p17

Consensus B MGARASVLSG GELDRWEKIR LRPGGKKKYK LKHIVWASRE LERFAVNPGL LETSEGCRQI LGQLQPSLQT GSEELRSLYN TVATLYCVHQ RIEVKDTKEA

AC99 WK2 ---------- ----K----- ---------R ---------- ---------- ---------- -------IK- -----K--F- ---V------ ----------AC99 WK8 ---------- ----K----- ---------R ---------- ---------- ---------- -------IK- -----K--F- ---V------ ----------AC184 WK2 ---------- -K--A----- ---------R ---------- ---------- ---------- ---------- -----K---- -I-V------ ---IR-----AC184 WK8 ---------- -K--A----- ---------R ---------- ---------- ---------- ---------- -----K---- -I-V------ ---IR-----AC192 WK2 ---------- -K-----R-- -----N---- ---------- ---------- ---AQ--K-- -E-------- -----K--F- ---------- Q-DIR-----AC192 WK6 ---------- -K-----R-- -----N-n-- ---------- ---------- ---AQ--K-- -E-------- -----K--F- ---------- Q-DIR-----AC196 WK2 ------I--- -Q-------- ---------- ---L------ ---------- ---LD----- ------A--- ----F----- ---------G ----------AC196 WK6 ------I--- -Q-------- ---------- ---L------ ---------- ---LD----- ------A--- ----F----- ---------G ----------AC206 WK2 ---------- ---------- -----N---R ---------- ----SI---- ---------- -Q-------- -----K---- -I-------- --DI------AC206 WK6 ---------- ---------- -----N---R ---------- ----SI---- ---------- -Q-------- -----K---- -I-------- --DI------AC210 WK0 ---------- ----K----- -------Q-- ---------- ---------- ---------- --------K- -----K---- ---------- --DIR-----AC210 WK5 ---------- ----K----- -------Q-- ---------- ---------- ---------- --------K- -----K---- ---------- --DIR-----AC213 WK3 ---------- -K--Q----- ---------Q ---------- ---------- ---T------ ---------- -----K---- ---V------ --DI------AC213 WK7 ---------- -K--Q----- ---------Q ---------- ---------- ---T------ ---------- -----K---- ---V------ --DI------

Consensus B LEKIEEEQNK SKKKAQQ... ..AAADTGNS S....QVSQN Y

AC99 WK2 ---------- C---V----- ---------- ---------- F AC99 WK8 ---------- C---V----- ---------- ---------- F AC184 WK2 -D-------- ---------A AA-------- ------T--- - AC184 WK8 -D-------- ---------A AA-------- ------T--- - AC192 WK2 -D-----R-- ---------A AA-------- N--------- - AC192 WK6 -D-----R-- ---------A AA-------- N--------- - AC196 WK2 -D-------- ---------- ---------- GGNSS----- - AC196 WK6 -D-------- ---------- ---------- GGNSS----- - AC206 WK2 ---V------ --Q-T----- -------R-- ---------- - AC206 WK6 ---V------ --Q-T----- -------R-- ---------- - AC210 WK0 -D-------- ---------- -------A-N ---------- - AC210 WK5 -D-------- ---------- -------A-N ---------- - AC213 WK3 -DR-----T- ---Q---KQA QQ------S- -----N---- - AC213 WK7 -DR-----T- ---Q---KQA QQ------S- -----N---- -

SUPPLEMENTARY FIGURE 1. Alignment of Gag, Nef, and Int sequences from each subject. The time point at which the sequence was obtained is indicated after each subject ID. The Consensus B sequence used in the ELISPOT assays is included for reference. Mutations are indicated in red. Lower case denotes an ambiguity at that position.

p24

Consensus B PIVQNLQGQM VHQAISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSEGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAGP IAPGQMREPRAC99 WK2 -----M---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------Q--- -----I----AC99 WK8 -----M---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------Q--- -----I----AC184 WK2 ---------- ----L----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- V---------AC184 WK8 ---------- ----L----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- V---------AC192 WK2 -----M---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----D----- ---------- ----------AC192 WK6 -----M---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----D----- ---------- ----------AC196 WK2 ---------- ---------- ---------- ---------- T--------- ---------- ---------- ---------- ------Q--- NP--------AC196 WK6 ---------- ---------- ---------- ---------- T--------- ---------- ---------- ---------- ------Q--- NP--------AC206 WK2 ---------- ---PL----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- V----I----AC206 WK6 ---------- ---PL----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- V----I----AC210 WK0 -----V---P ----L----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------Q--- V----L----AC210 WK5 -----V---P ----L----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ------Q--- V----L----AC213 WK3 -----M---L ----M----- ---------- ---------- A--------- ---------- ---------- ---------- -----I---- A---------AC213 WK7 -----M---L ----M----- ---------- ---------- A--------- ---------- ---------- ---------- -----I---- A---------

Consensus B GSDIAGTTST LQEQIGWMTN NPPIPVGEIY KRWIILGLNK IVRMYSPTSI LDIRQGPKEP FRDYVDRFYK TLRAEQASQE VKNWMTETLL VQNANPDCKTAC99 WK2 ---------- -----A---- ---------- -----M---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC99 WK8 ---------- -----A---- ---------- -----M---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC184 WK2 ---------- ---------- ---------- -----M---- -------V-- ---------- ---------- ---------D ---------- ----------AC184 WK8 ---------- ---------- ---------- -----M---- -------V-- ---------- ---------- ---------D ---------- ----------AC192 WK2 ---------- ---------H ---------- ---------- ---------- ---K------ ---------- ---------- ---------- ----------AC192 WK6 ---------- ---------H ---------- ---------- ---------- ---K------ ---------- ---------- ---------- ----------AC196 WK2 ---------- ---------S ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------A- --G------- ----------AC196 WK6 ---------- ---------S ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------A- --G------- ----------AC206 WK2 ---------- -----A---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC206 WK6 ---------- -----A---- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC210 WK0 ---------- -----A---H ---------- -----I---- --K----I-- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC210 WK5 ---------- -----A---H ---------- -----I---- --K----I-- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC213 WK3 ---------- ---------S ----Q----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC213 WK7 ---------- ---------S ----Q----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------

Consensus B ILKALGPAAT LEEMMTACQG VGGPGHKARV LAC99 WK2 ---------- ---------- ---------- -AC99 WK8 ---------- ---------- ---------- -AC184 WK2 ---------- ---------- ---------- -AC184 WK8 ---------- ---------- ---------- -AC192 WK2 ---------- ---------- ---------- -AC192 WK6 ---------- ---------- ---------- -AC196 WK2 --R----G-- ---------- ----S----- -AC196 WK6 --R----G-- ---------- ----S----- -AC206 WK2 -------G-- ---------- ---------- -AC206 WK6 -------G-- ---------- ---------- -AC210 WK0 ---------- ---------- ---------- -AC210 WK5 ---------- ---------- ---------- -AC213 WK3 ---------- ---------- ---------- -AC213 WK7 ---------- ---------- ---------- -

p15

Consensus B AEAMSQVTN. SATIMMQRGN FRNQRKTVKC FNCGKEGHIA KNCRAPRKKG CWKCGKEGHQ MKDCT.ERQA NFLGKIWPSH KGRPGNFLQS RPEPTAP...AC99 WK2 ---------. -------K-- ------S--- ---------- R--------- ---------- -----.---- ---------- ---------- ----S--...AC99 WK8 ---------. -------K-- ------S--- ---------- R--------- ---------- -----.---- ---------- ---------- ----S--...AC184 WK2 -----HI--. ---V-----T ------I--- ---------- R--K------ -----R---- -----.---- ---------- ---------N -------...AC184 WK8 -----HI--. ---V-----T ------I--- ---------- R--K------ -----R---- -----.---- ---------- ---------N -------...AC192 WK2 -------AQ. APA------- -K-------- ---------- ---------- -----R---- -----.---- ---------- ---------- ------FQSRAC192 WK6 -------AQ. APA------- -K-------- ---------- ---------- -----R---- -----.---- ---------- ---------- ------FQSRAC196 WK2 ----G----T A--M---K-- ----G-I--- -----T---- ---------- ---------- -----.---- ---------- ---------- -------P..AC196 WK6 ----G----T A--M---K-- -k--G-I--- -----T---- ---------- ---------- -----.---- ---------- ---------- -------P..AC206 WK2 --------G. --NV------ -KS---I--- -----T---- ---------- ---------- ----N.---- -----V--F- -E-------- -------...AC206 WK6 --------G. --NV------ -KS---I--- -----T---- -----S---- ---------- ----N.---- -----V--F- -E-------- -------...AC210 WK0 --------.. -PA----K-- --T--RI--- ---------- R--------- ---------- L----.---- ---------- ---------- -------...AC210 WK5 --------.. -PA----K-- --T--RI--- ---------- R--------- ---------- L----.---- ---------- ---------- -------...AC213 WK3 -------N.. A--V------ --S---I--- -----D---- R--K---k-- ---------- ----NN---- ---------- ---------N -------S.RAC213 WK7 -------N.. A--V------ --S---I--- -----D---- R--K---R-- ---------- ----NN---- ---------- ---------N -------S.R

Consensus B ......PEES FRFGEETTTP SQKQEPIDKE LYPLASLRSL FGNDPSSQAC99 WK2 ---------- ---------- P----SK--- ----T--K-- --S---L-AC99 WK8 ---------- ---------- P----SK--- ----T--K-- --S---L-AC184 WK2 LEPTAP---- --R..--IA- ---------- ---------- --------AC184 WK8 LEPTAP---- --R..--IA- ---------- ---------- --------AC192 WK2 PEPTAP---- ------I--- -----T---- -------K-- -----L..AC192 WK6 PEPTAP---- ------I--- -----Tt--- -------K-- -----L..AC196 WK2 -APTAP-A-- ------A-A- ---P-TR-.- -------K-- --S-----AC196 WK6 -APTAP-A-- ------A-A- ---P-TR-.- -------K-- --S-----AC206 WK2 ---------- ---R----A- ---------- -------K-- -----.--AC206 WK6 ---------- ---R----A- ---------- -------K-- -----.--AC210 WK0 ---------- ---------- ---------- M---T--K-- -------rAC210 WK5 ---------- ---------- ---------- M---T--K-- --------AC213 WK3 TEPTAP---- -------A-S ---------G ---------- -----L--AC213 WK7 TEPTAP---- -------A-S ---------G ---------- -----L--

Nef

Consensus B MGGKWSKRSV .VGWPTVRER MR.....RAE PAADGVGAVS RDLEKHGAIT SSNTAANNAD CAWLEAQEE. EEVGFPVRPQ VPLRPMTYKA AVDLSHFLKE AC99 WK2 ---R-----L GN--AVI--- --RTAP.A-- ---------- ---------- -N----T--- --------D. ---------- -----I-W-- -L--------AC99 WK8 ---R-----L GN--AVI--- --RTAP.A-- ---------- ---------- -N----T--- --------D. ---------- -----I-W-- -L--------AC184 WK2 -------SIG .A--D----- --RARP.TD- ---E----A- ---------- N-----T--- --------D. -------K-- ---------- ----------AC184 WK8 -------SIG .A--D----- --RARP.TD- ---E----A- ---------- N-----T--- --------D. -------K-- ---------- -L--------AC192 WK2 -------P-M .R--SNI--- --RTRPTDD- ---V----A- ----R----- N-----T--- V-------D. ---------- ---------G -L--------AC192 WK6 -------P-M .R--SNI--- --RTRPTDD- ---V----A- ----R----- N-----T--- V-------D. ---------- ---------G -L--------AC196 WK2 --N----S-L .----SI--- -HR.....-- ---N----I- -----Y---- ----P-T--- Y--------. ---------- ---------G -L--------AC196 WK6 --N----S-L .----SI--- -HR.....-- ---N----I- -----Y---- ----P-T--- Y--------. ---------- ---------G -L--------AC206 WK2 -------T-L .----K---- -K.....Q-- ---------- Q--A------ ------T--- ---------. ---------- -------F-- -F--------AC206 WK6 -------T-L .----K---- -K.....Q-- ---n------ Q--A------ ------T--- ---------. ---------- -------F-- -F--------AC210 WK0 -------CKM .S--SN---- --.....-T- --------A- -----Y--L- T----S---- V--------. -------K-- ---------G -L--------AC210 WK5 -------CKM .S--SN---K --.....-T- --------A- -----Y--L- T----S---- V--------. -------K-- ---------G -L--------AC213 WK3 -------M-. .R--DA---- --RTRPT.-- --------A- ----R---F- ----TT---- R--------S -------K-- ---------G -L--T-----AC213 WK7 -------M-. .R--DA---- --RTRPT.-- --------A- ----R---F- ----TT---- R--------S ---------- ---------G -L--------

Consensus B KGGLEGLIYS QKRQDILDLW VYHTQGYFPD WQNYTPGPGI RYPLTFGWCF KLVPVEPEKV EEANEGENNS LLHPMSLHGM DDPEREVLEW KFDSRLAFHH AC99 WK2 --------W- ----E----- I--------- ---------T ---I------ -----D---- ---------C ------Q--- ----K---V- ----K-----AC99 WK8 --------W- ----E----- I--------- ---------T ---I------ -----D---I ---------C ------Q--- ----K---V- ----K-----AC184 WK2 ---------- ---------- I--------- ---------- ---------- -----D-D-- ---------C ------Q--- ----K---M- ----------AC184 WK8 ---------- ---------- I--------- ---------- ---------- -----D-D-- ---------C ------Q--- ----K---M- ----------AC192 WK2 --------H- ----E----- ---------- -H-------- ---------- --------E- -K-------- ------Q--V --------V- ----------AC192 WK6 --------H- ----E----- ---------- -H-------- ---------- --------E- -K-------- ------Q--V --------V- ----------AC196 WK2 ---------- KR--EL---- ---------- ---------- ---------- --------NN -....---SC -----NQ--I E-------V- R---------AC196 WK6 ---------- KR--EL---- ---------- ---------- ---------- --------NN -....---SC -----NQ--I E-------V- R---------AC206 WK2 ----D----- P---E----- ---------- ---------- ---------- -----DQ--- ---TA----C ----INQ--- --------M- -------L--AC206 WK6 ----D----- P---E----- ---------- ---------- ---------- -----DQ--- ---TA----C ----INQ--- --------M- -------L--AC210 WK0 ---------- ----E----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --K-G-T-M- ----------AC210 WK5 ---------- ----E----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --K-G-T-M- ----------AC213 WK3 ---------- ---------- --N------- ---------- ---------- ----I--TEP -....----C -----HQ--V ----K---V- ----------AC213 WK7 ---------- ---------- --N------- ---------- ---------- ----I--TEP -....----C -----HQ--V ----K---V- ----------

Consensus B MARELHPEYY KDC AC99 WK2 V--------- --- AC99 WK8 V--------- --- AC184 WK2 --K------- -N- AC184 WK8 --K------- -N- AC192 WK2 ---------- --- AC192 WK6 ---------- --- AC196 WK2 ---------- --- AC196 WK6 ---------- --- AC206 WK2 I---K---F- -N- AC206 WK6 I---K---F- -N- AC210 WK0 V---Q----- -N- AC210 WK5 V---Q----- -N- AC213 WK3 ---------F –GD AC213 WK7 ---------F -GD

Int

Consensus B FLDGIDKAQE EHEKYHSNWR AMASDFNLPP VVAKEIVASC DKCQLKGEAM HGQVDCSPGI WQLDCTHLEG KIILVAVHVA SGYIEAEVIP AETGQETAYFAC99 WK2 ---------- ------N--- ---------- I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC99 WK8 ---------- ------N--- ---------- I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC184 WK2 ---------- ---------- ---------- --------M- ---------- ---------- ---------- -V-------- ---------- ----------AC184 WK8 ---------- ---------- ---------- --------M- ---------- ---------- ---------- -V-------- ---------- ----------AC192 WK2 -----E---- ------N--- ---------A --------M- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC192 WK6 -----E---- ------N--- ---------A --t-----M- ---------- ---------- ---------- ---------- ----KT---- ----------AC196 WK2 ------R--- D--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC196 WK6 ------R--- D--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC206 WK2 -----k---D ---------- ---------- I--------- ---------T ---------- ---------- -V-------- ---------- ----------AC206 WK6 -----E---D ---------- ---------- I--------- ---------T ---------- ---------- -V-------- ---------- ----------AC210 WK0 ---------- D-----T--- --V------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC210 WK5 ---------- D-----T--- --V------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC213 WK3 ---------- D--------- ---H------ ---------- ---------- ---I------ ---------- ---------- ---------- ----------AC213 WK7 ---------- D--------- ---H------ ---------- ---------- ---I------ ---------- ---------- ---------- ----------

Consensus B LLKLAGRWPV KTIHTDNGSN FTSTTVKAAC WWAGIKQEFG IPYNPQSQGV VESMNKELKK IIGQVRDQAE HLKTAVQMAV FIHNFKRKGG IGGYSAGERIAC99 WK2 I--------- ---------- ---------- -----N---- ---------- I--------- --E------- ---------- -------R-- ----------AC99 WK8 I--------- ---------- ---------- -----N---- ---------- ---------- --E------- ---------- -------R-- ----------AC184 WK2 ---------- --------P- -I-------- ---------- ---------- -----N---- ---------- ---------- ---------- ----------AC184 WK8 ---------- --------P- -I-------- ---------- ---------- -----N---- ---------- ---------- ---------- ---------.AC192 WK2 I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- -----N---- ---------- ---------- ---------- ----------AC192 WK6 I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- -----N---- ---------- ---------- ---------- ----------AC196 WK2 I--------- T--------- -I-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC196 WK6 I--------- T--------- -I-------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC206 WK2 I--------- ---------- ---A------ -----Q---- ---------- I--------- ---------- ---------- ---------- ----------AC206 WK6 I--------- ---------- ---A------ -----Q---- ---------- I--------- ---------- ---------- ---------- -------k--AC210 WK0 ---------- ---------- -I-N------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC210 WK5 ---------- ---------- -I-N------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ----------AC213 WK3 I--------- ---------- ---AA----- ----V----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --E----D--AC213 WK7 I--------- ---------- ---AA----- ----V----- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --E----D--

ConsensusB VDIIATDIQT KELQKQITKI QNFRVYYRDS RDPLWKGPAK LLWKGEGAVV IQDNSDIKVV PRRKAKIIRD YGKQMAGDDC VASRQDEDAC99 WK2 ---------- ---------- ---------N ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --G-----AC99 WK8 ---------- ---------- ---------N ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --G-----AC184 WK2 I----S---- --------N- ---------- ---I------ ---------- ---------- ---------- ---------- --------AC184 WK8 .......... ..I-----N- ---------- ---I------ ---------- ---------- ---------- ---------- --------AC192 WK2 I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --G-----AC192 WK6 I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --G-----AC196 WK2 I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------AC196 WK6 I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------AC206 WK2 ---------- ---------- --------E- ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------AC206 WK6 ---------- ---------- --------E- ---------- ---------- l--------- ---------- ---------- --------AC210 WK0 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -----E---- ---------- ---------- --------AC210 WK5 ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- -----E---- ---------- ---------- --------AC213 WK3 I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- --H------- ---------- ---------- --------AC213 WK7 I--------- ---------- ---------- ---------- ---------- --H------- ---------- ---------- --------