, want het kan ook leiden tot weerstand en onbegrip in de betreffende disciplines. Het is tevens van belang zich te realiseren dat de evolutietheorie niet onbetwist is. De belangrijkste ideeën van Darwin worden nog steeds breed gedragen, maar evolutiebiologen zijn het nog altijd niet eens over een aantal elementaire onderdelen van de evolutietheorie. Een belangrijk voorbeeld is het debat over adaptationisme, de rol van memetica, het belang van niche constructie in de evolutie van populaties en het niveau waarop selectie plaatsvindt: grijpt natuurlijke selectie aan op genen, individuen of groepen? Kortom, er zijn nog steeds fundamentele debatten binnen de evolutietheorie. Begrip van deze debatten is een belangrijk onderdeel van de opleiding van toekomstige evolutiebiologen.

102

Werkvormen en bijbehorende inhoud ─ Hoorcolleges over verschillende voorbeelden van toepassing van het

evolutieconcept in verschillende disciplines. ─ Discussies. Deze worden binnen de cursus gebruikt om kennis op te doen over

de hedendaagse debatten in evolutiebiologie. De discussies worden voorbereid door het lezen van een aantal artikelen.

─ Essay & pitch over populair-wetenschappelijk boek. Elke student leest een populair-wetenschappelijk boek over een evolutionair onderwerp en schrijft een reflectief essay (1500-2000 woorden). Daarnaast houdt de student een pitch van 3 minuten over het boek.

─ Vrije opdracht. Individueel of in tweetallen wordt gewerkt aan een opdracht naar eigen inzicht /eigen creatieve ideeën. De voorwaarden zijn dat de opdracht gaat over een evolutionair onderwerp en dat de tijdsbesteding 40 uur pp is.

─ Interdisciplinair review en voordracht. Studenten schrijven in tweetalleneen interdisciplinair literatuurreview over een evolutionair onderwerp (3500 woorden excl. referenties). Naast de review, geeft ieder team een voordracht van ongeveer 15-20minuten over hun onderwerp.

─ Tentamen. Het tentamen zal gaan over de (gast)lezingen en de debatten binnen de hedendaagse evolutiebiologie.

Toetsing ─ Schrijven van een interdisciplinair review (literatuuroverzicht) plus het verzorgen

van een presentatie (40%) ─ Schrijven van een essay & houden van een pitch over een populair-

wetenschappelijk boek (20%) ─ Vrije opdracht (20%) ─ Tentamen (20%) Studiemateriaal Er is geen leerboek. Er wordt gebruik gemaakt van artikelen en reviews. Aan het begin van de cursus kan er een keus worden gemaakt uit een stapel populair-wetenschappelijke boeken. Verder kan het volgende boek handig zijn: ‘Evolutionair denken’ van Chris Buskes. Naast een inleiding in het evolutieconcept worden veel onderzoeksgebieden behandeld waar het evolutieconcept wordt toegepast en tot nieuwe inzichten leidt.

103

EVOLUTIONAIRE ONTWIKKELINGSBIOLOGIE Evolutionary developmental biology Coördinator: dr. B.K.A. (Ben) Nelemans, b.k.a.nelemans@uu.nl Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O511 Docent: dr. B.K.A. Nelemans, b.k.a.nelemans@uu.nl Het maximum aantal plaatsen is 35. Ingangseisen De cursus Ontwikkelingsbiologie of vergelijkbare kennis is verplicht en de cursus Evolutie 2 wordt sterk aanbevolen. Studiepad Deze cursus maakt deel uit van de studiepaden Ontwikkelingsbiologie (OB) en Evolutiebiologie (EB). Leerdoelen Aan het einde van de cursus kun je:

• uitleggen wat de relaties tussen evolutie en ontwikkeling zijn, • uitleggen hoe moleculaire evo-devo processen werken, • omschrijven hoe genregulatie een sleutelrol speelt in lichaamsbouwplannen en

morfologische vernieuwingen, • omschrijven hoe epigenetica een rol speelt in ontwikkeling, evolutie en

ziektes, • wetenschappelijk bewijs verzamelen om betogende argumenten op te stellen, • uiteenzetten wat de huidige discussies zijn omtrent evolutionaire theorie, • eco-evo-devo kennis gebruiken bij het bepalen van levenswetenschappelijke

definities en het beantwoorden van filosofische levensvragen. Vaardigheden

• complexe evolutionair-ontwikkelingssystemen begrijpen en bediscussiëren, • primaire artikelen lezen en beoordelen, • essay schrijven over een evo-devo onderwerp, • argumenteren en betogen in wetenschappelijke teksten, • kritisch denken en standpunten beargumenteren in een debat over evo-devo

concepten en evolutionaire theorievorming, • nadenken over en werken aan wetenschappelijke theorievorming.

Inhoudsbeschrijving Het doel van deze cursus is om studenten kennis te laten maken met de belangrijkste onderwerpen van een relatief nieuwe discipline; evolutionaire ontwikkelingsbiologie (evo-devo). Deze discipline brengt de ontwikkelingsbiologie in een evolutionaire context en verheldert hoe ontwikkelingsprocessen evolutie sturen. De kennis uit dit vakgebied draagt bij aan het beantwoorden van vragen over de geschiedenis van het leven, onze plaats in de wereld, het evolueren van lichaamsbouwplannen en de effecten van de omgeving op de embryonale ontwikkeling en menselijke gezondheid. In deze, voornamelijk theoretische, cursus leert de student hoe evo-devo onderwerpen aansnijdt die een combinatie zijn van klassieke evolutietheorie, embryologie, moleculaire biologie en ecologie. Hoorcolleges hierover zullen worden

104

gevolgd door analyse en bespreking van onderzoeksartikelen, waarin de moleculaire basis van evo-devo processen zal worden besproken. De student leert ook hoe de omgeving en genregulatie het fenotype bepalen en hoe dit invloed heeft op de ontwikkeling, bouwplannen van organismen, evolutie van nieuwe morfologische eigenschappen, micro-evolutie en macro-evolutie. Daarnaast gaan we nog verder door te kijken naar de huidige evolutietheorie (the Modern Synthesis) en een mogelijke toekomstige variant (the Extended Evolutionary Synthesis). De ideeën achter wetenschappelijke theorievorming zullen worden besproken en bediscussieerd aan het einde van de cursus. Werkvormen en bijbehorende inhoud Het eerste gedeelte van de cursus (week 1-6) bestaat uit hoorcolleges, begeleid met artikeldiscussies in werkcolleges en zelfstudie. In week 7 volgt dan een digitale toets. In de tweede helft (week 7-10) word je begeleid naar een mondeling debat door middel van het schrijven van een voorbereidend essay, en het oefenen van argumentatievaardigheden tijdens tutorials, waarop je peer feedback krijgt van medestudenten. Hierdoor leer je wetenschap te bedrijven door te argumenteren en na te denken over wetenschappelijke theorievorming. Veel van de benodigde informatie, zoals roosters en opdrachten, krijg je via Blackboard. Toetsing Er is een digitale, theoretische toets halverwege de cursus. Voor de toets moet hoger dan een 5,5 worden gehaald. Verder word je beoordeeld op je inzet tijdens de werkcolleges, je schriftelijke essay en het afsluitende debat. Actieve deelname aan de hoorcolleges is aanbevolen. Deelname aan de werkcolleges en debat tutorials is verplicht en geldt als inspanningsverplichting. Onderdeel Beoordeling % van eindcijfer Tentamen Individueel theoretisch toets 50% Werkcolleges Individuele pitch en inzet 20% Essay Groepsbeoordeling betoog 20% Debat Individuele beoordeling 10% Studiemateriaal Tijdens de cursus maken we gebruik van:

• Blackboard voor cursusinformatie, rooster, hand-outs, materialen, • kopieën van artikelen via internet of UBU.

Er is geen verplicht leerboek, maar de volgende boeken geven een goede achtergrond:

• “Evolution, a Developmental Approach”, van Wallace Arthur, • “Ecological Developmental Biology”, van Scott Gilbert, • “Evolution, the Extended Synthesis”, van Massimo Pigliucci.

105

GENTHERAPIE, KANKER, AIDS Gene therapy, cancer, AIDS Coördinator: dr. A.A.M. Thomas Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O506 tel.: 030-253 3971 e-mail: a.a.m.thomas@uu.nl

Docent: dr. A.A.M. Thomas Ingangseisen De cursussen Moleculaire biologie en De Cel of vergelijkbare kennis. Noodzakelijke voorafgaande cursussen bevatten kennis van replicatie, transcriptie, translatie, basale kennis over het ontstaan van kanker, (zoals te vinden in Campbell and Reece, 12e druk, hoofdstukken 16-20), kennis van celbiologie, (hoofdstukken 7-9 en 12), basale kennis van immunologie, zoals ter sprake komt in huidige Biologie-cursussen jaar 1 (hoofdstuk 47), basale kennis van virusreplicatie, zoals in hoofdstuk 26, kennis van veel gebruikte technieken in de moleculaire biologie zoals beschreven in hoofdstuk 19, kennis van dierlijke weefsels, vormen en functies, zoals in hoofdstuk 40. Deze cursus kan bij voorkeur worden gevolgd in het derde studiejaar. Tweedejaars worden alleen toegelaten indien er plaats is. Het maximum aantal plaatsen is 80. Studiepad De cursus past in de studiepaden Ontwikkelingsbiologie en Toxicologie. Je kunt de cursus ook volgen vanuit een bredere interesse. Leerdoelen: Na de cursus kan je: ─ uitleggen welke vormen van genetische therapieën bestaan, hoe ze werken, en

bij welke aandoeningen dit theoretisch of praktisch haalbaar zou kunnen zijn, ─ ethische aspecten rondom genetische therapieën beschrijven, ─ uitleggen welke cellulaire processen belangrijk zijn bij het ontstaan van een

tumor en bij uitzaaiingen, en hoe en welke therapieën deze processen beïnvloeden,

─ uitleggen wat de normale afweerreactie is tegen een infectie, en wat de reactie is bij een HIV infectie,

─ uitleggen wat de functie is van alle door HIV-1 gecodeerde eiwitten ─ uitleggen wat het effect is van bestaande en te ontwikkelen medicijnen tegen HIV

en AIDS, ─ uitleggen hoe het immuunsysteem reageert op een vaccin, een tumor, of een

virusinfectie, ─ uitleggen waarom er virale variatie is en hoe de variatie invloed heeft op

medicijnen en vaccins, ─ relevante gegevens verzamelen via internet en wetenschappelijke tijdschriften, ─ een essay maken over een medicijn. De cursus is op gevorderd niveau qua moleculaire en celbiologische aspecten, en verdiepend wat betreft immunologische aspecten.

106

Vaardigheden Selecteren en verwerken literatuur, omgaan met complexe systemen, wetenschappelijke discussie, schriftelijke rapportage in het Nederlands of Engels naar keuze, ethisch bewustzijn wat betreft gentherapie, gebruik van medicijnen en vaccins. Inhoudsbeschrijving De cursus geeft je inzicht in humane cellulaire processen met een geïntegreerde benadering vanuit de moleculaire biologie, biochemie, en celbiologie. Die kennis gebruik je in een aantal toepassingsgerichte biotechnologische problemen zoals gentherapie, RNA interferentie, en gencorrectie, en bij het begrijpen van tumorontwikkeling, metastasering, en het ontstaan van AIDS. De cursus zal de volgende thema’s behandelen: gentherapie, anti-sense therapie, RNA-interferentie, DNA-repair na inductie van DNA breuken als genetische therapie, ontstaan van tumoren, oncogenen, tumorsuppressors, apoptose, telomeren, receptoren en liganden, monoklonale antilichamen, antikanker medicijnen, vaccins tegen kanker, virussen als vaccins, adhesiemoleculen, integrines, metastasering, angiogenese. Bij het HIV-AIDS deel: virus vaccins, Koch’s postulaten, moleculaire biologie van HIV, interactie van HIV met immuunsysteem, belangrijke en HIV-1 gevoelige cellen van het immuunsysteem, immuundominantie, eigenschappen van HIV polymerase, ontstaan van virale varianten, mechanisme van HIV medicijnen, virusreceptoren, resistentie, HIV-vaccins, ethiek rondom gebruik medicijnen, ontwikkeling van vaccins, oorzaken van ongeneeslijkheid HIV-infectie. Werkvormen en bijbehorende inhoud De cursus is theoretisch. Werkvormen zijn hoorcolleges, zelfstudie, en het schrijven van een essay. Toetsing Aanwezigheid bij het eerste college, deelname aan de toetsen, en inleveren van een essay zijn verplicht. De cursus is voldoende afgerond als de twee toets cijfers (elk 40%) en de beoordeling van het ingeleverde essay (20%) resulteren in een voldoende. Studiemateriaal ─ cursushandleiding met hand-out ─ kopieën van de benodigde artikelen, te verkrijgen via UBU of internet

107

LIGHT AND ELECTRON MICROSCOPY Licht en electronen microscopie Coördinator: dr. L. (Lukas) Kapitein, Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie H.R. Kruytgebouw kamer Z510, tel.: 030-253 3458 e-mail: L.Kapitein@uu.nl

dr. T. (Tzviya) Zeev-Ben-Mordehai Cryo Electron Microscopy H. R. Kruytgebouw Room O805, tel.: 030-253 3178 e-mail: z.zeev@uu.nl

Docenten: Lukas Kapitein, Tzviya Zee-Ben-Mordehai Capaciteit: 40 Deze cursus wordt deels in het Engels gegeven. Ingangseisen The level 2 course B-B2MGOT14 or comparable knowledge is a prerequisite. The courses Math and Physics 2 and de Cel (B-B2CEL09) are recommended. Studiepad This course fits within the study path Cell Biology. It provides a good preparation for the track Molecules and Cells and the track Biophysics and Molecular Imaging in the Master program Molecular and Cellular Life Sciences. Leerdoelen - course objectives At the end of this course you will: ─ know the physical principles underlying light and electron microscopy ─ have a deep understanding of the workings of modern light and electron

microscopes ─ understand the principles of specialized light microscopy techniques, such as

confocal microscopy, TIRF microscopy, Selective Plane Illumination Microscopy, Super-resolution microscopy

─ know how to choose between different labeling strategies to generate fluorescence contrast

─ know how to prepare samples for an electron microscope ─ be familiar with the different applications of light and electron microscopy ─ be able to critically read scientific papers where LM and/or EM were used. Vaardigheden - Skills ─ Hands-on experience with setting up optical systems ─ Hands-on experience with performing image analysis ─ Hands-on experience with sample preparation for EM and using EM. ─ Analysing primary literature and presenting it. ─ Critical thinking Inhoud - Content The aim of this course is to provide the students with deep understanding of modern light and electron microscopy. The emphasis will be on the applications for cell biology and structural biology. The course is divided in two parts. The first part covers light microscopy and the second part electron microscopy.

108

The course will consists of lectures (HC) covering the theory accompanied by tutorials (WC). In additions, the course will provide practicals where the students will have the opportunity to get hands-on experience with or demonstrations of the different microscopes. Werkvormen Hoorcolleges Werkcolleges Practica Journal club Zelfstudie Schrijfopdracht Toetsing - assessment The grade for the course will be the average of the separate grades for LM and EM. Each of these two grades should be a 5 or higher to pass. For the LM part:

• Journal club (20%) • Written exam (80%)

For the EM part: • Journal club (20%) • Written exam (80%)

In addition, attendance of and active participation in the Practicals is obligatory and will be registered (inspanningsverplichting). You cannot pass the course if you were absence without prior approval. Studiemateriaal LM part ─ Murphy and Davidson, Fundamental of Light Microscopy and Electronic Imaging.

Online available through the UU library http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9781118382905

recommended additional reading ─ Kubitscheck (editor), Fluorescence Microscopy - From Principles to Biological

Application. Digitaal beschikbaar via de UU bibliotheek: Online available through the UU library http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9783527671595

─ Manual practicals ─ Manual image analysis EM part ─ Selected chapters from the book “Transmission Electron Microscopy” by Williams

and Carter (ISBN 9780387765020) ─ Lecture slides ─ Manual practicals

109

MARIENE WETENSCHAPPEN III: ‘Oceans of the Future’ Marine sciences III: ‘Oceans of the Future’ Coördinator: prof.dr. Appy Sluijs Mariene Palynologie en Paleoceanografie Vening Meineszgebouw A Princetonlaan 8a, 3584 CB, Utrecht Kamer 356, tel.: 030-253 2638 e-mail: a.sluijs@uu.nl

secretariaat: t.vos@uu.nl; tel. 030-253 2629 Docenten: dr. Dedmer van de Waal, D.vandeWaal@nioo.knaw.nl dr. Sabine Gollner, Sabine.Gollner@nioz.nl dr. Nicole de Voogd, nicole.devoogd@naturalis.nl dr. Lennart de Nooijer, Lennart.de.Nooijer@nioz.nl dr. Francesca Sangiorgi, f.sangiorgi@uu.nl dr. Pierre Offre, Pierre.Offre@nioz.nl dr. Anja Spang, Anja.Spang@nioz.nl prof.dr. Appy Sluijs, a.sluijs@uu.nl Ingangseis Het volledig gevolgd hebben van de cursus Mariene wetenschappen II of vergelijkbare kennis is als ingangseis verplicht. Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten die het studiepad Mariene Wetenschappen volgen en zeer interessant voor studenten geïnteresseerd in de ecologie. Ook voor studenten die het studiepad Educatie, Communicatie & Management volgen, kan dit een waardevolle cursus zijn. Tenslotte is de cursus interessant voor studenten Natuurkunde en Aardwetenschappen die zich willen verdiepen in de relatie tussen de mariene biologie en de huidige fysisch-chemische veranderingen in de oceaan op korte en langere tijdschalen. Leerdoelen Toenemende CO2 concentraties, klimaatverandering en gerelateerde veranderingen in biologie resulteren in oceanen in verzuring, opwarming en zuurstofgebrek (anoxia). In deze niveau 300 cursus vergaart de student inzicht in de processen die deze veranderingen teweegbrengen. Verder maakt de student kennis met belangrijke groepen mariene organismen, van microben tot fytoplankton tot zooplankton tot diepzeefauna, en de manier waarop hun geografische distributie en hun fysiologie verandert als gevolg van de fysisch-chemische veranderingen. Dit met de nadruk op het heden en de toekomst maar inclusief een blik op analoge veranderingen in het geologisch verleden dmv de analyse van fossielen. Aan het einde van de cursus: ─ overzie je welke fysische, chemische en biologische processen die op dit moment

in oceanen opwarming, verzuring en anoxia tot gevolg hebben, ─ ken je de belangrijkste groepen fytoplankton, zooplankton, virussen en bacteriën,

en diepzeeorganismen van open oceaan tot kustregio’s, en hun rol in mariene ecosystemen

─ weet je van deze groepen hoe ze fysiologisch en ecologisch reageren op de huidige veranderingen in het mariene bereik, zowel afzonderlijk als gecombineerd opwarming, verzuring en anoxia.

─ begrijp je de complexiteit van de respons van ecosystemen op verzuring, opwarming en anoxia,

─ heb je voldoende kennis om actuele vragen te stellen rond soort- en ecosysteemrespons tijdens perioden van opwarming, oceaanverzuring en anoxia

110

in het geologisch verleden.

Vaardigheden ─ selecteren, analyseren en verwerken van complexe literatuur, ─ uitvoeren korte onderzoekscyclus in groepsvorm, inclusief literatuuronderzoek, ─ systematische probleembenadering; kritisch denken, ─ mondelinge & schriftelijke rapportage in het Engels, ─ wetenschappelijke discussie op groepsniveau en tijdens een minicongres, ─ omgaan met wetenschappelijke onzekerheid, ─ denken op biologische en geologische tijdschalen. Inhoud Voortbouwend op de introductie cursus Marine Sciences I en Marine Sciences II zijn de hoofdthema’s in deze cursus Oceans of the Future: 1. Verzuring, anoxia (zuurstofloosheid) en opwarming van de oceanen en randzeeën, 2. de belangrijkste groepen organismen in de oceaan, 3. De fysiologische en ecologische respons van deze groepen op de veranderingen in de oceaan, 4. Biotische respons ten tijde van analoge veranderingen in het geologisch verleden. Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken): (1) Fysisch-chemische achtergrond van opwarming, verzuring en anoxia, (2) Fytoplankton: dinoflagellaten, coccolithoforen en diatomeeën (3) Microbiologie: bacteriën, virussen en archaea (4) Rifsystemen: Koralen en Sponzen (5) Diepzee biologie en vent systemen (6) Foraminiferen (7) Paleo-oceaan opwarming, verzuring en -anoxia Door de gehele cursus heen doen studenten in groepjes literatuuronderzoek naar van tevoren gedefinieerde onderwerpen, onder begeleiding van een assistent en een inhoudelijk expert. Voortgang wordt schriftelijk gerapporteerd en de eindresultaten worden mondeling gepresenteerd tijdens een congres. Werkvormen (Werk)colleges, practica, discussie, geschreven rapporten, presentaties Toetsing De cursus is voldoende afgerond indien minimaal een 5.5 is behaald voor (1) geschreven voortgangsrapport van het literatuurproject (beoordeeld op structuur en schrijfstijl; 15% van het eindcijfer) (2) presentatie van het literatuurproject (beoordeeld structuur, presentatiestijl en inhoud van presentatie en voortgangsrapport; 25% van het eindcijfer). (3) schriftelijk tentamen (60% van het eindcijfer) Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd. Een eindcijfer wordt alleen bepaald als aan alle opdrachten is voldaan. Als één of meerdere onderdelen met een cijfer tussen de 4.0 en 5.5 zijn beoordeeld dan krijgt de student een AANV als beoordeling en kunnen betreffende onderdelen worden herkanst, mits het berekende eindcijfer boven de 4.0. Studiemateriaal: Materialen worden tijdens de cursus aangeboden, o.a. via Blackboard.

111

MOLECULAIRE PROKARYOTE MICROBIOLOGIE Molecular Prokaryotic Microbiology Coördinator: mw.dr. M.C. Koster (Margot) leerstoelgroep Microbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O403 tel.: 030-253 2267 e-mail: m.c.koster@uu.nl Ingangseisen De niveau 2 cursussen Microbiële interacties en Moleculair genetische onderzoekstechnieken of cursussen met vergelijkbare inhoud. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie. Leerdoelen In deze cursus staat het bestuderen van moleculaire mechanismen in bacteriën en archaea centraal. Aan het einde van de cursus kun je ─ voorbeelden geven van verschillende vormen van onderzoek aan prokaryote

micro-organismen, ─ de cellulaire opbouw en een aantal belangrijke moleculaire mechanismen van

bacteriën beschrijven, ─ moleculaire technieken die gebruikt worden in het onderzoek naar prokaryote

micro-organismen kunnen toepassen en data verkregen door die technieken interpreteren,

─ primaire literatuur op dit gebied kritisch analyseren, ─ zelfstandig experimenten opzetten, ─ in groepsverband op grond van theoretische kennis en literatuuronderzoek een

toepassing ontwikkelen, die wetenschappelijk onderbouwen en het resultaat schriftelijk en mondeling presenteren

Vaardigheden ─ Zelfstandig bestuderen van leerstof, ─ analyseren primaire literatuur, ─ bedenken van een toepassing, ─ planning, ─ kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ schriftelijk rapportage van de ontwikkelde toepassing, ─ mondelinge rapportage van de ontwikkelde toepassing. Inhoud Bacteriën en archaea komen overal voor op aarde, zelfs onder de meest extreme condities. Ze worden gekenmerkt door een enorme diversiteit en een groot vermogen om zich aan te passen. Zonder deze organismen is leven op aarde niet mogelijk. Ondanks hun op het oog eenvoudige celstructuur beschikken deze organismen over geavanceerde eigenschappen: zoals het waarnemen en uitzenden van signalen, zich beschermen tegen virussen en andere indringers, het differentiëren tot structuren die eeuwenlang kunnen overleven en het aangaan van complexe interacties met andere micro-organismen, planten dieren en de mens. Het bestuderen van processen in microscopisch kleine organismen is een uitdaging en vraagt om creativiteit en een goede kennis van moleculaire technieken. Deze cursus

112

richt zich vooral op het leren doen van wetenschappelijk onderzoek aan moleculaire mechanismen in bacteriën en bouwt voort op de leerstof die behandeld is in de cursus Microbiële interacties. Deze theoretische cursus bestaat uit twee delen. In het eerste deel wordt aan de hand van colleges en gastcolleges voorbeelden gegeven van verschillende soorten bacterieel onderzoek, zowel op medisch, biotechnologisch als fundamenteel gebied. De colleges worden aangevuld met opdrachten waarin geoefend wordt met het kritisch bestuderen van primaire literatuur, het analyseren van data en het bedenken van een experimentele aanpak. In het tweede deel wordt in groepsverband een bepaald onderwerp uitgediept, door het bedenken van een nieuwe toepassing gerelateerd aan de moleculaire prokaryote microbiologie. Deze toepassing wordt wetenschappelijk onderbouwd gebruikmakend van primaire literatuur en gepresenteerd in de vorm van een schriftelijk rapport en een mondelinge presentatie. Onderwijsvormen De cursus is theoretisch. De werkvormen zijn colleges, gastcolleges afgewisseld met individuele- en groepsopdrachten. In een groot deel van de cursus wordt in groepsverband zelfstandig gewerkt aan de eindopdracht. Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Toetsing Deelname aan alle contactmomenten is verplicht en er wordt van iedereen een actieve bijdrage aan de opdrachten verwacht. Het eindcijfer wordt bepaald door het cijfer van de opdrachten van deel I (20%), de schriftelijke toets na afloop van deel I (30%), de eindopdracht (40%) en participatie (10%). Alle onderdelen moeten met minimaal een 5 zijn afgerond. Studiemateriaal Handouts en artikelen die door de docent beschikbaar worden gesteld.

113

MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS Molecular plant-microbe interactions Coördinatoren: mw. dr. S.C.M. van Wees, Onderzoeksgroep Plant microbe Interactions H.R. Kruytgebouw kamer N207, tel.: 030-253 6861

e-mail: s.vanwees@uu.nl Docenten: mw. dr. S.C.M. van Wees, s.vanwees@uu.nl prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, c.m.j.pieterse@uu.nl prof.dr. G. van den Ackerveken, g.vandenackerveken@uu.nl dr. P.A.H.M. Bakker, p.a.h.m.bakker@uu.nl dr. R. de Jonge, r.dejonge@uu.nl Capaciteit: 40 Entry requirements Level 2 course “Moleculair Genetische Onderzoeks Technieken” and/or “De Cel” is compulsory. It is recommended to have completed the courses “Microbiële interacties” or “Plantenfysiologie”. Study path Molecular Plant-Microbe Interactions is a core course of the Plant Biology and Microbiology study paths. Moreover, the course is a (optional) part of the Bachelor Molecular Life Sciences. The course provides a good preparation for the Master's programs Environmental Biology, Molecular and Cellular Life Sciences, Science and Business Management, and Bio Inspired Innovation. Learning goals After this course you can: ─ describe the characteristics of various interactions of the plant with beneficial and

harmful microbes and insects, ─ describe the most important cellular and molecular mechanisms of attraction or

defense between the different interactors (plant-microbe/insect and vice versa), ─ explain how defense and virulence mechanisms have developed during evolution,

and understand the basic principles of the plant immune system, ─ describe the main regulation mechanisms by plant defense hormones and how

these are influenced by multiple stress stimuli, ─ understand the functional relationship of the plant with its microbiome, ─ understand how bioinformatic analyses of high-throughput genomics data (at

transcriptome and metagenome levels) can elucidate plant-microbe relationships ─ define opportunities to translate fundamental scientific findings into the design of

(disease) resistant crops, ─ explain how the above learning objectives can be studied experimentally, ─ conduct a literature review, formulate a research question, devise scientific

experiments, perform experiments, and present (oral and written) Skills ─ formulating a research question, ─ carrying out the research cycle (experimenting, interpreting results and critically

discussing), ─ systematically analyzing a complex biological problem based on scientific literature

114

and processing it in a research proposal and essay, ─ using bioinformatic methodologies to analyze and visualize genomic data of plant-

microbe interactions (use the command line and R) ─ verbal and written reporting, discussing and peer reviewing of results and

syntheses Content description The aim of this course is to understand how the immune system of plants functions, how plants and good or bad microbes interact with each other, and what the determinants are for their success in these different interactions. In the course several integration levels of plant-microbe (and -insect) interactions are discussed: from genes, signal molecules, defense products, whole organisms, to (microbial) population effects. For five weeks, experiments are carried out in the laboratory, in which plant disease tests with microbes and insects are carried out and molecular reactions are measured to understand the complexity of these. In computer practicals, bioinformatic analyses of genomic data are performed. In addition, the last 4 weeks are spent on processing of primary scientific literature in a popular article and on formulating a research question and experimental approach, based on your own interest, in an in-depth project proposal. Educational forms Lectures, tutorials, practicals (groups of 2 or 3), computer practicals, writing and reviewing a popular science article and a research proposal (groups of 2 or individual). Results of the practicals are presented at a mini-symposium. The essay and proposal are pitched and (peer-)reviewed. Grading Active participation in practicals and presentation assignments is mandatory. The final mark consists of a weighted average of: exam (50%), (computer) practicals (25%), article (12.5%) and research proposal (12.5%). For each of the four parts you have to get a grade of at least 5.5. Study material Lab coat, manual (provided at the start of the course), lab journal, laptop.

115

PALEOENVIRONMENTS Environmental Change: past, present and future Coördinator: dr. T. Donders, t.h.donders@uu.nl, 030 2532636 Onderzoeksgroep Paleoecologie, Departement Fysische Geografie kamer 4.14, Vening Meineszgebouw A, Princetonplein 8a Docenten: dr. T. Donders, t.h.donders@uu.nl mw.prof.dr. F. Wagner, f.wagner@uu.nl

dr. T. Giesecke, t.giesecke@uu.nl Deze cursus wordt in het Engels gegeven, this course is taught in English Capaciteit max 50 studenten. Ingangseisen / Entry level 3rd year BSc Earth sciences or biology students can participate in the course, the entry requirement for this course is GEO2-4212 Palaeontology-Flora. In case you have another background please contact the coordinator for options. Studiepad / Study path This course is part of the study paths Evolution and Ecology & Nature management. For students interested in biogeology this course is highly recommended. Leerdoelen / aims At the end of the course you can: ─ Understand and interpret global environmental and climatological processes (solar

insolation, circulation, vegetation, CO2, nutrients, human impact) and their impact on terrestrial biota (flora and fauna)

─ Recognize and apply morphological traits of key fossil groups used in palaeoecology (pollen & spores, leaf macrofossils, diatoms)

─ Use palaoecological methods to determine and interpret the characteristics of sedimentary archives.

─ Apply and interpret quantitative palaeoecological methods (pollen influx, age-depth modeling, stomatal frequency analysis, transfer functions).

Vaardigheden / transferable skills ─ Ability to work in the team: presentations and reports are prepared in teams of

variable size (2-4). Students have to distribute tasks, organize the workflow and are responsible for the time planning.

─ Problem solving: students together produce new data from proxy analyses and have to use the literature resources, practical software skills and the background information to analyse and interpret the data, and describe it in a report.

─ Verbal communication skills: Students present their work and get feedback on both the content and the presentation skills

─ Analytical / quantitative skills: multivariate statistics and transfer function development and use, and interpretation of multiproxy palaeoenvironmental data.

─ Technical skills: Students learn to perform hands-on microscopy techniques for pollen, leaf morphology and diatom analyses. Using the computer programs Excel, C2 and Tilia they will process and plot the gathered data, producing quantitative reconstructions and interpretations.

─ Writing skills: the reports are expected to be concise, well written scientific reports for which feedback is provided on both content and scientific language use.

116

Inhoud / content The course provides the basis for the study of present and past continental (terrestrial and aquatic) ecosystems with biological proxies. Emphasis is on the interaction between geosphere/hydrosphere - biosphere ‐ atmosphere in response to environmental change on different temporal and spatial scales. Based on modern analogues we use palaeoecological methods to reconstruct changes in ecosystems on different ecologically and geologically important time-scales (10-1-107 years). Important aspects are the distinction between natural and anthropogenic changes in the late Quaternary (i.e. the past 15,000 years) and their implications for current and future environmental change. The course is in English (depending on foreign student enrolment). The course is subdivided into three modules: 1) palaeophysiology of plants, 2) vegetation reconstruction with palynology, and 3) aquatic ecology and paleolimnology with diatom analysis. All modules aim on the introduction of biological palaeo-proxies and the interpretation of the results in terms of environmental and climatic changes. We carry out a research project with the entire group, and so a significant effort in practical (microscope) analysis is to be expected. Werkvormen / class structure 1. introduction lectures (facultative but strongly advised) 2x45min each per week provide the conceptual framework on vegetation history and climate change through time. 2.Tutorials/Practicals (Verplicht) Practical work includes intensive microscopy labs where determination and analysis of micro-fossils (pollen and spores, diatoms, leaf cuticles) are taught and trained. Computer-aided data interpretation accompanies all modules. 3.Group work (Verplicht) Beside individual training through lectures and practicals, students work in small (2-4) groups for their assignments and report resulting in papers and a presentation in english. Toetsing / grading A report (in English) have to be written on either the topic “vegetation reconstruction” or palaeophysiology (e.g. CO2 reconstructions), accounting for 30% of the final grade. One (poster) presentation on a relevant literature topic (groups of 2-3 students) accounts for 15%. The final exam accounts for 55% of the final grade, and a minimum grade of 5.5 is set for the latter. Practical classes are an important part of the course and active participation is mandatory.

117

TROPISCHE ECOLOGIE Tropical ecology Coördinator: dr. Marijke van Kuijk Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit H.R. Kruytgebouw, kamer N305, tel.: 030–253 6846 e-mail: m.vankuijk@uu.nl Docenten: dr. Marijke van Kuijk (Prins Bernhard Leerstoel, Ecologie en Biodiversiteit) dr. Mariet Hefting (Ecologie en Biodiversiteit) prof.dr. Rene Boot (Tropenbos International, Ecologie en Biodiversiteit)

Professor van de Prins Bernhard Leerstoel voor Internationale Natuurbescherming (n.n.b.)

Deze cursus kun je niet volgen als je B-B3TREK11 of B-B3INB16 al gehaald hebt Ingangseisen De cursussen Biologie en ecologie van planten, Ecologie en de niveau 2 cursus Natuurbeheer, duurzaamheid en plantendiversiteit. De niveau 3 cursus Biodiversiteit en landschap wordt aanbevolen. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Ecologie en Natuurbeheer. Doel Het doel van de cursus is om studenten te laten zien dat goede ecologische kennis en onderzoeksvaardigheden onmisbaar zijn voor duurzaam beheer van tropische ecosystemen. Inhoud

Het natuurlijk kapitaal van de wereld gaat hard achteruit: veel soorten worden zeldzaam of sterven uit, ecosystemen raken meer en meer gedegradeerd en natuurlijke hulpbronnen raken uitgeput. Er is dus een dringende behoefte aan duurzaam beheer van natuur.

Om natuur duurzaam te beheren is ecologische kennis nodig. We moeten begrijpen hoe ecosystemen functioneren, welke rol biodiversiteit hierin speelt en hoe ‘global change’ hier effect op heeft. Daarnaast moeten we weten hoe we beheersplannen kunnen vormgeven zodat natuur, biodiversiteit en de diensten en producten die ecosystemen leveren, behouden blijven voor de toekomst.

Deze cursus richt zich op verschillende tropische ecosystemen en de daarbij horende bedreigingen. De focus ligt vooral op tropische bossen omdat deze het meest divers zijn en vele diensten en producten leveren, maar ook het meest bedreigd worden, en omdat tropische bossen een grote rol spelen in klimaatverandering. Planning

In het eerste deel van de cursus richten we ons op de link tussen tropische bossen en klimaatverandering. Je leert hoe planten en bossen reageren op een verhoogd CO2 gehalte in de atmosfeer en een stijgende temperatuur. We gebruiken hiervoor een koolstofmodel dat simuleert hoe de fotosynthese in een blad verandert door een veranderend klimaat. Vervolgens kan worden berekend welk effect dit heeft op de koolstofopslag van een tropisch bos. Door CO2 opname kunnen planten de opwarming van het klimaat afremmen. Maar hoe veel CO2 nemen bossen daadwerkelijk op en

118

hoe zal dit in de toekomst veranderen? We laten jullie zien hoe je hier schattingen van kunt maken.

In het volgende deel gaan we in op diensten die verschillende ecosystemen leveren, welke rol biodiversiteit hierin speelt en hoe het functioneren van deze systemen verandert door klimaatverandering en andere bedreigingen. Hierbij komen o.a. plant-dier interacties en natural resources management aan bod. We leren welke (ecologische) kennis nodig is om systemen en landschappen duurzaam te beheren en hoe je deze kennis kan vergaren. We doen dit aan de hand van colleges en (schrijf/lees)opdrachten. Je leert tevens om goede onderzoeksvragen te formuleren en je bedenkt een proefopzet om deze te beantwoorden. Tijdens dit gedeelte zijn er gastcolleges van de leerstoelhouder van de Prins Bernhard Leerstoel voor Internationale Natuurbescherming en van de leerstoelhouder ‘Duurzaam Bosbeheer’. In week 6 wordt een theoretische toets afgelegd over alle opgedane kennis in week 1-5.

In het laatste deel van de cursus gaan jullie in kleine groepjes een eigen onderzoek uitvoeren. Dit kan een opdracht betreffen waarbij je mbv het model uit het begin van de cursus berekent wat de gevolgen zullen zijn voor de koolstofoplag wanneer bos wordt opgezet in een palmolieplantage, maar het kan ook zijn dat je een ‘science brief’ gaat schrijven aan beleidsmakers wanneer zij Nederland gaan vertegenwoordigen tijdens internationale klimaatonderhandelingen. Je mag binnen bepaalde kaders zelf een opdracht formuleren nav de thema’s die aan bod zijn gekomen in week 1-6. Naar aanleiding van deze opdracht schrijf je een rapport. Werkvormen De theorie wordt behandeld in de vorm van hoorcolleges, computerpractica en (schrijf/lees)opdrachten, en behelst vooral week 1-6. Dit wordt afgerond met een theorietoets. In week 7-10 van de cursus voer je onder begeleiding een eigen onderzoek uit. Je schrijft naar aanleiding daarvan een rapport. Toetsing De toetsing vindt plaats op basis van de theorietoets (50%) en rapport (50%). Alle onderdelen moeten echter wel voldoende zijn om voor de cursus te slagen. Studiemateriaal Relevante literatuur wordt op blackboard geplaatst.

119

WETENSCHAPPER IN BELEID Scientist in policy Coördinator: dr. René Verburg

Copernicus Institute of Sustainable Development Faculty of Geosciences Vening Meinesz Gebouw, Kamer 8.64, Princetonlaan 8a, e-mail: r.w.verburg@uu.nl

Docenten: dr. René Verburg, mw.dr. P.A. (Pita) Verweij, p.a.verweij@uu.nl Ingangseisen Voor deze cursus is het gehaald hebben van de cursus Beta in bedrijf en beleid of vergelijkbare kennis aanbevolen, maar niet verplicht. Kennis van ecologie op niveau 1 of vergelijkbaar hiermee is aanbevolen. Studiepad De cursus Wetenschapper in beleid is een ‘verbredend vak’. De cursus wordt aanbevolen voor studenten in het studiepad Toxicologie en tevens voor het studiepad Ecologie en Natuurbeheer, omdat de cursus een goede voorbereiding is op het masterprogramma Environmental Biology, specialisatie Ecology and Natural Resource Management. Leerdoelen In de cursus staat de vraag centraal hoe beleid wordt gemaakt en welke rollen onderzoekers vervullen in de beleidsvoorbereiding en evaluatie. We onderzoeken dit aan de hand van voorbeelden uit het natuurbeleid en/of milieubeleid (het brede duurzaamheidsbeleid geformuleerd door overheden). Het eerste deel van de cursus bestaat uit theorie. Vanuit verschillende disciplines uit de sociale wetenschappen, zoals beleidsstudies, economie en gedrag worden beleidsconcepten behandeld en worden verschillende methoden verklaard. Werkcolleges zijn ingericht om verschillende methoden te leren toepassen. Daarnaast wordt in spelsimulaties verkend wat gevolgen van keuzes in beleid betekenen voor mogelijke uitkomsten. De theorie wordt digitaal getoetst door een tentamen halverwege de cursus. De verschillende methoden worden vervolgens toegepast in het tweede deel van de cursus, welke het projectonderzoek bevat. Hierin wordt in groepen van ca. 4-5 studenten een beleidsvraag onderzocht. Je leert tijdens dit onderdeel hoe een projectvoorstel geformuleerd en geschreven moet worden, hoe je een beleidsprobleem onderzoekt en hoe je een beleidsrapport schrijft dat ook door beleidsmakers gelezen zou kunnen worden. Tijdens de uitvoering van het project is er veel aandacht voor projectmanagement. In een werkcollege behandelen we managementtheorie en wat dit betekent in groepswerk. Hierbij reflecteren we op het groepswerk en hoe mogelijke conflicten in groepsopdrachten vermeden kunnen worden. Dit onderdeel is ook zinvol als je niet verder in het beleidsonderzoek wilt werken. De vaardigheden en kennis die je aan het eind van de cursus hebt opgedaan zijn: ─ Verbanden kunnen leggen in de problematiek van verschillende beleidsdossiers

die over natuur en duurzame ontwikkeling gaan (natuur, klimaat, landbouw, gezondheid)

─ Kennis van de ontwikkeling van de Nederlandse, Europese en mondiale beleidsontwikkeling over natuur

─ Kennis van de relevantie van indicatoren voor beleidsontwikkeling en -evaluatie ─ Kennis van nieuwe concepten, zoals ecosysteemdiensten en de rol in natuurbeleid ─ Kennis over sturingsvormen en -stijlen in beleid, rol van overheden en andere

belanghebbenden

120

─ Basale kennis over multidisciplinair werken ism sociale wetenschappen (bv. de taal en methoden van bestuurskundigen, economen)

Vaardigheden In de cursus komen de volgende kernvaardigheden aan bod: ─ Een beleidsvraag kunnen herformuleren tot een onderzoeksvraag ─ Projectmanagement: een afgebakend project kunnen formuleren, uitvoeren en

beheersen ─ Kennismanagement: gebruik van primaire en secundaire literatuur in een project ─ Kunnen omgaan met verschillende databronnen voor onderzoek en de kwaliteit

hiervan te kunnen beoordelen ─ Kunnen uitvoeren van een beleidsanalyse, met daarin verschillende technieken

zoals ex post en ex ante analysen en specifiek enkele sociaal- en natuurwetenschappelijke onderzoeksmethoden, het DPSIR model en de beleidscyclus

Inhoud In de cursus wetenschapper in beleid worden de relaties tussen natuur, natuuronderzoek, natuurbeheer en -beleid in een maatschappelijke context behandeld. Hierbij ligt de nadruk op beleid in het groene domein: natuurbeleid, landbouwbeleid en beleid omtrent groen en gezondheid. De maatschappelijke context is belangrijk omdat het vorm geeft aan wat we als natuur beschouwen maar ook door gebruik en andere impacts. Dit bepaalt hoe we natuur waarderen, welke prioriteiten we stellen in onderzoek en beleid en welke strategieën we kiezen. Daarbij worden zowel natuurwetenschappelijke kennis als een aantal begrippen uit de bestuurskundige en economische wetenschappen gebruikt. Aan de orde komen onder andere natuur en natuurbeleid in Nederland, Europa en mondiaal, de relatie tussen groen (omgeving) en gezondheid en maatschappelijke waardering van ecologische functies en ecosysteemdiensten. Werkvormen In de cursus krijg je te maken met een gevarieerd aanbod van werkvormen: ─ een serie colleges en werkcolleges, ─ trainingen in vaardigheden: projectmanagement leidend tot een projectplan,

schriftelijke rapportage leidend tot een schrijfplan en een projectverslag (rapport/artikel),

─ een project in een groep over een zelfgekozen probleem binnen de thematiek en randvoorwaarden van de cursus (ca 30 dagdelen).

Toetsing De serie colleges, werkcolleges en zelfstudie sluit je af met een digitale toets. Het project wordt beoordeeld op het projectplan, het rapport en de eindpresentatie. Deze vier toetsonderdelen bepalen als volgt het eindcijfer: ─ toets: 40%, ─ project: 60% (waarvan het projectplan 20%, het projectverslag 60% en de

presentatie 20%). Een cijfer lager dan 4 voor de toets of het project kan niet worden gecompenseerd met andere deelcijfers. Studiemateriaal Cursusmap en Blackboard met hand-outs van colleges en teksten/artikelen voor zelfstudie. Daarnaast wordt geadviseerd het boekje ‘Check je beleidstekst’ (E. Tiggeler, 2007, Sdu Uitgevers, ISBN 978901212295) aan te schaffen. Dit boekje wordt niet behandeld tijdens de cursus, maar geeft veel schrijftips.

121

Periode 3, niveau 1 cursussen BIOTECHNOLOGIE EN MAATSCHAPPIJ Biotechnology and society Keuzecursus Coördinator: mw. M.E. Haagsman MSc (Marjolein) Onderwijsinstituut Biologie H.R. Kruytgebouw, kamer N505 Tel. 030- 253 3928 e-mail: m.e.haagsman@uu.nl Docenten: mw.dr. M.C. Koster (Margot), m.c.koster@uu.nl mw. M.E. Haagsman MSc (Marjolein) MSc, e-mail: m.e.haagsman@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus Moleculaire biologie op niveau 1 van de bacheloropleiding Biologie of een vergelijkbare cursus moet in zijn geheel gevolgd zijn. De cursus is bedoeld voor 1e jaars studenten en is niet toegankelijk voor studenten die de cursussen Moleculair genetische onderzoekstechnieken en/of de Cel hebben afgerond. Studiepad De cursus past goed in de studiepaden Celbiologie, Microbiologie, Neurobiologie, Ontwikkelingsbiologie en Plantenbiologie. Leerdoelen De cursus richt zich op het leren begrijpen en gebruiken van principes die de basis vormen van belangrijke biotechnologische toepassingen, alsmede de impact van biotechnologie op de maatschappij. Na afloop van deze cursus kun je: ─ de technieken die ten grondslag liggen aan belangrijke biotechnologische

ontwikkelingen uitleggen, ─ beredeneren welke techniek te gebruiken en resultaten interpreteren, ─ voorbeelden noemen van belangrijke biotechnologische toepassingen, ─ principes uit de recombinant DNA technologie toepassen, ─ de gevolgen van biotechnologische toepassingen op de maatschappij aangeven, ─ een beredeneerde mening geven over de mogelijkheden en beperkingen van

biotechnologische ontwikkelingen, ─ een studie uitvoeren in teamverband voor een opdrachtgever, gebruikmakend

van academische en niet-academische bronnen ─ resultaten van de studie schriftelijk en mondeling rapporteren Vaardigheden ─ het zelfstandig eigen maken van leerstof, ─ individueel en in groepsverband oplossen van problemen, ─ het presenteren van informatie (schriftelijk en mondeling), ─ standpunten beargumenteren Inhoud Biotechnologie is het gebruik van biologische principes, organismen en hun producten voor praktische doeleinden. De mens bedrijft al eeuwenlang

122

biotechnologie, bijvoorbeeld bij het maken van bier of brood. De ontwikkeling van nieuwe technieken, zoals de recombinant DNA technologie, en de enorme toename van onze kennis over biologische systemen heeft ertoe geleid dat dit veld in een ware stroomversnelling is gekomen en men spreekt dan ook over een biotechnologische revolutie. Bacteriën voor de afbraak van toxische stoffen, transgene planten als eetbare vaccins, het klonen van varkens voor xenotransplantatie of het repareren van gendefecten in embryo’s met CRIPR-Cas zijn maar een paar voorbeelden van toepassingen die volop in ontwikkeling zijn. In deze cursus worden de technieken die de basis vormen van verschillende biotechnologische toepassingen behandeld en geïllustreerd aan de hand van voorbeelden. Hierbij wordt ook gekeken naar de impact van deze ontwikkelingen op de maatschappij en naar ethische dilemma’s die de moderne biotechnologie oproept. Onderwijsvormen De cursus omvat colleges, zelfstudie met behulp van kennisclips en online oefentoetsen, werkcolleges, computerpractica en een groepsopdracht. Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je roosters, college-handouts, en opdrachten. Toetsing Tijdens de cursus zijn er twee toetsmomenten, een tussentoets en een eindtoets (weging 1:3).Daarnaast zal de opdracht beoordeeld worden. Het eindcijfer is het gemiddelde cijfer van de toetsen (80%) en het cijfer van de eindopdracht (20%). Beide onderdelen moeten met een 5,5 of hoger zijn afgerond. De inspannings-verplichtingen worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt. Studiemateriaal ─ Aanbevolen: Introduction to Biotechnology van Thieman and Palladina, Pearson

Global edition: vierde editie, ISBN-13: 978-0-13-465019-7 ─ werkboek Biotechnologie.

123

MARIENE WETENSCHAPPEN I Marine Sciences I Coördinator: dr. Bas van de Schootbrugge

Mariene Palynologie & Paleoceanografie (Geowetenschappen) Vening Meineszgebouw A Princetonlaan 8A, 3584 CB Utrecht kamer 306, tel.: 030-253 7691 e-mail: B.vanderSchootbrugge@uu.nl secretariaat: t.vos@uu.nl; tel. 030-253 2629

Docenten UU: mw.dr. Francesca Sangiorgi, f.sangiorgi@uu.nl prof.dr. Appy Sluijs, a.sluijs@uu.nl dr. Peter Bijl, p.k.bijl@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus is niet toegankelijk voor studenten die Mariene Wetenschappen cursussen op niveau 2 of 3 succesvol hebben afgerond. Studiepad De cursus is van belang voor studenten die de volgende studiepaden volgen: Mariene Wetenschappen, Evolutie en Biodiversiteit, Ecologie en Natuurbeheer. Leerdoelen In deze multidisciplinaire introductiecursus maak je kennis met biologie in de oceaan. De biologie wordt in context van het abiotische milieu gebracht waarbij ook basale chemie en natuurkunde wordt geïntegreerd en op biologische en langere tijdschalen wordt nagedacht. Je leert zo de biologische processen en mariene ecosystemen als bepalend deel van het oceaansysteem in brede zin te bepalen. Na afloop kun/heb je: ─ een basisinzicht van het leven in de oceaan, met name plankton, algen en dieren,

alsmede ecosystemen. ─ basale kennis van nutrientenkringlopen in de oceaan ─ inzicht in de interactie tussen fysische, chemische en biologische processen in de

oceanen, en de ecologische gevolgen van antropogene invloeden, ─ kennis van ‘marine resources’ en duurzaamheidsvraagstukken daaromtrent ─ inzicht in de werking van de oceaan als systeem Vaardigheden ─ Selecteren en verwerken eenvoudige media, literatuur en internetbronnen, ─ systematische benadering problemen; kritisch denken, mondelinge rapportage

(Engels/Nederlands); wetenschappelijke discussie, ─ professionele posterpresentatie (engels), ─ kennis(vorming) complexe mariene (eco)systemen. Inhoud Het hoofdthema in deze bij uitstek multidisciplinaire cursus is een introductie in de biologie van de oceaan in relatie tot het abiotische milieu. Welke zaken bepalen nu eigenlijk wat waar in de oceaan leeft? En wat leeft er dan precies? Wie zijn primaire producenten en hoe zit een marien voedselweb in elkaar? Het grote verschil tussen land en zee is dat de zee een veel grotere drie dimensionaal karakter heeft dan het land, door zijn grote diepte. Verder spelen ook langere tijdschalen een belangrijke rol voor de biologie, zoals oceaancirculatie. Deze cursus heeft dus als doel, naast de biologie, het leren zien van (basale)

124

verbanden tussen fysische, chemische en biologische processen, in het verleden (paleo) en heden, die mariene ecosystemen in brede zin bepalen en of bepaald hebben. Ook besteed je aandacht aan verwachtingen voor de nabije toekomst. In de eerste weken volg je inleidende colleges over wat een oceaan eigenlijk is, waar ze uit bestaat en hoe ze eruit ziet in drie dimensies. Dan volgt de grootste component, de biologie, inclusief evolutie, productie, pelagische en benthische ecosystemen, zoologie, en nutrientenkringlopen. Andere componenten zijn atmosfeer- en oceaan circulatie en processen op langere tijdschalen die de biologie bepalen. Practica gaan in op belangrijke groepen fyto-, en zoöplankton en benthische groepen, naast werkcolleges/practica oceanografie, en inleidende colleges. De colleges gaan ook in op actuele thema’s zoals opwarming van de Aarde, globale biodiversiteits-veranderingen, effecten van vervuiling, en de typische Wadden- en Noordzee ecosystemen, mede aan de hand van (redelijk eenvoudige) literatuur en discussies, en de dagelijkse ‘news of the day’ discussies. Presentaties voor en door studenten vormen hier een onderdeel van. In de cursus ligt de nadruk op het herkennen van processen, patronen en verbanden (bijvoorbeeld pelagic-benthic coupling) in het mariene domein. Je besteedt aandacht aan actuele vraagstellingen, en hoe onderzoek in de praktijk wordt verricht. In de laatste week maak je een poster en houd je een presentatie (Engels), die deels is voorbereid in de voorafgaande weken, aan de hand van zelfgekozen, of voorgestelde probleemstellingen. Onderwijsvormen Hoorcolleges, werkcolleges/practica, discussie, presentatie(s), poster Toetsing Het eindcijfer bestaat uit de volgende deelcijfers:

1. Deeltoets 1 2. Poster opdracht 3. Deeltoets 2

Voor alle deelcijfers moet tenminste een 5.0 worden gehaald. De toetsen tellen samen voor 75% en de poster voor 25%. Het gemiddelde eindcijfer moet hoger dan een 5.5 zijn om voor de cursus te slagen. Slechts 1 deelcijfer kan worden gerepareerd. Welk deelcijfer wordt gerepareerd wordt met de coordinator besproken. De practica worden niet beoordeeld met een cijfer maar actieve deelname aan alle hoor- en werkcolleges is verplicht. Alle werkcolleges moeten zijn afgetekend om het eindcijfer te krijgen. Het boek Garrison, T., Oceanography, an invitation to marine science, 9th Edition of later, Brooks/Cole Cengage Learning, ca. € 70,- (korting mogelijk via UBV), is VERPLICHT!

125

KWANTITATIEVE BIOLOGIE Quantitative biology Coördinator: dr. Rutger Hermsen, e-mail: r.hermsen@uu.nl

Onderzoeksgroep Theoretische Biologie H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer N602, tel.: 030-253 3840 Docenten: mw.prof.dr. K.H.W.J. Ten Tusscher, k.h.w.j.tentusscher@uu.nl prof.dr. R.J. De Boer, r.j.deboer@uu.nl dr. R. Hermsen, r.hermsen@uu.nl Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. Leerdoelen Na het volgen van de cursus kun je: Basiswiskunde: - vergelijkingen oplossen, afgeleides en limieten berekenen, functies tekenen, en

rekenen met breuken, exponenten en logaritmen. Statistiek: ─ gegevens over verschillende typen variabelen correct samenvatten en

visualiseren. ─ kansen bepalen voor verschillende gangbare kansverdelingen. ─ verantwoord schattingen doen aan de hand van steekproeven. ─ de onzekerheid in schattingen beoordelen en kwantificeren d.m.v.

betrouwbaarheidsintervallen. ─ verschillende basale statistische toetsen uitvoeren en de resultaten interpreteren

(o.a. t-toetsen, ANOVA, en niet-parametrische toetsen). ─ controleren of de aannames van een toets geschikt zijn voor de toepassing. ─ lineaire relaties tussen variabelen aantonen en interpreteren (correlatie en

regressie). ─ experimenten opzetten met oog voor precisie en bias. Mathematische en Theoretische Biologie: ─ begrijpen waarom er zowel eenvoudige als complexe modellen gemaakt worden ─ wiskundige modellen over verschillende soorten biologische systemen lezen,

begrijpen en interpreteren. Uitleggen hoe een verandering van parameters door een bifurcatie kan leiden tot fundamenteel ander gedrag van het systeem.

─ Het gedrag van gewone differentiaalvergelijkingen voorspellen door deze te analyseren in een faseruimte met isoclines en evenwichten.

─ parameterwaardes van een model bepalen door het model aan beschikbare data te fitten.

Programmeren met ‘R’ ─ scripts schrijven om berekeningen uit te voeren. ─ datasets van verschillende types manipuleren en visualiseren. ─ statistische analyses uitvoeren en de uitvoer interpreteren. ─ wiskundige modellen analyseren met behulp van het programma Grind in R. Vaardigheden ─ de computer gebruiken om biologische vragen te beantwoorden. ─ programmeren met R en de programmeeromgeving RStudio. ─ werken met complexe systemen en wiskunde. ─ creatief, kritisch, en probleemoplossend denken en werken.

126

Inhoud Biologische systemen zijn op elk niveau van nature enorm complex: hun gedrag wordt vaak bepaald door een groot aantal variabelen die elkaar wederzijds beïnvloeden. Daarom wordt bij het bestuderen van biologische systemen en het analyseren van experimentele gegevens vaak gebruik gemaakt van wiskundige en computationele modellen en van statistiek. In deze cursus maak je kennis met deze onderwerpen. De cursus bestaat uit verschillende onderdelen. Tijdens de eerste helft van de cursus focussen we op Statistiek, Programmeren in `R’, en Basiswiskunde. Tijdens de tweede helft van de cursus richten we ons op Mathematische en Theoretische Biologie. In dit tweede deel worden de eerder geleerde basiswiskunde en R-vaardigheden toegepast. Statistiek In het onderdeel Statistiek leer je methoden en technieken voor het verzamelen, bewerken, interpreteren en presenteren van gegevens. De stof is verdeeld in 5 thema’s die ieder een week in beslag nemen: (i) het Beschrijven en visualiseren van gegevens, (ii) het Schatten van eigenschappen van een populatie op basis van steekproeven, (iii) het Toetsen van hypotheses, (iv) Relaties tussen variabelen, en (v) het Ontwerpen van experimenten. Programmeren met `R’ In deze cursus leer je programmeren in de taal R en leer je hoe je R kunt gebruiken voor data-analyse, statistiek en visualisatie. R is uitgegroeid tot een standaard-platform voor data-analyse en je kunt er een enorme reeks statistische procedures mee uitvoeren. Eerst leer je over de datatypes van R, zoals vectors, arrays, matrices, lists, en data frames. Daarna wordt aandacht besteed aan het gebruik van library functies en de creatie van user-defined functions. Ook komt control flow in R aan bod. Je zult in deze cursus zelfstandig een aantal onderwijsmodules doorwerken; vervolgens zul je de nieuwe vaardigheden direct toepassen binnen de onderdelen Statistiek en Mathematische en Theoretische Biologie. Basiswiskunde Tijdens het eerste deel van de cursus bieden we gelegenheid om de basiswiskunde die iedere bioloog moet beheersen bij te leren of op te frissen. Het gaat hierbij om vergelijkingen oplossen, afgeleides en limieten berekenen, functies tekenen, en rekenen met breuken, exponenten, en logaritmen. Opgaves worden gemaakt in de DWO (Digitale WiskundeOmgeving). Mathematische en Theoretische Biologie Dit deel van de cursus gaat over het modeleren van biologische systemen. Deze modeleertak wordt ook wel computationele levenswetenschappen (Computational Life Sciences) genoemd. In dit deel van de cursus behandelen we hoe je wiskundige modellen bestaande uit differentiaalvergelijkingen kunt lezen, interpreteren, analyseren, en op een computer simuleren. Je leert evenwichten te bepalen en faseruimtes te schetsen waaruit we de stabiliteit van deze evenwichten aflezen. Ook leer je hoe je parameterwaardes van een model kunt bepalen door een model aan data te fitten. We behandelen wiskundige modellen uit een aantal verschillende biologische disciplines zodat je kunt zien dat theoretische biologie en systeembiologie in veel vakgebieden gebruikt worden.

127

Onderwijsvormen De meeste dagen beginnen met een hoorcollege, soms voorafgegaan door huiswerk, bijvoorbeeld het bekijken van kennisclips of het lezen van een artikel. Dit wordt gevolgd door een werkcollege (papier en pen opgaven en/of een computerpracticum). Het volgen van de werkcolleges en de computerpractica is onontbeerlijk voor een voldoende begrip van de stof. Zelfstudietijd tijdens de cursus gebruik je om opgaves te maken, literatuur te bestuderen, en om de stof van de volgende keer voor te bereiden. Ook zul je zelfstandig werken aan onderwijsmodules en online toetsen op Blackboard waarin je leert programmeren in R, en modules binnen de DWO. Toetsing Statistiek ─ Halverwege de cursus vindt een deeltoets Statistiek plaats (deeltoets I, digitaal). Mathematische en Theoretische Biologie ─ Aan het einde van de cursus vindt een deeltoets Mathematische/Theoretische

Biologie plaats (deeltoets II). Basiswiskunde, DWO, en Blackboardmodules R ─ Er kan een bonuspunt worden verdiend door actieve aanwezigheid op de

werkcolleges en computerpractica, het maken van DWO-opgaves (Basiswiskunde en Statistiek), het voltooien van de Blackboard-modules over R, en het uitvoeren van een klein project. De exacte regels hieromtrent zullen bij aanvang van het vak worden bekendgemaakt.

Eindcijfer ─ Het eindcijfer wordt voor 50% bepaald door deeltoets I (Statistiek) en voor 50%

bepaald door deeltoets II (Wiskunde & Theoretische Biologie), waarbij in beide deeltoetsen ook de kennis van R wordt getoetst.

─ Om een voldoende te halen moet je naast een gemiddelde van 5.5 of hoger voor ieder van de twee afzonderlijke onderdelen minstens een 5 (inclusief bonuspunt) gehaald hebben.

─ De regels omtrent het bonuspunt zullen bij aanvang van het vak worden bekendgemaakt.

Herkansing ─ Van de onderdelen die niet herkanst hoeven worden blijft het deeltoetscijfer

staan. ─ Het eventueel behaalde bonuspunt blijft staan. Studiemateriaal ─ “The Analysis of Biological Data” van M.C. Whitlock & D. Schluter, 3e editie ─ Voor het onderdeel Statistiek is een werkboek beschikbaar, en voor het onderdeel

Mathematische en Theoretische Biologie een reader. Deze zijn gratis te downloaden als PDF of als papieren versie aan te schaffen.

128

Periode 3, niveau 2 cursussen BETA IN BEDRIJF EN BELEID Science in company and policy Coördinator: dr. G.T. (Gjalt) Prins, g.t.prins@uu.nl Docenten: prof. dr. Guido van den Ackerveken dr. G.T. (Gjalt) Prins

prof. dr. E.T.C. (Eelco) Vogt Ingangseisen Deze cursus is toegankelijk voor alle studenten van de faculteit Betawetenschappen. Leerdoelen en vaardigheden Aan het einde van de cursus heeft student kennis van en ervaring met (een selectie van ) onderstaande onderwerpen. Ieder onderwerp zal concreet worden toegelicht met aansprekende voorbeelden uit het bedrijfsleven zelf, indien mogelijk bedrijven actief in het bèta domein. ─ Bedrijfseconomie: rapportagevariabelen en KPI's, die algemeen in een

bedrijfsomgeving worden gebruikt, inclusief een winst- en verliesrekening en een balans.

─ Supply Chain en Logistics: begrijpen van de complexiteit van een geïntegreerde en verbonden wereld en in staat zijn de diverse stromen te visualiseren.

─ Service industrie & virtueel bedrijf: bedrijfsprincipes toegepast op bedrijven die handelen in dienstverlening en/of virtuele producten, zoals bijv. een ingenieursbureau.

─ Fusies en overnames: de rol van beleggers en aandeelhouders. Het proces van het verwerven van een bedrijf, inclusief financiering en waarde berekeningen.

─ Marketing: begrijpen hoe de bedrijfsprincipes (winst, enz.) beïnvloed kunnen worden door bewuste marketingkeuzes. Hoe een bedrijfsplan te vertalen in uitvoerbare acties?

─ Communicatie: begrijpen dat perceptie belangrijk is. Het verschil tussen branding, communicatie en PR. Hoe kan je het bedrijf beïnvloeden als je zelf werkzaam bent op de afdeling Onderzoek?

─ Octrooien: kunnen beoordelen wanneer een octrooi een geschikt hulpmiddel is. Wat is het basisprincipe van een octrooi en schrijven en interpreteren van een octrooiaanvraag.

─ Innovatie management: realiseren dat innovatie een investering is die op een gegeven moment een rendement moet behalen. Wat is creativiteit en hoe kan het gestimuleerd worden?

Inhoud De natuurwetenschappen vormen de basis voor technologische innovatie. Beleidsmakers en bedrijven stimuleren onderzoek om oplossingen te creëren voor sociale uitdagingen en om economische groei te stimuleren. Deze cursus geeft een eerste inzicht in het valoriseren van wetenschappelijke kennis in bedrijf en beleid voor studenten die zich willen oriënteren op een carrière buiten de academische wereld. De consulting in, je eigen bedrijf starten of bij de overheid werken? Je oriëntatie begint met deze cursus. Tijdens de cursus werken studenten in groepen aan een business plan voor een Start-Up rond een eigen gekozen valorisatie idee

129

geworteld in het bèta- en/of techniek domein. Tijdens de cursus zal de theorie concreet worden geïllustreerd met recente voorbeelden uit het bèta-bedrijfsleven, bijv. AkzoNobel en Unilever. Daarnaast zal er worden ingegaan op de rol en functie van Research & Development in bedrijven Inspanningsverplichting Dit is een intensieve cursus waar de gemiddelde student 20 uur per week voor nodig heeft voor o.a. bijeenkomsten, groepswerk en zelfstudie. Het wordt afgeraden om bij deelname aan deze cursus meer dan twee cursussen in dezelfde periode te volgen. Werkvormen Hoorcollege Eens per week komen we bij elkaar (’hoorcolleges’) om kennis te maken met iemand uit de bedrijf- of beleidspraktijk en met hen in discussie te gaan. Voorbereiding bijeenkomsten Studenten bestuderen materiaal en lezen literatuur voorafgaand aan de bijeenkomsten en bereiden zich terdege voor op de hoorcolleges. Werkcollege De cursus wordt aangeboden als een combinatie van interactieve colleges met experts en workshops waarin studenten in teams samenwerken aan projecten en elkaar peer feedback en evaluaties geven. Voorbereiding bijeenkomsten Studenten zullen oefenen met het elkaar geven van professionele feedback en evaluaties om zo elkaar te helpen een goed business plan op te leveren. Studenten zoeken materiaal dat tijdens het werkcollege in het business plan kan worden gebruikt. Toetsing Business plan (50%), pitch (presentatie) van business plan (25%) en de kwaliteit van de review van een ander business plan (25%). Studiemateriaal Volgt nog.

130

DATA SCIENCE EN BIOLOGIE Data science and biology Coördinator: Julian Vosseberg, MSc Onderzoeksgroep Theoretische biologie en bioinformatica H.R. Kruytgebouw, kamer Z607 tel.: 030 – 253 1497 e-mail: j.vosseberg@uu.nl Docenten: Julian Vosseberg, MSc: j.vosseberg@uu.nl, dr. Michael Seidl: m.f.seidl@uu.nl dr. Julia Engelmann: julia.engelmann@nioz.nl Capaciteit: 60 studenten, Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven. Ingangseisen De cursus Systeembiologie (Kwantitatieve biologie en Genomica) of vergelijkbare kennis. Het gehaald hebben van de cursus Experiment en statistiek wordt aangeraden. Voor MLS studenten is Systeembiologie (Kwantitatieve biologie) en Functionele biologie de ingangseis. Basiskennis van statistiek wordt aangeraden. Studiepad In deze cursus doe je kennis en vaardigheden op omtrent ‘big data’-analyse, die zeer waardevol zijn voor alle studiepaden en zullen worden gebruikt in niveau-3-cursussen. De cursus is een kerncursus in het studiepad Theoretische biologie en bioinformatica en is een goede voorbereiding op het masterprogramma Bioinformatics and Biocomplexity. Leerdoelen Tijdens deze cursus leer je methoden uit de data science toe te passen op biologische data. Na afloop van de cursus: ─ ken je de basis van computerbestanden (onderscheid tekst- en binaire bestanden),

bestandssystemen en besturingssytemen en kun je overweg met de command-line-interface;

─ ken je de concepten van scripttalen (variabelen, datastructuren, iteraties, expressies, functies) en kun je scripts schrijven in Python en bash om biologische datasets te analyseren;

─ kun je verschillende manieren van data-analyse en –visualisatie (grafieken, clusteringmethoden, principale-componentenanalyse, etc.) toepassen en kun je beredeneren welke voor een bepaalde dataset en vraag de voorkeur heeft;

─ ken je de basis van supervised machine learning, kun je verschillende manieren hiervan toepassen en kun je beoordelen hoe goed een classifier is;

─ kun je figuren maken die geschikt zijn voor wetenschappelijke publicaties; ─ kun je aan de hand van een biologische vraag een eigen computationele pipeline van

opeenvolgende analyses opstellen met bijbehorende scripts en deze vraag beantwoorden met behulp van de uitgevoerde analyses;

─ kun je uitgevoerde computationele analyses helder en volledig documenteren, zodat de resultaten volledig reproduceerbaar zijn.

Vaardigheden Programmeren, data-analyse, datavisualisatie, systematische benadering van problemen, creativiteit en probleemoplossend vermogen, uitvoeren onderzoekscyclus, schriftelijke rapportage in het Engels, geven en ontvangen van feedback, samenwerken. Inhoud Deze tijd wordt gekenmerkt door enorme hoeveelheden beschikbare data. Deze big data

geldt zeker ook voor de biologie, nu er door high-throughput DNA-sequencingmethoden enorm veel data wordt gegenereerd van genomen, metagenomen, transcriptomen, epigenomen, en variaties hierop. Ook in andere biologische disciplines zijn grote

131

databestanden niet langer zeldzaam. Denk daarbij bijvoorbeeld aan de soorten en interacties in een ecosysteem, automatisch verkregen microscopieafbeeldingen en de data over ons online gedrag. Uit recent Amerikaans onderzoek blijkt dat circa 90% van de biologen werkt of binnenkort gaat werken met grote datasets. Om met deze hoeveelheid data om te gaan zijn methoden uit de data science essentieel. In deze cursus leer je de theorie en vaardigheden om nieuwe biologische inzichten te verkrijgen uit grote databestanden.

Allereerst is een andere manier noodzakelijk om met grote databestanden om te gaan, namelijk met behulp van de command-line-interface. Deze interface zul je ook vaak moeten gebruiken voor het uitvoeren van computerprogramma’s op je databestanden. Bovendien is het onmogelijk geworden om handmatig alle bestanden te analyseren en zul je zelf scripts moeten schrijven om de gewenste informatie uit tekstbestanden te verkrijgen. In de cursus ‘Systeembiologie’ heb je al kennis gemaakt met programmeren en deze vaardigheden zullen sterk worden uitgebreid in deze cursus. In dit eerste deel van de cursus leer je om te gaan met de Unix-terminal en hoe je scripts schrijft in Python.

Het tweede deel staat in het teken van het analyseren van numerieke data. De focus zal liggen op hoe je van een enorme tabel met getallen gaat naar een visualisatie die de structuur in de data helder naar voren brengt. Je leert meerdere manieren van visualisatie toe te passen op grote datasets, waaronder heatmaps, clustering en principale-componentenanalyse. Daarnaast zal supervised machine learning aan bod komen: hoe classificeer je data en hoe kun je op basis van bestaande data voorspellingen doen voor nieuwe datapunten?

Gedurende de cursus werk je aan een groepsproject waarbij je aan de hand van een grote dataset een biologisch vraagstuk aanpakt door zelf een eigen computationele pipeline van opeenvolgende analyses op te zetten met bijbehorende scripts.

Werkvormen De stof wordt uitgelegd in interactieve online clips. Deze dienen als voorbereiding op de werkcolleges, waarin je de stof toepast met computeropdrachten. De clips en opdrachten worden nabesproken tijdens responsiecolleges. In enkele computerpractica krijg je in een groepje een uitdagende opdracht, waarvoor je meerdere concepten uit eerdere weken moet combineren. Daarnaast zullen jonge wetenschappers tijdens onderzoekspraatjes vertellen hoe zij data science gebruiken in hun onderzoek. Tot slot doorloop je de onderzoekscyclus met een groepsproject. Toetsing Twee tentamens (elk 30%), projectverslag (30%), reviewerverslag (5%) en reactie op de reviews (5%). De precieze weging kan nog veranderen en wordt bekendgemaakt bij aanvang van de cursus. Beide tentamens moeten los met minimaal een 5,0 en samen gemiddeld met ten minste een 5,5 worden afgerond om de cursus te halen. De inspanningsverplichting bestaat uit het bijwonen van de onderzoekspraatjes en het actief deelnemen aan de practica. Studiemateriaal ─ Boek: Practical computing for biologists, Steven Haddock en Casey Dunn, 2011,

Sinauer Associates, Inc. (aanbevolen) ─ Boek: Fundamentals of data visualization, Claus O. Wilke, 2019, O’Reilly Media, Inc.

(online beschikbaar op https://serialmentor.com/dataviz/index.html) ─ Overig studiemateriaal zal online worden aangeboden.

132

EVOLUTIE 2 Evolution 2 Coördinator: dr. Edwin Pos Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit H.R. Kruytgebouwkamer N303 e-mail: e.t.pos@uu.nl

Docenten: dr. Edwin Pos, e.t.pos@uu.nl Gastsprekers (n.n.b.)

Capaciteit: max 120 Ingangseisen De niveau 1 cursus Evolutiebiologie & biodiversiteit of vergelijkbare kennis. Neem bij twijfel contact op met de coördinator alvorens in te schrijven voor deze cursus. Studiepad De cursus Evolutiebiologie op niveau 2 maakt deel uit van de studiepaden Evolutiebiologie en Gedragsbiologie maar past ook in alle andere studiepaden. De cursus bereidt voor op alle biologische masterprogramma’s. Leerdoelen De cursus heeft twee pijlers: Evolutie en Diversiteit; voortbouwend op de niveau 1 cursus Evolutie en Biodiversiteit. Tijdens de cursus verwerf je op een verdiepend niveau inzicht in de belangrijkste algemene patronen en processen van evolutie en verdiep je je kennis over biodiversiteit op fylum niveau door fyla materiaal te verzamelen en hun kenmerken te bestuderen, zowel met betrekking tot de diversiteit van de fyla als de similariteit van hun leden. Je leert evolutionaire kennis concreet toe te passen door het schrijven van een voorstel tot bescherming van een soort en het beoordelen van het voorstel van anderen. Tot slot kun je ook het synthetische karakter van de evolutiebiologie (d.w.z. het aandragen van een 'unifying' concept voor de hele biologie en het absorberen van kennis uit alle richtingen van de biologie) uitleggen en illustreren met voorbeelden. Vaardigheden Je oefent met het zelfstandig verwerken van een grote hoeveelheid studiestof. In het kader van de opdrachten oefen je met het vertalen van wetenschappelijke kennis naar een toegepaste setting. Je oefent ook je presentatietechniek middels het maken van pitches en door middel van peer-asessment een oordeel te vellen over het werk van cursusgenoten. Als laatste train je vaardigheden die je nodig hebt voor het verzamelen, herkennen en benoemen van een deel van de fyla van het leven. Inhoud Evolutie is het meest belangrijke principe binnen de biologie. Het is de enige biologisch-wetenschappelijke theorie die alle fenomenen van het leven verenigt, van het niveau (macro)molecuul tot ecosysteem. Sinds de moderne synthese (het combineren van Darwin’s inzichten met de moderne genetica) begin vorige eeuw heeft evolutionair onderzoek een grote vlucht genomen. De daarop volgende ontwikkelingen - ontstaan van de moleculaire biologie, het toenemen van computerrekenkracht en het ontwikkelen van fylogenetische reconstructie methoden - hebben gezorgd voor een enorme toename in ons begrip van de processen en patronen van evolutie. Vandaag de dag focust evolutionair onderzoek niet alleen op typisch evolutionair biologische vragen, zoals de regulatie van genetische diversiteit,

133

het ontstaan van complexe systemen als cellen en hersenen, en het ontstaan van biodiversiteit. Ook onderzoekers op het gebied van de moleculaire, genomische, cellulaire en ontwikkelingsbiologie onderschrijven dat het raamwerk, de principes en de analysemethoden van de evolutionaire biologie van belang zijn voor hun werkgebieden. Deze cursus legt de nadruk op de algemene principes van evolutie, de hypothesen over de oorzaken van evolutionaire veranderingen (die relevant zijn voor de meeste organismen) en de grote patronen die zichtbaar zijn in de geschiedenis van de aarde. De cursus is uitstekend geschikt voor het opdoen van evolutionaire basis kennis, ongeacht het werkveld waar de bioloog in terecht komt (binnen de biologie of daarbuiten). Deze cursus gaat verder waar de cursus Evolutiebiologie en Biodiversiteit op niveau 1 stopt. Onderwerpen die besproken worden vallen onder twee grote categorieën: micro en macro-evolutie. Binnen de macro-evolutie wordt ingegaan op de Tree of Life en de methoden die ten grondslag liggen aan de reconstructie hiervan. Ook wordt gekeken naar het ontstaan van biodiversiteit en de patronen die in deze diversiteit zichtbaar zijn in zowel de ruimte als de tijd. Een fundamentele eenheid binnen de biologie is de soort en daarom wordt ook aandacht besteed aan theorieën omtrent soorten en soortvorming. Als afsluiting van het thema macro-evolutie wordt o.a. gekeken naar de geschiedenis van de aarde, trends in het fossiele archief en snelheden van evolutie. Binnen de micro-evolutie wordt gekeken naar de thema’s variatie, selectie en random veranderingen in populaties (genetic drift). Zo wordt de fundamentele theorie van natuurlijke selectie bestudeerd maar komen ook de theorie van neutrale moleculaire evolutie, modellen van genetische drift , de evolutie van genen, genomen en ontwikkelingsprocessen hierbij aan bod. Tot slot worden de onderwerpen co-evolutie, evolutie van interacties en fenotypes en de evolutie van life-histories besproken. De kern van de evolutionaire biologie is het beschrijven en analyseren van de geschiedenis van evolutie, en de analyse van de daaraan ten grondslag liggende oorzaken en mechanismen. De reikwijdte van de evolutionaire biologie is veel groter dan ieder ander biologisch veld, omdat alle organismen en hun kenmerken het product zijn van een evolutionaire geschiedenis van verandering. Het is daarom onmogelijk om in een algemene cursus evolutiebiologie als deze de evolutionaire geschiedenis van (alle) afzonderlijke groepen te behandelen. Om toch een indruk te krijgen van de diversiteit van het leven wordt aan een grote opdracht gewerkt, de Fyla Expositie, waarin studenten zelf een aantal door hun gekozen groepen gaan verzamelen, bestuderen en presenteren. Omdat evolutionaire kennis ook steeds meer doordringt in het dagelijkse leven - van de geneeskunde (bv. ontstaan van antibiotica resistentie, begrijpen van verouderingsprocessen) tot klimaatverandering (bv. wat is de impact van verandering in vergelijking met het verleden) - is het ook belangrijk om evolutionaire kennis concreet te kunnen toepassen. Aan de hand van een aantal opdrachten – over bedreigde soorten – zal worden geoefend met het toepassen van evolutionaire kennis in een concrete casus. Wat zijn argumenten om een bepaalde soort te beschermen en wat is er op tegen. Hierbij moeten studenten uiteindelijk zelf beslissen in een plenaire sessie welke voorgedragen soorten in aanmerking komen voor bescherming. Werkvormen De studiestof wordt behandeld aan de hand van het boek “Evolution” (Futuyma) en je zult een aanzienlijk deel van deze stof zelfstandig verwerken. Om je te helpen met

134

het verwerken van de leerstof zijn een aantal (interactie)colleges ingebouwd, waarin je met je medestudenten en de docent systematisch de stof behandelt. Daarnaast wordt in groepen van twee gewerkt aan drie kleine en een grote (afsluitende) opdracht. Tot slot wordt één van de kleine opdrachten individueel gepresenteerd. Gedurende de cursus zijn er ook twee werkcollege momenten waarop in een groep een essay/samenvatting geschreven wordt over een specifiek onderwerp uit de behandelde stof. Al deze samenvattingen worden ter beschikking gesteld via Blackboard om te leren voor het tentamen. Toetsing Er zullen 5 onderdelen worden beoordeeld met een cijfer: ─ individueel tentamen (50% van het eindcijfer). Voor dit tentamen moet hoger dan

een 5,5 worden gehaald, ─ groepsbeoordeling van de opdracht Fyla Expositie (20% van het eindcijfer, ─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1 (10%

van het eindcijfer), ─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 2 (10%

van het eindcijfer), ─ gemiddelde groepsbeoordeling pitches van opdracht Galerij van bedreigde

Biodiversiteit 1 en 2 (10% van het eindcijfer). Studiemateriaal ─ Handleiding blok Evolutiebiologie, ─ boek Evolution (4e editie, Sinauer) van Futuyma, ─ tijdens de cursus op te zoeken literatuur.

135

WETENSCHAPS- en TECHNIEKCOMMUNICATIE Science and Technology Communication Coördinator: mw. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc Didactiek van de Biologie, Freudenthal Institute for Science and Mathematics Education (FIsme) Buys Ballot Gebouw, Princetonplein 5, Kamer 306 tel. 030 – 253 3775 (secr. 253 1779) e-mail: E.P.H.M.deBakker@uu.nl, Docenten: mw.drs. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) en drs. F. van Dam (Frans). Ingangseis Specifieke voorkennis is niet vereist. Studiepad Iedere bioloog communiceert in en over zijn werk. Deze cursus past daarom in alle studiepaden, maar maakt specifiek onderdeel uit van het studiepad Educatie, Communicatie & Management. De cursus bereidt voor op de masteropleiding Science Education and Communication. Leerdoelen Na het afronden van deze cursus kan de student: ─ Omschrijven wat wetenschapscommunicatie is, en wat

wetenschapscommunicatieprofessionals doen. ─ Verklaren hoe verschillende visies op wetenschap, maatschappij en mens de

wetenschapscommunicatie vormen en beïnvloeden. ─ Aan de hand van ontwerp-, leer-, gedrags- en communicatiemodellen

communicatieve activiteiten en producten beschrijven,analyseren, en beoordelen. ─ Een omschrijving geven van belangrijke deelgebieden van de

wetenschapscommunicatie en de kennis over de daarbij behorende specifieke doelen, doelgroepen en aanpakken toepassen.

─ Een persoonlijke positie bepalen t.o.v. wetenschapscommunicatie voor de verdere inrichting van zijn/haar studie en loopbaan.

Inhoud IIn deze cursus gaat het over het waarom, hoe en wat van wetenschapscommunicatie. Het is een inleidende en oriënterende cursus, gericht op het verwerven van een kennisbasis (theorieën en modellen, feiten en weetjes), die je nodig hebt om later een goed wetenschapscommunicator te worden. Deze inzichten en kennis zijn handig zowel als je later verder wilt gaan op het gebied van de wetenschapscommunicatie, maar ook als je besluit een onderzoekscarrière op te bouwen. Het is dus geen cursus waarin vaardighedentraining, zoals leren schrijven en presenteren over wetenschap voor een breed publiek, centraal staat. In interactieve onderwijssessies en via praktische groepsopdrachten verwerf je deze kennisbasis. De docenten leggen geen droge theorieën uit maar vullen de bijeenkomsten deels samen met de studenten en bediscussiëren de implicaties en toepassingen van bepaalde theorieën en aanpakken. Een goede voorbereiding aan de hand van literatuurstudie en voorbereiding van opdrachten is daarom noodzakelijk. Daarnaast is de groepsopdracht een belangrijk onderdeel van deze cursus waardoor jouw inzet belangrijk is en andere studenten van jou afhankelijk zijn. Wij hanteren daarom een aanwezigheidsplicht voor alle onderwijssessies. De diversiteit en veelvormigheid van de wetenschapscommunicatie, haar werkveld, beoefenaars en publieksgroepen, staat in de cursus centraal om je inzicht te geven in de factoren die het vakgebied en haar ontwikkeling beïnvloeden. Een

136

museummedewerker heeft bijvoorbeeld helderheid en aantrekkelijkheid van de boodschap hoog in het vaandel staan. Bij een communicatie-adviseur gaat het vooral over aspecten als vertrouwen en het betrekken van de doelgroep. Wil je je doelen dus bereiken, dan moet je tal van aspecten in het oog houden. Zo is het van belang om te weten ‘wie’ er communiceert, ‘wat’ de boodschap precies is, op ‘welke manier’ die het beste ontwikkeld of overgebracht kan worden, ‘wie’ de gesprekspersoon is en ‘welk effect’ er beoogd wordt. Het kost tijd en moeite deze aspecten helder in kaart te brengen, zeker als het gaat om wetenschap- en technologie-gerelateerde onderwerpen. Inzicht enerzijds in de complexe verwevenheid van wetenschap en technologie met onze maatschappij, en anderzijds in de mens en in communicatieprocessen kan daarbij een helpende hand bieden. Door literatuurstudie, de analyse van concrete cases, zoals bijvoorbeeld de discussie rondom de Oostvaardersplassen, de klimaattafelgesprekken of het vaccinatiedebat, genereer je inzicht in de complexiteit van wetenschapscommunicatie. Deze nieuw verworven kennis pas je meteen toe in een concrete groepsopdracht: het opstellen van een plan voor een UU wetenschapper waarin hij of zij met een bepaalde doelgroep uit de maatschappij in contact treedt en de interactie aangaat. Bijvoorbeeld een toxicoloog die met basisschoolleerlingen luchtkwaliteitmetingen bij de kinderen thuis doet. Tot slot draagt de cursus ook nog bij aan je beroepsoriëntatie. Je ontmoet professionals uit verschillende deelgebieden van de wetenschapscommunicatie. Je krijgt zicht op wat wetenschapscommunicatie voor jou betekent, en wat voor rol dit vak in je vervolgopleiding en carrière zal gaan spelen. Onderwijsvormen Hoorcollege en werkcollege Toetsing Schriftelijk tentamen (75%) en beoordeling groepsontwerpopdracht (25%). Verplicht materiaal

137

Periode 3, niveau 3 cursussen EMPATHIE INTERDISCIPLINAIR Empathie voor biologen, juristen en gedragswetenschappers Coördinator: mw.prof.dr. Liesbeth Sterck, E.H.M.Sterck@uu.nl Leerstoelgroep Animale Ecologie H.R. Kruytgebouw, Kamer O305, tel.: 030-253 540 Docenten: mw.prof.dr. Liesbeth Sterck, Biologie, mw.dr. Minet de Wied, Sociale

Wetenschappen, mw.prof.dr. Wendy Schrama, Rechtsgeleerdheid De capaciteit van deze cursus is 30 bachelor-studenten: 10 biologen, 10 sociaal wetenschappers en 10 juristen. Ingangseisen: Gevorderde bachelor studenten. Leerdoelen Kennis: • Studenten maken kennis met de betekenis en het belang van empathie in de

beroepsuitoefening van juristen, biologen en gedragswetenschappers. • Studenten maken kennis met de complexiteit van het empathisch proces,

definities en onderzoekstradities binnen de verschillende disciplines (rechten, biologie en sociale wetenschappen)

• Studenten leren monodisciplinaire kennis te integreren tot interdisciplinaire kennis en dit toe te passen in het ontwikkelen van interdisciplinair onderzoek.

Vaardigheden: • Studenten krijgen ervaring met kritisch denken, reflectie en samenwerking met

studenten uit andere disciplines. • Studenten krijgen ervaring met het presenteren en reviewen van interdisciplinair

onderzoek. Houding: • Studenten leren open te staan voor concepten en aanpak uit andere disciplines Inhoud Empathie, oftewel inlevingsvermogen, speelt een centrale rol in veel facetten van ons sociaal-maatschappelijk leven. Begrip voor andermans gedachten en het delen van emoties werkt verbindend en brengt mensen bij elkaar. Misvattingen over de gevoelens van anderen kunnen problemen veroorzaken in de communicatie en al snel leiden tot conflict. Empathie is niet uniek menselijk. Primitieve vormen van empathie (imitatie) en hogere vormen van empathisch gedrag (helpen en troosten) zien we bijvoorbeeld ook bij chimpansees, olifanten en honden. Maar wat verstaan we precies onder empathie, wat is het belang en hoe is het te meten? In deze interdisciplinaire cursus rond het thema empathie gaan studenten biologie, rechten en sociale wetenschappen met elkaar in debat. Studenten benaderen dit soort vragen vanuit hun eigen discipline en maken kennis met de denk- en werkwijzen uit andere disciplines. Door intensieve samenwerking tussen studenten in de werkcolleges en in gezamenlijke onderzoeksplannen kunnen theoretische inzichten, methoden en onderzoekstechnieken uit de verschillende disciplines met elkaar worden vergeleken, gecontrasteerd en geïntegreerd tot innovatieve kennis en toegepast in interdisciplinair onderzoek. Toetsing Individuele opdrachten: 35%, Onderzoeksplan: 30%, Individuele presentatie: 20%, Peer review: 15%.

138

MOLECULAIRE EUKARYOTE MICROBIOLOGIE Molecular eukaryotic microbiology Coördinator: dr. L.G. Lugones Leerstoelgroep Microbiologie H.R. Kruytgebouw Kamer O402, tel.: 030-253 3016 e-mail: L.G.Lugones@uu.nl

Docenten: dr. L.G. Lugones, L.G.Lugones@uu.nl prof.dr. H.A.B. Wösten, H.A.B.Wosten@uu.nl Ingangseisen/uitsluitingen Deze cursus kun je niet doen als je Eukaryote microbiologie gevolgd hebt (zelfde inhoud). De cursus Moleculair genetische onderzoekstechnieken is een ingangseis voor deze cursus, de cursus Microbiële interacties is gewenst. Studenten met vergelijkbare kennis kunnen ook toegelaten worden. Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie maar past ook in andere studiepaden. De cursus is een voorbereiding op de masterprogramma’s Molecular and Cellular Life Sciences, Environmental Biology en Infection and Immunity. Leerdoelen In deze cursus wordt het belang van eukaryote micro-organismen in de natuur en voor de mens behandeld. Centraal staan de moleculaire mechanismen die deze micro-organismen gebruiken om te functioneren. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden met betrekking tot het uitvoeren van biologisch onderzoek en het presenteren van resultaten van je zelf of van anderen. Aan het einde van de cursus kun je: ─ de rol van eukaryote micro-organismen in de natuur, wetenschap en industrie

aangeven en uitleggen hoe wetenschappelijk onderzoek bijdraagt tot het begrip en uitbouwen van deze rol,

─ de moleculaire en cellulaire opbouw en mechanismen van eukaryote micro-organismen met elkaar vergelijken,

─ moleculaire technieken die gebruikt worden in het onderzoek naar micro-organismen op schrift en in de praktijk toepassen,

─ primaire literatuur over eukaryote micro-organismen analyseren en presenteren, ─ een onderzoekscyclus verrichten, ─ je eigen onderzoek of dat van anderen mondeling presenteren en schriftelijk

samenvatten Vaardigheden ─ Uitvoeren onderzoekscylus, ─ Mondelinge rapportage in het Nederlands, ─ Het bijhouden van een labjournaal, ─ Lezen wetenschappelijk artikel, verwerken literatuur. Inhoud Eukaryote micro-organismen zijn enorm divers. Zij behoren tot verschillende rijken binnen het domein van de eukaryoten en zijn talrijk qua aantal soorten en individuen. Eukaryote micro-organismen vervullen een dominante rol in de natuur. Zo zijn zij primaire producenten, opruimers van organisch en anorganisch materiaal, symbionten of ziekteverwekkers. Daarnaast bieden eukaryote micro-organismen of

139

hun componenten ons ongekende mogelijkheden tot het gebruik in industriële processen, in de geneeskunde en bij het verbeteren van het milieu. Kortom, bewust of onbewust voeren we dagelijks strijd met deze micro-organismen of maken juist van hen gebruik. Middels fundamenteel onderzoek zijn talrijke moleculaire mechanismen opgehelderd die verklaren hoe een eukaryote micro-organisme functioneert. Het is gebleken dat veel van deze mechanismen ook voorkomen in complexere systemen zoals planten, dieren en de mens, waardoor eukaryote micro-organismen belangrijke modelsystemen zijn geworden voor onderzoek naar het functioneren van de levende cel. De cursus begint met een introductie van de eukaryote microorganismen aan de hand van de “tree of life”. Het belang van deze organismen in de natuur en de mens wordt behandeld. Moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan het functioneren van eukaryote micro-organismen zullen worden behandeld aan de hand van een aantal modelorganismen die behoren tot verschillende rijken. Hoe moleculair onderzoek wordt verricht aan eukaryote micro-organismen zal worden uitgelegd aan de hand van methoden die worden toegepast in het schimmelonderzoek. In de tweede deel van de cursus wordt een onderzoekscyclus in de praktijk doorgelopen. Om de student voor te bereiden op de onderzoeksmaster, wordt gewerkt met een opdracht, een protocollen bundel en daar waar nodig multimediale uitleg. De student zal zoveel mogelijk zijn eigen onderzoeksopzet moeten vormgeven. Daarom ontbreekt een practicum handleiding. Werkvormen Hoor en werkcolleges, COO, zelfstudie, literatuuropdracht, ministage Toetsing De cursus is voldoende afgerond als een voldoende is behaald voor zowel het tentamen als het practicum. Het eindcijfer wordt bepaald door het tentamen (60%) en de beoordeling van het practicum/ministage (40%). Studiemateriaal ─ Het collegedictaat Eukaryote Microbiologie, ─ Een labjas

140

MOLECULAR CELL RESEARCH Molecular Cell Research Coördinator: dr. L.A. (Laurens) van Meeteren Onderzoeksgroep Onderzoeksgroep Cell Biology, Neurobiology and Biophysics H.R. Kruytgebouw kamer O501, tel.: 030-253 3002 e-mail: l.a.vanMeeteren@uu.nl

Docenten: Alle stafleden van de afdeling Celbiologie (zie http://cellbiology.science.uu.nl/) Capaciteit: 72 LET OP: Gedurende deze cursus zijn er verplichte onderdelen waarbij gewerkt wordt met dierlijk materiaal. Ingangseisen De cursus Moleculaire Biologie, de Cel en Moleculair genetische onderzoekstechnieken zijn verplicht. De cursus Cellen en Weefsels (niveau 3) is sterk aangeraden. Bij een teveel aan inschrijvingen worden studenten die de cursus cellen en weefsels (succesvol) hebben gedaan eerst geplaatst. Studiepad Deze cursus wordt sterk aanbevolen voor de studiepaden Celbiologie en Neurobiologie. Daarnaast is de cursus essentieel voor studenten die de master Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) of Neuroscience and cognition willen volgen. Leerdoelen en vaardigheden Aan het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig wetenschappelijk onderzoek te starten. In het bijzonder kun je dan: ─ zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek “The Cell” van Alberts, ─ analyseren primaire literatuur, ─ schrijven van een ‘review-rapport’ over een wetenschappelijk artikel, ─ plannen en uitvoeren van een onderzoekscyclus, ─ het plannen en uitvoeren van een in silico klonering, ─ een onderzoeksproject opstellen en zelfstandig uitvoeren, ─ gegevens uit een eigen experiment analyseren, ─ de resultaten van het onderzoeksproject presenteren, ─ een aanvraag voor een onderzoeksproject opstellen conform de richtlijnen van

NWO (Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek), ─ kritisch denken, samenwerken en overleggen. Inhoud Het doel van deze cursus is om je in aanraking te brengen met alle aspecten van wetenschappelijk onderzoek binnen de onderzoeks-thema’s van de groep Celbiologie (zie website http://cellbiology.science.uu.nl/). De cursus bestaat uit 2 delen. In deel 1 presenteren de stafleden van de afdeling celbiologie hun lopende onderzoek. Hierbij wordt zowel aandacht besteed aan de onderliggende theorie (voornamelijk kennis uit het boek “The Cell”) als de meest recente resultaten en inzichten van hun onderzoek. Daarnaast voer je een aantal opdrachten uit waarbij je

141

o.a. een review rapport schrijft over een artikel gevolgd door een discussie met de auteur van dit artikel. Dit deel van de cursus wordt afgesloten met een digitale toets. In deel 2 van de cursus ga je in groepjes een onderzoek uitvoeren en een aanvraag schrijven voor financiering van een onderzoeksplan. Bij het onderzoek zal je in een practicum een construct kloneren waarmee je onderzoek doet naar een van de thema’s van de afdeling. Na het kloneren zullen de constructen getransfecteerd worden en een eiwit-eiwit-interactiestudie uitgevoerd worden. Het praktijkonderdeel wordt afgesloten met het schrijven van een verslag. Het schrijven van een beursaanvraag wordt begeleid door een van de medewerkers van de afdeling binnen de thema’s van de afdeling. De aanvraag wordt geschreven in het format voor aanvragen voor het “open programma” voor aard- en levenswetenschappen (zie: https://www.nwo.nl/financiering/onze-financieringsinstrumenten/nwo/vrije-competitie/alw/open-programma.html) De definitieve aanvraag presenteer en verdedig je voor een commissie van deskundigen. De presentatie, verdediging en het geschreven voorstel worden als geheel beoordeeld met een cijfer. Werkvormen (Werk)college: op het college bediscussieer je met de docent en je medestudenten vragen over bestudeerde hoofdstukken uit “The Cell”. Practicum: in groepjes werk je op basis van een bestaande onderzoekslijn aan een onderzoeksproject. Onderzoeksvoorstel: in groepjes schrijf je een onderzoeksvoorstel voor het verkrijgen van financiering gebaseerd op één van de onderzoekslijnen van de afdeling celbiologie. Toetsing Verschillende onderdelen worden beoordeeld tijdens deze cursus. De toets van deel 1 bepaalt voor 30% het eindcijfer en moet minimaal een 5,0 zijn. Studiemateriaal ─ Het boek “The Cell” van Alberts

142

NATURE BASED DESIGN Nature based design Coördinator: mw.dr. Pauline Krijgsheld Leerstoelgroep Microbiologie H.R. Kruytgebouw Kamer W408, tel.: 030-253 3041 e-mail: P.Krijgsheld@uu.nl Docenten: dr. Jaco Appelman, mw.dr. Pauline Krijgsheld, Matthijs Roobeek MSc en Erik

Janse MSc Capaciteit: 48 (Wetenschapper in Advies en Nature based design samen) Ingangseisen: Het behaald hebben van de niveau 2 cursussen Innovatie met Biomimicry* en de Cel of vergelijkbare kennis. Studenten die reeds Emulating nature of Wetenschapper in advies hebben gevolgd, zijn uitgesloten van deelname. Cursusdoelen Studenten kunnen aan het einde van deze cursus: ─ een gegeven probleemstelling in haar context analyseren. ─ een plan van aanpak opstellen voor het opstellen van een innovatieadvies. (TRL 0

en 1) ─ een bureaustudie uitvoeren in teamverband waarbij ook niet-academische

bronnen geraadpleegd worden. ─ onderzoeksresultaten vertalen naar een gegeven context en hieruit een advies en

of innovatie(strategie) formuleren. ─ hun advies doelgroepgericht communiceren aan hun opdrachtgever. ─ samenwerken in een team met een duidelijke onderlinge rolverdeling. ─ zelfstandig bepalen welke vaardigheden zij verder willen ontwikkelen en hiervoor

een leertraject ontwerpen en uitvoeren. ─ verschillende fases in natuur gebaseerd ontwerpen beschrijven en de eerste 2

stappen (scoping & creating) toepassen en de meerwaarde van hun product of advies benadrukken

─ aangeven en reflecteren op: samenwerken, werken met een opdrachtgever ’ en het komen tot een gezamenlijk advies/innovatie rapport met duurzaamheid / leren van de natuur als uitgangspunt.

─ de kern (keymessage) van de probleemstelling, aanpak en advies (en meerwaarde) in een presentatie en pitch weergeven voor, respectievelijk de opdrachtgever en een breed publiek.

NB: Samenwerking maakt dus een expliciet onderdeel uit van de cursus, daar word je ook op beoordeeld.

Vaardigheden: ─ Ontwerpen en Communiceren ─ Zelfstandig bestuderen van leerstof, ─ Analyseren en gebruiken van primaire literatuur, ─ Planning, ─ Kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ Samenwerken met stakeholders, ─ Interviewen van experts, ─ Schriftelijk rapportage van een advies/innovatie, ─ Mondelinge rapportage en verdediging van het ontwerp/ innovatie, ─ Zelfreflectie.

143

Inhoud: Natuurgebaseerd ontwerpen, is het ontwerpen waarbij je inspiratie uit de natuur haalt voor duurzame en toepasbare oplossingen. Biomimicry is een voorbeeld van natuurgebaseerd ontwerpen waarin je actief kennis uit de natuur zoekt. Biomimicry is o.a.het nabootsen van lessen uit de natuur. Voor een opdrachtgever zal een product, dienst of combinatie ontworpen worden, waarbij wordt verwacht dat dit: ─ Minder grondstoffen en energie zal gebruiken; ─ Makkelijk te recyclen of her te gebruiken is en; ─ Meerwaarde voor producent en consument over een (veel) langere periode

genereert. In deze cursus zul je een aantal stappen van de ontwerpcyclus “Challenge to Biology” doorlopen, en leer je de uitkomsten te evalueren en daarnaast te reflecteren op ontwerpproces en uitkomsten. Het ontwerp/ advies of innovatie zul je in groepsverband opstellen. Werkvormen en opbouw van de cursus: De cursus zal grotendeels samen worden gegeven met de cursus Wetenschapper in Advies (B-B3WEAD09). In de cursus staat een ontwerpopdracht voor een echte opdrachtgever centraal. Er worden workshops aangeboden om je opdracht goed te kunnen voltooien. . Aanwezigheid bij deze workshops is verplicht, evenals de online voorbereiding voor deze workshops.. We proberen tijdens de workshops de relatie te leggen met de opdracht waaraan jouw groep werkt. Aan het eind van de opdracht zal de ontwerpcyclus ook geëvalueerd worden. Het Persoonlijk Ontwikkelplan bevat een plan met leerdoelen die je tijdens de curus wilt ontwikkelen, maar ook een zelfreflectie op het proces van het behalen (of de inspanning) om deze leerdoelen te halen. Ook reflecteer je op het samenwerken, en het proces van het komen tot een adviesrapport en welke methoden of eigenschappen daarvoor belangrijk zijn. De cursus is theoretisch. De werkvormen zijn colleges, werkcolleges/workshops afgewisseld met in groepsverband en zelfstandig werken aan de eindopdracht. Beoordeling ─ Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde van de individuele opdrachten (25%) en

groepsopdrachten (75%). ─ Individueel wordt beoordeeld: Persoonlijk ontwikkelplan met reflectie essay op

innovatie en proces (15%) inzet en aanwezigheid tijdens de cursus (5%) en managementsamenvatting (5%);

─ Voor de groepsopdracht krijgt je een individuele score gebaseerd is op vier onderlinge beoordelingen tijdens cursus. Hieronder vallen de onderdelen: Plan van aanpak (15%); Ontwerp/adviesrapport (50%) en de eindpresentatie (10%).

─ Alle onderdelen moeten minimaal een 5 scoren of afgesloten worden met een pass om het vak succesvol af te ronden.

Opdracht Individueel/groep Weging Zelftoets Life’s principles Individueel Pass/ non pass system Persoonlijk Ontwikkelplan (3 onderdelen) Individueel 15% Plan van aanpak Projectgroep 15% managementsamenvatting Individueel 5% Ontwerp/advies rapport Projectgroep 50% Eindpresentatie en pitch Projectgroep 10% Aanwezigheid en inzet Individueel 5% Onderlinge beoordelingen (vier maal) Individueel % over het cijfer van de projectgroep* *De cursusleiding gebruikt de onderlinge beoordelingen als richtlijn en hoeft deze niet één op één over te nemen.

Studiemateriaal: ─ Electronische syllabus, 2 weken voor de cursus begint is de literatuur toegankelijk. ─ Aanbevolen: Biomimicry Resource Handbook 2014 van Baumeister, Dayna, PhD., ISBN/EAN

978150563464

144

NEURONALE AANDOENINGEN Neuronal disorders Coördinator: mw.dr. Lena Will Onderzoeksgroep Onderzoeksgroep Cell Biology, Neurobiology and Biophysics H.R. Kruytgebouw, kamer N505 e-mail: l.m.will@uu.nl Docenten: mw.dr. Lena Will, l.m.will@uu.nl

dr. Ron Habets, mw.dr. Corette Wierenga, dr. Maarten Kole dr. Harold Mc Gillavry,

Capaciteit: 42 LET OP: Gedurende deze cursus zijn er verplichte onderdelen waarbij gewerkt wordt met dierlijk materiaal. Ingangseisen ‘Neurobiologie’ of vergelijkbaar met jaar 2 van de bacheloropleiding Biologie. ‘MGOT’ of vergelijkbaar wordt, gezien het moleculaire karakter van deze cursus, ZEER sterk aanbevolen. Verder wordt basiskennis van statistiek bekend verondersteld voor deze cursus. Studiepad Deze cursus vormt een onderdeel van het studiepad Neurobiologie en past ook goed in het studiepad Celbiologie. De cursus vormt een goede basis voor de masterprogramma’s ‘Molecular and Cellular Life Sciences’ en ‘Neuroscience and Cognition’. Leerdoelen In deze cursus: ─ verdiep je je in de moleculaire oorzaken van een aantal neuronale aandoeningen ─ leer je verschillende modelsystemen en methoden die gebruikt worden in het

huidige neurobiologische onderzoek kennen ─ leer je het kritisch lezen en bediscussieren van primaire literatuur in het veld ─ leer je bepaalde methoden te gebruiken en de eigen resultaten op basis van de

literatuur te interpreteren en vervolgens te presenteren Vaardigheden Na afronding van de cursus kun je: ─ de meest bekende complexe neuronale aandoeningen doorgronden ─ kritisch reflecteren op methoden en modelsystemen, ze toepassen en de

mogelijkheden en beperkingen van deze benoemen ─ de literatuur kritisch lezen en zelfstandig vervolgonderzoek voorstellen ─ eigen behaalde resultaten en interpretatie duidelijk presenteren ─ creatief nadenken over de mogelijke oorzaak van een neuronale aandoening ─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentatie) ─ actief deelnemen aan discussies Inhoud Psychiatrische en neurologische aandoeningen hebben hun oorsprong in cellulaire en moleculaire processen in het centrale zenuwstelsel. Deze complexe processen

145

zijn de basis van het functioneren van het centrale zenuwstelsel dat ons bijvoorbeeld in staat stelt de omgeving waar te nemen en te intepreteren, te kunnen leren van ervaringen en handelingen te kunnen plannen. De laatste jaren hebben geavanceerde moleculaire en cellulaire onderzoeksmethoden meer inzicht gegeven in de biologische aspecten van psychiatrische en neurologische aandoeningen. Deze cursus behandelt een aantal ziektebeelden, verschillende moderne in vitro en in vivo methoden van onderzoek van het centrale zenuwstelsel en de huidige kennis van de biologische basis van verschillende aandoeningen van ons zenuwstelsel. Aan de hand van primaire literatuur bestudeer je de volgende aandoeningen: ─ neuronale ontwikkelingsafwijkingen (bv. neuronale migratie defecten) ─ defecten in synapsen (bv. autisme, schizofrenie) ─ neurodegeneratieve aandoeningen (bv. Parkinson, Alzheimer) Werkvormen De stof van de cursus zal worden gepresenteerd, doorgenomen en toegepast in de volgende vormen: ─ hoorcolleges ─ zelfstudie van primaire en secundaire literatuur ─ werkcolleges, waarin de primaire literatuur bediscussieerd wordt ─ practicum ─ minisymposium met presentaties. In het practicum werken jullie aan modelsystemen van voor jullie onbekende aandoeningen. Aan de hand van jullie eigen resultaten en de literatuur geven jullie in een afsluitend symposium een presentatie over jullie mogelijke verklaring voor deze aandoeningen. Toetsing Aanwezigheid is verplicht, actieve deelname wordt verwacht. Er zijn twee deeltoetsen, een groeps-presentatie (mondelinge presentatie) op het mini-symposium. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt. Studiemateriaal ─ primaire en secundaire literatuur, te verkrijgen via UBU of internet ─ materiaal op Blackboard ─ practicumhandleiding.

Niet verplicht maar aanbevolen: ─ Purves et al.: Neuroscience, 5th edition, Sinnauer Associates Inc, 2011. ─ Alberts et al: Molecular Biology of the Cell, 6th Edition, Garland Science, 2015.

146

ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA Developmental Biology and Genetics Coördinator: mw.dr. Inge The, s.i.the@uu.nl

Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O508

Docenten: prof.dr. Sander van den Heuvel, S.J.L.vandenHeuvel@uu.nl mw.dr. Inge The, s.i.the@uu.nl dr. Mike Boxem, m.boxem@uu.nl dr. Rüdiger Schulz, R.W.Schulz@uu.nl prof.dr. Rik Korswagen, r.korswagen@hubrecht.eu prof.dr. Jeroen Bakkers, j.bakkers@hubrecht.eu Capaciteit: 60 LET OP: Gedurende deze cursus zijn er verplichte onderdelen waarbij gewerkt wordt met dierlijk materiaal. Ingangseisen De cursus biedt een verdieping van de kennis op het gebied van moleculaire ontwikkelingsbiologie, celbiologie, en genetica. Ingangseis is het met succes afgesloten hebben van de cursussen Moleculaire biologie (niveau 1), Ontwikkelingsbiologie (niveau 2) en Moleculaire en genetische onderzoekstechnieken (niveau 2), of daarmee vergelijkbare cursussen (Cellen en weefsels voor MLS). Bij twijfel graag contact opnemen met de coördinator. De cursus wordt in het Engels gegeven en is bedoeld als voorbereiding op een onderzoeksmaster. Daarom kun je de cursus Ontwikkelingsbiologie en genetica alleen volgen in het derde jaar van je Bachelor opleiding. Studiepad Ontwikkelingsbiologie en genetica is een kerncursus van het studiepad Ontwikkelingsbiologie en sterk aanbevolen voor studenten die de Master Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) of Cancer Stem Cells and Developmental Biology (CS&D) willen volgen. Leerdoelen De doelstelling van deze cursus is kennis en ervaring opdoen in modern Ontwikkelingsbiologisch onderzoek. Tijdens het volgen van de cursus ontwikkel je: ─ kennis van de levenscyclus en onderzoekstechnieken van modelorganismen

binnen de ontwikkelingsgenetica, ─ begrip van genetica en toepassing binnen ontwikkelingsbiologisch onderzoek, ─ kennis en begrip van de rol van signalering, cel polariteit en asymmetrische

celdeling bij de dierontwikkeling met een nadruk op stamcel systemen, ─ toepassen van dit begrip bij de beoordeling van gegevens uit de literatuur, ─ begrip van de bijdrage van systeembiologie en modellering in het

ontwikkelingsbiologieonderzoek. Vaardigheden ─ genetische, cel biologische, moleculair biologische en microscopische technieken, ─ werken met levende, genetische modelorganismen ─ biologisch problemen analyseren op verschillende organisatieniveaus (moleculair,

cellulair en organismaal), ─ uitvoeren van de onderzoekscyclus,

147

─ complexe wetenschappelijke vraagstellingen formuleren en deze vertalen naar experimenten,

─ analyse van complexe systemen, ─ het gebruik van bio-informatische databestanden, ─ analyseren en verwerken van primaire literatuur in het Engels, ─ mondelinge rapportage in het Engels, ─ samenwerken, presenteren en feedback geven/verwerken Inhoud De focus is op de regulatie van celdeling en differentiatie tijdens de ontwikkeling, met nadruk op de combinatie van deze processen in stamcel lineages. Hoe stamcellen worden behouden, prolifereren of differentiëren zijn zeer in de belangstelling staande fundamentele vragen, zowel in de ontwikkelingsbiologie als in de geneeskunde. In deze cursus diep je met moleculair-genetisch onderzoek de onderlinge relaties tussen deze processen uit. Je gebruikt daarvoor modelorganismen. Bij uitstek lenen zich hiervoor de rondworm Caenorhabditis elegans, de fruitvlieg Drosophila melanogaster en de zebravis Danio rerio. Werkvormen Hoorcolleges in het Engels ter ondersteuning van zelfstudie. De zelfstudie bestaat uit het bestuderen van primaire literatuur, individueel en als groep. Je geeft een presentatie van de primaire literatuur in het Engels ter oefening en als hulp in de verwerking en beoordeling van de geleerde stof. Practica en werkcolleges illustreren hoe modern genetisch en ontwikkelingsbiologisch onderzoek in zijn werk gaat. Aanwezigheid bij de artikelpresentaties, practica en werkcolleges zijn verplicht. Toetsing De beoordeling van de cursus bestaat uit drie delen die samen het eindcijfer bepalen: 1. het theoretische deel, twee tentamens in het Engels waarbij vragen worden

gesteld over de colleges, de werkcolleges, de practica en de artikelen die besproken zijn door de studenten (GEEN open boek tentamen). Elk tentamencijfer bepaalt voor 35% het eindcijfer.

2. het verplichte praktische deel, waarbij vragen uit de handleiding beantwoord moeten worden. De beoordeling telt voor 10% van het eindcijfer.

3. de literatuurstudie met presentaties in het Engels, 20% van het eindcijfer. Een minimumcijfer van 5 voor elk tentamen en andere onderdelen is vereist om te slagen. Herkansing van één van de twee hertentamens is mogelijk bij een totaalcijfer van 5,5 of lager en bij een gemiddeld tentamencijfer van minimaal een 4, of wanneer een tentamen is gemist door overmacht. Om de cursus positief af te sluiten moet de student aanwezig zijn geweest bij alle verplichte onderdelen. Bij missen van een verplicht onderdeel wordt een vervangende opdracht gegeven. Deze moet voor de tentamens worden ingeleverd, en is een inspanningsverplichting waaraan moet zijn voldaan om te mogen herkansen. Studiemateriaal ─ PDF files van de colleges en zelf geschreven college aantekeningen ─ practicumhandleiding in het Engels ─ primaire artikelen in het Engels ─ De cursus wordt niet gegeven aan de hand van een studieboek, maar een aantal

hoofdtukken uit “Principles of Development” van Lewis Wolpert et al. zijn nuttig als achtergrond informatie.

148

PLANT DEVELOPMENT AND ENVIRONMENT Plant development and environment Coördinator: prof.dr. R. Pierik (Ronald) Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten H.R. Kruytgebouw, kamer Z305, tel.: 030-253 6838 e-mail: r.pierik@uu.nl Docenten: Prof. dr. Ronald Pierik Dr. Kaisa Kajala Dr. Diederik Keuskamp Capaciteit: 40 Ingangseisen Plant Biology (niveau 1), Plant Physiology (niveau 2) Studiepad Plant Biology Leerdoelen In this course, plant development in the context of their environment is central. You will learn how plant development is regulated and how the incredible flexibility of their development is used by plants to adjust to their highly dynamic environment. You will learn to understand at several levels of organisation how signalling molecules, genes and physiology are interconnected to control developmental plasticity to survive threatening environmental conditions. This course will prepare you both practically and theoretically for scientific research in the domain of plant science. To this end, the scientific cycle of defining research questions and hypotheses, designing and performing experiments, analysing data and drawing conclusions, is a central aspect of the course. At the end of the course you should be able to: ─ Describe how plants develop and how development is regulated, ─ Describe the characteristics of different environmental stresses, ─ Describe mechanisms of developmental adjustments to environmental stress, ─ Explain variation between plants for developmental plasticity to stress. In other

words, understand why some species are able to adjust and others are not, ─ Explain how external stress stimuli are translated at a cellular level into an

adjustment of the plant developmental program, ─ Describe the most important functions of plant hormones in signal transduction in

plant developmental plasticity, ─ Evaluate primary articles and experimental data to draw conclusions. ─ Design, plan, perform and analyse scientific experiments. Vaardigheden ─ Analysing scientific literature, ─ Analysing a complex biological phenomenon using scientific literature, ─ Planning and time management, ─ Going through the cycle of scientific research, ─ Analysing, interpreting and discussing scientific data, ─ Formulating a research question, ─ Reporting plans and results orally and in writing.

149

Inhoudsbeschrijving Plants are continuously challenged by sometimes life-threatening changes in their environment. These can severely impact their development and even kill plants. Interestingly, plants can flexibly adjust their development to deal with these environmental changes. They can for example adjust root anatomy to resist drought, overall root architecture to forage for nutrients, and shoot architecture to escape from shade or submergence. In order to ascertain optimal development, plants have evolved a broad variety of mechanisms of developmental plasticity. In this course we discuss the following aspects: - How do plants control their development? - How do plants sense the important environmental factors light and water? - How does environmental signalling control plant development? You will be learning to combine knowledge from molecular genetics, physiology and ecophysiology to understand plant organismal development and the interaction with the environment. This course combines lectures, wet lab practicals, big data analysis, presentations and writing tasks. Werkvormen ─ Lectures, ─ Practicals ─ Computer data analysis ─ Writing assignments ─ Presentations Toetsing Active participation in practicals and presentation-associated assignments is mandatory. Your final grade will be composed of two exams, practicals and writing assignments. The minimal score for each component is 5.5. Studiemateriaal ─ Lab coat ─ Lab journal ─ Literature as provided to you during the course

150

THEMATIC INTERDISCIPLINARY CHALLENGE Coördinator: dr.ir. M.M. (Mariet) Hefting leerstoelgroep Ecologie en biodiversiteit H.R. Kruytgebouw, kamer N306 tel.: 030-253 7441, e-mail: m.m.hefting@uu.nl / tic@uu.nl Docenten: dr. ir. M.M. (Mariet) Hefting, dr. B. A. (Britta) Ricker, dr. L. M. (Laura)

Henderson, J.L. (Jessica) Dorsey, ing. M. C. (Michele) Gerbrands MA, M. (Monique) Kali, and J. (Judith) Van de Wetering

Entry requirements No specific required previous knowledge, but students need to be willing to work together in interdisciplinary teams and look across boundaries outside their comfort zone. Enrolment Please note! For this course deviant enrolment rules apply: A maximum of 60 students (20 per TIC) will follow the course together with 15 professionals. As a student, you are asked to tell us your story when you apply for the TIC course via our website. When applying, you can also indicate which TICs you prefer to explore and which TIC is your second choice. You can apply for the course before the 22nd of November 2020 (via our website). On the 24th of November 2020 you will be notified whether you can participate in this course. If you are not selected, you can register for another course until November 29, 2020. If you have been selected, you will automatically be registered for the course. Study path This interdisciplinary course is meant to broaden your horizon. Learning goals At the end of the course, the course participants should be able to: ─ Cross boundaries while planning and executing a thematic interdisciplinary

challenge. ─ Communicate about a thematic interdisciplinary challenge with fellow students,

professionals, stakeholders, and scientists. ─ Formulate a clear demarcation of an interdisciplinary challenge together with a

societal theme partner. ─ Connect science and society in a comprehensive and integrated problem analysis

of an interdisciplinary challenge. ─ Develop a suitable and innovative end-product and implementation plan for a

societal theme partner. ─ Review the content and feasibility of the end-product and implementation plan. ─ Review their own strengths and weaknesses with regard to interdisciplinary and

cross-level collaboration, and their ability to connect science and society. ─ Review what one brings to the group in relation to others, and one’s personal and

professional growth. Content description Today’s world faces a lot of complex societal problems. These problems demand the input of multiple academic disciplines. Therefore, in the TIC course, students and professionals will be challenged and trained to become interdisciplinary and innovative problem solvers that contribute to solutions for real-world and complex societal problems.

151

Starting February 2021 the Thematic Interdisciplinary Challenge (TIC) is a university-broad course for year-3 Bachelor students, Master students and professionals from different disciplines. The course will promote interdisciplinary and cross-level collaboration while solving real-world challenges within the strategic themes of Utrecht University. Students and professionals will be asked to choose one Thematic Interdisciplinary Challenge they would like to explore: Drowning Deltas, Green Teens or Contesting Governance. More information about these TICs can be found on our website: https://tic-to-tic.sites.uu.nl/ The course will offer a mix of expert sessions, workshops and discussions. In interdisciplinary groups of 4-5 students and professionals, you will learn to apply theoretical knowledge in order to solve real-world challenges. One line of workshops will guide you through different stages from defining to solving the problem. Students and professionals from various fields will work together with scientists and policymakers towards a suitable end-product that contributes to an innovative solution of the jointly defined problem. The solution could be a prototype, a video, a symposium, a policy document, etc. Another line of workshops will be directed towards (inter)personal and professional development. The course format creates a space to discover yourself and use your curiosity, enthusiasm, and creativity to come up with innovative ideas that contribute to the needs of today’s society. Educational forms The course consists of, among other things, debates, group work, workshops, lectures, presentations, projects, problem based learning and a symposium. Grading No written exam. The final grade is the result of active participation (pass or fail), the solution proposal and implementation plan (30%; minimal grade 5.5), assignment (30%; minimal grade 5.5) and reflection essay (40%; minimal grade 5.5). Study material Peer-reviewed articles, book chapters, and popular scientific articles, which will be distributed at the start of the course.

152

TOXICOLOGIE Werkingsmechanismen en effecten van stoffen op mens en dier Toxicology Coördinator: Dr. Marianne Bol-Schoenmakers, Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS), tel.: 030-253 5397 e-mail: m.bol-schoenmakers@uu.nl Capaciteit: 75 Ingangseisen De cursussen Biologie van dieren, Moleculaire biologie en de Cel of vergelijkbare kennis en bij voorkeur één van de volgende twee cursussen: Metabolisme of Dierfysiologie of vergelijkbare kennis m.b.t. cellulaire processen (bv. signaaltransductie en gen transcriptie), organen (lever, nier) en (neuro-, immuun- en endocriene) orgaansystemen. Studiepad Deze cursus is een kerncursus van het studiepad Toxicologie en aanbevolen voor het studiepad Ecologie & Natuurbeheer en Molecular Life Sciences, daarnaast als basiscursus een belangrijk onderdeel van de voorbereiding op het masterprogramma Toxicology and Environmental Health. Leerdoelen Na het volgen van de cursus kan de student: ─ verschillende principes uit de toxicologie, zoals werkingsmechanisme en dosis-

effect relaties, gebruiken en deze in de praktijk toepassen; ─ orgaan-specifieke toxische effecten beschrijven en verklaren door toepassen van

reeds aanwezige kennis van moleculaire en cellulaire processen; ─ de meest voorkomende humane intoxicaties herkennen en deze vanuit een

mechanistisch oogpunt begrijpen;

Vaardigheden Na afloop van de cursus is de student in staat om: ─ een initiële risicoschatting te maken van een toxische stof aan de hand van

bestaande literatuur; ─ de wetenschappelijke onzekerheden ten aanzien van risicoschatting te

communiceren naar een breder publiek; ─ bij een dilemma zowel argumenten voor als tegen elk van de verschillende

keuzemogelijkheden te formuleren en tot een eigen standpunt te komen; ─ op grond van theoretische kennis en literatuuronderzoek een projectvoorstel te

formuleren en te presenteren; ─ een experimentele opzet te ontwerpen waarmee een specifieke onderzoeksvraag

beantwoord kan worden, rekening houdend met het 3V (verfijning, vermindering, vervanging) concept voor proefdier gebruik.

─ eerlijke en constructieve feedback te geven op (het werk van) een ander. Inhoud Wij komen dagelijks in contact met potentieel giftige stoffen, variërend van humane geneesmiddelen tot milieuvervuilende stoffen of giftige planten. Het toxische effect van een stof wordt niet alleen bepaald door de stof zelf, maar ook door de eigenschappen van het blootgestelde individu. Naast dosering en route van blootstelling spelen ook individuele eigenschappen zoals leeftijd, geslacht en voedingsstatus een rol. Centraal in de toxicologie staat het werkingsmechanisme van

153

een potentieel toxische stof. Alleen als dit bekend is kan een reële inschatting gemaakt worden van een mogelijk risico na blootstelling aan de stof, en kan dit risico naar het grote publiek gecommuniceerd worden. In de media komen regelmatig berichten over mogelijke humane risico’s van toxische stoffen, zoals bijvoorbeeld de rubber granulaat korrels in kunstgrasvelden, fipronil besmetting van eieren of bij grote branden zoals bij Moerdijk in 2011, waarbij de mening van een toxicoloog wordt gevraagd. Cursus opzet: Aan de hand van hoorcolleges en kennisclips worden de toxicologische basisprincipes uitgelegd en een aantal toxicologisch belangrijke orgaansystemen en veel voorkomende klassen van toxinen behandeld. In de werkcolleges staat de toepassing van de toxicologie voor mens en milieu centraal. Er zullen uiteenlopende onderwerpen worden behandeld aan de hand van maatschappelijk relevante case studies, waarbij de studenten hun biomedische kennis zullen toepassen om maatschappelijke vraagstukken te beantwoorden. Daarnaast gaat de student gedurende de cursus in groepjes van 3-4 studenten onder begeleiding van een docent ter verdieping van zijn/haar kennis een onderzoeksvoorstel schrijven over een moleculair-toxicologisch onderwerp. Let op: deze cursus kan in het Engels worden gedoceerd. Toetsing Tentamen (60%): De beoordeling vindt plaats aan de hand van één schriftelijk (gesloten boek) tentamen met open vragen, dat met minimaal een 5,5 moet zijn beoordeeld. Werkcollege case study (bonus): Er is één werkcollege met een case study die individueel beoordeeld zal worden, en een bonus van maximaal 0,5 punt voor het tentamen kan opleveren, maar alleen wanneer dit met een 5,5 of hoger is afgesloten. Onderzoeksvoorstel (40%): Het projectvoorstel en de bijbehorende presentaties worden beoordeeld aan de hand van rubrics. Daarnaast wordt de samenwerking in de groepsopdracht beoordeeld aan de hand van een evaluatie/reflectie document. Het evaluatie/reflectie formulier wordt ook gebruikt voor het vaststellen van de minimale inspanningsverplichting (80%), die geldt voor het groepswerk. Benodigdheden ─ Boek: Casarett & Doull’s Essentials of toxicology, 3th edition, edited by Klaassen

and Watkins, ISBN 9780071847087 OF Casarett and Doull’s Toxicology, The Basic Science of Poisons, 8th edition, C.D. Klaassen, McGraw-Hill Education, (ISBN 0071769234, digitaal beschikbaar via UU bibiliotheek).

─ Hand-outs van de colleges, kennisclips en aanvullend materialen zullen voorafgaand aan elk college digitaal beschikbaar worden gesteld via Blackboard (uu.blackboard.com).

154

WETENSCHAPPER IN ADVIES Consultancy in Life Sciences Coördinator: mw.dr. Pauline Krijgsheld Leerstoelgroep Microbiologie H.R. Kruytgebouw Kamer W408, tel.: 030-253 3041 e-mail: P.Krijgsheld@uu.nl Docenten: drs. Jasper van Winden, Erik Janse, Msc, Matthijs Roobeek, Msc, mw.dr.

Pauline Krijgsheld Capaciteit: 48 (Wetenschapper in Advies en Nature based design samen) Ingangseisen De cursus staat behalve voor studenten Biologie ook open voor studenten van andere bèta-bacheloropleidingen. Studenten die reeds Natuurgebaseerd ontwerpen of (voorheen Emulating nature) hebben gevolgd, zijn uitgesloten van deelname. Studiepad Wetenschapper in advies sluit vooral aan bij het studiepad Toxicologie en de Educatie/communicatie richting. Cursusdoelen Studenten kunnen aanhet eind van deze cursus: ─ een gegeven probleemstelling in haar context analyseren. ─ een plan van aanpak opstellen voor een adviestraject in opdracht. ─ een bureaustudie uitvoeren in teamverband waarbij ook niet-academische

bronnen geraadpleegd worden. ─ hun onderzoeksresultaten vertalen naar een gegeven context en hieruit een

advies formuleren. ─ hun advies doelgroepgericht communiceren aan hun opdrachtgever. ─ samenwerken in een team met een duidelijke onderlinge rolverdeling. ─ zelfstandig bepalen welke vaardigheden zij verder willen ontwikkelen en hiervoor

een leertraject ontwerpen en uitvoeren. ─ aangeven en reflecteren met betrekking tot het samenwerken, werken met een

opdrachtgever en het komen tot een gezamenlijk advies/innovatie rapport (evt. met duurzaamheid / leren van de natuur als uitgangspunt).

─ de kern (keymessage) van de probleemstelling, aanpak en advies in een pitch weergeven voor een breed publiek.

NB: Samenwerking maakt dus een expliciet onderdeel uit van de cursus daar word je ook op beoordeeld. Vaardigheden: ─ Communiceren ─ Zelfstandig bestuderen van leerstof, ─ Analyseren en gebruiken van primaire literatuur, ─ Planning, ─ Kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ Samenwerken met stakeholders ─ Interviewen van experts ─ Schriftelijk rapportage van een advies/innovatie ─ Mondelinge rapportage en verdediging van het advies ─ Zelfreflectie.

155

Inhoud Onze (kennis)maatschappij heeft op allerlei terreinen steeds meer behoefte aan mensen die een goed wetenschappelijk onderbouwd advies kunnen geven. In de cursus ´Wetenschapper in advies´ maak je kennis met deze adviespraktijk en ga je een adviesrapport schrijven voor een echte opdrachtgever. Je leert hoe de vraag van een opdrachtgever wordt vertaald naar onderzoek en hoe dat onderzoek uitmondt in een wetenschappelijk onderbouwd advies. Je analyseert samen met andere studenten het probleem of de vraag die de opdrachtgever heeft voorgelegd en vertaalt deze naar een probleemstelling. Je ontwikkelt samen met je groepsgenoten een projectplan en kiest onderzoeksmethoden. Na het onderzoek (vaak literatuuronderzoek in combinatie met interviews van betrokkenen) presenteer je het eindresultaat aan de opdrachtgever. Het gaat om een integraal adviesrapport met aanbevelingen. De cursus is gericht op leren door ervaren. Naast het groepswerk zijn er workshops gericht op het ontwikkelen van vaardigheden die je nodig hebt voor het doen van adviesgericht onderzoek. Tijdens het groepswerk word je begeleid door een projectbegeleider. Je onderhoudt contact met je opdrachtgever en consulteert inhoudelijke experts binnen en/of buiten de universiteit. Ook probeer je de meerwaarde van je advies inzichtelijk te maken. Opbouw en werkvormen De cursus zal grotendeels samen worden gegeven met de cursus Natuurgebaseerd ontwerpen (B-B3EMNA16). In de cursus staat een echte projectopdracht voor een echte opdrachtgever centraal. Daarnaast worden keuzeworkshops aangeboden die je helpen om de projectopdracht tot een goed einde te brengen. Aanwezigheid bij deze workshops is verplicht, net als de online voorbereiding voor deze workshops is verplicht.We leggen tijdens de workshops zoveel mogelijk de relatie met de projectopdracht waaraan tijdens de cursus gewerkt wordt. Andersom wordt bij het uitwerken van de projectopdracht niet alleen praktisch gewerkt, maar ook teruggekeken naar de theorie. Het Persoonlijk Ontwikkelplan bevat een plan met leerdoelen die je tijdens de curus wilt ontwikkelen, maar ook een zelfreflectie op het proces van het behalen (of de inspanning) om deze leerdoelen te halen. Ook reflecteer je op het samenwerken, en het proces van het komen tot een adviesrapport en welke methoden of eigenschappen daarvoor belangrijk zijn. De cursus is theoretisch. De werkvormen zijn colleges, werkcolleges/workshops afgewisseld met in groepsverband en zelfstandig werken aan de eindopdracht. Beoordeling Het eindcijfer wordt voor 75% bepaald door groepsopdrachten. Je krijgt een individuele score voor deze groepsopdrachten die gebaseerd is op vier onderlinge beoordelingen gedurende de cursus. Hiernaast worden ook individuele opdrachten beoordeeld (25%). Alle onderdelen moeten minimaal een 5 scoren of afgesloten worden met een pass om het vak succesvol af te ronden. Opdracht Individueel/groep Weging Persoonlijk OntwikkelPlan Individueel 20%

Plan van aanpak Projectgroep 15%

Managementsamenvatting Individueel 5% Adviesrapport Projectgroep 50% Eindpresentatie Projectgroep 10% Onderlinge beoordelingen (vier maal) Individueel % over het cijfer van de projectgroep* *De cursusleiding gebruikt de onderlinge beoordelingen als richtlijn en hoeft deze niet één op één over te nemen.

156

WILDLIFE CONSERVATION Wildlife Conservation Coordinator: mw.dr. Iris de Winter Faculty of Science, Biology H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8 Room O302, tel.: 030–253 0000 e-mail: i.i.dewinter@uu.nl Lecturers: mw.dr. Iris de Winter (Animal ecology), guest lecturers Max. number of students: 60 Admission requirements The prerequisite courses for Wildlife Conservation are ‘Voortgezette statistiek en R’ (niveau 2) and either ‘Natuurbeheer, duurzaamheid en plantendiversiteit’ (niveau 2) or ‘Gedragsbiologie’ (niveau 2). Study Path The course is part of 2 study paths: Ecologie en Natuurbeheer and Gedragsbiologie. Content Conserving wildlife and preventing the mass extinction of species are huge global challenges that stem from the impact of humanity on the earth system. The world is experiencing a conservation crisis: animals face threats to their existence through habitat destruction, over-exploitation of natural resources, pollution, hunting, infectious disease outbreaks, invasive species, and global climate change. The protection of wildlife species and conservation and restoration of their natural habitats has never been more important. This course addresses the nature, causes, and consequences of the global loss of habitat, wildlife species, populations, and genes, alongside the concept of species adaptation to a changing environment. The course takes a biological approach and provides comprehensive training in the natural science and social aspects of wildlife conservation and restoration. Essential wildlife survey techniques and approaches are addressed that are used in research and monitoring programs in field situations. By investigating the role of various stakeholders on local, national, and global level, the course elaborates on the wider social and legal context in which conservation and restoration operates and how to deal with contention between different interests in future wildlife conservation planning. The course addresses a wide range of wildlife conservation issues, including: ─ Ecosystem functioning, ecology, population genetics, behaviour, and health ─ Mass extinctions, ecosystem resilience, and species adaptations ─ Human-wildlife interactions, including disease transmissions ─ Hunting, overexploitation, and wildlife trade ─ Nature conservation and restoration, rewilding nature, environmental economics,

and wildlife management ─ Conservation survey techniques in the field (e.g., species monitoring, analysing

data from camera traps, evaluating habitat restoration success, rehabilitation, species reintroduction and relocation, and ex-situ breeding)

─ Career options in wildlife conservation and restoration Learning outcomes The course provides a fundamental understanding, new skills, and concepts of the ecological structure and functioning of wildlife communities, biodiversity

157

conservation, habitat restoration, wildlife reintroduction, and managing human-wildlife conflicts. In this course, students will expand their perspectives on a range of natural and social aspects of wildlife conservation and deepen their knowledge of local and global issues in conservation. The multidisciplinary approach of the course leads to an understanding of different perspectives on wildlife conservation issues. Students also get experience in expanding their professional network with conservation organisations and scientists within the Netherlands and further afield. After successful completion of the course students are expected to be able to: ─ understand species distribution and adaptation to anthropogenic pressures. ─ comprehend the major physiological and behavioural adaptations of individual

animals in changed habitats and ecological systems. ─ explain causes of mass extinctions and their influence on ecosystem functioning. ─ describe different strategies aimed at prioritising areas and species for

conservation, restoration, and effective management. ─ explain the relevance of different research techniques in managing wildlife

populations and develop some practical skills to study wildlife. ─ design research or monitoring programs to evaluate conservation or restoration

success ─ critically discuss and evaluate the conservation and management of wildlife

species and understand the conflicting demands of different stakeholders. Skills to be developed After the course, students can outline and interpret the theoretical framework underlying wildlife conservation and are able to discuss conservation and restoration issues on an academic level. Students gain experience in conservation in practice, including natural conservation management, using species distribution models, and applying wildlife survey techniques. Students get experience in organising field excursions, developing a considered view on varied ethical dilemmas, and applying for a conservation award. Students know how to access and use scientific literature, can apply basic ecological and behavioural knowledge, and are able to consider the societal context in analysing human-wildlife conflicts. Teaching formats The course integrates theoretical and practical based learning by using a variety of teaching methods. Interactive lectures, guest lectures by experts in their field, and tutorials are complemented with practical assignments that relate theoretical knowledge to real-life cases. Students will experience wildlife conservation in practice by organising excursions to nature conservation areas in the surroundings of the university. They also visit an area in the Netherlands that focusses on rewilding and natural processes. Furthermore, they visit a zoological park where animals are free-roaming to consider the role of zoos in education and wildlife conservation. They also write a grant proposal, develop a successful conservation project, and take part in interactive, in-depth panel discussions between multiple stakeholders within real-life conservation issues. Grading The theoretical components of the course will be tested in a mid-term exam to assess the students’ theoretical comprehension of the material covered. The practical part will be graded based upon participation, a group report, and presentation. Exam based on lectures (50%), fieldtrips with associated assignments (25%), and a case study (25%).

158

Periode 4, niveau 1 cursussen ECOLOGIE en EXPERIMENT Ecology and Experiment Coördinator: mw.dr.ir. M.M. Hefting leerstoelgroep Ecologie en biodiversiteit H.R. Kruytgebouw, kamer N306 tel.: 030-253 7441, e-mail: m.m.hefting@uu.nl Docenten: mw.dr.ir. M.M. Hefting, m.m.hefting@uu.nl, dr. R. de Jonge, r.dejonge@uu.nl J.B. van Vulpen MSc, J.B.vanVulpen@uu.nl Ingangseisen De cursus Ecologie en Experiment bouwt voort op de kennis die is opgedaan in de cursus Planten en micro-organismen en kwantitatieve biologie. Verder is voorkennis uit de cursussen Moleculaire biologie en Biologie van dieren een pré. Studiepad De cursus is een voorbereiding op de studiepaden Ecologie en Natuurbeheer, Plantenbiologie, Evolutie en Biodiversiteit, Theoretische Biologie en Bioinformatica en Biogeïnspireerde technologie. Het experiment of project gedeelte bereidt voor op alle niveau 2 en 3 cursussen waarbij experimentele cyclus wordt doorlopen. Leerdoelen In deze cursus bestudeer je biologische processen op de hogere integratieniveaus (populatie, levensgemeenschap en ecosysteem). Het centrale thema hierbij is het effect van verstoring op ecosystemen. We kijken specifiek naar de verstoringseffecten door klimaatverandering, en direct menselijk ingrijpen in ecosystemen zoals vermesting en fragmentatie. Bij het experiment dat onderdeel uitmaakt van deze cursus leer doorloop je zelf de gehele experimenteer cyclus. Na afloop van de cursus kun je: ─ de centrale concepten uit de ecologie en populatiedynamica hanteren, ─ simpele prooi-predatie interacties formuleren, analyseren en vertalen naar de

praktijk van het natuurbeheer, ─ de verworven kennis van ecologische concepten en theorieën gebruiken bij de

bestudering van wat complexere problemen binnen de ecologie ─ een experimenteer cyclus doorlopen (vraag definiëren, hypothese formuleren,

experiment ontwerpen, experiment uitvoeren, data analyseren, discussiëren & concluderen)

Vaardigheden ─ hypothesen en onderzoeksvragen formuleren, ─ het ontwerpen van een (uitvoerbaar) experiment ─ eenvoudige meetmethodieken uitvoeren en data analyseren om een

(ecologisch/biologisch) probleem te bestuderen, ─ bijhouden van een labjournaal ─ gegevens verwerken en statistisch analyseren. ─ informatie halen uit aangereikte achtergrondliteratuur. ─ samenwerken in kleine groepen met nadruk op informatieoverdracht, informatie

verwerking, kritische vragen leren stellen en doelen formuleren, delen halen en evaluatie van het samenwerkingsproces.

─ mondeling presenteren van informatie door middel van een korte pitch ─ feedback geven en ontvangen

159

─ wetenschappelijk rapport schrijven met een duidelijke structuur en met helder en correct taalgebruik.

─ creativiteit en probleemoplossend vermogen Inhoud en onderwijsvormen De cursus Ecologie en Experiment bestaat uit twee delen. De eerste 7 weken van de cursus bestaat uit een ecologie module waarin je kennis maakt met de belangrijkste theorieën en principes van de ecologie. Deze ecologische module bestaat uit hoorcolleges, werkcolleges en praktische opdrachten. Het tweede deel van de cursus bestaat uit 3 weken experimenteren waarbij je met een projectgroep een eigen onderzoek ontwerpt en uitvoert. Dit onderzoek gaat over een biologisch relevant onderwerp en zal uitgevoerd worden bij de verschillende onderzoeksgroepen van het departement biologie. Aan het eind van de cursus presenteer je met je projectgroep de bevindingen door middel van een opgenomen pitch. Je geeft vervolgens feedback op elkaars presentaties via pitch2peer en schrijft een wetenschappelijk verslag. In het ecologie deel komen de volgende onderwerpen aan de orde: ─ de structuur en dynamiek van ecosystemen in de tijd ─ terugkoppelingen en alternatieve evenwichten ─ de rol van decompositieprocessen ─ energiestromen en nutriëntenkringlopen in ecosystemen ─ dispersie en fragmentatie ─ allocatie strategieën ─ biodiversiteit en invasieve soorten ─ intra- en interspecifieke concurrentie ─ predator-prooi relaties ─ landschapsecologie & metapopulaties Het praktische deel van de ecologische module bestaat uit: ─ een fietsexcursie met opdrachten rondom Utrecht en op de Uithof langs

verschillende landschapstypen en ecosystemen ─ Een spel waarbij je in een projectgroep een probleem uit het Nederlands

natuurbeheer probeert op te lossen.

Het sluitstuk van de cursus is het experiment of het project. Hierbij doorloop je de gehele onderzoekscyclus (vraag definiëren, hypothese formuleren, experiment ontwerpen, experiment uitvoeren, data analyseren, discussiëren & concluderen, presenteren en verslaglegging)

Toetsing Het ecologische deel van de cursus wordt getoetst met een schriftelijke tentamen. De inhoud hiervan gaat over de behandelde stof uit het verplichte boek “Elements of Ecology” van Smith & Smith, 9e editie, de leerstof aangeboden via Blackboard, de cursushandleiding en de tijdens de colleges, werkcolleges en het veldwerk behandelde stof. Het eindcijfer van de cursus wordt bepaald door: Schriftelijk tentamen (50%), opdrachten veldwerk (10%), simulatiespel (10%) beoordeling van het experiment (30%). Studiemateriaal ─ Elements of Ecology van Smiths and Smiths, 9e editie. ─ Werkboek en rekenmachine, liniaal, en schrijfbenodigdheden ─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco,

2020, met toegangscode Mastering Biology (ISBN 9781292343150), ─ The Analysis of Biological data van M.C.Whitlock & D. Schluter, 3rd edition. ─ Cursushandleiding

160

GENOMICA Genomica Coördinator: dr. Lena Will Onderzoeksgroep Onderzoeksgroep Cell Biology, Neurobiology and Biophysics H.R. Kruytgebouw Kamer N505, e-mail: l.m.will@uu.nl Docenten: dr. B.E. (Bas) Dutilh, dr. M. (Martijn) van Zanten, dr. L.M. (Lena) Will

Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus bouwt voort op de kennis van ‘R’ die je in Kwantitatieve Biologie hebt opgedaan en op de kennis van Moleculaire Biologie. Studiepad In deze cursus doe je kennis en vaardigheden op de gebieden van genetica, genoombiologie en bioinformatica op, die de basis vormen voor veel vakken van niveau 2 en 3. Leerdoelen In het eerste deel van de cursus krijg je inzicht in de principes en concepten van klassieke- en systeemgenetica, genetische technieken, genotype-fenotype interacties en hoe genen geidentificeerd en onderzocht kunnen worden. In het tweede deel leer je basisconcepten en vaardigheden van bioinformatica kennen en toepassen. In het bijzonder leer je: ─ Het verschil tussen virale, bacteriële/archaeale, en eukaryote genomen uitleggen, ─ De principes van homologe recombinatie tijdens de meiose, en genetische

diversiteit die hierdoor ontstaat begrijpen, ─ De definities van genetische termen en genoombiologie exact te beschrijven, ─ De relatie tussen genotype en fenotype beschrijven a.d.h.v. termen als mutatie,

linkage, incomplete penetrantie, X-inactivatie, transposons, redundancy, polygeniteit en dergelijke,

─ Beschrijven en verklaren hoe genetische en genoomtechnieken worden gebruikt in onderzoek en toepassing (in bijv. de kliniek en in veredeling),

─ Moleculair genetische, kwantitatief genetische en recombinante DNA technieken kunnen uitleggen, toepassen en doorgronden,

─ Kennis over genetische aandoeningen en ziekte-veroorzakende virussen en bacteriën opdoen,

─ De voor- en nadelen benoemen van in vitro en in vivo modelsystemen, ─ De achtergrond van het Human Genome Project begrijpen, ─ De complexiteit van genomisch DNA m.b.t. opvouwen en de functies van

coderende en niet-coderende sequentie kunnen uitleggen, ─ Verklaren hoe mutaties (b.v. SNP’s, inserties en duplicaties), de evolutie van

genomen beïnvloeden en de complexiteit in evolutie van soorten verhogen. ─ Biologische databases op het internet vinden en op waarde schatten, ─ Scripten in R en je ervaring met R uitbreiden, ─ Hierarchische data clustering uitvoeren (handmatig en in R) en de resultaten

interpreteren, ─ Eenvoudige sequentie alignments maken met dynamic programming en deze

interpreteren, ─ Verschillen in evolutie van DNA- en eiwitsequenties bespreken en toepassen, ─ De sterke en zwakke punten van het BLAST algoritme uitleggen, ─ Handmatig eenvoudige fylogenetische bomen maken,

161

─ Onderdelen van het model of evolution noemen waarmee maximum likelihood fylogenieën worden gemaakt,

─ Verwantschap in fylogenetische bomen interpreteren: homologie, orthologie, paralogie

─ Verschillen tussen genbomen en soortsbomen herkennen en verklaren: horizontal gene transfer, gene loss.

Vaardigheden ─ Wetenschappelijke informatie zoeken, lezen, selecteren, evalueren en verwerken. ─ Het systematisch benaderen van problemen en kritisch, creatief en

probleemoplossend denken en werken. ─ Aanleren van ‘systeemdenken’ in het algemeen en systeem-overstijgend denken

met betrekking tot gezondheid en ziekte in het bijzonder ─ Beknopt, wetenschappelijk en popular wetenschappelijk schrijven. ─ Samenwerken in een team en onder tijdsdruk tot een product komen. ─ De computer gebruiken om biologische vragen te beantwoorden; Bioinformatische

tools toepassen. ─ Presenteren over een biologisch onderwerp, inclusief ethische en maatschappelijke

relevantie en consequenties. ─ Werk van anderen toetsen aan de hand van de door de docent gegeven criteria en

de feedback gebruiken om zichzelf te verbeteren. ─ Een symposium organiseren. Inhoud Modern genetisch onderzoek genereert steeds meer en steeds complexere data en is onlosmakelijk verbonden met bioinformatica. In deze cursus combineren we deze twee onderwerpen. Belangrijk einddoel is dat je in staat bent om complexe genetische en biologische systemen te doorgronden, toepassen en leert analyseren. De cursus begint met het verkrijgen van kennis en inzicht in de algemene principes van klassieke en moleculaire genetica. Er zullen begrippen als epistase, redundantie en polygeniteit aan de orde komen en je krijgt inzicht in biotechnologische en andere toepassingen van genetica in bijvoorbeeld bijvoorbeeld (planten-)veredeling en genome-wide association studies (GWAS). Je leert deze technieken aan gezondheids- en ziekte-gerelateerde fenomenen te relateren en bestudeert hoe genetische processen in combinatie met de omgeving bepalen hoe een organisme zich ontwikkelt en gedraagt. Tenslotte zal ook aan het bod komen hoe genetische processen zoals gen duplicaties of inserties de evolutie van genomen kan beïnvloeden en de complexiteit (van de evolutie van soorten) kan verhogen. Om de diep gelaagde complexiteit van biologische systemen beter te kunnen begrijpen worden tegenwoordig vaak experimenten gedaan waarbij grootschalige data (big data) wordt gegenereerd. Denk aan genomen/genomics (alle erfelijke informatie van een soort of individu), of metagenomen/metagenomics (alle erfelijke informatie van een biotoop of ecosysteem), transcriptomen/ transcriptomics (alle transcripten in een cel of weefsel. In het tweede deel van deze cursus zal je kennismaken met de belangrijkste basisconcepten en vaardigheden uit de bioinformatica, waarbij de nadruk nu komt op sequentieanalyses. Verschillende typen ‘omics’ data zullen worden besproken, waarbij je evolutionaire basisprincipes leert gebruiken om specifieke voorspellingen te doen, bijvoorbeeld over de functie van een onbekend gen. Je leert hoe fundamentele algoritmen werken die gebruikt worden in de analyse van biologische datasets, zoals "models of evolution", sequentie alignment, homologie analyse, clustering, en fylogenie. Tot slot leer je ook hoe je data kunt analyseren met scripts in de programmeertaal R en met webtools.

162

Onderwijsvormen ─ De cursus is opgebouwd uit hoorcolleges, werkcolleges, computerpractica,

zelfstudie in teams en individueel, presentaties, maken van een factsheet en poster, peerfeedback en tentamens.

─ De hoorcolleges dienen voorbereid te worden tijdens toegewezen zelfstudietijd. ─ De cursus wordt afgerond met (poster) presentaties op een ouderdag op de UU. ─ Tijdens de gehele cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je alle

cursusinformatie en oefeningen.

Toetsing Er zijn 2 tentamens in de cursus, deze worden digitaal afgenomen; deeltentamen 1 (genetica deel) en deeltentamen 2 (Bioinformatica deel). Voor het eindcijfer tellen de volgende onderdelen mee (VOORLOPIGE weging in percentage voor eindcijfer): ─ Deeltentamen 1 (35%) ─ Deeltentamen 2 (45%) ─ Factsheets, posters, presentaties en ouderdag (20%) ─ De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als

eindcijfer. Voor elk van de twee deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen en het gemiddelde van de twee deeltentamens en factsheet, poster en presentatie samen moet minimaal 5,5 zijn.

─ Bij de computerpractica in het bioinformatica deel van de cursus dient een logboek te worden bijgehouden waarin je de opgaven uitwerkt. Dit logboek telt voor maximaal 10% mee in het cijfer van toets 2.

─ Bij een onvoldoende eindcijfer is het mogelijk om de deeltoetsen te herkansen mits het berekende eindcijfer niet lager is dan een afgeronde 4.0.

Studiemateriaal ─ Twee werkboeken en overzichtsartikelen. ─ Tijdens de gehele cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je naast

de werkboeken alle cursusinformatie, roosters, college-handouts, artikelen, werkcollegeopdrachten en oefeningen.

─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2020, met toegangscode Mastering Biology (ISBN 9781292343150),

163

Periode 4, niveau 2 cursussen DIERFYSIOLOGIE Animal physiology Coördinator: dr. B.K.A. Nelemans, b.k.a.nelemans@uu.nl Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer O511 Docenten: dr. B.K.A. Nelemans, b.k.a.nelemans@uu.nl, dr. Jan Bogerd, j.bogerd@uu.nl dr. Rüdiger W. Schulz, r.w.schulz@uu.nl Capaciteit: max 60 Ingangseisen Cursussen Biologie van dieren (B-B1DIER05), Evolutie & Biodiversiteit (B-B1EVBI13) en Moleculaire Biologie (B-B1MB05) of vergelijkbare kennis. Studiepad Deze cursus is een kerncursus in het studiepad Ontwikkelingsbiologie (OB) en Toxicologie en verder voor studenten in het studiepad Evolutiebiologie (EB). Leerdoelen Het doel van deze cursus is het functioneren (fysiologie) van het ademhalings-, circulatie-, spijsverterings- en excretiestelsel te begrijpen, en in dit functioneren ook begrip te krijgen van de onderlinge samenhang van de verschillende orgaansystemen. Na afloop van deze cursus: ─ begrijp je de functies van het ademhalings-, circulatie-, spijsverterings en

excretiestelsel en de fysiologische mechanismen hierachter. ─ begrijp je de regulatiemechanismen van deze orgaanstelsels en de rol die zij

spelen bij de homeostase van het interne milieu. ─ kun je vanuit evolutionair perspectief de vorm en functie van deze orgaanstelsels

aan elkaar relateren en deze vergelijken bij de verschillende diersoorten of diersoorten die in extreme leefomstandigheden leven.

─ begrijp je de onderlinge samenhang van het functioneren van deze orgaanstelsels en kun je de relatie tot elkaar en invloed op elkaar uitleggen.

Vaardigheden Je oefent in deze cursus de volgende vaardigheden: ─ relevante informatie verzamelen via boeken, artikelen en internet en analyseren. ─ mondeling en schriftelijk (in het Nederlands) presenteren ─ constructieve feedback geven op presentaties van medestudenten ─ in een groep samenwerken om een opdracht uit te werken en te presenteren ─ kritisch en probleemoplossend denken ─ systeem overschrijdend denken Inhoud De cursus dierfysiologie gaat over het functioneren van dierlijke organismen. Deze functie (fysiologie) is niet los te zien van de vorm (morfologie) van het dier. In deze cursus wordt ingegaan op de evolutionaire variatie in vorm en functie binnen het dierenrijk. Als leidraad wordt gebruik gemaakt van een humaan fysiologieboek (Human Physiology – An Integrated Approach 8th edition). Gedurende de cursus wordt nader toegelicht wat de overeenkomsten, maar ook verschillen zijn binnen de

164

rest van het dierenrijk. Extra aandacht wordt besteedt aan aanpassingen van diersoorten die in extreme omstandigheden leven. Binnen het ademhalingsstelsel wordt de ventilatie, gasuitwisseling, gastransport en de regulatie van de ademhaling verder uitgewerkt. Er wordt naar de elektrische activiteit van het hart gekeken, maar ook worden de mechanische eigenschappen van het hart als pomp nader beschouwd. Het presteren van het hart wordt nauw gereguleerd door het autonoom zenuwstelsel. Daarnaast komt de perifere doorbloeding in het vaatbed en de bloeddrukregulatie aan bod. Er wordt aandacht besteed aan de verschillende onderdelen van het spijsverteringsstelsel, de functie hiervan en de regulatie. Enzymatische vertering wordt vergeleken met fermentatie. Tenslotte wordt aandacht besteed aan het excretiestelsel, de nierfunctie en de rol van de nieren in de water- en elektrolytenbalans en de zuur-base-balans. De microscopische opbouw van de vier orgaansystemen (ademhaling, circulatie, spijsvertering, excretie) wordt in voorcolleges en gedigitaliseerde histologie-practica besproken. In de cursus is een kort intermezzo over spierfysiologie opgenomen, dit ter aanvulling van het functioneren van de hartspier en het glad spierweefsel aanwezig in het spijsverteringsstelsel en ademhalingsstelsel. Werkvormen Interactieve colleges, responsiecolleges, werkcolleges, computer ondersteund onderwijs, minisymposia. Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt pas vastgesteld, nadat aan alle verplichtingen is voldaan. Tijdens de cursus zijn 2 deeltentamens ingeroosterd. De gezamenlijke weegfactor van deze twee deeltentamens is 80%. Voor ieder deeltentamen moet het tentamencijfer minimaal 5,0 (onafgerond) zijn en tevens dient het gemiddelde van beide tentamencijfers minimaal een 5,5 (onafgerond) te zijn. Indien beide deeltentamens met een cijfer lager dan een 5,0 (onafgerond) zijn afgesloten, geldt niet het rekenkundig gemiddelde van de deelcijfers, maar wordt de eindbeoordeling ONV en kom je niet in aanmerking voor de aanvullende toets. Tijdens de cursus zijn 2 minisymposia ingeroosterd. Actieve deelname aan de minisymposia is verplicht en voor de minisymposia geldt dan ook een aanwezigheidsplicht. Voor beide minisymposia moet minimaal een 5,5 (onafgerond) worden behaald, om de cursus met een voldoende eindcijfer te kunnen afsluiten. Tijdens deze minisymposia wordt, aan de hand van een opdracht, literatuur mondeling en schriftelijk gepresenteerd. De docent beoordeelt deze presentatie en vermenigvuldigt het cijfer met het aantal groepsleden. De groepsleden verdelen de punten onder elkaar en communiceren dit naar de coördinator. De gezamenlijke weegfactor van deze twee minisymposia is 20%. Eventuele veranderingen in de definitieve berekening van het eindcijfer, zal bij aanvang van de cursus gecommuniceerd worden. Studiemateriaal ─ Human Physiology – An Integrated Approach 8th edition Silverthorn ISBN-10:

129225954X • ISBN-13: 9781292259543 ─ Hand-outs colleges (via Blackboard ter beschikking gesteld) ─ Overig aanvullend studiemateriaal (via Blackboard ter beschikking gesteld)

165

NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN PLANTENDIVERSITEIT Nature conservation, sustainability and plant diversity Coördinator: Rens Vaessen MSc Ecologie & Biodiversiteit, Departement Biologie e-mail: r.w.vaessen@uu.nl Docenten: prof. dr. R. (René) Boot, drs. E.J. (Eric) Gouda, dr. Y. (Yann) Hautier, drs.

J.G.M. (Hans) Persoon, dr. E.T. (Edwin) Pos., R.W. (Rens) Vaessen M.Sc., dr. R.W. (René) Verburg, dr. P.A. (Pita) Verweij, dr. N. (Natascha) Zwaal

Ingangseisen De cursussen ‘Biologie en ecologie van planten’ en ‘Ecologie’ (Ecologie en experiment) zijn verplicht. Studiepad De cursus is kerncursus van het studiepad Ecologie & Natuurbeheer. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursussen Biodiversiteit & landschap en International nature conservation. Leerdoelen en vaardigheden In deze cursus doe je kennis op over: ─ Plantendiversiteit, zich uitend in plantensoorten, familie-indelingen,

bloembestuiving en zaadverspreiding, in evolutionaire context; ─ Verschillende wetenschappelijke benaderingen betreffende de concepten

natuurbehoud en duurzaamheid; ─ Hoe je de concepten natuurbehoud en duurzaamheid in verband kan brengen met

toegepaste natuurbeschermingsmaatregelen op lokaal, nationaal en internationaal niveau;

─ De aard en de gevolgen van processen als habitatverlies, overexploitatie, fragmentatie, klimaatverandering, en introductie van exotische soorten;

Vaardigheden ─ Determineren van planten met behulp van de Heukel’s Flora ─ Kenmerkpatronen van plantensoorten, zowel levend als herbariummateriaal op

een botanische en wetenschappelijke manier beschrijven en interpreteren ─ Het interpreteren van deze kenmerkpatronen en het in verband brengen ervan

met taxonomische (familie) en functionele (co-evolutionaire) relaties en ecologische aanpassingen

─ Het in groepsverband werken ─ Schrijven van een populair wetenschappelijk stuk (wikipediapagina) ─ Het maken en presenteren van een wetenschappelijke poster

Inhoud Tijdens deze cursus zal aan de hand van het plantenrijk het begrip biodiversiteit, het verlies en de achteruitgang van soorten en de gevolgen hiervan nader worden toegelicht. Vervolgens wordt dit in verband gebracht met natuurbehoud en duurzaamheid.

166

De cursus omvat 4 hoofdonderdelen: ─ Tijdens colleges, practica en bezoeken aan de Botanische Tuinen maak je

kennis met (co-)evolutionaire relaties binnen het plantenrijk, de variatie binnen en de verschillen tussen belangrijke plantenfamilies, hun verspreiding op aarde, ecologische/ economische betekenis en bedreigingen.

─ Samen met verschillende docenten die actief zijn in zowel de wetenschap als de praktijk werk je tijdens workshops de concepten natuurbehoud en duurzaamheid in relatie tot biodiversiteit verder uit.

─ Tijdens de gehele cursus werk je aan de Groepsopdracht. In deze opdracht schrijf je een populair wetenschappelijke Wikipediapagina en maak en presenteer je wetenschappelijke poster.

Onderwijsvormen Hoorcolleges, practica, workshops, symposia, schrijf- en onderzoeksopdrachten en praktijk-georiënteerde bezoeken aan de Botanische Tuinen. Beoordeling ─ In de laatste weken van de cursus vinden twee schriftelijke toetsen over de stof

plaats. Eén toets beslaat het plantengedeelte (determineren, herkennen en beschrijven, evenals kunnen plaatsen in ecologische en culturele context) welke voor 40% van het totaal meetelt. De andere toets beslaat het natuurbeschermingsgedeelte (gastcolleges), welke 30% van het totaal meetelt.

─ De groepsopdracht telt totaal voor 30% mee; die volledig wordt bepaald door de poster en bijbehorende presentatie. De wikipediapagina is een pass/fail. Als de wikipediapagina een ‘fail’ is is de groepsopdracht automatisch onvoldoende afgerond.

─ Voor alle onderdelen moet een voldoende (5,5) worden gehaald om te slagen voor de cursus.

Benodigdheden ─ Loep (doublet of triplet, minstens 10x vergroting, géén vergrootglas)

prepareerset, en tekenmateriaal (blanco A4tjes, potlood, gum) voor de plantenpractica.

─ De reader van de cursus. De achtergrond literatuur die in de reader wordt aangeboden is tentamenstof.

─ De reader ‘Mondeling en schriftelijk rapporteren tijdens de studie biologie’ versie 2007 (ook verkrijgbaar via de Blackboard-pagina van de cursus).

─ Tijdens de cursus krijgt de student aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal uitgedeeld of via Blackboard.

─ Een laptop wordt aangeraden voor gebruik tijdens practica en workshops. ─ Verplicht: Leni Duistermaat -Heukels’ Flora van Nederland- (ISBN

9789001589561), Noordhoff, ±€ 55.

167

NEUROBIOLOGIE Neuroscience Coördinator: dr. Corette J. Wierenga Onderzoeksgroep Moleculiare Celbiologie H.R. Kruytgebouw, kamer N511 tel. 253 2659 e-mail: c.j.wierenga@uu.nl Docenten: dr. Corette J. Wierenga, c.j.wierenga@uu.nl dr. Ron Habets, r.l.p.habets@uu.nl dr. Esther de Graaff, e.degraaff@uu.nl dr. Harold MacGillavry, h.d.macgillavry@uu.nl dr. Lena Will, L.M.Will@uu.nl dr. Maartje Veeneman, m.m.j.veeneman-rijkens@umcutrecht.nl Ingangseisen Basiskennis Neurobiologie uit of vergelijkbaar met jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie of MLS (Biologie van dieren of Functionele biologie). Studiepad Deze cursus vormt een onderdeel van de studiepaden Neurobiologie en Toxicologie. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursussen ‘Moleculaire en cellulaire (Neuro)biologie’,’Neuronale Aandoeningen’ en ‘Cognitie en gedrag’. Alleen of samen met de vervolgcursus is de cursus een goede basis voor de masterprogramma’s ‘Neuroscience and Cognition’, ‘Molecular and Cellular Life Sciences’ en de track Behavioural Ecology’ van ‘Environmental Biology’. Vanwege grote overlap met de BMW-cursus Neurowetenschappen is het niet toegestaan om beide cursussen te volgen. Leerdoelen De cursus geeft je: ─ een overzicht van wat neurobiologie inhoudt, ─ kennis van het selecteren en verwerken van neurobiologische literatuur, ─ een idee van de functionele structuur van het dierlijke en menselijke brein, ─ inzicht in de manier waarop informatie in het menselijke en dierlijke brein

opgeslagen en verwerkt wordt, ─ een idee van wat er fout gaat in bepaalde hersenziektes, ─ een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige

neurobiologische onderzoek. Vaardigheden ─ selecteren en verwerken van literatuur, ─ essay schrijven, ─ samenwerken ─ doorgronden van complexe systemen, ─ systematische benadering problemen.

168

Inhoud De hersenen van hogere vertebraten zijn de meest complexe systemen die we kennen, en de pogingen om die te begrijpen worden wel gezien als de grootste uitdaging van de moderne wetenschap. Deze cursus heeft als doel je een basiskennis bij te brengen van de moderne neurowetenschappen in al zijn facetten. Deze basiskennis is onontbeerlijk voor fundamenteel onderzoek aan het brein, het bestuderen van gedrag van mensen en dieren en voor onderzoek naar ziektes van het zenuwstelsel. Tijdens de cursus gaan we in op de functionele en neuro-anatomische aspecten van de hersenen en de neurofysiologische basis van perceptie, cognitie en motorische sturing. Je besteedt aandacht aan algemene neurobiologische principes die zowel bij de mens als bij (andere) dieren terug zijn te vinden. Daarnaast verdiep je je ook in specifieke eigenschappen (en soms ziektes) van het menselijk brein. Veel van de structuren en processen zoals ionkanalen, actiepotentialen, neurotransmitters, synapsen, etc., komen in het gehele dierenrijk voor. Ze vormen de bouwstenen voor de veel complexere processen zoals cognitie en bewustzijn in hogere vertebraten. Aan de hand van het boek 'Neuroscience' van Purves (6de editie) bestudeer je de volgende hoofdthema's: ─ basale fysiologie van elektrische signalen in neuronen, ─ communicatie tussen neuronen, ─ leren en geheugen, ─ ontwikkeling van het zenuwstelsel, ─ perceptuele systemen: zien, horen, ruiken, ─ motorsystemen: motor cortex, basale ganglia, cerebellum, ─ hogere cognitieve functies: taal, slaap, emoties, sexuele verschillen. Werkvormen Een groot deel van de stof van de cursus zal worden gepresenteerd in de vorm van hoorcolleges en zelfstudieopdrachten. Daarnaast is er een computerpracticum over elektrische signalen in zenuwcellen. Daarnaast schrijven jullie zelfstandig in groepjes van 2 (maximaal 3) een krantenartikel (~3 pagina’s) over een zelf te kiezen neurobiologisch onderwerp. Toetsing Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit de deelcijfers die je krijgt voor: ─ deeltentamen 1: 45%, ─ deeltentamen 2: 40%, ─ artikel: 10%, ─ BB toetsen: 5% Voor elk van de deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen. Studiemateriaal Purves D., et al.: Neuroscience, 6th edition, Sinnauer Associates Inc, 2018.

169

Periode 4, niveau 3 cursussen BIO-ETHIEK Bio-ethics Coördinator: dr. C. (Carla) Kessler Humanities, Dpt Philosophy, Janskerkhof 13 kamer 1.08, tel.: 030-253 1993 e-mail: C.J.Kessler@uu.nl Docenten: dr. F. Stafleu Capaciteit: 40 Ingangseis Je hebt tenminste twee cursussen op niveau 2 afgerond van de major Biologie. Specifieke voorkennis van de ethiek is niet vereist. Studiepad Deze cursus past binnen alle studiepaden van Biologie. Leerdoelen ─ Je kunt aan de biologie gerelateerde ethische vraagstukken, dilemma’s en

argumenten herkennen, benoemen en analyseren, ─ de belangrijkste ethische benaderingen (de consequentialistische, deontologische,

deugdethische en zorgethische theorieën) benoemen en hanteren, ─ biologische en ethische concepten verbinden met actuele debatten en deze

integreren in een weloverwogen beargumenteerd standpunt. Ten aanzien van maatschappelijke context kun je: ─ ethische discussies in maatschappelijk en wetenschappelijk perspectief plaatsen

en het belang ervan onderkennen voor je toekomstig werkveld, ─ kritisch reflecteren over je rol als professional en je professionele

verantwoordelijkheid in een maatschappelijke context Vaardigheden ─ Kritisch reflecteren: argumentatiestructuren maken en herkennen in teksten en

betogen, alsmede drogredenen herkennen en benoemen, je eigen rol als bioloog evalueren en kritisch beschouwen,

─ deel kunnen nemen aan ethische beraadslaging en debat, ─ zelfstandig, in groepen, een project uitvoeren, verwerken tot een product (artikel,

boekje, audiovisueel product) en dit mondeling presenteren aan je medestudenten.

Inhoud Ethiek kun je omschrijven als morele besliskunde; in de ethiek wordt vaak een afweging gemaakt tussen verschillende handelingsmogelijkheden op basis van morele argumenten. Ethische reflectie is vooral gericht op het gestructureerd nadenken over de beslissingen die we nemen, en de handelingen die daaruit voortvloeien. Om het simpel te zeggen: ethische reflectie vraagt ons om uit te leggen waarom we dingen doen zoals we ze doen, en ons te verantwoorden tegenover elkaar. Dit is niet een simpelweg uitleg geven van de redenen die mensen hebben om iets te vinden (‘dat vind ik nu eenmaal zo’), maar daagt ons uit om de achterliggende waarden (waarom vind je dat belangrijk) te benoemen en met elkaar tot een idee van wat goed is om te

170

doen te komen. In de praktijk zijn mensen het er niet altijd over eens wat goed is om te doen: dit meningsverschil is soms te verklaren doordat mensen andere waarden belangrijk vinden, soms ook kan door discussie en reflectie meer begrip voor elkaars standpunt worden gevonden, soms ook wordt duidelijk dat er wel degelijk gemeenschappelijke standpunten in te nemen zijn. Het gestructureerd nadenken over problemen van ethische aard helpt ons om meer helderheid te krijgen over de aard van onze meningsverschillen, zodat we deze soms kunnen aanpassen, aanscherpen of beter kunnen formuleren. In deze cursus bieden we je niet alleen een breed palet aan thema’s die in de biologische praktijk actueel zijn, maar bieden we je ook verschillende invalshoeken en instrumenten om op gestructureerde wijze te leren reflecteren. De cursus heet “bio-ethiek voor Biologen”, omdat de thema’s die besproken worden, gekozen zijn met het oog op de biologische beroepsuitoefening. De toegepaste ethiek maakt echter gebruik van theoretische concepten die vooral in de fundamentele ethiek worden doordacht. Daar komen dan ook de instrumenten vandaan die je helpen om gestructureerd na te denken over de actuele thema’s in de biologie. Opbouw van de cursus De cursus duurt 10 weken en is onderverdeeld in twee blokken. In het eerste blok (week 1-5) gaan we in op relevante ethische theorieën en concepten en hun toepassing. In week 6 volgt dan een toets. Het tweede blok (7-9) spits zich verder toe op praktische onderwerpen en vaardigheden en wordt in week 10 afgesloten met een toets. Een belangrijk onderdeel van de cursus is het maken van een paper. In week 6 zal er uitgebreid aandacht worden besteed aan dit onderwerp. Werkvormen De cursus bestaat uit hoorcolleges en werkcolleges. In de werkcolleges werk je opdrachten uit. Dit gebeurt via verschillende werkvormen zoals het voorbereiden en geven van presentaties, discussies, het geven van een les etc. Toetsing ─ Schriftelijke toets over eerste blok in week 6 40% ─ presentaties (week 8, 9,10), 50% ─ Beoordeling syllabus 10% Studiemateriaal: – L.L. Bolt, M.F. Verwey en J.J.M. van Delden, ‘Ethiek in Praktijk’. Koninklijke van

Gorcum, 5e druk 2005 (verplicht!) – Artikelen op blackboard en internet

171

BIOINFORMATICS for COMPARATIVE GENOMICS Bioinformatics for comparative genomics Coordinator: dr. M.F Seidl, Research group: Theoretical Biology & Bioinformatics H.R. Kruyt building room N611, tel.: 030-253 3694

email: m.f.seidl@uu.nl Teachers: dr. M.F. Seidl, m.f.seidl@uu.nl prof.dr. B. Snel, b.snel@uu.nl dr. B. Dutilh, b.e.dutilh@uu.nl

Capacity: 40 Entry requirements Successful completion of the level 1 course ‘Systems biology’ (or ‘Genomica’) and participation of the level 2 course ‘Data science and biology’ is compulsory. Study path Bioinformatics for comparative genomics is a course of the study path Theoretical Biology & Bioinformatics. The course provides a good preparation for the Master programs Molecular and Cellular Life Sciences, in particular for the Computational Biology track. Learning goals At the end of this course, students are expected to be able to… ─ know about the scope of bioinformatic research, with a focus on research conducted

at the Theoretical Biology and Bioinformatics Group ─ know about major processes in prokaryotic and eukaryotic evolution, and their

identifiable traces in biological data ─ apply and discuss the results of different state-of-the-art bioinformatic

methodologies when studying evolution and function of complex biological systems, from single genomes to complex environments

─ critically reflect on results obtained from different bioinformatic methodologies by formulating hypotheses and expectations based on known processes and their traces in biological data

─ conduct a literature review, formulate a research question, devise scientific experiments, conduct experiments, and report on experiments (written/oral)

Skills ─ Ability to work in teams: The research project as well as the presentations and

reports are prepared in teams. Students have to distribute tasks and organize their work.

─ Problem solving: Students produce data using bioinformatic approaches and have to use background information, literature resources, and bioinformatic methodologies to analyze and interpret data and describe their results in a written report.

─ Technical/Analytical skills: Students learn to use bioinformatics methodologies to study (evolutionary) processes and patterns to reveal novel biological insights. Students will use programming languages and scripting to gather, analyse, and visualize large-scale biological data. Focus will be on the critical evaluation and reflections of results coming from large-scale bioinformatic methodologies.

172

─ Writing/Presentation skills: Students will write a project report and present their project work, for which feedback is provided on form and content. Students will write a MSc research proposal where they demonstrate that they understand and apply the (bioinformatic) research circle, for which feedback on content and scientific language will be provided.

Content description Complex biological systems are formed by the interactions between molecules, cells, and organisms. The blueprints underlying these interactions are – at least partially – encoded within the genome and are shaped during evolution. Biologists are nowadays able to rapidly generate large volumes of biological data from individual species but also from complex environments. By contemporary bioinformatic research – as conducted in the Bioinformatics Group – this data is turned into novel insights into the evolution, organization, regulation of genomes, and the emergence of biological function. To be able to make novel biological discoveries using bioinformatic research, scientist must have a basic knowledge of patterns observable in prokaryotic and eukaryotic genomes and the evolutionary processes that generate or act on these patterns. Therefore, the aims of this course are three-fold: (i) students will acquire knowledge on evolutionary processes acting on genomes and their functional significance, (ii) learn how contemporary bioinformatics approaches have been used to identify these patterns, and (iii) acquire the required theoretical and practical skills to independently analyse and critically assess these patterns in large-scale datasets to make novel discoveries on the evolution and functioning of complex biological systems. To achieve the overarching aims, the course has been divided into three parts: In the first week, the focus lies on evolutionary processes operating on prokaryotic and eukaryotic genomes. Next to an introduction into genome structure and evolution, students learn about evolutionary processes and patterns that can be observed in prokaryotic and eukaryotic genomes. In the following four weeks, the focus lies on bioinformatic approaches that have been and are currently used to identify evolutionary patterns and processes (how do these evolutionary signal look from a bioinformatic point of view). Students will be learning how bioinformatics approaches/tools work and how to critically interpret and reflect on their results. The last four weeks places the focus on the research cycle (in bioinformatics). In small groups (2 or 3 students per group), students will perform a small research project in which they will apply their knowledge to analyses and critically reflect on large-sale bioinformatic analyses. Based on the topics of the research projects, students will write a MSc thesis proposal by which they will learn to formulate a research question/hypothesis and propose appropriate tools/approaches to address their research goals. Educational forms Lectures (with flipped-classroom component), computer practical (groups of 2 or 3), reviewing a science article, and writing and (peer-)reviewing a research proposal (individual) and a project report. Project results will be presented in a mini-symposium. Grading - assessment Active participation in practical, project, presentation assignments, and research proposal writing is mandatory. The final mark consists of a weighted average of: exam (50%), project (25%), and research proposal (25%). For each of the parts you have to get a grade of at least 5.5.

173

BIOLOGIE van de ‘BIOBASED’ ECONOMIE Biology in the „biobased“ economy Coördinator: mw.dr. H. Schluepmann Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8 kamer O405, tel.: 030-253 3289 e-mail: h.schlupmann@uu.nl

Docenten: prof.dr. R.P. de Vries mw.dr. H. Schluepmann

Capaciteit: max. 30 Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven. Ingangseisen Basic knowledge of biochemistry and metabolism is required equal or comparable with the content of the Niveau 2 course Metabolisme taught within the biology curriculum at Utrecht University. Basic knowledge of molecular genetics and genomics will also be useful. Studiepad This course fits in a molecular, genetic and biochemical path. Leerdoelen You will be able to creatively and successfully deal with open questions in biology relating to research and development of importance for society. Approaches to dealing with open questions taught will include: ─ Review primary publications to establish a baseline of specialized knowledge ─ Identify and define missing knowledge ─ Rank missing knowledge according to relevance and importance criteria ─ Identify an approach, including methodology, to address an hypothesis based on

missing knowledge ─ Consult and discuss with others and with peers ─ Evaluate the feasibility and likely outcome of the approach ─ Design the experiments including a time schedule. ─ Identify risks and alternative strategies Vaardigheden ─ Processing primary literature and databases to formulate a research hypothesis

and an approach to test this hypothesis. ─ Efficient teamwork ─ Design and presentation of a poster. ─ Writing of a small research proposal. Inhoud The subject of the course is state of the art research in biology related to key questions in the bio-economy. The period is split into two 5-week periods. The first period deals with conversions of biomass for industrial applications using fungi and fungal enzymes. The second period deals with the production of biomass required for the conversions. You will design and/or carry out your own research project on complex open problems actively researched in the Utrecht University and Westerdijk Institute laboratories with

174

the teaching staff guiding you. The topics you will be researching during the course in 2019 are: Biomass conversion in biobased industrial applications. Prof. Dr. R.P. de Vries 1. Better enzyme and enzyme mixtures to degrade specific biomass types 2. Improving enzyme production by strain engineering 3. Development of novel fungal cell factories 4. Metabolic engineering of fungal cell factories 5. Design of enzyme cocktails for de-polymerization of Azolla biomass. The first period starts with lectures to provide you with the initial background for this part of the course. After that, you will design a research project on a specific topic in a group of 3-5 students, guided by one of the members of the WI group. Contact moments will be decided together with your supervisor. At the end of the first period, you will present your research as a poster and discuss the poster presentations of others in the course. Sustainable production of biomass for a biobased economy. Dr. H. Schluepmann 1. Control of reproduction and weediness in novel crops. 2. Dissemination/Nursery design for optimum production. 3. The role of associated microbes in novel Agrosystems. 4. Novel breeding strategies to achieve high yields reproducibly. 5. Biomass digestibility in relation to yield stability. During the second five weeks your research and mini-stage at the laboratory* will allow you to first generate proof of concept data that you will integrate in your own research proposal; the combination of research proposals on each topic are presented at our final meeting so as to gain an oversight of the research aspects dealt with during the course. *Please note that your presence is expected from 0900 until 1700 for the experimental days, which is during the first two to three weeks of the second part of the course – unless otherwise agreed upon by your supervisor. Werkvormen Lectures, self- and group-study, poster presentation, a practical mini-stage, and the writing of a stage proposal. Toetsing Evaluation of a poster (after 5 weeks) and a stage proposal (after 10 weeks). Studiemateriaal Primary Literature. Database resources.

175

COGNITIE en SOCIO-ECOLOGIE Cognition and socio-ecology Coördinator: dhr dr J.J.M. Massen (Jorg) Onderzoeksgroep Animale Ecologie Kruytgebouw, kamer O304 tel.: 030-253 5403 e-mail:j.j.m.massen@uu.nl Docenten: dr. J.J.M. Massen, prof.dr. E.H.M.Sterck, e.h.m.sterck@uu.nl drs. L. van den Berg, L.M.vandenBerg2@uu.nl

dr. A.M.Schel, a.m.schel@uu.nl drs. K. Gielen, k.gielen@uu.nl

Capaciteit: max 40 Ingangseisen Cursussen Gedragsbiologie, Evolutie 2 en de cursus Voortgezette statistiek en R of statistiek cursussen van gelijkwaardig niveau. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren (B-B1DIER05 of DIERHK) met dissectie is voor het volgen van deze cursus verplicht. Studiepad Deze cursus is een kerncursus in het studieadviespad Gedragsbiologie en een vervolg op de cursus Gedragsbiologie en sluit aan bij de track Behavioural Ecology in de master Environmental Biologie. Deze cursus is verplicht voor het masterprogramma Behavioural Ecology. Leerdoelen Na afloop van het theoretische deel van deze cursus kan je: ─ de evolutie van socialiteit en de verschillende sociale systemen beschrijven en

beredeneren, ─ de verschillende sociale strategieën beschrijven en aspecten van socialiteit zoals

prosocialiteit, empathie en sociale intelligentie uitleggen en toepassen ─ de sociale mechanismen, zoals coördinatie van gedrag, winner-loser effect en

zelforganisatie uitleggen en toepassen, ─ onderzoek naar de verschillende cognitieve capaciteiten van organismen

uitleggen, ─ de biologische begrippen cognitieve ethologie, persoonlijkheid, evolution of mind

en consciousness uitleggen en het onderzoek erover uitleggen en toepassen ─ kritisch evalueren van methodes die cognitieve capaciteiten van dieren testen. ─ sociale relaties en meet-methodes kennen/ beschrijven, zoals dominantie,

vriendschappen, sociale netwerk analyses Verder heeft de cursus ten doel het uitvoeren van een ministage waarin de empirische cyclus gevolgd wordt aan de hand van gedragsobservaties aan apen. Vaardigheden ─ empirische cyclus uitvoeren vanaf onderzoeksvraag bedenken en hypothese

formuleren tot verzamelen van observationele data en statistische toetsing ─ schriftelijke rapportage: wetenschappelijk verslag (in het Engels), met gebruik

van wetenschappelijke literatuur; wetenschappelijke poster en poster presentatie ─ peer review van de inleiding van het wetenschappelijke verslag.

176

Inhoud De cursus is een verdere verdieping van de niveau 2 cursus Gedragsbiologie. Het thema van de cursus is cognitie en sociaal gedrag. Organismen kunnen leven in groepsformaties die variëren van eenvoudige aggregaties tot complexe geïndividualiseerde gemeenschappen met daaraan gerelateerd verschillende sociale strategieën en verschillende cognitieve vaardigheden waarbij ook persooonlijkheden een rol spelen. Er wordt ingegaan op de ultimate kant van socialiteit met de verschillende sociale strategieën en evolutionaire theorieën erover zoals game theoretische modellen; marketmodellen; optimalisatiemodellen; image scoring. Aan bod komen sociale mechanismen zoals coördinatie van gedrag, prosocialiteit, empathy en sociale intelligentie, conflict en conflicthantering (dominantie; verzoening) en zelforganisatie. Tijdens het praktische deel van de cursus wordt een ministage gedaan met observationeel onderzoek aan Java-apen, waarbij de observaties plaats vinden bij BPRC te Rijswijk. De onderzoekscyclus wordt doorlopen met vraagstelling, verzameling van observationele data, data analyse aan de hand van Matman en sociale netwerkanalyses , statistische toetsing met R, schriftelijke verslaglegging en poster presentatie met een elevator pitch. Werkvormen Interactieve hoorcolleges, werkcolleges, onderzoek, verslag, peer-review, poster, elevator pitch; zelfstudie. Toetsing Actieve deelname aan de ministage en presentatieopdrachten is verplicht, ─ De onderwerpen van de colleges en werkcolleges worden in een theoretische

schriftelijke eindtoets getoetst. ─ Het verslag van de ministage en de poster worden afzonderlijk beoordeeld, Het eindcijfer van de cursus is het gemiddelde van de theoretische toets (50%) en het praktische deel (50% met observatie (10%), verslag (50%), peer-review (15%), poster 25%) Het eindcijfer kan alleen berekend worden als alle deelcijfers voldoende zijn. Studiemateriaal Reader Socio-ecologie (ongeveer € 6,-)

177

EVOLUTIE 3; co-evolutie in theorie en praktijk Evolution 3; co-evolution in theory and practice Coördinator: dr. Edwin Pos, e.t.pos@uu.nl Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit, H.R. Kruytgebouw kamer N303 Docenten: dr. Edwin Pos, prof. dr. Guido van den Ackerveken, prof. Dr. Kowalchuk, mw.

prof. dr. Kirsten ten Tusscher, dr. Bas Dutilh, dr. Rutger Hermsen, dr. Ben Nelemans (en diverse andere begeleiders)

Ingangseisen De niveau 2 cursus Evolutie is verplicht. Het wordt sterk aanbevolen om ook één of meerdere van de volgende cursussen te hebben gevolgd: Natuurbehoud, duurzaamheid & plantendiversiteit, Biologische modellering, Gedragsbiologie, De Cel en/of Ontwikkelingsbiologie of vergelijkbare kennis. Studiepad Deze cursus past in het studiepad Evolutie en Biodiversiteit Leerdoelen Aan het eind van de cursus kan de student: ─ Uitleggen hoe taxa op verschillende niveaus op zowel micro en macro

evolutionaire schaal elkaar beïnvloeden, welke processen hierbij belangrijk zijn en hoe evolutie en ecologie met elkaar interacteren.

─ Een degelijk (onderzoeks-)voorstel schrijven (ENG) en het bijbehorende praktisch onderzoek of theoretisch project uitvoeren.

─ Mondeling rapporteren over een evolutiebiologisch onderwerp (ENG) ─ Een wetenschappelijk rapport/artikel schrijven of product maken met gebruik van

primaire literatuur (ENG) Inhoud en werkvormen (ENG) In this multidisciplinary course, the phenomenon of co-evolution will be presented, discussed and researched from a variety of angles and disciplines (microbial ecology, bio-informatics, plant-microbe interactions and plant ecology). The course is set up in two separate parts. First, primary papers and recent overviews will be used to present & discuss a variety of aspects related to co-evolution, followed by an exam, to not only get an in depth understanding of co-evolutionary processes but also to present an overview of the different projects available for the second part: selection and adaptation of plant-pollinator syndromes, (sympatric) speciation, genome evolution, interaction and cooperation, microbial ecology and developmental biology. After this first part, students are assigned a project and in the second part the students (in small groups of 3-5 individuals) will focus on writing a research proposal, which will be peer-reviewed. In the following 5-6 weeks the project will then be carried out in the field of one of the participating disciplines. Finally, students will write a research report and present their results in a student-organized symposium. Potential projects of the course are divided into two categories: practical and theoretical. Practical projects entail doing a research project in the lab, field (and herbarium) or by modeling. Theoretical projects consist of developing NWO research proposals, extensive literature reviews or developing an educational game etc. The exact projects vary each year and students hand in a selection form with their preferred project choices at the end of part one in the course after which students are given a project.

178

Toetsing Exam 15% Practical work during project* 20% Written material (of which proposal 20% and final report 80%) 50% Presentations (averaged over the two presentations) 10% Individual news & views assignment 5% *This will include an individual grade based on participation and division of work determined by a time writing sheet and an individual form (to be further explained during the course). Studiemateriaal: Primaire literatuur.

179

FOOD FORWARD: innovations that help feed the world Food forward: innovations that will feed the world Coördinator: dr. Rashmi Sasidharan Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten H. R. Kruytgebouw, kamer Z306 Tel.: 030-253 6871, e-mail: r.sasidharan@uu.nl dr. Ronnie de Jonge Onderzoeksgroep Plant-Microbe Interacties H. R. Kruytgebouw, kamer W305 Tel.: 030-253 6860, e-mail: r.dejonge@uu.nl Docenten: dr. Rashmi Sasidharan, r.sasidharan@uu.nl dr. Ronnie de Jonge, r.dejonge@uu.nl Capaciteit: max. 40 studenten; Deze cursus wordt in het Engels gegeven Ingangseisen This course requires basic knowledge of molecular and cellular plant biology. The following courses are recommended: Biologie and ecologie van planten (niveau 1), Moleculaire biologie (niveau 1), Plantenfysiologie (niveau 2) and Planten adaptatie en afweer (niveau 3). This course can only be followed in the third year of the Bachelor. Studiepad This course fits in the plant biology and microbiology studypaths. Leerdoelen At the end of this course the student will be familiar with: ─ Obtaining relevant information from scientific literature and translating this

knowledge to socio-economically relevant themes, most importantly the science behind food-based innovations that will feed the surging human population in the coming decades

─ Strategies to improve crop stress tolerance ─ Alternatives to plant-based food ─ Technological innovations in agriculture on the levels of farming and breeding ─ Legislation concerning environmental and food safety assessment Vaardigheden ─ Studying, researching and presenting scientific literature, and using it to critically

assess facts and myths in public news outlets ─ Critical thinking, collaborative work, planning ─ Pitch presentation (of an upcoming scientific topic) ─ Setting up a media campaign strategy on a specific food topic to convey your

message based on scientific knowledge in an appealing yet objective manner ─ Essay writing ─ Science communication Inhoud One of the major current challenges of science and society is to find sustainable solutions that meet the dietary needs of the rapidly growing human population and

180

its increasing standard of living. The United Nations has predicted that the world food demand will rise by 70% by 2050. Current food systems are not sufficient to keep up with this growth, and do not provide appropriate solutions for the diet-related WHO-defined priority diseases that are associated with our ever-increasing standard of living. To provide sustainable and healthy food for the next generations, there is an urgent need to further develop food production. In this course you will learn and discuss how science can feed the world in 2050, arguing that a combined effort of multiple disciplines is required to understand the challenge of future food and think of innovative ways to deal with this challenge. The combination of fundamental veterinary and plant sciences and integrated studies on molecular and immunological mechanisms will provide students with a broad perspective on the societal and scientific challenges that await to meet the dietary demands of the future. Students are encouraged to think about how their work contributes to meeting the challenges of future food and will learn to communicate this to a wide audience (both academic and non-academic). Specifically, in this course we will deal with four broad themes, namely: 1) improving crop stress tolerance, 2) alternatives to plant-based food 3) technical innovations in agriculture and 4) food policy and safety. Lectures and assignments will cover these broad themes. For instance, emerging threats to animal, plant and ecosystem health will be covered, but also legislation around food security in The Netherlands, sustainable fish-derived protein production and innovations such as the cultured meat (kweekvlees). This course will provide students with input for their CV on 21st century skills, including science communication, English writing and presenting skills, ability to communicate to a broad audience, teamwork and awareness of the relevance of science for society. Werkvormen: In this course, a large variety of teaching styles/modes will be used, with the goal of maximizing student participation, including regular lectures, guest lectures, presentations, essay writing and group work (pitch talks and media campaign design). A company visit will also be scheduled during the course. Toetsing: Attendance in all contact moments, especially guest lectures, is obligatory, and an active participation is requested. Final grades will be determined by a digital exam, participation in several (individual and group) assignments during the course including pitch talks, peer-feedback, essay writing, presentations, and media campaigns. The percentage breakdown of these individual parts to the final mark will be highlighted at the start of the course. Studiemateriaal: Handouts, lecture recordings and articles will be made available by the teachers during the course.

181

GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE History and philosophy of biology Coördinator: prof.dr. L.T.G. Theunissen Instituut voor Geschiedenis en Grondslagen der Natuurwetenschappen

Buys Ballot gebouw, Pincetonplein 5 tel.: 030-253 7218 e-mail: l.t.g.theunissen@uu.nl

Docenten: prof.dr. L.T.G. (Bert) Theunissen, l.t.g.theunissen@uu.nl Capaciteit: max. 50 studenten Ingangseisen De cursus is alleen toegankelijk voor studenten in het derde studiejaar. Studiepad Deze cursus is van belang voor biologiestudenten met historische en wijsgerige belangstelling en voor alle studenten die overwegen een master te doen in History and Philosophy of Science en Science Education and Communication. De cursus maakt onderdeel uit van de minor Geschiedenis en Filosofie van de Natuurwetenschappen. Leerdoelen In deze cursus leer je een kritisch beeld te vormen van de geschiedenis van de biologie en de moderne biologie in een wetenschapsfilosofisch perspectief te plaatsen. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden in literatuurstudie en het voeren van een wetenschappelijke discussie Aan het einde van de cursus kun je: ─ de belangrijkste historische ontwikkelingen in de negentiende en twintigste eeuw

beschrijven die hebben geleid tot de moderne biologie, ─ de belangrijkste wetenschapsfilosofische achtergronden van moderne biologische

theorieën beschrijven en analyseren. Vaardigheden ─ Lezen en begrijpen wetenschapshistorische teksten en wetenschapsfilosofische

teksten, ─ systematische benadering van problemen, ─ kritisch denken, wetenschappelijke discussie, reflectie, ─ mondelinge rapportage. Inhoud De cursus begint met de historische colleges. Deze vormen een zelfstandig onderdeel en leveren tegelijkertijd het basismateriaal voor het filosofische deel. We behandelen de periode ca. 1800 - ca 2000 en concentreren ons op de ontwikkeling van de biologie tot een aparte natuurwetenschappelijke discipline. Centraal in dit proces staat de wisselwerking van twee onderzoekprogramma’s, respectievelijk gekenmerkt door een beschrijvende en een experimentele (causaal-analytische) aanpak. Onderwerpen die aan de orde komen zijn onder andere: ─ de rol van Kants Kritik der Urteilskraft bij het ontstaan van de teleomechanische

182

onderzoeksrichting, ─ Cuvier en de formulering van het morfologische programma, ─ Darwins evolutietheorie als een eerste poging om de functionele en de

morfologische invalshoek te verenigen, ─ de tegenstelling tussen ‘experimentalists’ en ‘naturalists’ rond 1900, ─ de opkomst van de synthetische evolutietheorie en het aandeel daarin van de

verschillende biologische disciplines, en ─ de theoretische en methodologische grondslagen van de moleculaire biologie. Het wijsgerige deel van de cursus begint met een korte inleiding in de algemene wetenschapsfilosofie, toegelicht aan de hand van voorbeelden uit de geschiedenis van de biologie. Centraal staat de vraag naar de legitimiteit van de status die natuurwetenschap heeft, ook in onze maatschappij: waarom hechten we waarde aan wat 'de wetenschap' beweert? Daarna gaan we in op de vraag naar het filosofische karakter van de biologie, evolutiebiologie in het bijzonder. We kijken naar vraagstukken die naast observaties en experimenten vereisen dat we een goed onderbouwd begrip ontwikkelen van centrale begrippen als “informatie,” “functie,” en “niveau van selectie”. In hoeverre worden onderzoeksvragen en -resultaten gestuurd en beïnvloed door verschillende interpretaties van dergelijke centrale concepten? En is er altijd slechts één juist interpretatie te geven van zulke begrippen? Wat zijn de consequenties? We stellen ook de vraag wat de kracht en reikwijdte is van theorieën en verklarende modellen in de biologie. In welke zin verschillen biologische theorieën en verklaringen van wat we aantreffen in andere wetenschapsgebieden? Kunnen we processen buiten de biologie, zoals culturele verandering, begrijpen met behulp van biologische modellen? En tot slot: wat kan de biologie ons vertellen over de evolutie van moraliteit? Zowel in de historische als in de wijsgerige colleges confronteren we je met verschillende visies op diverse onderwerpen. Hiermee verwerf je inzicht in en oordeelsvermogen over de werkwijze van de wetenschapshistoricus en –filosoof. Werkvormen Hoor- en werkcolleges Toetsing Tentamen historisch deel, 50%, tentamen wijsgerig deel, 50%

Studiemateriaal ─ B. Theunissen/R.P.W. Visser, De wetten van het leven. Historische grondslagen

van de biologie 1750-1950, op Blackboard ─ Wetenschapsfilosofische teksten; links naar papers op Blackboard

183

MICROBIËLE ECOLOGIE Microbial ecology Coördinator: prof. dr. George Kowalchuk, leerstoelgroep Ecologie en biodiversiteit H.R. Kruytgebouw, kamer N304 tel.: 030-253 2837, e-mail: g.a.kowalchuk@uu.nl Docenten: prof. dr. H.L. Laanbroek, r.Laanbroek@nioo.knaw.nl dr. E.E. Kuramae, E.Kuramae@nioo.knaw.nl Max aantal studenten: 40 Prerequisites The course Microbial Ecology does not have any formal prerequisite courses. However, it is suggested that students should have taken several previous ecology and/or microbiology level 1 and 2 courses. Study Path The course is part of two study paths: Ecologie en Natuurbeheer en Microbiologie. Introduction We live on a microbial planet! The fate of the planet has been interlinked with microbial diversity and evolution. Microbial activities are responsible for many of Earth’s ecosystem processes and drive the planet’s biogeochemical cycles. Whether in the ocean or soil, or in and on our own bodies, microbes are vast in their numbers and amazing in their diversity. This course seeks to introduce you to our fascinating microbial world. We will explore the evolution and ecology of microbial organisms across a wide range of habitats and niches. We examine numerous forms of microbial interactions, including both interactions between microbes as well as between microbes and larger organisms. We will examine both highly fundamental principles in microbial ecology and biogeography as well as more applied and biotechnological issues that seek to harness the power of the small. Microbial ecology is a young and dynamic field, with an extremely rapid pace of discovery over the past decades. We will also focus on the rapidly evolving microbial toolbox, which is providing unprecedented windows of observation into the diversity and functioning for microbial organisms across diverse habitats. Although this year’s course will necessary not involve experimental laboratory activities, we still seek to provide you insights into practical aspects of microbial ecological research. As such, you will carry out an experiment at home, design and analyze a virtual experiment and carry out bioinformatics analyses involving large datasets of microbial diversity and function as related to modern high-throughput DNA sequencing approaches. We thus seek to combine theoretical and practical aspects in the rapidly emerging field of microbial ecology. Due to the heavy reliance on primary literature and input from guest lecturers, the course will be given in English. Goals The main goals of the course are to develop an appreciation and understanding of the functional diversity and ecology of microorganisms and to learn the approaches used to unlock the secrets of the microbial world.

184

The main goals of the course are as follows: ─ Gain knowledge of the microbial processes driving the major biogeochemical

cycles ─ Develop an understanding of the evolutionary forces that have driven microbial

innovation ─ Learn the principles of both classical as well as modern molecular and genomics

approaches used in studying the diversity and functioning of microbial communities

Skills to be developed ─ Critical analysis of manuscripts in microbial ecology ─ Combining ecological theory and practice in microbial ecology ─ Basic understanding of how to deal with large phylogenetic and metagenomic

datasets ─ Ability to design experiments in microbial ecology ─ Data/statistical analysis capabilities ─ Scientific writing and presentation skills Content The course is designed to cover the full spectrum of microbial ecology. Lectures and associated (virtual) lab practical sessions will therefore focus on general issues in microbial ecology as well as specific microbial groups and microbe-driven processes. Specific topics that will be covered include: ─ The history of microbial ecology ─ Patterns of microbial diversity and diversity/function relationships ─ Linking microbial identity with function ─ Microbiology of the soil and the rhizosphere ─ Plant disease and plant disease protection ─ Microbial ecology of the C-cycle ─ Decomposition of recalcitrant organic matter ─ Bioremediation ─ Microbial ecology of the N-cycle ─ Microbial ecology of the S-cycle ─ Human microbiology and the human microbiome ─ Microbial genomics ─ Metagenomics ─ Fungal ecology and bacteria-fungal interactions ─ Ecology and Evolution of microbial symbioses ─ Microbial biotechnology ─ The ecology of protists ─ Viral ecology Teaching formats The course is comprised of a combination of lectures, (virtual) laboratory activities, data analysis tutorials and assignments. Lectures also include guest lectures from experts in specific hot topics in microbial ecology. One week is devoted to computer practical work to familiarize students with the handling and analysis of high throughput DNA sequencing data. Students are responsible for a number of individual as well as group assignments. Individual assignments include a manuscript peer review simulation, a course workbook and a report of their home-made experiment. Group assignments include literature presentations and poster presentations based upon experimental data.

185

Grading The theoretical components of the course will be tested in two oral exams, one small one dedicated to the first two weeks of the course and one final exam at the end of the course. The (virtual) experimental and bioinformatic portions of the course will be judged based upon quality of poster and written presentations. Students will also be responsible to submitting workbook exercises including peer review of other student presentations. There will also be a critical manuscript review assignment. The computer practical section of the course will have a separate project. The final grade will be built up as follows: ─ Oral test on biogeochemical cycles (10%) ─ Final oral exam (30%) ─ Course workbook and participation (10%) ─ Individual Manuscript review assignment (15%) ─ Computer practical report (10%) ─ Poster presentation (15%) ─ Bioinformatics report (10%) In order to pass the course, you must have a minimum grade of a 5,0 on the final exam. In order to pass the course, you must also participate in all mandatory on-line events and submit all assignments. There will be one opportunity for a retake of the final exam if necessary (to be held one week after the final exam). Materials ─ An extensive list of primary and review articles will be provided as background

materials to the lectures. ─ Lab protocols ─ Instructions for assignments ─ Syllabus

186

Alle perioden, niveau 3 cursussen BACHELOR ONDERZOEKSSCRIPTIE Bachelor thesis Coördinatoren: dr. Martijn van Zanten & dr. Ton Peeters, Moleculaire Plantenfysiologie, Onderwijsinstituut Biologie H.R. Kruytgebouw kamer O205, Z407

tel. 030-253 3111, 4143, e-mail: scriptie.bio@uu.nl Docenten: dr. Ton Peeters, dr. Martijn van Zanten De verplichte Bachelor Onderzoeksscriptie (literatuurscriptie) cursus kan in elke periode in beide timeslots geschreven worden. De cursus moet gecombineerd worden met een onderzoeksstage (de cursus ‘Bachelor Onderzoeksstage’) die je dan automatisch in het andere timeslot in dezelfde periode volgt. Voor studenten van voor 2016 is alleen de Bachelor onderzoekscriptie verplicht en kan het facultatief gecombineerd worden met stage. Let op: Voor beide cursussen (B-B3ONSCR en B-B3ONST) dien je je apart in te schrijven in Osiris. De cursussen zijn elk 7,5 EC. Ingangseisen

Verplichte derdejaars cursus. Als ingangseis geldt dat je tenminste 120 studiepunten van de major van de opleiding Biologie hebt behaald en waarvan het verplichte deel van jaar 1 geheel met voldoendes moet zijn afgerond. Cursussen die je hebt gehaald in de profileringsruimte (dit kan ook een minor zijn) tellen hierbij dus niet mee!

Voor deze cursus is een website ingericht, waar je uitgebreide informatie kunt vinden over de cursus zelf en over het schrijven van je scriptie. Lees deze website goed door. Hier vind je onder andere de Handleiding (NL), formulieren (NL en EN), rubrics (NL en EN) en veel antwoorden op vragen (FAQ). Zie: http://students.uu.nl/beta/biologie/onderwijs/studieprogramma/major-iologie/scriptiecursus Ruim voor aanvang van de cursus ga je zelf op zoek naar een onderwerp en begeleider. Dit is de link naar onderzoeksgroepen bij biologie om je te oriënteren; http://www.uu.nl/faculty/science/NL/contact/depts/biologie/onderzoek/Pages/leerstoelgroepen.aspx Studiepad Deze cursus is verplicht bij elk studiepad en is het sluitstuk (capstone) en visitekaartje van je BSc opleiding. Leerdoelen In deze cursus laat je zien dat je het volgende kan: ─ effectief en efficiënt literatuur zoeken en de juiste literatuur selecteren, ─ goed structureren van je literatuuronderzoek (wat wil ik weten, waarom wil ik dat

weten, hoe kom ik dat te weten?), ─ een goede probleemstelling formuleren (verankerd, relevant, precies, functioneel

en consistent), ─ een wetenschappelijk artikel kritisch beoordelen (kritisch lezen), ─ een overzichtelijk schrijfplan opstellen, ─ een kritische beschouwing op de wetenschappelijk literatuur geven, ─ nieuwe kennis en concepten synthetiseren uit de bestaande kennis,

187

Vaardigheden De afstudeeropdracht is een ‘proeve van bekwaamheid’ om je bachelordiploma te mogen ontvangen. In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde: ─ digitaal opsporen en archiveren van literatuur, ─ selecteren en verwerken van literatuur (waaronder op een juiste manier

literatuurverwijzingen weergeven) ─ uitvoeren van een (literatuur)onderzoekscyclus, ─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken ─ wetenschappelijk schrijven: efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst

schrijven in het Nederlands óf in het Engels ─ aangezien je zelf op zoek moet gaan naar een scriptieonderwerp, binnen je eigen

interesse, leer je zelfstandig en actief plannen, handelen en contacten onderhouden.

Inhoud Tijdens de scriptiecursus diep je een specifiek onderwerp uit de biologie uit. Hiervoor zoek je uit alle beschikbare literatuur relevante informatie die je op de juiste manier verwerkt tot een scriptie. Het eindresultaat hiervan, de scriptie, is niet alleen een beschrijvende samenvatting van de beschikbare feiten en ideeën, maar bevat ook een eigen kritische beschouwing van de literatuur. Het verder ontwikkelen van je academische vaardigheden zoals literatuuronderzoek, wetenschappelijk schrijven en presenteren, staat hierbij centraal. Het eindproduct van de cursus bestaat uit een leesbare scriptie van ongeveer 20 – 25 pagina’s in het Nederlands of Engels (het laatste met wederzijds goedvinden). Werkvormen Er worden 2 verplichte werkcollege(s) aangeboden. Hierin krijg je uitleg krijgt over - en je oefen je met verschillende (academische) vaardigheden die van belang zijn voor wetenschappelijk schrijven. Daarnaast zoek je zelf een persoonlijk begeleider (een docent van een onderzoeksgroep binnen en/of buiten het departement Biologie) die de inhoudelijke begeleiding voor zijn of haar rekening neemt. Toetsing Het eindcijfer voor de scriptiecursus wordt bepaald door je begeleider en een tweede beoordelaar (met minimaal BKO) en met behulp van een rubric (scriptie). Belangrijke onderdelen bij de beoordeling zijn: ─ de structuur/vorm van de scriptie, ─ de inhoud van de scriptie; de wetenschappelijke kwaliteit, ─ het proces/de werkhouding. Studiemateriaal Het boekje “Een leesbare scriptie” van Warna Oosterbaan wordt sterk aangeraden. In principe zijn alle drukken goed, kosten ongeveer €12.

188

BACHELOR ONDERZOEKSTAGE Bachelor research Coördinatoren: dr. Martijn van Zanten & dr. Ton Peeters, Moleculaire Plantenfysiologie, Onderwijsinstituut Biologie H.R. Kruytgebouw kamer O205, Z407

tel. 030-253 3111, 4143, e-mail: scriptie.bio@uu.nl Docenten: dr. Ton Peeters, dr. Martijn van Zanten De cursus Bachelor Onderzoeksstage kan in elke periode in beide timeslots uitgevoerd worden. De Bachelor Onderzoeksscriptie schrijf je dan automatisch in het andere timeslot in dezelfde periode. Let op: Voor beide cursussen (B-B3OSNCR en B-B3ONST) dien je je apart in te schrijven in Osiris. De cursussen zijn elk 7,5 EC. Ingangseisen

Deze cursus is facultatief voor studenten die begonnen zijn vóór 2016 en mag alleen in combinatie met de verplichte Bachelor Onderzoeksscriptie gevolgd worden. De ingangseisen zijn hetzelfde als bij laatstgenoemde cursus.

Voor deze cursus is een website ingericht, waar je uitgebreide informatie kunt vinden over de cursus zelf en over het schrijven van je scriptie. Lees deze website goed door. Hier vind je onder andere de Handleiding (NL), formulieren (NL en EN), rubrics (NL en EN) en veel antwoorden op vragen (FAQ). Zie: http://students.uu.nl/beta/biologie/onderwijs/studieprogramma/major-biologie/scriptiecursus Voor aanvang van de cursus ga je zelf op zoek naar een onderwerp en begeleider. Dit is de link naar onderzoeksgroepen bij biologie om je te oriënteren; http://www.uu.nl/faculty/science/NL/contact/depts/biologie/onderzoek/Pages/leerstoelgroepen.aspx. Studiepad De Bachelor Onderzoeksstage past in elk studiepad en vormt samen met de Bachelor Onderzoeksscriptie het sluitstuk (capstone) en visitekaartje van je BSc opleiding. Leerdoelen Je doorloopt de empirische onderzoekscyclus en daarbij krijg je inzicht hoe wetenschappelijk onderzoek verloopt. Ook leer je hoe een onderzoeksgroep functioneert door deel te nemen aan onder meer de werkbesprekingen van de betreffende onderzoeksgroep. Vaardigheden In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde: ─ uitvoeren van een empirische onderzoekscyclus, ─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken met verslaglegging in een

labjournaal, ─ (digitaal) opsporen en archiveren van literatuur; selecteren en verwerken van

literatuur, waaronder op een juiste manier literatuurverwijzingen weergeven, ─ wetenschappelijk schrijven: efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst

schrijven in het Nederlands óf in het Engels, ─ aangezien je zelf op zoek moet gaan naar een onderzoeksproject leer je

zelfstandig en actief plannen, handelen en contacten onderhouden.

189

Inhoud Naast het schrijven van je verplichte literatuurscriptie participeer je, onder begeleiding van een onderzoeker, in lopend onderzoek. Je voert minimaal één keer een onderzoekcyclus uit, verzameld zelf data of verwerkt al aanwezige data aan de hand van een vraagstelling, in overleg met je begeleider. Het eindproduct bestaat uit onderzoeksverslag (deze staat los van je literatuurscriptie). Dit mag in de vorm van een uitgebreid labjournaal of een logboek zijn waarin in ieder geval ook een korte inleiding en vraagstelling worden beschreven en de verkregen data worden gepresenteerd en bediscussieerd, in het Nederlands of Engels (het laatste met wederzijds goedvinden). In overleg met je begeleider kunnen je eigen onderzoeksresultaten ook beknopt worden opgenomen in je literatuurscriptie, naast de uitgebreide(re) beschrijving in het onderzoeksverslag. Werkvormen Er worden 2 verplichte werkcollege(s) aangeboden. Hierin krijg je uitleg krijgt over -en oefen je met- verschillende (academische) vaardigheden die van belang zijn voor wetenschappelijke schrijven. Daarnaast zoek je zelf een persoonlijk begeleider (een docent van een onderzoeksgroep binnen en/of buiten het departement Biologie) die de inhoudelijke begeleiding voor zijn of haar rekening neemt. Toetsing Het eindcijfer voor de Bachelor Onderzoeksstage wordt bepaald door je begeleider (met minimaal BKO) en is, net als bij de Bachelor Onderzoeksscriptie, gebaseerd op een rubric (Onderzoek). Belangrijke onderdelen zijn: ─ het onderzoeksverslag ─ werkhouding en zelfstandigheid bij het uitvoeren van je onderzoek. ─ De doorlopen leercurve Studiemateriaal Labjas en veiligheidsbril (indien van toepassing)

190

Biologie in het werkveld niveau 2 cursussen BIOLOGIE IN HET WERKVELD Biology in the field Coördinator: dr. A.J.M. (Ton) Peeters Onderwijsinstituut Biologie H.R. Kruytgebouw kamer Z407, tel. 030-253 4143 e-mail: a.j.m.peeters@uu.nl Docenten: de module cursussen worden door diverse docenten van binnen en buiten de

UU gegeven. Cursuswebsite: http://biologieinhetwerkveld.org/ Ingangseisen: Er zijn geen specifieke ingangseisen. De cursussen kunnen vanaf

studiejaar 2 gevolgd worden Periode/slot: Dit zijn veelal buitencursussen die seizoensafhankelijk zijn en

derhalve niet in de voorgeschreven periodes/timeslots vallen. Inschrijving: LET OP: inschrijving voordeze cursussen is niet mogelijk via

OSIRIS-student maar gaat via de UBV! Belangrijk: De cursus ‘Biologie in het werkveld’ kan voor 7,5 ECTS

afgetekend worden als drie (willekeurige) module cursussen (elk 2,5 ECTS) gehaald zijn. Meld je hiervoor bij de cursuscoördinator, Ton Peeters. Voor studenten die deze cursussen vóór het studiejaar 2013-2014 gevolgd hebben is er geen mogelijkheid deze af te laten tekenen als onderdeel van ‘Biologie in het werkveld’.

FLORA Coördinator: Gijs Steur MSc., e-mail: g.steur@gmail.com Docenten: drs. Hans Persoon MSc en drs. Vijko Lukkien MSc,

dr. Edwin Pos, Stefan van Meijeren Msc, dr. Arie Speksnijder Periode: Voorjaar, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5 AVIFAUNA Coördinator: Luc de Bruijn Docenten: Luc de Bruijn, Erik Kleyheeg Periode: Voorjaar, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5 MYCOLOGIE Coördinator: Aldert Gutter Docenten: Aldert Gutter Periode: Najaar, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5

191

ENTOMOLOGIE Coördinator: dr. Henri Groeneveld, e-mail: H.W.Groeneveld@uu.nl Docenten: dr. Henri Groeneveld Periode: Najaar, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5 BIJEN Coördinator: Rob Welschen Ing., e-mail: M.J.H.M.Duchateau@uu.nl Docenten: mw.dr. Marie José Duchateau, Rob Welschen Ing. Periode: Voorjaar en avonduren Studiepunten: 2,5 HERPETOLOGIE Coördinator: Joris van den Berg, Robert Hagen e-mail: herpetologiecursusubv@gmail.com Docenten: Joris van den Berg en Robert Hagen Periode: Voorjaar, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5 GEOGRAFISCHE INFORMATIE SYSTEMEN (GIS) Coördinator: Laurens Bakker, e-mail: info@geodatan.nl Docenten: Laurens Bakker Periode: Voorjaar, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5 VLEERMUIZEN Coördinator: Ilco van Woersem, e-mail: hadjo.woersem@wxs.nl Docenten: Ilco van Woersem Periode: juni-september, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5 STUDENT SAFARI (zie de teks hieronder) Coördinator: Iris de winter, e-mail: i.i.dewinter@uu.nl Docenten: Iris de Winter Periode: juli (Zuid Afrika, of Botwana-Zimbabwe) Studiepunten: 2,5 Since 2010, university field courses named ‘Student Safaris’ are organised on a yearly basis, where enthusiastic and motivated students explore the wildlife and nature of Southern Africa. Students are invited to explore diverse ecosystems, encounter endemic wildlife species, and learn more about nature conservation on site. Two field courses (2.5 ECTS) will start in 2019: ─ South Africa and Swaziland (SA): July 2020 (Not sure whether this is possible) ─ Botswana-Zimbabwe (SABoZi): July/August 202020 (in case you also join the extension to

South-Africa, including Kruger National Park) (Not sure whether this is possible) Meet like-minded students and make a difference to nature, by gaining knowledge on conservation while being in the field. For more information on this once in a lifetime experience, you can send an e-mail to i.i.dewinter@uu.nl. ATTENTION: The expenses associated with this field course have to be covered by the participating student

192

Onderwijs- en examenregeling

Bacheloropleidingen

Faculteit Bètawetenschappen

2020-2021

Versie 5

met Bijlage A Biologie

193

Inhoud PARAGRAAF 1 – ALGEMENE BEPALINGEN ..................................................................................................... 194 art. 1.1 – Toepasselijkheid van de regeling ................................................................................................... 194 art. 1.2 – Begripsbepalingen ...................................................................................................................... 194 PARAGRAAF 2 – VOOROPLEIDING ............................................................................................................... 195 art. 2.1 – Toelating ................................................................................................................................... 195 art. 2.2 – Taaleis bij buitenlands diploma ..................................................................................................... 196 art. 2.3 - Colloquium doctum ...................................................................................................................... 196 PARAGRAAF 3 – INHOUD EN INRICHTING VAN DE OPLEIDING ........................................................................ 196 art. 3.1 – Doel van de opleiding .................................................................................................................. 196 art. 3.2 – Vorm van de opleiding ................................................................................................................. 197 art. 3.3 – Taal waarin de opleiding wordt verzorgd......................................................................................... 197 art. 3.4 – Studielast .................................................................................................................................. 197 art. 3.5 – Major ........................................................................................................................................ 197 art. 3.6 - Dubbele bachelor ........................................................................................................................ 197 art. 3.7 – Profileringsruimte ....................................................................................................................... 197 art. 3.8 – Onderwijs gevolgd aan een andere Nederlandse instelling ................................................................. 198 art. 3.9 – Cursussen gevolgd aan een buitenlandse universiteit ....................................................................... 198 art. 3.10 – Cursussen elders ....................................................................................................................... 199 art. 3.11 – Honoursprogramma’s in de Science Honours Academy.................................................................... 199 art. 3.12 – Feitelijke vormgeving onderwijs .................................................................................................. 199 art. 3.13 – Informatievoorziening ................................................................................................................ 199 PARAGRAAF 4 – ONDERWIJS ...................................................................................................................... 200 art. 4.1 – Cursus ...................................................................................................................................... 200 art. 4.2 – Ingangseisen cursussen; voorkennis .............................................................................................. 200 art. 4.3 - Inschrijving voor cursussen .......................................................................................................... 200 art. 4.4 – Deelname aan cursussen; Voorrangsregels ..................................................................................... 200 art. 4.5 – Inspanningsverplichting ............................................................................................................... 200 art. 4.6 – Afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije periode kerst .................................... 200 art. 4.7 – Evaluatie kwaliteit onderwijs......................................................................................................... 200 PARAGRAAF 5 – TOETSING ........................................................................................................................ 201 art. 5.1 – Algemeen .................................................................................................................................. 201 art. 5.2. - Examencommissie ...................................................................................................................... 201 art. 5.3. – Toetsing thesis .......................................................................................................................... 201 art. 5.4 – Beoordeling cursus ...................................................................................................................... 201 art. 5.5 – Reparatie: aanvullende of vervangende toets .................................................................................. 202 art. 5.6 – Toetsvorm ................................................................................................................................. 202 art. 5.7 – Mondelinge toetsen ..................................................................................................................... 202 art. 5.8 – Toetsvoorziening bijzondere gevallen ............................................................................................. 202 art. 5.9 – Termijn beoordeling .................................................................................................................... 203 art. 5.10 – Geldigheidsduur ........................................................................................................................ 203 art. 5.11 – Inzagerecht .............................................................................................................................. 203 art. 5.12 – Bewaartermijn toetsen ............................................................................................................... 203 art. 5.13 – Vrijstelling ............................................................................................................................... 203 art. 5.14 – Fraude en plagiaat .................................................................................................................... 203 PARAGRAAF 6 – EXAMEN ........................................................................................................................... 205 art. 6.1 – Examen ..................................................................................................................................... 205 art. 6.2 – Judicium cum laude ..................................................................................................................... 205 art. 6.3 – Graad ....................................................................................................................................... 205 art. 6.4 – Getuigschrift en Internationaal Diploma Supplement ........................................................................ 205 art. 6.5 – Honours .................................................................................................................................... 206 art. 6.6 – Grading Tables ........................................................................................................................... 206 PARAGRAAF 7 – STUDIEBEGELEIDING ......................................................................................................... 206 art. 7.1 – Studievoortgangsadministratie ...................................................................................................... 206 art. 7.2 – Studiebegeleiding ........................................................................................................................ 206 art. 7.3 – Handicap en chronische aandoening ............................................................................................... 207 art. 7.4 – (bindend) Studieadvies ................................................................................................................ 207 PARAGRAAF 8 – OVERGANGS- EN SLOTBEPALINGEN ..................................................................................... 208 art. 8.1 – Vangnetregeling ......................................................................................................................... 208 art. 8.2 – Wijziging ................................................................................................................................... 208 art. 8.3 – Bekendmaking ........................................................................................................................... 208 art. 8.4 – Inwerkingtreding ........................................................................................................................ 208 art. 8.5 – Overgangsregeling ...................................................................................................................... 208 BIJLAGE A: Biologie .................................................................................................................................. 208 art. 2.1 – Toelating ................................................................................................................................... 208 art. 2.3 - Colloquium Doctum ..................................................................................................................... 209 art. 3.1.2 – Doel van de opleiding ............................................................................................................... 209 art. 3.5 – Major ........................................................................................................................................ 209 art. 3.6 – Dubbele bachelor ........................................................................................................................ 210 art. 3.11 – Honoursprogramma in de Science Honours Academy; Biologie en MLS .............................................. 210 art. 4.6 – Afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije periode kerst ..................................... 211 art. 5.5 – Reparatie: aanvullende of vervangende toets .................................................................................. 211 art. 5.10 – Geldigheidsduur ........................................................................................................................ 211 art. 6.2 – Judicium cum laude ..................................................................................................................... 211 art. 7.4.12 – (bindend) Studieadvies ........................................................................................................... 211 art. 8.5 – Overgangsregeling Major Biologie .................................................................................................. 212

194

In de Onderwijs- en examenregeling zijn de opleidingsspecifieke rechten en plichten opgenomen van studenten enerzijds en de Universiteit Utrecht anderzijds. In het (algemene universitaire) Studentenstatuut staan de rechten en plichten die voor alle studenten gelden. Deze regeling is vastgesteld door de decaan van de Faculteit Bètawetenschappen op met instemming van de faculteitsraad en opleidingscommissie .

PARAGRAAF 1 – ALGEMENE BEPALINGEN art. 1.1 – Toepasselijkheid van de regeling Deze regeling geldt voor het studiejaar 2020-2021 en is van toepassing op het onderwijs, de toetsen en het examen van de bacheloropleidingen van de Undergraduate School Bètawetenschappen: Biologie, Farmacie, Informatica, Informatiekunde, Natuur- en Sterrenkunde, Scheikunde en Wiskunde (hierna te noemen: de opleiding) en op alle studenten die voor de opleiding staan ingeschreven en op diegenen die verzoeken om toegelaten te worden tot de opleiding. Indien een artikel specifiek ingaat op een individuele bacheloropleiding, dan is dat terug te vinden in bijlage A (Biologie), bijlage B (Farmacie), bijlage C (Informatica), bijlage D (Informatiekunde), bijlage E (Natuur-en Sterrenkunde), bijlage F (Scheikunde) en bijlage G (Wiskunde). De opleiding wordt verzorgd door de Undergraduate School van de faculteit Bètawetenschappen, hierna te noemen: de faculteit.

art. 1.2 – Begripsbepalingen In deze regeling wordt verstaan onder: a. de wet: de Wet op het hoger onderwijs en wetenschappelijk onderzoek (WHW); b. student: degene die is ingeschreven aan de universiteit voor het volgen van het

onderwijs en/of het afleggen van de tentamens en de examens van de opleiding; c. studiepunt: eenheid uitgedrukt in European Credits (EC), waarbij één studiepunt gelijk

staat aan 28 uur studeren; d. gedragscode taal: de op grond van art. 7.2 sub c van de wet door het college van

bestuur vastgestelde gedragsregels ten aanzien van het verzorgen van het onderwijs en de examens in een andere taal dan het Nederlands4;

e. opleiding: de bacheloropleiding genoemd in art. 1.1 van deze regeling, met een eigen CROHO label. De opleiding bestaat uit een samenhangend geheel van onderwijseenheden;

f. cursus: het geheel van onderwijs en toetsing van een onderwijseenheid van de opleiding, opgenomen in de Universitaire Onderwijscatalogus;

g. major: een samenhangend geheel van cursussen die samen de hoofdrichting van de opleiding vormen;

h. minor: een samenhangend geheel van cursussen met een omvang van 30 EC, anders dan de eigen major;

i. opleidingsdirecteur: verantwoordelijk voor de organisatie, inhoud en kwaliteit van het onderwijs. Iedere bacheloropleiding van de faculteit Bètawetenschappen heeft een opleidingsdirecteur.;

j. honoursonderwijs: bestaat uit de honoursprogramma’s van de bacheloropleidingen van de faculteit Bètawetenschappen (zie art. 3.9).;

k. Science Honours Academy: al het honoursonderwijs van de faculteit Bètawetenschappen valt onder de Science Honours Academy;

l. honoursprogramma: aanvullend uitdagend, voor een deel extra-curriculair, programma van 45 studiepunten voor geselecteerde studenten;

m. toets: tentamen als bedoeld in art. 7.10 van de wet; de toetsing of aan alle leerdoelen van een cursus is voldaan;

n. examen: het afsluitend bachelorexamen van de opleiding dat met goed gevolg is afgelegd

4 Zie artikel 3.3

195

als aan alle verplichtingen van de gehele bacheloropleiding is voldaan; o. Universitaire Onderwijscatalogus: het onder verantwoordelijkheid van het college van

bestuur gehouden register (OSIRIS) van de binnen de universiteit verzorgde cursussen; p. contacturen. Onder contacturen wordt verstaan:

- onderwijsuren waarbij een docent fysiek aanwezig is, zoals hoor- en werkcolleges, studiebegeleiding, stagebegeleiding, practica, tentamens en examens en ook studieloopbaanbegeleiding voor zover de opleiding die voor alle studenten heeft geprogrammeerd; - overige uren die door de opleiding zijn geprogrammeerd en die worden gekenmerkt door contact tussen studenten onderling, virtueel of reëel en/of virtueel contact met docenten.;

q. portfolio: de verzameling documenten met betrekking tot de prestaties van de student binnen de door de student gekozen opleiding;

r. cursuscoördinator: de docent die het aanspreekpunt is voor de cursus; s. examinator: een door de examencommissie benoemde docent die eindverantwoordelijk is

voor de tentaminering in de cursus; t. contract onderwijsvoorzieningen: het door de opleidingssdirecteur (of andere functionaris

namens de opleiding) en de student met een handicap of chronische aandoening afgesloten contract waarin is vastgelegd op welke noodzakelijke en redelijke voorzieningen de student recht heeft;

u. Internationaal Diploma Supplement: de bijlage bij het bachelor getuigschrift waarin een toelichting is opgenomen met betrekking tot de aard en de inhoud van de opleiding (mede in internationale context)5;

v. semester: een onderwijsperiode die opgebouwd is uit twee aaneengesloten perioden van elk tien weken.

De overige begrippen hebben de betekenis die de wet daaraan toekent.

PARAGRAAF 2 – VOOROPLEIDING art. 2.1 – Toelating 1. Naast de in de wet genoemde diploma’s die toegang geven tot de opleiding, hebben de

bezitters van het diploma van een in bijlage A-G vermelde gelijkwaardige vooropleiding toegang tot de opleiding mits voldaan is aan voorwaarden genoemd in het tweede lid.

2. Degenen die niet een diploma met het juiste vwo-vakkenpakket hebben (dat direct toelating geeft tot de opleiding; zie bijlage A-G), maar wel een gelijkwaardig diploma dat op grond van de wet of op grond van het eerste lid toegang geeft, kunnen pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat zij voldoende kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezitten van de vakken van het verplichte vwo-profiel die vermeld staan in de opleidingsspecifieke bijlagen A-G.

3. Degenen die niet een diploma met het juiste vwo-profiel hebben (dat direct toelating geeft tot de opleiding), maar wel een diploma van met goed gevolg afgelegd propedeutisch examen aan een hogeschool, kunnen pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat zij voldoende kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezitten van de volgende vakken: zie bijlagen A-G.

4. Deficiënties in de vooropleiding in de vakken genoemd in lid 2 moeten voor aanvang van de opleiding zijn weggewerkt. Dit kan blijken uit het succesvol afgelegd hebben van de desbetreffende toetsen bij Boswell Bèta of de Centrale Commissies Voortentamen Biologie / Natuurkunde / Scheikunde / Wiskunde. De examencommissie kan in bijzondere gevallen een docent aan de universiteit in het desbetreffende vak belasten met het afnemen van een of meer toetsen.

5. Voor numerus fixus opleidingen met selectie geldt:

5 Voor Scheikunde wordt een eurobachelor certificaat uitgereikt. Dat is de bijlage bij het getuigschrift waarmee binnen de European Chemistry Thematic network overeengekomen opleidingskwaliteit wordt gegarandeerd.

196

Uitsluitend kandidaten die op grond van het ‘Reglement selectie voor numerus fixus bacheloropleidingen’ een bewijs van toelating hebben gekregen kunnen inschrijven voor de opleiding.

art. 2.2 – Taaleis bij buitenlands diploma Bezitters van een buitenlands diploma kunnen pas inschrijven: a. nadat voldaan is aan de eis inzake voldoende beheersing van de Nederlandse taal door het

met goed gevolg afleggen van het staatsexamen Nederlands als tweede taal, programma 2 dan wel het certificaat Nederlands als Vreemde Taal, ‘Educatief Professioneel’ of ’Educatief Startbekwaam’ en6

b. nadat is aangetoond dat voldaan is aan de eis van voldoende beheersing van de Engelse taal op het niveau van het Nederlandse vwo-examen. Deficiënties in de vooropleiding in Engels moeten voor aanvang van de opleiding zijn weggewerkt. Dit moet blijken uit het succesvol afgelegd hebben van één van de volgende toetsen: o IELTS (International English Language Testing System), academic module. De

minimum vereiste IELTS score (overall band) moet zijn: 6.0 met tenminste 5.5 voor het onderdeel ‘writing’.

o TOEFL (Test Of English as a Foreign Language). De minimum vereiste TOEFL score is: 83 (internet-based test).

o Cambridge EFL (English as a Foreign Language) Examinations, met één van de volgende certificaten:

- Cambridge English Advanced (CAE). Minimum score: 169 total, 162 writing. - Cambridge English Proficiency (CPE). Minimum score: 180 total, 162 writing.

art. 2.3 - Colloquium doctum Het toelatingsonderzoek, bedoeld in art. 7.29 van de wet, heeft betrekking op de volgende vakken op het daarbij vermelde niveau: zie bijlagen A-G

PARAGRAAF 3 – INHOUD EN INRICHTING VAN DE OPLEIDING art. 3.1 – Doel van de opleiding 1. Met de opleiding wordt beoogd:

o verwerving van kennis, vaardigheid en inzicht op het gebied van de major, waarmee de eindkwalificaties genoemd in het tweede lid bereikt worden.

o academische vorming. Hieronder wordt verstaan het ontwikkelen van competenties (kennis, vaardigheden en attitudes) ten aanzien van:

o academisch denken, handelen en communiceren; o hanteren van relevant wetenschappelijk instrumentarium; o (wetenschappelijk) communiceren in de voerta(a)l(en) van de opleiding; o hanteren van specifieke kennis van een vakgebied in een bredere

wetenschappelijke, wetenschapsfilosofische, en maatschappelijk/culturele context;

o gedragsnormen die gelden tijdens de studie en binnen de wetenschap. o voorbereiding op een verdere (studie)loopbaan.

Studenten worden vanaf het eerste bachelorjaar vertrouwd gemaakt met theorie en praktijk van wetenschappelijk onderzoek en andere academische en/of carrièremogelijkheden.

2. De afgestudeerde: o heeft kennis van en inzicht in het vakgebied van de major; o heeft kennis van en inzicht in de theoretische en methodologische grondslagen van

de major; o beschikt over algemene academische vaardigheden, in het bijzonder de academische

vaardigheden met betrekking tot de major; o is in staat om kennis en inzicht op dusdanige wijze toe te passen, dat dit een

professionele en integere benadering van diens werk of beroep laat zien;

6 Voor studenten die geselecteerd zijn voor het College of Pharmaceutical Sciences geldt alleen art. 2.2.b.

197

o kan een praktijkvraag of probleem op het vakgebied herformuleren tot een duidelijke en onderzoekbare probleemstelling; de daarin vervatte begrippen op adequate wijze operationaliseren; een onderwerp zowel theoretisch als empirisch bestuderen, in onderlinge samenhang; het resultaat weergeven in een coherent betoog dat wordt afgesloten met een heldere, synthetiserende conclusie; de resultaten gebruiken voor het beantwoorden van de praktijkvraag of het bijdragen aan verheldering en zo mogelijk oplossing van het probleem; vormt een oordeel dat mede gebaseerd is op het afwegen van relevante sociaalmaatschappelijke, wetenschappelijke of ethische aspecten.

o is in staat om informatie, ideeën en oplossingen over te brengen op een publiek bestaande uit specialisten en/of niet-specialisten.

o bezit de leervaardigheden en competenties die noodzakelijk zijn om een vervolgopleiding aan te gaan. (zie ook bijlagen A-G)

3. De opleiding is zodanig ingericht dat de student in staat wordt gesteld zodanige kennis en vaardigheden met betrekking tot Engelse taalvaardigheid te verwerven dat de student bij het afronden van de bachelor voldoet aan de toelatingseisen met betrekking tot Engelse taalvaardigheid van een masteropleiding in Nederland.

art. 3.2 – Vorm van de opleiding De opleiding wordt voltijds verzorgd.

art. 3.3 – Taal waarin de opleiding wordt verzorgd 1. De opleiding wordt in het Nederlands verzorgd7. 2. In afwijking van het eerste lid kunnen een of meer cursussen van de opleiding in het Engels worden verzorgd indien niet-Nederlandstalige uitwisselingsstudenten de cursus volgen en/of als de docent(en) van de cursus de Nederlandse taal niet voldoende beheers(t)(en). Daarnaast kunnen niveau 2 en 3 cursussen8 in het Engels worden aangeboden, om studenten voldoende voor te bereiden op Engelstalig masteronderwijs.

art. 3.4 – Studielast 1. De opleiding heeft een studielast van 180 studiepunten. 2. De opleiding omvat cursussen op gevorderd niveau9 met een totale studielast van

tenminste 45 studiepunten in de major en profileringsruimte samen (zie bijlagen A-G). art. 3.5 – Major 1. De inhoud en randvoorwaarden verbonden aan de major zijn te vinden in de

opleidingsspecifieke bijlagen A-G. 2. Onderdeel van de major is een thesis met een studielast van ten minste 7,5 studiepunten

(zie ook bijlagen A-G), waarbij de student de mogelijkheid heeft een afrondend bachelor werkstuk te maken als proeve van bekwaamheid waarin vereiste kennis, vaardigheden en attitudes samenkomen.

art. 3.6 - Dubbele bachelor Zie bijlagen A-G.

art. 3.7 – Profileringsruimte 1. De opleiding omvat een profileringsruimte, waarin de student cursussen kiest met een

totale studielast van ten minste 45 studiepunten10. 2. De cursussen van de profileringsruimte dienen voor ten minste 15 studiepunten op

verdiepend of gevorderd niveau te liggen. 3. Voor keuze komen cursussen in aanmerking opgenomen in de Universitaire

Onderwijscatalogus of cursussen elders (zie art. 3.8 en 3.9), tenzij er naar het oordeel van de examencommissie sprake is van inhoudelijke dubbeling met betrekking tot door de student afgelegde of af te leggen cursussen. Indien cursussen inhoudelijk geheel of

7 Het Onderwijs in het College of Pharmaceutical Sciences wordt in het Engels verzorgd. In bijlage B is de beargumenteerde keuze voor het taalbeleid weergegeven. 8 Zie art. 4.1 9 Zie art. 4.1 10 Voor dubbele bachelors is de omvang van de profileringsruimte afwijkend en te vinden in de bijlagen.

198

gedeeltelijk overlappen kan de examencommissie de inbreng van deze cursussen voor het examen beperken door aftrek van studiepunten naar rato van de overlap.

4. Indien de student een samenhangend geheel van cursussen kiest, dat door een faculteit wordt verzorgd onder de aanduiding ”minor”, wordt deze aanduiding op het getuigschrift van het examen vermeld.

art. 3.8 – Onderwijs gevolgd aan een andere Nederlandse instelling 1. Voor keuze als bedoeld in artikel 3.7, derde lid, komen tevens - onder goedkeuring van de

examencommissie - in aanmerking cursussen verzorgd door een andere Nederlandse universiteit dan wel van een bekostigde of aangewezen Nederlandse instelling voor hoger beroepsonderwijs. De examencommissie bepaalt daarbij welk niveau deze cursussen hebben. De studiepunten en cijfers van de andere Nederlandse instelling worden overgenomen.

2. De examencommissie geeft geen goedkeuring als er naar haar oordeel sprake is van onvoldoende academisch niveau of inhoudelijke dubbeling met betrekking tot eerder door de student afgelegde cursussen. Indien cursussen inhoudelijk geheel of gedeeltelijk overlappen kan de examencommissie de inbreng van deze cursussen voor het examen beperken door aftrek van studiepunten naar rato van de overlap.

3. Indien de cursussen door een andere Nederlandse instelling worden aangeboden via Kies-Op-Maat, dient de student goedkeuring van de examencommissie te vragen.

art. 3.9 – Cursussen gevolgd aan een buitenlandse universiteit 1. Voor keuze als bedoeld in artikel 3.7, derde lid, komen tevens - onder goedkeuring van de

examencommissie - cursussen in aanmerking, verzorgd door een buitenlandse universiteit. De examencommissie bepaalt daarbij of deze cursussen voldoende academisch niveau hebben. De examencommissie geeft geen goedkeuring als er naar haar oordeel sprake is van inhoudelijke dubbeling met betrekking tot eerder door de student afgelegde cursussen. Indien cursussen inhoudelijk geheel of gedeeltelijk overlappen kan de examencommissie de inbreng van deze cursussen voor het examen beperken door aftrek van studiepunten naar rato van de overlap.

2. De opleiding publiceert op de studentensite de procedure met betrekking tot het inbrengen van buitenlandse cursussen:

- daarbij is aangegeven op welk moment en op welke manier studenten goedkeuring kunnen vragen voor buitenlandse cursussen;

- daarbij hebben studenten de mogelijkheid om op een zodanig moment goedkeuring te vragen dat zij bij aanvang van de uitwisseling uitsluitsel hebben van de examencommissie.

3. Omzetting van behaalde studiepunten voor buitenlandse cursussen is als volgt: a. Voor cursussen van buitenlandse universiteiten binnen de Europese Unie/Europese

Economische Ruimte die met het European Credit Transfer Systeem (ECTS) werken, die qua inhoud en niveau zijn goedgekeurd door de examencommissie worden de studiepunten overgenomen. In afwijking hiervan kan de examencommissie besluiten een ander aantal studiepunten toe te kennen als vast staat dat de in het buitenland toegekende studiepunten niet in overeenstemming zijn met de studiebelastingsuren.

b. Voor cursussen van buitenlandse universiteiten buiten de Europese Unie/Europese Economische Ruimte die niet met het European Credit Transfer Systeem (ECTS) werken, die qua inhoud en niveau zijn goedgekeurd door de examencommissie worden de studiepunten omgezet conform de universiteitsbrede omrekentabel. Zie www.uu.nl/credit-omrekentabel. De examencommissie kan in bijzondere gevallen hiervan afwijken als daar gegronde redenen voor zijn.

4. Omzetting van behaalde resultaten voor buitenlandse cursussen is als volgt: a. Buitenlandse resultaten worden omgezet naar de alfanumerieke resultaten V/ONV

(Voldoende/Onvoldoende); daarnaast worden tevens de oorspronkelijke resultaten geregistreerd in OSIRIS. Voorts worden de oorspronkelijke resultaten afgedrukt op het Internationaal Diploma Supplement, bedoeld in artikel 6.4 en wordt daarin verwezen naar de informatie van de Nuffic over de beoordelingsschalen bij buitenlandse instellingen (https://www.nuffic.nl/onderwerpen/onderwijssystemen).

b. De buitenlandse universiteit bepaalt waar de cesuur ligt voor een voldoende en legt vast in het transcript of de student een voldoende heeft behaald.

c. De buitenlandse resultaten tellen niet mee voor het gemiddelde eindcijfer van de student.

d. De examencommissie bepaalt of en op welke wijze buitenlandse resultaten meewegen bij het bepalen van cum laude.

199

art. 3.10 – Cursussen elders 1. Voorwaarde voor het behalen van het getuigschrift van het bachelorexamen van de opleiding

is dat ten minste de helft van het onderwijsprogramma is behaald via cursussen verzorgd door de Universiteit Utrecht.

2. Cursussen die tijdens de opleiding elders behaald worden, kunnen uitsluitend met toestemming van de examencommissie worden ingebracht in het examenprogramma van de student.

3. Voor cursussen die voorafgaand aan de start van de bacheloropleiding zijn behaald aan een instelling voor hoger onderwijs, kan slechts op grond van art. 5.13 vrijstelling worden verleend.

4. In afwijking van het derde lid, worden cursussen die: - voorafgaand aan de start van de bacheloropleiding zijn behaald, - en opgenomen zijn in de Universitaire Onderwijscatalogus, - en naar het oordeel van de examencommissie ingebracht kunnen worden in de

profileringsruimte of major, niet als vrijstelling geregistreerd, maar met de cursusnaam en het oorspronkelijke cijfer geregistreerd in OSIRIS en vermeld op het Internationaal Diploma Supplement, bedoeld in artikel 6.4.

art. 3.11 – Honoursprogramma’s in de Science Honours Academy 1. De honoursprogramma’s hebben een studielast van 45 studiepunten. Daarvan worden

onderdelen met een totale studielast van minimaal 15 tot maximaal 30 studiepunten in de major gevolgd. Het honoursprogramma kent ten minste 15 studiepunten aan extracurriculaire activiteiten. De samenstelling van het programma is vermeld in bijlagen A-G. Van elke honoursstudent wordt actieve deelname verwacht aan extracurriculaire activiteiten binnen de honourscommunity, waarvan 7,5 ECT aan interdisciplinaire activiteiten bij de Science Honours Academy. Onderdeel van het honoursprogramma is een honours-thesis met een studielast van tenminste 7,5 studiepunt. Studenten doen internationale en/of interdisciplinaire en/of maatschappelijke ervaring op in het honoursprogramma. 2. De selectie van kandidaten en de toelating tot het programma is opgedragen aan de

selectiecommissies van de individuele honoursprogramma’s. De kandidaat ontvangt een toelatings- c.q. afwijzingsbeslissing tot het honoursprogramma. Bij afwijzing wordt gewezen op de bezwaarmogelijkheid bij de opleidingsdirecteur.

3. De voorwaarden voor toelating tot het honoursprogramma zijn vermeld in de bijlagen (bijlagen A-G).

4. Na afloop van elk studiejaar wordt de voortgang van de studenten in het honoursprogramma geëvalueerd. De gebruikte criteria voor de evaluatie zijn te vinden op de website van de Science Honours Academy. Op basis van deze evaluatie wordt door de opleidingsdirecteur besloten of de student het programma mag vervolgen of moet stoppen. Er kan bezwaar gemaakt worden tegen dit besluit bij de honoursdirector.

art. 3.12 – Feitelijke vormgeving onderwijs 1. Het aantal contacturen voor de opleiding bedraagt gemiddeld ten minste 12 uur per

week. 2. In de Universitaire Onderwijscatalogus is van elke cursus aangegeven:

a. de leerdoelen; b. de ingangseisen (zie ook art. 4.2); c. de examinator, cursuscoördinator, toetsvormen (zie ook art. 5.6), capaciteit,

inspanningsverplichting (zie ook art. 4.5), vereiste voorkennis (zie ook art. 4.2); beoordelingscriteria;

d. de programmering van de contacturen. 3. Studenten kunnen de roosters van het onderwijs waarvoor zij staan ingeschreven, inzien

in de OSIRIS onderwijscatalogus. Voorts kunnen de studenten in MyTimetable zien waar en wanneer de toetsen en aanvullende toetsen van de cursussen waarvoor zij staan ingeschreven, plaatsvinden.

art. 3.13 – Informatievoorziening De studenten dienen geregeld hun universitaire e-mailadres en de tijdens de cursus gebruikte digitale leeromgeving te raadplegen. Informatie die via e-mail en/of die digitale leeromgeving is verspreid wordt als bekend verondersteld.

200

PARAGRAAF 4 – ONDERWIJS art. 4.1 – Cursus 1. De cursussen van de opleiding hebben een studielast van zeven en een halve studiepunt of een

veelvoud daarvan. 2. Alle cursussen die deel uit kunnen maken van de opleiding zijn opgenomen in de Universitaire

Onderwijscatalogus. 3. Een cursus wordt verzorgd op een van de volgende niveaus:

- inleidend: 1 - verdiepend: 2 - gevorderd: 3

art. 4.2 – Ingangseisen cursussen; voorkennis Aan een cursus kan pas worden deelgenomen als de student voldoet aan de ingangseisen. In de Universitaire Onderwijscatalogus is bij elke cursus aangegeven wat die vereiste ingangseisen zijn en wat de (aanbevolen) voorkennis is.

art. 4.3 - Inschrijving voor cursussen 1. Aan een cursus kan pas worden deelgenomen nadat de student zich tijdig daarvoor via OSIRIS-

student heeft inschreven. 2. De student kan zich uitschrijven via OSIRIS student tot en met de na-inschrijvingsdagen

voorafgaande aan het betreffende blok. art. 4.4 – Deelname aan cursussen; Voorrangsregels

1. In de Universitaire Onderwijscatalogus wordt aangegeven voor hoeveel studenten een cursus ten hoogste wordt verzorgd.

2. Toelating voor de cursussen met een beperkte capaciteit vindt plaats op basis van vooraf vastgestelde toelatingscriteria en voorrangsregels, met dien verstande dat voor de opleiding ingeschreven studenten voorrang genieten bij de cursussen die behoren tot het verplichte deel van hun major.

art. 4.5 – Inspanningsverplichting

1. Van alle studenten wordt actieve deelname verwacht aan de cursus waarvoor zij staan ingeschreven.

2. Naast de algemene eis dat studenten actief participeren in het onderwijs, worden de aanvullende eisen per cursus in de Universitaire Onderwijscatalogus omschreven. Tenzij aldaar anders vermeld, is de minimum aanvullende eis dat een student participeert in alle toetsonderdelen van een cursus en alle eventuele in de cursus gestelde deadlines haalt.

3. Als niet aan de inspanningsverplichting is voldaan kan de cursuscoördinator studenten uitsluiten van verdere deelname aan de cursus of een gedeelte daarvan.

art. 4.6 – Afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije periode kerst In bijlagen A-G zijn de cursussen opgenomen die internationale studenten in periode 2 voor de onderwijsvrije periode rond kerst kunnen afronden.

art. 4.7 – Evaluatie kwaliteit onderwijs

1. De opleidingsdirecteur is verantwoordelijk voor de bewaking van de kwaliteit van het onderwijs. Daartoe zorgt de opleidingsdirecteur dat er evaluatie van cursussen plaatsvindt en er evaluatie op het niveau van het curriculum plaatsvindt. Bij de kwaliteitszorg van het onderwijs betrekt de opleidingssdirecteur de adviezen en verbetersuggesties van de opleidingscommissie over het bevorderen en waarborgen van de kwaliteit van de opleiding.

2. Het onderwijs in de opleiding wordt in ieder geval op een of meerdere van de volgende wijzen geëvalueerd:

- tussentijdse evaluatie in de cursus: gedurende de cursus kunnen studenten feedback geven over zaken die mogelijk anders of beter zouden kunnen;

- cursusevaluaties: aan het eind van de onderdelen wordt aan de deelnemende studenten een oordeel gevraagd over de kwaliteit van de inhoud, didactische vormgeving, studiematerialen en tentaminering;

- evaluatie op het niveau van het curriculum; - door middel van de Nationale Studenten Enquête (NSE) wordt het oordeel van studenten

gevraagd over alle aspecten van het onderwijs en de voorzieningen. 3. De studenten die hebben deelgenomen aan de cursus worden op de hoogte gesteld van de

uitkomsten van de cursusevaluatie.

201

PARAGRAAF 5 – TOETSING art. 5.1 – Algemeen 1. Tijdens de cursus wordt de student op de gestelde leerdoelen en de academische vorming11

getoetst. 2. In de Universitaire Onderwijscatalogus staat beschreven aan welke eisen de student moet

voldoen om de cursus met succes af te ronden en wat de criteria zijn waarop de student beoordeeld wordt.

3. Iedere cursus bevat meerdere toetsmomenten. Uiterlijk halverwege de cursusduur is er een moment waarop de docent de vorderingen van de student evalueert en aan de student kenbaar maakt.

4. De toetsing van de student is afgerond bij het einde van de cursus. 5. In het Reglement12 van de examencommissie staat de gang van zaken bij toetsing

beschreven. art. 5.2. - Examencommissie 1. De decaan stelt voor elke opleiding of groep van opleidingen een examencommissie in en

draagt er zorg voor dat het onafhankelijk en deskundig functioneren van de examencommissie voldoende wordt gewaarborgd.

2. De decaan benoemt de voorzitter en de leden van de examencommissie voor een termijn van drie jaar op basis van hun deskundigheid op het terrein van de betreffende opleiding(en) of het terrein van toetsing, waarbij: - ten minste één lid afkomstig is van buiten de desbetreffende (groep van) opleiding(en), en - ten minste één lid als docent verbonden is aan de desbetreffende (groep van) opleiding(en). Herbenoeming is mogelijk. Alvorens tot benoeming over te gaan, hoort de decaan de leden van de desbetreffende examencommissie.

3. Als lid of voorzitter van de examencommissie kan niet benoemd worden iemand die een managementfunctie met financiële verantwoordelijkheid bekleedt of bestuurlijke (deel)verantwoordelijkheid voor een onderwijsprogramma heeft. Hieronder worden in ieder geval verstaan: de decaan, vicedecaan, lid van een departementaal management/bestuursteam, opleidingsdirecteur, directeur/hoofd/manager van een afdeling en lid/voorzitter van de board of studies van de Undergraduate School.

4. Het lidmaatschap van de examencommissie eindigt bij het verstrijken van de benoemingstermijn. Voorts wordt aan de voorzitter en de leden door de decaan op eigen verzoek ontslag verleend. De voorzitter en de leden worden door de decaan ontslagen, indien zij niet meer voldoen aan de vereisten genoemd in lid 2 of lid 3 van dit artikel. Voorts kan de decaan de voorzitter en de leden ontslaan indien is gebleken dat zij de wettelijke taken onvoldoende uitvoeren.

5. De decaan maakt de samenstelling van de examencommissie(s) aan de studenten en docenten bekend. Zie https://students.uu.nl/en/node/603/praktische-informatie/examencommissie.

art. 5.3. – Toetsing thesis 1. De toetsing van de in artikel 3.5 lid 2 bedoelde thesis wordt verricht door ten minste 2

examinatoren (de desbetreffende begeleider en een tweede beoordelaar). 2. Indien de thesis in meertallen wordt geschreven, krijgt elke student op grond van diens

expliciet gemaakte bijdrage een individuele beoordeling. art. 5.4 – Beoordeling cursus 1. De examinator van een cursus geeft aan iedere student die voor de cursus is ingeschreven een

beoordeling. 2. Het werk van de student wordt beoordeeld op een numerieke schaal of als dat niet zinvol is

met het oordeel voldoende (V) of onvoldoende (ONV). 3. Numerieke beoordelingen:

o Cijfers worden gegeven op een schaal van 1 tot en met 10. De eindbeoordeling van een cursus is voldoende dan wel onvoldoende, waarbij een 6 of hoger voldoende is. De eindbeoordeling wordt door de examinator vastgesteld volgens de bij de cursus gepubliceerde methode en vervolgens als volgt afgerond:

11 Zie art. 3.1.1 12 Ook wel ‘Regels en Richtlijnen genoemd’

202

cijfer groter of gelijk aan tot cijfer afronding 4,95 5,50 5 5,50 6,05 6

Overige cijfers worden afgerond op maximaal één decimaal: naar boven als de tweede decimaal 5 of hoger is en naar beneden als de tweede decimaal 4 of lager is.

o Als de beoordeling wordt bepaald als gewogen gemiddelde van deelresultaten, dan worden die deelresultaten niet afgerond.

4. Als een beoordeling louter wordt bepaald door groepswerk dan moeten deze beoordelingen per individuele student herleidbaar zijn.

5. In afwijking van lid 2 worden in de volgende gevallen niet-numerieke beoordelingen toegekend:

- de student die staat ingeschreven voor een cursus en aan geen enkel toetsonderdeel heeft deelgenomen, ontvangt een ND (Niet Deelgenomen);

- de student die aan te weinig toetsonderdelen heeft deelgenomen om in aanmerking te komen voor een aanvullende toets, ontvangt een NVD (Niet VolDaan);

- de student die aan te weinig toetsonderdelen heeft deelgenomen om een beoordeling te kunnen vaststellen of niet voldaan heeft aan de eisen voor alle toetsonderdelen, maar nog wel recht heeft op een aanvullende toets, ontvangt een AANV (AANVullende toets);

- de student aan wie vrijstelling is verleend door de examencommissie ontvangt een VR (VRijstelling);

art. 5.5 – Reparatie: aanvullende of vervangende toets 1. Indien studenten aan alle inspanningsverplichtingen tijdens de cursus hebben voldaan, worden

zij uitsluitend bij een onvoldoende eindbeoordeling van ten minste een vier of AANV, eenmaal in de gelegenheid gesteld een aanvullende of een vervangende toets af te leggen.

2. Studenten komen niet in aanmerking voor aanvullende of vervangende toetsing indien een voldoende is toegekend.

3. Een student die vanwege een overmachtsituatie niet in staat is geweest tot het afleggen van maximaal één (deel)toets per cursus mag een aanvullende of vervangende toets doen, indien de student de overmachtsituatie zo spoedig mogelijk als kan worden verwacht, gemeld heeft. Zie in de bijlage waar de student de overmachtsituatie moet melden (bijlagen A-G). De student komt hierna niet zondermeer in aanmerking voor een aanvullende of vervangende toets als bedoeld in lid 5.5.1

4. Bij de aanvullende of vervangende toets zoals beschreven onder lid 1 en 3 kan de gehele stof van de cursus worden getoetst.

art. 5.6 – Toetsvorm 1. Toetsing binnen een cursus vindt plaats op de wijze als vermeld in de Universitaire

Onderwijscatalogus. 2. Op verzoek kan de examencommissie toestaan dat een toets op een andere wijze dan

krachtens het eerste lid is bepaald, wordt afgelegd.

art. 5.7 – Mondelinge toetsen 1. Mondeling wordt niet meer dan één persoon tegelijk getoetst, tenzij de examencommissie

anders heeft bepaald. 2 . Het mondeling afnemen van een toets is openbaar, tenzij de examencommissie of de

desbetreffende examinator in een bijzonder geval anders heeft bepaald, dan wel de student daartegen bezwaar heeft gemaakt.

3. Een mondelinge toets wordt afgenomen door twee door de examinator aangewezen beoordelaars, tenzij de examencommissie anders heeft bepaald.

4. Het is de student te allen tijde toegestaan om de examencommissie om toestemming te vragen om een vertrouwenspersoon mee te nemen naar de mondelinge toets.

art. 5.8 – Toetsvoorziening bijzondere gevallen 1. Indien studenten voor het behalen van het bachelorexamen nog ten hoogste één (eerder

afgelegde maar niet met goed gevolg voltooide) cursus van maximaal 7,5 studiepunt nodig hebben en het niet verlenen van een individuele toetsvoorziening aantoonbaar tot een studievertraging van meer dan een semester leidt, kunnen zij de examencommissie verzoeken in aanmerking te komen voor een individuele toetsvoorziening.

2. Indien het niet verlenen van een individuele toetsvoorziening zou leiden tot een ‘bijzonder geval van onbillijkheid van overwegende aard’ kan de examencommissie besluiten een toetsvoorziening toe te kennen.

3. Verzoeken om een bijzondere toetsvoorziening moeten zo snel mogelijk met bewijsstukken

203

worden ingediend bij de examencommissie. 4. Artikel 5.5 is van overeenkomstige toepassing op de (individuele) toetsvoorziening bedoeld in

het eerste lid. Dat betekent dat de examencommissie studenten die: a. door overmacht de reguliere eindtoets van de cursus hebben gemist en b. bij wijze van bijzondere toetsvoorziening alsnog de toets afleggen,

in de gelegenheid kan stellen een aanvullende of vervangende toets af te leggen bij een onvoldoende eindbeoordeling van tenminste een vier.

art. 5.9 – Termijn beoordeling 1. De examinator stelt uiterlijk 10 werkdagen na afloop van de periode waarin de cursus verzorgd

wordt, de beoordelingen vast en verschaft de administratie van de faculteit de gegevens. 2. De examinator stelt het oordeel over een schriftelijke of op andere wijze afgenomen toets vast

binnen 10 werkdagen na de dag waarop deze is afgenomen, en maakt schriftelijk of elektronisch de uitslag van de afgenomen toets bekend aan de student.

3. De examinator stelt binnen een werkdag na het afnemen van de laatste mondelinge toets het oordeel vast, reikt de student een desbetreffende schriftelijke verklaring uit en verschaft de administratie van de faculteit de betreffende gegevens.

4. Indien het oordeel door overmacht niet binnen deze termijn beschikbaar is, dient de examinator dit te communiceren naar de student. Hierbij dient een indicatie gegeven te worden van het moment waarop het oordeel zal worden vastgesteld. Overmacht kan slechts worden vastgesteld in overleg met de opleidingsdirecteur.

5. De student heeft inzagerecht, bedoeld in art. 5.11 en de beroepsmogelijkheid bij het College van beroep voor de examens.

art. 5.10 – Geldigheidsduur 1. De geldigheidsduur van behaalde cursussen is onbeperkt. In afwijking hiervan kan de

examencommissie voor een cursus, waarvan de toets langer dan vijf jaar geleden is behaald, een aanvullende dan wel een vervangende toets opleggen indien de getentamineerde kennis of het getentamineerde inzicht aantoonbaar verouderd is, of indien de getentamineerde vaardigheden aantoonbaar verouderd zijn.

2. De periode van vijf jaar bedoeld in het eerste lid wordt verlengd met het aantal maanden financiële ondersteuning dat de student toegekend heeft gekregen op grond van het profileringsfonds als bedoeld in paragraaf 2a WHW en de toegekende periode van verlenging prestatiebeurs vanwege handicap of chronische aandoening.

3. Deeltoetsen die behaald zijn binnen een cursus die niet met goed gevolg is afgelegd, vervallen na afloop van het studiejaar waarin zij zijn behaald. (Uitzonderingen: zie bijlagen A-G.)

art. 5.11 – Inzagerecht 1. Gedurende twintig werkdagen na de bekendmaking van de uitslag van een schriftelijke toets

krijgt de student op verzoek en op een door de cursuscoördinator te bepalen wijze, inzage in het beoordeeld werk.

Tevens wordt op verzoek tegen kostprijs een kopie verschaft van dat werk. 2. Gedurende de in het eerste lid genoemde termijn kan de student kennis nemen van vragen en

opdrachten van de desbetreffende toets, alsmede zo mogelijk van de normen aan de hand waarvan de beoordeling heeft plaatsgevonden.

3. Toetsvragen/opgaven kunnen na het afleggen van de toets of na inzage weer worden ingenomen.

art. 5.12 – Bewaartermijn toetsen 1. De opgaven, uitwerkingen en het beoordeelde werk van de schriftelijke toetsen worden (in

papieren of digitale vorm) gedurende twee jaar na de beoordeling bewaard. 2. De in artikel 3.5, tweede lid bedoelde thesis en de beoordeling daarvan wordt (in papieren of

digitale vorm) gedurende zeven jaar na de beoordeling bewaard. art. 5.13 – Vrijstelling De examencommissie kan de student op diens verzoek, gehoord de desbetreffende examinator, vrijstelling verlenen van een cursus van de opleiding, indien de student: a. hetzij een qua inhoud en niveau overeenkomstige cursus van een universitaire of hogere

beroepsopleiding voorafgaand aan de start van de bacheloropleiding heeft voltooid; b. hetzij aantoont door werk- c.q. beroepservaring over voldoende kennis en vaardigheden te

beschikken met betrekking tot de desbetreffende cursus. art. 5.14 – Fraude en plagiaat 1. Onder fraude en plagiaat wordt verstaan het handelen of nalaten van studenten waardoor

een juist oordeel over hun kennis, inzicht en vaardigheden geheel of gedeeltelijk onmogelijk wordt.

204

Onder fraude valt onder meer: - tijdens de toets spieken. Degene die actief gelegenheid biedt tot spieken is medeplichtig aan

fraude; - tijdens de toets gebruiken en raadplegen van hulpmiddelen (voorgeprogrammeerde

rekenmachine, mobiele telefoon, smartwatch, smartglasses, boeken, syllabi, aantekeningen etc), waarvan de raadpleging niet uitdrukkelijk is toegestaan;

- door anderen laten maken van (delen van) een studieopdracht; - het zich voor de datum of het tijdstip waarop de toets zal plaatsvinden, in het bezit

stellen van de vragen, opgaven, of antwoorden van de desbetreffende toets; - fingeren van enquête- of interviewantwoorden of onderzoeksgegevens; - het onterecht (laten) aftekenen van presentielijsten. Van plagiaat is sprake bij het in een scriptie of ander werkstuk gegevens of tekstgedeelten van anderen / eigen werk overnemen zonder bronvermelding. Onder plagiaat valt onder meer: - het knippen en plakken van tekst van digitale bronnen zoals encyclopedieën of digitale

tijdschriften zonder aanhalingstekens en verwijzing; - het knippen en plakken van teksten van het internet zonder aanhalingstekens en

verwijzing; - het overnemen van teksten van gedrukt materiaal zoals boeken, tijdschriften of

encyclopedieën zonder aanhalingstekens en verwijzing; - het opnemen van een vertaling van bovengenoemde teksten zonder aanhalingstekens en

verwijzing; - het parafraseren van bovengenoemde teksten zonder (deugdelijke) verwijzing: parafrasen

moeten als zodanig gemarkeerd zijn (door de tekst uitdrukkelijk te verbinden met de oorspronkelijke auteur in tekst of noot), zodat niet de indruk wordt gewekt dat het gaat om eigen gedachtegoed van de student;

- het overnemen van beeld-, geluids- of testmateriaal van anderen zonder verwijzing en zodoende laten doorgaan voor eigen werk;

- het zonder bronvermelding opnieuw inleveren van eerder door de student gemaakt eigen werk en dit laten doorgaan voor in het kader van de cursus vervaardigd oorspronkelijk werk, tenzij dit in de cursus of door de docent uitdrukkelijk is toegestaan;

- het overnemen van werk van andere studenten en dit laten doorgaan voor eigen werk. Indien dit gebeurt met toestemming van de andere student is de laatste medeplichtig aan plagiaat;

- ook wanneer in een gezamenlijk werkstuk door een van de auteurs plagiaat wordt gepleegd, zijn de andere auteurs medeplichtig aan plagiaat, indien zij hadden kunnen of moeten weten dat de ander plagiaat pleegde;

- het indienen van werkstukken die verworven zijn van een commerciële instelling (zoals een internetsite met uittreksels of papers) of die al dan niet tegen betaling door iemand anders zijn vervaardigd.

2. a. Wanneer fraude of plagiaat wordt geconstateerd of vermoed, deelt de examinator dit schriftelijk mee aan de student en de examencommissie. b. De examencommissie stelt de student in de gelegenheid:

- schriftelijk daarop te reageren - te worden gehoord.

3. De examencommissie stelt vast of er sprake is van fraude of plagiaat en deelt de student schriftelijk haar besluit en de sancties conform het bepaalde in het vierde lid mede, onder vermelding van de beroepsmogelijkheid bij het College van beroep voor de examens.

4. Fraude en plagiaat wordt door de examencommissie als volgt bestraft: a. in ieder geval:

o ongeldig verklaren van het ingeleverde werkstuk of toets o berisping, die aangetekend wordt in OSIRIS.

b. en eventueel voorts, afhankelijk van aard en omvang van de fraude of plagiaat, en van de studiefase van de student, één of meer van de volgende sancties: o verwijderen uit de cursus o het niet meer in aanmerking komen voor een positief judicium (cum laude) als bedoeld

in art.6.2 o uitsluiting van deelname aan toetsen die behoren bij de betreffende cursus voor het

lopende studiejaar, dan wel voor een periode van 12 maanden o volledige uitsluiting van deelname aan alle toetsen voor een periode van 12 maanden.

c. indien de student reeds eerder een berisping heeft gekregen: volledige uitsluiting van deelname aan alle toetsen voor een periode van 12 maanden.

d. bij zeer ernstige en/of herhaalde fraude of plagiaat kan de examencommissie het college van bestuur voorstellen de inschrijving voor de opleiding van de betrokkene definitief te beëindigen.

205

5. Als de examencommissie vaststelt dat er sprake is van grootschalige of georganiseerde fraude, welke van een omvang is dat het de toetsresultaten in hun geheel zal beïnvloeden, beslist de examencommissie onverwijld dat de desbetreffende toets ongeldig is en dat alle deelnemers op korte termijn de hele toets moeten overdoen. Daarbij stelt de examencommissie de datum vast waarop de toets moet worden overgedaan. Deze datum ligt uiterlijk tien werkdagen na het constateren van de fraude, zodat de deelnemers nog baat hebben bij hun voorbereiding voor de toets.

PARAGRAAF 6 – EXAMEN art. 6.1 – Examen 1. De examencommissie stelt de uitslag van het examen vast en reikt het getuigschrift als bedoeld in art. 6.4 uit indien de student aan de eisen van het examenprogramma heeft voldaan. 2. Alvorens de uitslag van het examen vast te stellen, kan de examencommissie zelf een

onderzoek instellen naar de kennis van de student met betrekking tot een of meer onderdelen of aspecten van de opleiding, indien en voorzover de uitslagen van de desbetreffende toetsen haar daartoe aanleiding geven.

3. Beoordeling van het examendossier maakt deel uit van het afsluitend examen. Als datum voor het examen geldt de laatste werkdag van de maand waarin de examencommissie heeft vastgesteld dat de student aan de eisen van het examenprogramma heeft voldaan. De student dient ingeschreven te zijn voor de opleiding op de datum waarop het examen wordt afgelegd.

4. Voor het behalen van het examen geldt als voorwaarde dat voor de benodigde cursussen een voldoende is behaald.

5. Voor het behalen van het examen en de afgifte van het getuigschrift geldt tevens als voorwaarde dat de student ingeschreven was voor de opleiding in de periode dat de toetsen en het examen zijn afgelegd. Ingeval de student niet aan deze voorwaarde voldoet, kan het college van bestuur een verklaring van geen bezwaar afgeven met betrekking tot het behalen van het examen en de afgifte van het getuigschrift nadat de student de verschuldigde collegegelden en administratiekosten voor de 'ontbrekende' perioden heeft betaald.

6. Degene die het examen met goed gevolg hebben afgelegd en aanspraak hebben op uitreiking van een getuigschrift, kunnen de examencommissie verzoeken daartoe nog niet over te gaan en de examendatum als bedoeld in het derde lid uit te stellen. Dit verzoek moet worden ingediend binnen tien werkdagen nadat de studenten op de hoogte zijn gebracht van de uitslag van het examen. Bij dit verzoek geven studenten aan wanneer zij het getuigschrift willen ontvangen. De examencommissie willigt het verzoek in ieder geval in wanneer de studenten:

- een bestuursfunctie gaan vervullen waarvoor een bestuursbeurs van de Universiteit Utrecht beschikbaar is

- een stage of cursus in het buitenland gaan volgen; - cursussen moeten volgen die verplicht zijn voor toelating tot de masteropleiding.

Uitstellen van de examendatum is slechts eenmalig mogelijk voor de duur van maximaal dertien maanden.

art. 6.2 – Judicium cum laude - Het judicium 'cum laude' wordt toegekend aan het bachelorexamen, indien voldaan is aan de

volgende voorwaarden: a. het gewogen gemiddelde van alle voor de opleiding gevolgde cursussen en het werkstuk als

bedoeld in art. 3.5 voldoen aan de eisen beschreven in bijlagen A-G; b. in de loop van de studie is maximaal 1 cursus overgedaan; c. voor maximaal 60 studiepunten zijn vrijstellingen verkregen; d. er is geen beslissing van de examencommissie (als bedoeld in art. 5.14, lid 4 onder b)

inhoudend dat vanwege vastgestelde fraude/plagiaat de student niet meer in aanmerking komt voor een positief judicium (cum laude);

e. het bachelorexamen is binnen vier jaar behaald. - Indien het niet toekennen van het judicium ‘cum laude’ zou leiden tot een ‘bijzonder geval van

onbillijkheid van overwegende aard’ kan de examencommissie besluiten het judicium ‘cum laude’ toe te kennen.

art. 6.3 – Graad 1. Aan degene die het examen met goed gevolg heeft afgelegd, wordt de graad “Bachelor of

Science” verleend. 2. De verleende graad wordt op het getuigschrift van het examen aangetekend.

art. 6.4 – Getuigschrift en Internationaal Diploma Supplement 1. Ten bewijze dat het examen met goed gevolg is afgelegd wordt door de examencommissie een

206

getuigschrift uitgereikt. Per opleiding wordt één getuigschrift uitgereikt, ook al rondt een student meerdere programma’s af.

2. De examencommissie voegt aan dit getuigschrift het Engelstalige Internationaal Diploma Supplement toe, waarmee (internationaal) inzicht wordt verschaft in de aard en inhoud van de afgeronde opleiding.

art. 6.5 – Honours Indien het honoursprogramma als bedoeld in art. 3.11 met goed gevolg is afgesloten, wordt dit vermeld op het Internationaal Diploma Supplement en wordt een Honourscertificaat verstrekt.

art. 6.6 – Grading Tables 1. Op het Internationaal Diploma Supplement staat het gewogen gemiddelde cijfer van de student

en een ECTS Grading Table vermeld. 2. Het gewogen gemiddelde cijfer geeft de academische prestaties van de student weer op een

schaal van 1 tot en met 10. Het wordt berekend op basis van de geldende numerieke resultaten voor de cursussen die de student heeft gehaald binnen het examenprogramma. Cursussen die niet numeriek zijn beoordeeld, tellen niet mee bij de berekening. De weging vindt plaats op basis van de studiepunten per cursus.

3. De ECTS Grading Table maakt de cijfercultuur aan de Universiteit Utrecht inzichtelijk voor buitenlandse onderwijsinstellingen en buitenlandse werkgevers. Op basis van de Grading Tables kunnen zij een conversie naar hun eigen cijfersysteem maken. De ECTS Grading Table is een instellingsbrede tabel voor alle bacheloropleidingen. Deze tabel kent een tienpuntsschaal, waarvan alleen de cijfers zes tot tien zichtbaar zijn omdat in de Grading Table uitsluitend voldoendes zichtbaar zijn. De cijfers worden uitsluitend in hele of halve cijfers uitgedrukt. Per cijfer is met een percentage aangegeven hoe vaak dit wordt gegeven.

4. De berekening van de ECTS Grading Table gaat op basis van alle voldoende geldende resultaten (behalve alfanumerieke resultaten), niet gewogen naar studielast, in de drie meest recente collegejaren, van studenten die een actieve inschrijving hadden voor een bachelor aan de Universiteit Utrecht.

PARAGRAAF 7 – STUDIEBEGELEIDING art. 7.1 – Studievoortgangsadministratie 1. De faculteit registreert de individuele cursuseindresultaten van de studenten en stelt deze via

OSIRIS-student ter beschikking. 2. Bij het studiepunt Bètawetenschappen kan een gewaarmerkt studievoortgangsdossier worden

verkregen. art. 7.2 – Studiebegeleiding 1. De faculteit draagt zorg voor de introductie en de studiebegeleiding van de studenten, die voor

de opleiding zijn ingeschreven, mede ten behoeve van hun oriëntatie op mogelijke studiewegen binnen en buiten de opleiding en de arbeidsmarkt.

2. De studiebegeleiding omvat: - een verplicht matchingstraject voor aanstaande studenten voorafgaand aan

inschrijving voor een bacheloropleiding13 met als doel studenten te begeleiden bij de keuze voor een opleiding die past bij hun ambitie, verwachtingen en mogelijkheden;

- een introductie in de eerste week van het eerste semester van het eerste studiejaar; - toewijzing van een tutor aan alle bachelorstudenten die hen gedurende het eerste

semester in de studie introduceert, en voor hen beschikbaar is voor begeleiding in de verdere studie en bij het maken van keuzes gedurende de bachelorfase;

- groepsgewijze en individuele advisering over mogelijke studiewegen binnen en buiten de opleiding, mede met het oog op beroepsmogelijkheden na de masteropleiding en over mogelijkheden om direct na het behalen van het bachelordiploma de arbeidsmarkt te betreden;

- groepsgewijze en individuele advisering over studievaardigheden, studieplanning en de keuze voor het vervolgtraject na het bachelordiploma;

- het bieden van verwijzing en hulp bij door studenten ervaren moeilijkheden tijdens

13 Met uitzondering van selectieve opleidingen en opleidingen met een numerus fixus

207

de studie; - het bieden van verwijzing naar een passender studie aan studenten die vóór 1

februari van het jaar van eerste inschrijving uitschrijven voor de opleiding; - een individuele matchingsactiviteit voor degenen die in de loop van het studiejaar

vanuit een andere opleiding aan de Universiteit Utrecht worden verwezen naar de opleiding14;

- het geven van een dringend advies na het eerste semester en een bindend advies na het tweede semester van het eerste jaar op basis van alle behaalde studiepunten in het eerste jaar over het al dan niet voortzetten van de studie.

3. Een portfolio kan als instrument van studieloopbaanbegeleiding worden ingezet. art. 7.3 – Handicap en chronische aandoening Aan studenten met een handicap of chronische aandoening wordt de gelegenheid geboden het onderwijs te volgen en de toetsen af te leggen op de wijze zoals vastgelegd in hun Contract onderwijsvoorzieningen. Verzoeken om een contract af te sluiten worden ingediend bij de studieadviseur.

art. 7.4 – (bindend) Studieadvies 1. In het jaar van eerste inschrijving ontvangen de studenten die staan ingeschreven

voor de opleiding, voor 31 januari, een schriftelijk studieadvies over de voortzetting van hun opleiding. Dit voorlopige studieadvies, dat gebaseerd is op de studieresultaten van het eerste blok, inclusief reparatietoets, is niet bindend maar geeft een waarschuwing bij onvoldoende studievoortgang, zodat de studenten nog de gelegenheid hebben om hun prestaties te verbeteren:

- Wanneer de student 0 studiepunten heeft behaald, krijgt de student het advies de studie serieus te heroverwegen.

- Wanneer de student 7,5 studiepunten heeft behaald, krijgt de student het advies kritisch te kijken naar zijn studiemethoden en deze te verbeteren.

- Wanneer de student 15 studiepunten heeft behaald, krijgt de student het advies de studie voort te zetten.

2. De studenten die 0 of 7,5 studiepunten hebben behaald, worden uitgenodigd voor een gesprek. 3. Aan het einde van het studiejaar, doch uiterlijk op 31 augustus, ontvangen de studenten een

tweede schriftelijk advies over de voortzetting van hun opleiding. Onverminderd het bepaalde in lid 9, 10 en 11 wordt aan dit studieadvies een afwijzing met een bindend karakter verbonden, indien de student minder dan 45 studiepunten heeft behaald. De afwijzing geldt gedurende een termijn van 4 studiejaren.

4. Bij het vaststellen van het aantal behaalde studiepunten als bedoeld in lid 1 en lid 3 tellen alle behaalde studiepunten in het eerste studiejaar mee, met uitzondering van de studiepunten van verworven vrijstellingen en de resultaten van behaalde deeltoetsen; deze tellen niet mee.

5. Aan de student die een verzoek tot uitschrijving vóór 1 februari van het eerste jaar van inschrijving doet, wordt geen studieadvies als bedoeld in lid 3 uitgebracht. Indien de student zich in een volgend studiejaar opnieuw inschrijft, zal in dat volgende studiejaar het studieadvies als bedoeld in lid 3 worden uitgebracht.

6. In afwijking van het vijfde lid, krijgt de student die: - een verzoek tot uitschrijving vóór 1 februari van het jaar van eerste inschrijving doet, en - na 1 februari wel ingeschreven is bij (een andere opleiding van) de Universiteit Utrecht, en - minder dan 45 studiepunten heeft behaald,

wel een negatief bindend studieadvies voor de tweede bacheloropleiding. 7. Het studieadvies wordt namens de decaan van de faculteit Bètawetenschappen uitgebracht

door de opleidingsdirecteur van de opleiding. 8. Alvorens een negatief bindend studieadvies wordt uitgebracht, wordt de student in de

gelegenheid gesteld te worden gehoord door of namens de opleidingsdirecteur. 9. In de afweging om een negatief bindend studieadvies uit te brengen betrekt de

opleidingsdirecteur op verzoek van de student diens persoonlijke omstandigheden. Uitsluitend persoonlijke omstandigheden die door de student na intreden zo spoedig als redelijkerwijs kan worden verlangd bij de studieadviseur zijn gemeld, worden door de opleidingsdirecteur betrokken in de afweging. Onder persoonlijke omstandigheden wordt verstaan ziekte, zwangerschap, handicap en chronische aandoening , bijzondere/ernstige familieomstandigheden, topsport en bestuursactiviteiten voor een studentenorganisatie met

14 Met uitzondering van selectieve opleidingen en opleidingen met een numerus fixus

208

volledige rechtsbevoegdheid of in het kader van de organisatie en het bestuur van de Universiteit Utrecht, de faculteit of de opleiding.

10. In de afweging om een negatief bindend studieadvies uit te brengen betrekt de opleidingsdirecteur op verzoek van de student voorts andere vormen van overmacht dan de in het vorige lid genoemde. Uitsluitend overmachtsituaties die na intreden zo spoedig als redelijkerwijs kan worden verlangd bij de studieadviseur zijn gemeld, worden door de opleidingsdirecteur betrokken in de afweging. Voorts kan de opleidingsdirecteur onbillijkheden van ernstige aard in het oordeel betrekken.

11. Studenten bij wie wordt afgezien van het negatief bindend studieadvies, moeten in 2020-2021 minimaal 60 studiepunten hebben behaald in jaar 1 en jaar 2 (2019-2020 en 2020-2021), waarvan minimaal 45 studiepunten aan eerstejaarsvakken.

12. Er kan geen negatief bindend studieadvies worden uitgebracht als de student alle toetsen verbonden aan de cursussen van het eerste jaar van de opleiding (zie bijlagen A-G) met een gezamenlijke studielast van 60 studiepunten, heeft behaald.

13. Tegen een beslissing tot afwijzing kan binnen 6 weken beroep ingesteld worden bij het College van beroep voor de examens.

PARAGRAAF 8 – OVERGANGS- EN SLOTBEPALINGEN art. 8.1 – Vangnetregeling In die gevallen waarin deze regeling niet voorziet, niet duidelijk voorziet of tot kennelijke onredelijke uitkomsten leidt, wordt door of namens de decaan beslist, na de examencommissie te hebben gehoord. Indien de beslissing op basis van de wet behoort tot de bevoegdheden van de examencommissie, stuurt de decaan het verzoek naar de examencommissie ter afhandeling.

art. 8.2 – Wijziging 1. Wijzigingen van deze regeling worden door de decaan, en na overleg met de

opleidingscommissie en faculteitsraad, bij afzonderlijk besluit vastgesteld. 2. Een wijziging van deze regeling heeft geen betrekking op het lopende studiejaar, tenzij de

belangen van de studenten daardoor redelijkerwijs niet worden geschaad. 3. Een wijziging kan voorts niet ten nadele van studenten van invloed zijn op een beslissing, die

krachtens deze regeling door de examencommissie is genomen ten aanzien van een student. art. 8.3 – Bekendmaking De decaan draagt zorg voor bekendmaking van deze regeling, alsmede van elke wijziging via internet dat vastgesteld werd door de decaan op 20 april 2020.

art. 8.4 – Inwerkingtreding Deze regeling treedt in werking op 1 september 2020.

art. 8.5 – Overgangsregeling Zie bijlagen A-G.

o – o – o BIJLAGE A: Biologie art. 2.1 – Toelating 1. Niet van toepassing 2. Degene die niet een diploma met het vwo-profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur

en Techniek met biologie heeft (dat direct toelating geeft tot de opleiding), maar wel een gelijkwaardig diploma dat op grond van de wet of op grond van het eerste lid toegang geeft, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat hij of zij voldoende kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezit van de volgende vakken van het verplichte vwo-profiel: • biologie, • wiskunde A en/of B voor studenten Biologie, • wiskunde B voor studenten Molecular Life Sciences, • natuurkunde, • scheikunde.

3. Degene die niet een diploma met het juiste vwo-profiel heeft (dat direct toelating geeft tot de opleiding), maar wel een diploma van met goed gevolg afgelegd propedeutisch examen aan een hogeschool, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat hij of zij voldoende kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezit van de volgende vakken: • biologie,

209

• scheikunde, • natuurkunde, • wiskunde A en/of B voor studenten Biologie, • wiskunde B voor studenten Molecular Life Sciences, • actieve en passieve beheersing van de Nederlandse taal, • passieve beheersing van de Engelse taal.

art. 2.3 - Colloquium Doctum Het toelatingsonderzoek, bedoeld in art. 7.29 van de wet, heeft betrekking op de volgende vakken op het daarbij vermelde niveau:

• biologie op vwo-niveau, • scheikunde op vwo-niveau, • natuurkunde op vwo-niveau, • wiskunde A of B op vwo-niveau, • actieve en passieve beheersing van de Nederlandse taal, • passieve beheersing van de Engelse taal.

art. 3.1.2 – Doel van de opleiding De afgestudeerden van de bacheloropleiding Biologie hebben: Kennis en inzicht aantoonbare kennis van en inzicht in de kernelementen van de biologie verworven en kennis gemaakt met een aantal van de nieuwste ontwikkelingen. Toepassen van kennis en inzicht vaardigheden verworven die hen in staat stellen om verworven kennis en inzicht op een professionele en integere wijze, bij de biologie passende manier toe te passen, om standpunten te formuleren en die te onderbouwen met argumenten en om problemen op het gebied van de biologie op te lossen Oordeelsvorming vaardigheden verworven die hen in staat stellen om, op basis van een vraag of een probleem op het gebied van de biologie, relevante gegevens te identificeren en te verzamelen en die te interpreteren met het doel zich een oordeel te vormen en dat oordeel mede te baseren op een afweging van relevante sociaal-maatschappelijke, wetenschappelijke en/of ethische aspecten Communicatie vaardigheden verworven die hen in staat stellen om informatie over en uit de biologie, ideeën en oplossingen voor problemen over te brengen op een publiek bestaande uit specialisten of niet-specialisten Leervaardigheden leervaardigheden verworven die noodzakelijk zijn voor een vervolgstudie die een hoog niveau van autonomie veronderstelt

art. 3.5 – Major 3. De opleiding omvat een major Biologie met een studielast van 135 studiepunten. Daarvan zijn de

in overzicht 1 aangewezen cursussen met een totale studielast van 75 studiepunten verplicht. De overige cursussen van de major Biologie (60 studiepunten) worden door de student gekozen uit de in overzicht 1 aangewezen cursussen onder ‘Keuze major cursussen’. Deze keuzecursussen van de major Biologie dienen voor ten minste 15 studiepunten op verdiepend niveau (niveau 2) te liggen en voor tenminste 30 studiepunten op gevorderd niveau (niveau 3) waarbij tenminste 22,5 EC gekozen dient te worden uit de cursussen die in overzicht 1 aangegeven zijn met niveau 3*. De overige 15 studiepunten van de major kiest de student uit cursussen op inleidend, verdiepend en/of gevorderd niveau. De track Molecular Life Sciences omvat een major met een studielast van 135 studiepunten. Daarvan zijn de in het overzicht 2 aangewezen cursussen met een totale last van 75 studiepunten verplicht. Voor de overige cursussen van de major (60 studiepunten) kiest de student uit de in overzicht 2 aangewezen cursussen onder ‘Keuze major cursussen’. Deze keuzecursussen van de major voor studenten Molecular Life Sciences dienen de voor tenminste 22,5 studiepunten op verdiepend niveau te liggen en voor tenminste 22,5 studiepunten op gevorderd niveau. Voor de overige 15 studiepunten van de major kiest de student een cursus uit overzicht 2 op inleidend, verdiepend, of gevorderd niveau. De cursussen van de major en profileringsruimte samen dienen voor zowel Biologie als Molecular life Sciences studenten voor minimaal 45 studiepunten op gevorderd niveau (niveau 3) te zijn (zie art. 3.4.1.).

4. Als onderdeel van de major Biologie dient de student de in het overzicht 1 aangewezen Bachelor onderzoekscriptie op gevorderd niveau (7,5 EC) gecombineerd met de Bachelor onderzoekstage (7,5 EC) met goed gevolg af te ronden (Dit laatste onderdeel is niet verplicht als gestart is met de

210

opleiding voor sept 2016). Deze cursussen behoren tot de onder lid 1 aangewezen verplichte cursussen (overzicht 1). Onderdeel van de track Molecular Life Sciences is een bachelor werkstuk (SK-BTHESIS of de combinatie van B-B3ONSCR en B-B3ONST) met een studielast van 15 EC.

art. 3.6 – Dubbele bachelor Geen aparte regeling art. 3.11 – Honoursprogramma in de Science Honours Academy; Biologie en MLS 1. Het honoursprogramma heeft een totale studielast van 45 studiepunten, waarvan 15 EC

extracurriculair en 30 EC als honoraire studiepunten. Het honoursprogramma kent de volgende verplichte activiteiten: De samenstelling van het honoursprogramma Biologie: Extra curriculair (ten minste 15 EC):

- Interdisciplinair onderdeel samen met studenten van de Science Honours Academy, 7,5 EC

- Deelname aan departementale bijeenkomsten gedurende jaar 1-3, 7,5 EC Binnen de major, op honoursniveau (15 tot 30 EC):

- De bachelor thesis / research project op honoursniveau met een studielast van 15 EC - Honours schrijfcursus Biologie, 7,5 EC - Vrije keuze ruimte: binnen het curriculum vervult de honoursstudent één cursus van 7,5

EC op honoursniveau, met als mogelijkheden: • reguliere cursussen van 7,5 EC op honoursniveau brengen via een verdiepende

opdracht (verzwaring) en/of • het volgen van een honourscursus of een interdisciplinaire cursus van 7,5 EC binnen de

profileringsruimte (bijv. bij het Descartes College of OneHealth). Cursuscode Cursusnaam EC Niveau Opmerking Honours cursussen

Extra curriculair: BETA-B2HRI

Interdisciplinair onderdeel SHA

7,5 H2

BETA-B3DHB

Departementale bijeenkomsten

7,5 H3

Binnen de major: B-B3ONSCR én B-B3ONST

Thesis op honoursniveau

15 H3

B-B2AS17 Honours schrijfcursus Biologie

7,5 H2

Vrije keuze ruimte

7,5 H# Keuze uit cursusverzwaring, Descartescursus of OneHealth

De samenstelling van het honoursprogramma MLS: Extra curriculair (ten minste 15 EC): - Interdisciplinair onderdeel samen met studenten van de Science Honours Academy,

7,5 EC - Honourscursus MLS (B-BHPMLS, 7,5 EC) bestaat uit honoursactiviteiten in het eerste en tweede

jaar van het programma. Binnen de major, op honoursniveau (15 tot 30 EC): - De bachelor thesis / research project op honoursniveau met een studielast van 15 EC - Vrije keuze ruimte: binnen het curriculum vervult de honoursstudent twee cursussen van 7,5 EC

op honoursniveau, met als mogelijkheden: • reguliere cursussen van 7,5 EC op honoursniveau brengen via een verdiepende

opdracht en/of • het volgen van een honourscursuss of een interdisciplinaire cursus van 7,5 EC binnen

de profileringsruimte (bijv. bij het Descartes College).

Cursuscode Cursusnaam EC Niveau Opmerking Honours cursussen

Extra curriculair: BETA-B2HRI Interdisciplinair onderdeel

SHA 7,5 H2

B-BHPMLS Honourscursus MLS 7,5 H#

211

Binnen de major: B-B3ONSCR én B-B3ONST

Thesis op honoursniveau 15 H3

Vrije keuze ruimte 15 H# 2. Van elke honoursstudent wordt actieve deelname verwacht aan extracurriculaire activiteiten

binnen de honourscommunity. Studenten doen internationale en/of interdisciplinaire en/of maatschappelijke ervaring op in het honoursprogramma, bijv. in de vorm van een studiereis.

3. Selectie van deelnemers gebeurt na de eerste helft van het eerste jaar door een

selectiecommissie op basis van cijfergemiddelde (minimaal 7,5 in eerste semester, allen), experimentele vaardigheid (MLS), theoretische kennis (MLS), kort essay (bio), behaald aantal EC (allen), een motivatiebrief (allen), curriculum vitae (allen) en een gesprek (allen).

art. 4.6 – Afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije periode kerst Geen aparte verkorte cursussen. art. 5.5 – Reparatie: aanvullende of vervangende toets 3. Een student die vanwege een aantoonbare overmachtsituatie niet in staat is geweest tot het

afleggen van maximaal één (deel)toets per cursus mag een reparatietoets doen, indien hij de overmachtsituatie zo spoedig mogelijk als kan worden verwacht, gemeld heeft. De student meldt dit per email bij het Studiepunt met een cc naar de cursuscoördinator. In de email staan de volgende gegevens: naam, studentnummer, naam en code van de betreffende cursus, datum en tijd van de toets en de reden van afwezigheid. De student dient zo spoedig mogelijk, maar uiterlijk binnen 10 werkdagen na de gemiste toets het (digitale) bewijsstuk van de overmachtsituatie naar het Studiepunt te sturen of in hard copy af te geven bij het Studiepunt. De student komt hierna niet zondermeer in aanmerking voor een aanvullende of vervangende toets als bedoeld in lid 5.5.1.

art. 5.10 – Geldigheidsduur 4. Deeltoetsen en opdrachten die behaald zijn, vervallen indien de cursus waarbinnen deze zijn

behaald niet met goed gevolg is afgelegd. In afwijking hierop kan de examinator de geldigheidsduur verlengen, of een aanvullende dan wel een vervangende toets opleggen.

art. 6.2 – Judicium cum laude Het judicium 'cum laude' wordt toegekend aan het bachelorexamen, indien voldaan is aan elk van de volgende voorwaarden:

- voor de cursussen van de bacheloropleiding is gewogen gemiddeld tenminste het cijfer 8,0 behaald en voor het bachelor onderzoek en voor de bachelor scriptie samen gemiddeld een 8,0 of hoger, maar geen van beiden lager dan 7,5;

- in de loop van de studie is maximaal 1 cursus overgedaan; - voor maximaal 60 studiepunten zijn vrijstellingen verkregen; - er is geen beslissing van de examencommissie (als bedoeld in art. 5.14, lid 4 onder b)

inhoudend dat vanwege vastgestelde fraude/plagiaat de student niet meer in aanmerking komt voor een positief judicium (cum laude);

- het bachelorexamen is binnen vier jaar behaald. art. 7.4.12 – (bindend) Studieadvies Als de student alle toetsen verbonden aan de cursussen van het eerste jaar van de opleiding met een gezamenlijke studielast van 60 studiepunten heeft behaald kan er geen afwijzend studieadvies worden uitgebracht. De verplichte cursussen die onder het eerste jaar van de opleiding Biologie vallen zijn: Cursuscode: Cursusnaam: B-B1DIER05 Biologie van dieren B-B1EVBI09 Evolutie en biodiversiteit B-B1MB05 Moleculaire biologie B-B1PLMI20 Planten en micro-organismen B-B1ECEX20 Ecologie en experiment B-B1KWBI20 Kwantitatieve biologie B-B1GENO20 Genomica

De overige 7,5 EC van het eerste jaar kan worden ingevuld met een keuzecursus bij Biologie of een

212

cursus uit de universitaire onderwijscatalogus. art. 8.5 – Overgangsregeling Major Biologie Studenten die vóór 1 september 2013 zijn gestart met de opleiding: daarvoor geldt dat zij 67,5 EC verplichte cursussen op niveau 1 en 2 moeten doen, namelijk 60 EC aan niveau 1 cursussen en 7,5 EC voor Biostatistiek.. Studenten die tussen 1 september 2013 maar vóór 1 september 2016 zijn gestart: daarvoor geldt dat zij 45 EC aan verplichte cursussen op niveau 1 moeten doen. Voor deze studenten geldt tevens dat zij 30 EC niveau 3 cursussen kiezen uit overzicht 1. Studenten die op of na 1 september 2016 gestart: daarvoor geldt dat zij 30 EC niveau 3 cursussen kiezen waarvan minimaal 22,5, die in overzicht 1 aangegeven zijn met niveau 3*. Voor deze studenten geldt tevens dat naast de verplichte Bachelor onderzoekscriptie ook de Bachelor onderzoekstage verplicht is als eindopdracht. Studenten die na september 2017 met de opleiding zijn gestart: daarvoor geldt dat zij tevens de cursus Academisch schrijven (B-B2AS17) op niveau 2 verplicht moeten volgen. Studenten die per september 2020 met de opleiding starten: daarvoor geldt dat zij 10 verplichte cursussen moeten volgen (zie overzicht 1); zeven op niveau 1, één op niveau 2 en twee op niveau 3 (scriptie plus stage). Voor deze studenten geldt ook dat zij 30 EC niveau 3 cursussen kiezen waarvan minimaal 22,5 uit overzicht 1, die aangegeven zijn met niveau 3*. Voor recidivisten van vóór september 2020 van cursussen die vanaf september 2020 niet meer gegeven worden wordt een herkansings- en vervangingsregeling vastgesteld. OVERZICHTEN Schema Bachelor Biologie: BA-Examenprogramma: Biologie Aantal EC: 180 opmerkingen

1- Major 135 • verplicht 75 • keuze 60 • Honours 45 Op uitnodiging 2- Profilering 45

Overzicht 1: Cursussen Bachelor Biologie1

Verplichte major cursussen

Cursuscode Cursusnaam EC Niveau nieuw (J)

opmerkingen

B-B1DIER05 Biologie van dieren 7,5 1 B-B1EVBI09 Evolutie en

biodiversiteit 7,5 1

B-B1MB05 Moleculaire biologie 7,5 1 B-B1PLMI20 Planten en micro-

organismen 7,5 1 J

B-B1ECEX20 Ecologie en experiment 7,5 1 J B-B1KWBI20 Kwantitatieve biologie 7,5 1 J B-B1GENO20 Genomica 7,5 1 J B-B2AS17 Academisch schrijven

7,5 2 Verplicht voor

studenten vanaf september 2017

B-B3ONSCR + B-B3ONST

Bachelor onderzoekscriptie gecombineerd met Bachelor onderzoekstage.

7,5 + 7,5 = 15

3

Voor studenten van vóór sept 2016 is alleen B-B3ONSCR verplicht.

Keuze major cursussen2

B-B1BIOT09 Biotechnologie en maatschappij 7,5 1

B-B1MAWE13

Mariene wetenschappen I 7,5 1

B-B2AS17 Academisch schrijven 7,5 2

Verplicht voor studenten vanaf september 2017, keuzecursus voor alle andere studenten

213

BETA-B2BBB Bèta in bedrijf en beleid 7,5 2 B-B2BIW13 Biologie in het werkveld 7,5 2 B-B2CEL09 De Cel 7,5 2 B-B2DSB18 Datascience en biologie 7,5 2 B-B2DIFY17 Dierfysiologie 7,5 2 B-B2EVO09 Evolutie 2 7,5 2 B-B2GEBI05 Gedragsbiologie 7,5 2 B-B2MAWE14

Mariene wetenschappen II 7,5 2

B-B2META09 Metabolisme 7,5 2 B-B2MINT10 Microbiële interacties 7,5 2 B-B2MGOT14

Moleculair genetische onderzoekstechnieken 7,5 2

B-B2NADU11 Natuurbehoud, duurzaamheid en plantendiversiteit

7,5 2

B-B2NEUR10 Neurobiologie 7,5 2 B-B2OBI07 Ontwikkelingsbiologie 7,5 2 BETA-B2OOP Oriëntatie op de

onderwijspraktijk 7,5 2

GEO2-4212 Paleontologie-flora 7,5 2 B-B2PLFY09 Plantenfysiologie 7,5 2 B-B2THEC05 Biologische modellering 7,5 2 B-B2VSR Voortgezette statistiek

en R 7,5 2

BETA-B2WTC

Wetenschaps- en techniekcommunicatie 7,5 2

B-B3BETH05 Bio-ethiek 7,5 3 B-B3DID14 Didactiek 7,5 3

B-B3GESB05 Geschiedenis en wijsbegeerte van de biologie

7,5 3

B-B3EMNA163 Nature based design3 7,5 3

B-B3ONST Bachelor onderzoeksstage 7,5 3

alleen voor studenten van vóór sept 2016 als keuzeonder-deel

B-B3WEAD093

Wetenschapper in advies3 7,5 3

B-B3WBEL09 Wetenschapper in beleid 7,5 3

B-B3AQEC05 Aquatische ecologie 7,5 3* B-B3BILA10 Biodiversiteit en

landschap 15 3*

B-B3BCG20 Bioinformatics for comparative genomics 7,5 3* J

B-B3BMBC13 Biologie van de biobased economie 7,5 3*

B-B3CEWE Cellen en weefsels 7,5 3* B-B3COMB10 Computationele biologie 7,5 3*

B-B3GEOB17 Gedragsobservaties 7,5 3* B-B3EMP19 Empathie

interdisciplinair 7,5 3*

B-B3ENDO10 Endocrinologie 7,5 3* B-B3EVO14 Evolutie 3: co-evolutie

in theorie en praktijk 7,5 3*

B-B3EVIN17 Evolutie interdisciplinair 7,5 3* B-B3EVON19 Evolutionaire 7,5 3*

214

ontwikkelingsbiologie B-B3FOFO16 Food forward 7,5 3* B-B3GENB09 Genoombiologie 7,5 3* B-B3GKA16 Gentherapie, kanker en

aids 7,5 3*

B-B3IMMB09 Immunobiologie 7,5 3* B-B3INB16 International nature

conservation 7,5 3*

B-B3LEM18 Light and electron microscopy 7,5 3*

B-B3MSCI05 Mariene wetenschappen III 7,5 3*

B-B3MECO15 Microbiële ecologie 7,5 3*

GEO3-4312 Paleoenvironments 7,5 3* B-B3MCR18 Molecular cell research 7,5 3* B-B3EUKA09 Moleculaire eukaryote

microbiologie 7,5 3*

B-B3MPMI18 Molecular plant microbe interactions 7,5 3*

B-B3MPRO16 Moleculaire prokaryote microbiologie 7,5 3*

B-B3OBG05 Ontwikkelingsbiologie en genetica 7,5 3*

B-B3NAAN16 Neuronale aandoeningen 7,5 3*

B-B3PDE18 Plant development and environment 7,5 3*

B-B3SOEC16 Socio-ecologie 7,5 3* B-B3TOX10 Toxicologie 7,5 3* B-B3WICO18 Wildlife conservation 7,5 3*

1 Voor cursussen die elkaar uitsluiten als gevolg van te veel overlap zie de studiegids. 2 Bij de keuze gelden de volgende regels: op niveau 2 moet voor ten minste 15 studiepunten aan keuzecursussen

worden gekozen; op niveau 3 moet voor ten minste 30 studiepunten aan keuzecursussen waarvan 22,5 van niveau 3* cursussen worden gekozen.

3 Van deze twee cursussen (B-B3EMNA16 en B-B3WEAD09) mag slechts één gevolgd worden. Overzicht 2: Cursussen track Molecular Life Sciences via Biologie

Verplichte major cursussen

Cursuscode Cursusnaam EC Niveau nieuw (J)

opmerkingen

B-B1FUN14 Functionele biologie 7,5 1 B-B1MOL14 Moleculaire celbiologie 7,5 1 SK-B1BIOC Bio-organische chemie 7,5 1 SK-B1BIFC Biofysische chemie 7,5 1 SK-B1BMC Biomoleculaire chemie 7,5 1 SK-BWSNK1 Wis- en natuurkunde 1 7,5 1 SK-B2MBBT Moleculair biologische en

biochemische technieken 7,5 2

B-B2CWMLS Cellen en weefsels MLS 7,5 2 Verplichte keuze afstuderen:

SK-BTHESIS Bachelorthesis 15 3 B-B3ONSCR en B-B3ONST Onderzoeks

bachelorscriptie en Onderzoekstage

7,5 + 7,5 = 15

3

Keuze major B-B1BIOT09 Biotechnologie en

maatschappij 7,5 1

215

cursussen

B-B1KWBI20 Kwantitatieve biologie 7,5 1 J B-B1GENO20 Genomica 7,5 1 J

SK-B1SPANY* AD - Spectroscopie en analyse* 7,5 1

Deze cursus is verplicht voor studenten via Scheikunde

SK-BKWAN Kwantumchemie en anorganische chemie 7,5 1

SK-BWSNK2 Wis- en natuurkunde 2 7,5 1 FA-BA112 Schimmels en

geneesmiddelen 7,5 1

FA-BA113 Planten en geneesmiddelen 7,5 1

FA-BA111 Moleculen als geneesmiddelen 7,5 1

FA-BA114 Geluk en geneesmiddelen 7,5 1 FA-BA105 Kinetiek van

geneesmiddelen 7,5 1

B-B2EVO09 Evolutie 2 7,5 2 B-B2MINT10 Microbiële interacties 7,5 2 B-B2NEUR10 Neurobiologie 7,5 2 B-B2THEC05 Biologische modellering 7,5 2 B-B2META09 Metabolisme 7,5 2 B-B2PLFY09 Plantenfysiologie 7,5 2 B-B2DSB18 Datascience en biologie 7,5 2 SK-B2PHAR** Biochemical

pharmaceutics** 7,5 2

FA-BA205 Hormonale aandoeningen 7,5 2 FA-BA201 Infectie en afweer 7,5 2 SK-B2MSPR Massaspectrometrie en

proteomics 7,5 2

SK-B2MEME Membranen en membraaneiwitten 7,5 2

SK-B2NMRM NMR-spectroscopie en molecular modelling 7,5 2

SK-BORC13 Organische chemie 2 (theorie en praktijk) 7,5 2

SK-B2RDEM Röntgendiffractie en elektronenmicroscopie 7,5 2

SK-B2SPEC Spectroscopie van moleculen en materialen 7,5 2

SK-BWS2-13 Wiskunde 2 7,5 2 SK-BFYCH Fysische chemie 2 7,5 2 B-B2VSR Voortgezette statististiek

en R 7,5 2

BETA-B2OOP Orientatie op de onderwijspraktijk 7,5 2

BETA-B2BBB Beta in Bedrijf en Beleid 7,5 2 BETA-B2WTC Wetenschaps- en

techniekcommunicatie 7,5 2

B-B3BCG20 Bioinformatics for comparative genomics 7,5 3 J

B-B3BETH05 Bio-ethiek 7,5 3 B-B3COMB10 Computationele biologie 7,5 3 B-B3EUKA09 Moleculaire eukaryote

microbiologie 7,5 3

B-B3GKA16 Gentherapie, kanker, en aids 7,5 3

B-B3LEM18 Light and electron microscopy 7,5 3

B-B3MPRO16 Moleculaire prokaryote microbiologie 7,5 3

216

B-B3NAAN16 Neuronale aandoeningen 7,5 3 B-B3IMMB09 Immunobiologie 7,5 3 B-B3MCR18 Molecular cell research 7,5 3 B-B3MPMI18 Molecular plant microbe

interactions 7,5 3

B-B3PDE18 Plant development and environment 7,5 3

B-B3GENB09 Genoombiologie 7,5 3 B-B3OBG05 Ontwikkelingsbiologie en

genetica 7,5 3

B-B3TOX10 Toxicologie 7,5 3 B-B3DID14 Didactiek 7,5 3 FA-BA314 Future medicines 7,5 3 FA-BA311 Ontwikkelen nieuwe

geneesmiddelen 7,5 3

FA-BA319 Bioanalyse 7,5 3 SK-BASSM Advanced

superstructures: scattering and microscopy

7,5 3

SK-BMECH08 Medicinal chemistry 7,5 3 SK-BORC3 Organische chemie 3 7,5 3 SK-B3PFA Protein folding and

assembly (voorheen SK-B3PRFO)

7,5 3

SK-B3TTB Trending topics on Biomolecules 7,5 3

SK-BVIZI Virusziekten / Viruses 7,5 3 SK-BTOYM Toy models 7,5 3 SK-BREPB Researchproject Bijvoet 7,5 3 SK-BREPD Researchproject Debye 7,5 3 FA-CPS333 Pharma and nutrition 7,5 3 FA-CPS336T Psychoneuro

pharmacology (theory) 7,5 3

FA-BA316 Verslaving en verslavingsmiddelen 7,5 3

FA-BA314 Pijn 7,5 3 * AD - Spectroscopie en analyse is alleen verplicht voor studenten MLS die ingeschreven staan bij Scheikunde. Studenten MLS ingeschreven via Biologie kunnen het als keuzevak kiezen. BC – Spectroscopie en analyse in timeslot BC (SK-B1SPANX) staat niet open voor MLS-studenten. **T/m 2017-2018 heette Biochemical Pharmaceutics (SK-B2PHAR) Geneesmiddel binding en werking (FA-200).