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U n e r e c e t t e ‘ t o u t e s s a i s o n s ’

L e s « C o n s e r v e s d e c a r o t t e s »

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Cécile Pignol (EDYTEM), Christine Plumejaud (LIENS), Oton Copi (RZA), Isabelle Billy (EPOC)

Tous les membres projet ROZA « Rétro-observatoire Archives sédimentaires », Isabelle Domaizon (INRA CARTTEL OLA)

Séminaire Zones Ateliers : "Comment gérer ses échantillons avec une base de données : pratiques et perspectives » Besançon, 21/03/2019

Enjeux autour de notre plateforme analytique (Core handling, Core sampling, Core Logging, analyses spécifiques, …)

1- Contenu de la collection (carotte Patrimoine, carotte Archive et carotte de Travail), sous-ech.

2- Manipuler sans ambiguïté des prélèvements multi-partenaires, multi-sites

3- Pérenniser le stockage (objet & données)

4- Rendre découvrable l’échantillon ses métadonnées intrinsèque ou par motifs (en interne )

Objectif : Améliorer le workflow d’acquisition analytique pour pérenniser les objets dans le temps futur et dans l’espace physique et numérique

Pour gérer (sans perte) les échantillons et les données (du stagiaire -> aux chercheurs)

Pour répondre à des questionnements scientifiques (sample-reuse & data-reuse)

Pour répondre à des injonctions règlementaires (Inspire, Nagoya)Séminaire Zones Ateliers :

"Comment gérer ses échantillons avec une base de données : pratiques et perspectives » Besançon, 21/03/2019

CORE

Archive (A/X)

Work (W/T)

Archive sédimentaire (prélèvement humide -> 4°C) : Le Carottage Sédimentaire (mais aussi Roche / Glace)

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D’autres Archives temporelles :-matériels secs (roches, cernes d’arbres, stalagmites)

STALAGMITES

BOIS

Une multitude de FORMAT : sec, humide et congelés

analyse & séquençage ADN

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https://www.cybercarotheque.fr/

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1 objet = 1 identifiant unique international pour

chaque objet

Intern. Geo SampleNumber

ww.igsn.org

Edytem : 2016Ifremer : 2017

CNRS (INSU) : 2018 Allocating Agent

(échantillon géologique)

- Campagne/Mission- Carottier, Diam,- Longueur (en cm)- Prof Top, Prof Bottum (cm)- Stockage

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-Nom, Codage, Id unique-Localisation, Lieu- Année, Date forage - XY, Altitude, Bathymétrie, - Chef Mission, PIs, Foreur

Une carotte = 1 RUN ou n SECTION1

RUN

(en

mèt

re)

- Longueur TOP (cm)

- Longueur BOT (cm)- Longueur TOP (cm)

- Longueur BOT(cm)- Longueur TOP (cm)

-Longueur BOT (cm)

SECT

ION

BSE

CTIO

N A

SECT

ION

C

Met

adon

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cipa

les

Archive sédimentaire : Le Carottage Sédimentaire (…Roche / Glace)

long

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m)

long

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cm

)

Le cycle de vie d’un échantillon : gérer des métadonnées informatives sur des objets physiques

1-La collectede

l’échantillon sur le terrain

2-Le traitementprotocoles

de l’échantillon

au labo

3-La gestionde Stocks

Intra/Inter-labos

Plateformes

4-La traçabilité et réutilisation

de l’échantillon

Ensuite commence un autre cycle de vie … celui de la donnée

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MissionCarottage

Photos

Ouverture

Logging

AnalyseS

Protocoles Echantillonnage

Stockage

ROZA

Wor

kflo

wPl

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par

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AL

Rétro-observatoire Archive sédimentaire

Colle

cte

Trac

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Entréeextérieur

Workflow au laboratoire d’une carotte & Acteurs impliquésPr

élèv

emen

t

1- à bord / sur le terrainCollectes

Utilisation de l’application mobile (Corebook Z3)

Rangement des sections dans le

stockImpression et

Collage des étiquettes si pas fait à bord

Rapport de Mission

+Lieu stockage

Liste des sections+ Métadonnées

2- Retour de missionTransfert / Synchro

Sortie d’un prélèvementpour analyse

Banc analyses/logging

1- Retour ½ CAROTTE (PARENT)

2- Rangement des nouveauxéchantillons (ENFANTS)

Génération de deux codes IGSN « enfants »

Création PID Code

IGSN

4- PLATEFORMES ANALYTIQUESéchantillonnage, génération de données sur les sections

CORECORE

½ run / section

3- REPOSITORYMise en stock

Vers … + Motif

CORE

½ run / section W

½ run / section A

Cas 3b : ANALYSES DESTRUCTIVEAVEC division d’échantillons dérivés (aliquot)

Cas 1 : DECOUPE / OUVERTUREÉchantillons JUMEAUX dérivés

½ run / section W

Cas 2 : ANALYSES NON DESTRUCTIVESANS génération d’échantillon DATA

Cas 3a : ANALYSES DESTRUCTIVE AVEC génération d’échantillons dérivés

Banc d’ouverture

i

f

i

5 - REPOSITORYRe - Mise en stock

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perspectives » Besançon, 21/03/2019

Workflow au laboratoire d’une carotte & Acteurs impliqués

CHERCHEUR Pers LABO CURATEUR STAGIAIRESPers LABOCHERCHEUR

STAGIAIRESPers LABOCHERCHEURSTAGIAIRESPers LABO CHERCHEUR

Pers LABO CHERCHEUR

CURATEUR

STAGIAIRES

Sém

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sanç

on,

21/0

3/20

19

GESTION DE STOCK = problématique d’ORGANISATION ->2010

170 cm

DIAM 50 ou 63 mm

DIAM 90 mm ou 110 mm

Archive (A/X)

Work (W/T)NO

M

RU

N /

SE

CT

ION

½ SECTION

NOM SECTION

6 configurations

ETUI grain de gestion ?

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2019 : Le projet ETIQUETAGE & SUIVI

170 cm

DIAM 50 ou 63 mm

DIAM 90 mm ou 110 mm

Archive (A/X)

Work (W/T)

CORE

½ SECTION

Suivi des entrées & sortie du stock (interne ou externe au labo)

fEtiquette CRYCOOL (Collante + -80°C

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Création et Duplication d’étiquette rapide

f

Entrée / Retour dans un rangement par lot

Sortie par lot pour un motif

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Création étiquette rapide

Zebra Cryocool (50mm x 25mm, 70mm x 25mm)

Type d’échantillons / Métadonnées / Conteneurs

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GESTION DE STOCK = organisation numerique ->2018

Création d’un ech

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Récupéré (CSV) via Cyber-C Non modifiable

Metadonnées Collec-SC

Mét

adon

nées

«m

étie

r»

para

mét

rabl

e Import du CSV

PARENT : Non modifiable

Mise en œuvre Du temps et du manpower :

-Trouver sa manière de fonctionner avec Collect (qui sont les acteurs ? à quel moment du workflow ils interviennent …)

- Récupération mon inventaire formaté Cyber-C + PID IGSN (import csv)

- Au départ uniquement les nouvelles carottes, puis régulièrement toutes celles qui « ressortent »

- Dès le départ : Grain « ½ section » (et U-chanel, Plaquette)

Seulement quand système & personnel rodé => sous-échantillonnage (pilulier, cube, eppendorf)

-1 personnel dédié 25% au début puis 10% ETP suffit pour assurer la maintenance matériel et suivi utilisation de routine (? Pas le suivi maintenance logiciel, rôle tenu par Oton ?)

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Besoin & « Limite » actuelle (1)Installation d’une instance Collect-Science : ou ?

Instance local dans un labo ? dans une ZA ?

Instance thématique (dans une autre infra) : exemple Cyber-Carothèque

Avantage fonctionnel : échange d’échantillons (Carotte uniquement) possible entre collections REPOSITORY, Interopérabilité facilité entre 2 systèmes

Instance multi-thématique Collect-Science dans RZA https://roza.collec-za.org

Qui fait la maintenance, mise à jour …. => Suite du Projet BED ?

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Besoin & « Limite » actuelle (2) Fonctionnalité pour limité les « oublis et erreurs » :

- un protocole de découpage systématique d’un objet en 2 ech dérivés « jumeaux »

+création automatique de 2 échantillons identiques avec récupération des métadonnées du parent (évite la ressaisie de même info)

+ codage des jumeaux : suffixe A/X ou W/T

+ mise en statut « Objet detruit » du parent auto

- Interopérabilité (A/R) vers Cyber-C <-> Collect-Sc <-> Cyber-C

Récupération par Webservice des listes de nouveaux échantillons

Envoi par Webservice les nouveau échantillons, leur localisation de stockage, Status)

ech dérivée jumeaux créé Parent au statut « détruit » systématiquement

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Ergonomie & Visibilité Tableau résultat : dans chaque colonne un champ filtre en autocompletion

Présentation du détail d’un échantillon : par onglets (nouveau, mouvements, échantillon dérivé, réservation) plutôt qu’à la suite

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Compléter le Glossaire avec des exemples métiers

Puis mettre un ticket directement dans Github : https://github.com/Irstea/collec/wiki/lexique)

https://docs.google.com/document/d/1t36KuprHin90lP5EV5vOTT1UXQuYBfJ5TZ-pRmgTA8w/edit

Eric : « On pourrait envisager de faire pointer le lien "glossaire" vers une page dédiée du site web, lien décrit dans les paramètres de l'application

la permettrait de faire cohabiter plusieurs glossaires. »

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Nice

Cécile PignolFévrier 2019

Limoge Lyon

BresIEUMt

EcolabGéode ASM

IMBE

ISEM - CBAE

ISTO - BRGM

LIEC

GeHoo

LGP

LPG

Clermont-F

(terrestre, tourbière, lacustre)

La Rochelle

Perspective pour les carothèques & labos « Paleo »

Constituer un réseau de gestionnaire d’échantillons thématique (car spécifique autour de l’objet) : réseau national de carothèques

Mise en place de Comité de pilotage de l’outil pour spécifier les futurs développements et financement

Piloter les rapprochements vers des Infra. Recherche (eRECOLNAT, LTER, Pôle de données institutionnels…)

Garantir un roadmap à un système d’information de traçabilité interopérable, spécifié en commun

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