BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem...

52
DEPARTMENT OF BIOLOGY FACULTY OF MATHEMATICS AND NATURAL SCIENCES NORTH SUMATRA UNIVERSITY BIO210 Mikrobiologi BIO210 Mikrobiologi Dr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc. Dr. Dwi Suryanto Prof. Dr. Erman Munir Nunuk Priyani, M.Sc.

Transcript of BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem...

Page 1: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

BIO210 MikrobiologiBIO210 Mikrobiologi

Dr. Dwi SuryantoProf. Dr. Erman MunirNunuk Priyani, M.Sc.

Dr. Dwi SuryantoProf. Dr. Erman MunirNunuk Priyani, M.Sc.

Page 2: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY Kuliah 11-12.

PROKARYOT, EUKARYOT, DAN VIRUS

Page 3: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

• Fosil sel bakteri dalam benruk stromatolit berusia 3.5-3.8triliun milyar tahun ditemukan di lapisan batuan terbentukoleh gabungan sedimen mineral menjadi lapisanmikrobial.

• Bakteri pertama mungkin bersifat anaerobik.• Sianobakter aerob mungkin berkembang sekitar 2.5-3.0

miliar tahun lalu. Sel eukayot modern muncul dariprokaryot sekitar 1.4 miliar tahun lalu.

• Perkembangan kloroplast dan mitokondria melibatkaninvaginasi membran plasma dan rangkaian pembentukanruang atau simbiosisnya.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 4: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Stromatolit

Page 5: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 6: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

• Urutan taksonomi dari jenis, genus, famili, ordo, kelas,dan kerajaan.

• Ahli mikrobiologi sering menggunakan yang kurangformal seperti grup (seksi) berdasarkan deskrispsi (misalmetanogen, bakteri ungu, bakteri asam laktat, dll.)

• Spesies bakteri tidak dibatasi berdasar kepadakompatibilitas reproduksi seksual.

• Spesies bakteri adalah koleksi strain (galur) yang memilikibanyak sifat stabil dan berbeda secara signifikan dari grupgalur lain.

• Galur adalah populasi organisme yang berasal dari satuorganisme atau kultur murni isolat.

Urutan Taksonomi

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 7: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

• Genus adalah sekelompok atau lebih jenis yang jelasterpisah dari genus lain.

• Sistem binomial dalam tatnama yang diajukan olehCarolus Linnaeus digunakan dengan nama genus ditulisdalam huruf besar sedang epitetum spesifikum tidak,keduanya ditulis miring (italik) contoh Escherichia coli.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 8: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Sistem Klasifikasi

• Klasifikasi alami: mengatur organisme dalam kelompokyang anggotanya memiliki kesamaan sifat danmerefleksikan sebanyak mungkin keadaan alami biologiorganisme.

• Sistem Fenetik kelompok organisme bersama berdasarkesamaan umum.Seringkali sistem alami didasarkan pada sifat bersama.Tidak tergantung pada analisis filogenetik.Sistem terbaik membandingkan sebanyak mungkinatribut.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 9: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

• Sistem Filogenetik (filetik) kelompok organisme bersamadidasarkan pada hubungan evolusioner.

• Sulit untuk bakteri karena kekurangan catatan fosil.• Pembandingan langsung bahan genetik dan produk gen

seperti rRNA dan protein dapat menyelesaikan masalahini (kronometer molekuler?)

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 10: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Escherichia coli Methanococcus vannielle Saccharomyces cerevisiae

eubacteria archaea eukarya

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 11: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 12: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 13: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

• Pekerjaan Carl Woose dan kaloboratornya menyarankanbahwa organisme termasuk salah satu dari 3 domain(empire) yang kingdom tradisional terdistribusi didalamnya.Eukarya: semua organisme eukaryotik.Bacteria (Eubacteria): termasuk semua organismeprokaryotik dengan rRNA eubacteria dan lipid membranterutama terdiri dari diasil gliserol eter.Archaea: termasuk organisme prokaryotik denganarchaeobacterial rRNA dan lipid membran terdiriterutama oleh isoprenoid gliserol dieter atau derivatdigliserol tetraeter.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 14: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Pohon filogeni universal

Page 15: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Filogeni Archaea

Page 16: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Filogeni Eubacteria

Page 17: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Sifat Utama Yang Digunakan Dalam Taksonomi

Sifat Klasik• Sifat morfologi mudah dianalisis, stabil secara genetik, dan

tidak bervariasi banyak jika terjadi perubahan lingkungan.• Sifat fisiologi dan metabolik berhubungan langsung

dengan enzim dan transport protein (produk gen) danoleh karenanya menyediakan perbandingan tak langsungdari genom mikroba.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 18: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

• Sifat ekologi termasuk pola siklus hidup, hubungansimbiosis, kemampuan menyebabkan penyakit, habitat,dan kebutuhan pertumbuhan.

• Analisis genetik mencakup telaah pertukaran genkromosomal melalui transformasi dan konyugasi; prosesini jarang terjadi lintas genus; harus diperhatikan untukmenghindari kesalahan karena sifat yang dibawa plasmid.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 19: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Sifat Molekuler• Urutan asam amino dalam protein.• Membandingkan mobilitas elektroforetik.• Menentukan reaksi immunologis.• Membandingkan sifat-sifat enzim; perbandingan basa

asam nukelat (kandungan G+C).• Suhu leleh DNA (Tm)• Hibridisasi asam nukleat.

Menentukan derajat homologi sekuen.Suhu inkubasi mengontrol serajat homologi yangdiperlukan untuk membentuk hibrid yang stabil.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 20: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

• Sekuen asam nukleat.• Sekuen gen rRNA merupakan sekuen paling cocok

untuk dibandingkan karena memiliki stabilitasevolusioner dan sekuen variabel secara evolusi.

• Saat ini, banyak genom bakteri lengkap yang telahdisekuen.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 21: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Archaea

• Archaea cukup beragam baik secara morfologi maupunfisiologi.

• Archaea terwarna secara gram-positif atau gram-negatif.• Bentuk sferis, batang, spiral, lobus, pipih, tak beraturan

atau pleiomorfik.• Bisa terdiri dari sel tunggal, agregat, atau filamen.• Membelah dengan biner, tunas, fragmentasi, atau cara

lain.• Dapat bersifat aerob, anaerob fakultatif, atau obligat

anaerob.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 22: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

• Bersifat kemolitotrof sampai organotrof.• Beberapa bersifat mesofil, sedang lainnya hipertermofil

yang dapat hidup pada suhu di atas 100oC.• Menyukai habitat darat dan akuatik ekstrim terbatas.• Saat ini, archeobacteria ditemukan di lingkungan dingin

dan boleh jadi merupakan penyusun 34% dari biomassaprokaryot di permukaan air Antartika.

• Sedikit yang bersimbiosis dengan sistem penceraanhewan.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 23: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Dinding sel Archaea• Berbeda dengan eubacteria• Archaea gram-positif seperti halnya eubacteria gram-

positif memiliki dinding sel dengan lapisan tunggalhomogen.

• Archaea gram-negatif tidak memiliki membran luar danjalinan peptidoglikan kompleks seperti pada gram-negatif.

• Lapisan permukaan archaeobacteria mengandungprotein atau subunit glikoprotein.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 24: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Membran dan Lipid Archaea• Lipid berbeda dengan lipid eubacteria dan eucaryot;

hidrokarbon bercabang melekat pada gliserol melaluiikatan eter bukan rantai lurus asam lemak yang melekatpada gliserol melalui ikatan ester.

• Struktur tetraeter lebih kompleks juga ditemukan.• Membran mengandung lipid polar seperti fosfolipid,

sulfolipid, dan glikolipid.• Membran juga mengandung lipid non-polar (7-30%) yang

biasanya derivat squalena.• Membran dari termofil ekstrem hampir selalu monolayer

tetraeter lengkap.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 25: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Lipid membran archaea

Page 26: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Membran archaea

Page 27: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Taksonomi Archaea• Memperlihatkan keragaman yang tinggi.

Termofil ekstrim dengan metabolisme bergantungsulfur.Metanogen.Halofil ekstrim.Archaea tanpa dinding sel.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 28: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Sulfolobus• Gram-negatif, aerob, lobus ireguler, sferis.• Termoasidofil• Oksigen merupakan akseptor elektron normal, tetapi besi

feri dapat juga digunakan.• Gula dan asam amino dapat digunakan sebagai sumber C

dan energi; bagaimanapun mereka sering tumbuh secaralitotrof pada butiran sulfur di mata air panas mengoksidasisulfur menjadi asam sulfit.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 29: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Sumber Air Panas

Aerob, sulfur metabolizer,menyukai suhu tinggi dan pHrendah

Sulfolobus

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 30: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Metanogen• Anaerob obligat memperoleh energi dari konversi CO2,

H2, format, metanol, asetat, dan senyawa lain menjadimetana atau metana dan CO2.

• Metanogen dapat berada dalam lingkungan anaerob yangkaya bahan organik seperti rumen, anaerobic sludgedigesters, dan bahkan dalam anaerobic protozoa.

• Metanogen memilik potensi sangat besar karena metanamerupakan bahan bakar bersih dan sumber energi yangbaik.

• Hanya saja metana dapat menimbulkan efek rumah kaca,dan karena dapat mengoksidasi besi sehingga karat.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 31: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Methanobevibacter

Methanobacterium

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 32: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Halobacteria• Aerob kemoheterotrof; membutuhkan nutrisi kompleks.• Membutuhkan sedikitnya 1.5 M NaCl dan tumbuh

optimal antara 3-4 NaCl.• Dapat membusukkan makanan asin.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Halobacteroum salinarium

Page 33: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Thermoplasma• Kokus termoasidik tidak memiliki dinding sel.• Thermoplasma memiliki suhu optimum antara 55-59oC

dan pH optimal 1-2.• Sering ditemukan di buangan tambang batubara, dimana

kemolitotrof mengoksidasi besi pirit menjadi asam sulfitsehingga menghasilkan lingkungan asam yang panas.

• Membran sel diperkuat dengan sejumlah besar digliseroltetraeter, lipopolisakarida, dan glikoproytein.

• DNA distabilisasi melalui asosiasi dengan protein sepertihiston yang membuat partikel seperti nukleosom eukaryot.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Thermoplasma

Page 34: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Eubacteria

Proteobacteria• Terdiri dari kebanyakan gram-negatif, kemoheterotrof,

yang diduga memiliki nenek moyang bakterifotosintetik.

• Kelompok taksonomi terbesar dari bakteri.• Hubungan filogenetik kelompok ini didasarkan pada

gen rRNA.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 35: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

a. -Proteobacteria• Kelompok yang mampu tumbuh pada kondisi miskin

nuttrisi; beberapa memiliki nilai penting bagi pertanian.• Beberapa memiliki bentuk yang tak biasa, seperti

tangkai atau tunas, prostecea.• Contoh: Azospirillum, Rhizobium, Nitrobacter,

Rickettsia.

b. -Proteobacteria• Nutrisi yang digunakan seperti gas H2, amonia, dan

metana.• Contoh: Thiobacillus, Spirillum, Zoogloea.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 36: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

c. -Proteobacteria• Fisiologi sangat beragam.• Contoh: Pseodomonas, Legionella, Vibrio, Escherichia.

b. Bakteri Fotosintetik Ungu dan Hijau• Membingungkan secara taksonomi.• Bersifat fotosintetik anoksigenik, tidak menghasilkan

O2.• Contoh: Chromatium.• Bakteri fotoautotrof lain: bakteri fotosintetik hijau dan

ungu non sulfur.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 37: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

e. -Proteobacteria• Predator terhadap bakteri lain.• Contoh: Bdellovibrio, Desulfovibrio, Myxococcus.

f. -Proteobacteria• Vibrioid• Contoh: Campylobacter, Helicobacter.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 38: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Non-Proteobacteria Gram-negatif• Bakteri fotosintik dan spiroketa.

a. Sianobacter• Fotosintesis menghasilkan oksigen.• Banyak yang mampu memfiksasi nitrogen bebas;

membentuk heterokist.b. Bakteri lain dalam kelompok non-proteobacteria:

Plantctomycetes, Bacteroides, Fusobacteria,Sphingobacteria.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 39: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Bakteri Gram-positifa. Kandungan G+C rendah• Mycoplasmatales, Clostridiales, Bacillales,

Lactobacillales.• Contoh: Clostridium, Bacillus, Lactobacillus.

b. Kandungan G+C tinggi• Mycobacterium, Propionibacterium, Actinomycetes.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 40: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Eubacteria

Fungi

• Identifikasi khamir seperti bakteri sering menggunakanuji biokimia, sedangkan fungi multiseluer diidentifikasiberdasarkan penampakan fisik, termasuk bentuk kolonidan spora reproduktif.

Struktur vegetatif• Talus berupa filamen panjang yang disebut hifa.• Kebanyakan hifa bersekat (septum); hifa septata.• Beberapa kelas fungi memiliki hifa tak bersekat

(senositik)• Bagian hifa yang berfungsi dalam mengambil makanan

disebut hifa vegetatif.• Dalam kondisi menguntungkan hifa tumbuh

membentuk masa filamen disebut miselium.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 41: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Sifat hifa fungi

Page 42: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Khamir• Nonfilamentus, fungi uniseluler, sferis atau oval.• Beberapa khamir sering gagal membelah membentuk

untaian sel disebut pseudohifa.• Contoh: Candida, Saccharomyces.

Fungi dimorfis• Beberapa fungi sering patogen dapat terlihat seperti

khamir dan cendawan.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 43: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Dimorfisme fungi

Page 44: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Siklus Hidup• Fungi filamentus dapat bereproduksi secara aseksual

dengan fragmentasi.• Spora fungi dibentuk dari hifa aerial dalam beberapa

cara.• Spora dapat bersifat aseksual maupun seksual.

a. Spora aseksual• Konidiospora, spora uniseluler atau multiseluler

dibentuk seperti rantai di ujung konidiospora;Aspergillus.

• Klamidospora, spora berdinding tebal; Candidaalbicans.

• Sporangiospora, dibentuk dalam sporangium,mengandung ratusan sporangiospora; Rhizopus.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 45: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Jenis spora aseksual

Page 46: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

b. Spora seksual• Berasal dari reproduksi seksual.• Plasmogami, sel haploid (+) melakukan penetrasi pada

sitoplasma sel resipien (-).• Karyogami, inti (+) dan (-) melebur membentuk inti

diploid zigot.• Meiosis, inti diploid menjadi inti haploid (spora

seksual).

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Page 47: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Zygomycota• Fungi konyugasi, bersifat saprofit dengan hifa senositik.• Spora seksual disebut zigospora.• Contoh: Rhizopus.Ascomycota• Fungi kantung• Fungi dengan hifa bersekat dan beberapa khamir.• Spora aseksual, konidiospora diproduksi dalam bentuk

rantai panjang.• Askospora berasal dari fusi inti dua sel yang secara

morfologi sama atau berbeda.• Contoh: Eupenicillium.

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Pengelompokan Fungi

Page 48: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Siklus hidup Rhizopus (Zygomycetes).

Page 49: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Siklus hidup Eupenicillium (Ascomycetes).

Page 50: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

Basidiomycota• Hifa bersekat.• Termasuk fungi yang menhasilkan cendawan

(mushroom).• Basidiospora dihasilkan dari suatu dasar basidium.• Biasanya ada 4 basidiospora/basidium.• Beberapa fungi ini menghasilkan konidiospora.• Fungi ini menghasilkan spora seksual dan aseksual

(teleomorfis), tetapi ada yang tidak lagi mampumelakukan reproduksi secara seksual; fungi aseksual inidisebut anomorfis, sering dimasukkan dalam kelastersendiri Deuteomycota.

• Analisis genetik rRNA terhadap Deuteromycota:Ascomycota.D

EPA

RTM

EN

TO

FB

IOLO

GY

FAC

ULT

YO

FM

ATH

EM

ATI

CS

AN

DN

ATU

RA

LSC

IEN

CE

SN

OR

THSU

MA

TRA

UN

IVE

RSI

TY

Page 51: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY

Siklus hidup umum basidiomycetes.

Page 52: BIO210 Mikrobiologiocw.usu.ac.id/course/download/8110000034-mikrobiologi/bio210_slide... · Sistem Klasifikasi • Klasifikasi alami ... • Sistem Filogenetik ... (empire) yang kingdom

DE

PAR

TME

NT

OF

BIO

LOG

YFA

CU

LTY

OF

MA

THE

MA

TIC

SA

ND

NA

TUR

AL

SCIE

NC

ES

NO

RTH

SUM

ATR

AU

NIV

ER

SITY