Byonic2015/10/30 · 機能紹介: Protein database options...
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Transcript of Byonic2015/10/30 · 機能紹介: Protein database options...
Byonic™概要
機能紹介
補助ツール: Preview™
Preview™-Byonic™ワークフロー
デモンストレーション
ライセンスタイプ・サポート
価格
デモライセンス
内容
V2_Nov., 2015 2
タンデムマス(MS/MS)スペクトルデータからペプチドおよびタンパク質を特定するソフトウェア
Byonic™概要
トップダウンおよびボトムアッププロテオミクスデータ解析 Modification Fine Control™による高感度かつ迅速な修飾ペプチドの検索 Wildcard Search™による予期せぬ修飾の検索 Glycopeptide Searchによるグリコペプチドの検索 あらゆるタイプのフラグメントに対するスコアリングモデル: CID, TOF-TOF, QTOF HCD, ETD/ECD, EThcD シークエンスバリアント検索および修飾部位の特定
V2_Nov., 2015
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機能紹介: インターフェイス
インプットデータの設定
• マスデータ
• プロテインデータベース(FASTA)
• Modification Fine Control™
• Wildcard Search™
• Glycopeptide Search
...etc.
ユーザーインターフェイスはシンプルに設計
インプットするデータを指定するInput Filesと各種パラメーターを設定するOptionsから構成
Options: Modification Fine Control™, Wildcard Search™, Glycopeptide Search
開始ボタン
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機能紹介: インプットデータ/データベースの設定
インプットデータおよびデータベースの設定は極めてシンプルです。
.raw
.d
.mgf
.mzML
.mzXML
.wiff
Select MS/MS dataやSelect Protein-database fileのボタンをクリックし、データを指定します。
※上記以外のフォーマットでも、MS付属の装置やProteo Ｗizardで変換することで、インポート可能です。
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機能紹介: Protein database options
FDRを推定するには、タンパク質データベースにデコイが含まれている必要があります。
デコイおよびコンタミネーションプロテインを追加するには、該当するオプションにチェックを入れます。
タンパク質データベースにデコイが含まれていない場合、Byonic™はデコイやコンタミネーションプロテイン （トリプシン、ウシ血清アルブミン、ヒトケラチンなど）を追加します。
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機能紹介: Digestion and Instrument Parameters
消化部位や特異性、許容する質量誤差やフラグメントタイプを設定することができます。
Sample digestionにて、酵素切断部位や特異性、許容する未切断数を指定します。
Instrument parametersにて、許容する質量誤差やフラグメントタイプを設定します。
設定例: • RまたはKのC末端で特異的に切断。 • 切断されなかった部位を2ヶ所まで許容。
設定例: • プリカーサーの質量誤差を6ppm。 • フラグメンテーションタイプをCID low energy。 • フラグメントの質量誤差を0.5 Dalton。
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機能紹介: Modifications
Modificationsにおいて、検索する修飾や予期せぬ(または未知の)修飾の設定をおこないます。
Modification Fine Control™によって、検索する修飾を設定します。
Wildcard Search™によって、予期せぬ修飾の検索条件を設定します。
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検索する修飾、修飾部位、Fixed/ Variableはリストから選択します。
リストの修飾はUnimodをサポートしますが、これに含まれない修飾は直接入力することで設定できます。
Variable modificationには、CommonとRareの2種類があります。
• Modifications • Targets • Fine control
V2_Nov., 2015
機能紹介: Modification Fine Control™
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観察される確率が高いと期待される修飾にはCommon、低いものにはRareを割り当てます。
CommonおよびRareでは、ペプチドあたりの指定した修飾の最大数も設定します。
Modification設定例: この設定により、Byonic™は最大2ヶ所、C残基でメチル化修飾されている（またはされていない）ペプチドを検索します。
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機能紹介: Modification Fine Control™
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一ペプチドあたりに検索する、CommonとRareの最大数を個別に設定できます （Total common max, Total rare max）。
Total common/rare max設定例: この設定の場合、common修飾を2つ、rare修飾を1つの合計3つまでの修飾を有するペプチドが検索されます。
V2_Nov., 2015
機能紹介: Modification Fine Control™
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検索する修飾をCommonとRareに分けることで、検索時間を短縮します。
※Protein Metrics社アプリケーションノート「Modification Fine Control™」より抜粋。 http://www.proteinmetrics.com/wp-content/uploads/2014/10/AppNoteModificationFineControl.pdf
V2_Nov., 2015
機能紹介: Modification Fine Control™
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機能紹介: Wildcard Search™
• Wildcard Search™機能を使用するよう設定します。
Wildcard Search™では予期せぬ修飾、または未知の修飾を検証します。
• 質量範囲（mass delta）を設定します。
• 検索するアミノ酸を指定することも可能です。
Wildcard Search™による検索設定はシンプルです。
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※「Enable wildcard search」にチェックを入れます。
Wildcard Search™によって見出されたマスシフトが、未報告の新規修飾を示唆することがあります。
Protein Metrics社はWildcard Search™機能により、M[+33.969](homocysteic acid)を明らかにしました。
Bern M, Saladino J, Sharp JS. Conversion of methionine into homocysteic
acid in heavily oxidized proteomics samples. Rapid Commun Mass Spectrom.
2010; 24:768–772)
V2_Nov., 2015
機能紹介: Wildcard Search™
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Byonic™はグリコペプチド検索用のオプションを搭載しています。
グリコペプチドはN-結合型およびO-結合型の両方をサポートしています。
V2_Nov., 2015
機能紹介: Glycopeptide Search
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グリコペプチド検索には2通りあります: データベースから選択する、または特定のグリカンを指定する。
• Glycan TypeでN-結合型か、O-結合型かを指定します。
• Glycan databaseから検索するグリカンを設定します。
• 幾つかのグリカンデータは予めByonic™に登録されています。
• Fine Controlにて、variableを設定します。
• ユーザーの作成したカスタムデータベースも登録して利用することが可能です。
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データベースから選択する
機能紹介: Glycopeptide Search
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• Glycan TypeでN-結合型か、O-結合型かを指定します。
• Glycanにて、検索するグリカンを指定します。
• グリカンはEdit Glycanから設定します。
• Fine Controlにて、variableを設定します。
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特定のグリカンを指定する
機能紹介: Glycopeptide Search
グリコペプチド検索には2通りあります: データベースから選択する、または特定のグリカンを指定する。
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Glycopeptide Search機能には制限があります:
• N-アセチルグルコサミン(GlcNAc)やN-アセチルガラクトサミン(GalNAc)といったアイソマーを区別しません。
• 分枝構造や立体構造を明らかにしません。
V2_Nov., 2015
Glycopeptide Searchはグリカン組成のレベルでグリコペプチドを特定します。
機能紹介: Glycopeptide Search
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機能紹介: その他オプション (S-S, Xlink、Advanced)
S-S, Xlinkタブの搭載により、ジスルフィド結合やトリスルフィド結合のペプチド検索が可能となりました。
Advancedタブでチャージの割り当てやFDRなどを調整できます。
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機能紹介: 検索結果
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V2_Nov., 2015
機能紹介: HTML
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V2_Nov., 2015
Protein List
Protein Coverage Map
Peptide List
Spectrum
機能紹介: Byoni™ Viewer
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V2_Nov., 2015
Summary
Spectra
Protein
機能紹介: Excel
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補助ツール: Preview™
V2_Nov., 2015
• Byonic™では消化特異性や許容する質量誤差、検索する修飾などを指定する必要があります。
• Preview™は上記に関してデータをサンプリングし、Byonic™用の検索パラメーターを出力します。
Preview™(フリーウェア)はByonic™による解析を補助するツールです:
Preview™とByonic™を併用することで、解析を半自動化することが可能です。
Byonic™検索用パラメーターの出力
解析者によるパラメーターのレビュー
マススペクトル タンパク質データベース フラグメントタイプ 消化酵素 (ラベリング; TMT, iTRAQなど)
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検索結果
消化特異性 (fully or semi- tryptic) プリカーサーの許容する質量誤差 フラグメントの許容する質量誤差 システインのアルキレーション 著明なvariable修飾: oxidation, deamidationなど
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補助ツール: Preview™
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Preview™の操作はByonic™と同様です。
インプットデータの設定 Fixed modificationの設定 切断部位や特異性の設定 フラグメントタイプの設定 その他オプション
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Preview™-Byonic™ワークフロー
V2_Nov., 2015
Preview™を実行するとByonic™用の検索パラメーターが作成されます。
パラメーターファイルを開くと、既に各パラメーターが設定されたByonic™が起動します。
解析者はパラメーターをレビューし、必要に応じて調整します。
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デモンストレーション
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デモライセンス
V2_Nov., 2015
Byonic™には30日間のデモライセンスがあります。
この機会に是非一度、お試しください。
デモライセンスお問い合せ
Email: [email protected] TEL: 052-624-4388
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V2_Nov., 2015
御清聴ありがとうございました
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