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HPC-MARWAN : Comment utiliser ? 1-Accès à l’HPC Windows Installer un client ssh ( Mobaxterm ou Putty ) et un client scp (Winscp, Filezilla, Mobaxterm) pour le transfert des fichiers Paramètres de connexion : o Username : username (remplacer <username> par votre login ) o Remote host: hpc-login.marwan.ma o Port : 22 Exemple : Acces ssh avec MobaXterm

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HPC-MARWAN : Comment utiliser ? 1-Accès à l’HPC

Windows Installer un client ssh ( Mobaxterm ou Putty ) et un client scp (Winscp, Filezilla, Mobaxterm) pour le transfert des fichiers Paramètres de connexion :

o Username : username (remplacer <username> par votre login ) o Remote host: hpc-login.marwan.ma o Port : 22

Exemple : Acces ssh avec MobaXterm

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Exemple : Transfert de fichiers (scp) avec Mobaxterm : Transfert de fichiers/dossiers de la machine de l’utilisateur

vers le dossier personnel sur HPC

Transfert de fichiers/dossiers du dossier personnel sur HPC vers la machine de l’utilisateur

Changement de dossier courant (taper /data/<username> pour accéder au dossier de données et effectuer les transferts)

Linux Via le Terminal : Commande ssh et commande scp ou installer un client (Filezilla) pour le transfert des fichiers $ssh -X <username>@hpc-login.marwan.ma ( remplacer <username> par votre login )

Transfert de fichier $scp <username>@hpc-login.marwan.ma:/home/<username>/<fichier_distant> <fichier_local> $scp <fichier_local> <username>@hpc-login.marwan.ma:/home/<username>/<fichier_distant>

Transfert de dossier (ajouter l’option -r) $scp -r <username>@hpc-login.marwan.ma:/home/<username>/<dossier_distant> <dossier_local> $scp -r <dossier_local> <username>@hpc-login.marwan.ma:/home/<username>/<dossier_distant> Ou utiliser un client SCP graphique( exemple Filezilla ) Commande d’installation pour Ubunto : $sudo apt install filezilla

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2-Gestion des calculs

L’outil de gestion de job est SLURM (https://slurm.schedmd.com/tutorials.html)

Afficher les ressources disponibles : 4 partitions selon l’estimation de la durée d’exécution par l’utilisateur :

defq par défaut limitée à 2 heures shortq 1jour mediumq une semaine longq illimité

Et 2 partitions pour le serveur GPU gpu-testq (par 2 heure) gpu-prodq 7jours

$sinfo defq* up 2:00:00 19 idle fatnode[01-02], node[01-16] shortq up 1-00:00:00 19 idle fatnode[01-02], node[01-16] mediumq up 7-00:00:00 19 idle fatnode[01-02], node[01-16] longq up infinite 19 idle fatnode[01-02], node[01-16] gpu-testq up 2:00:00 1 idle gpu01 gpu-prodq up 7-00:00:00 1 idle gpu01

Préparer un script avec les étapes nécessaires pour l’exécution du calcul

Nom du calcul Partition d’exécution selon la durée estimée du

calcul Fichiers logs

Modules à charger (voir la partie 3) Commandes d’exécution

Exemple de script run.sl #!/bin/bash #SBATCH -J Gate_Job #SBATCH --partition=shortq #SBATCH -o %x-%j.out #SBATCH -e %x-%j.err module load gate/gcc/64/8.1.p01 Gate main.mac

Lancer le calcul

$sbatch run.sl

Submitted batch job 24117 (Noter l’identifiant donné au calcul )

Afficher les détails sur le calcul lancé

$sacct -j 24117 (Spécifier l’identifiant du calcul )

Voir l’état des calculs en cours, R=Running, PD=Pending, CA=Cancelled CD=Completed, F=Failed

$squeue -u <username> JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 1233 longq MyJob1 user PD 0:00 1 (Resources) 1228 shortq Job2 user R 20:41:45 2 node01,node02

Suivi de l’exécution d’un calcul Des fichiers log seront créés sous format : <NomCalcul>-<Identifiant>.out <NomCalcul>-<Identifiant>.err Pour l’Exemple ci-dessous : Gate_Job-24117.out Gate_Job-24117.err

Le dossier d’exécution contiendra les résultats spécifiques à l’application exécutée.

Annuler un calcul

$scancel 24117

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3-Gestion des variables d’environnement L’outil utilisé est lmod

(https://lmod.readthedocs.io/en/latest/010_user.html)

Consulter la liste des applications et librairies disponibles

$module avail ….. fftw3/openmpi/gcc/64/3.3.7 prodigal/gcc/64/2.6.3 anaconda2/4.5.12 gate/gcc/64/8.1.p01 prokka/1.13.3 autodock_vina/gcc/64/1.1.2 qe/intel/6.3 geant4/gcc/64/mt-4.10.02.p03 …..

Au niveau du script « monjob.sl » ajouter la ligne pour charger les variables d’environnement de l’application souhaitée

$module load <nom>/<version_app> Exemple module load gate/gcc/64/8.1.p01

4-Gestion des données L’espace /home/<username> est limité à 2G par utilisateur. Pour Stocker les fichiers de grandes tailles , utiliser le dossier personnel dans l’espace /data

$ls /data/<username>

Pour plus d’information , nous contacter sur [email protected]


T U O U V O U S

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