Ons onderzoekWaarom bioinformatica?

Roos biologisch/ medischInge technisch

Wat is onze onderzoeksvraag?

• Hoe verschilt de aanwezigheid van cyanobacteriën en Escherichia coli op verschillende plaatsen en tijden in de Waal?

Ons onderzoek

Hoe zijn we op deze onderzoeksvraag gekomen?

Een aantal ideeën• Hoe zijn de vissen genetisch aangepast aan de vervuiling

in de waal?• Huisplanten/ landplanten sterven bij een overvloed aan

water, waterplanten echter niet. Wat is het gen dat dit mogelijk maakt is dit een algemeen gen voor alle waterplanten

Soortenanalyse

Overstroming riolen in Groesbeek

Hoe gaan we dat onderzoeken?

Watersamples nemen• 3 keer over 4 maanden

– 28 juni 2012– 5 september 2012– 22 oktober 2012

• 3 verschillende plekken in de Waal – Tussen de stenen– Aan het strandje– In de stroming

Het protocol voor het nemen van de samples

1. voeg meteen 1.5 ml NaAc 3M toe

2. verzamel 15 ml water (in een falcon tube)

3. voeg 33 ml pure ethanol toe

4. vries in (-20C)

Hoe gaan we dat onderzoeken?• Sequenced (leve DNA Leiden)

op 16s rRNA met behulp van de ion torrent

• De resultaten werden ingestuurd naar MG-rast

• opzoek naar E. coli en cyanobacteriën in de resultaten.

Resultaten Mg-rast

Onze ervaring

Wat hebben we geleerd?• Werking van onderzoek• Beter overzicht van DNA• Metagenomics/ genomen• Hoe gaat een DNA-analyse

precies in zijn werk.

Waar liepen we tegenaan?• Soorten-/ functieanalyse• Sequencen duurde langer

dan verwacht• DNA-kennis

Onze ervaringWat was het leukst?• Het veldwerk

Wat was bijzonder?• Het RNA uit onze zelf

genomen samples bekijken